src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements the loop for simulation reruns
  38  *
  39  * \author Pascal Merz <pascal.merz@colorado.edu>
  40  * \ingroup module_mdrun
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include <cinttypes>
  45 #include <cmath>
  46 #include <cstdio>
  47 #include <cstdlib>
  48
  49 #include <algorithm>
  50 #include <memory>
  51
  52 #include "gromacs/awh/awh.h"
  53 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  54 #include "gromacs/domdec/collect.h"
  55 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  56 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  59 #include "gromacs/domdec/mdsetup.h"
  60 #include "gromacs/domdec/partition.h"
  61 #include "gromacs/essentialdynamics/edsam.h"
  62 #include "gromacs/ewald/pme_load_balancing.h"
  63 #include "gromacs/ewald/pme_pp.h"
  64 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  65 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  66 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  67 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  68 #include "gromacs/listed_forces/manage_threading.h"
  69 #include "gromacs/math/functions.h"
  70 #include "gromacs/math/utilities.h"
  71 #include "gromacs/math/vec.h"
  72 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  73 #include "gromacs/mdlib/checkpointhandler.h"
  74 #include "gromacs/mdlib/compute_io.h"
  75 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  76 #include "gromacs/mdlib/ebin.h"
  77 #include "gromacs/mdlib/enerdata_utils.h"
  78 #include "gromacs/mdlib/energyoutput.h"
  79 #include "gromacs/mdlib/expanded.h"
  80 #include "gromacs/mdlib/force.h"
  81 #include "gromacs/mdlib/force_flags.h"
  82 #include "gromacs/mdlib/forcerec.h"
  83 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  84 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  85 #include "gromacs/mdlib/mdoutf.h"
  86 #include "gromacs/mdlib/membed.h"
  87 #include "gromacs/mdlib/resethandler.h"
  88 #include "gromacs/mdlib/sighandler.h"
  89 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  90 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  91 #include "gromacs/mdlib/stophandler.h"
  92 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  93 #include "gromacs/mdlib/trajectory_writing.h"
  94 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  95 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  96 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  97 #include "gromacs/mdrunutility/handlerestart.h"
  98 #include "gromacs/mdrunutility/multisim.h"
  99 #include "gromacs/mdrunutility/printtime.h"
 100 #include "gromacs/mdtypes/awh_history.h"
 101 #include "gromacs/mdtypes/awh_params.h"
 102 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
 103 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
 104 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
 105 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
 106 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
 107 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
 108 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
 109 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
 110 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
 111 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
 112 #include "gromacs/mdtypes/mdrunoptions.h"
 113 #include "gromacs/mdtypes/observableshistory.h"
 114 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
 115 #include "gromacs/mimic/utilities.h"
 116 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
 117 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
 118 #include "gromacs/pulling/pull.h"
 119 #include "gromacs/swap/swapcoords.h"
 120 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
 121 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
 122 #include "gromacs/topology/atoms.h"
 123 #include "gromacs/topology/idef.h"
 124 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
 125 #include "gromacs/topology/topology.h"
 126 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
 127 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 128 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
 129 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
 130 #include "gromacs/utility/logger.h"
 131 #include "gromacs/utility/real.h"
 132 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
 133
 134 #include "legacysimulator.h"
 135 #include "replicaexchange.h"
 136 #include "shellfc.h"
 137
 138 using gmx::SimulationSignaller;
 139
