src/gromacs/mdlib/updategroups.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /* \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements functions for generating update groups
  38  *
  39  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  40  * \ingroup module_mdlib
  41  */
  42
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "updategroups.h"
  46
  47 #include <cmath>
  48
  49 #include <unordered_map>
  50
  51 #include "gromacs/math/functions.h"
  52 #include "gromacs/math/units.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  55 #include "gromacs/topology/block.h"
  56 #include "gromacs/topology/idef.h"
  57 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  58 #include "gromacs/topology/topology.h"
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62
  63 /*! \brief Returns whether \p moltype contains flexible constraints */
  64 static bool hasFlexibleConstraints(const gmx_moltype_t& moltype, gmx::ArrayRef<const t_iparams> iparams)
  65 {
  66     for (auto& ilist : extractILists(moltype.ilist, IF_CONSTRAINT))
  67     {
  68         if (ilist.functionType != F_SETTLE)
  69         {
  70             for (size_t i = 0; i < ilist.iatoms.size(); i += ilistStride(ilist))
  71             {
  72                 if (isConstraintFlexible(iparams.data(), ilist.iatoms[i]))
  73                 {
  74                     return true;
  75                 }
  76             }
  77         }
  78     }
  79
  80     return false;
  81 }
  82
  83 /*! \brief Returns whether moltype has incompatible vsites.
  84  *
  85  * For simplicity the only compatible vsites are linear 2 or 3 atom sites
  86  * that are constructed in between the 2 or 3 contructing atoms,
  87  */
  88 static bool hasIncompatibleVsites(const gmx_moltype_t& moltype, gmx::ArrayRef<const t_iparams> iparams)
  89 {
  90     bool hasIncompatibleVsites = false;
  91
  92     for (auto& ilist : extractILists(moltype.ilist, IF_VSITE))
  93     {
  94         if (ilist.functionType == F_VSITE2 || ilist.functionType == F_VSITE3)
  95         {
  96             for (size_t i = 0; i < ilist.iatoms.size(); i += ilistStride(ilist))
  97             {
  98                 const t_iparams& iparam = iparams[ilist.iatoms[i]];
  99                 real             coeffMin;
 100                 real             coeffSum;
 101                 if (ilist.functionType == F_VSITE2)
 102                 {
 103                     coeffMin = iparam.vsite.a;
 104                     coeffSum = iparam.vsite.a;
 105                 }
 106                 else
 107                 {
 108                     coeffMin = std::min(iparam.vsite.a, iparam.vsite.b);
 109                     coeffSum = iparam.vsite.a + iparam.vsite.b;
 110                 }
 111                 if (coeffMin < 0 || coeffSum > 1)
 112                 {
 113                     hasIncompatibleVsites = true;
 114                     break;
 115                 }
 116             }
 117         }
 118         else
 119         {
 120             hasIncompatibleVsites = true;
 121             break;
 122         }
 123     }
 124
 125     return hasIncompatibleVsites;
 126 }
 127
 128 /*! \brief Returns a merged list with constraints of all types */
 129 static InteractionList jointConstraintList(const gmx_moltype_t& moltype)
 130 {
 131     InteractionList   ilistCombined;
 132     std::vector<int>& iatoms = ilistCombined.iatoms;
 133
 134     for (auto& ilist : extractILists(moltype.ilist, IF_CONSTRAINT))
 135     {
 136         if (ilist.functionType == F_SETTLE)
 137         {
 138             for (size_t i = 0; i < ilist.iatoms.size(); i += ilistStride(ilist))
 139             {
 140                 iatoms.push_back(-1);
 141                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 1]);
 142                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 2]);
 143                 iatoms.push_back(-1);
 144                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 1]);
 145                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 3]);
 146                 iatoms.push_back(-1);
 147                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 2]);
 148                 iatoms.push_back(ilist.iatoms[i + 3]);
 149             }
 150         }
