src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements the loop for simulation reruns
  38  *
  39  * \author Pascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
  40  * \ingroup module_mdrun
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include <cinttypes>
  45 #include <cmath>
  46 #include <cstdio>
  47 #include <cstdlib>
  48
  49 #include <algorithm>
  50 #include <memory>
  51
  52 #include "gromacs/awh/awh.h"
  53 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  54 #include "gromacs/domdec/collect.h"
  55 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  56 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  59 #include "gromacs/domdec/mdsetup.h"
  60 #include "gromacs/domdec/partition.h"
  61 #include "gromacs/essentialdynamics/edsam.h"
  62 #include "gromacs/ewald/pme_load_balancing.h"
  63 #include "gromacs/ewald/pme_pp.h"
  64 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  65 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  66 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  67 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  68 #include "gromacs/listed_forces/manage_threading.h"
  69 #include "gromacs/math/functions.h"
  70 #include "gromacs/math/utilities.h"
  71 #include "gromacs/math/vec.h"
  72 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  73 #include "gromacs/mdlib/checkpointhandler.h"
  74 #include "gromacs/mdlib/compute_io.h"
  75 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  76 #include "gromacs/mdlib/ebin.h"
  77 #include "gromacs/mdlib/enerdata_utils.h"
  78 #include "gromacs/mdlib/energyoutput.h"
  79 #include "gromacs/mdlib/expanded.h"
  80 #include "gromacs/mdlib/force.h"
  81 #include "gromacs/mdlib/force_flags.h"
  82 #include "gromacs/mdlib/forcerec.h"
  83 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  84 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  85 #include "gromacs/mdlib/mdoutf.h"
  86 #include "gromacs/mdlib/membed.h"
  87 #include "gromacs/mdlib/resethandler.h"
  88 #include "gromacs/mdlib/sighandler.h"
  89 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  90 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  91 #include "gromacs/mdlib/stophandler.h"
  92 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  93 #include "gromacs/mdlib/trajectory_writing.h"
  94 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  95 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  96 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  97 #include "gromacs/mdrunutility/handlerestart.h"
  98 #include "gromacs/mdrunutility/multisim.h"
  99 #include "gromacs/mdrunutility/printtime.h"
 100 #include "gromacs/mdtypes/awh_history.h"
 101 #include "gromacs/mdtypes/awh_params.h"
 102 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
 103 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
 104 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
 105 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
 106 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
 107 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
 108 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
 109 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
 110 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
 111 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
 112 #include "gromacs/mdtypes/mdrunoptions.h"
 113 #include "gromacs/mdtypes/observableshistory.h"
 114 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
 115 #include "gromacs/mimic/utilities.h"
 116 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
 117 #include "gromacs/pulling/pull.h"
 118 #include "gromacs/swap/swapcoords.h"
 119 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
 120 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
 121 #include "gromacs/topology/atoms.h"
 122 #include "gromacs/topology/idef.h"
 123 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
 124 #include "gromacs/topology/topology.h"
 125 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
 126 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 127 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
 128 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
 129 #include "gromacs/utility/logger.h"
 130 #include "gromacs/utility/real.h"
 131 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
 132
 133 #include "legacysimulator.h"
 134 #include "replicaexchange.h"
 135 #include "shellfc.h"
 136
 137 using gmx::SimulationSignaller;
 138
 139 /*! \brief Copy the state from \p rerunFrame to \p globalState and, if requested, construct vsites
 140  *
 141  * \param[in]     rerunFrame      The trajectory frame to compute energy/forces for
 142  * \param[in,out] globalState     The global state container
 143  * \param[in]     constructVsites When true, vsite coordinates are constructed
 144  * \param[in]     vsite           Vsite setup, can be nullptr when \p constructVsites = false
 145  * \param[in]     idef            Topology parameters, used for constructing vsites
 146  * \param[in]     timeStep        Time step, used for constructing vsites
 147  * \param[in]     forceRec        Force record, used for constructing vsites
 148  */
 149 static void prepareRerunState(const t_trxframe&             rerunFrame,
 150                               t_state*                      globalState,
 151                               bool                          constructVsites,
 152                               const gmx_vsite_t*            vsite,
 153                               const InteractionDefinitions& idef,
 154                               double                        timeStep,
 155                               const t_forcerec&             forceRec)
 156 {
 157     auto x      = makeArrayRef(globalState->x);
 158     auto rerunX = arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(rerunFrame.x), globalState->natoms);
 159     std::copy(rerunX.begin(), rerunX.end(), x.begin());
 160     copy_mat(rerunFrame.box, globalState->box);
 161
 162     if (constructVsites)
 163     {
 164         GMX_ASSERT(vsite, "Need valid vsite for constructing vsites");
 165
 166         construct_vsites(vsite, globalState->x.rvec_array(), timeStep, globalState->v.rvec_array(),
 167                          idef.iparams, idef.il, forceRec.pbcType, forceRec.bMolPBC, nullptr,
 168                          globalState->box);
 169     }
 170 }
 171
 172 void gmx::LegacySimulator::do_rerun()
 173 {
 174     // TODO Historically, the EM and MD "integrators" used different
 175     // names for the t_inputrec *parameter, but these must have the
 176     // same name, now that it's a member of a struct. We use this ir
 177     // alias to avoid a large ripple of nearly useless changes.
