src/gromacs/mdlib/tests/constrtestdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief SHAKE and LINCS tests header.
  37  *
  38  * Contains description and constructor for the test data accumulating object,
  39  * declares CPU- and GPU-based functions used to apply SHAKE or LINCS on the
  40  * test data.
  41  *
  42  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  43  * \ingroup module_mdlib
  44  */
  45
  46 #ifndef GMX_MDLIB_TESTS_CONSTRTESTDATA_H
  47 #define GMX_MDLIB_TESTS_CONSTRTESTDATA_H
  48
  49 #include <vector>
  50
  51 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  52 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_testutils.h"
  53 #include "gromacs/math/paddedvector.h"
  54 #include "gromacs/math/vec.h"
  55 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  57 #include "gromacs/mdlib/lincs.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/shake.h"
  59 #include "gromacs/mdrunutility/multisim.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  63 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  64 #include "gromacs/topology/idef.h"
  65 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  66 #include "gromacs/topology/topology.h"
  67
  68 namespace gmx
  69 {
  70 namespace test
  71 {
  72
  73 /* \brief
  74  * Constraints test data structure.
  75  *
  76  * Structure to collect all the necessary data, including system coordinates and topology,
  77  * constraints information, etc. The structure can be reset and reused.
  78  */
  79 class ConstraintsTestData
  80 {
  81 public:
  82     //! Human-friendly name for a system
  83     std::string title_;
  84     //! Number of atoms
  85     int numAtoms_;
  86     //! Topology
  87     gmx_mtop_t mtop_;
  88     //! Masses
  89     std::vector<real> masses_;
  90     //! Inverse masses
  91     std::vector<real> invmass_;
  92     //! Communication record
  93     t_commrec cr_;
  94     //! Input record (info that usually in .mdp file)
  95     t_inputrec ir_;
  96     //! Local topology
  97     t_idef idef_;
  98     //! MD atoms
  99     t_mdatoms md_;
 100     //! Multisim data
 101     gmx_multisim_t ms_;
 102     //! Computational time array (normally used to benchmark performance)
 103     t_nrnb nrnb_;
 104
 105     //! Inverse timestep
 106     real invdt_;
 107     //! Number of flexible constraints
 108     int nflexcon_ = 0;
 109     //! Whether the virial should be computed
 110     bool computeVirial_;
 111     //! Scaled virial
 112     tensor virialScaled_;
 113     //! Scaled virial (reference values)
 114     tensor virialScaledRef_;
 115     //! If the free energy is computed
 116     bool compute_dHdLambda_;
 117     //! For free energy computation
 118     real dHdLambda_;
 119     //! For free energy computation (reference value)
 120     real dHdLambdaRef_;
 121
 122     //! Coordinates before the timestep
 123     PaddedVector<RVec> x_;
 124     //! Coordinates after timestep, output for the constraints
 125     PaddedVector<RVec> xPrime_;
 126     //! Backup for coordinates (for reset)
 127     PaddedVector<RVec> xPrime0_;
 128     //! Intermediate set of coordinates (normally used for projection correction)
 129     PaddedVector<RVec> xPrime2_;
 130     //! Velocities
 131     PaddedVector<RVec> v_;
 132     //! Backup for velocities (for reset)
 133     PaddedVector<RVec> v0_;
 134
 135     //! Constraints data (type1-i1-j1-type2-i2-j2-...)
 136     std::vector<int> constraints_;
 137     //! Target lengths for all constraint types
 138     std::vector<real> constraintsR0_;
 139
 140     /*! \brief
 141      * Constructor for the object with all parameters and variables needed by constraints algorithms.
 142      *
 143      * This constructor assembles stubs for all the data structures, required to initialize
 144      * and apply LINCS and SHAKE constraints. The coordinates and velocities before constraining
 145      * are saved to allow for reset. The constraints data are stored for testing after constraints
 146      * were applied.
 147      *
 148      * \param[in]  title                Human-friendly name of the system.
 149      * \param[in]  numAtoms             Number of atoms in the system.
 150      * \param[in]  masses               Atom masses. Size of this vector should be equal to numAtoms.
 151      * \param[in]  constraints          List of constraints, organized in triples of integers.
 152      *                                  First integer is the index of type for a constraint, second
 153      *                                  and third are the indices of constrained atoms. The types
 154      *                                  of constraints should be sequential but not necessarily
 155      *                                  start from zero (which is the way they normally are in
 156      *                                  GROMACS).
 157      * \param[in]  constraintsR0        Target values for bond lengths for bonds of each type. The
 158      *                                  size of this vector should be equal to the total number of
 159      *                                  unique types in constraints vector.
 160      * \param[in]  computeVirial        Whether the virial should be computed.
 161      * \param[in]  virialScaledRef      Reference values for scaled virial tensor.
 162      * \param[in]  compute_dHdLambda    Whether free energy should be computed.
 163      * \param[in]  dHdLambdaRef         Reference value for dHdLambda.
 164      * \param[in]  initialTime          Initial time.
 165      * \param[in]  timestep             Timestep.
 166      * \param[in]  x                    Coordinates before integration step.
 167      * \param[in]  xPrime               Coordinates after integration step, but before constraining.
 168      * \param[in]  v                    Velocities before constraining.
 169      * \param[in]  shakeTolerance       Target tolerance for SHAKE.
 170      * \param[in]  shakeUseSOR          Use successive over-relaxation method for SHAKE iterations.
 171      *                                  The general formula is:
 172      *                                     x_n+1 = (1-omega)*x_n + omega*f(x_n),
 173      *                                  where omega = 1 if SOR is off and may be < 1 if SOR is on.
 174      * \param[in]  lincsNumIterations   Number of iterations used to compute the inverse matrix.
 175      * \param[in]  lincsExpansionOrder  The order for algorithm that adjusts the direction of the
 176      *                                  bond after constraints are applied.
 177      * \param[in]  lincsWarnAngle       The threshold value for the change in bond angle. When
 178      *                                  exceeded the program will issue a warning.
 179      *
 180      */
 181     ConstraintsTestData(const std::string&       title,
 182                         int                      numAtoms,
 183                         std::vector<real>        masses,
 184                         std::vector<int>         constraints,
 185                         std::vector<real>        constraintsR0,
 186                         bool                     computeVirial,
 187                         tensor                   virialScaledRef,
 188                         bool                     compute_dHdLambda,
 189                         float                    dHdLambdaRef,
 190                         real                     initialTime,
 191                         real                     timestep,
 192                         const std::vector<RVec>& x,
 193                         const std::vector<RVec>& xPrime,
 194                         const std::vector<RVec>& v,
 195                         real                     shakeTolerance,
 196                         gmx_bool                 shakeUseSOR,
 197                         int                      lincsNumIterations,
 198                         int                      lincsExpansionOrder,
 199                         real                     lincsWarnAngle);
 200
 201     /*! \brief
 202      * Reset the data structure so it can be reused.
 203      *
 204      * Set the coordinates and velocities back to their values before
 205      * constraining. The scaled virial tensor and dHdLambda are zeroed.
 206      *
 207      */
 208     void reset();
 209
 210     /*! \brief
 211      * Cleaning up the memory.
 212      */
 213     ~ConstraintsTestData();
 214 };
 215
 216 } // namespace test
 217 } // namespace gmx
 218
 219 #endif // GMX_MDLIB_TESTS_CONSTRTESTDATA_H