src/gromacs/mdlib/wnblist.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <string.h>
  44 #include "string2.h"
  45 #include "force.h"
  46 #include "smalloc.h"
  47 #include "types/commrec.h"
  48 #include "ns.h"
  49 #include "nrnb.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "domdec.h"
  55 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  56
  57 #define header "Neighborlist:"
  58
  59 static void write_nblist(FILE *out, gmx_domdec_t *dd, t_nblist *nblist, int nDNL)
  60 {
  61     int                 i, nii, ii, j, zi, zj0, zj1, aj, zj, nj;
  62     int                 ca1[DD_MAXZONE], np[DD_MAXZONE];
  63     gmx_domdec_zones_t *dd_zones;
  64
  65     if (nblist->nri > 0)
  66     {
  67         fprintf(out, "ielec: %d, ivdw: %d, type: %d, Solvent opt: %s\n",
  68                 nblist->ielec, nblist->ivdw, nblist->type,
  69                 gmx_nblist_geometry_names[nblist->igeometry]);
  70         fprintf(out, "nri: %d  npair: %d\n", nblist->nri, nblist->nrj);
  71         if (dd)
  72         {
  73             dd_zones = domdec_zones(dd);
  74
  75             for (zi = 0; zi < dd_zones->n; zi++)
  76             {
  77                 ca1[zi] = dd->cgindex[dd_zones->cg_range[zi+1]];
  78             }
  79             i = 0;
  80             for (zi = 0; zi < dd_zones->nizone; zi++)
  81             {
  82                 zj0 = dd_zones->izone[zi].j0;
  83                 zj1 = dd_zones->izone[zi].j1;
  84                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
  85                 {
  86                     np[zj] = 0;
  87                 }
  88                 while (i < nblist->nri && nblist->iinr[i] < ca1[zi])
  89                 {
  90                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
  91                     {
  92                         aj = nblist->jjnr[j];
  93                         zj = zj0;
  94                         while (aj >= ca1[zj])
  95                         {
  96                             zj++;
  97                         }
  98                         np[zj]++;
  99                     }
 100                     i++;
 101                 }
 102                 fprintf(out, "DD zone %d:", zi);
 103                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
 104                 {
 105                     fprintf(out, " %d %d", zj, np[zj]);
 106                 }
 107                 fprintf(out, "\n");
 108             }
 109         }
 110         if (nDNL >= 2)
 111         {
 112             for (i = 0; i < nblist->nri; i++)
 113             {
 114                 nii = 1;
 115                 if (nDNL >= 3 && nblist->igeometry != GMX_NBLIST_GEOMETRY_PARTICLE_PARTICLE)
 116                 {
 117                     nii = 3;
 118                 }
 119                 nj = nblist->jindex[i+1] - nblist->jindex[i];
 120                 fprintf(out, "i: %d shift: %d gid: %d nj: %d\n",
 121                         ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]),
 122                         nblist->shift[i], nblist->gid[i], nj);
 123                 for (ii = 0; ii < nii; ii++)
 124                 {
 125                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
 126                     {
 127                         fprintf(out, "  i: %5d  j: %5d\n",
 128                                 ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]+ii),
 129                                 ddglatnr(dd, nblist->jjnr[j]));
 130                     }
 131                 }
 132             }
 133         }
 134         fflush(out);
 135     }
 136 }
 137
 138 static void set_mat(FILE *fp, int **mat, int i0, int ni, int j0, int nj,
 139                     gmx_bool bSymm, int shift)
 140 {
 141     int i, j;
 142
 143     for (i = i0; (i < i0+ni); i++)
 144     {
 145         for (j = j0; (j < j0+nj); j++)
 146         {
 147             if (mat[i][j] != 0)
 148             {
 149                 fprintf(fp, "mat[%d][%d] changing from %d to %d\n",
 150                         i, j, mat[i][j], shift+1);
 151             }
 152             mat[i][j] = shift+1;
 153             if (bSymm)
 154             {
 155                 mat[j][i] = 27-shift;
 156             }
 157         }
 158     }
 159 }
 160
 161
 162
 163 void dump_nblist(FILE *out, t_commrec *cr, t_forcerec *fr, int nDNL)
 164 {
 165 #if 0
 166     static FILE *fp = NULL;
 167     char         buf[STRLEN];
 168     int          n, i;
 169
 170     if (fp == NULL)
 171     {
 172         if (PAR(cr))
 173         {
 174             sprintf(buf, "nlist_n%d.txt", cr->nodeid);
 175         }
 176         else
 177         {
 178             sprintf(buf, "nlist.txt");
 179         }
 180         fp = gmx_fio_fopen(buf, "w");
 181     }
 182     fprintf(fp, "%s\n", header);
 183
 184     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 185     {
 186         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 187         {
 188             write_nblist(fp, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 189         }
 190     }
 191 #endif
 192     char buf[STRLEN];
 193     int  n, i;
 194
 195     fprintf(out, "%s\n", header);
 196
 197     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 198     {
 199         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 200         {
 201             write_nblist(out, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 202         }
 203     }
 204
 205 }