 178     // t_inputrec is being replaced by IMdpOptionsProvider, so this
 179     // will go away eventually.
 180     t_inputrec*                 ir = inputrec;
 181     int64_t                     step, step_rel;
 182     double                      t, lam0[efptNR];
 183     bool                        isLastStep               = false;
 184     bool                        doFreeEnergyPerturbation = false;
 185     unsigned int                force_flags;
 186     tensor                      force_vir, shake_vir, total_vir, pres;
 187     t_trxstatus*                status = nullptr;
 188     rvec                        mu_tot;
 189     t_trxframe                  rerun_fr;
 190     gmx_localtop_t              top(top_global->ffparams);
 191     PaddedHostVector<gmx::RVec> f{};
 192     gmx_global_stat_t           gstat;
 193     gmx_shellfc_t*              shellfc;
 194
 195     double cycles;
 196
 197     /* Domain decomposition could incorrectly miss a bonded
 198        interaction, but checking for that requires a global
 199        communication stage, which does not otherwise happen in DD
 200        code. So we do that alongside the first global energy reduction
 201        after a new DD is made. These variables handle whether the
 202        check happens, and the result it returns. */
 203     bool shouldCheckNumberOfBondedInteractions = false;
 204     int  totalNumberOfBondedInteractions       = -1;
 205
 206     SimulationSignals signals;
 207     // Most global communnication stages don't propagate mdrun
 208     // signals, and will use this object to achieve that.
 209     SimulationSignaller nullSignaller(nullptr, nullptr, nullptr, false, false);
 210
 211     GMX_LOG(mdlog.info)
 212             .asParagraph()
 213             .appendText(
 214                     "Note that it is planned that the command gmx mdrun -rerun will "
 215                     "be available in a different form in a future version of GROMACS, "
 216                     "e.g. gmx rerun -f.");
 217
 218     if (ir->efep != efepNO
 219         && (mdAtoms->mdatoms()->nMassPerturbed > 0 || (constr && constr->havePerturbedConstraints())))
 220     {
 221         gmx_fatal(FARGS,
 222                   "Perturbed masses or constraints are not supported by rerun. "
 223                   "Either make a .tpr without mass and constraint perturbation, "
 224                   "or use GROMACS 2018.4, 2018.5 or later 2018 version.");
 225     }
 226     if (ir->bExpanded)
 227     {
 228         gmx_fatal(FARGS, "Expanded ensemble not supported by rerun.");
 229     }
 230     if (ir->bSimTemp)
 231     {
 232         gmx_fatal(FARGS, "Simulated tempering not supported by rerun.");
 233     }
 234     if (ir->bDoAwh)
 235     {
 236         gmx_fatal(FARGS, "AWH not supported by rerun.");
 237     }
 238     if (replExParams.exchangeInterval > 0)
 239     {
 240         gmx_fatal(FARGS, "Replica exchange not supported by rerun.");
 241     }
 242     if (opt2bSet("-ei", nfile, fnm) || observablesHistory->edsamHistory != nullptr)
 243     {
 244         gmx_fatal(FARGS, "Essential dynamics not supported by rerun.");
 245     }
 246     if (ir->bIMD)
 247     {
 248         gmx_fatal(FARGS, "Interactive MD not supported by rerun.");
 249     }
 250     if (isMultiSim(ms))
 251     {
 252         gmx_fatal(FARGS, "Multiple simulations not supported by rerun.");
 253     }
 254     if (std::any_of(ir->opts.annealing, ir->opts.annealing + ir->opts.ngtc,
 255                     [](int i) { return i != eannNO; }))
 256     {
 257         gmx_fatal(FARGS, "Simulated annealing not supported by rerun.");
 258     }
 259
 260     /* Rerun can't work if an output file name is the same as the input file name.
