src/gromacs/mdlib/update.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifndef GMX_MDLIB_UPDATE_H
  39 #define GMX_MDLIB_UPDATE_H
  40
  41 #include "gromacs/math/paddedvector.h"
  42 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  43 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  44 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  45 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  48 #include "gromacs/utility/real.h"
  49
  50 class ekinstate_t;
  51 struct gmx_ekindata_t;
  52 struct gmx_enerdata_t;
  53 struct t_extmass;
  54 struct t_fcdata;
  55 struct t_graph;
  56 struct t_grpopts;
  57 struct t_inputrec;
  58 struct t_mdatoms;
  59 struct t_nrnb;
  60 class t_state;
  61
  62 /* Abstract type for update */
  63 struct gmx_stochd_t;
  64
  65 namespace gmx
  66 {
  67 class BoxDeformation;
  68 class Constraints;
  69
  70
  71 /*! \libinternal
  72  * \brief Contains data for update phase */
  73 class Update
  74 {
  75 public:
  76     //! Constructor
  77     Update(const t_inputrec* ir, BoxDeformation* boxDeformation);
  78     ~Update();
  79     // TODO Get rid of getters when more free functions are incorporated as member methods
  80     //! Returns handle to stochd_t struct
  81     gmx_stochd_t* sd() const;
  82     //! Returns pointer to PaddedVector xp
  83     PaddedVector<gmx::RVec>* xp();
  84     //! Returns handle to box deformation class
  85     BoxDeformation* deform() const;
  86     //! Resizes xp
  87     void setNumAtoms(int nAtoms);
  88
  89 private:
  90     //! Implementation type.
  91     class Impl;
  92     //! Implementation object.
  93     PrivateImplPointer<Impl> impl_;
  94 };
  95
  96 }; // namespace gmx
  97
  98 /* Update pre-computed constants that depend on the reference
  99  * temperature for coupling.
 100  *
 101  * This could change e.g. in simulated annealing. */
 102 void update_temperature_constants(gmx_stochd_t* sd, const t_inputrec* ir);
 103
 104 /* Update the size of per-atom arrays (e.g. after DD re-partitioning,
 105    which might increase the number of home atoms). */
 106
 107 void update_tcouple(int64_t           step,
 108                     const t_inputrec* inputrec,
 109                     t_state*          state,
 110                     gmx_ekindata_t*   ekind,
 111                     const t_extmass*  MassQ,
 112                     const t_mdatoms*  md);
 113
 114 /* Update Parrinello-Rahman, to be called before the coordinate update */
 115 void update_pcouple_before_coordinates(FILE*             fplog,
 116                                        int64_t           step,
 117                                        const t_inputrec* inputrec,
 118                                        t_state*          state,
 119                                        matrix            parrinellorahmanMu,
 120                                        matrix            M,
 121                                        gmx_bool          bInitStep);
 122
 123 /* Update the box, to be called after the coordinate update.
 124  * For Berendsen P-coupling, also calculates the scaling factor
 125  * and scales the coordinates.
 126  * When the deform option is used, scales coordinates and box here.
 127  */
 128 void update_pcouple_after_coordinates(FILE*             fplog,
 129                                       int64_t           step,
 130                                       const t_inputrec* inputrec,
 131                                       const t_mdatoms*  md,
 132                                       const matrix      pressure,
 133                                       const matrix      forceVirial,
 134                                       const matrix      constraintVirial,
 135                                       matrix            pressureCouplingMu,
 136                                       t_state*          state,
 137                                       t_nrnb*           nrnb,
 138                                       gmx::Update*      upd,
 139                                       bool              scaleCoordinates);
 140
 141 void update_coords(int64_t           step,
 142                    const t_inputrec* inputrec, /* input record and box stuff    */
 143                    const t_mdatoms*  md,
 144                    t_state*          state,
 145                    gmx::ArrayRefWithPadding<const gmx::RVec> f, /* forces on home particles */
 146                    const t_fcdata*                           fcd,
 147                    const gmx_ekindata_t*                     ekind,
 148                    const matrix                              M,
 149                    gmx::Update*                              upd,
 150                    int                                       bUpdatePart,
 151                    const t_commrec* cr, /* these shouldn't be here -- need to think about it */
 152                    const gmx::Constraints* constr);
 153
 154 /* Return TRUE if OK, FALSE in case of Shake Error */
 155
 156 extern gmx_bool update_randomize_velocities(const t_inputrec*        ir,
 157                                             int64_t                  step,
 158                                             const t_commrec*         cr,
 159                                             const t_mdatoms*         md,
 160                                             gmx::ArrayRef<gmx::RVec> v,
 161                                             const gmx::Update*       upd,
 162                                             const gmx::Constraints*  constr);
 163
 164 void constrain_velocities(int64_t step,
 165                           real* dvdlambda, /* the contribution to be added to the bonded interactions */
 166                           t_state*          state,
 167                           tensor            vir_part,
