src/gromacs/mdlib/vsite.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 The GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /*! \internal \file
  39  * \brief Implements the VirtualSitesHandler class and vsite standalone functions
  40  *
  41  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  42  * \ingroup module_mdlib
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "vsite.h"
  48
  49 #include <cstdio>
  50
  51 #include <algorithm>
  52 #include <memory>
  53 #include <vector>
  54
  55 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  56 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  57 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  58 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  59 #include "gromacs/math/functions.h"
  60 #include "gromacs/math/vec.h"
  61 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  64 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  65 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  66 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  67 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  68 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  69 #include "gromacs/topology/topology.h"
  70 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  71 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  72 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  73 #include "gromacs/utility/gmxomp.h"
  74
  75 /* The strategy used here for assigning virtual sites to (thread-)tasks
  76  * is as follows:
  77  *
  78  * We divide the atom range that vsites operate on (natoms_local with DD,
  79  * 0 - last atom involved in vsites without DD) equally over all threads.
  80  *
  81  * Vsites in the local range constructed from atoms in the local range
  82  * and/or other vsites that are fully local are assigned to a simple,
  83  * independent task.
  84  *
  85  * Vsites that are not assigned after using the above criterion get assigned
  86  * to a so called "interdependent" thread task when none of the constructing
  87  * atoms is a vsite. These tasks are called interdependent, because one task
  88  * accesses atoms assigned to a different task/thread.
  89  * Note that this option is turned off with large (local) atom counts
  90  * to avoid high memory usage.
  91  *
  92  * Any remaining vsites are assigned to a separate master thread task.
  93  */
  94 namespace gmx
  95 {
  96
  97 //! VirialHandling is often used outside VirtualSitesHandler class members
  98 using VirialHandling = VirtualSitesHandler::VirialHandling;
  99
 100 /*! \brief Information on PBC and domain decomposition for virtual sites
 101  */
 102 struct DomainInfo
 103 {
 104 public:
 105     //! Constructs without PBC and DD
 106     DomainInfo() = default;
 107
 108     //! Constructs with PBC and DD, if !=nullptr
 109     DomainInfo(PbcType pbcType, bool haveInterUpdateGroupVirtualSites, gmx_domdec_t* domdec) :
 110         pbcType_(pbcType),
 111         useMolPbc_(pbcType != PbcType::No && haveInterUpdateGroupVirtualSites),
 112         domdec_(domdec)
 113     {
 114     }
 115
 116     //! Returns whether we are using domain decomposition with more than 1 DD rank
 117     bool useDomdec() const { return (domdec_ != nullptr); }
 118
 119     //! The pbc type
 120     const PbcType pbcType_ = PbcType::No;
 121     //! Whether molecules are broken over PBC
 122     const bool useMolPbc_ = false;
 123     //! Pointer to the domain decomposition struct, nullptr without PP DD
 124     const gmx_domdec_t* domdec_ = nullptr;
 125 };
 126
 127 /*! \brief List of atom indices belonging to a task
 128  */
 129 struct AtomIndex
 130 {
 131     //! List of atom indices
 132     std::vector<int> atom;
 133 };
 134
 135 /*! \brief Data structure for thread tasks that use constructing atoms outside their own atom range
 136  */
 137 struct InterdependentTask
 138 {
 139     //! The interaction lists, only vsite entries are used
 140     InteractionLists ilist;
 141     //! Thread/task-local force buffer
 142     std::vector<RVec> force;
 143     //! The atom indices of the vsites of our task
 144     std::vector<int> vsite;
 145     //! Flags if elements in force are spread to or not
 146     std::vector<bool> use;
 147     //! The number of entries set to true in use
 148     int nuse = 0;
 149     //! Array of atoms indices, size nthreads, covering all nuse set elements in use
 150     std::vector<AtomIndex> atomIndex;
 151     //! List of tasks (force blocks) this task spread forces to
 152     std::vector<int> spreadTask;
 153     //! List of tasks that write to this tasks force block range
 154     std::vector<int> reduceTask;
 155 };
 156
 157 /*! \brief Vsite thread task data structure
 158  */
 159 struct VsiteThread
 160 {
 161     //! Start of atom range of this task
 162     int rangeStart;
 163     //! End of atom range of this task
 164     int rangeEnd;
 165     //! The interaction lists, only vsite entries are used
 166     std::array<InteractionList, F_NRE> ilist;
 167     //! Local fshift accumulation buffer
 168     std::array<RVec, SHIFTS> fshift;
 169     //! Local virial dx*df accumulation buffer
 170     matrix dxdf;
 171     //! Tells if interdependent task idTask should be used (in addition to the rest of this task), this bool has the same value on all threads
 172     bool useInterdependentTask;
 173     //! Data for vsites that involve constructing atoms in the atom range of other threads/tasks
 174     InterdependentTask idTask;
 175
 176     /*! \brief Constructor */
 177     VsiteThread()
 178     {
 179         rangeStart = -1;
 180         rangeEnd   = -1;
 181         for (auto& elem : fshift)
 182         {
 183             elem = { 0.0_real, 0.0_real, 0.0_real };
 184         }
 185         clear_mat(dxdf);
 186         useInterdependentTask = false;
 187     }
 188 };
 189
 190
 191 /*! \brief Information on how the virtual site work is divided over thread tasks
 192  */
 193 class ThreadingInfo
 194 {
 195 public:
 196     //! Constructor, retrieves the number of threads to use from gmx_omp_nthreads.h
 197     ThreadingInfo();
 198
 199     //! Returns the number of threads to use for vsite operations
 200     int numThreads() const { return numThreads_; }
 201
 202     //! Returns the thread data for the given thread
 203     const VsiteThread& threadData(int threadIndex) const { return *tData_[threadIndex]; }
 204
 205     //! Returns the thread data for the given thread
 206     VsiteThread& threadData(int threadIndex) { return *tData_[threadIndex]; }
 207
 208     //! Returns the thread data for vsites that depend on non-local vsites
 209     const VsiteThread& threadDataNonLocalDependent() const { return *tData_[numThreads_]; }
 210
 211     //! Returns the thread data for vsites that depend on non-local vsites
 212     VsiteThread& threadDataNonLocalDependent() { return *tData_[numThreads_]; }
 213
 214     //! Set VSites and distribute VSite work over threads, should be called after DD partitioning
 215     void setVirtualSites(ArrayRef<const InteractionList> ilist,
 216                          ArrayRef<const t_iparams>       iparams,
 217                          const t_mdatoms&                mdatoms,
 218                          bool                            useDomdec);
 219
 220 private:
 221     //! Number of threads used for vsite operations
 222     const int numThreads_;
 223     //! Thread local vsites and work structs
 224     std::vector<std::unique_ptr<VsiteThread>> tData_;
 225     //! Work array for dividing vsites over threads
 226     std::vector<int> taskIndex_;
 227 };
 228
 229 /*! \brief Impl class for VirtualSitesHandler
 230  */
 231 class VirtualSitesHandler::Impl
 232 {
 233 public:
 234     //! Constructor, domdec should be nullptr without DD
 235     Impl(const gmx_mtop_t& mtop, gmx_domdec_t* domdec, PbcType pbcType);
 236
 237     //! Returns the number of virtual sites acting over multiple update groups
 238     int numInterUpdategroupVirtualSites() const { return numInterUpdategroupVirtualSites_; }
 239
 240     //! Set VSites and distribute VSite work over threads, should be called after DD partitioning
 241     void setVirtualSites(ArrayRef<const InteractionList> ilist, const t_mdatoms& mdatoms);
 242
 243     /*! \brief Create positions of vsite atoms based for the local system
 244      *
 245      * \param[in,out] x        The coordinates
 246      * \param[in]     dt       The time step
 247      * \param[in,out] v        When != nullptr, velocities for vsites are set as displacement/dt
 248      * \param[in]     box      The box
 249      */
 250     void construct(ArrayRef<RVec> x, real dt, ArrayRef<RVec> v, const matrix box) const;
 251
 252     /*! \brief Spread the force operating on the vsite atoms on the surrounding atoms.
 253      *
 254      * vsite should point to a valid object.
 255      * The virialHandling parameter determines how virial contributions are handled.
 256      * If this is set to Linear, shift forces are accumulated into fshift.
 257      * If this is set to NonLinear, non-linear contributions are added to virial.
 258      * This non-linear correction is required when the virial is not calculated
 259      * afterwards from the particle position and forces, but in a different way,
 260      * as for instance for the PME mesh contribution.
 261      */
 262     void spreadForces(ArrayRef<const RVec> x,
 263                       ArrayRef<RVec>       f,
 264                       VirialHandling       virialHandling,
 265                       ArrayRef<RVec>       fshift,
 266                       matrix               virial,
 267                       t_nrnb*              nrnb,
 268                       const matrix         box,
 269                       gmx_wallcycle*       wcycle);
 270
 271 private:
 272     //! The number of vsites that cross update groups, when =0 no PBC treatment is needed
 273     const int numInterUpdategroupVirtualSites_;
 274     //! PBC and DD information
 275     const DomainInfo domainInfo_;
 276     //! The interaction parameters
 277     const ArrayRef<const t_iparams> iparams_;
 278     //! The interaction lists
 279     ArrayRef<const InteractionList> ilists_;
 280     //! Information for handling vsite threading
 281     ThreadingInfo threadingInfo_;
 282 };
 283
 284 VirtualSitesHandler::~VirtualSitesHandler() = default;
 285
 286 int VirtualSitesHandler::numInterUpdategroupVirtualSites() const
 287 {
 288     return impl_->numInterUpdategroupVirtualSites();
 289 }
 290
 291 /*! \brief Returns the sum of the vsite ilist sizes over all vsite types
 292  *
 293  * \param[in] ilist  The interaction list
 294  */
 295 static int vsiteIlistNrCount(ArrayRef<const InteractionList> ilist)
 296 {
 297     int nr = 0;
 298     for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
 299     {
 300         nr += ilist[ftype].size();
 301     }
 302
 303     return nr;
 304 }
 305
 306 //! Computes the distance between xi and xj, pbc is used when pbc!=nullptr
 307 static int pbc_rvec_sub(const t_pbc* pbc, const rvec xi, const rvec xj, rvec dx)
 308 {
 309     if (pbc)
 310     {
 311         return pbc_dx_aiuc(pbc, xi, xj, dx);
 312     }
 313     else
 314     {
 315         rvec_sub(xi, xj, dx);
 316         return CENTRAL;
 317     }
 318 }
 319
 320 //! Returns the 1/norm(x)
 321 static inline real inverseNorm(const rvec x)
 322 {
 323     return gmx::invsqrt(iprod(x, x));
 324 }
 325
 326 #ifndef DOXYGEN
 327 /* Vsite construction routines */
 328
 329 static void constr_vsite1(const rvec xi, rvec x)
 330 {
 331     copy_rvec(xi, x);
 332
 333     /* TOTAL: 0 flops */
 334 }
 335
 336 static void constr_vsite2(const rvec xi, const rvec xj, rvec x, real a, const t_pbc* pbc)
 337 {
 338     real b = 1 - a;
 339     /* 1 flop */
 340
 341     if (pbc)
 342     {
 343         rvec dx;
 344         pbc_dx_aiuc(pbc, xj, xi, dx);
 345         x[XX] = xi[XX] + a * dx[XX];
 346         x[YY] = xi[YY] + a * dx[YY];
 347         x[ZZ] = xi[ZZ] + a * dx[ZZ];
 348     }
 349     else
 350     {
 351         x[XX] = b * xi[XX] + a * xj[XX];
 352         x[YY] = b * xi[YY] + a * xj[YY];
 353         x[ZZ] = b * xi[ZZ] + a * xj[ZZ];
 354         /* 9 Flops */
 355     }
 356
 357     /* TOTAL: 10 flops */
 358 }
 359
 360 static void constr_vsite2FD(const rvec xi, const rvec xj, rvec x, real a, const t_pbc* pbc)
 361 {
 362     rvec xij;
 363     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 364     /* 3 flops */
 365
 366     const real b = a * inverseNorm(xij);
 367     /* 6 + 10 flops */
 368
 369     x[XX] = xi[XX] + b * xij[XX];
 370     x[YY] = xi[YY] + b * xij[YY];
 371     x[ZZ] = xi[ZZ] + b * xij[ZZ];
 372     /* 6 Flops */
 373
 374     /* TOTAL: 25 flops */
 375 }
 376
 377 static void constr_vsite3(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, rvec x, real a, real b, const t_pbc* pbc)
 378 {
 379     real c = 1 - a - b;
 380     /* 2 flops */
 381
 382     if (pbc)
 383     {
 384         rvec dxj, dxk;
 385
 386         pbc_dx_aiuc(pbc, xj, xi, dxj);
 387         pbc_dx_aiuc(pbc, xk, xi, dxk);
 388         x[XX] = xi[XX] + a * dxj[XX] + b * dxk[XX];
 389         x[YY] = xi[YY] + a * dxj[YY] + b * dxk[YY];
 390         x[ZZ] = xi[ZZ] + a * dxj[ZZ] + b * dxk[ZZ];
 391     }
 392     else
 393     {
 394         x[XX] = c * xi[XX] + a * xj[XX] + b * xk[XX];
 395         x[YY] = c * xi[YY] + a * xj[YY] + b * xk[YY];
 396         x[ZZ] = c * xi[ZZ] + a * xj[ZZ] + b * xk[ZZ];
 397         /* 15 Flops */
 398     }
 399
 400     /* TOTAL: 17 flops */
 401 }
 402
 403 static void constr_vsite3FD(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, rvec x, real a, real b, const t_pbc* pbc)
 404 {
 405     rvec xij, xjk, temp;
 406     real c;
 407
 408     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 409     pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, xjk);
 410     /* 6 flops */
 411
 412     /* temp goes from i to a point on the line jk */
