src/gromacs/mdrun/mdmodules.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "mdmodules.h"
  38
  39 #include <memory>
  40
  41 #include "gromacs/applied_forces/densityfitting.h"
  42 #include "gromacs/applied_forces/electricfield.h"
  43 #include "gromacs/imd/imd.h"
  44 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodulenotification.h"
  45 #include "gromacs/mdtypes/iforceprovider.h"
  46 #include "gromacs/mdtypes/imdmodule.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/imdoutputprovider.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/imdpoptionprovider.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/options/options.h"
  51 #include "gromacs/options/optionsection.h"
  52 #include "gromacs/options/treesupport.h"
  53 #include "gromacs/swap/swapcoords.h"
  54 #include "gromacs/utility/keyvaluetree.h"
  55 #include "gromacs/utility/keyvaluetreebuilder.h"
  56 #include "gromacs/utility/keyvaluetreetransform.h"
  57 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61
  62 class MDModules::Impl : public IMDOutputProvider
  63 {
  64     public:
  65
  66         Impl()
  67             : densityFitting_(DensityFittingModuleInfo::create(&notifier_)),
  68               field_(createElectricFieldModule()),
  69               imd_(createInteractiveMolecularDynamicsModule()),
  70               swapCoordinates_(createSwapCoordinatesModule())
  71         {
  72         }
  73
  74         void makeModuleOptions(Options *options)
  75         {
  76             // Create a section for applied-forces modules
  77             auto appliedForcesOptions = options->addSection(OptionSection("applied-forces"));
  78             field_->mdpOptionProvider()->initMdpOptions(&appliedForcesOptions);
  79             densityFitting_->mdpOptionProvider()->initMdpOptions(&appliedForcesOptions);
  80             // In future, other sections would also go here.
  81         }
  82
  83         // From IMDOutputProvider
  84         void initOutput(FILE *fplog, int nfile, const t_filenm fnm[],
  85                         bool bAppendFiles, const gmx_output_env_t *oenv) override
  86         {
  87             field_->outputProvider()->initOutput(fplog, nfile, fnm, bAppendFiles, oenv);
  88             densityFitting_->outputProvider()->initOutput(fplog, nfile, fnm, bAppendFiles, oenv);
  89         }
  90         void finishOutput() override
  91         {
  92             field_->outputProvider()->finishOutput();
  93             densityFitting_->outputProvider()->finishOutput();
  94         }
  95
  96         std::unique_ptr<IMDModule>      densityFitting_;
  97         std::unique_ptr<IMDModule>      field_;
  98         std::unique_ptr<ForceProviders> forceProviders_;
  99         std::unique_ptr<IMDModule>      imd_;
 100         std::unique_ptr<IMDModule>      swapCoordinates_;
 101
 102         /*! \brief List of registered MDModules
 103          *
 104          * Note that MDModules::Impl owns this container, but it is only used by
 105          * the MDModules::initForceProviders() function. To be consistent with
 106          * IMDModule's vision, as indicated by its docs, we should
 107          * \todo update IMDModule docs to allow nullptr return values
 108          * \todo check for nullptr returned by IMDModule methods.
 109          * \todo include field_ in modules_
 110          */
 111         std::vector< std::shared_ptr<IMDModule> > modules_;
 112
 113         //! Manages resources and notifies the MD modules when available
 114         MdModulesNotifier notifier_;
 115 };
 116
 117 MDModules::MDModules() : impl_(new Impl)
 118 {
 119 }
 120
 121 MDModules::~MDModules()
 122 {
 123 }
 124
 125 void MDModules::initMdpTransform(IKeyValueTreeTransformRules *rules)
 126 {
 127     auto appliedForcesScope = rules->scopedTransform("/applied-forces");
 128     impl_->field_->mdpOptionProvider()->initMdpTransform(appliedForcesScope.rules());
 129     impl_->densityFitting_->mdpOptionProvider()->initMdpTransform(appliedForcesScope.rules());
 130 }
 131
 132 void MDModules::buildMdpOutput(KeyValueTreeObjectBuilder *builder)
 133 {
 134     impl_->field_->mdpOptionProvider()->buildMdpOutput(builder);
 135     impl_->densityFitting_->mdpOptionProvider()->buildMdpOutput(builder);
 136 }
 137
 138 void MDModules::assignOptionsToModules(const KeyValueTreeObject  &params,
 139                                        IKeyValueTreeErrorHandler *errorHandler)
 140 {
 141     Options moduleOptions;
 142     impl_->makeModuleOptions(&moduleOptions);
 143     // The actual output is in the data fields of the modules that
 144     // were set up in the module options.
 145     assignOptionsFromKeyValueTree(&moduleOptions, params, errorHandler);
 146 }
 147
 148 void MDModules::adjustInputrecBasedOnModules(t_inputrec *ir)
 149 {
 150     Options moduleOptions;
 151     impl_->makeModuleOptions(&moduleOptions);
 152
 153     checkForUnknownOptionsInKeyValueTree(*ir->params, moduleOptions);
 154
 155     std::unique_ptr<KeyValueTreeObject> params(
 156             new KeyValueTreeObject(
 157                     adjustKeyValueTreeFromOptions(*ir->params, moduleOptions)));
 158     delete ir->params;
 159     ir->params = params.release();
 160 }
 161
 162 IMDOutputProvider *MDModules::outputProvider()
 163 {
 164     return impl_.get();
 165 }
 166
 167 ForceProviders *MDModules::initForceProviders()
 168 {
 169     GMX_RELEASE_ASSERT(impl_->forceProviders_ == nullptr,
 170                        "Force providers initialized multiple times");
 171     impl_->forceProviders_ = std::make_unique<ForceProviders>();
 172     impl_->field_->initForceProviders(impl_->forceProviders_.get());
 173     impl_->densityFitting_->initForceProviders(impl_->forceProviders_.get());
 174     for (auto && module : impl_->modules_)
 175     {
 176         module->initForceProviders(impl_->forceProviders_.get());
 177     }
 178     return impl_->forceProviders_.get();
 179 }
 180
 181 void MDModules::add(std::shared_ptr<gmx::IMDModule> module)
 182 {
 183     impl_->modules_.emplace_back(std::move(module));
 184 }
 185
 186 const MdModulesNotifier &MDModules::notifier()
 187 {
 188     return impl_->notifier_;
 189 }
 190
 191 } // namespace gmx