 168                           gmx::Constraints* constr,
 169                           gmx_bool          bCalcVir,
 170                           bool              do_log,
 171                           bool              do_ene);
 172
 173 void constrain_coordinates(int64_t step,
 174                            real* dvdlambda, /* the contribution to be added to the bonded interactions */
 175                            t_state*          state,
 176                            tensor            vir_part,
 177                            gmx::Update*      upd,
 178                            gmx::Constraints* constr,
 179                            gmx_bool          bCalcVir,
 180                            bool              do_log,
 181                            bool              do_ene);
 182
 183 void update_sd_second_half(int64_t step,
 184                            real* dvdlambda, /* the contribution to be added to the bonded interactions */
 185                            const t_inputrec* inputrec, /* input record and box stuff */
 186                            const t_mdatoms*  md,
 187                            t_state*          state,
 188                            const t_commrec*  cr,
 189                            t_nrnb*           nrnb,
 190                            gmx_wallcycle_t   wcycle,
 191                            gmx::Update*      upd,
 192                            gmx::Constraints* constr,
 193                            bool              do_log,
 194                            bool              do_ene);
 195
 196 void finish_update(const t_inputrec*       inputrec,
 197                    const t_mdatoms*        md,
 198                    t_state*                state,
 199                    const t_graph*          graph,
 200                    t_nrnb*                 nrnb,
 201                    gmx_wallcycle_t         wcycle,
 202                    gmx::Update*            upd,
 203                    const gmx::Constraints* constr);
 204
 205 /* Return TRUE if OK, FALSE in case of Shake Error */
 206
 207 void calc_ke_part(const rvec*      x,
 208                   const rvec*      v,
 209                   const matrix     box,
 210                   const t_grpopts* opts,
 211                   const t_mdatoms* md,
 212                   gmx_ekindata_t*  ekind,
 213                   t_nrnb*          nrnb,
 214                   gmx_bool         bEkinAveVel);
 215 /*
 216  * Compute the partial kinetic energy for home particles;
 217  * will be accumulated in the calling routine.
 218  * The tensor is
 219  *
 220  * Ekin = SUM(i) 0.5 m[i] v[i] (x) v[i]
 221  *
 222  *     use v[i] = v[i] - u[i] when calculating temperature
 223  *
 224  * u must be accumulated already.
 225  *
 226  * Now also computes the contribution of the kinetic energy to the
 227  * free energy
 228  *
 229  */
 230
 231
 232 void init_ekinstate(ekinstate_t* ekinstate, const t_inputrec* ir);
 233
 234 void update_ekinstate(ekinstate_t* ekinstate, const gmx_ekindata_t* ekind);
 235
 236 /*! \brief Restores data from \p ekinstate to \p ekind, then broadcasts it
 237    to the rest of the simulation */
 238 void restore_ekinstate_from_state(const t_commrec* cr, gmx_ekindata_t* ekind, const ekinstate_t* ekinstate);
 239
 240 void berendsen_tcoupl(const t_inputrec*    ir,
 241                       gmx_ekindata_t*      ekind,
 242                       real                 dt,
 243                       std::vector<double>& therm_integral); //NOLINT(google-runtime-references)
 244
 245 void andersen_tcoupl(const t_inputrec*         ir,
 246                      int64_t                   step,
 247                      const t_commrec*          cr,
 248                      const t_mdatoms*          md,
 249                      gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  v,
 250                      real                      rate,
 251                      const std::vector<bool>&  randomize,
 252                      gmx::ArrayRef<const real> boltzfac);
 253
 254 void nosehoover_tcoupl(const t_grpopts*      opts,
 255                        const gmx_ekindata_t* ekind,
 256                        real                  dt,
 257                        double                xi[],
 258                        double                vxi[],
 259                        const t_extmass*      MassQ);
 260
 261 void trotter_update(const t_inputrec*               ir,
 262                     int64_t                         step,
 263                     gmx_ekindata_t*                 ekind,
 264                     const gmx_enerdata_t*           enerd,
 265                     t_state*                        state,
 266                     const tensor                    vir,
 267                     const t_mdatoms*                md,
 268                     const t_extmass*                MassQ,
 269                     gmx::ArrayRef<std::vector<int>> trotter_seqlist,
 270                     int                             trotter_seqno);
 271
 272 std::array<std::vector<int>, ettTSEQMAX>
 273 init_npt_vars(const t_inputrec* ir, t_state* state, t_extmass* Mass, gmx_bool bTrotter);
 274
 275 real NPT_energy(const t_inputrec* ir, const t_state* state, const t_extmass* MassQ);
 276 /* computes all the pressure/tempertature control energy terms to get a conserved energy */
 277
 278 void vrescale_tcoupl(const t_inputrec* ir, int64_t step, gmx_ekindata_t* ekind, real dt, double therm_integral[]);
 279 /* Compute temperature scaling. For V-rescale it is done in update. */
 280
 281 void rescale_velocities(const gmx_ekindata_t* ekind, const t_mdatoms* mdatoms, int start, int end, rvec v[]);
 282 /* Rescale the velocities with the scaling factor in ekind */
 283
 284 //! Check whether we do simulated annealing.