 413     temp[XX] = xij[XX] + a * xjk[XX];
 414     temp[YY] = xij[YY] + a * xjk[YY];
 415     temp[ZZ] = xij[ZZ] + a * xjk[ZZ];
 416     /* 6 flops */
 417
 418     c = b * inverseNorm(temp);
 419     /* 6 + 10 flops */
 420
 421     x[XX] = xi[XX] + c * temp[XX];
 422     x[YY] = xi[YY] + c * temp[YY];
 423     x[ZZ] = xi[ZZ] + c * temp[ZZ];
 424     /* 6 Flops */
 425
 426     /* TOTAL: 34 flops */
 427 }
 428
 429 static void constr_vsite3FAD(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, rvec x, real a, real b, const t_pbc* pbc)
 430 {
 431     rvec xij, xjk, xp;
 432     real a1, b1, c1, invdij;
 433
 434     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 435     pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, xjk);
 436     /* 6 flops */
 437
 438     invdij = inverseNorm(xij);
 439     c1     = invdij * invdij * iprod(xij, xjk);
 440     xp[XX] = xjk[XX] - c1 * xij[XX];
 441     xp[YY] = xjk[YY] - c1 * xij[YY];
 442     xp[ZZ] = xjk[ZZ] - c1 * xij[ZZ];
 443     a1     = a * invdij;
 444     b1     = b * inverseNorm(xp);
 445     /* 45 */
 446
 447     x[XX] = xi[XX] + a1 * xij[XX] + b1 * xp[XX];
 448     x[YY] = xi[YY] + a1 * xij[YY] + b1 * xp[YY];
 449     x[ZZ] = xi[ZZ] + a1 * xij[ZZ] + b1 * xp[ZZ];
 450     /* 12 Flops */
 451
 452     /* TOTAL: 63 flops */
 453 }
 454
 455 static void
 456 constr_vsite3OUT(const rvec xi, const rvec xj, const rvec xk, rvec x, real a, real b, real c, const t_pbc* pbc)
 457 {
 458     rvec xij, xik, temp;
 459
 460     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 461     pbc_rvec_sub(pbc, xk, xi, xik);
 462     cprod(xij, xik, temp);
 463     /* 15 Flops */
 464
 465     x[XX] = xi[XX] + a * xij[XX] + b * xik[XX] + c * temp[XX];
 466     x[YY] = xi[YY] + a * xij[YY] + b * xik[YY] + c * temp[YY];
 467     x[ZZ] = xi[ZZ] + a * xij[ZZ] + b * xik[ZZ] + c * temp[ZZ];
 468     /* 18 Flops */
 469
 470     /* TOTAL: 33 flops */
 471 }
 472
 473 static void constr_vsite4FD(const rvec   xi,
 474                             const rvec   xj,
 475                             const rvec   xk,
 476                             const rvec   xl,
 477                             rvec         x,
 478                             real         a,
 479                             real         b,
 480                             real         c,
 481                             const t_pbc* pbc)
 482 {
 483     rvec xij, xjk, xjl, temp;
 484     real d;
 485
 486     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 487     pbc_rvec_sub(pbc, xk, xj, xjk);
 488     pbc_rvec_sub(pbc, xl, xj, xjl);
 489     /* 9 flops */
 490
 491     /* temp goes from i to a point on the plane jkl */
 492     temp[XX] = xij[XX] + a * xjk[XX] + b * xjl[XX];
 493     temp[YY] = xij[YY] + a * xjk[YY] + b * xjl[YY];
 494     temp[ZZ] = xij[ZZ] + a * xjk[ZZ] + b * xjl[ZZ];
 495     /* 12 flops */
 496
 497     d = c * inverseNorm(temp);
 498     /* 6 + 10 flops */
 499
 500     x[XX] = xi[XX] + d * temp[XX];
 501     x[YY] = xi[YY] + d * temp[YY];
 502     x[ZZ] = xi[ZZ] + d * temp[ZZ];
 503     /* 6 Flops */
 504
 505     /* TOTAL: 43 flops */
 506 }
 507
 508 static void constr_vsite4FDN(const rvec   xi,
 509                              const rvec   xj,
 510                              const rvec   xk,
 511                              const rvec   xl,
 512                              rvec         x,
 513                              real         a,
 514                              real         b,
 515                              real         c,
 516                              const t_pbc* pbc)
 517 {
 518     rvec xij, xik, xil, ra, rb, rja, rjb, rm;
 519     real d;
 520
 521     pbc_rvec_sub(pbc, xj, xi, xij);
 522     pbc_rvec_sub(pbc, xk, xi, xik);
 523     pbc_rvec_sub(pbc, xl, xi, xil);
 524     /* 9 flops */
 525
 526     ra[XX] = a * xik[XX];
 527     ra[YY] = a * xik[YY];
 528     ra[ZZ] = a * xik[ZZ];
 529
 530     rb[XX] = b * xil[XX];
 531     rb[YY] = b * xil[YY];
 532     rb[ZZ] = b * xil[ZZ];
 533
 534     /* 6 flops */
 535
 536     rvec_sub(ra, xij, rja);
 537     rvec_sub(rb, xij, rjb);
 538     /* 6 flops */
 539
 540     cprod(rja, rjb, rm);
 541     /* 9 flops */
 542
 543     d = c * inverseNorm(rm);
 544     /* 5+5+1 flops */
 545
 546     x[XX] = xi[XX] + d * rm[XX];
 547     x[YY] = xi[YY] + d * rm[YY];
 548     x[ZZ] = xi[ZZ] + d * rm[ZZ];
 549     /* 6 Flops */
 550
 551     /* TOTAL: 47 flops */
 552 }
 553
 554 static int constr_vsiten(const t_iatom* ia, ArrayRef<const t_iparams> ip, ArrayRef<RVec> x, const t_pbc* pbc)
 555 {
 556     rvec x1, dx;
 557     dvec dsum;
 558     int  n3, av, ai;
 559     real a;
 560
 561     n3 = 3 * ip[ia[0]].vsiten.n;
 562     av = ia[1];
 563     ai = ia[2];
 564     copy_rvec(x[ai], x1);
 565     clear_dvec(dsum);
 566     for (int i = 3; i < n3; i += 3)
 567     {
 568         ai = ia[i + 2];
 569         a  = ip[ia[i]].vsiten.a;
 570         if (pbc)
 571         {
 572             pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x1, dx);
 573         }
 574         else
 575         {
 576             rvec_sub(x[ai], x1, dx);
 577         }
 578         dsum[XX] += a * dx[XX];
 579         dsum[YY] += a * dx[YY];
 580         dsum[ZZ] += a * dx[ZZ];
 581         /* 9 Flops */
 582     }
 583
 584     x[av][XX] = x1[XX] + dsum[XX];
 585     x[av][YY] = x1[YY] + dsum[YY];
 586     x[av][ZZ] = x1[ZZ] + dsum[ZZ];
 587
 588     return n3;
 589 }
 590
 591 #endif // DOXYGEN
 592
 593 //! PBC modes for vsite construction and spreading
 594 enum class PbcMode
 595 {
 596     all, //!< Apply normal, simple PBC for all vsites
 597     none //!< No PBC treatment needed
 598 };
 599
 600 /*! \brief Returns the PBC mode based on the system PBC and vsite properties
 601  *
 602  * \param[in] pbcPtr  A pointer to a PBC struct or nullptr when no PBC treatment is required
 603  */
 604 static PbcMode getPbcMode(const t_pbc* pbcPtr)
 605 {
 606     if (pbcPtr == nullptr)
 607     {
 608         return PbcMode::none;
 609     }
 610     else
 611     {
 612         return PbcMode::all;
 613     }
 614 }
 615
 616 /*! \brief Executes the vsite construction task for a single thread
 617  *
 618  * \param[in,out] x   Coordinates to construct vsites for
 619  * \param[in]     dt  Time step, needed when v is not empty
 620  * \param[in,out] v   When not empty, velocities are generated for virtual sites
 621  * \param[in]     ip  Interaction parameters for all interaction, only vsite parameters are used
 622  * \param[in]     ilist  The interaction lists, only vsites are usesd
 623  * \param[in]     pbc_null  PBC struct, used for PBC distance calculations when !=nullptr
 624  */
 625 static void construct_vsites_thread(ArrayRef<RVec>                  x,
 626                                     const real                      dt,
 627                                     ArrayRef<RVec>                  v,
 628                                     ArrayRef<const t_iparams>       ip,
 629                                     ArrayRef<const InteractionList> ilist,
 630                                     const t_pbc*                    pbc_null)
 631 {
 632     real inv_dt;
 633     if (!v.empty())
 634     {
 635         inv_dt = 1.0 / dt;
 636     }
 637     else
 638     {
 639         inv_dt = 1.0;
 640     }
 641
 642     const PbcMode pbcMode = getPbcMode(pbc_null);
 643     /* We need another pbc pointer, as with charge groups we switch per vsite */
 644     const t_pbc* pbc_null2 = pbc_null;
 645
 646     for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
 647     {
 648         if (ilist[ftype].empty())
 649         {
 650             continue;
 651         }
 652
 653         { // TODO remove me
 654             int nra = interaction_function[ftype].nratoms;
 655             int inc = 1 + nra;
 656             int nr  = ilist[ftype].size();
 657
 658             const t_iatom* ia = ilist[ftype].iatoms.data();
 659
 660             for (int i = 0; i < nr;)
 661             {
 662                 int tp = ia[0];
 663                 /* The vsite and constructing atoms */
 664                 int avsite = ia[1];
 665                 int ai     = ia[2];
 666                 /* Constants for constructing vsites */
 667                 real a1 = ip[tp].vsite.a;
 668                 /* Copy the old position */
 669                 rvec xv;
 670                 copy_rvec(x[avsite], xv);
 671
 672                 /* Construct the vsite depending on type */
 673                 int  aj, ak, al;
 674                 real b1, c1;
 675                 switch (ftype)
 676                 {
 677                     case F_VSITE1: constr_vsite1(x[ai], x[avsite]); break;
 678                     case F_VSITE2:
 679                         aj = ia[3];
 680                         constr_vsite2(x[ai], x[aj], x[avsite], a1, pbc_null2);
 681                         break;
 682                     case F_VSITE2FD:
 683                         aj = ia[3];
 684                         constr_vsite2FD(x[ai], x[aj], x[avsite], a1, pbc_null2);
 685                         break;
 686                     case F_VSITE3:
 687                         aj = ia[3];
 688                         ak = ia[4];
 689                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 690                         constr_vsite3(x[ai], x[aj], x[ak], x[avsite], a1, b1, pbc_null2);
 691                         break;
 692                     case F_VSITE3FD:
 693                         aj = ia[3];
 694                         ak = ia[4];
 695                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 696                         constr_vsite3FD(x[ai], x[aj], x[ak], x[avsite], a1, b1, pbc_null2);
 697                         break;
 698                     case F_VSITE3FAD:
 699                         aj = ia[3];
 700                         ak = ia[4];
 701                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 702                         constr_vsite3FAD(x[ai], x[aj], x[ak], x[avsite], a1, b1, pbc_null2);
 703                         break;
 704                     case F_VSITE3OUT:
 705                         aj = ia[3];
 706                         ak = ia[4];
 707                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 708                         c1 = ip[tp].vsite.c;
 709                         constr_vsite3OUT(x[ai], x[aj], x[ak], x[avsite], a1, b1, c1, pbc_null2);
 710                         break;
 711                     case F_VSITE4FD:
 712                         aj = ia[3];
 713                         ak = ia[4];
 714                         al = ia[5];
 715                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 716                         c1 = ip[tp].vsite.c;
 717                         constr_vsite4FD(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], x[avsite], a1, b1, c1, pbc_null2);
 718                         break;
 719                     case F_VSITE4FDN:
 720                         aj = ia[3];
 721                         ak = ia[4];
 722                         al = ia[5];
 723                         b1 = ip[tp].vsite.b;
 724                         c1 = ip[tp].vsite.c;
 725                         constr_vsite4FDN(x[ai], x[aj], x[ak], x[al], x[avsite], a1, b1, c1, pbc_null2);
 726                         break;
 727                     case F_VSITEN: inc = constr_vsiten(ia, ip, x, pbc_null2); break;
 728                     default:
 729                         gmx_fatal(FARGS, "No such vsite type %d in %s, line %d", ftype, __FILE__, __LINE__);
 730                 }
 731
 732                 if (pbcMode == PbcMode::all)
 733                 {
 734                     /* Keep the vsite in the same periodic image as before */
 735                     rvec dx;
 736                     int  ishift = pbc_dx_aiuc(pbc_null, x[avsite], xv, dx);
 737                     if (ishift != CENTRAL)
 738                     {
 739                         rvec_add(xv, dx, x[avsite]);
 740                     }
 741                 }
 742                 if (!v.empty())
 743                 {
 744                     /* Calculate velocity of vsite... */
 745                     rvec vv;
 746                     rvec_sub(x[avsite], xv, vv);
 747                     svmul(inv_dt, vv, v[avsite]);
 748                 }
 749
 750                 /* Increment loop variables */
 751                 i += inc;
 752                 ia += inc;
 753             }
 754         }
 755     }
 756 }
 757
 758 /*! \brief Dispatch the vsite construction tasks for all threads
 759  *
 760  * \param[in]     threadingInfo  Used to divide work over threads when != nullptr
 761  * \param[in,out] x   Coordinates to construct vsites for
 762  * \param[in]     dt  Time step, needed when v is not empty
 763  * \param[in,out] v   When not empty, velocities are generated for virtual sites
 764  * \param[in]     ip  Interaction parameters for all interaction, only vsite parameters are used
 765  * \param[in]     ilist  The interaction lists, only vsites are usesd
 766  * \param[in]     domainInfo  Information about PBC and DD
 767  * \param[in]     box  Used for PBC when PBC is set in domainInfo
 768  */
 769 static void construct_vsites(const ThreadingInfo*            threadingInfo,
 770                              ArrayRef<RVec>                  x,
 771                              real                            dt,
 772                              ArrayRef<RVec>                  v,
 773                              ArrayRef<const t_iparams>       ip,
 774                              ArrayRef<const InteractionList> ilist,
 775                              const DomainInfo&               domainInfo,
 776                              const matrix                    box)
 777 {
 778     const bool useDomdec = domainInfo.useDomdec();
 779
 780     t_pbc pbc, *pbc_null;
 781
 782     /* We only need to do pbc when we have inter update-group vsites.
