src/gromacs/mdlib/tests/constrtestrunners.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Function to run SHAKE and LINCS on CPU.
  37  *
  38  * Functions used in the test to apply constraints on the test data:
  39  * CPU-based implementation and a stub for GPU-based implementation.
  40  *
  41  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  42  * \ingroup module_mdlib
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "constrtestrunners.h"
  48
  49 #include "config.h"
  50
  51 #include <assert.h>
  52
  53 #include <cmath>
  54
  55 #include <algorithm>
  56 #include <vector>
  57
  58 #include <gtest/gtest.h>
  59
  60 #include "gromacs/math/paddedvector.h"
  61 #include "gromacs/math/vec.h"
  62 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  63 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  64 #include "gromacs/mdlib/lincs.h"
  65 #include "gromacs/mdlib/shake.h"
  66 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  67 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  68 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  69 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  70 #include "gromacs/topology/block.h"
  71 #include "gromacs/topology/idef.h"
  72 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  73 #include "gromacs/topology/topology.h"
  74 #include "gromacs/utility/unique_cptr.h"
  75
  76 #include "testutils/testasserts.h"
  77
  78 namespace gmx
  79 {
  80 namespace test
  81 {
  82
  83 /*! \brief
  84  * Initialize and apply SHAKE constraints.
  85  *
  86  * \param[in] testData        Test data structure.
  87  * \param[in] pbc             Periodic boundary data.
  88  */
  89 void applyShake(ConstraintsTestData* testData, t_pbc gmx_unused pbc)
  90 {
  91     shakedata* shaked = shake_init();
  92     make_shake_sblock_serial(shaked, &testData->idef_, testData->md_);
  93     bool success = constrain_shake(
  94             nullptr, shaked, testData->invmass_.data(), testData->idef_, testData->ir_,
  95             as_rvec_array(testData->x_.data()), as_rvec_array(testData->xPrime_.data()),
  96             as_rvec_array(testData->xPrime2_.data()), &testData->nrnb_, testData->md_.lambda,
  97             &testData->dHdLambda_, testData->invdt_, as_rvec_array(testData->v_.data()),
  98             testData->computeVirial_, testData->virialScaled_, false, gmx::ConstraintVariable::Positions);
  99     EXPECT_TRUE(success) << "Test failed with a false return value in SHAKE.";
 100     done_shake(shaked);
 101 }
 102
 103 /*! \brief
 104  * Initialize and apply LINCS constraints.
 105  *
 106  * \param[in] testData        Test data structure.
 107  * \param[in] pbc             Periodic boundary data.
 108  */
 109 void applyLincs(ConstraintsTestData* testData, t_pbc pbc)
 110 {
 111
 112     Lincs* lincsd;
 113     int    maxwarn         = 100;
 114     int    warncount_lincs = 0;
 115     gmx_omp_nthreads_set(emntLINCS, 1);
 116
 117     // Make blocka structure for faster LINCS setup
 118     std::vector<t_blocka> at2con_mt;
 119     at2con_mt.reserve(testData->mtop_.moltype.size());
 120     for (const gmx_moltype_t& moltype : testData->mtop_.moltype)
 121     {
 122         // This function is in constr.cpp
 123         at2con_mt.push_back(make_at2con(moltype, testData->mtop_.ffparams.iparams,
 124                                         flexibleConstraintTreatment(EI_DYNAMICS(testData->ir_.eI))));
 125     }
 126     // Initialize LINCS
 127     lincsd = init_lincs(nullptr, testData->mtop_, testData->nflexcon_, at2con_mt, false,
 128                         testData->ir_.nLincsIter, testData->ir_.nProjOrder);
 129     set_lincs(testData->idef_, testData->md_, EI_DYNAMICS(testData->ir_.eI), &testData->cr_, lincsd);
 130
 131     // Evaluate constraints
 132     bool success = constrain_lincs(
 133             false, testData->ir_, 0, lincsd, testData->md_, &testData->cr_, &testData->ms_,
 134             as_rvec_array(testData->x_.data()), as_rvec_array(testData->xPrime_.data()),
 135             as_rvec_array(testData->xPrime2_.data()), pbc.box, &pbc, testData->md_.lambda,
 136             &testData->dHdLambda_, testData->invdt_, as_rvec_array(testData->v_.data()),
 137             testData->computeVirial_, testData->virialScaled_, gmx::ConstraintVariable::Positions,
 138             &testData->nrnb_, maxwarn, &warncount_lincs);
 139     EXPECT_TRUE(success) << "Test failed with a false return value in LINCS.";
 140     EXPECT_EQ(warncount_lincs, 0) << "There were warnings in LINCS.";
 141     for (auto& moltype : at2con_mt)
 142     {
 143         sfree(moltype.index);
 144         sfree(moltype.a);
 145     }
 146     done_lincs(lincsd);
 147 }
 148
 149 #if GMX_GPU != GMX_GPU_CUDA
 150 /*! \brief
 151  * Stub for LINCS constraints on CUDA-enabled GPU to satisfy compiler.
 152  *
 153  * \param[in] testData        Test data structure.
 154  * \param[in] pbc             Periodic boundary data.
 155  */
 156 void applyLincsCuda(ConstraintsTestData gmx_unused* testData, t_pbc gmx_unused pbc)
 157 {
 158     FAIL() << "Dummy LINCS CUDA function was called instead of the real one.";
 159 }
 160 #endif
 161
 162 } // namespace test
 163 } // namespace gmx