src/gromacs/mdlib/trajectory_writing.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "trajectory_writing.h"
  38
  39 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  40 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  41 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  42 #include "gromacs/math/vec.h"
  43 #include "gromacs/mdlib/mdoutf.h"
  44 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  45 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  46 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/observableshistory.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  52 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  53 #include "gromacs/topology/topology.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55
  56 void
  57 do_md_trajectory_writing(FILE                    *fplog,
  58                          t_commrec               *cr,
  59                          int                      nfile,
  60                          const t_filenm           fnm[],
  61                          gmx_int64_t              step,
  62                          gmx_int64_t              step_rel,
  63                          double                   t,
  64                          t_inputrec              *ir,
  65                          t_state                 *state,
  66                          t_state                 *state_global,
  67                          ObservablesHistory      *observablesHistory,
  68                          gmx_mtop_t              *top_global,
  69                          t_forcerec              *fr,
  70                          gmx_mdoutf_t             outf,
  71                          t_mdebin                *mdebin,
  72                          gmx_ekindata_t          *ekind,
  73                          gmx::ArrayRef<gmx::RVec> f,
  74                          int                     *nchkpt,
  75                          gmx_bool                 bCPT,
  76                          gmx_bool                 bRerunMD,
  77                          gmx_bool                 bLastStep,
  78                          gmx_bool                 bDoConfOut,
  79                          gmx_bool                 bSumEkinhOld
  80                          )
  81 {
  82     int   mdof_flags;
  83     rvec *x_for_confout = nullptr;
  84
  85     mdof_flags = 0;
  86     if (do_per_step(step, ir->nstxout))
  87     {
  88         mdof_flags |= MDOF_X;
  89     }
  90     if (do_per_step(step, ir->nstvout))
  91     {
  92         mdof_flags |= MDOF_V;
  93     }
  94     if (do_per_step(step, ir->nstfout))
  95     {
  96         mdof_flags |= MDOF_F;
  97     }
  98     if (do_per_step(step, ir->nstxout_compressed))
  99     {
 100         mdof_flags |= MDOF_X_COMPRESSED;
 101     }
 102     if (bCPT)
 103     {
 104         mdof_flags |= MDOF_CPT;
 105     }
 106     if (do_per_step(step, mdoutf_get_tng_box_output_interval(outf)))
 107     {
 108         mdof_flags |= MDOF_BOX;
 109     }
 110     if (do_per_step(step, mdoutf_get_tng_lambda_output_interval(outf)))
 111     {
 112         mdof_flags |= MDOF_LAMBDA;
 113     }
 114     if (do_per_step(step, mdoutf_get_tng_compressed_box_output_interval(outf)))
 115     {
 116         mdof_flags |= MDOF_BOX_COMPRESSED;
 117     }
 118     if (do_per_step(step, mdoutf_get_tng_compressed_lambda_output_interval(outf)))
 119     {
 120         mdof_flags |= MDOF_LAMBDA_COMPRESSED;
 121     }
 122
 123 #if defined(GMX_FAHCORE)
 124     if (bLastStep)
 125     {
 126         /* Enforce writing positions and velocities at end of run */
 127         mdof_flags |= (MDOF_X | MDOF_V);
 128     }
 129     if (MASTER(cr))
 130     {
 131         fcReportProgress( ir->nsteps, step );
 132     }
 133
 134 #if defined(__native_client__)
 135     fcCheckin(MASTER(cr));
 136 #endif
 137
 138     /* sync bCPT and fc record-keeping */
 139     if (bCPT && MASTER(cr))
 140     {
 141         fcRequestCheckPoint();
 142     }
 143 #endif
 144
 145     if (mdof_flags != 0)
 146     {
 147         wallcycle_start(mdoutf_get_wcycle(outf), ewcTRAJ);
 148         if (bCPT)
 149         {
 150             if (MASTER(cr))
 151             {
 152                 if (bSumEkinhOld)
 153                 {
 154                     state_global->ekinstate.bUpToDate = FALSE;
 155                 }
 156                 else
 157                 {
 158                     update_ekinstate(&state_global->ekinstate, ekind);
 159                     state_global->ekinstate.bUpToDate = TRUE;
 160                 }
 161
 162                 update_energyhistory(observablesHistory->energyHistory.get(), mdebin);
 163             }
 164         }
 165         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags, top_global,
 166                                          step, t, state, state_global, observablesHistory, f);
 167         if (bCPT)
 168         {
 169             (*nchkpt)++;
 170         }
 171         if (bLastStep && step_rel == ir->nsteps &&
 172             bDoConfOut && MASTER(cr) &&
 173             !bRerunMD)
 174         {
 175             if (fr->bMolPBC && state == state_global)
 176             {
 177                 /* This (single-rank) run needs to allocate a
 178                    temporary array of size natoms so that any
 179                    periodicity removal for mdrun -confout does not
 180                    perturb the update and thus the final .edr
 181                    output. This makes .cpt restarts look binary
 182                    identical, and makes .edr restarts binary
 183                    identical. */
 184                 snew(x_for_confout, state_global->natoms);
 185                 copy_rvecn(as_rvec_array(state_global->x.data()), x_for_confout, 0, state_global->natoms);
 186             }
 187             else
 188             {
 189                 /* With DD, or no bMolPBC, it doesn't matter if
 190                    we change as_rvec_array(state_global->x.data()) */
 191                 x_for_confout = as_rvec_array(state_global->x.data());
 192             }
 193
 194             /* x and v have been collected in mdoutf_write_to_trajectory_files,
 195              * because a checkpoint file will always be written
 196              * at the last step.
 197              */
 198             fprintf(stderr, "\nWriting final coordinates.\n");
 199             if (fr->bMolPBC && !ir->bPeriodicMols)
 200             {
 201                 /* Make molecules whole only for confout writing */
 202                 do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state->box, top_global, x_for_confout);
 203             }
 204             write_sto_conf_mtop(ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
 205                                 *top_global->name, top_global,
 206                                 x_for_confout, as_rvec_array(state_global->v.data()),
 207                                 ir->ePBC, state->box);
 208             if (fr->bMolPBC && state == state_global)
 209             {
 210                 sfree(x_for_confout);
 211             }
 212         }
 213         wallcycle_stop(mdoutf_get_wcycle(outf), ewcTRAJ);
 214     }
 215 }