src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements the loop for simulation reruns
  38  *
  39  * \author Pascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
  40  * \ingroup module_mdrun
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include <cinttypes>
  45 #include <cmath>
  46 #include <cstdio>
  47 #include <cstdlib>
  48
  49 #include <algorithm>
  50 #include <memory>
  51
  52 #include "gromacs/awh/awh.h"
  53 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  54 #include "gromacs/domdec/collect.h"
  55 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  56 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  59 #include "gromacs/domdec/mdsetup.h"
  60 #include "gromacs/domdec/partition.h"
  61 #include "gromacs/essentialdynamics/edsam.h"
  62 #include "gromacs/ewald/pme_load_balancing.h"
  63 #include "gromacs/ewald/pme_pp.h"
  64 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  65 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  66 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  67 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  68 #include "gromacs/listed_forces/manage_threading.h"
  69 #include "gromacs/math/functions.h"
  70 #include "gromacs/math/utilities.h"
  71 #include "gromacs/math/vec.h"
  72 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  73 #include "gromacs/mdlib/checkpointhandler.h"
  74 #include "gromacs/mdlib/compute_io.h"
  75 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  76 #include "gromacs/mdlib/ebin.h"
  77 #include "gromacs/mdlib/enerdata_utils.h"
  78 #include "gromacs/mdlib/energyoutput.h"
  79 #include "gromacs/mdlib/expanded.h"
  80 #include "gromacs/mdlib/force.h"
  81 #include "gromacs/mdlib/force_flags.h"
  82 #include "gromacs/mdlib/forcerec.h"
  83 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  84 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  85 #include "gromacs/mdlib/mdoutf.h"
  86 #include "gromacs/mdlib/membed.h"
  87 #include "gromacs/mdlib/resethandler.h"
  88 #include "gromacs/mdlib/sighandler.h"
  89 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  90 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  91 #include "gromacs/mdlib/stophandler.h"
  92 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  93 #include "gromacs/mdlib/trajectory_writing.h"
  94 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  95 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  96 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  97 #include "gromacs/mdrunutility/handlerestart.h"
  98 #include "gromacs/mdrunutility/multisim.h"
  99 #include "gromacs/mdrunutility/printtime.h"
 100 #include "gromacs/mdtypes/awh_history.h"
 101 #include "gromacs/mdtypes/awh_params.h"
 102 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
 103 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
 104 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
 105 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
 106 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
 107 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
 108 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
 109 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
 110 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
 111 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
 112 #include "gromacs/mdtypes/mdrunoptions.h"
 113 #include "gromacs/mdtypes/observableshistory.h"
 114 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
 115 #include "gromacs/mimic/utilities.h"
 116 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
 117 #include "gromacs/pulling/pull.h"
 118 #include "gromacs/swap/swapcoords.h"
 119 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
 120 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
 121 #include "gromacs/topology/atoms.h"
 122 #include "gromacs/topology/idef.h"
 123 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
 124 #include "gromacs/topology/topology.h"
 125 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
 126 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 127 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
 128 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
 129 #include "gromacs/utility/logger.h"
 130 #include "gromacs/utility/real.h"
 131 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
 132
 133 #include "legacysimulator.h"
 134 #include "replicaexchange.h"
 135 #include "shellfc.h"
 136
 137 using gmx::SimulationSignaller;
 138 using gmx::VirtualSitesHandler;
 139
 140 /*! \brief Copy the state from \p rerunFrame to \p globalState and, if requested, construct vsites
 141  *
 142  * \param[in]     rerunFrame      The trajectory frame to compute energy/forces for
 143  * \param[in,out] globalState     The global state container
 144  * \param[in]     constructVsites When true, vsite coordinates are constructed
 145  * \param[in]     vsite           Vsite setup, can be nullptr when \p constructVsites = false
 146  * \param[in]     timeStep        Time step, used for constructing vsites
 147  */
 148 static void prepareRerunState(const t_trxframe&          rerunFrame,
 149                               t_state*                   globalState,
 150                               bool                       constructVsites,
 151                               const VirtualSitesHandler* vsite,
 152                               double                     timeStep)
 153 {
 154     auto x      = makeArrayRef(globalState->x);
 155     auto rerunX = arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(rerunFrame.x), globalState->natoms);
 156     std::copy(rerunX.begin(), rerunX.end(), x.begin());
 157     copy_mat(rerunFrame.box, globalState->box);
 158
 159     if (constructVsites)
 160     {
 161         GMX_ASSERT(vsite, "Need valid vsite for constructing vsites");
 162
 163         vsite->construct(globalState->x, timeStep, globalState->v, globalState->box);
 164     }
 165 }
 166
 167 void gmx::LegacySimulator::do_rerun()
 168 {
 169     // TODO Historically, the EM and MD "integrators" used different
 170     // names for the t_inputrec *parameter, but these must have the
 171     // same name, now that it's a member of a struct. We use this ir
 172     // alias to avoid a large ripple of nearly useless changes.