 261      * If this is the case, the user will get an error telling them what the issue is.
 262      */
 263     if (strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-o", nfile, fnm)) == 0
 264         || strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-x", nfile, fnm)) == 0)
 265     {
 266         gmx_fatal(FARGS,
 267                   "When using mdrun -rerun, the name of the input trajectory file "
 268                   "%s cannot be identical to the name of an output file (whether "
 269                   "given explicitly with -o or -x, or by default)",
 270                   opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 271     }
 272
 273     /* Settings for rerun */
 274     ir->nstlist              = 1;
 275     ir->nstcalcenergy        = 1;
 276     int        nstglobalcomm = 1;
 277     const bool bNS           = true;
 278
 279     ir->nstxout_compressed   = 0;
 280     SimulationGroups* groups = &top_global->groups;
 281     if (ir->eI == eiMimic)
 282     {
 283         top_global->intermolecularExclusionGroup = genQmmmIndices(*top_global);
 284     }
 285
 286     initialize_lambdas(fplog, *ir, MASTER(cr), &state_global->fep_state, state_global->lambda, lam0);
 287     const bool        simulationsShareState = false;
 288     gmx_mdoutf*       outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, mdrunOptions, cr, outputProvider,
 289                                    mdModulesNotifier, ir, top_global, oenv, wcycle,
 290                                    StartingBehavior::NewSimulation, simulationsShareState, ms);
 291     gmx::EnergyOutput energyOutput(mdoutf_get_fp_ene(outf), top_global, ir, pull_work,
 292                                    mdoutf_get_fp_dhdl(outf), true, StartingBehavior::NewSimulation,
 293                                    mdModulesNotifier);
 294
 295     gstat = global_stat_init(ir);
 296
 297     /* Check for polarizable models and flexible constraints */
 298     shellfc = init_shell_flexcon(fplog, top_global, constr ? constr->numFlexibleConstraints() : 0,
 299                                  ir->nstcalcenergy, DOMAINDECOMP(cr));
 300
 301     {
 302         double io = compute_io(ir, top_global->natoms, *groups, energyOutput.numEnergyTerms(), 1);
 303         if ((io > 2000) && MASTER(cr))
 304         {
 305             fprintf(stderr, "\nWARNING: This run will generate roughly %.0f Mb of data\n\n", io);
 306         }
 307     }
 308
 309     // Local state only becomes valid now.
 310     std::unique_ptr<t_state> stateInstance;
 311     t_state*                 state;
 312
 313     if (DOMAINDECOMP(cr))
 314     {
 315         stateInstance = std::make_unique<t_state>();
 316         state         = stateInstance.get();
 317         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, state);
 318
 319         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 320         dd_partition_system(fplog, mdlog, ir->init_step, cr, TRUE, 1, state_global, *top_global, ir,
 321                             imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top, fr, vsite, constr,
 322                             nrnb, nullptr, FALSE);
 323         shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 324     }
 325     else
 326     {
 327         state_change_natoms(state_global, state_global->natoms);
 328         /* We need to allocate one element extra, since we might use
 329          * (unaligned) 4-wide SIMD loads to access rvec entries.
 330          */
 331         f.resizeWithPadding(state_global->natoms);
 332         /* Copy the pointer to the global state */
 333         state = state_global;
 334
 335         mdAlgorithmsSetupAtomData(cr, ir, *top_global, &top, fr, mdAtoms, constr, vsite, shellfc);
 336     }
 337
 338     auto mdatoms = mdAtoms->mdatoms();
 339
 340     // NOTE: The global state is no longer used at this point.
 341     // But state_global is still used as temporary storage space for writing
 342     // the global state to file and potentially for replica exchange.
 343     // (Global topology should persist.)
