src/gromacs/mdrunutility/threadaffinity.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "threadaffinity.h"
  39
  40 #include "config.h"
  41
  42 #include <cerrno>
  43 #include <cstdio>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #if HAVE_SCHED_AFFINITY
  47 #    include <sched.h>
  48 #    include <sys/syscall.h>
  49 #endif
  50
  51 #include "thread_mpi/threads.h"
  52
  53 #include "gromacs/hardware/hardwaretopology.h"
  54 #include "gromacs/hardware/hw_info.h"
  55 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  56 #include "gromacs/utility/basenetwork.h"
  57 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  58 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  61 #include "gromacs/utility/gmxomp.h"
  62 #include "gromacs/utility/logger.h"
  63 #include "gromacs/utility/physicalnodecommunicator.h"
  64 #include "gromacs/utility/programcontext.h"
  65 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  66 #include "gromacs/utility/unique_cptr.h"
  67
  68 namespace
  69 {
  70
  71 class DefaultThreadAffinityAccess : public gmx::IThreadAffinityAccess
  72 {
  73 public:
  74     bool isThreadAffinitySupported() const override
  75     {
  76         return tMPI_Thread_setaffinity_support() == TMPI_SETAFFINITY_SUPPORT_YES;
  77     }
  78     bool setCurrentThreadAffinityToCore(int core) override
  79     {
  80         const int ret = tMPI_Thread_setaffinity_single(tMPI_Thread_self(), core);
  81         return ret == 0;
  82     }
  83 };
  84
  85 //! Global instance of DefaultThreadAffinityAccess
  86 DefaultThreadAffinityAccess g_defaultAffinityAccess;
  87
  88 } // namespace
  89
  90 gmx::IThreadAffinityAccess::~IThreadAffinityAccess() {}
  91
  92 static bool invalidWithinSimulation(const t_commrec* cr, bool invalidLocally)
  93 {
  94 #if GMX_MPI
  95     if (cr->nnodes > 1)
  96     {
  97         int value = invalidLocally ? 1 : 0;
  98         int globalValue;
  99         MPI_Reduce(&value, &globalValue, 1, MPI_INT, MPI_LOR, MASTERRANK(cr), cr->mpi_comm_mysim);
 100         return SIMMASTER(cr) ? (globalValue != 0) : invalidLocally;
 101     }
 102 #else
 103     GMX_UNUSED_VALUE(cr);
 104 #endif
 105     return invalidLocally;
 106 }
 107
 108 static bool get_thread_affinity_layout(const gmx::MDLogger&         mdlog,
 109                                        const t_commrec*             cr,
 110                                        const gmx::HardwareTopology& hwTop,
 111                                        int                          threads,
 112                                        bool  affinityIsAutoAndNumThreadsIsNotAuto,
 113                                        int   pin_offset,
 114                                        int*  pin_stride,
 115                                        int** localityOrder,
 116                                        bool* issuedWarning)
 117 {
 118     int  hwThreads;
 119     int  hwThreadsPerCore = 0;
 120     bool bPickPinStride;
 121     bool haveTopology;
 122     bool invalidValue;
 123
 124     haveTopology = (hwTop.supportLevel() >= gmx::HardwareTopology::SupportLevel::Basic);
 125
 126     if (pin_offset < 0)
 127     {
 128         gmx_fatal(FARGS, "Negative thread pinning offset requested");
 129     }
 130     if (*pin_stride < 0)
 131     {
 132         gmx_fatal(FARGS, "Negative thread pinning stride requested");
 133     }
 134
 135     if (haveTopology)
 136     {
 137         hwThreads = hwTop.machine().logicalProcessorCount;
 138         // Just use the value for the first core
 139         hwThreadsPerCore = hwTop.machine().sockets[0].cores[0].hwThreads.size();
 140         snew(*localityOrder, hwThreads);
 141         int i = 0;
 142         for (auto& s : hwTop.machine().sockets)
 143         {
 144             for (auto& c : s.cores)
 145             {
 146                 for (auto& t : c.hwThreads)
 147                 {
 148                     (*localityOrder)[i++] = t.logicalProcessorId;
 149                 }
 150             }
 151         }
 152     }
 153     else
 154     {
 155         /* topology information not available or invalid, ignore it */
 156         hwThreads      = hwTop.machine().logicalProcessorCount;
 157         *localityOrder = nullptr;
 158     }
 159     // Only warn about the first problem per node.  Otherwise, the first test
 160     // failing would essentially always cause also the other problems get
 161     // reported, leading to bogus warnings.  The order in the conditionals
 162     // with this variable is important, since the MPI_Reduce() in
 163     // invalidWithinSimulation() needs to always happen.