 173     // t_inputrec is being replaced by IMdpOptionsProvider, so this
 174     // will go away eventually.
 175     t_inputrec*                 ir = inputrec;
 176     int64_t                     step, step_rel;
 177     double                      t, lam0[efptNR];
 178     bool                        isLastStep               = false;
 179     bool                        doFreeEnergyPerturbation = false;
 180     unsigned int                force_flags;
 181     tensor                      force_vir, shake_vir, total_vir, pres;
 182     t_trxstatus*                status = nullptr;
 183     rvec                        mu_tot;
 184     t_trxframe                  rerun_fr;
 185     gmx_localtop_t              top(top_global->ffparams);
 186     PaddedHostVector<gmx::RVec> f{};
 187     gmx_global_stat_t           gstat;
 188     gmx_shellfc_t*              shellfc;
 189
 190     double cycles;
 191
 192     /* Domain decomposition could incorrectly miss a bonded
 193        interaction, but checking for that requires a global
 194        communication stage, which does not otherwise happen in DD
 195        code. So we do that alongside the first global energy reduction
 196        after a new DD is made. These variables handle whether the
 197        check happens, and the result it returns. */
 198     bool shouldCheckNumberOfBondedInteractions = false;
 199     int  totalNumberOfBondedInteractions       = -1;
 200
 201     SimulationSignals signals;
 202     // Most global communnication stages don't propagate mdrun
 203     // signals, and will use this object to achieve that.
 204     SimulationSignaller nullSignaller(nullptr, nullptr, nullptr, false, false);
 205
 206     GMX_LOG(mdlog.info)
 207             .asParagraph()
 208             .appendText(
 209                     "Note that it is planned that the command gmx mdrun -rerun will "
 210                     "be available in a different form in a future version of GROMACS, "
 211                     "e.g. gmx rerun -f.");
 212
 213     if (ir->efep != efepNO
 214         && (mdAtoms->mdatoms()->nMassPerturbed > 0 || (constr && constr->havePerturbedConstraints())))
 215     {
 216         gmx_fatal(FARGS,
 217                   "Perturbed masses or constraints are not supported by rerun. "
 218                   "Either make a .tpr without mass and constraint perturbation, "
 219                   "or use GROMACS 2018.4, 2018.5 or later 2018 version.");
 220     }
 221     if (ir->bExpanded)
 222     {
 223         gmx_fatal(FARGS, "Expanded ensemble not supported by rerun.");
 224     }
 225     if (ir->bSimTemp)
 226     {
 227         gmx_fatal(FARGS, "Simulated tempering not supported by rerun.");
 228     }
 229     if (ir->bDoAwh)
 230     {
 231         gmx_fatal(FARGS, "AWH not supported by rerun.");
 232     }
 233     if (replExParams.exchangeInterval > 0)
 234     {
 235         gmx_fatal(FARGS, "Replica exchange not supported by rerun.");
 236     }
 237     if (opt2bSet("-ei", nfile, fnm) || observablesHistory->edsamHistory != nullptr)
 238     {
 239         gmx_fatal(FARGS, "Essential dynamics not supported by rerun.");
 240     }
 241     if (ir->bIMD)
 242     {
 243         gmx_fatal(FARGS, "Interactive MD not supported by rerun.");
 244     }
 245     if (isMultiSim(ms))
 246     {
 247         gmx_fatal(FARGS, "Multiple simulations not supported by rerun.");
 248     }
 249     if (std::any_of(ir->opts.annealing, ir->opts.annealing + ir->opts.ngtc,
 250                     [](int i) { return i != eannNO; }))
 251     {
 252         gmx_fatal(FARGS, "Simulated annealing not supported by rerun.");
 253     }
 254
 255     /* Rerun can't work if an output file name is the same as the input file name.