 783      * Note that with domain decomposition we do not need to apply PBC here
 784      * when we have at least 3 domains along each dimension. Currently we
 785      * do not optimize this case.
 786      */
 787     if (domainInfo.pbcType_ != PbcType::No && domainInfo.useMolPbc_)
 788     {
 789         /* This is wasting some CPU time as we now do this multiple times
 790          * per MD step.
 791          */
 792         ivec null_ivec;
 793         clear_ivec(null_ivec);
 794         pbc_null = set_pbc_dd(&pbc, domainInfo.pbcType_,
 795                               useDomdec ? domainInfo.domdec_->numCells : null_ivec, FALSE, box);
 796     }
 797     else
 798     {
 799         pbc_null = nullptr;
 800     }
 801
 802     if (useDomdec)
 803     {
 804         dd_move_x_vsites(*domainInfo.domdec_, box, as_rvec_array(x.data()));
 805     }
 806
 807     if (threadingInfo == nullptr || threadingInfo->numThreads() == 1)
 808     {
 809         construct_vsites_thread(x, dt, v, ip, ilist, pbc_null);
 810     }
 811     else
 812     {
 813 #pragma omp parallel num_threads(threadingInfo->numThreads())
 814         {
 815             try
 816             {
 817                 const int          th    = gmx_omp_get_thread_num();
 818                 const VsiteThread& tData = threadingInfo->threadData(th);
 819                 GMX_ASSERT(tData.rangeStart >= 0,
 820                            "The thread data should be initialized before calling construct_vsites");
 821
 822                 construct_vsites_thread(x, dt, v, ip, tData.ilist, pbc_null);
 823                 if (tData.useInterdependentTask)
 824                 {
 825                     /* Here we don't need a barrier (unlike the spreading),
 826                      * since both tasks only construct vsites from particles,
 827                      * or local vsites, not from non-local vsites.
 828                      */
 829                     construct_vsites_thread(x, dt, v, ip, tData.idTask.ilist, pbc_null);
 830                 }
 831             }
 832             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 833         }
 834         /* Now we can construct the vsites that might depend on other vsites */
 835         construct_vsites_thread(x, dt, v, ip, threadingInfo->threadDataNonLocalDependent().ilist, pbc_null);
 836     }
 837 }
 838
 839 void VirtualSitesHandler::Impl::construct(ArrayRef<RVec> x, real dt, ArrayRef<RVec> v, const matrix box) const
 840 {
 841     construct_vsites(&threadingInfo_, x, dt, v, iparams_, ilists_, domainInfo_, box);
 842 }
 843
 844 void VirtualSitesHandler::construct(ArrayRef<RVec> x, real dt, ArrayRef<RVec> v, const matrix box) const
 845 {
 846     impl_->construct(x, dt, v, box);
 847 }
 848
 849 void constructVirtualSites(ArrayRef<RVec> x, ArrayRef<const t_iparams> ip, ArrayRef<const InteractionList> ilist)
 850
 851 {
 852     // No PBC, no DD
 853     const DomainInfo domainInfo;
 854     construct_vsites(nullptr, x, 0, {}, ip, ilist, domainInfo, nullptr);
 855 }
 856
 857 #ifndef DOXYGEN
 858 /* Force spreading routines */
 859
 860 static void spread_vsite1(const t_iatom ia[], ArrayRef<RVec> f)
 861 {
 862     const int av = ia[1];
 863     const int ai = ia[2];
 864
 865     f[av] += f[ai];
 866 }
 867
 868 template<VirialHandling virialHandling>
 869 static void spread_vsite2(const t_iatom        ia[],
 870                           real                 a,
 871                           ArrayRef<const RVec> x,
 872                           ArrayRef<RVec>       f,
 873                           ArrayRef<RVec>       fshift,
 874                           const t_pbc*         pbc)
 875 {
 876     rvec    fi, fj, dx;
 877     t_iatom av, ai, aj;
 878
 879     av = ia[1];
 880     ai = ia[2];
 881     aj = ia[3];
 882
 883     svmul(1 - a, f[av], fi);
 884     svmul(a, f[av], fj);
 885     /* 7 flop */
 886
 887     rvec_inc(f[ai], fi);
 888     rvec_inc(f[aj], fj);
 889     /* 6 Flops */
 890
 891     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
 892     {
 893         int siv;
 894         int sij;
 895         if (pbc)
 896         {
 897             siv = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x[av], dx);
 898             sij = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x[aj], dx);
 899         }
 900         else
 901         {
 902             siv = CENTRAL;
 903             sij = CENTRAL;
 904         }
 905
 906         if (siv != CENTRAL || sij != CENTRAL)
 907         {
 908             rvec_inc(fshift[siv], f[av]);
 909             rvec_dec(fshift[CENTRAL], fi);
 910             rvec_dec(fshift[sij], fj);
 911         }
 912     }
 913
 914     /* TOTAL: 13 flops */
 915 }
 916
 917 void constructVirtualSitesGlobal(const gmx_mtop_t& mtop, gmx::ArrayRef<gmx::RVec> x)
 918 {
 919     GMX_ASSERT(x.ssize() >= mtop.natoms, "x should contain the whole system");
 920     GMX_ASSERT(!mtop.moleculeBlockIndices.empty(),
 921                "molblock indices are needed in constructVsitesGlobal");
 922
 923     for (size_t mb = 0; mb < mtop.molblock.size(); mb++)
 924     {
 925         const gmx_molblock_t& molb = mtop.molblock[mb];
 926         const gmx_moltype_t&  molt = mtop.moltype[molb.type];
 927         if (vsiteIlistNrCount(molt.ilist) > 0)
 928         {
 929             int atomOffset = mtop.moleculeBlockIndices[mb].globalAtomStart;
 930             for (int mol = 0; mol < molb.nmol; mol++)
 931             {
 932                 constructVirtualSites(x.subArray(atomOffset, molt.atoms.nr), mtop.ffparams.iparams,
 933                                       molt.ilist);
 934                 atomOffset += molt.atoms.nr;
 935             }
 936         }
 937     }
 938 }
 939
 940 template<VirialHandling virialHandling>
 941 static void spread_vsite2FD(const t_iatom        ia[],
 942                             real                 a,
 943                             ArrayRef<const RVec> x,
 944                             ArrayRef<RVec>       f,
 945                             ArrayRef<RVec>       fshift,
 946                             matrix               dxdf,
 947                             const t_pbc*         pbc)
 948 {
 949     const int av = ia[1];
 950     const int ai = ia[2];
 951     const int aj = ia[3];
 952     rvec      fv;
 953     copy_rvec(f[av], fv);
 954
 955     rvec xij;
 956     int  sji = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
 957     /* 6 flops */
 958
 959     const real invDistance = inverseNorm(xij);
 960     const real b           = a * invDistance;
 961     /* 4 + ?10? flops */
 962
 963     const real fproj = iprod(xij, fv) * invDistance * invDistance;
 964
 965     rvec fj;
 966     fj[XX] = b * (fv[XX] - fproj * xij[XX]);
 967     fj[YY] = b * (fv[YY] - fproj * xij[YY]);
 968     fj[ZZ] = b * (fv[ZZ] - fproj * xij[ZZ]);
 969     /* 9 */
 970
 971     /* b is already calculated in constr_vsite2FD
 972        storing b somewhere will save flops.     */
 973
 974     f[ai][XX] += fv[XX] - fj[XX];
 975     f[ai][YY] += fv[YY] - fj[YY];
 976     f[ai][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ];
 977     f[aj][XX] += fj[XX];
 978     f[aj][YY] += fj[YY];
 979     f[aj][ZZ] += fj[ZZ];
 980     /* 9 Flops */
 981
 982     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
 983     {
 984         int svi;
 985         if (pbc)
 986         {
 987             rvec xvi;
 988             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
 989         }
 990         else
 991         {
 992             svi = CENTRAL;
 993         }
 994
 995         if (svi != CENTRAL || sji != CENTRAL)
 996         {
 997             rvec_dec(fshift[svi], fv);
 998             fshift[CENTRAL][XX] += fv[XX] - fj[XX];
 999             fshift[CENTRAL][YY] += fv[YY] - fj[YY];
1000             fshift[CENTRAL][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ];
1001             fshift[sji][XX] += fj[XX];
1002             fshift[sji][YY] += fj[YY];
1003             fshift[sji][ZZ] += fj[ZZ];
1004         }
1005     }
1006
1007     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1008     {
1009         /* Under this condition, the virial for the current forces is not
1010          * calculated from the redistributed forces. This means that
1011          * the effect of non-linear virtual site constructions on the virial
1012          * needs to be added separately. This contribution can be calculated
1013          * in many ways, but the simplest and cheapest way is to use
1014          * the first constructing atom ai as a reference position in space:
1015          * subtract (xv-xi)*fv and add (xj-xi)*fj.
