src/gromacs/mdrun/mimic.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief Declares the loop for MiMiC QM/MM
  39  *
  40  * \author Viacheslav Bolnykh <v.bolnykh@hpc-leap.eu>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include <cinttypes>
  46 #include <cmath>
  47 #include <cstdio>
  48 #include <cstdlib>
  49
  50 #include <algorithm>
  51 #include <memory>
  52
  53 #include "gromacs/awh/awh.h"
  54 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  55 #include "gromacs/domdec/collect.h"
  56 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  57 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  58 #include "gromacs/domdec/domdec_network.h"
  59 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  60 #include "gromacs/domdec/mdsetup.h"
  61 #include "gromacs/domdec/partition.h"
  62 #include "gromacs/essentialdynamics/edsam.h"
  63 #include "gromacs/ewald/pme.h"
  64 #include "gromacs/ewald/pme_load_balancing.h"
  65 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  66 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  67 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  68 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  69 #include "gromacs/listed_forces/manage_threading.h"
  70 #include "gromacs/math/functions.h"
  71 #include "gromacs/math/utilities.h"
  72 #include "gromacs/math/vec.h"
  73 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  74 #include "gromacs/mdlib/checkpointhandler.h"
  75 #include "gromacs/mdlib/compute_io.h"
  76 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  77 #include "gromacs/mdlib/ebin.h"
  78 #include "gromacs/mdlib/enerdata_utils.h"
  79 #include "gromacs/mdlib/energyoutput.h"
  80 #include "gromacs/mdlib/expanded.h"
  81 #include "gromacs/mdlib/force.h"
  82 #include "gromacs/mdlib/force_flags.h"
  83 #include "gromacs/mdlib/forcerec.h"
  84 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  85 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  86 #include "gromacs/mdlib/mdoutf.h"
  87 #include "gromacs/mdlib/membed.h"
  88 #include "gromacs/mdlib/resethandler.h"
  89 #include "gromacs/mdlib/sighandler.h"
  90 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  91 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  92 #include "gromacs/mdlib/stophandler.h"
  93 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  94 #include "gromacs/mdlib/trajectory_writing.h"
  95 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  96 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  97 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  98 #include "gromacs/mdrunutility/handlerestart.h"
  99 #include "gromacs/mdrunutility/multisim.h"
 100 #include "gromacs/mdrunutility/printtime.h"
 101 #include "gromacs/mdtypes/awh_history.h"
 102 #include "gromacs/mdtypes/awh_params.h"
 103 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
 104 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
 105 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
 106 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
 107 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
 108 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
 109 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
 110 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
 111 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
 112 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
 113 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
 114 #include "gromacs/mdtypes/mdrunoptions.h"
 115 #include "gromacs/mdtypes/observableshistory.h"
 116 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
 117 #include "gromacs/mimic/communicator.h"
 118 #include "gromacs/mimic/utilities.h"
 119 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
 120 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
 121 #include "gromacs/pulling/pull.h"
 122 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
 123 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
 124 #include "gromacs/topology/atoms.h"
 125 #include "gromacs/topology/idef.h"
 126 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
 127 #include "gromacs/topology/topology.h"
 128 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
 129 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 130 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
 131 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
 132 #include "gromacs/utility/logger.h"
 133 #include "gromacs/utility/real.h"
 134 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
 135
 136 #include "legacysimulator.h"
 137 #include "replicaexchange.h"
 138 #include "shellfc.h"
 139
 140 using gmx::SimulationSignaller;
 141
 142 void gmx::LegacySimulator::do_mimic()
 143 {
 144     t_inputrec*                 ir = inputrec;
 145     int64_t                     step, step_rel;
 146     double                      t, lam0[efptNR];
 147     bool                        isLastStep               = false;
 148     bool                        doFreeEnergyPerturbation = false;
 149     unsigned int                force_flags;
 150     tensor                      force_vir, shake_vir, total_vir, pres;
 151     rvec                        mu_tot;
 152     gmx_localtop_t              top;
 153     PaddedHostVector<gmx::RVec> f{};
 154     gmx_global_stat_t           gstat;
 155     t_graph*                    graph = nullptr;
 156     gmx_shellfc_t*              shellfc;
 157
 158     double cycles;
 159
 160     /* Domain decomposition could incorrectly miss a bonded
 161        interaction, but checking for that requires a global
 162        communication stage, which does not otherwise happen in DD
 163        code. So we do that alongside the first global energy reduction
 164        after a new DD is made. These variables handle whether the
 165        check happens, and the result it returns. */
 166     bool shouldCheckNumberOfBondedInteractions = false;
 167     int  totalNumberOfBondedInteractions       = -1;
 168
 169     SimulationSignals signals;
 170     // Most global communnication stages don't propagate mdrun
 171     // signals, and will use this object to achieve that.