 256      * If this is the case, the user will get an error telling them what the issue is.
 257      */
 258     if (strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-o", nfile, fnm)) == 0
 259         || strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-x", nfile, fnm)) == 0)
 260     {
 261         gmx_fatal(FARGS,
 262                   "When using mdrun -rerun, the name of the input trajectory file "
 263                   "%s cannot be identical to the name of an output file (whether "
 264                   "given explicitly with -o or -x, or by default)",
 265                   opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 266     }
 267
 268     /* Settings for rerun */
 269     ir->nstlist              = 1;
 270     ir->nstcalcenergy        = 1;
 271     int        nstglobalcomm = 1;
 272     const bool bNS           = true;
 273
 274     ir->nstxout_compressed         = 0;
 275     const SimulationGroups* groups = &top_global->groups;
 276     if (ir->eI == eiMimic)
 277     {
 278         auto nonConstGlobalTopology                          = const_cast<gmx_mtop_t*>(top_global);
 279         nonConstGlobalTopology->intermolecularExclusionGroup = genQmmmIndices(*top_global);
 280     }
 281
 282     initialize_lambdas(fplog, *ir, MASTER(cr), &state_global->fep_state, state_global->lambda, lam0);
 283     const bool        simulationsShareState = false;
 284     gmx_mdoutf*       outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, mdrunOptions, cr, outputProvider,
 285                                    mdModulesNotifier, ir, top_global, oenv, wcycle,
 286                                    StartingBehavior::NewSimulation, simulationsShareState, ms);
 287     gmx::EnergyOutput energyOutput(mdoutf_get_fp_ene(outf), top_global, ir, pull_work,
 288                                    mdoutf_get_fp_dhdl(outf), true, StartingBehavior::NewSimulation,
 289                                    mdModulesNotifier);
 290
 291     gstat = global_stat_init(ir);
 292
 293     /* Check for polarizable models and flexible constraints */
 294     shellfc = init_shell_flexcon(fplog, top_global, constr ? constr->numFlexibleConstraints() : 0,
 295                                  ir->nstcalcenergy, DOMAINDECOMP(cr));
 296
 297     {
 298         double io = compute_io(ir, top_global->natoms, *groups, energyOutput.numEnergyTerms(), 1);
 299         if ((io > 2000) && MASTER(cr))
 300         {
 301             fprintf(stderr, "\nWARNING: This run will generate roughly %.0f Mb of data\n\n", io);
 302         }
 303     }
 304
 305     // Local state only becomes valid now.
 306     std::unique_ptr<t_state> stateInstance;
 307     t_state*                 state;
 308
 309     if (DOMAINDECOMP(cr))
 310     {
 311         stateInstance = std::make_unique<t_state>();
 312         state         = stateInstance.get();
 313         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, state);
 314
 315         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 316         dd_partition_system(fplog, mdlog, ir->init_step, cr, TRUE, 1, state_global, *top_global, ir,
 317                             imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top, fr, vsite, constr,
 318                             nrnb, nullptr, FALSE);
 319         shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 320     }
 321     else
 322     {
 323         state_change_natoms(state_global, state_global->natoms);
 324         /* Copy the pointer to the global state */
 325         state = state_global;
 326
 327         mdAlgorithmsSetupAtomData(cr, ir, *top_global, &top, fr, &f, mdAtoms, constr, vsite, shellfc);
 328     }
 329
 330     auto mdatoms = mdAtoms->mdatoms();
 331
 332     // NOTE: The global state is no longer used at this point.
 333     // But state_global is still used as temporary storage space for writing
 334     // the global state to file and potentially for replica exchange.
 335     // (Global topology should persist.)