 164     bool alreadyWarned = false;
 165     invalidValue       = (hwThreads <= 0);
 166     if (invalidWithinSimulation(cr, invalidValue))
 167     {
 168         /* We don't know anything about the hardware, don't pin */
 169         GMX_LOG(mdlog.warning)
 170                 .asParagraph()
 171                 .appendText("NOTE: No information on available cores, thread pinning disabled.");
 172         alreadyWarned = true;
 173     }
 174     bool validLayout = !invalidValue;
 175
 176     if (affinityIsAutoAndNumThreadsIsNotAuto)
 177     {
 178         invalidValue = (threads != hwThreads);
 179         bool warn    = (invalidValue && threads > 1 && threads < hwThreads);
 180         if (invalidWithinSimulation(cr, warn) && !alreadyWarned)
 181         {
 182             GMX_LOG(mdlog.warning)
 183                     .asParagraph()
 184                     .appendText(
 185                             "NOTE: The number of threads is not equal to the number of (logical) "
 186                             "cores\n"
 187                             "      and the -pin option is set to auto: will not pin threads to "
 188                             "cores.\n"
 189                             "      This can lead to significant performance degradation.\n"
 190                             "      Consider using -pin on (and -pinoffset in case you run multiple "
 191                             "jobs).");
 192             alreadyWarned = true;
 193         }
 194         validLayout = validLayout && !invalidValue;
 195     }
 196
 197     invalidValue = (threads > hwThreads);
 198     if (invalidWithinSimulation(cr, invalidValue) && !alreadyWarned)
 199     {
 200         GMX_LOG(mdlog.warning)
 201                 .asParagraph()
 202                 .appendText("NOTE: Oversubscribing the CPU, will not pin threads");
 203         alreadyWarned = true;
 204     }
 205     validLayout = validLayout && !invalidValue;
 206
 207     invalidValue = (pin_offset + threads > hwThreads);
 208     if (invalidWithinSimulation(cr, invalidValue) && !alreadyWarned)
 209     {
 210         GMX_LOG(mdlog.warning)
 211                 .asParagraph()
 212                 .appendText(
 213                         "WARNING: Requested offset too large for available cores, thread pinning "
 214                         "disabled.");
 215         alreadyWarned = true;
 216     }
 217     validLayout = validLayout && !invalidValue;
 218
 219     invalidValue = false;
 220     /* do we need to choose the pinning stride? */
 221     bPickPinStride = (*pin_stride == 0);
 222
 223     if (bPickPinStride)
 224     {
 225         if (haveTopology && pin_offset + threads * hwThreadsPerCore <= hwThreads)
 226         {
 227             /* Put one thread on each physical core */
 228             *pin_stride = hwThreadsPerCore;
 229         }
 230         else
 231         {
 232             /* We don't know if we have SMT, and if we do, we don't know
 233              * if hw threads in the same physical core are consecutive.
 234              * Without SMT the pinning layout should not matter too much.
 235              * so we assume a consecutive layout and maximally spread out"
 236              * the threads at equal threads per core.
 237              * Note that IBM is the major non-x86 case with cpuid support
 238              * and probably threads are already pinned by the queuing system,
 239              * so we wouldn't end up here in the first place.