 172     SimulationSignaller nullSignaller(nullptr, nullptr, nullptr, false, false);
 173
 174     if (ir->bExpanded)
 175     {
 176         gmx_fatal(FARGS, "Expanded ensemble not supported by MiMiC.");
 177     }
 178     if (ir->bSimTemp)
 179     {
 180         gmx_fatal(FARGS, "Simulated tempering not supported by MiMiC.");
 181     }
 182     if (ir->bDoAwh)
 183     {
 184         gmx_fatal(FARGS, "AWH not supported by MiMiC.");
 185     }
 186     if (replExParams.exchangeInterval > 0)
 187     {
 188         gmx_fatal(FARGS, "Replica exchange not supported by MiMiC.");
 189     }
 190     if (opt2bSet("-ei", nfile, fnm) || observablesHistory->edsamHistory != nullptr)
 191     {
 192         gmx_fatal(FARGS, "Essential dynamics not supported by MiMiC.");
 193     }
 194     if (ir->bIMD)
 195     {
 196         gmx_fatal(FARGS, "Interactive MD not supported by MiMiC.");
 197     }
 198     if (isMultiSim(ms))
 199     {
 200         gmx_fatal(FARGS, "Multiple simulations not supported by MiMiC.");
 201     }
 202     if (std::any_of(ir->opts.annealing, ir->opts.annealing + ir->opts.ngtc,
 203                     [](int i) { return i != eannNO; }))
 204     {
 205         gmx_fatal(FARGS, "Simulated annealing not supported by MiMiC.");
 206     }
 207
 208     /* Settings for rerun */
 209     ir->nstlist              = 1;
 210     ir->nstcalcenergy        = 1;
 211     int        nstglobalcomm = 1;
 212     const bool bNS           = true;
 213
 214     // Communicator to interact with MiMiC
 215     MimicCommunicator mimicCommunicator{};
 216     if (MASTER(cr))
 217     {
 218         mimicCommunicator.init();
 219         mimicCommunicator.sendInitData(top_global, state_global->x);
 220         ir->nsteps = mimicCommunicator.getStepNumber();
 221     }
 222
 223     ir->nstxout_compressed                   = 0;
 224     SimulationGroups* groups                 = &top_global->groups;
 225     top_global->intermolecularExclusionGroup = genQmmmIndices(*top_global);
 226
 227     initialize_lambdas(fplog, *ir, MASTER(cr), &state_global->fep_state, state_global->lambda, lam0);
 228
 229     gmx_mdoutf* outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, mdrunOptions, cr, outputProvider, mdModulesNotifier,
 230                                    ir, top_global, oenv, wcycle, StartingBehavior::NewSimulation);
 231     gmx::EnergyOutput energyOutput(mdoutf_get_fp_ene(outf), top_global, ir, pull_work,
 232                                    mdoutf_get_fp_dhdl(outf), true, mdModulesNotifier);
 233
 234     gstat = global_stat_init(ir);
 235
 236     /* Check for polarizable models and flexible constraints */
 237     shellfc = init_shell_flexcon(fplog, top_global, constr ? constr->numFlexibleConstraints() : 0,
 238                                  ir->nstcalcenergy, DOMAINDECOMP(cr));
 239
 240     {
 241         double io = compute_io(ir, top_global->natoms, *groups, energyOutput.numEnergyTerms(), 1);
 242         if ((io > 2000) && MASTER(cr))
 243         {
 244             fprintf(stderr, "\nWARNING: This run will generate roughly %.0f Mb of data\n\n", io);
 245         }
 246     }
 247
 248     // Local state only becomes valid now.