1016          */
1017         rvec xiv;
1018
1019         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1020
1021         for (int i = 0; i < DIM; i++)
1022         {
1023             for (int j = 0; j < DIM; j++)
1024             {
1025                 /* As xix is a linear combination of j and k, use that here */
1026                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xij[i] * fj[j];
1027             }
1028         }
1029     }
1030
1031     /* TOTAL: 38 flops */
1032 }
1033
1034 template<VirialHandling virialHandling>
1035 static void spread_vsite3(const t_iatom        ia[],
1036                           real                 a,
1037                           real                 b,
1038                           ArrayRef<const RVec> x,
1039                           ArrayRef<RVec>       f,
1040                           ArrayRef<RVec>       fshift,
1041                           const t_pbc*         pbc)
1042 {
1043     rvec fi, fj, fk, dx;
1044     int  av, ai, aj, ak;
1045
1046     av = ia[1];
1047     ai = ia[2];
1048     aj = ia[3];
1049     ak = ia[4];
1050
1051     svmul(1 - a - b, f[av], fi);
1052     svmul(a, f[av], fj);
1053     svmul(b, f[av], fk);
1054     /* 11 flops */
1055
1056     rvec_inc(f[ai], fi);
1057     rvec_inc(f[aj], fj);
1058     rvec_inc(f[ak], fk);
1059     /* 9 Flops */
1060
1061     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1062     {
1063         int siv;
1064         int sij;
1065         int sik;
1066         if (pbc)
1067         {
1068             siv = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x[av], dx);
1069             sij = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x[aj], dx);
1070             sik = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], x[ak], dx);
1071         }
1072         else
1073         {
1074             siv = CENTRAL;
1075             sij = CENTRAL;
1076             sik = CENTRAL;
1077         }
1078
1079         if (siv != CENTRAL || sij != CENTRAL || sik != CENTRAL)
1080         {
1081             rvec_inc(fshift[siv], f[av]);
1082             rvec_dec(fshift[CENTRAL], fi);
1083             rvec_dec(fshift[sij], fj);
1084             rvec_dec(fshift[sik], fk);
1085         }
1086     }
1087
1088     /* TOTAL: 20 flops */
1089 }
1090
1091 template<VirialHandling virialHandling>
1092 static void spread_vsite3FD(const t_iatom        ia[],
1093                             real                 a,
1094                             real                 b,
1095                             ArrayRef<const RVec> x,
1096                             ArrayRef<RVec>       f,
1097                             ArrayRef<RVec>       fshift,
1098                             matrix               dxdf,
1099                             const t_pbc*         pbc)
1100 {
1101     real    fproj, a1;
1102     rvec    xvi, xij, xjk, xix, fv, temp;
1103     t_iatom av, ai, aj, ak;
1104     int     sji, skj;
1105
1106     av = ia[1];
1107     ai = ia[2];
1108     aj = ia[3];
1109     ak = ia[4];
1110     copy_rvec(f[av], fv);
1111
1112     sji = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
1113     skj = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], xjk);
1114     /* 6 flops */
1115
1116     /* xix goes from i to point x on the line jk */
1117     xix[XX] = xij[XX] + a * xjk[XX];
1118     xix[YY] = xij[YY] + a * xjk[YY];
1119     xix[ZZ] = xij[ZZ] + a * xjk[ZZ];
1120     /* 6 flops */
1121
1122     const real invDistance = inverseNorm(xix);
1123     const real c           = b * invDistance;
1124     /* 4 + ?10? flops */
1125
1126     fproj = iprod(xix, fv) * invDistance * invDistance; /* = (xix . f)/(xix . xix) */
1127
1128     temp[XX] = c * (fv[XX] - fproj * xix[XX]);
1129     temp[YY] = c * (fv[YY] - fproj * xix[YY]);
1130     temp[ZZ] = c * (fv[ZZ] - fproj * xix[ZZ]);
1131     /* 16 */
1132
1133     /* c is already calculated in constr_vsite3FD
1134        storing c somewhere will save 26 flops!     */
1135
1136     a1 = 1 - a;
1137     f[ai][XX] += fv[XX] - temp[XX];
1138     f[ai][YY] += fv[YY] - temp[YY];
1139     f[ai][ZZ] += fv[ZZ] - temp[ZZ];
1140     f[aj][XX] += a1 * temp[XX];
1141     f[aj][YY] += a1 * temp[YY];
1142     f[aj][ZZ] += a1 * temp[ZZ];
1143     f[ak][XX] += a * temp[XX];
1144     f[ak][YY] += a * temp[YY];
1145     f[ak][ZZ] += a * temp[ZZ];
1146     /* 19 Flops */
1147
1148     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1149     {
1150         int svi;
1151         if (pbc)
1152         {
1153             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
1154         }
1155         else
1156         {
1157             svi = CENTRAL;
1158         }
1159
1160         if (svi != CENTRAL || sji != CENTRAL || skj != CENTRAL)
1161         {
1162             rvec_dec(fshift[svi], fv);
1163             fshift[CENTRAL][XX] += fv[XX] - (1 + a) * temp[XX];
1164             fshift[CENTRAL][YY] += fv[YY] - (1 + a) * temp[YY];
1165             fshift[CENTRAL][ZZ] += fv[ZZ] - (1 + a) * temp[ZZ];
1166             fshift[sji][XX] += temp[XX];
1167             fshift[sji][YY] += temp[YY];
1168             fshift[sji][ZZ] += temp[ZZ];
1169             fshift[skj][XX] += a * temp[XX];
1170             fshift[skj][YY] += a * temp[YY];
1171             fshift[skj][ZZ] += a * temp[ZZ];
1172         }
1173     }
1174
1175     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1176     {
1177         /* Under this condition, the virial for the current forces is not
1178          * calculated from the redistributed forces. This means that
1179          * the effect of non-linear virtual site constructions on the virial
1180          * needs to be added separately. This contribution can be calculated
1181          * in many ways, but the simplest and cheapest way is to use
1182          * the first constructing atom ai as a reference position in space:
1183          * subtract (xv-xi)*fv and add (xj-xi)*fj + (xk-xi)*fk.
1184          */
1185         rvec xiv;
1186
1187         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1188
1189         for (int i = 0; i < DIM; i++)
1190         {
1191             for (int j = 0; j < DIM; j++)
1192             {
1193                 /* As xix is a linear combination of j and k, use that here */
1194                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xix[i] * temp[j];
1195             }
1196         }
1197     }
1198
1199     /* TOTAL: 61 flops */
1200 }
1201
1202 template<VirialHandling virialHandling>
1203 static void spread_vsite3FAD(const t_iatom        ia[],
1204                              real                 a,
1205                              real                 b,
1206                              ArrayRef<const RVec> x,
1207                              ArrayRef<RVec>       f,
1208                              ArrayRef<RVec>       fshift,
1209                              matrix               dxdf,
1210                              const t_pbc*         pbc)
1211 {
1212     rvec    xvi, xij, xjk, xperp, Fpij, Fppp, fv, f1, f2, f3;
1213     real    a1, b1, c1, c2, invdij, invdij2, invdp, fproj;
1214     t_iatom av, ai, aj, ak;
1215     int     sji, skj;
1216
1217     av = ia[1];
1218     ai = ia[2];
1219     aj = ia[3];
1220     ak = ia[4];
1221     copy_rvec(f[ia[1]], fv);
1222
1223     sji = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
1224     skj = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], xjk);
1225     /* 6 flops */
1226
1227     invdij    = inverseNorm(xij);
1228     invdij2   = invdij * invdij;
1229     c1        = iprod(xij, xjk) * invdij2;
1230     xperp[XX] = xjk[XX] - c1 * xij[XX];
1231     xperp[YY] = xjk[YY] - c1 * xij[YY];
1232     xperp[ZZ] = xjk[ZZ] - c1 * xij[ZZ];
1233     /* xperp in plane ijk, perp. to ij */
1234     invdp = inverseNorm(xperp);
1235     a1    = a * invdij;
1236     b1    = b * invdp;
1237     /* 45 flops */
1238
1239     /* a1, b1 and c1 are already calculated in constr_vsite3FAD
1240        storing them somewhere will save 45 flops!     */
1241
1242     fproj = iprod(xij, fv) * invdij2;
1243     svmul(fproj, xij, Fpij);                              /* proj. f on xij */
1244     svmul(iprod(xperp, fv) * invdp * invdp, xperp, Fppp); /* proj. f on xperp */
1245     svmul(b1 * fproj, xperp, f3);
1246     /* 23 flops */
1247
1248     rvec_sub(fv, Fpij, f1); /* f1 = f - Fpij */
1249     rvec_sub(f1, Fppp, f2); /* f2 = f - Fpij - Fppp */
1250     for (int d = 0; d < DIM; d++)
1251     {
1252         f1[d] *= a1;
1253         f2[d] *= b1;
1254     }
1255     /* 12 flops */
1256
1257     c2 = 1 + c1;
1258     f[ai][XX] += fv[XX] - f1[XX] + c1 * f2[XX] + f3[XX];
1259     f[ai][YY] += fv[YY] - f1[YY] + c1 * f2[YY] + f3[YY];
1260     f[ai][ZZ] += fv[ZZ] - f1[ZZ] + c1 * f2[ZZ] + f3[ZZ];
1261     f[aj][XX] += f1[XX] - c2 * f2[XX] - f3[XX];
1262     f[aj][YY] += f1[YY] - c2 * f2[YY] - f3[YY];
1263     f[aj][ZZ] += f1[ZZ] - c2 * f2[ZZ] - f3[ZZ];
1264     f[ak][XX] += f2[XX];
1265     f[ak][YY] += f2[YY];
1266     f[ak][ZZ] += f2[ZZ];
1267     /* 30 Flops */
1268
1269     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1270     {
1271         int svi;
1272
1273         if (pbc)
1274         {
1275             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
1276         }
1277         else
1278         {
1279             svi = CENTRAL;
1280         }
1281
1282         if (svi != CENTRAL || sji != CENTRAL || skj != CENTRAL)
1283         {
1284             rvec_dec(fshift[svi], fv);
1285             fshift[CENTRAL][XX] += fv[XX] - f1[XX] - (1 - c1) * f2[XX] + f3[XX];
1286             fshift[CENTRAL][YY] += fv[YY] - f1[YY] - (1 - c1) * f2[YY] + f3[YY];
1287             fshift[CENTRAL][ZZ] += fv[ZZ] - f1[ZZ] - (1 - c1) * f2[ZZ] + f3[ZZ];
1288             fshift[sji][XX] += f1[XX] - c1 * f2[XX] - f3[XX];
1289             fshift[sji][YY] += f1[YY] - c1 * f2[YY] - f3[YY];
1290             fshift[sji][ZZ] += f1[ZZ] - c1 * f2[ZZ] - f3[ZZ];
1291             fshift[skj][XX] += f2[XX];
1292             fshift[skj][YY] += f2[YY];
1293             fshift[skj][ZZ] += f2[ZZ];
1294         }
1295     }
1296
1297     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1298     {
1299         rvec xiv;
1300         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1301
1302         for (int i = 0; i < DIM; i++)
1303         {
1304             for (int j = 0; j < DIM; j++)
1305             {
1306                 /* Note that xik=xij+xjk, so we have to add xij*f2 */
1307                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xij[i] * (f1[j] + (1 - c2) * f2[j] - f3[j])
1308                               + xjk[i] * f2[j];
1309             }
1310         }
1311     }
1312
1313     /* TOTAL: 113 flops */
1314 }
1315
1316 template<VirialHandling virialHandling>
1317 static void spread_vsite3OUT(const t_iatom        ia[],
1318                              real                 a,
1319                              real                 b,
1320                              real                 c,
1321                              ArrayRef<const RVec> x,
1322                              ArrayRef<RVec>       f,
1323                              ArrayRef<RVec>       fshift,
1324                              matrix               dxdf,
1325                              const t_pbc*         pbc)
1326 {
1327     rvec xvi, xij, xik, fv, fj, fk;
1328     real cfx, cfy, cfz;
1329     int  av, ai, aj, ak;
1330     int  sji, ski;
1331
1332     av = ia[1];
1333     ai = ia[2];
1334     aj = ia[3];
1335     ak = ia[4];
1336
1337     sji = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
1338     ski = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[ai], xik);
1339     /* 6 Flops */
1340
1341     copy_rvec(f[av], fv);
1342
1343     cfx = c * fv[XX];
1344     cfy = c * fv[YY];
1345     cfz = c * fv[ZZ];
1346     /* 3 Flops */
1347
1348     fj[XX] = a * fv[XX] - xik[ZZ] * cfy + xik[YY] * cfz;