 240              */
 241             *pin_stride = (hwThreads - pin_offset) / threads;
 242         }
 243     }
 244     else
 245     {
 246         /* Check the placement of the thread with the largest index to make sure
 247          * that the offset & stride doesn't cause pinning beyond the last hardware thread. */
 248         invalidValue = (pin_offset + (threads - 1) * (*pin_stride) >= hwThreads);
 249     }
 250     if (invalidWithinSimulation(cr, invalidValue) && !alreadyWarned)
 251     {
 252         /* We are oversubscribing, don't pin */
 253         GMX_LOG(mdlog.warning)
 254                 .asParagraph()
 255                 .appendText(
 256                         "WARNING: Requested stride too large for available cores, thread pinning "
 257                         "disabled.");
 258         alreadyWarned = true;
 259     }
 260     validLayout = validLayout && !invalidValue;
 261
 262     if (validLayout)
 263     {
 264         GMX_LOG(mdlog.info)
 265                 .appendTextFormatted("Pinning threads with a%s logical core stride of %d",
 266                                      bPickPinStride ? "n auto-selected" : " user-specified", *pin_stride);
 267     }
 268
 269     *issuedWarning = alreadyWarned;
 270
 271     return validLayout;
 272 }
 273
 274 static bool set_affinity(const t_commrec*            cr,
 275                          int                         nthread_local,
 276                          int                         intraNodeThreadOffset,
 277                          int                         offset,
 278                          int                         core_pinning_stride,
 279                          const int*                  localityOrder,
 280                          gmx::IThreadAffinityAccess* affinityAccess)
 281 {
 282     // Set the per-thread affinity. In order to be able to check the success
 283     // of affinity settings, we will set nth_affinity_set to 1 on threads
 284     // where the affinity setting succeded and to 0 where it failed.
 285     // Reducing these 0/1 values over the threads will give the total number
 286     // of threads on which we succeeded.
 287
 288     // To avoid warnings from the static analyzer we initialize nth_affinity_set
 289     // to zero outside the OpenMP block, and then add to it inside the block.
 290     // The value will still always be 0 or 1 from each thread.
 291     int nth_affinity_set = 0;
 292 #pragma omp parallel num_threads(nthread_local) reduction(+ : nth_affinity_set)
 293     {
 294         try
 295         {
 296             int thread_id, thread_id_node;
 297             int index, core;
 298
 299             thread_id      = gmx_omp_get_thread_num();
 300             thread_id_node = intraNodeThreadOffset + thread_id;
 301             index          = offset + thread_id_node * core_pinning_stride;
 302             if (localityOrder != nullptr)
 303             {
 304                 core = localityOrder[index];
 305             }
 306             else
 307             {
 308                 core = index;
 309             }
 310
 311             const bool ret = affinityAccess->setCurrentThreadAffinityToCore(core);
 312
 313             /* store the per-thread success-values of the setaffinity */
 314             nth_affinity_set += (ret ? 1 : 0);
 315
 316             if (debug)
 317             {
 318                 fprintf(debug,
 319                         "On rank %2d, thread %2d, index %2d, core %2d the affinity setting "
 320                         "returned %d\n",
 321                         cr->nodeid, gmx_omp_get_thread_num(), index, core, ret ? 1 : 0);
 322             }
 323         }
 324         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 325     }
 326
 327     if (nth_affinity_set > nthread_local)
 328     {
 329         char msg[STRLEN];
 330
 331         sprintf(msg,
 332                 "Looks like we have set affinity for more threads than "
 333                 "we have (%d > %d)!\n",
 334                 nth_affinity_set, nthread_local);
 335         gmx_incons(msg);
 336     }
 337
 338     /* check & warn if some threads failed to set their affinities */
 339     const bool allAffinitiesSet = (nth_affinity_set == nthread_local);
 340     if (!allAffinitiesSet)
 341     {
 342         char sbuf1[STRLEN], sbuf2[STRLEN];
 343
 344         /* sbuf1 contains rank info, while sbuf2 OpenMP thread info */
 345         sbuf1[0] = sbuf2[0] = '\0';
 346         /* Only add rank info if we have more than one rank. */
 347         if (cr->nnodes > 1)
 348         {
 349 #if GMX_MPI
 350 #    if GMX_THREAD_MPI
 351             sprintf(sbuf1, "In tMPI thread #%d: ", cr->nodeid);
 352 #    else /* GMX_LIB_MPI */
 353             sprintf(sbuf1, "In MPI process #%d: ", cr->nodeid);
 354 #    endif
 355 #endif /* GMX_MPI */
 356         }
 357
 358         if (nthread_local > 1)
 359         {
 360             sprintf(sbuf2, "for %d/%d thread%s ", nthread_local - nth_affinity_set, nthread_local,
 361                     nthread_local > 1 ? "s" : "");
 362         }
 363
 364         // TODO: This output should also go through mdlog.