 151         else
 152         {
 153             GMX_RELEASE_ASSERT(NRAL(ilist.functionType) == 2,
 154                                "Can only handle two-atom non-SETTLE constraints");
 155
 156             iatoms.insert(iatoms.end(), ilist.iatoms.begin(), ilist.iatoms.end());
 157         }
 158     }
 159
 160     return ilistCombined;
 161 }
 162
 163 /*! \brief Struct for returning an atom range */
 164 struct AtomIndexExtremes
 165 {
 166     int minAtom; //!< The minimum atom index
 167     int maxAtom; //!< The maximum atom index
 168 };
 169
 170 /*! \brief Returns the range of constructing atom for vsite with atom index \p a */
 171 static AtomIndexExtremes vsiteConstructRange(int a, const gmx_moltype_t& moltype)
 172 {
 173     AtomIndexExtremes extremes = { -1, -1 };
 174
 175     for (auto& ilist : extractILists(moltype.ilist, IF_VSITE))
 176     {
 177         for (size_t i = 0; i < ilist.iatoms.size(); i += ilistStride(ilist))
 178         {
 179             if (ilist.iatoms[i + 1] == a)
 180             {
 181                 extremes.minAtom = ilist.iatoms[i + 2];
 182                 extremes.maxAtom = ilist.iatoms[i + 2];
 183                 for (size_t j = i + 3; j < i + ilistStride(ilist); j++)
 184                 {
 185                     extremes.minAtom = std::min(extremes.minAtom, ilist.iatoms[j]);
 186                     extremes.maxAtom = std::max(extremes.maxAtom, ilist.iatoms[j]);
 187                 }
 188                 return extremes;
 189             }
 190         }
 191     }
 192
 193     GMX_RELEASE_ASSERT(false, "If a is a vsite, we should have found constructing atoms");
 194
 195     return extremes;
 196 }
 197
 198 /*! \brief Returns the range of atoms constrained to atom \p a (including \p a itself) */
 199 static AtomIndexExtremes constraintAtomRange(int a, const t_blocka& at2con, const InteractionList& ilistConstraints)
 200 {
 201     AtomIndexExtremes extremes = { a, a };
 202
 203     for (int i = at2con.index[a]; i < at2con.index[a + 1]; i++)
 204     {
 205         for (int j = 0; j < 2; j++)
 206         {
 207             int atomJ        = ilistConstraints.iatoms[at2con.a[i] * 3 + 1 + j];
 208             extremes.minAtom = std::min(extremes.minAtom, atomJ);
 209             extremes.maxAtom = std::max(extremes.maxAtom, atomJ);
 210         }
 211     }
 212
 213     return extremes;
 214 }
 215
 216 /*! \brief Returns a list that tells whether atoms in \p moltype are vsites */
 217 static std::vector<bool> buildIsParticleVsite(const gmx_moltype_t& moltype)
 218 {
 219     std::vector<bool> isVsite(moltype.atoms.nr);
 220
 221     for (auto& ilist : extractILists(moltype.ilist, IF_VSITE))
 222     {
 223         for (size_t i = 0; i < ilist.iatoms.size(); i += ilistStride(ilist))
 224         {
 225             int vsiteAtom      = ilist.iatoms[i + 1];
 226             isVsite[vsiteAtom] = true;
 227         }
 228     }
 229
 230     return isVsite;
 231 }
 232
 233 /*! \brief Returns the size of the update group starting at \p firstAtom or 0 when criteria (see updategroups.h) are not met */
 234 static int detectGroup(int                    firstAtom,
 235                        const gmx_moltype_t&   moltype,
 236                        const t_blocka&        at2con,
 237                        const InteractionList& ilistConstraints)
 238 {
 239     /* We should be using moltype.atoms.atom[].ptype for checking whether
 240      * a particle is a vsite. But the test code can't fill t_atoms,
 241      * because it uses C pointers which get double freed.
 242      */
 243     std::vector<bool> isParticleVsite = buildIsParticleVsite(moltype);
 244
 245     /* A non-vsite atom without constraints is an update group by itself */
 246     if (!isParticleVsite[firstAtom] && at2con.index[firstAtom + 1] - at2con.index[firstAtom] == 0)
 247     {
 248         return 1;
 249     }
 250
 251     /* A (potential) update group starts at firstAtom and should consist
 252      * of two or more atoms and possibly vsites. At least one atom should
 253      * have constraints with all other atoms and vsites should have all
 254      * constructing atoms inside the group. Here we increase lastAtom until
 255      * the criteria are fulfilled or exit when criteria cannot be met.