 344
 345     update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 346
 347     if (ir->efep != efepNO && ir->fepvals->nstdhdl != 0)
 348     {
 349         doFreeEnergyPerturbation = true;
 350     }
 351
 352     {
 353         int cglo_flags =
 354                 (CGLO_GSTAT
 355                  | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0));
 356         bool   bSumEkinhOld = false;
 357         t_vcm* vcm          = nullptr;
 358         compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 359                         makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms, nrnb,
 360                         vcm, nullptr, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr, &nullSignaller,
 361                         state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld, cglo_flags);
 362     }
 363     checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global, &top,
 364                                     makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 365                                     &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 366
 367     if (MASTER(cr))
 368     {
 369         fprintf(stderr,
 370                 "starting md rerun '%s', reading coordinates from"
 371                 " input trajectory '%s'\n\n",
 372                 *(top_global->name), opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 373         if (mdrunOptions.verbose)
 374         {
 375             fprintf(stderr,
 376                     "Calculated time to finish depends on nsteps from "
 377                     "run input file,\nwhich may not correspond to the time "
 378                     "needed to process input trajectory.\n\n");
 379         }
 380         fprintf(fplog, "\n");
 381     }
 382
 383     walltime_accounting_start_time(walltime_accounting);
 384     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 385     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, "mdrun");
 386
 387     /***********************************************************
 388      *
 389      *             Loop over MD steps
 390      *
 391      ************************************************************/
 392
 393     if (constr)
 394     {
 395         GMX_LOG(mdlog.info)
 396                 .asParagraph()
 397                 .appendText("Simulations has constraints. Rerun does not recalculate constraints.");
 398     }
 399
 400     rerun_fr.natoms = 0;
 401     if (MASTER(cr))
 402     {
 403         isLastStep = !read_first_frame(oenv, &status, opt2fn("-rerun", nfile, fnm), &rerun_fr, TRX_NEED_X);
 404         if (rerun_fr.natoms != top_global->natoms)
 405         {
 406             gmx_fatal(FARGS,
 407                       "Number of atoms in trajectory (%d) does not match the "
 408                       "run input file (%d)\n",
 409                       rerun_fr.natoms, top_global->natoms);
 410         }
 411
 412         if (ir->pbcType != PbcType::No)
 413         {
 414             if (!rerun_fr.bBox)
 415             {
 416                 gmx_fatal(FARGS,
 417                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 418                           " time %f "
 419                           "does not contain a box, while pbc is used",
 420                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 421             }
 422             if (max_cutoff2(ir->pbcType, rerun_fr.box) < gmx::square(fr->rlist))
 423             {
 424                 gmx_fatal(FARGS,
 425                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 426                           " time %f "
 427                           "has too small box dimensions",
 428                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 429             }
 430         }
 431     }
 432
 433     GMX_LOG(mdlog.info)
 434             .asParagraph()
 435             .appendText(
 436                     "Rerun does not report kinetic energy, total energy, temperature, virial and "
 437                     "pressure.");
 438
 439     if (PAR(cr))
 440     {
 441         rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 442     }
 443
 444     if (ir->pbcType != PbcType::No)
 445     {
 446         /* Set the shift vectors.
 447          * Necessary here when have a static box different from the tpr box.
 448          */
 449         calc_shifts(rerun_fr.box, fr->shift_vec);
 450     }
 451
 452     auto stopHandler = stopHandlerBuilder->getStopHandlerMD(
 453             compat::not_null<SimulationSignal*>(&signals[eglsSTOPCOND]), false, MASTER(cr),
 454             ir->nstlist, mdrunOptions.reproducible, nstglobalcomm, mdrunOptions.maximumHoursToRun,
 455             ir->nstlist == 0, fplog, step, bNS, walltime_accounting);
 456
 457     // we don't do counter resetting in rerun - finish will always be valid
 458     walltime_accounting_set_valid_finish(walltime_accounting);
 459
 460     const DDBalanceRegionHandler ddBalanceRegionHandler(cr);
 461
 462     step     = ir->init_step;
 463     step_rel = 0;
 464
 465     /* and stop now if we should */
 466     isLastStep = (isLastStep || (ir->nsteps >= 0 && step_rel > ir->nsteps));
 467     while (!isLastStep)
 468     {
 469         wallcycle_start(wcycle, ewcSTEP);
 470
 471         if (rerun_fr.bStep)
 472         {
 473             step     = rerun_fr.step;
 474             step_rel = step - ir->init_step;
 475         }
 476         if (rerun_fr.bTime)
 477         {
 478             t = rerun_fr.time;
 479         }
 480         else
 481         {
 482             t = step;
 483         }
 484
 485         if (ir->efep != efepNO && MASTER(cr))
 486         {
 487             setCurrentLambdasRerun(step, ir->fepvals, &rerun_fr, lam0, state_global);
 488         }
 489
 490         if (MASTER(cr))
 491         {
 492             const bool constructVsites = ((vsite != nullptr) && mdrunOptions.rerunConstructVsites);
 493             if (constructVsites && DOMAINDECOMP(cr))
 494             {
 495                 gmx_fatal(FARGS,
 496                           "Vsite recalculation with -rerun is not implemented with domain "
 497                           "decomposition, "
 498                           "use a single rank");