1349     fj[YY] = xik[ZZ] * cfx + a * fv[YY] - xik[XX] * cfz;
1350     fj[ZZ] = -xik[YY] * cfx + xik[XX] * cfy + a * fv[ZZ];
1351
1352     fk[XX] = b * fv[XX] + xij[ZZ] * cfy - xij[YY] * cfz;
1353     fk[YY] = -xij[ZZ] * cfx + b * fv[YY] + xij[XX] * cfz;
1354     fk[ZZ] = xij[YY] * cfx - xij[XX] * cfy + b * fv[ZZ];
1355     /* 30 Flops */
1356
1357     f[ai][XX] += fv[XX] - fj[XX] - fk[XX];
1358     f[ai][YY] += fv[YY] - fj[YY] - fk[YY];
1359     f[ai][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ] - fk[ZZ];
1360     rvec_inc(f[aj], fj);
1361     rvec_inc(f[ak], fk);
1362     /* 15 Flops */
1363
1364     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1365     {
1366         int svi;
1367         if (pbc)
1368         {
1369             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
1370         }
1371         else
1372         {
1373             svi = CENTRAL;
1374         }
1375
1376         if (svi != CENTRAL || sji != CENTRAL || ski != CENTRAL)
1377         {
1378             rvec_dec(fshift[svi], fv);
1379             fshift[CENTRAL][XX] += fv[XX] - fj[XX] - fk[XX];
1380             fshift[CENTRAL][YY] += fv[YY] - fj[YY] - fk[YY];
1381             fshift[CENTRAL][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ] - fk[ZZ];
1382             rvec_inc(fshift[sji], fj);
1383             rvec_inc(fshift[ski], fk);
1384         }
1385     }
1386
1387     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1388     {
1389         rvec xiv;
1390
1391         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1392
1393         for (int i = 0; i < DIM; i++)
1394         {
1395             for (int j = 0; j < DIM; j++)
1396             {
1397                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xij[i] * fj[j] + xik[i] * fk[j];
1398             }
1399         }
1400     }
1401
1402     /* TOTAL: 54 flops */
1403 }
1404
1405 template<VirialHandling virialHandling>
1406 static void spread_vsite4FD(const t_iatom        ia[],
1407                             real                 a,
1408                             real                 b,
1409                             real                 c,
1410                             ArrayRef<const RVec> x,
1411                             ArrayRef<RVec>       f,
1412                             ArrayRef<RVec>       fshift,
1413                             matrix               dxdf,
1414                             const t_pbc*         pbc)
1415 {
1416     real fproj, a1;
1417     rvec xvi, xij, xjk, xjl, xix, fv, temp;
1418     int  av, ai, aj, ak, al;
1419     int  sji, skj, slj, m;
1420
1421     av = ia[1];
1422     ai = ia[2];
1423     aj = ia[3];
1424     ak = ia[4];
1425     al = ia[5];
1426
1427     sji = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
1428     skj = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[aj], xjk);
1429     slj = pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[aj], xjl);
1430     /* 9 flops */
1431
1432     /* xix goes from i to point x on the plane jkl */
1433     for (m = 0; m < DIM; m++)
1434     {
1435         xix[m] = xij[m] + a * xjk[m] + b * xjl[m];
1436     }
1437     /* 12 flops */
1438
1439     const real invDistance = inverseNorm(xix);
1440     const real d           = c * invDistance;
1441     /* 4 + ?10? flops */
1442
1443     copy_rvec(f[av], fv);
1444
1445     fproj = iprod(xix, fv) * invDistance * invDistance; /* = (xix . f)/(xix . xix) */
1446
1447     for (m = 0; m < DIM; m++)
1448     {
1449         temp[m] = d * (fv[m] - fproj * xix[m]);
1450     }
1451     /* 16 */
1452
1453     /* c is already calculated in constr_vsite3FD
1454        storing c somewhere will save 35 flops!     */
1455
1456     a1 = 1 - a - b;
1457     for (m = 0; m < DIM; m++)
1458     {
1459         f[ai][m] += fv[m] - temp[m];
1460         f[aj][m] += a1 * temp[m];
1461         f[ak][m] += a * temp[m];
1462         f[al][m] += b * temp[m];
1463     }
1464     /* 26 Flops */
1465
1466     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1467     {
1468         int svi;
1469         if (pbc)
1470         {
1471             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
1472         }
1473         else
1474         {
1475             svi = CENTRAL;
1476         }
1477
1478         if (svi != CENTRAL || sji != CENTRAL || skj != CENTRAL || slj != CENTRAL)
1479         {
1480             rvec_dec(fshift[svi], fv);
1481             for (m = 0; m < DIM; m++)
1482             {
1483                 fshift[CENTRAL][m] += fv[m] - (1 + a + b) * temp[m];
1484                 fshift[sji][m] += temp[m];
1485                 fshift[skj][m] += a * temp[m];
1486                 fshift[slj][m] += b * temp[m];
1487             }
1488         }
1489     }
1490
1491     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1492     {
1493         rvec xiv;
1494         int  i, j;
1495
1496         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1497
1498         for (i = 0; i < DIM; i++)
1499         {
1500             for (j = 0; j < DIM; j++)
1501             {
1502                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xix[i] * temp[j];
1503             }
1504         }
1505     }
1506
1507     /* TOTAL: 77 flops */
1508 }
1509
1510 template<VirialHandling virialHandling>
1511 static void spread_vsite4FDN(const t_iatom        ia[],
1512                              real                 a,
1513                              real                 b,
1514                              real                 c,
1515                              ArrayRef<const RVec> x,
1516                              ArrayRef<RVec>       f,
1517                              ArrayRef<RVec>       fshift,
1518                              matrix               dxdf,
1519                              const t_pbc*         pbc)
1520 {
1521     rvec xvi, xij, xik, xil, ra, rb, rja, rjb, rab, rm, rt;
1522     rvec fv, fj, fk, fl;
1523     real invrm, denom;
1524     real cfx, cfy, cfz;
1525     int  av, ai, aj, ak, al;
1526     int  sij, sik, sil;
1527
1528     /* DEBUG: check atom indices */
1529     av = ia[1];
1530     ai = ia[2];
1531     aj = ia[3];
1532     ak = ia[4];
1533     al = ia[5];
1534
1535     copy_rvec(f[av], fv);
1536
1537     sij = pbc_rvec_sub(pbc, x[aj], x[ai], xij);
1538     sik = pbc_rvec_sub(pbc, x[ak], x[ai], xik);
1539     sil = pbc_rvec_sub(pbc, x[al], x[ai], xil);
1540     /* 9 flops */
1541
1542     ra[XX] = a * xik[XX];
1543     ra[YY] = a * xik[YY];
1544     ra[ZZ] = a * xik[ZZ];
1545
1546     rb[XX] = b * xil[XX];
1547     rb[YY] = b * xil[YY];
1548     rb[ZZ] = b * xil[ZZ];
1549
1550     /* 6 flops */
1551
1552     rvec_sub(ra, xij, rja);
1553     rvec_sub(rb, xij, rjb);
1554     rvec_sub(rb, ra, rab);
1555     /* 9 flops */
1556
1557     cprod(rja, rjb, rm);
1558     /* 9 flops */
1559
1560     invrm = inverseNorm(rm);
1561     denom = invrm * invrm;
1562     /* 5+5+2 flops */
1563
1564     cfx = c * invrm * fv[XX];
1565     cfy = c * invrm * fv[YY];
1566     cfz = c * invrm * fv[ZZ];
1567     /* 6 Flops */
1568
1569     cprod(rm, rab, rt);
1570     /* 9 flops */
1571
1572     rt[XX] *= denom;
1573     rt[YY] *= denom;
1574     rt[ZZ] *= denom;
1575     /* 3flops */
1576
1577     fj[XX] = (-rm[XX] * rt[XX]) * cfx + (rab[ZZ] - rm[YY] * rt[XX]) * cfy
1578              + (-rab[YY] - rm[ZZ] * rt[XX]) * cfz;
1579     fj[YY] = (-rab[ZZ] - rm[XX] * rt[YY]) * cfx + (-rm[YY] * rt[YY]) * cfy
1580              + (rab[XX] - rm[ZZ] * rt[YY]) * cfz;
1581     fj[ZZ] = (rab[YY] - rm[XX] * rt[ZZ]) * cfx + (-rab[XX] - rm[YY] * rt[ZZ]) * cfy
1582              + (-rm[ZZ] * rt[ZZ]) * cfz;
1583     /* 30 flops */
1584
1585     cprod(rjb, rm, rt);
1586     /* 9 flops */
1587
1588     rt[XX] *= denom * a;
1589     rt[YY] *= denom * a;
1590     rt[ZZ] *= denom * a;
1591     /* 3flops */
1592
1593     fk[XX] = (-rm[XX] * rt[XX]) * cfx + (-a * rjb[ZZ] - rm[YY] * rt[XX]) * cfy
1594              + (a * rjb[YY] - rm[ZZ] * rt[XX]) * cfz;
1595     fk[YY] = (a * rjb[ZZ] - rm[XX] * rt[YY]) * cfx + (-rm[YY] * rt[YY]) * cfy
1596              + (-a * rjb[XX] - rm[ZZ] * rt[YY]) * cfz;
1597     fk[ZZ] = (-a * rjb[YY] - rm[XX] * rt[ZZ]) * cfx + (a * rjb[XX] - rm[YY] * rt[ZZ]) * cfy
1598              + (-rm[ZZ] * rt[ZZ]) * cfz;
1599     /* 36 flops */
1600
1601     cprod(rm, rja, rt);
1602     /* 9 flops */
1603
1604     rt[XX] *= denom * b;
1605     rt[YY] *= denom * b;
1606     rt[ZZ] *= denom * b;
1607     /* 3flops */
1608
1609     fl[XX] = (-rm[XX] * rt[XX]) * cfx + (b * rja[ZZ] - rm[YY] * rt[XX]) * cfy
1610              + (-b * rja[YY] - rm[ZZ] * rt[XX]) * cfz;
1611     fl[YY] = (-b * rja[ZZ] - rm[XX] * rt[YY]) * cfx + (-rm[YY] * rt[YY]) * cfy
1612              + (b * rja[XX] - rm[ZZ] * rt[YY]) * cfz;
1613     fl[ZZ] = (b * rja[YY] - rm[XX] * rt[ZZ]) * cfx + (-b * rja[XX] - rm[YY] * rt[ZZ]) * cfy
1614              + (-rm[ZZ] * rt[ZZ]) * cfz;
1615     /* 36 flops */
1616
1617     f[ai][XX] += fv[XX] - fj[XX] - fk[XX] - fl[XX];
1618     f[ai][YY] += fv[YY] - fj[YY] - fk[YY] - fl[YY];
1619     f[ai][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ] - fk[ZZ] - fl[ZZ];
1620     rvec_inc(f[aj], fj);
1621     rvec_inc(f[ak], fk);
1622     rvec_inc(f[al], fl);
1623     /* 21 flops */
1624
1625     if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1626     {
1627         int svi;
1628         if (pbc)
1629         {
1630             svi = pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xvi);
1631         }
1632         else
1633         {
1634             svi = CENTRAL;
1635         }
1636
1637         if (svi != CENTRAL || sij != CENTRAL || sik != CENTRAL || sil != CENTRAL)
1638         {
1639             rvec_dec(fshift[svi], fv);
1640             fshift[CENTRAL][XX] += fv[XX] - fj[XX] - fk[XX] - fl[XX];
1641             fshift[CENTRAL][YY] += fv[YY] - fj[YY] - fk[YY] - fl[YY];
1642             fshift[CENTRAL][ZZ] += fv[ZZ] - fj[ZZ] - fk[ZZ] - fl[ZZ];
1643             rvec_inc(fshift[sij], fj);
1644             rvec_inc(fshift[sik], fk);
1645             rvec_inc(fshift[sil], fl);
1646         }
1647     }
1648
1649     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1650     {
1651         rvec xiv;
1652         int  i, j;
1653
1654         pbc_rvec_sub(pbc, x[av], x[ai], xiv);
1655
1656         for (i = 0; i < DIM; i++)
1657         {
1658             for (j = 0; j < DIM; j++)
1659             {
1660                 dxdf[i][j] += -xiv[i] * fv[j] + xij[i] * fj[j] + xik[i] * fk[j] + xil[i] * fl[j];
1661             }
1662         }
1663     }
1664
1665     /* Total: 207 flops (Yuck!) */
1666 }
1667
1668 template<VirialHandling virialHandling>
1669 static int spread_vsiten(const t_iatom             ia[],
1670                          ArrayRef<const t_iparams> ip,
1671                          ArrayRef<const RVec>      x,
1672                          ArrayRef<RVec>            f,
1673                          ArrayRef<RVec>            fshift,
1674                          const t_pbc*              pbc)
1675 {
1676     rvec xv, dx, fi;
1677     int  n3, av, i, ai;
1678     real a;
1679     int  siv;
1680
1681     n3 = 3 * ip[ia[0]].vsiten.n;
1682     av = ia[1];
1683     copy_rvec(x[av], xv);
1684
1685     for (i = 0; i < n3; i += 3)
1686     {
1687         ai = ia[i + 2];
1688         if (pbc)
1689         {
1690             siv = pbc_dx_aiuc(pbc, x[ai], xv, dx);
1691         }
1692         else
1693         {
1694             siv = CENTRAL;
1695         }
1696         a = ip[ia[i]].vsiten.a;
1697         svmul(a, f[av], fi);
1698         rvec_inc(f[ai], fi);
1699
1700         if (virialHandling == VirialHandling::Pbc && siv != CENTRAL)
1701         {
1702             rvec_inc(fshift[siv], fi);
1703             rvec_dec(fshift[CENTRAL], fi);
1704         }
1705         /* 6 Flops */
1706     }
1707
1708     return n3;
1709 }
1710
1711 #endif // DOXYGEN
1712
1713 //! Returns the number of virtual sites in the interaction list, for VSITEN the number of atoms