 256      */
 257     int numAtomsWithConstraints = 0;
 258     int maxConstraintsPerAtom   = 0;
 259     int lastAtom                = firstAtom;
 260     int a                       = firstAtom;
 261     while (a <= lastAtom)
 262     {
 263         if (isParticleVsite[a])
 264         {
 265             AtomIndexExtremes extremes = vsiteConstructRange(a, moltype);
 266             if (extremes.minAtom < firstAtom)
 267             {
 268                 /* A constructing atom is outside the group,
 269                  * we can not use update groups.
 270                  */
 271                 return 0;
 272             }
 273             lastAtom = std::max(lastAtom, extremes.maxAtom);
 274         }
 275         else
 276         {
 277             int numConstraints = at2con.index[a + 1] - at2con.index[a];
 278             if (numConstraints == 0)
 279             {
 280                 /* We can not have unconstrained atoms in an update group */
 281                 return 0;
 282             }
 283             /* This atom has at least one constraint.
 284              * Check whether all constraints are within the group
 285              * and whether we need to extend the group.
 286              */
 287             numAtomsWithConstraints += 1;
 288             maxConstraintsPerAtom = std::max(maxConstraintsPerAtom, numConstraints);
 289
 290             AtomIndexExtremes extremes = constraintAtomRange(a, at2con, ilistConstraints);
 291             if (extremes.minAtom < firstAtom)
 292             {
 293                 /* Constraint to atom outside the "group" */
 294                 return 0;
 295             }
 296             lastAtom = std::max(lastAtom, extremes.maxAtom);
 297         }
 298
 299         a++;
 300     }
 301
 302     /* lastAtom might be followed by a vsite that is constructed from atoms
 303      * with index <= lastAtom. Handle this case.
 304      */
 305     if (lastAtom + 1 < moltype.atoms.nr && isParticleVsite[lastAtom + 1])
 306     {
 307         AtomIndexExtremes extremes = vsiteConstructRange(lastAtom + 1, moltype);
 308         if (extremes.minAtom < firstAtom)
 309         {
 310             /* Constructing atom precedes the group */
 311             return 0;
 312         }
 313         else if (extremes.maxAtom <= lastAtom)
 314         {
 315             /* All constructing atoms are in the group, add the vsite to the group */
 316             lastAtom++;
 317         }
 318         else if (extremes.minAtom <= lastAtom)
 319         {
 320             /* Some, but not all constructing atoms are in the group */
 321             return 0;
 322         }
 323     }
 324
 325     GMX_RELEASE_ASSERT(maxConstraintsPerAtom < numAtomsWithConstraints,
 326                        "We have checked that atoms are only constrained to atoms within the group,"
 327                        "so each atom should have fewer constraints than the number of atoms");
 328     /* Check that at least one atom is constrained to all others */
 329     if (maxConstraintsPerAtom != numAtomsWithConstraints - 1)
 330     {
 331         return 0;
 332     }
 333
 334     return lastAtom - firstAtom + 1;
 335 }
 336
 337 /*! \brief Returns a list of update groups for \p moltype */
 338 static RangePartitioning makeUpdateGroups(const gmx_moltype_t& moltype, gmx::ArrayRef<const t_iparams> iparams)
 339 {
 340     RangePartitioning groups;
 341
 342     /* Update groups are not compatible with flexible constraints.
 343      * Without dynamics the flexible constraints are ignored,
 344      * but since performance for EM/NM is less critical, we do not
 345      * use update groups to keep the code here simpler.