 336
 337     update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 338
 339     if (ir->efep != efepNO && ir->fepvals->nstdhdl != 0)
 340     {
 341         doFreeEnergyPerturbation = true;
 342     }
 343
 344     {
 345         int cglo_flags =
 346                 (CGLO_GSTAT
 347                  | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0));
 348         bool   bSumEkinhOld = false;
 349         t_vcm* vcm          = nullptr;
 350         compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 351                         makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms, nrnb,
 352                         vcm, nullptr, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr, &nullSignaller,
 353                         state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld, cglo_flags);
 354     }
 355     checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global, &top,
 356                                     makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 357                                     &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 358
 359     if (MASTER(cr))
 360     {
 361         fprintf(stderr,
 362                 "starting md rerun '%s', reading coordinates from"
 363                 " input trajectory '%s'\n\n",
 364                 *(top_global->name), opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 365         if (mdrunOptions.verbose)
 366         {
 367             fprintf(stderr,
 368                     "Calculated time to finish depends on nsteps from "
 369                     "run input file,\nwhich may not correspond to the time "
 370                     "needed to process input trajectory.\n\n");
 371         }
 372         fprintf(fplog, "\n");
 373     }
 374
 375     walltime_accounting_start_time(walltime_accounting);
 376     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 377     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, "mdrun");
 378
 379     /***********************************************************
 380      *
 381      *             Loop over MD steps
 382      *
 383      ************************************************************/
 384
 385     if (constr)
 386     {
 387         GMX_LOG(mdlog.info)
 388                 .asParagraph()
 389                 .appendText("Simulations has constraints. Rerun does not recalculate constraints.");
 390     }
 391
 392     rerun_fr.natoms = 0;
 393     if (MASTER(cr))
 394     {
 395         isLastStep = !read_first_frame(oenv, &status, opt2fn("-rerun", nfile, fnm), &rerun_fr, TRX_NEED_X);
 396         if (rerun_fr.natoms != top_global->natoms)
 397         {
 398             gmx_fatal(FARGS,
 399                       "Number of atoms in trajectory (%d) does not match the "
 400                       "run input file (%d)\n",
 401                       rerun_fr.natoms, top_global->natoms);
 402         }
 403
 404         if (ir->pbcType != PbcType::No)
 405         {
 406             if (!rerun_fr.bBox)
 407             {
 408                 gmx_fatal(FARGS,
 409                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 410                           " time %f "
 411                           "does not contain a box, while pbc is used",
 412                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 413             }
 414             if (max_cutoff2(ir->pbcType, rerun_fr.box) < gmx::square(fr->rlist))
 415             {
 416                 gmx_fatal(FARGS,
 417                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 418                           " time %f "
 419                           "has too small box dimensions",
 420                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 421             }
 422         }
 423     }
 424
 425     GMX_LOG(mdlog.info)
 426             .asParagraph()
 427             .appendText(
 428                     "Rerun does not report kinetic energy, total energy, temperature, virial and "
 429                     "pressure.");
 430
 431     if (PAR(cr))
 432     {
 433         rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 434     }
 435
 436     if (ir->pbcType != PbcType::No)
 437     {
 438         /* Set the shift vectors.
 439          * Necessary here when have a static box different from the tpr box.
 440          */
 441         calc_shifts(rerun_fr.box, fr->shift_vec);
 442     }
 443
 444     auto stopHandler = stopHandlerBuilder->getStopHandlerMD(
 445             compat::not_null<SimulationSignal*>(&signals[eglsSTOPCOND]), false, MASTER(cr),
 446             ir->nstlist, mdrunOptions.reproducible, nstglobalcomm, mdrunOptions.maximumHoursToRun,
 447             ir->nstlist == 0, fplog, step, bNS, walltime_accounting);
 448
 449     // we don't do counter resetting in rerun - finish will always be valid
 450     walltime_accounting_set_valid_finish(walltime_accounting);
 451
 452     const DDBalanceRegionHandler ddBalanceRegionHandler(cr);
 453
 454     step     = ir->init_step;
 455     step_rel = 0;
 456
 457     /* and stop now if we should */
 458     isLastStep = (isLastStep || (ir->nsteps >= 0 && step_rel > ir->nsteps));
 459     while (!isLastStep)
 460     {
 461         wallcycle_start(wcycle, ewcSTEP);
 462
 463         if (rerun_fr.bStep)
 464         {
 465             step     = rerun_fr.step;
 466             step_rel = step - ir->init_step;
 467         }
 468         if (rerun_fr.bTime)
 469         {
 470             t = rerun_fr.time;
 471         }
 472         else
 473         {
 474             t = step;
 475         }
 476
 477         if (ir->efep != efepNO && MASTER(cr))
 478         {
 479             setCurrentLambdasRerun(step, ir->fepvals, &rerun_fr, lam0, state_global);
 480         }
 481
 482         if (MASTER(cr))
 483         {
 484             const bool constructVsites = ((vsite != nullptr) && mdrunOptions.rerunConstructVsites);
 485             if (constructVsites && DOMAINDECOMP(cr))
 486             {
 487                 gmx_fatal(FARGS,
 488                           "Vsite recalculation with -rerun is not implemented with domain "