1714 static int vsite_count(ArrayRef<const InteractionList> ilist, int ftype)
1715 {
1716     if (ftype == F_VSITEN)
1717     {
1718         return ilist[ftype].size() / 3;
1719     }
1720     else
1721     {
1722         return ilist[ftype].size() / (1 + interaction_function[ftype].nratoms);
1723     }
1724 }
1725
1726 //! Executes the force spreading task for a single thread
1727 template<VirialHandling virialHandling>
1728 static void spreadForceForThread(ArrayRef<const RVec>            x,
1729                                  ArrayRef<RVec>                  f,
1730                                  ArrayRef<RVec>                  fshift,
1731                                  matrix                          dxdf,
1732                                  ArrayRef<const t_iparams>       ip,
1733                                  ArrayRef<const InteractionList> ilist,
1734                                  const t_pbc*                    pbc_null)
1735 {
1736     const PbcMode pbcMode = getPbcMode(pbc_null);
1737     /* We need another pbc pointer, as with charge groups we switch per vsite */
1738     const t_pbc*             pbc_null2 = pbc_null;
1739     gmx::ArrayRef<const int> vsite_pbc;
1740
1741     /* this loop goes backwards to be able to build *
1742      * higher type vsites from lower types         */
1743     for (int ftype = c_ftypeVsiteEnd - 1; ftype >= c_ftypeVsiteStart; ftype--)
1744     {
1745         if (ilist[ftype].empty())
1746         {
1747             continue;
1748         }
1749
1750         { // TODO remove me
1751             int nra = interaction_function[ftype].nratoms;
1752             int inc = 1 + nra;
1753             int nr  = ilist[ftype].size();
1754
1755             const t_iatom* ia = ilist[ftype].iatoms.data();
1756
1757             if (pbcMode == PbcMode::all)
1758             {
1759                 pbc_null2 = pbc_null;
1760             }
1761
1762             for (int i = 0; i < nr;)
1763             {
1764                 int tp = ia[0];
1765
1766                 /* Constants for constructing */
1767                 real a1, b1, c1;
1768                 a1 = ip[tp].vsite.a;
1769                 /* Construct the vsite depending on type */
1770                 switch (ftype)
1771                 {
1772                     case F_VSITE1: spread_vsite1(ia, f); break;
1773                     case F_VSITE2:
1774                         spread_vsite2<virialHandling>(ia, a1, x, f, fshift, pbc_null2);
1775                         break;
1776                     case F_VSITE2FD:
1777                         spread_vsite2FD<virialHandling>(ia, a1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1778                         break;
1779                     case F_VSITE3:
1780                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1781                         spread_vsite3<virialHandling>(ia, a1, b1, x, f, fshift, pbc_null2);
1782                         break;
1783                     case F_VSITE3FD:
1784                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1785                         spread_vsite3FD<virialHandling>(ia, a1, b1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1786                         break;
1787                     case F_VSITE3FAD:
1788                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1789                         spread_vsite3FAD<virialHandling>(ia, a1, b1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1790                         break;
1791                     case F_VSITE3OUT:
1792                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1793                         c1 = ip[tp].vsite.c;
1794                         spread_vsite3OUT<virialHandling>(ia, a1, b1, c1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1795                         break;
1796                     case F_VSITE4FD:
1797                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1798                         c1 = ip[tp].vsite.c;
1799                         spread_vsite4FD<virialHandling>(ia, a1, b1, c1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1800                         break;
1801                     case F_VSITE4FDN:
1802                         b1 = ip[tp].vsite.b;
1803                         c1 = ip[tp].vsite.c;
1804                         spread_vsite4FDN<virialHandling>(ia, a1, b1, c1, x, f, fshift, dxdf, pbc_null2);
1805                         break;
1806                     case F_VSITEN:
1807                         inc = spread_vsiten<virialHandling>(ia, ip, x, f, fshift, pbc_null2);
1808                         break;
1809                     default:
1810                         gmx_fatal(FARGS, "No such vsite type %d in %s, line %d", ftype, __FILE__, __LINE__);
1811                 }
1812                 clear_rvec(f[ia[1]]);
1813
1814                 /* Increment loop variables */
1815                 i += inc;
1816                 ia += inc;
1817             }
1818         }
1819     }
1820 }
1821
1822 //! Wrapper function for calling the templated thread-local spread function
1823 static void spreadForceWrapper(ArrayRef<const RVec>            x,
1824                                ArrayRef<RVec>                  f,
1825                                const VirialHandling            virialHandling,
1826                                ArrayRef<RVec>                  fshift,
1827                                matrix                          dxdf,
1828                                const bool                      clearDxdf,
1829                                ArrayRef<const t_iparams>       ip,
1830                                ArrayRef<const InteractionList> ilist,
1831                                const t_pbc*                    pbc_null)
1832 {
1833     if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear && clearDxdf)
1834     {
1835         clear_mat(dxdf);
1836     }
1837
1838     switch (virialHandling)
1839     {
1840         case VirialHandling::None:
1841             spreadForceForThread<VirialHandling::None>(x, f, fshift, dxdf, ip, ilist, pbc_null);
1842             break;
1843         case VirialHandling::Pbc:
1844             spreadForceForThread<VirialHandling::Pbc>(x, f, fshift, dxdf, ip, ilist, pbc_null);
1845             break;
1846         case VirialHandling::NonLinear:
1847             spreadForceForThread<VirialHandling::NonLinear>(x, f, fshift, dxdf, ip, ilist, pbc_null);
1848             break;
1849     }
1850 }
1851
1852 //! Clears the task force buffer elements that are written by task idTask
1853 static void clearTaskForceBufferUsedElements(InterdependentTask* idTask)
1854 {
1855     int ntask = idTask->spreadTask.size();
1856     for (int ti = 0; ti < ntask; ti++)
1857     {
1858         const AtomIndex* atomList = &idTask->atomIndex[idTask->spreadTask[ti]];
1859         int              natom    = atomList->atom.size();
1860         RVec*            force    = idTask->force.data();
1861         for (int i = 0; i < natom; i++)
1862         {
1863             clear_rvec(force[atomList->atom[i]]);
1864         }
1865     }
1866 }
1867
1868 void VirtualSitesHandler::Impl::spreadForces(ArrayRef<const RVec> x,
1869                                              ArrayRef<RVec>       f,
1870                                              const VirialHandling virialHandling,
1871                                              ArrayRef<RVec>       fshift,
1872                                              matrix               virial,
1873                                              t_nrnb*              nrnb,
1874                                              const matrix         box,
1875                                              gmx_wallcycle*       wcycle)
1876 {
1877     wallcycle_start(wcycle, ewcVSITESPREAD);
1878
1879     const bool useDomdec = domainInfo_.useDomdec();
1880
1881     t_pbc pbc, *pbc_null;
1882
1883     if (domainInfo_.useMolPbc_)
1884     {
1885         /* This is wasting some CPU time as we now do this multiple times
1886          * per MD step.
1887          */
1888         pbc_null = set_pbc_dd(&pbc, domainInfo_.pbcType_,
1889                               useDomdec ? domainInfo_.domdec_->numCells : nullptr, FALSE, box);
1890     }
1891     else
1892     {
1893         pbc_null = nullptr;
1894     }
1895
1896     if (useDomdec)
1897     {
1898         dd_clear_f_vsites(*domainInfo_.domdec_, f);
1899     }
1900
1901     const int numThreads = threadingInfo_.numThreads();
1902
1903     if (numThreads == 1)
1904     {
1905         matrix dxdf;
1906         spreadForceWrapper(x, f, virialHandling, fshift, dxdf, true, iparams_, ilists_, pbc_null);
1907
1908         if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
1909         {
1910             for (int i = 0; i < DIM; i++)
1911             {
1912                 for (int j = 0; j < DIM; j++)
1913                 {
1914                     virial[i][j] += -0.5 * dxdf[i][j];
1915                 }
1916             }
1917         }
1918     }
1919     else
1920     {
1921         /* First spread the vsites that might depend on non-local vsites */
1922         auto& nlDependentVSites = threadingInfo_.threadDataNonLocalDependent();
1923         spreadForceWrapper(x, f, virialHandling, fshift, nlDependentVSites.dxdf, true, iparams_,
1924                            nlDependentVSites.ilist, pbc_null);
1925
1926 #pragma omp parallel num_threads(numThreads)
1927         {
1928             try
1929             {
1930                 int          thread = gmx_omp_get_thread_num();
1931                 VsiteThread& tData  = threadingInfo_.threadData(thread);
1932
1933                 ArrayRef<RVec> fshift_t;
1934                 if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
1935                 {
1936                     if (thread == 0)
1937                     {
1938                         fshift_t = fshift;
1939                     }
1940                     else
1941                     {
1942                         fshift_t = tData.fshift;
1943
1944                         for (int i = 0; i < SHIFTS; i++)
1945                         {
1946                             clear_rvec(fshift_t[i]);
1947                         }
1948                     }
1949                 }
1950
1951                 if (tData.useInterdependentTask)
1952                 {
1953                     /* Spread the vsites that spread outside our local range.
1954                      * This is done using a thread-local force buffer force.
1955                      * First we need to copy the input vsite forces to force.
1956                      */
1957                     InterdependentTask* idTask = &tData.idTask;
1958
1959                     /* Clear the buffer elements set by our task during
1960                      * the last call to spread_vsite_f.
1961                      */
1962                     clearTaskForceBufferUsedElements(idTask);
1963
1964                     int nvsite = idTask->vsite.size();
1965                     for (int i = 0; i < nvsite; i++)
1966                     {
1967                         copy_rvec(f[idTask->vsite[i]], idTask->force[idTask->vsite[i]]);
1968                     }
1969                     spreadForceWrapper(x, idTask->force, virialHandling, fshift_t, tData.dxdf, true,
1970                                        iparams_, tData.idTask.ilist, pbc_null);
1971
1972                     /* We need a barrier before reducing forces below
1973                      * that have been produced by a different thread above.
1974                      */
1975 #pragma omp barrier
1976
1977                     /* Loop over all thread task and reduce forces they
1978                      * produced on atoms that fall in our range.
1979                      * Note that atomic reduction would be a simpler solution,
1980                      * but that might not have good support on all platforms.