 346      */
 347     if (hasFlexibleConstraints(moltype, iparams) || hasIncompatibleVsites(moltype, iparams))
 348     {
 349         return groups;
 350     }
 351
 352     /* Combine all constraint ilists into a single one */
 353     InteractionList constraintsCombined = jointConstraintList(moltype);
 354     t_ilist         ilistsCombined[F_NRE];
 355     ilistsCombined[F_CONSTR].nr     = constraintsCombined.iatoms.size();
 356     ilistsCombined[F_CONSTR].iatoms = constraintsCombined.iatoms.data();
 357     ilistsCombined[F_CONSTRNC].nr   = 0;
 358     /* We "include" flexible constraints, but none are present (checked above) */
 359     t_blocka at2con = make_at2con(moltype.atoms.nr, ilistsCombined, iparams.data(),
 360                                   FlexibleConstraintTreatment::Include);
 361
 362     bool satisfiesCriteria = true;
 363
 364     int firstAtom = 0;
 365     while (satisfiesCriteria && firstAtom < moltype.atoms.nr)
 366     {
 367         int numAtomsInGroup = detectGroup(firstAtom, moltype, at2con, constraintsCombined);
 368
 369         if (numAtomsInGroup == 0)
 370         {
 371             satisfiesCriteria = false;
 372         }
 373         else
 374         {
 375             groups.appendBlock(numAtomsInGroup);
 376         }
 377         firstAtom += numAtomsInGroup;
 378     }
 379
 380     if (!satisfiesCriteria)
 381     {
 382         /* Make groups empty, to signal not satisfying the criteria */
 383         groups.clear();
 384     }
 385
 386     done_blocka(&at2con);
 387
 388     return groups;
 389 }
 390
 391 std::vector<RangePartitioning> makeUpdateGroups(const gmx_mtop_t& mtop)
 392 {
 393     std::vector<RangePartitioning> updateGroups;
 394
 395     bool systemSatisfiesCriteria = true;
 396     for (const gmx_moltype_t& moltype : mtop.moltype)
 397     {
 398         updateGroups.push_back(makeUpdateGroups(moltype, mtop.ffparams.iparams));
 399
 400         if (updateGroups.back().numBlocks() == 0)
 401         {
 402             systemSatisfiesCriteria = false;
 403         }
 404     }
 405
 406     if (!systemSatisfiesCriteria)
 407     {
 408         updateGroups.clear();
 409     }
 410
 411     return updateGroups;
 412 }
 413
 414 /*! \brief Returns a map of angles ilist.iatoms indices with the middle atom as key */
 415 static std::unordered_multimap<int, int> getAngleIndices(const gmx_moltype_t& moltype)
 416 {
 417     const InteractionList& angles = moltype.ilist[F_ANGLES];
 418
 419     std::unordered_multimap<int, int> indices(angles.size());
 420
 421     for (int i = 0; i < angles.size(); i += 1 + NRAL(F_ANGLES))
 422     {
 423         indices.insert({ angles.iatoms[i + 2], i });
 424     }
 425
 426     return indices;
 427 }
 428
 429 /*! \brief When possible, computes the maximum radius of constrained atom in an update group
 430  *
 431  * Supports groups with 2 or 3 atoms where all partner atoms are connected to
 432  * each other by angle potentials. The temperature is used to compute a radius
 433  * that is not exceeded with a chance of 10^-9. Note that this computation
 434  * assumes there are no other strong forces working on these angular
 435  * degrees of freedom.
 436  * The return value is -1 when all partners are not connected to each other
 437  * by one angle potential, when a potential is perturbed or when an angle
 438  * could reach more than 180 degrees.