 140 /*! \brief Copy the state from \p rerunFrame to \p globalState and, if requested, construct vsites
 141  *
 142  * \param[in]     rerunFrame      The trajectory frame to compute energy/forces for
 143  * \param[in,out] globalState     The global state container
 144  * \param[in]     constructVsites When true, vsite coordinates are constructed
 145  * \param[in]     vsite           Vsite setup, can be nullptr when \p constructVsites = false
 146  * \param[in]     idef            Topology parameters, used for constructing vsites
 147  * \param[in]     timeStep        Time step, used for constructing vsites
 148  * \param[in]     forceRec        Force record, used for constructing vsites
 149  * \param[in,out] graph           The molecular graph, used for constructing vsites when != nullptr
 150  */
 151 static void prepareRerunState(const t_trxframe&  rerunFrame,
 152                               t_state*           globalState,
 153                               bool               constructVsites,
 154                               const gmx_vsite_t* vsite,
 155                               const t_idef&      idef,
 156                               double             timeStep,
 157                               const t_forcerec&  forceRec,
 158                               t_graph*           graph)
 159 {
 160     auto x      = makeArrayRef(globalState->x);
 161     auto rerunX = arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(rerunFrame.x), globalState->natoms);
 162     std::copy(rerunX.begin(), rerunX.end(), x.begin());
 163     copy_mat(rerunFrame.box, globalState->box);
 164
 165     if (constructVsites)
 166     {
 167         GMX_ASSERT(vsite, "Need valid vsite for constructing vsites");
 168
 169         if (graph)
 170         {
 171             /* Following is necessary because the graph may get out of sync
 172              * with the coordinates if we only have every N'th coordinate set
 173              */
 174             mk_mshift(nullptr, graph, forceRec.pbcType, globalState->box, globalState->x.rvec_array());
 175             shift_self(graph, globalState->box, as_rvec_array(globalState->x.data()));
 176         }
 177         construct_vsites(vsite, globalState->x.rvec_array(), timeStep, globalState->v.rvec_array(),
 178                          idef.iparams, idef.il, forceRec.pbcType, forceRec.bMolPBC, nullptr,
 179                          globalState->box);
 180         if (graph)
 181         {
 182             unshift_self(graph, globalState->box, globalState->x.rvec_array());
 183         }
 184     }
 185 }
 186
 187 void gmx::LegacySimulator::do_rerun()
 188 {
 189     // TODO Historically, the EM and MD "integrators" used different
 190     // names for the t_inputrec *parameter, but these must have the
 191     // same name, now that it's a member of a struct. We use this ir
 192     // alias to avoid a large ripple of nearly useless changes.
 193     // t_inputrec is being replaced by IMdpOptionsProvider, so this
 194     // will go away eventually.
 195     t_inputrec*                 ir = inputrec;
 196     int64_t                     step, step_rel;
 197     double                      t, lam0[efptNR];
 198     bool                        isLastStep               = false;
 199     bool                        doFreeEnergyPerturbation = false;
 200     unsigned int                force_flags;
 201     tensor                      force_vir, shake_vir, total_vir, pres;
 202     t_trxstatus*                status = nullptr;
 203     rvec                        mu_tot;
 204     t_trxframe                  rerun_fr;
 205     gmx_localtop_t              top;
 206     PaddedHostVector<gmx::RVec> f{};
 207     gmx_global_stat_t           gstat;
 208     t_graph*                    graph = nullptr;
 209     gmx_shellfc_t*              shellfc;
 210
 211     double cycles;
 212
 213     /* Domain decomposition could incorrectly miss a bonded
 214        interaction, but checking for that requires a global
 215        communication stage, which does not otherwise happen in DD
 216        code. So we do that alongside the first global energy reduction
 217        after a new DD is made. These variables handle whether the
 218        check happens, and the result it returns. */
 219     bool shouldCheckNumberOfBondedInteractions = false;
 220     int  totalNumberOfBondedInteractions       = -1;
 221
 222     SimulationSignals signals;
 223     // Most global communnication stages don't propagate mdrun
 224     // signals, and will use this object to achieve that.
