src/gromacs/mdlib/update_constrain_gpu_internal.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Declares GPU implementations of backend-specific update-constraints functions.
  38  *
  39  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_mdlib
  42  */
  43 #ifndef GMX_MDLIB_UPDATE_CONSTRAIN_GPU_INTERNAL_H
  44 #define GMX_MDLIB_UPDATE_CONSTRAIN_GPU_INTERNAL_H
  45
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer_datatype.h"
  49 #include "gromacs/gpu_utils/device_stream.h"
  50 #include "gromacs/gpu_utils/gputraits.h"
  51
  52 class GpuEventSynchronizer;
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56
  57 /*! \internal \brief Scaling matrix struct.
  58  *
  59  * \todo Should be generalized.
  60  */
  61 struct ScalingMatrix
  62 {
  63     ScalingMatrix(const matrix m) :
  64         xx(m[XX][XX]), yy(m[YY][YY]), zz(m[ZZ][ZZ]), yx(m[YY][XX]), zx(m[ZZ][XX]), zy(m[ZZ][YY])
  65     {
  66     }
  67     float xx, yy, zz, yx, zx, zy;
  68 };
  69
  70 /*! \brief Launches positions of velocities scaling kernel.
  71  *
  72  * \param[in] numAtoms       Number of atoms in the system.
  73  * \param[in] d_coordinates  Device buffer with position or velocities to be scaled.
  74  * \param[in] mu             Scaling matrix.
  75  * \param[in] deviceStream   Stream to launch kernel in.
  76  */
  77 void launchScaleCoordinatesKernel(int                  numAtoms,
  78                                   DeviceBuffer<Float3> d_coordinates,
  79                                   const ScalingMatrix& mu,
  80                                   const DeviceStream&  deviceStream);
  81
  82 } // namespace gmx
  83
  84 #endif // GMX_MDLIB_UPDATE_CONSTRAIN_GPU_INTERNAL_H