 499             }
 500             prepareRerunState(rerun_fr, state_global, constructVsites, vsite, top.idef, ir->delta_t, *fr);
 501         }
 502
 503         isLastStep = isLastStep || stopHandler->stoppingAfterCurrentStep(bNS);
 504
 505         if (DOMAINDECOMP(cr))
 506         {
 507             /* Repartition the domain decomposition */
 508             const bool bMasterState = true;
 509             dd_partition_system(fplog, mdlog, step, cr, bMasterState, nstglobalcomm, state_global,
 510                                 *top_global, ir, imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top,
 511                                 fr, vsite, constr, nrnb, wcycle, mdrunOptions.verbose);
 512             shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 513         }
 514
 515         if (MASTER(cr))
 516         {
 517             energyOutput.printHeader(fplog, step, t); /* can we improve the information printed here? */
 518         }
 519
 520         if (ir->efep != efepNO)
 521         {
 522             update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 523         }
 524
 525         force_flags = (GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_DYNAMICBOX | GMX_FORCE_ALLFORCES
 526                        | GMX_FORCE_VIRIAL | // TODO: Get rid of this once #2649 and #3400 are solved
 527                        GMX_FORCE_ENERGY | (doFreeEnergyPerturbation ? GMX_FORCE_DHDL : 0));
 528
 529         if (shellfc)
 530         {
 531             /* Now is the time to relax the shells */
 532             relax_shell_flexcon(fplog, cr, ms, mdrunOptions.verbose, enforcedRotation, step, ir,
 533                                 imdSession, pull_work, bNS, force_flags, &top, constr, enerd, fcd,
 534                                 state->natoms, state->x.arrayRefWithPadding(),
 535                                 state->v.arrayRefWithPadding(), state->box, state->lambda, &state->hist,
 536                                 f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, nrnb, wcycle, shellfc,
 537                                 fr, runScheduleWork, t, mu_tot, vsite, ddBalanceRegionHandler);
 538         }
 539         else
 540         {
 541             /* The coordinates (x) are shifted (to get whole molecules)
 542              * in do_force.
 543              * This is parallellized as well, and does communication too.
 544              * Check comments in sim_util.c
 545              */
 546             Awh*       awh = nullptr;
 547             gmx_edsam* ed  = nullptr;
 548             do_force(fplog, cr, ms, ir, awh, enforcedRotation, imdSession, pull_work, step, nrnb,
 549                      wcycle, &top, state->box, state->x.arrayRefWithPadding(), &state->hist,
 550                      f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, enerd, fcd, state->lambda, fr,
 551                      runScheduleWork, vsite, mu_tot, t, ed, GMX_FORCE_NS | force_flags,
 552                      ddBalanceRegionHandler);
 553         }
 554
 555         /* Now we have the energies and forces corresponding to the
 556          * coordinates at time t.
 557          */
 558         {
 559             const bool isCheckpointingStep = false;
 560             const bool doRerun             = true;
 561             const bool bSumEkinhOld        = false;
 562             do_md_trajectory_writing(fplog, cr, nfile, fnm, step, step_rel, t, ir, state,
 563                                      state_global, observablesHistory, top_global, fr, outf,
 564                                      energyOutput, ekind, f, isCheckpointingStep, doRerun,
 565                                      isLastStep, mdrunOptions.writeConfout, bSumEkinhOld);
 566         }
 567
 568         stopHandler->setSignal();
 569
 570         if (vsite != nullptr)
 571         {
 572             wallcycle_start(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 573             construct_vsites(vsite, as_rvec_array(state->x.data()), ir->delta_t,
 574                              as_rvec_array(state->v.data()), top.idef.iparams, top.idef.il,
 575                              fr->pbcType, fr->bMolPBC, cr, state->box);
 576             wallcycle_stop(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 577         }
 578
 579         {
 580             const bool          doInterSimSignal = false;
 581             const bool          doIntraSimSignal = true;
 582             bool                bSumEkinhOld     = false;
 583             t_vcm*              vcm              = nullptr;
 584             SimulationSignaller signaller(&signals, cr, ms, doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 585
 586             compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 587                             makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms,
 588                             nrnb, vcm, wcycle, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr,
 589                             &signaller, state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld,
 590                             CGLO_GSTAT | CGLO_ENERGY
 591                                     | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 592                                                                              : 0));
 593             checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global,
 594                                             &top, makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 595                                             &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 596         }
 597
 598         /* Note: this is OK, but there are some numerical precision issues with using the convergence of
 599            the virial that should probably be addressed eventually. state->veta has better properies,
 600            but what we actually need entering the new cycle is the new shake_vir value. Ideally, we could
 601            generate the new shake_vir, but test the veta value for convergence.  This will take some thought. */
 602
 603         if (ir->efep != efepNO)
 604         {
 605             /* Sum up the foreign energy and dhdl terms for md and sd.