 249     std::unique_ptr<t_state> stateInstance;
 250     t_state*                 state;
 251
 252     if (DOMAINDECOMP(cr))
 253     {
 254         dd_init_local_top(*top_global, &top);
 255
 256         stateInstance = std::make_unique<t_state>();
 257         state         = stateInstance.get();
 258         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, state);
 259
 260         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 261         dd_partition_system(fplog, mdlog, ir->init_step, cr, TRUE, 1, state_global, *top_global, ir,
 262                             imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top, fr, vsite, constr,
 263                             nrnb, nullptr, FALSE);
 264         shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 265         gmx_bcast(sizeof(ir->nsteps), &ir->nsteps, cr);
 266     }
 267     else
 268     {
 269         state_change_natoms(state_global, state_global->natoms);
 270         /* We need to allocate one element extra, since we might use
 271          * (unaligned) 4-wide SIMD loads to access rvec entries.
 272          */
 273         f.resizeWithPadding(state_global->natoms);
 274         /* Copy the pointer to the global state */
 275         state = state_global;
 276
 277         mdAlgorithmsSetupAtomData(cr, ir, *top_global, &top, fr, &graph, mdAtoms, constr, vsite, shellfc);
 278     }
 279
 280     auto mdatoms = mdAtoms->mdatoms();
 281
 282     // NOTE: The global state is no longer used at this point.
 283     // But state_global is still used as temporary storage space for writing
 284     // the global state to file and potentially for replica exchange.
 285     // (Global topology should persist.)
 286
 287     update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 288
 289     if (ir->efep != efepNO && ir->fepvals->nstdhdl != 0)
 290     {
 291         doFreeEnergyPerturbation = true;
 292     }
 293
 294     {
 295         int cglo_flags =
 296                 (CGLO_GSTAT
 297                  | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0));
 298         bool   bSumEkinhOld = false;
 299         t_vcm* vcm          = nullptr;
 300         compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, state->x.rvec_array(), state->v.rvec_array(),
 301                         state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms, nrnb, vcm, nullptr, enerd,
 302                         force_vir, shake_vir, total_vir, pres, mu_tot, constr, &nullSignaller,
 303                         state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld, cglo_flags);
 304     }
 305     checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global, &top,
 306                                     state->x.rvec_array(), state->box,
 307                                     &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 308
 309     if (MASTER(cr))
 310     {
 311         fprintf(stderr, "starting MiMiC MD run '%s'\n\n", *(top_global->name));
 312         if (mdrunOptions.verbose)
 313         {
 314             fprintf(stderr,
 315                     "Calculated time to finish depends on nsteps from "
 316                     "run input file,\nwhich may not correspond to the time "
 317                     "needed to process input trajectory.\n\n");
 318         }
 319         fprintf(fplog, "\n");
 320     }
 321
 322     walltime_accounting_start_time(walltime_accounting);
 323     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 324     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, "mdrun");
 325
 326     /***********************************************************
 327      *
 328      *             Loop over MD steps
 329      *
 330      ************************************************************/
 331
 332     if (constr)
 333     {
 334         GMX_LOG(mdlog.info)
 335                 .asParagraph()
 336                 .appendText(
 337                         "Simulations has constraints. Constraints will "
 338                         "be handled by CPMD.");
 339     }
 340