 489                           "decomposition, "
 490                           "use a single rank");
 491             }
 492             prepareRerunState(rerun_fr, state_global, constructVsites, vsite, ir->delta_t);
 493         }
 494
 495         isLastStep = isLastStep || stopHandler->stoppingAfterCurrentStep(bNS);
 496
 497         if (DOMAINDECOMP(cr))
 498         {
 499             /* Repartition the domain decomposition */
 500             const bool bMasterState = true;
 501             dd_partition_system(fplog, mdlog, step, cr, bMasterState, nstglobalcomm, state_global,
 502                                 *top_global, ir, imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top,
 503                                 fr, vsite, constr, nrnb, wcycle, mdrunOptions.verbose);
 504             shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 505         }
 506
 507         if (MASTER(cr))
 508         {
 509             EnergyOutput::printHeader(fplog, step, t); /* can we improve the information printed here? */
 510         }
 511
 512         if (ir->efep != efepNO)
 513         {
 514             update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 515         }
 516
 517         force_flags = (GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_DYNAMICBOX | GMX_FORCE_ALLFORCES
 518                        | GMX_FORCE_VIRIAL | // TODO: Get rid of this once #2649 and #3400 are solved
 519                        GMX_FORCE_ENERGY | (doFreeEnergyPerturbation ? GMX_FORCE_DHDL : 0));
 520
 521         if (shellfc)
 522         {
 523             /* Now is the time to relax the shells */
 524             relax_shell_flexcon(fplog, cr, ms, mdrunOptions.verbose, enforcedRotation, step, ir,
 525                                 imdSession, pull_work, bNS, force_flags, &top, constr, enerd, fcd,
 526                                 state->natoms, state->x.arrayRefWithPadding(),
 527                                 state->v.arrayRefWithPadding(), state->box, state->lambda, &state->hist,
 528                                 f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, nrnb, wcycle, shellfc,
 529                                 fr, runScheduleWork, t, mu_tot, vsite, ddBalanceRegionHandler);
 530         }
 531         else
 532         {
 533             /* The coordinates (x) are shifted (to get whole molecules)
 534              * in do_force.
 535              * This is parallellized as well, and does communication too.
 536              * Check comments in sim_util.c
 537              */
 538             Awh*       awh = nullptr;
 539             gmx_edsam* ed  = nullptr;
 540             do_force(fplog, cr, ms, ir, awh, enforcedRotation, imdSession, pull_work, step, nrnb,
 541                      wcycle, &top, state->box, state->x.arrayRefWithPadding(), &state->hist,
 542                      f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, enerd, fcd, state->lambda, fr,
 543                      runScheduleWork, vsite, mu_tot, t, ed, GMX_FORCE_NS | force_flags,
 544                      ddBalanceRegionHandler);
 545         }
 546
 547         /* Now we have the energies and forces corresponding to the
 548          * coordinates at time t.
 549          */
 550         {
 551             const bool isCheckpointingStep = false;
 552             const bool doRerun             = true;
 553             const bool bSumEkinhOld        = false;
 554             do_md_trajectory_writing(fplog, cr, nfile, fnm, step, step_rel, t, ir, state,
 555                                      state_global, observablesHistory, top_global, fr, outf,
 556                                      energyOutput, ekind, f, isCheckpointingStep, doRerun,
 557                                      isLastStep, mdrunOptions.writeConfout, bSumEkinhOld);
 558         }
 559
 560         stopHandler->setSignal();
 561
 562         if (vsite != nullptr)
 563         {
 564             wallcycle_start(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 565             vsite->construct(state->x, ir->delta_t, state->v, state->box);
 566             wallcycle_stop(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 567         }
 568
 569         {
 570             const bool          doInterSimSignal = false;
 571             const bool          doIntraSimSignal = true;
 572             bool                bSumEkinhOld     = false;
 573             t_vcm*              vcm              = nullptr;
 574             SimulationSignaller signaller(&signals, cr, ms, doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 575
 576             compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 577                             makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms,
 578                             nrnb, vcm, wcycle, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr,
 579                             &signaller, state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld,
 580                             CGLO_GSTAT | CGLO_ENERGY
 581                                     | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 582                                                                              : 0));
 583             checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global,
 584                                             &top, makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 585                                             &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 586         }
 587
 588         /* Note: this is OK, but there are some numerical precision issues with using the convergence of
 589            the virial that should probably be addressed eventually. state->veta has better properies,
 590            but what we actually need entering the new cycle is the new shake_vir value. Ideally, we could
 591            generate the new shake_vir, but test the veta value for convergence.  This will take some thought. */
 592
 593         if (ir->efep != efepNO)
 594         {
 595             /* Sum up the foreign energy and dhdl terms for md and sd.