 606                Currently done every step so that dhdl is correct in the .edr */
 607             sum_dhdl(enerd, state->lambda, *ir->fepvals);
 608         }
 609
 610         /* Output stuff */
 611         if (MASTER(cr))
 612         {
 613             const bool bCalcEnerStep = true;
 614             energyOutput.addDataAtEnergyStep(doFreeEnergyPerturbation, bCalcEnerStep, t,
 615                                              mdatoms->tmass, enerd, state, ir->fepvals,
 616                                              ir->expandedvals, state->box, shake_vir, force_vir,
 617                                              total_vir, pres, ekind, mu_tot, constr);
 618
 619             const bool do_ene = true;
 620             const bool do_log = true;
 621             Awh*       awh    = nullptr;
 622             const bool do_dr  = ir->nstdisreout != 0;
 623             const bool do_or  = ir->nstorireout != 0;
 624
 625             energyOutput.printAnnealingTemperatures(do_log ? fplog : nullptr, groups, &(ir->opts));
 626             energyOutput.printStepToEnergyFile(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, do_dr, do_or,
 627                                                do_log ? fplog : nullptr, step, t, fcd, awh);
 628
 629             if (do_per_step(step, ir->nstlog))
 630             {
 631                 if (fflush(fplog) != 0)
 632                 {
 633                     gmx_fatal(FARGS, "Cannot flush logfile - maybe you are out of disk space?");
 634                 }
 635             }
 636         }
 637
 638         /* Print the remaining wall clock time for the run */
 639         if (isMasterSimMasterRank(ms, MASTER(cr)) && (mdrunOptions.verbose || gmx_got_usr_signal()))
 640         {
 641             if (shellfc)
 642             {
 643                 fprintf(stderr, "\n");
 644             }
 645             print_time(stderr, walltime_accounting, step, ir, cr);
 646         }
 647
 648         /* Ion/water position swapping.
 649          * Not done in last step since trajectory writing happens before this call
 650          * in the MD loop and exchanges would be lost anyway. */
 651         if ((ir->eSwapCoords != eswapNO) && (step > 0) && !isLastStep && do_per_step(step, ir->swap->nstswap))
 652         {
 653             const bool doRerun = true;
 654             do_swapcoords(cr, step, t, ir, swap, wcycle, rerun_fr.x, rerun_fr.box,
 655                           MASTER(cr) && mdrunOptions.verbose, doRerun);
 656         }
 657
 658         if (MASTER(cr))
 659         {
 660             /* read next frame from input trajectory */
 661             isLastStep = !read_next_frame(oenv, status, &rerun_fr);
 662         }
 663
 664         if (PAR(cr))
 665         {
 666             rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 667         }
 668
 669         cycles = wallcycle_stop(wcycle, ewcSTEP);
 670         if (DOMAINDECOMP(cr) && wcycle)
 671         {
 672             dd_cycles_add(cr->dd, cycles, ddCyclStep);
 673         }
 674
 675         if (!rerun_fr.bStep)
 676         {
 677             /* increase the MD step number */
 678             step++;
 679             step_rel++;
 680         }
 681     }
 682     /* End of main MD loop */
 683
 684     /* Closing TNG files can include compressing data. Therefore it is good to do that
 685      * before stopping the time measurements. */
 686     mdoutf_tng_close(outf);
 687
 688     /* Stop measuring walltime */
 689     walltime_accounting_end_time(walltime_accounting);
 690
 691     if (MASTER(cr))
 692     {
 693         close_trx(status);
 694     }
 695
 696     if (!thisRankHasDuty(cr, DUTY_PME))
 697     {
 698         /* Tell the PME only node to finish */
 699         gmx_pme_send_finish(cr);
 700     }
 701
 702     done_mdoutf(outf);
 703
 704     done_shellfc(fplog, shellfc, step_rel);
 705
 706     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step_rel);
 707 }