 439  */
 440 template<int numPartnerAtoms>
 441 static real constraintGroupRadius(const gmx_moltype_t&                     moltype,
 442                                   gmx::ArrayRef<const t_iparams>           iparams,
 443                                   const int                                centralAtom,
 444                                   const t_blocka&                          at2con,
 445                                   const std::unordered_multimap<int, int>& angleIndices,
 446                                   const real                               constraintLength,
 447                                   const real                               temperature)
 448 {
 449     const int numConstraints = at2con.index[centralAtom + 1] - at2con.index[centralAtom];
 450     GMX_RELEASE_ASSERT(numConstraints == numPartnerAtoms,
 451                        "We expect as many constraints as partner atoms here");
 452
 453     std::array<int, numPartnerAtoms> partnerAtoms;
 454     for (int i = 0; i < numPartnerAtoms; i++)
 455     {
 456         const int ind = at2con.a[at2con.index[centralAtom] + i] * 3;
 457         if (ind >= moltype.ilist[F_CONSTR].size())
 458         {
 459             /* This is a flexible constraint, we don't optimize for that */
 460             return -1;
 461         }
 462         const int a1    = moltype.ilist[F_CONSTR].iatoms[ind + 1];
 463         const int a2    = moltype.ilist[F_CONSTR].iatoms[ind + 2];
 464         partnerAtoms[i] = (a1 == centralAtom ? a2 : a1);
 465     }
 466
 467     const InteractionList&           angles      = moltype.ilist[F_ANGLES];
 468     auto                             range       = angleIndices.equal_range(centralAtom);
 469     int                              angleType   = -1;
 470     std::array<int, numPartnerAtoms> numAngles   = { 0 };
 471     bool                             areSameType = true;
 472     for (auto it = range.first; it != range.second; ++it)
 473     {
 474         /* Check if the outer atoms in the angle are both partner atoms */
 475         int numAtomsFound = 0;
 476         for (int ind = it->second + 1; ind < it->second + 4; ind += 2)
 477         {
 478             for (const int& partnerAtom : partnerAtoms)
 479             {
 480                 if (angles.iatoms[ind] == partnerAtom)
 481                 {
 482                     numAtomsFound++;
 483                 }
 484             }
 485         }
 486         if (numAtomsFound == 2)
 487         {
 488             /* Check that the angle potentials have the same type */
 489             if (angleType == -1)
 490             {
 491                 angleType = angles.iatoms[it->second];
 492             }
 493             else if (angles.iatoms[it->second] != angleType)
 494             {
 495                 areSameType = false;
 496             }
 497             /* Count the number of angle interactions per atoms */
 498             for (int ind = it->second + 1; ind < it->second + 4; ind += 2)
 499             {
 500                 for (size_t i = 0; i < partnerAtoms.size(); i++)
 501                 {
 502                     if (angles.iatoms[ind] == partnerAtoms[i])
 503                     {
 504                         numAngles[i]++;
 505                     }
 506                 }
 507             }
 508         }
 509     }
 510
 511     bool criteriaSatisfied = areSameType;
 512     for (int i = 0; i < numPartnerAtoms; i++)
 513     {
 514         if (numAngles[i] != numPartnerAtoms - 1)
 515         {
 516             criteriaSatisfied = false;
 517         }
 518     }
 519
 520     /* We don't bother optimizing the perturbed angle case */
 521     const t_iparams& angleParams = iparams[angleType];
 522     if (criteriaSatisfied && angleParams.harmonic.rB == angleParams.harmonic.rA
 523         && angleParams.harmonic.krB == angleParams.harmonic.krA)
 524     {
 525         /* Set number of stddevs such that change of exceeding < 10^-9 */
 526         constexpr real c_numSigma = 6.0;
 527         /* Compute the maximally stretched angle */
 528         const real eqAngle = angleParams.harmonic.rA * DEG2RAD;
 529         const real fc      = angleParams.harmonic.krA;
 530         const real maxAngle = eqAngle + c_numSigma * BOLTZ * temperature / ((numPartnerAtoms - 1) * fc);
 531         if (maxAngle >= M_PI)
 532         {
 533             return -1;
 534         }
 535
 536         if (numPartnerAtoms == 2)
 537         {
 538             /* With two atoms constrainted to a cental atom we have a triangle
 539              * with two equal sides because the constraint type is equal.
 540              * Return the distance from the COG to the farthest two corners,
 541              * i.e. the partner atoms.
 542              */
 543             real distMidPartner = std::sin(0.5 * maxAngle) * constraintLength;
 544             real distCentralMid = std::cos(0.5 * maxAngle) * constraintLength;
 545             real distCogMid     = distCentralMid * numPartnerAtoms / (numPartnerAtoms + 1);
 546             real distCogPartner = std::sqrt(gmx::square(distMidPartner) + gmx::square(distCogMid));
 547
 548             return distCogPartner;
 549         }
 550         else if (numPartnerAtoms == 3)
 551         {
 552             /* With three atoms constrainted to a cental atom we have the
 553              * largest COG-atom distance when one partner atom (the outlier)
 554              * moves out by stretching its two angles by an equal amount.
 555              * The math here gets a bit more involved, but it is still
 556              * rather straightforward geometry.
 557              * We first compute distances in the plane of the three partners.