 365         fprintf(stderr, "NOTE: %sAffinity setting %sfailed.\n", sbuf1, sbuf2);
 366     }
 367     return allAffinitiesSet;
 368 }
 369
 370 void analyzeThreadsOnThisNode(const gmx::PhysicalNodeCommunicator& physicalNodeComm,
 371                               int                                  numThreadsOnThisRank,
 372                               int*                                 numThreadsOnThisNode,
 373                               int*                                 intraNodeThreadOffset)
 374 {
 375     *intraNodeThreadOffset = 0;
 376     *numThreadsOnThisNode  = numThreadsOnThisRank;
 377 #if GMX_MPI
 378     if (physicalNodeComm.size_ > 1)
 379     {
 380         /* We need to determine a scan of the thread counts in this
 381          * compute node. */
 382         MPI_Scan(&numThreadsOnThisRank, intraNodeThreadOffset, 1, MPI_INT, MPI_SUM, physicalNodeComm.comm_);
 383         /* MPI_Scan is inclusive, but here we need exclusive */
 384         *intraNodeThreadOffset -= numThreadsOnThisRank;
 385         /* Get the total number of threads on this physical node */
 386         MPI_Allreduce(&numThreadsOnThisRank, numThreadsOnThisNode, 1, MPI_INT, MPI_SUM,
 387                       physicalNodeComm.comm_);
 388     }
 389 #else
 390     GMX_UNUSED_VALUE(physicalNodeComm);
 391 #endif
 392 }
 393
 394 /* Set CPU affinity. Can be important for performance.
 395    On some systems (e.g. Cray) CPU Affinity is set by default.
 396    But default assigning doesn't work (well) with only some ranks
 397    having threads. This causes very low performance.
 398    External tools have cumbersome syntax for setting affinity
 399    in the case that only some ranks have threads.
 400    Thus it is important that GROMACS sets the affinity internally
 401    if only PME is using threads.
 402  */
 403 void gmx_set_thread_affinity(const gmx::MDLogger&         mdlog,
 404                              const t_commrec*             cr,
 405                              const gmx_hw_opt_t*          hw_opt,
 406                              const gmx::HardwareTopology& hwTop,
 407                              int                          numThreadsOnThisRank,
 408                              int                          numThreadsOnThisNode,
 409                              int                          intraNodeThreadOffset,
 410                              gmx::IThreadAffinityAccess*  affinityAccess)
 411 {
 412     int* localityOrder = nullptr;
 413
 414     if (hw_opt->threadAffinity == ThreadAffinity::Off)
 415     {
 416         /* Nothing to do */
 417         return;
 418     }
 419
 420     if (affinityAccess == nullptr)
 421     {
 422         affinityAccess = &g_defaultAffinityAccess;
 423     }
 424
 425     /* If the tMPI thread affinity setting is not supported encourage the user
 426      * to report it as it's either a bug or an exotic platform which we might
 427      * want to support. */
 428     if (!affinityAccess->isThreadAffinitySupported())
 429     {
 430         /* we know Mac OS does not support setting thread affinity, so there's
 431            no point in warning the user in that case. In any other case
 432            the user might be able to do something about it. */
 433 #if !defined(__APPLE__)
 434         GMX_LOG(mdlog.warning)
 435                 .asParagraph()
 436                 .appendText("NOTE: Cannot set thread affinities on the current platform.");
 437 #endif /* __APPLE__ */