1981                      */
1982                     int ntask = idTask->reduceTask.size();
1983                     for (int ti = 0; ti < ntask; ti++)
1984                     {
1985                         const InterdependentTask& idt_foreign =
1986                                 threadingInfo_.threadData(idTask->reduceTask[ti]).idTask;
1987                         const AtomIndex& atomList  = idt_foreign.atomIndex[thread];
1988                         const RVec*      f_foreign = idt_foreign.force.data();
1989
1990                         for (int ind : atomList.atom)
1991                         {
1992                             rvec_inc(f[ind], f_foreign[ind]);
1993                             /* Clearing of f_foreign is done at the next step */
1994                         }
1995                     }
1996                     /* Clear the vsite forces, both in f and force */
1997                     for (int i = 0; i < nvsite; i++)
1998                     {
1999                         int ind = tData.idTask.vsite[i];
2000                         clear_rvec(f[ind]);
2001                         clear_rvec(tData.idTask.force[ind]);
2002                     }
2003                 }
2004
2005                 /* Spread the vsites that spread locally only */
2006                 spreadForceWrapper(x, f, virialHandling, fshift_t, tData.dxdf, false, iparams_,
2007                                    tData.ilist, pbc_null);
2008             }
2009             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
2010         }
2011
2012         if (virialHandling == VirialHandling::Pbc)
2013         {
2014             for (int th = 1; th < numThreads; th++)
2015             {
2016                 for (int i = 0; i < SHIFTS; i++)
2017                 {
2018                     rvec_inc(fshift[i], threadingInfo_.threadData(th).fshift[i]);
2019                 }
2020             }
2021         }
2022
2023         if (virialHandling == VirialHandling::NonLinear)
2024         {
2025             for (int th = 0; th < numThreads + 1; th++)
2026             {
2027                 /* MSVC doesn't like matrix references, so we use a pointer */
2028                 const matrix& dxdf = threadingInfo_.threadData(th).dxdf;
2029
2030                 for (int i = 0; i < DIM; i++)
2031                 {
2032                     for (int j = 0; j < DIM; j++)
2033                     {
2034                         virial[i][j] += -0.5 * dxdf[i][j];
2035                     }
2036                 }
2037             }
2038         }
2039     }
2040
2041     if (useDomdec)
2042     {
2043         dd_move_f_vsites(*domainInfo_.domdec_, f, fshift);
2044     }
2045
2046     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE1, vsite_count(ilists_, F_VSITE1));
2047     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE2, vsite_count(ilists_, F_VSITE2));
2048     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE2FD, vsite_count(ilists_, F_VSITE2FD));
2049     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE3, vsite_count(ilists_, F_VSITE3));
2050     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE3FD, vsite_count(ilists_, F_VSITE3FD));
2051     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE3FAD, vsite_count(ilists_, F_VSITE3FAD));
2052     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE3OUT, vsite_count(ilists_, F_VSITE3OUT));
2053     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE4FD, vsite_count(ilists_, F_VSITE4FD));
2054     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITE4FDN, vsite_count(ilists_, F_VSITE4FDN));
2055     inc_nrnb(nrnb, eNR_VSITEN, vsite_count(ilists_, F_VSITEN));
2056
2057     wallcycle_stop(wcycle, ewcVSITESPREAD);
2058 }
2059
2060 /*! \brief Returns the an array with group indices for each atom
2061  *
2062  * \param[in] grouping  The paritioning of the atom range into atom groups
2063  */
2064 static std::vector<int> makeAtomToGroupMapping(const gmx::RangePartitioning& grouping)
2065 {
2066     std::vector<int> atomToGroup(grouping.fullRange().end(), 0);
2067
2068     for (int group = 0; group < grouping.numBlocks(); group++)
2069     {
2070         auto block = grouping.block(group);
2071         std::fill(atomToGroup.begin() + block.begin(), atomToGroup.begin() + block.end(), group);
2072     }
2073
2074     return atomToGroup;
2075 }
2076
2077 int countNonlinearVsites(const gmx_mtop_t& mtop)
2078 {
2079     int numNonlinearVsites = 0;
2080     for (const gmx_molblock_t& molb : mtop.molblock)
2081     {
2082         const gmx_moltype_t& molt = mtop.moltype[molb.type];
2083
2084         for (const auto& ilist : extractILists(molt.ilist, IF_VSITE))
2085         {
2086             if (ilist.functionType != F_VSITE2 && ilist.functionType != F_VSITE3
2087                 && ilist.functionType != F_VSITEN)
2088             {
2089                 numNonlinearVsites += molb.nmol * ilist.iatoms.size() / (1 + NRAL(ilist.functionType));
2090             }
2091         }
2092     }
2093
2094     return numNonlinearVsites;
2095 }
2096
2097 void VirtualSitesHandler::spreadForces(ArrayRef<const RVec> x,
2098                                        ArrayRef<RVec>       f,
2099                                        const VirialHandling virialHandling,
2100                                        ArrayRef<RVec>       fshift,
2101                                        matrix               virial,
2102                                        t_nrnb*              nrnb,
2103                                        const matrix         box,
2104                                        gmx_wallcycle*       wcycle)
2105 {
2106     impl_->spreadForces(x, f, virialHandling, fshift, virial, nrnb, box, wcycle);
2107 }
2108
2109 int countInterUpdategroupVsites(const gmx_mtop_t&                           mtop,
2110                                 gmx::ArrayRef<const gmx::RangePartitioning> updateGroupingPerMoleculetype)
2111 {
2112     int n_intercg_vsite = 0;
2113     for (const gmx_molblock_t& molb : mtop.molblock)
2114     {
2115         const gmx_moltype_t& molt = mtop.moltype[molb.type];
2116
2117         std::vector<int> atomToGroup;
2118         if (!updateGroupingPerMoleculetype.empty())
2119         {
2120             atomToGroup = makeAtomToGroupMapping(updateGroupingPerMoleculetype[molb.type]);
2121         }
2122         for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
2123         {
2124             const int              nral = NRAL(ftype);
2125             const InteractionList& il   = molt.ilist[ftype];
2126             for (int i = 0; i < il.size(); i += 1 + nral)
2127             {
2128                 bool isInterGroup = atomToGroup.empty();
2129                 if (!isInterGroup)
2130                 {
2131                     const int group = atomToGroup[il.iatoms[1 + i]];
2132                     for (int a = 1; a < nral; a++)
2133                     {
2134                         if (atomToGroup[il.iatoms[1 + a]] != group)
2135                         {
2136                             isInterGroup = true;
2137                             break;
2138                         }
2139                     }
2140                 }
2141                 if (isInterGroup)
2142                 {
2143                     n_intercg_vsite += molb.nmol;
2144                 }
2145             }
2146         }
2147     }
2148
2149     return n_intercg_vsite;
2150 }
2151
2152 std::unique_ptr<VirtualSitesHandler> makeVirtualSitesHandler(const gmx_mtop_t& mtop,
2153                                                              const t_commrec*  cr,
2154                                                              PbcType           pbcType)
2155 {
2156     GMX_RELEASE_ASSERT(cr != nullptr, "We need a valid commrec");
2157
2158     std::unique_ptr<VirtualSitesHandler> vsite;
2159
2160     /* check if there are vsites */
2161     int nvsite = 0;
2162     for (int ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
2163     {
2164         if (interaction_function[ftype].flags & IF_VSITE)
2165         {
2166             GMX_ASSERT(ftype >= c_ftypeVsiteStart && ftype < c_ftypeVsiteEnd,
2167                        "c_ftypeVsiteStart and/or c_ftypeVsiteEnd do not have correct values");
2168
2169             nvsite += gmx_mtop_ftype_count(&mtop, ftype);
2170         }
2171         else
2172         {
2173             GMX_ASSERT(ftype < c_ftypeVsiteStart || ftype >= c_ftypeVsiteEnd,
2174                        "c_ftypeVsiteStart and/or c_ftypeVsiteEnd do not have correct values");
2175         }
2176     }
2177
2178     if (nvsite == 0)
2179     {
2180         return vsite;
2181     }
2182
2183     return std::make_unique<VirtualSitesHandler>(mtop, cr->dd, pbcType);
2184 }
2185
2186 ThreadingInfo::ThreadingInfo() : numThreads_(gmx_omp_nthreads_get(emntVSITE))
2187 {
2188     if (numThreads_ > 1)
2189     {
2190         /* We need one extra thread data structure for the overlap vsites */
2191         tData_.resize(numThreads_ + 1);
2192 #pragma omp parallel for num_threads(numThreads_) schedule(static)
2193         for (int thread = 0; thread < numThreads_; thread++)
2194         {
2195             try
2196             {
2197                 tData_[thread] = std::make_unique<VsiteThread>();
2198
2199                 InterdependentTask& idTask = tData_[thread]->idTask;
2200                 idTask.nuse                = 0;
2201                 idTask.atomIndex.resize(numThreads_);
2202             }
2203             GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
2204         }
2205         if (numThreads_ > 1)
2206         {
2207             tData_[numThreads_] = std::make_unique<VsiteThread>();
2208         }
2209     }
2210 }
2211
2212 //! Returns the number of inter update-group vsites
2213 static int getNumInterUpdategroupVsites(const gmx_mtop_t& mtop, const gmx_domdec_t* domdec)
2214 {
2215     gmx::ArrayRef<const gmx::RangePartitioning> updateGroupingPerMoleculetype;
2216     if (domdec)
2217     {
2218         updateGroupingPerMoleculetype = getUpdateGroupingPerMoleculetype(*domdec);
2219     }
2220
2221     return countInterUpdategroupVsites(mtop, updateGroupingPerMoleculetype);
2222 }
2223
2224 VirtualSitesHandler::Impl::Impl(const gmx_mtop_t& mtop, gmx_domdec_t* domdec, const PbcType pbcType) :
2225     numInterUpdategroupVirtualSites_(getNumInterUpdategroupVsites(mtop, domdec)),
2226     domainInfo_({ pbcType, pbcType != PbcType::No && numInterUpdategroupVirtualSites_ > 0, domdec }),
2227     iparams_(mtop.ffparams.iparams)
2228 {
2229 }
2230
2231 VirtualSitesHandler::VirtualSitesHandler(const gmx_mtop_t& mtop, gmx_domdec_t* domdec, const PbcType pbcType) :
2232     impl_(new Impl(mtop, domdec, pbcType))
2233 {
2234 }
2235
2236 //! Flag that atom \p atom which is home in another task, if it has not already been added before
2237 static inline void flagAtom(InterdependentTask* idTask, const int atom, const int numThreads, const int numAtomsPerThread)
2238 {
2239     if (!idTask->use[atom])
2240     {
2241         idTask->use[atom] = true;
2242         int thread        = atom / numAtomsPerThread;
2243         /* Assign all non-local atom force writes to thread 0 */
2244         if (thread >= numThreads)
2245         {
2246             thread = 0;
2247         }
2248         idTask->atomIndex[thread].atom.push_back(atom);
2249     }
2250 }
2251
2252 /*! \brief Here we try to assign all vsites that are in our local range.
2253  *
2254  * Our task local atom range is tData->rangeStart - tData->rangeEnd.
2255  * Vsites that depend only on local atoms, as indicated by taskIndex[]==thread,
2256  * are assigned to task tData->ilist. Vsites that depend on non-local atoms
2257  * but not on other vsites are assigned to task tData->id_task.ilist.
2258  * taskIndex[] is set for all vsites in our range, either to our local tasks
2259  * or to the single last task as taskIndex[]=2*nthreads.
2260  */
2261 static void assignVsitesToThread(VsiteThread*                    tData,
2262                                  int                             thread,
2263                                  int                             nthread,
2264                                  int                             natperthread,
2265                                  gmx::ArrayRef<int>              taskIndex,
2266                                  ArrayRef<const InteractionList> ilist,
2267                                  ArrayRef<const t_iparams>       ip,
2268                                  const unsigned short*           ptype)
2269 {
2270     for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
2271     {
2272         tData->ilist[ftype].clear();
2273         tData->idTask.ilist[ftype].clear();
2274
2275         const int  nral1 = 1 + NRAL(ftype);
2276         const int* iat   = ilist[ftype].iatoms.data();
2277         for (int i = 0; i < ilist[ftype].size();)
2278         {
2279             /* Get the number of iatom entries in this virtual site.
2280              * The 3 below for F_VSITEN is from 1+NRAL(ftype)=3
2281              */
2282             const int numIAtoms = (ftype == F_VSITEN ? ip[iat[i]].vsiten.n * 3 : nral1);
2283
2284             if (iat[1 + i] < tData->rangeStart || iat[1 + i] >= tData->rangeEnd)
2285             {
2286                 /* This vsite belongs to a different thread */
2287                 i += numIAtoms;
2288                 continue;
2289             }
2290
2291             /* We would like to assign this vsite to task thread,
2292              * but it might depend on atoms outside the atom range of thread
2293              * or on another vsite not assigned to task thread.
2294              */
2295             int task = thread;
2296             if (ftype != F_VSITEN)
2297             {
2298                 for (int j = i + 2; j < i + nral1; j++)
2299                 {
2300                     /* Do a range check to avoid a harmless race on taskIndex */
2301                     if (iat[j] < tData->rangeStart || iat[j] >= tData->rangeEnd || taskIndex[iat[j]] != thread)
2302                     {
2303                         if (!tData->useInterdependentTask || ptype[iat[j]] == eptVSite)
2304                         {
2305                             /* At least one constructing atom is a vsite
2306                              * that is not assigned to the same thread.
2307                              * Put this vsite into a separate task.
2308                              */
2309                             task = 2 * nthread;
2310                             break;
2311                         }
2312
2313                         /* There are constructing atoms outside our range,
2314                          * put this vsite into a second task to be executed
2315                          * on the same thread. During construction no barrier
2316                          * is needed between the two tasks on the same thread.
2317                          * During spreading we need to run this task with
2318                          * an additional thread-local intermediate force buffer
2319                          * (or atomic reduction) and a barrier between the two
2320                          * tasks.
2321                          */
2322                         task = nthread + thread;
2323                     }
2324                 }
2325             }
2326             else
2327             {
2328                 for (int j = i + 2; j < i + numIAtoms; j += 3)
2329                 {
2330                     /* Do a range check to avoid a harmless race on taskIndex */
2331                     if (iat[j] < tData->rangeStart || iat[j] >= tData->rangeEnd || taskIndex[iat[j]] != thread)
2332                     {
2333                         GMX_ASSERT(ptype[iat[j]] != eptVSite,
2334                                    "A vsite to be assigned in assignVsitesToThread has a vsite as "
2335                                    "a constructing atom that does not belong to our task, such "
2336                                    "vsites should be assigned to the single 'master' task");
2337
2338                         task = nthread + thread;
2339                     }
2340                 }
2341             }
2342
2343             /* Update this vsite's thread index entry */
2344             taskIndex[iat[1 + i]] = task;
2345
2346             if (task == thread || task == nthread + thread)
2347             {
2348                 /* Copy this vsite to the thread data struct of thread */
2349                 InteractionList* il_task;
2350                 if (task == thread)
2351                 {
2352                     il_task = &tData->ilist[ftype];
2353                 }
2354                 else
2355                 {
2356                     il_task = &tData->idTask.ilist[ftype];
2357                 }
2358                 /* Copy the vsite data to the thread-task local array */
2359                 il_task->push_back(iat[i], numIAtoms - 1, iat + i + 1);
2360                 if (task == nthread + thread)
2361                 {
2362                     /* This vsite writes outside our own task force block.
2363                      * Put it into the interdependent task list and flag
2364                      * the atoms involved for reduction.
