src/gromacs/mdlib/update_constrain_cuda_impl.cu

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
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  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Implements update and constraints class using CUDA.
  38  *
  39  * The class combines Leap-Frog integrator with LINCS and SETTLE constraints.
  40  *
  41  * \todo The computational procedures in members should be integrated to improve
  42  *       computational performance.
  43  *
  44  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  45  *
  46  * \ingroup module_mdlib
  47  */
  48 #include "gmxpre.h"
  49
  50 #include "update_constrain_cuda_impl.h"
  51
  52 #include <assert.h>
  53 #include <stdio.h>
  54
  55 #include <cmath>
  56
  57 #include <algorithm>
  58
  59 #include "gromacs/gpu_utils/cudautils.cuh"
  60 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer.h"
  61 #include "gromacs/gpu_utils/gputraits.cuh"
  62 #include "gromacs/gpu_utils/vectype_ops.cuh"
  63 #include "gromacs/mdlib/leapfrog_cuda.cuh"
  64 #include "gromacs/mdlib/lincs_cuda.cuh"
  65 #include "gromacs/mdlib/settle_cuda.cuh"
  66 #include "gromacs/mdlib/update_constrain_cuda.h"
  67
  68 namespace gmx
  69 {
  70
  71 void UpdateConstrainCuda::Impl::integrate(const real                        dt,
  72                                           const bool                        updateVelocities,
  73                                           const bool                        computeVirial,
  74                                           tensor                            virial,
  75                                           const bool                        doTempCouple,
  76                                           gmx::ArrayRef<const t_grp_tcstat> tcstat,
  77                                           const bool                        doPressureCouple,
  78                                           const float                       dtPressureCouple,
  79                                           const matrix                      velocityScalingMatrix)
  80 {
  81     // Clearing virial matrix
  82     // TODO There is no point in having separate virial matrix for constraints
  83     clear_mat(virial);
  84
  85     // The integrate should save a copy of the current coordinates in d_xp_ and write updated once into d_x_.
  86     // The d_xp_ is only needed by constraints.
  87     integrator_->integrate(d_x_, d_xp_, d_v_, d_f_, dt,
  88                            doTempCouple, tcstat,
  89                            doPressureCouple, dtPressureCouple, velocityScalingMatrix);
  90     // Constraints need both coordinates before (d_x_) and after (d_xp_) update. However, after constraints
  91     // are applied, the d_x_ can be discarded. So we intentionally swap the d_x_ and d_xp_ here to avoid the
  92     // d_xp_ -> d_x_ copy after constraints. Note that the integrate saves them in the wrong order as well.
  93     lincsCuda_->apply(d_xp_, d_x_,
  94                       updateVelocities, d_v_, 1.0/dt,
  95                       computeVirial, virial);
  96     settleCuda_->apply(d_xp_, d_x_,
  97                        updateVelocities, d_v_, 1.0/dt,
  98                        computeVirial, virial);
  99
 100     // scaledVirial -> virial (methods above returns scaled values)
 101     float scaleFactor = 0.5f/(dt*dt);
 102     for (int i = 0; i < DIM; i++)
 103     {
 104         for (int j = 0; j < DIM; j++)
 105         {
 106             virial[i][j] = scaleFactor*virial[i][j];
 107         }
 108     }
 109
 110     return;
 111 }
 112
 113 UpdateConstrainCuda::Impl::Impl(const t_inputrec  &ir,
 114                                 const gmx_mtop_t  &mtop,
 115                                 const void        *commandStream)
 116 {
 117     commandStream != nullptr ? commandStream_ = *static_cast<const CommandStream*>(commandStream) : commandStream_ = nullptr;
 118
 119     integrator_ = std::make_unique<LeapFrogCuda>(commandStream_);
 120     lincsCuda_  = std::make_unique<LincsCuda>(ir.nLincsIter, ir.nProjOrder, commandStream_);
 121     settleCuda_ = std::make_unique<SettleCuda>(mtop, commandStream_);
 122
 123 }
 124
 125 UpdateConstrainCuda::Impl::~Impl()
 126 {
 127 }
 128
 129 void UpdateConstrainCuda::Impl::set(DeviceBuffer<float>        d_x,
 130                                     DeviceBuffer<float>        d_v,
 131                                     const DeviceBuffer<float>  d_f,
 132                                     const t_idef              &idef,
 133                                     const t_mdatoms           &md,
 134                                     const int                  numTempScaleValues)
 135 {
 136     GMX_ASSERT(d_x != nullptr, "Coordinates device buffer should not be null.");
 137     GMX_ASSERT(d_v != nullptr, "Velocities device buffer should not be null.");
 138     GMX_ASSERT(d_f != nullptr, "Forces device buffer should not be null.");
 139
 140     d_x_ = reinterpret_cast<float3*>(d_x);
 141     d_v_ = reinterpret_cast<float3*>(d_v);
 142     d_f_ = reinterpret_cast<float3*>(d_f);
 143
 144     numAtoms_ = md.nr;
 145
 146     reallocateDeviceBuffer(&d_xp_, numAtoms_, &numXp_, &numXpAlloc_, nullptr);
 147
 148     reallocateDeviceBuffer(&d_inverseMasses_, numAtoms_,
 149                            &numInverseMasses_, &numInverseMassesAlloc_, nullptr);
 150
 151     // Integrator should also update something, but it does not even have a method yet
 152     integrator_->set(md, numTempScaleValues, md.cTC);
 153     lincsCuda_->set(idef, md);
 154     settleCuda_->set(idef, md);
 155 }
 156
 157 void UpdateConstrainCuda::Impl::setPbc(const t_pbc *pbc)
 158 {
 159     setPbcAiuc(pbc->ndim_ePBC, pbc->box, &pbcAiuc_);
 160     integrator_->setPbc(pbc);
 161     lincsCuda_->setPbc(pbc);
 162     settleCuda_->setPbc(pbc);
 163 }
 164
 165 UpdateConstrainCuda::UpdateConstrainCuda(const t_inputrec  &ir,
 166                                          const gmx_mtop_t  &mtop,
 167                                          const void        *commandStream)
 168     : impl_(new Impl(ir, mtop, commandStream))
 169 {
 170 }
 171
 172 UpdateConstrainCuda::~UpdateConstrainCuda() = default;
 173
 174 void UpdateConstrainCuda::integrate(const real                        dt,
 175                                     const bool                        updateVelocities,
 176                                     const bool                        computeVirial,
 177                                     tensor                            virialScaled,
 178                                     const bool                        doTempCouple,
 179                                     gmx::ArrayRef<const t_grp_tcstat> tcstat,
 180                                     const bool                        doPressureCouple,
 181                                     const float                       dtPressureCouple,
 182                                     const matrix                      velocityScalingMatrix)
 183 {
 184     impl_->integrate(dt, updateVelocities, computeVirial, virialScaled,
 185                      doTempCouple, tcstat,
 186                      doPressureCouple, dtPressureCouple, velocityScalingMatrix);
 187 }
 188
 189 void UpdateConstrainCuda::set(DeviceBuffer<float>        d_x,
 190                               DeviceBuffer<float>        d_v,
 191                               const DeviceBuffer<float>  d_f,
 192                               const t_idef              &idef,
 193                               const t_mdatoms           &md,
 194                               const int                  numTempScaleValues)
 195 {
 196     impl_->set(d_x, d_v, d_f, idef, md, numTempScaleValues);
 197 }
 198
 199 void UpdateConstrainCuda::setPbc(const t_pbc *pbc)
 200 {
 201     impl_->setPbc(pbc);
 202 }
 203
 204 } //namespace gmx