 438         return;
 439     }
 440
 441     int offset              = hw_opt->core_pinning_offset;
 442     int core_pinning_stride = hw_opt->core_pinning_stride;
 443     if (offset != 0)
 444     {
 445         GMX_LOG(mdlog.warning).appendTextFormatted("Applying core pinning offset %d", offset);
 446     }
 447
 448     bool affinityIsAutoAndNumThreadsIsNotAuto =
 449             (hw_opt->threadAffinity == ThreadAffinity::Auto && !hw_opt->totNumThreadsIsAuto);
 450     bool issuedWarning;
 451     bool validLayout = get_thread_affinity_layout(
 452             mdlog, cr, hwTop, numThreadsOnThisNode, affinityIsAutoAndNumThreadsIsNotAuto, offset,
 453             &core_pinning_stride, &localityOrder, &issuedWarning);
 454     const gmx::sfree_guard localityOrderGuard(localityOrder);
 455
 456     bool allAffinitiesSet;
 457     if (validLayout)
 458     {
 459         allAffinitiesSet = set_affinity(cr, numThreadsOnThisRank, intraNodeThreadOffset, offset,
 460                                         core_pinning_stride, localityOrder, affinityAccess);
 461     }
 462     else
 463     {
 464         // Produce the warning if any rank fails.
 465         allAffinitiesSet = false;
 466     }
 467     if (invalidWithinSimulation(cr, !allAffinitiesSet) && !issuedWarning)
 468     {
 469         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText("NOTE: Thread affinity was not set.");
 470     }
 471 }
 472
 473 /* Detects and returns whether we have the default affinity mask
 474  *
 475  * Returns true when we can query thread affinities and CPU count is
 476  * consistent and we have default affinity mask on all ranks.
 477  *
 478  * Should be called simultaneously by all MPI ranks.
 479  */
 480 static bool detectDefaultAffinityMask(const int nthreads_hw_avail)
 481 {
 482     bool detectedDefaultAffinityMask = true;
 483
 484 #if HAVE_SCHED_AFFINITY
 485     cpu_set_t mask_current;
 486     CPU_ZERO(&mask_current);
 487     int ret;
 488     if ((ret = sched_getaffinity(0, sizeof(cpu_set_t), &mask_current)) != 0)
 489     {
 490         /* failed to query affinity mask, will just return */
 491         if (debug)
 492         {
 493             fprintf(debug, "Failed to query affinity mask (error %d)", ret);
 494         }
 495         detectedDefaultAffinityMask = false;
 496     }
 497
 498     /* Before proceeding with the actual check, make sure that the number of
 499      * detected CPUs is >= the CPUs in the current set.
 500      * We need to check for CPU_COUNT as it was added only in glibc 2.6. */
 501 #    ifdef CPU_COUNT
 502     if (detectedDefaultAffinityMask && nthreads_hw_avail < CPU_COUNT(&mask_current))
 503     {
 504         if (debug)
 505         {
 506             fprintf(debug, "%d hardware threads detected, but %d was returned by CPU_COUNT",
 507                     nthreads_hw_avail, CPU_COUNT(&mask_current));
 508         }
 509         detectedDefaultAffinityMask = false;
 510     }
 511 #    endif /* CPU_COUNT */
 512
 513     if (detectedDefaultAffinityMask)
 514     {
 515         /* Here we check whether all bits of the affinity mask are set.
 516          * Note that this mask can change while the program is executing,
 517          * e.g. by the system dynamically enabling or disabling cores or
 518          * by some scheduler changing the affinities. Thus we can not assume
 519          * that the result is the same on all ranks within a node
 520          * when running this code at different times.