 225     SimulationSignaller nullSignaller(nullptr, nullptr, nullptr, false, false);
 226
 227     GMX_LOG(mdlog.info)
 228             .asParagraph()
 229             .appendText(
 230                     "Note that it is planned that the command gmx mdrun -rerun will "
 231                     "be available in a different form in a future version of GROMACS, "
 232                     "e.g. gmx rerun -f.");
 233
 234     if (ir->efep != efepNO
 235         && (mdAtoms->mdatoms()->nMassPerturbed > 0 || (constr && constr->havePerturbedConstraints())))
 236     {
 237         gmx_fatal(FARGS,
 238                   "Perturbed masses or constraints are not supported by rerun. "
 239                   "Either make a .tpr without mass and constraint perturbation, "
 240                   "or use GROMACS 2018.4, 2018.5 or later 2018 version.");
 241     }
 242     if (ir->bExpanded)
 243     {
 244         gmx_fatal(FARGS, "Expanded ensemble not supported by rerun.");
 245     }
 246     if (ir->bSimTemp)
 247     {
 248         gmx_fatal(FARGS, "Simulated tempering not supported by rerun.");
 249     }
 250     if (ir->bDoAwh)
 251     {
 252         gmx_fatal(FARGS, "AWH not supported by rerun.");
 253     }
 254     if (replExParams.exchangeInterval > 0)
 255     {
 256         gmx_fatal(FARGS, "Replica exchange not supported by rerun.");
 257     }
 258     if (opt2bSet("-ei", nfile, fnm) || observablesHistory->edsamHistory != nullptr)
 259     {
 260         gmx_fatal(FARGS, "Essential dynamics not supported by rerun.");
 261     }
 262     if (ir->bIMD)
 263     {
 264         gmx_fatal(FARGS, "Interactive MD not supported by rerun.");
 265     }
 266     if (isMultiSim(ms))
 267     {
 268         gmx_fatal(FARGS, "Multiple simulations not supported by rerun.");
 269     }
 270     if (std::any_of(ir->opts.annealing, ir->opts.annealing + ir->opts.ngtc,
 271                     [](int i) { return i != eannNO; }))
 272     {
 273         gmx_fatal(FARGS, "Simulated annealing not supported by rerun.");
 274     }
 275
 276     /* Rerun can't work if an output file name is the same as the input file name.
 277      * If this is the case, the user will get an error telling them what the issue is.
 278      */
 279     if (strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-o", nfile, fnm)) == 0
 280         || strcmp(opt2fn("-rerun", nfile, fnm), opt2fn("-x", nfile, fnm)) == 0)
 281     {
 282         gmx_fatal(FARGS,
 283                   "When using mdrun -rerun, the name of the input trajectory file "
 284                   "%s cannot be identical to the name of an output file (whether "
 285                   "given explicitly with -o or -x, or by default)",
 286                   opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 287     }
 288
 289     /* Settings for rerun */
 290     ir->nstlist              = 1;
 291     ir->nstcalcenergy        = 1;
 292     int        nstglobalcomm = 1;
 293     const bool bNS           = true;
 294
 295     ir->nstxout_compressed   = 0;
 296     SimulationGroups* groups = &top_global->groups;
 297     if (ir->eI == eiMimic)
 298     {
 299         top_global->intermolecularExclusionGroup = genQmmmIndices(*top_global);
 300     }
 301
 302     initialize_lambdas(fplog, *ir, MASTER(cr), &state_global->fep_state, state_global->lambda, lam0);
 303     const bool        simulationsShareState = false;
 304     gmx_mdoutf*       outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, mdrunOptions, cr, outputProvider,
 305                                    mdModulesNotifier, ir, top_global, oenv, wcycle,
 306                                    StartingBehavior::NewSimulation, simulationsShareState, ms);
 307     gmx::EnergyOutput energyOutput(mdoutf_get_fp_ene(outf), top_global, ir, pull_work,
 308                                    mdoutf_get_fp_dhdl(outf), true, StartingBehavior::NewSimulation,
 309                                    mdModulesNotifier);
 310
 311     gstat = global_stat_init(ir);
 312
 313     /* Check for polarizable models and flexible constraints */
 314     shellfc = init_shell_flexcon(fplog, top_global, constr ? constr->numFlexibleConstraints() : 0,
 315                                  ir->nstcalcenergy, DOMAINDECOMP(cr));
 316
 317     {
 318         double io = compute_io(ir, top_global->natoms, *groups, energyOutput.numEnergyTerms(), 1);
 319         if ((io > 2000) && MASTER(cr))
 320         {
 321             fprintf(stderr, "\nWARNING: This run will generate roughly %.0f Mb of data\n\n", io);
 322         }
 323     }
 324
 325     // Local state only becomes valid now.