 341     GMX_LOG(mdlog.info)
 342             .asParagraph()
 343             .appendText(
 344                     "MiMiC does not report kinetic energy, total energy, temperature, virial and "
 345                     "pressure.");
 346
 347     auto stopHandler = stopHandlerBuilder->getStopHandlerMD(
 348             compat::not_null<SimulationSignal*>(&signals[eglsSTOPCOND]), false, MASTER(cr),
 349             ir->nstlist, mdrunOptions.reproducible, nstglobalcomm, mdrunOptions.maximumHoursToRun,
 350             ir->nstlist == 0, fplog, step, bNS, walltime_accounting);
 351
 352     // we don't do counter resetting in rerun - finish will always be valid
 353     walltime_accounting_set_valid_finish(walltime_accounting);
 354
 355     const DDBalanceRegionHandler ddBalanceRegionHandler(cr);
 356
 357     step     = ir->init_step;
 358     step_rel = 0;
 359
 360     /* and stop now if we should */
 361     isLastStep = (isLastStep || (ir->nsteps >= 0 && step_rel > ir->nsteps));
 362     while (!isLastStep)
 363     {
 364         isLastStep = (isLastStep || (ir->nsteps >= 0 && step_rel == ir->nsteps));
 365         wallcycle_start(wcycle, ewcSTEP);
 366
 367         t = step;
 368
 369         if (MASTER(cr))
 370         {
 371             mimicCommunicator.getCoords(&state_global->x, state_global->natoms);
 372         }
 373
 374         if (ir->efep != efepNO)
 375         {
 376             setCurrentLambdasLocal(step, ir->fepvals, lam0, state->lambda, state->fep_state);
 377         }
 378
 379         if (MASTER(cr))
 380         {
 381             const bool constructVsites = ((vsite != nullptr) && mdrunOptions.rerunConstructVsites);
 382             if (constructVsites && DOMAINDECOMP(cr))
 383             {
 384                 gmx_fatal(FARGS,
 385                           "Vsite recalculation with -rerun is not implemented with domain "
 386                           "decomposition, "
 387                           "use a single rank");
 388             }
 389         }
 390
 391         if (DOMAINDECOMP(cr))
 392         {
 393             /* Repartition the domain decomposition */
 394             const bool bMasterState = true;
 395             dd_partition_system(fplog, mdlog, step, cr, bMasterState, nstglobalcomm, state_global,
 396                                 *top_global, ir, imdSession, pull_work, state, &f, mdAtoms, &top,
 397                                 fr, vsite, constr, nrnb, wcycle, mdrunOptions.verbose);
 398             shouldCheckNumberOfBondedInteractions = true;
 399         }
 400
 401         if (MASTER(cr))
 402         {
 403             energyOutput.printHeader(fplog, step, t); /* can we improve the information printed here? */
 404         }
 405
 406         if (ir->efep != efepNO)
 407         {
 408             update_mdatoms(mdatoms, state->lambda[efptMASS]);
 409         }
 410
 411         force_flags = (GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_DYNAMICBOX | GMX_FORCE_ALLFORCES
 412                        | GMX_FORCE_VIRIAL | // TODO: Get rid of this once #2649 is solved
 413                        GMX_FORCE_ENERGY | (doFreeEnergyPerturbation ? GMX_FORCE_DHDL : 0));
 414
 415         if (shellfc)
 416         {
 417             /* Now is the time to relax the shells */
 418             relax_shell_flexcon(fplog, cr, ms, mdrunOptions.verbose, enforcedRotation, step, ir,
 419                                 imdSession, pull_work, bNS, force_flags, &top, constr, enerd, fcd,
 420                                 state->natoms, state->x.arrayRefWithPadding(),
 421                                 state->v.arrayRefWithPadding(), state->box, state->lambda, &state->hist,
 422                                 f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, nrnb, wcycle, graph,
 423                                 shellfc, fr, runScheduleWork, t, mu_tot, vsite, ddBalanceRegionHandler);
 424         }
 425         else
 426         {
 427             /* The coordinates (x) are shifted (to get whole molecules)
 428              * in do_force.