 521          */
 522         bool allBitsAreSet = true;
 523         for (int i = 0; (i < nthreads_hw_avail && i < CPU_SETSIZE); i++)
 524         {
 525             allBitsAreSet = allBitsAreSet && (CPU_ISSET(i, &mask_current) != 0);
 526         }
 527         if (debug)
 528         {
 529             fprintf(debug, "%s affinity mask found\n", allBitsAreSet ? "Default" : "Non-default");
 530         }
 531         if (!allBitsAreSet)
 532         {
 533             detectedDefaultAffinityMask = false;
 534         }
 535     }
 536 #else
 537     GMX_UNUSED_VALUE(nthreads_hw_avail);
 538 #endif /* HAVE_SCHED_AFFINITY */
 539
 540 #if GMX_MPI
 541     int mpiIsInitialized;
 542     MPI_Initialized(&mpiIsInitialized);
 543     if (mpiIsInitialized)
 544     {
 545         bool detectedDefaultAffinityMaskOnAllRanks;
 546         MPI_Allreduce(&detectedDefaultAffinityMask, &detectedDefaultAffinityMaskOnAllRanks, 1,
 547                       MPI_C_BOOL, MPI_LAND, MPI_COMM_WORLD);
 548         detectedDefaultAffinityMask = detectedDefaultAffinityMaskOnAllRanks;
 549     }
 550 #endif
 551
 552     return detectedDefaultAffinityMask;
 553 }
 554
 555 /* Check the process affinity mask and if it is found to be non-zero,
 556  * will honor it and disable mdrun internal affinity setting.
 557  * Note that this will only work on Linux as we use a GNU feature.
 558  */
 559 void gmx_check_thread_affinity_set(const gmx::MDLogger& mdlog,
 560                                    gmx_hw_opt_t*        hw_opt,
 561                                    int gmx_unused nthreads_hw_avail,
 562                                    gmx_bool       bAfterOpenmpInit)
 563 {
 564     GMX_RELEASE_ASSERT(hw_opt, "hw_opt must be a non-NULL pointer");
 565
 566     if (!bAfterOpenmpInit)
 567     {
 568         /* Check for externally set OpenMP affinity and turn off internal
 569          * pinning if any is found. We need to do this check early to tell
 570          * thread-MPI whether it should do pinning when spawning threads.
 571          * TODO: the above no longer holds, we should move these checks later
 572          */
 573         if (hw_opt->threadAffinity != ThreadAffinity::Off)
 574         {
 575             char* message;
 576             if (!gmx_omp_check_thread_affinity(&message))
 577             {
 578                 /* We only pin automatically with totNumThreadsIsAuto=true */
 579                 if (hw_opt->threadAffinity == ThreadAffinity::On || hw_opt->totNumThreadsIsAuto)
 580                 {
 581                     GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText(message);
 582                 }
 583                 sfree(message);
 584                 hw_opt->threadAffinity = ThreadAffinity::Off;
 585             }
 586         }
 587     }
 588
 589     if (!detectDefaultAffinityMask(nthreads_hw_avail))
 590     {
 591         if (hw_opt->threadAffinity == ThreadAffinity::Auto)
 592         {
 593             if (!bAfterOpenmpInit)
 594             {
 595                 GMX_LOG(mdlog.warning)
 596                         .asParagraph()
 597                         .appendText(
 598                                 "Non-default thread affinity set, disabling internal thread "
 599                                 "affinity");
 600             }
 601             else
 602             {
 603                 GMX_LOG(mdlog.warning)
 604                         .asParagraph()
 605                         .appendText(
 606                                 "Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,\n"
 607                                 "disabling internal thread affinity");
 608             }
 609             hw_opt->threadAffinity = ThreadAffinity::Off;
 610         }
 611         else
 612         {
 613             /* Only warn once, at the last check (bAfterOpenmpInit==TRUE) */
 614             if (bAfterOpenmpInit)
 615             {
 616                 GMX_LOG(mdlog.warning)
 617                         .asParagraph()
 618                         .appendTextFormatted("Overriding thread affinity set outside %s",
 619                                              gmx::getProgramContext().displayName());
 620             }
 621         }
 622     }
 623 }