 558              * Here we have two "equilibrium" partners and one outlier.
 559              * We make use of the "Mid" point between the two "Eq" partners.
 560              * We project the central atom on this plane.
 561              * Then we compute the distance of the central atom to the plane.
 562              * The distance of the COG to the ourlier is returned.
 563              */
 564             real halfDistEqPartner  = std::sin(0.5 * eqAngle) * constraintLength;
 565             real distPartnerOutlier = 2 * std::sin(0.5 * maxAngle) * constraintLength;
 566             real distMidOutlier =
 567                     std::sqrt(gmx::square(distPartnerOutlier) - gmx::square(halfDistEqPartner));
 568             real distMidCenterInPlane =
 569                     0.5 * (distMidOutlier - gmx::square(halfDistEqPartner) / distMidOutlier);
 570             real distCentralToPlane =
 571                     std::sqrt(gmx::square(constraintLength) - gmx::square(halfDistEqPartner)
 572                               - gmx::square(distMidCenterInPlane));
 573             real distCogOutlierH = distCentralToPlane / (numPartnerAtoms + 1);
 574             real distCogOutlierP =
 575                     distMidOutlier - (distMidOutlier + distMidCenterInPlane) / (numPartnerAtoms + 1);
 576             real distCogOutlier = std::sqrt(gmx::square(distCogOutlierH) + gmx::square(distCogOutlierP));
 577
 578             return distCogOutlier;
 579         }
 580         else
 581         {
 582             GMX_RELEASE_ASSERT(false, "Only 2 or 3 constraints are supported here");
 583         }
 584     }
 585
 586     return -1;
 587 }
 588
 589 /*! \brief Returns the maximum update group radius for \p moltype */
 590 static real computeMaxUpdateGroupRadius(const gmx_moltype_t&           moltype,
 591                                         gmx::ArrayRef<const t_iparams> iparams,
 592                                         const RangePartitioning&       updateGroups,
 593                                         real                           temperature)
 594 {
 595     GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlexibleConstraints(moltype, iparams),
 596                        "Flexible constraints are not supported here");
 597
 598     const InteractionList& settles = moltype.ilist[F_SETTLE];
 599
 600     t_blocka at2con = make_at2con(moltype, iparams, FlexibleConstraintTreatment::Include);
 601
 602     const auto angleIndices = getAngleIndices(moltype);
 603
 604     real maxRadius = 0;
 605     for (int group = 0; group < updateGroups.numBlocks(); group++)
 606     {
 607         if (updateGroups.block(group).size() == 1)
 608         {
 609             /* Single atom group, radius is zero */
 610             continue;
 611         }
 612
 613         /* Find the atom maxAtom with the maximum number of constraints */
 614         int maxNumConstraints = 0;
 615         int maxAtom           = -1;
 616         for (int a : updateGroups.block(group))
 617         {
 618             int numConstraints = at2con.index[a + 1] - at2con.index[a];
 619             if (numConstraints > maxNumConstraints)
 620             {
 621                 maxNumConstraints = numConstraints;
 622                 maxAtom           = a;
 623             }
 624         }
 625         GMX_ASSERT(maxAtom >= 0 || settles.size() > 0,
 626                    "We should have at least two atoms in the group with constraints");
 627         if (maxAtom < 0)
 628         {
 629             continue;
 630         }
 631
 632         bool allTypesAreEqual     = true;
 633         int  constraintType       = -1;
 634         real maxConstraintLength  = 0;
 635         real sumConstraintLengths = 0;
 636         for (int i = at2con.index[maxAtom]; i < at2con.index[maxAtom + 1]; i++)
 637         {
 638             int conIndex = at2con.a[i] * (1 + NRAL(F_CONSTR));
 639             int iparamsIndex;
 640             if (conIndex < moltype.ilist[F_CONSTR].size())
 641             {
 642                 iparamsIndex = moltype.ilist[F_CONSTR].iatoms[conIndex];
 643             }
 644             else
 645             {
 646                 iparamsIndex =
 647                         moltype.ilist[F_CONSTRNC].iatoms[conIndex - moltype.ilist[F_CONSTR].size()];
 648             }
 649             if (i == at2con.index[maxAtom])
 650             {
 651                 constraintType = iparamsIndex;
 652             }
 653             else if (iparamsIndex != constraintType)
 654             {
 655                 allTypesAreEqual = false;
 656             }
 657             /* Here we take the maximum constraint length of the A and B
 658              * topology, which assumes lambda is between 0 and 1 for
 659              * free-energy runs.