 285 bool doSimulatedAnnealing(const t_inputrec* ir);
 286
 287 //! Initialize simulated annealing.
 288 bool initSimulatedAnnealing(t_inputrec* ir, gmx::Update* upd);
 289
 290 // TODO: This is the only function in update.h altering the inputrec
 291 void update_annealing_target_temp(t_inputrec* ir, real t, gmx::Update* upd);
 292 /* Set reference temp for simulated annealing at time t*/
 293
 294 real calc_temp(real ekin, real nrdf);
 295 /* Calculate the temperature */
 296
 297 real calc_pres(int ePBC, int nwall, const matrix box, const tensor ekin, const tensor vir, tensor pres);
 298 /* Calculate the pressure tensor, returns the scalar pressure.
 299  * The unit of pressure is bar.
 300  */
 301
 302 void parrinellorahman_pcoupl(FILE*             fplog,
 303                              int64_t           step,
 304                              const t_inputrec* ir,
 305                              real              dt,
 306                              const tensor      pres,
 307                              const tensor      box,
 308                              tensor            box_rel,
 309                              tensor            boxv,
 310                              tensor            M,
 311                              matrix            mu,
 312                              gmx_bool          bFirstStep);
 313
 314 void berendsen_pcoupl(FILE*             fplog,
 315                       int64_t           step,
 316                       const t_inputrec* ir,
 317                       real              dt,
 318                       const tensor      pres,
 319                       const matrix      box,
 320                       const matrix      force_vir,
 321                       const matrix      constraint_vir,
 322                       matrix            mu,
 323                       double*           baros_integral);
 324
 325 void berendsen_pscale(const t_inputrec*    ir,
 326                       const matrix         mu,
 327                       matrix               box,
 328                       matrix               box_rel,
 329                       int                  start,
 330                       int                  nr_atoms,
 331                       rvec                 x[],
 332                       const unsigned short cFREEZE[],
 333                       t_nrnb*              nrnb,
 334                       bool                 scaleCoordinates);
 335
 336 void pleaseCiteCouplingAlgorithms(FILE* fplog, const t_inputrec& ir);
 337
 338 /*! \brief Computes the atom range for a thread to operate on, ensuring SIMD aligned ranges
 339  *
 340  * \param[in]  numThreads   The number of threads to divide atoms over
 341  * \param[in]  threadIndex  The thread to get the range for
 342  * \param[in]  numAtoms     The total number of atoms (on this rank)
 343  * \param[out] startAtom    The start of the atom range
 344  * \param[out] endAtom      The end of the atom range, note that this is in general not a multiple of the SIMD width
 345  */
 346 void getThreadAtomRange(int numThreads, int threadIndex, int numAtoms, int* startAtom, int* endAtom);
 347
 348 /*! \brief Generate a new kinetic energy for the v-rescale thermostat
 349  *
 350  * Generates a new value for the kinetic energy, according to
 351  * Bussi et al JCP (2007), Eq. (A7)
 352  *
 353  * This is used by update_tcoupl(), and by the VRescaleThermostat of the modular
 354  * simulator.
 355  * TODO: Move this to the VRescaleThermostat once the modular simulator becomes
 356  *       the default code path.
 357  *
 358  * @param kk     present value of the kinetic energy of the atoms to be thermalized (in arbitrary units)
 359  * @param sigma  target average value of the kinetic energy (ndeg k_b T/2)  (in the same units as kk)
 360  * @param ndeg   number of degrees of freedom of the atoms to be thermalized
 361  * @param taut   relaxation time of the thermostat, in units of 'how often this routine is called'
 362  * @param step   the time step this routine is called on
 363  * @param seed   the random number generator seed
 364  * @return  the new kinetic energy
 365  */
 366 real vrescale_resamplekin(real kk, real sigma, real ndeg, real taut, int64_t step, int64_t seed);
 367
 368 #endif