 596                Currently done every step so that dhdl is correct in the .edr */
 597             sum_dhdl(enerd, state->lambda, *ir->fepvals);
 598         }
 599
 600         /* Output stuff */
 601         if (MASTER(cr))
 602         {
 603             const bool bCalcEnerStep = true;
 604             energyOutput.addDataAtEnergyStep(doFreeEnergyPerturbation, bCalcEnerStep, t,
 605                                              mdatoms->tmass, enerd, state, ir->fepvals,
 606                                              ir->expandedvals, state->box, shake_vir, force_vir,
 607                                              total_vir, pres, ekind, mu_tot, constr);
 608
 609             const bool do_ene = true;
 610             const bool do_log = true;
 611             Awh*       awh    = nullptr;
 612             const bool do_dr  = ir->nstdisreout != 0;
 613             const bool do_or  = ir->nstorireout != 0;
 614
 615             EnergyOutput::printAnnealingTemperatures(do_log ? fplog : nullptr, groups, &(ir->opts));
 616             energyOutput.printStepToEnergyFile(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, do_dr, do_or,
 617                                                do_log ? fplog : nullptr, step, t, fcd, awh);
 618
 619             if (do_per_step(step, ir->nstlog))
 620             {
 621                 if (fflush(fplog) != 0)
 622                 {
 623                     gmx_fatal(FARGS, "Cannot flush logfile - maybe you are out of disk space?");
 624                 }
 625             }
 626         }
 627
 628         /* Print the remaining wall clock time for the run */
 629         if (isMasterSimMasterRank(ms, MASTER(cr)) && (mdrunOptions.verbose || gmx_got_usr_signal()))
 630         {
 631             if (shellfc)
 632             {
 633                 fprintf(stderr, "\n");
 634             }
 635             print_time(stderr, walltime_accounting, step, ir, cr);
 636         }
 637
 638         /* Ion/water position swapping.
 639          * Not done in last step since trajectory writing happens before this call
 640          * in the MD loop and exchanges would be lost anyway. */
 641         if ((ir->eSwapCoords != eswapNO) && (step > 0) && !isLastStep && do_per_step(step, ir->swap->nstswap))
 642         {
 643             const bool doRerun = true;
 644             do_swapcoords(cr, step, t, ir, swap, wcycle, rerun_fr.x, rerun_fr.box,
 645                           MASTER(cr) && mdrunOptions.verbose, doRerun);
 646         }
 647
 648         if (MASTER(cr))
 649         {
 650             /* read next frame from input trajectory */
 651             isLastStep = !read_next_frame(oenv, status, &rerun_fr);
 652         }
 653
 654         if (PAR(cr))
 655         {
 656             rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 657         }
 658
 659         cycles = wallcycle_stop(wcycle, ewcSTEP);
 660         if (DOMAINDECOMP(cr) && wcycle)
 661         {
 662             dd_cycles_add(cr->dd, cycles, ddCyclStep);
 663         }
 664
 665         if (!rerun_fr.bStep)
 666         {
 667             /* increase the MD step number */
 668             step++;
 669             step_rel++;
 670         }
 671     }
 672     /* End of main MD loop */
 673
 674     /* Closing TNG files can include compressing data. Therefore it is good to do that
 675      * before stopping the time measurements. */
 676     mdoutf_tng_close(outf);
 677
 678     /* Stop measuring walltime */
 679     walltime_accounting_end_time(walltime_accounting);
 680
 681     if (MASTER(cr))
 682     {
 683         close_trx(status);
 684     }
 685
 686     if (!thisRankHasDuty(cr, DUTY_PME))
 687     {
 688         /* Tell the PME only node to finish */
 689         gmx_pme_send_finish(cr);
 690     }
 691
 692     done_mdoutf(outf);
 693
 694     done_shellfc(fplog, shellfc, step_rel);
 695
 696     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step_rel);
 697 }