 660              */
 661             real constraintLength =
 662                     std::max(iparams[iparamsIndex].constr.dA, iparams[iparamsIndex].constr.dB);
 663             maxConstraintLength = std::max(maxConstraintLength, constraintLength);
 664             sumConstraintLengths += constraintLength;
 665         }
 666
 667         int  numConstraints = at2con.index[maxAtom + 1] - at2con.index[maxAtom];
 668         real radius;
 669         if (numConstraints == 1)
 670         {
 671             /* Single constraint: the radius is the distance from the midpoint */
 672             radius = 0.5_real * maxConstraintLength;
 673         }
 674         else
 675         {
 676             radius = -1;
 677
 678             /* With 2 constraints the maximum possible radius is the
 679              * constraint length, so we can use that for the 0 K case.
 680              */
 681             if (numConstraints == 2 && allTypesAreEqual && temperature > 0)
 682             {
 683                 radius = constraintGroupRadius<2>(moltype, iparams, maxAtom, at2con, angleIndices,
 684                                                   maxConstraintLength, temperature);
 685             }
 686             /* With 3 constraints the maximum possible radius is 1.4 times
 687              * the constraint length, so it is worth computing a smaller
 688              * radius to enable update groups for systems in a small box.
 689              */
 690             if (numConstraints == 3 && allTypesAreEqual && temperature >= 0)
 691             {
 692                 radius = constraintGroupRadius<3>(moltype, iparams, maxAtom, at2con, angleIndices,
 693                                                   maxConstraintLength, temperature);
 694                 if (temperature == 0 && radius >= 0)
 695                 {
 696                     /* Add a 10% margin for deviation at 0 K */
 697                     radius *= 1.1_real;
 698                 }
 699             }
 700
 701             if (radius < 0)
 702             {
 703                 /* Worst case: atom with the longest constraint on one side
 704                  * of the center, all others on the opposite side
 705                  */
 706                 radius = maxConstraintLength
 707                          + (sumConstraintLengths - 2 * maxConstraintLength) / (numConstraints + 1);
 708             }
 709         }
 710         maxRadius = std::max(maxRadius, radius);
 711     }
 712
 713     for (int i = 0; i < settles.size(); i += 1 + NRAL(F_SETTLE))
 714     {
 715         const real dOH = iparams[settles.iatoms[i]].settle.doh;
 716         const real dHH = iparams[settles.iatoms[i]].settle.dhh;
 717         /* Compute distance^2 from center of geometry to O and H */
 718         const real dCO2  = (4 * dOH * dOH - dHH * dHH) / 9;
 719         const real dCH2  = (dOH * dOH + 2 * dHH * dHH) / 9;
 720         const real dCAny = std::sqrt(std::max(dCO2, dCH2));
 721         maxRadius        = std::max(maxRadius, dCAny);
 722     }
 723
 724     done_blocka(&at2con);
 725
 726     return maxRadius;
 727 }
 728
 729 real computeMaxUpdateGroupRadius(const gmx_mtop_t&                      mtop,
 730                                  gmx::ArrayRef<const RangePartitioning> updateGroups,
 731                                  real                                   temperature)
 732 {
 733     if (updateGroups.empty())
 734     {
 735         return 0;
 736     }
 737
 738     GMX_RELEASE_ASSERT(updateGroups.size() == mtop.moltype.size(),
 739                        "We need one update group entry per moleculetype");
 740
 741     real maxRadius = 0;
 742
 743     for (size_t moltype = 0; moltype < mtop.moltype.size(); moltype++)
 744     {
 745         maxRadius = std::max(
 746                 maxRadius, computeMaxUpdateGroupRadius(mtop.moltype[moltype], mtop.ffparams.iparams,
 747                                                        updateGroups[moltype], temperature));
 748     }
 749
 750     return maxRadius;
 751 }
 752
 753 } // namespace gmx