 429              * This is parallellized as well, and does communication too.
 430              * Check comments in sim_util.c
 431              */
 432             Awh*       awh = nullptr;
 433             gmx_edsam* ed  = nullptr;
 434             do_force(fplog, cr, ms, ir, awh, enforcedRotation, imdSession, pull_work, step, nrnb,
 435                      wcycle, &top, state->box, state->x.arrayRefWithPadding(), &state->hist,
 436                      f.arrayRefWithPadding(), force_vir, mdatoms, enerd, fcd, state->lambda, graph,
 437                      fr, runScheduleWork, vsite, mu_tot, t, ed, GMX_FORCE_NS | force_flags,
 438                      ddBalanceRegionHandler);
 439         }
 440
 441         /* Now we have the energies and forces corresponding to the
 442          * coordinates at time t.
 443          */
 444         {
 445             const bool isCheckpointingStep = false;
 446             const bool doRerun             = false;
 447             const bool bSumEkinhOld        = false;
 448             do_md_trajectory_writing(fplog, cr, nfile, fnm, step, step_rel, t, ir, state,
 449                                      state_global, observablesHistory, top_global, fr, outf,
 450                                      energyOutput, ekind, f, isCheckpointingStep, doRerun,
 451                                      isLastStep, mdrunOptions.writeConfout, bSumEkinhOld);
 452         }
 453
 454         stopHandler->setSignal();
 455
 456         if (graph)
 457         {
 458             /* Need to unshift here */
 459             unshift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 460         }
 461
 462         if (vsite != nullptr)
 463         {
 464             wallcycle_start(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 465             if (graph != nullptr)
 466             {
 467                 shift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 468             }
 469             construct_vsites(vsite, as_rvec_array(state->x.data()), ir->delta_t,
 470                              as_rvec_array(state->v.data()), top.idef.iparams, top.idef.il,
 471                              fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, state->box);
 472
 473             if (graph != nullptr)
 474             {
 475                 unshift_self(graph, state->box, as_rvec_array(state->x.data()));
 476             }
 477             wallcycle_stop(wcycle, ewcVSITECONSTR);
 478         }
 479
 480         {
 481             const bool          doInterSimSignal = false;
 482             const bool          doIntraSimSignal = true;
 483             bool                bSumEkinhOld     = false;
 484             t_vcm*              vcm              = nullptr;
 485             SimulationSignaller signaller(&signals, cr, ms, doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 486
 487             compute_globals(gstat, cr, ir, fr, ekind, state->x.rvec_array(), state->v.rvec_array(),
 488                             state->box, state->lambda[efptVDW], mdatoms, nrnb, vcm, wcycle, enerd,
 489                             nullptr, nullptr, nullptr, nullptr, mu_tot, constr, &signaller,
 490                             state->box, &totalNumberOfBondedInteractions, &bSumEkinhOld,
 491                             CGLO_GSTAT | CGLO_ENERGY
 492                                     | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 493                                                                              : 0));
 494             checkNumberOfBondedInteractions(mdlog, cr, totalNumberOfBondedInteractions, top_global,
 495                                             &top, state->x.rvec_array(), state->box,
 496                                             &shouldCheckNumberOfBondedInteractions);
 497         }
 498
 499         {
 500             gmx::HostVector<gmx::RVec>     fglobal(top_global->natoms);
 501             gmx::ArrayRef<gmx::RVec>       ftemp;
 502             gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> flocal = gmx::makeArrayRef(f);
 503             if (DOMAINDECOMP(cr))
 504             {
 505                 ftemp = gmx::makeArrayRef(fglobal);
 506                 dd_collect_vec(cr->dd, state, flocal, ftemp);
 507             }
 508             else
 509             {
 510                 ftemp = gmx::makeArrayRef(f);
 511             }
 512
 513             if (MASTER(cr))
 514             {
 515                 mimicCommunicator.sendEnergies(enerd->term[F_EPOT]);
 516                 mimicCommunicator.sendForces(ftemp, state_global->natoms);
 517             }
 518         }
 519
 520
 521         /* Note: this is OK, but there are some numerical precision issues with using the convergence of
 522            the virial that should probably be addressed eventually. state->veta has better properies,
 523            but what we actually need entering the new cycle is the new shake_vir value. Ideally, we could
 524            generate the new shake_vir, but test the veta value for convergence.  This will take some thought. */
 525
 526         if (ir->efep != efepNO)
 527         {
 528             /* Sum up the foreign energy and dhdl terms for md and sd.