 326     std::unique_ptr<t_state> stateInstance;
 327     t_state*                 state;
 328
 329     if (DOMAINDECOMP(cr))
 330     {
 331         dd_init_local_top(*top_global, &top);
 332
 333         stateInstance = std::make_unique<t_state>();
 334         state         = stateInstance.get();
 335         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, state);
 336
 337         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 338         dd_partition_system(fplog, mdlog, ir->init_step, cr, TRUE, 1, state_global, *top_global, ir,
 339                             imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top, fr, vsite, constr,
 340                             nrnb, nullptr, FALSE);
 341         shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 342     }
 343     else
 344     {
 345         state_change_natoms(state_global, state_global->natoms);
 346         /* We need to allocate one element extra, since we might use
 347          * (unaligned) 4-wide SIMD loads to access rvec entries.
 348          */
 349         f.resizeWithPadding(state_global->natoms);
 350         /* Copy the pointer to the global state */
 351         state = state_global;
 352
 353         mdAlgorithmsSetupAtomData(cr, ir, *top_global, &top, fr, &graph, mdAtoms, constr, vsite, shellfc);
 354     }
 355
 356     auto mdatoms = mdAtoms->mdatoms();
 357
 358     // NOTE: The global state is no longer used at this point.
 359     // But state_global is still used as temporary storage space for writing
 360     // the global state to file and potentially for replica exchange.
 361     // (Global topology should persist.)
 362
 363     update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 364
 365     if (ir->efep != efepNO && ir->fepvals->nstdhdl != 0)
 366     {
 367         doFreeEnergyPerturbation = true;
 368     }
 369
 370     {
 371         int cglo_flags =
 372                 (CGLO_GSTAT
 373                  | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0));
 374         bool   bSumEkinhOld = false;
 375         t_vcm* vcm          = nullptr;
 376         compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 377                         makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms, nrnb,
 378                         vcm, nullptr, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr, &nullSignaller,
 379                         state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld, cglo_flags);
 380     }
 381     checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global, &top,
 382                                     makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 383                                     &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 384
 385     if (MASTER(cr))
 386     {
 387         fprintf(stderr,
 388                 "starting md rerun '%s', reading coordinates from"
 389                 " input trajectory '%s'\n\n",
 390                 *(top_global->name), opt2fn("-rerun", nfile, fnm));
 391         if (mdrunOptions.verbose)
 392         {
 393             fprintf(stderr,
 394                     "Calculated time to finish depends on nsteps from "
 395                     "run input file,\nwhich may not correspond to the time "
 396                     "needed to process input trajectory.\n\n");
 397         }
 398         fprintf(fplog, "\n");
 399     }
 400
 401     walltime_accounting_start_time(walltime_accounting);
 402     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 403     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, "mdrun");
 404
 405     /***********************************************************
 406      *
 407      *             Loop over MD steps
 408      *
 409      ************************************************************/
 410
 411     if (constr)
 412     {
 413         GMX_LOG(mdlog.info)
 414                 .asParagraph()
 415                 .appendText("Simulations has constraints. Rerun does not recalculate constraints.");
 416     }
 417
 418     rerun_fr.natoms = 0;
 419     if (MASTER(cr))
 420     {
 421         isLastStep = !read_first_frame(oenv, &status, opt2fn("-rerun", nfile, fnm), &rerun_fr, TRX_NEED_X);
 422         if (rerun_fr.natoms != top_global->natoms)
 423         {
 424             gmx_fatal(FARGS,
 425                       "Number of atoms in trajectory (%d) does not match the "
 426                       "run input file (%d)\n",
 427                       rerun_fr.natoms, top_global->natoms);
 428         }
 429
 430         if (ir->pbcType != PbcType::No)
 431         {
 432             if (!rerun_fr.bBox)
 433             {
 434                 gmx_fatal(FARGS,
 435                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 436                           " time %f "
 437                           "does not contain a box, while pbc is used",
 438                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 439             }
 440             if (max_cutoff2(ir->pbcType, rerun_fr.box) < gmx::square(fr->rlist))
 441             {
 442                 gmx_fatal(FARGS,
 443                           "Rerun trajectory frame step %" PRId64
 444                           " time %f "
 445                           "has too small box dimensions",
 446                           rerun_fr.step, rerun_fr.time);
 447             }
 448         }
 449     }
 450
 451     GMX_LOG(mdlog.info)
 452             .asParagraph()
 453             .appendText(
 454                     "Rerun does not report kinetic energy, total energy, temperature, virial and "
 455                     "pressure.");
 456
 457     if (PAR(cr))
 458     {
 459         rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 460     }
 461
 462     if (ir->pbcType != PbcType::No)
 463     {
 464         /* Set the shift vectors.