2365                      */
2366                     tData->idTask.vsite.push_back(iat[i + 1]);
2367                     if (ftype != F_VSITEN)
2368                     {
2369                         for (int j = i + 2; j < i + nral1; j++)
2370                         {
2371                             flagAtom(&tData->idTask, iat[j], nthread, natperthread);
2372                         }
2373                     }
2374                     else
2375                     {
2376                         for (int j = i + 2; j < i + numIAtoms; j += 3)
2377                         {
2378                             flagAtom(&tData->idTask, iat[j], nthread, natperthread);
2379                         }
2380                     }
2381                 }
2382             }
2383
2384             i += numIAtoms;
2385         }
2386     }
2387 }
2388
2389 /*! \brief Assign all vsites with taskIndex[]==task to task tData */
2390 static void assignVsitesToSingleTask(VsiteThread*                    tData,
2391                                      int                             task,
2392                                      gmx::ArrayRef<const int>        taskIndex,
2393                                      ArrayRef<const InteractionList> ilist,
2394                                      ArrayRef<const t_iparams>       ip)
2395 {
2396     for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
2397     {
2398         tData->ilist[ftype].clear();
2399         tData->idTask.ilist[ftype].clear();
2400
2401         int              nral1   = 1 + NRAL(ftype);
2402         int              inc     = nral1;
2403         const int*       iat     = ilist[ftype].iatoms.data();
2404         InteractionList* il_task = &tData->ilist[ftype];
2405
2406         for (int i = 0; i < ilist[ftype].size();)
2407         {
2408             if (ftype == F_VSITEN)
2409             {
2410                 /* The 3 below is from 1+NRAL(ftype)=3 */
2411                 inc = ip[iat[i]].vsiten.n * 3;
2412             }
2413             /* Check if the vsite is assigned to our task */
2414             if (taskIndex[iat[1 + i]] == task)
2415             {
2416                 /* Copy the vsite data to the thread-task local array */
2417                 il_task->push_back(iat[i], inc - 1, iat + i + 1);
2418             }
2419
2420             i += inc;
2421         }
2422     }
2423 }
2424
2425 void ThreadingInfo::setVirtualSites(ArrayRef<const InteractionList> ilists,
2426                                     ArrayRef<const t_iparams>       iparams,
2427                                     const t_mdatoms&                mdatoms,
2428                                     const bool                      useDomdec)
2429 {
2430     if (numThreads_ <= 1)
2431     {
2432         /* Nothing to do */
2433         return;
2434     }
2435
2436     /* The current way of distributing the vsites over threads in primitive.
2437      * We divide the atom range 0 - natoms_in_vsite uniformly over threads,
2438      * without taking into account how the vsites are distributed.
2439      * Without domain decomposition we at least tighten the upper bound
2440      * of the range (useful for common systems such as a vsite-protein
2441      * in 3-site water).
2442      * With domain decomposition, as long as the vsites are distributed
2443      * uniformly in each domain along the major dimension, usually x,
2444      * it will also perform well.
2445      */
2446     int vsite_atom_range;
2447     int natperthread;
2448     if (!useDomdec)
2449     {
2450         vsite_atom_range = -1;
2451         for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
2452         {
2453             { // TODO remove me
2454                 if (ftype != F_VSITEN)
2455                 {
2456                     int                 nral1 = 1 + NRAL(ftype);
2457                     ArrayRef<const int> iat   = ilists[ftype].iatoms;
2458                     for (int i = 0; i < ilists[ftype].size(); i += nral1)
2459                     {
2460                         for (int j = i + 1; j < i + nral1; j++)
2461                         {
2462                             vsite_atom_range = std::max(vsite_atom_range, iat[j]);
2463                         }
2464                     }
2465                 }
2466                 else
2467                 {
2468                     int vs_ind_end;
2469
2470                     ArrayRef<const int> iat = ilists[ftype].iatoms;
2471
2472                     int i = 0;
2473                     while (i < ilists[ftype].size())
2474                     {
2475                         /* The 3 below is from 1+NRAL(ftype)=3 */
2476                         vs_ind_end = i + iparams[iat[i]].vsiten.n * 3;
2477
2478                         vsite_atom_range = std::max(vsite_atom_range, iat[i + 1]);
2479                         while (i < vs_ind_end)
2480                         {
2481                             vsite_atom_range = std::max(vsite_atom_range, iat[i + 2]);
2482                             i += 3;
2483                         }
2484                     }
2485                 }
2486             }
2487         }
2488         vsite_atom_range++;
2489         natperthread = (vsite_atom_range + numThreads_ - 1) / numThreads_;
2490     }
2491     else
2492     {
2493         /* Any local or not local atom could be involved in virtual sites.
2494          * But since we usually have very few non-local virtual sites
2495          * (only non-local vsites that depend on local vsites),
2496          * we distribute the local atom range equally over the threads.
2497          * When assigning vsites to threads, we should take care that the last
2498          * threads also covers the non-local range.
2499          */
2500         vsite_atom_range = mdatoms.nr;
2501         natperthread     = (mdatoms.homenr + numThreads_ - 1) / numThreads_;
2502     }
2503
2504     if (debug)
2505     {
2506         fprintf(debug, "virtual site thread dist: natoms %d, range %d, natperthread %d\n",
2507                 mdatoms.nr, vsite_atom_range, natperthread);
2508     }
2509
2510     /* To simplify the vsite assignment, we make an index which tells us
2511      * to which task particles, both non-vsites and vsites, are assigned.
2512      */
2513     taskIndex_.resize(mdatoms.nr);
2514
2515     /* Initialize the task index array. Here we assign the non-vsite
2516      * particles to task=thread, so we easily figure out if vsites
2517      * depend on local and/or non-local particles in assignVsitesToThread.
2518      */
2519     {
2520         int thread = 0;
2521         for (int i = 0; i < mdatoms.nr; i++)
2522         {
2523             if (mdatoms.ptype[i] == eptVSite)
2524             {
2525                 /* vsites are not assigned to a task yet */
2526                 taskIndex_[i] = -1;
2527             }
2528             else
2529             {
2530                 /* assign non-vsite particles to task thread */
2531                 taskIndex_[i] = thread;
2532             }
2533             if (i == (thread + 1) * natperthread && thread < numThreads_)
2534             {
2535                 thread++;
2536             }
2537         }
2538     }
2539
2540 #pragma omp parallel num_threads(numThreads_)
2541     {
2542         try
2543         {
2544             int          thread = gmx_omp_get_thread_num();
2545             VsiteThread& tData  = *tData_[thread];
2546
2547             /* Clear the buffer use flags that were set before */
2548             if (tData.useInterdependentTask)
2549             {
2550                 InterdependentTask& idTask = tData.idTask;
2551
2552                 /* To avoid an extra OpenMP barrier in spread_vsite_f,
2553                  * we clear the force buffer at the next step,
2554                  * so we need to do it here as well.
2555                  */
2556                 clearTaskForceBufferUsedElements(&idTask);
2557
2558                 idTask.vsite.resize(0);
2559                 for (int t = 0; t < numThreads_; t++)
2560                 {
2561                     AtomIndex& atomIndex = idTask.atomIndex[t];
2562                     int        natom     = atomIndex.atom.size();
2563                     for (int i = 0; i < natom; i++)
2564                     {
2565                         idTask.use[atomIndex.atom[i]] = false;
2566                     }
2567                     atomIndex.atom.resize(0);
2568                 }
2569                 idTask.nuse = 0;
2570             }
2571
2572             /* To avoid large f_buf allocations of #threads*vsite_atom_range
2573              * we don't use task2 with more than 200000 atoms. This doesn't
2574              * affect performance, since with such a large range relatively few
2575              * vsites will end up in the separate task.
2576              * Note that useTask2 should be the same for all threads.
2577              */
2578             tData.useInterdependentTask = (vsite_atom_range <= 200000);
2579             if (tData.useInterdependentTask)
2580             {
2581                 size_t              natoms_use_in_vsites = vsite_atom_range;
2582                 InterdependentTask& idTask               = tData.idTask;
2583                 /* To avoid resizing and re-clearing every nstlist steps,
2584                  * we never down size the force buffer.
2585                  */
2586                 if (natoms_use_in_vsites > idTask.force.size() || natoms_use_in_vsites > idTask.use.size())
2587                 {
2588                     idTask.force.resize(natoms_use_in_vsites, { 0, 0, 0 });
2589                     idTask.use.resize(natoms_use_in_vsites, false);
2590                 }
2591             }
2592
2593             /* Assign all vsites that can execute independently on threads */
2594             tData.rangeStart = thread * natperthread;
2595             if (thread < numThreads_ - 1)
2596             {
2597                 tData.rangeEnd = (thread + 1) * natperthread;
2598             }
2599             else
2600             {
2601                 /* The last thread should cover up to the end of the range */
2602                 tData.rangeEnd = mdatoms.nr;
2603             }
2604             assignVsitesToThread(&tData, thread, numThreads_, natperthread, taskIndex_, ilists,
2605                                  iparams, mdatoms.ptype);
2606
2607             if (tData.useInterdependentTask)
2608             {
2609                 /* In the worst case, all tasks write to force ranges of
2610                  * all other tasks, leading to #tasks^2 scaling (this is only
2611                  * the overhead, the actual flops remain constant).
2612                  * But in most cases there is far less coupling. To improve
2613                  * scaling at high thread counts we therefore construct
2614                  * an index to only loop over the actually affected tasks.
2615                  */
2616                 InterdependentTask& idTask = tData.idTask;
2617
2618                 /* Ensure assignVsitesToThread finished on other threads */
2619 #pragma omp barrier
2620
2621                 idTask.spreadTask.resize(0);
2622                 idTask.reduceTask.resize(0);
2623                 for (int t = 0; t < numThreads_; t++)
2624                 {
2625                     /* Do we write to the force buffer of task t? */
2626                     if (!idTask.atomIndex[t].atom.empty())
2627                     {
2628                         idTask.spreadTask.push_back(t);
2629                     }
2630                     /* Does task t write to our force buffer? */
2631                     if (!tData_[t]->idTask.atomIndex[thread].atom.empty())
2632                     {
2633                         idTask.reduceTask.push_back(t);
2634                     }
2635                 }
2636             }
2637         }
2638         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
2639     }
2640     /* Assign all remaining vsites, that will have taskIndex[]=2*vsite->nthreads,
2641      * to a single task that will not run in parallel with other tasks.
2642      */
2643     assignVsitesToSingleTask(tData_[numThreads_].get(), 2 * numThreads_, taskIndex_, ilists, iparams);
2644
2645     if (debug && numThreads_ > 1)
2646     {
2647         fprintf(debug, "virtual site useInterdependentTask %d, nuse:\n",
2648                 static_cast<int>(tData_[0]->useInterdependentTask));
2649         for (int th = 0; th < numThreads_ + 1; th++)
2650         {
2651             fprintf(debug, " %4d", tData_[th]->idTask.nuse);
2652         }
2653         fprintf(debug, "\n");
2654
2655         for (int ftype = c_ftypeVsiteStart; ftype < c_ftypeVsiteEnd; ftype++)
2656         {
2657             if (!ilists[ftype].empty())
2658             {
2659                 fprintf(debug, "%-20s thread dist:", interaction_function[ftype].longname);
2660                 for (int th = 0; th < numThreads_ + 1; th++)
2661                 {
2662                     fprintf(debug, " %4d %4d ", tData_[th]->ilist[ftype].size(),
2663                             tData_[th]->idTask.ilist[ftype].size());
2664                 }
2665                 fprintf(debug, "\n");
2666             }
2667         }
2668     }
2669
2670 #ifndef NDEBUG
2671     int nrOrig     = vsiteIlistNrCount(ilists);
2672     int nrThreaded = 0;
2673     for (int th = 0; th < numThreads_ + 1; th++)
2674     {
2675         nrThreaded += vsiteIlistNrCount(tData_[th]->ilist) + vsiteIlistNrCount(tData_[th]->idTask.ilist);
2676     }
2677     GMX_ASSERT(nrThreaded == nrOrig,
2678                "The number of virtual sites assigned to all thread task has to match the total "
2679                "number of virtual sites");
2680 #endif
2681 }
2682
2683 void VirtualSitesHandler::Impl::setVirtualSites(ArrayRef<const InteractionList> ilists,
2684                                                 const t_mdatoms&                mdatoms)
2685 {
2686     ilists_ = ilists;
2687
2688     threadingInfo_.setVirtualSites(ilists, iparams_, mdatoms, domainInfo_.useDomdec());
2689 }
2690
2691 void VirtualSitesHandler::setVirtualSites(ArrayRef<const InteractionList> ilists, const t_mdatoms& mdatoms)
2692 {
2693     impl_->setVirtualSites(ilists, mdatoms);
2694 }
2695
2696 } // namespace gmx