src/gromacs/mdlib/tests/leapfrogtestrunners.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Runner for CPU-based implementation of the integrator.
  37  *
  38  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  39  * \ingroup module_mdlib
  40  */
  41 #include "gmxpre.h"
  42
  43 #include "leapfrogtestrunners.h"
  44
  45 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  46 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  47 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  48 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  49
  50 #include "testutils/testasserts.h"
  51
  52 #include "leapfrogtestdata.h"
  53
  54
  55 namespace gmx
  56 {
  57 namespace test
  58 {
  59
  60 void LeapFrogHostTestRunner::integrate(LeapFrogTestData* testData, int numSteps)
  61 {
  62     testData->state_.x.resizeWithPadding(testData->numAtoms_);
  63     testData->state_.v.resizeWithPadding(testData->numAtoms_);
  64     for (int i = 0; i < testData->numAtoms_; i++)
  65     {
  66         testData->state_.x[i] = testData->x_[i];
  67         testData->state_.v[i] = testData->v_[i];
  68     }
  69
  70     gmx_omp_nthreads_set(ModuleMultiThread::Update, 1);
  71
  72     for (int step = 0; step < numSteps; step++)
  73     {
  74         testData->update_->update_coords(
  75                 testData->inputRecord_,
  76                 step,
  77                 testData->mdAtoms_.homenr,
  78                 testData->mdAtoms_.havePartiallyFrozenAtoms,
  79                 testData->mdAtoms_.ptype
  80                         ? gmx::arrayRefFromArray(testData->mdAtoms_.ptype, testData->mdAtoms_.nr)
  81                         : gmx::ArrayRef<ParticleType>{},
  82                 testData->mdAtoms_.invmass
  83                         ? gmx::arrayRefFromArray(testData->mdAtoms_.invmass, testData->mdAtoms_.nr)
  84                         : gmx::ArrayRef<real>{},
  85                 testData->mdAtoms_.invMassPerDim ? gmx::arrayRefFromArray(
  86                         testData->mdAtoms_.invMassPerDim, testData->mdAtoms_.nr)
  87                                                  : gmx::ArrayRef<rvec>{},
  88                 &testData->state_,
  89                 testData->f_,
  90                 testData->forceCalculationData_,
  91                 &testData->kineticEnergyData_,
  92                 testData->velocityScalingMatrix_,
  93                 etrtNONE,
  94                 nullptr,
  95                 false);
  96         testData->update_->finish_update(testData->inputRecord_,
  97                                          testData->mdAtoms_.havePartiallyFrozenAtoms,
  98                                          testData->mdAtoms_.homenr,
  99                                          &testData->state_,
 100                                          nullptr,
 101                                          false);
 102     }
 103     const auto xp = makeArrayRef(*testData->update_->xp()).subArray(0, testData->numAtoms_);
 104     for (int i = 0; i < testData->numAtoms_; i++)
 105     {
 106         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 107         {
 108             testData->x_[i][d]      = testData->state_.x[i][d];
 109             testData->v_[i][d]      = testData->state_.v[i][d];
 110             testData->xPrime_[i][d] = xp[i][d];
 111         }
 112     }
 113 }
 114
 115 } // namespace test
 116 } // namespace gmx