 465          * Necessary here when have a static box different from the tpr box.
 466          */
 467         calc_shifts(rerun_fr.box, fr->shift_vec);
 468     }
 469
 470     auto stopHandler = stopHandlerBuilder->getStopHandlerMD(
 471             compat::not_null<SimulationSignal*>(&signals[eglsSTOPCOND]), false, MASTER(cr),
 472             ir->nstlist, mdrunOptions.reproducible, nstglobalcomm, mdrunOptions.maximumHoursToRun,
 473             ir->nstlist == 0, fplog, step, bNS, walltime_accounting);
 474
 475     // we don't do counter resetting in rerun - finish will always be valid
 476     walltime_accounting_set_valid_finish(walltime_accounting);
 477
 478     const DDBalanceRegionHandler ddBalanceRegionHandler(cr);
 479
 480     step     = ir->init_step;
 481     step_rel = 0;
 482
 483     /* and stop now if we should */
 484     isLastStep = (isLastStep || (ir->nsteps >= 0 && step_rel > ir->nsteps));
 485     while (!isLastStep)
 486     {
 487         wallcycle_start(wcycle, ewcSTEP);
 488
 489         if (rerun_fr.bStep)
 490         {
 491             step     = rerun_fr.step;
 492             step_rel = step - ir->init_step;
 493         }
 494         if (rerun_fr.bTime)
 495         {
 496             t = rerun_fr.time;
 497         }
 498         else
 499         {
 500             t = step;
 501         }
 502
 503         if (ir->efep != efepNO && MASTER(cr))
 504         {
 505             setCurrentLambdasRerun(step, ir->fepvals, &rerun_fr, lam0, state_global);
 506         }
 507
 508         if (MASTER(cr))
 509         {
 510             const bool constructVsites = ((vsite != nullptr) && mdrunOptions.rerunConstructVsites);
 511             if (constructVsites && DOMAINDECOMP(cr))
 512             {
 513                 gmx_fatal(FARGS,
 514                           "Vsite recalculation with -rerun is not implemented with domain "
 515                           "decomposition, "
 516                           "use a single rank");
 517             }
 518             prepareRerunState(rerun_fr, state_global, constructVsites, vsite, top.idef, ir->delta_t,
 519                               *fr, graph);
 520         }
 521
 522         isLastStep = isLastStep || stopHandler->stoppingAfterCurrentStep(bNS);
 523
 524         if (DOMAINDECOMP(cr))
 525         {
 526             /* Repartition the domain decomposition */
 527             const bool bMasterState = true;
 528             dd_partition_system(fplog, mdlog, step, cr, bMasterState, nstglobalcomm, state_global,
 529                                 *top_global, ir, imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top,
 530                                 fr, vsite, constr, nrnb, wcycle, mdrunOptions.verbose);
 531             shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 532         }
 533
 534         if (MASTER(cr))
 535         {
 536             energyOutput.printHeader(fplog, step, t); /* can we improve the information printed here? */
 537         }
 538
 539         if (ir->efep != efepNO)
 540         {
 541             update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 542         }
 543
 544         force_flags = (GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_DYNAMICBOX | GMX_FORCE_ALLFORCES
 545                        | GMX_FORCE_VIRIAL | // TODO: Get rid of this once #2649 and #3400 are solved
 546                        GMX_FORCE_ENERGY | (doFreeEnergyPerturbation ? GMX_FORCE_DHDL : 0));
 547
 548         if (shellfc)
 549         {
 550             /* Now is the time to relax the shells */
 551             relax_shell_flexcon(fplog, cr, ms, mdrunOptions.verbose, enforcedRotation, step, ir,
 552                                 imdSession, pull_work, bNS, force_flags, &top, constr, enerd, fcd,
 553                                 state->natoms, state->x.arrayRefWithPadding(),
 554                                 state->v.arrayRefWithPadding(), state->box, state->lambda, &state->hist,
 555                                 f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, nrnb, wcycle, graph,
 556                                 shellfc, fr, runScheduleWork, t, mu_tot, vsite, ddBalanceRegionHandler);
 557         }
 558         else
 559         {
 560             /* The coordinates (x) are shifted (to get whole molecules)
 561              * in do_force.