 529                Currently done every step so that dhdl is correct in the .edr */
 530             sum_dhdl(enerd, state->lambda, *ir->fepvals);
 531         }
 532
 533         /* Output stuff */
 534         if (MASTER(cr))
 535         {
 536             const bool bCalcEnerStep = true;
 537             energyOutput.addDataAtEnergyStep(doFreeEnergyPerturbation, bCalcEnerStep, t,
 538                                              mdatoms->tmass, enerd, state, ir->fepvals,
 539                                              ir->expandedvals, state->box, shake_vir, force_vir,
 540                                              total_vir, pres, ekind, mu_tot, constr);
 541
 542             const bool do_ene = true;
 543             const bool do_log = true;
 544             Awh*       awh    = nullptr;
 545             const bool do_dr  = ir->nstdisreout != 0;
 546             const bool do_or  = ir->nstorireout != 0;
 547
 548             energyOutput.printAnnealingTemperatures(do_log ? fplog : nullptr, groups, &(ir->opts));
 549             energyOutput.printStepToEnergyFile(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, do_dr, do_or,
 550                                                do_log ? fplog : nullptr, step, t, fcd, awh);
 551
 552             if (do_per_step(step, ir->nstlog))
 553             {
 554                 if (fflush(fplog) != 0)
 555                 {
 556                     gmx_fatal(FARGS, "Cannot flush logfile - maybe you are out of disk space?");
 557                 }
 558             }
 559         }
 560
 561         /* Print the remaining wall clock time for the run */
 562         if (isMasterSimMasterRank(ms, MASTER(cr)) && (mdrunOptions.verbose || gmx_got_usr_signal()))
 563         {
 564             if (shellfc)
 565             {
 566                 fprintf(stderr, "\n");
 567             }
 568             print_time(stderr, walltime_accounting, step, ir, cr);
 569         }
 570
 571         cycles = wallcycle_stop(wcycle, ewcSTEP);
 572         if (DOMAINDECOMP(cr) && wcycle)
 573         {
 574             dd_cycles_add(cr->dd, cycles, ddCyclStep);
 575         }
 576
 577         /* increase the MD step number */
 578         step++;
 579         step_rel++;
 580     }
 581     /* End of main MD loop */
 582
 583     /* Closing TNG files can include compressing data. Therefore it is good to do that
 584      * before stopping the time measurements. */
 585     mdoutf_tng_close(outf);
 586
 587     /* Stop measuring walltime */
 588     walltime_accounting_end_time(walltime_accounting);
 589
 590     if (MASTER(cr))
 591     {
 592         mimicCommunicator.finalize();
 593     }
 594
 595     if (!thisRankHasDuty(cr, DUTY_PME))
 596     {
 597         /* Tell the PME only node to finish */
 598         gmx_pme_send_finish(cr);
 599     }
 600
 601     done_mdoutf(outf);
 602
 603     done_shellfc(fplog, shellfc, step_rel);
 604
 605     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step_rel);
 606 }