 562              * This is parallellized as well, and does communication too.
 563              * Check comments in sim_util.c
 564              */
 565             Awh*       awh = nullptr;
 566             gmx_edsam* ed  = nullptr;
 567             do_force(fplog, cr, ms, ir, awh, enforcedRotation, imdSession, pull_work, step, nrnb,
 568                      wcycle, &top, state->box, state->x.arrayRefWithPadding(), &state->hist,
 569                      f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, enerd, fcd, state->lambda, graph,
 570                      fr, runScheduleWork, vsite, mu_tot, t, ed, GMX_FORCE_NS | force_flags,
 571                      ddBalanceRegionHandler);
 572         }
 573
 574         /* Now we have the energies and forces corresponding to the
 575          * coordinates at time t.
 576          */
 577         {
 578             const bool isCheckpointingStep = false;
 579             const bool doRerun             = true;
 580             const bool bSumEkinhOld        = false;
 581             do_md_trajectory_writing(fplog, cr, nfile, fnm, step, step_rel, t, ir, state,
 582                                      state_global, observablesHistory, top_global, fr, outf,
 583                                      energyOutput, ekind, f, isCheckpointingStep, doRerun,
 584                                      isLastStep, mdrunOptions.writeConfout, bSumEkinhOld);
 585         }
 586
 587         stopHandler->setSignal();
 588
 589         if (graph)
 590         {
 591             /* Need to unshift here */
 592             unshift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 593         }
 594
 595         if (vsite != nullptr)
 596         {
 597             wallcycle_start(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 598             if (graph != nullptr)
 599             {
 600                 shift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 601             }
 602             construct_vsites(vsite, as_rvec_array(state->x.data()), ir->delta_t,
 603                              as_rvec_array(state->v.data()), top.idef.iparams, top.idef.il,
 604                              fr->pbcType, fr->bMolPBC, cr, state->box);
 605
 606             if (graph != nullptr)
 607             {
 608                 unshift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 609             }
 610             wallcycle_stop(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 611         }
 612
 613         {
 614             const bool          doInterSimSignal = false;
 615             const bool          doIntraSimSignal = true;
 616             bool                bSumEkinhOld     = false;
 617             t_vcm*              vcm              = nullptr;
 618             SimulationSignaller signaller(&signals, cr, ms, doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 619
 620             compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, makeConstArrayRef(state->x),
 621                             makeConstArrayRef(state->v), state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms,
 622                             nrnb, vcm, wcycle, enerd, force_vir, shake_vir, total_vir, pres, constr,
 623                             &signaller, state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld,
 624                             CGLO_GSTAT | CGLO_ENERGY
 625                                     | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 626                                                                              : 0));
 627             checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global,
 628                                             &top, makeConstArrayRef(state->x), state->box,
 629                                             &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 630         }
 631
 632         /* Note: this is OK, but there are some numerical precision issues with using the convergence of
 633            the virial that should probably be addressed eventually. state->veta has better properies,
 634            but what we actually need entering the new cycle is the new shake_vir value. Ideally, we could
 635            generate the new shake_vir, but test the veta value for convergence.  This will take some thought. */
 636
 637         if (ir->efep != efepNO)
 638         {
 639             /* Sum up the foreign energy and dhdl terms for md and sd.
 640                Currently done every step so that dhdl is correct in the .edr */
 641             sum_dhdl(enerd, state->lambda, *ir->fepvals);
 642         }
 643
 644         /* Output stuff */
 645         if (MASTER(cr))
 646         {
 647             const bool bCalcEnerStep = true;
 648             energyOutput.addDataAtEnergyStep(doFreeEnergyPerturbation, bCalcEnerStep, t,
 649                                              mdatoms->tmass, enerd, state, ir->fepvals,
 650                                              ir->expandedvals, state->box, shake_vir, force_vir,
 651                                              total_vir, pres, ekind, mu_tot, constr);
 652
 653             const bool do_ene = true;
 654             const bool do_log = true;
 655             Awh*       awh    = nullptr;
 656             const bool do_dr  = ir->nstdisreout != 0;
 657             const bool do_or  = ir->nstorireout != 0;
 658
 659             energyOutput.printAnnealingTemperatures(do_log ? fplog : nullptr, groups, &(ir->opts));
 660             energyOutput.printStepToEnergyFile(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, do_dr, do_or,
 661                                                do_log ? fplog : nullptr, step, t, fcd, awh);
 662
 663             if (do_per_step(step, ir->nstlog))
 664             {
 665                 if (fflush(fplog) != 0)
 666                 {
 667                     gmx_fatal(FARGS, "Cannot flush logfile - maybe you are out of disk space?");
 668                 }
 669             }
 670         }
 671
 672         /* Print the remaining wall clock time for the run */
 673         if (isMasterSimMasterRank(ms, MASTER(cr)) && (mdrunOptions.verbose || gmx_got_usr_signal()))
 674         {
 675             if (shellfc)
 676             {
 677                 fprintf(stderr, "\n");
 678             }
 679             print_time(stderr, walltime_accounting, step, ir, cr);
 680         }
 681
 682         /* Ion/water position swapping.
 683          * Not done in last step since trajectory writing happens before this call
 684          * in the MD loop and exchanges would be lost anyway. */
 685         if ((ir->eSwapCoords != eswapNO) && (step > 0) && !isLastStep && do_per_step(step, ir->swap->nstswap))
 686         {
 687             const bool doRerun = true;
 688             do_swapcoords(cr, step, t, ir, swap, wcycle, rerun_fr.x, rerun_fr.box,
 689                           MASTER(cr) && mdrunOptions.verbose, doRerun);
 690         }
 691
 692         if (MASTER(cr))
 693         {
 694             /* read next frame from input trajectory */
 695             isLastStep = !read_next_frame(oenv, status, &rerun_fr);
 696         }
 697
 698         if (PAR(cr))
 699         {
 700             rerun_parallel_comm(cr, &rerun_fr, &isLastStep);
 701         }
 702
 703         cycles = wallcycle_stop(wcycle, ewcSTEP);
 704         if (DOMAINDECOMP(cr) && wcycle)
 705         {
 706             dd_cycles_add(cr->dd, cycles, ddCyclStep);
 707         }
 708
 709         if (!rerun_fr.bStep)
 710         {
 711             /* increase the MD step number */
 712             step++;
 713             step_rel++;
 714         }
 715     }
 716     /* End of main MD loop */
 717
 718     /* Closing TNG files can include compressing data. Therefore it is good to do that
 719      * before stopping the time measurements. */
 720     mdoutf_tng_close(outf);
 721
 722     /* Stop measuring walltime */
 723     walltime_accounting_end_time(walltime_accounting);
 724
 725     if (MASTER(cr))
 726     {
 727         close_trx(status);
 728     }
 729
 730     if (!thisRankHasDuty(cr, DUTY_PME))
 731     {
 732         /* Tell the PME only node to finish */
 733         gmx_pme_send_finish(cr);
 734     }
 735
 736     done_mdoutf(outf);
 737
 738     done_shellfc(fplog, shellfc, step_rel);
 739
 740     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step_rel);
 741 }