src/gromacs/mdlib/stat.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  43 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  44 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  45 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/constr.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/md_support.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/mdrun.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/rbin.h"
  54 #include "gromacs/legacyheaders/sim_util.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/tgroup.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  57 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/vcm.h"
  59 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  60 #include "gromacs/math/utilities.h"
  61 #include "gromacs/math/vec.h"
  62 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  63 #include "gromacs/utility/futil.h"
  64 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  65
  66 typedef struct gmx_global_stat
  67 {
  68     t_bin *rb;
  69     int   *itc0;
  70     int   *itc1;
  71 } t_gmx_global_stat;
  72
  73 gmx_global_stat_t global_stat_init(t_inputrec *ir)
  74 {
  75     gmx_global_stat_t gs;
  76
  77     snew(gs, 1);
  78
  79     gs->rb = mk_bin();
  80     snew(gs->itc0, ir->opts.ngtc);
  81     snew(gs->itc1, ir->opts.ngtc);
  82
  83     return gs;
  84 }
  85
  86 void global_stat_destroy(gmx_global_stat_t gs)
  87 {
  88     destroy_bin(gs->rb);
  89     sfree(gs->itc0);
  90     sfree(gs->itc1);
  91     sfree(gs);
  92 }
  93
  94 static int filter_enerdterm(real *afrom, gmx_bool bToBuffer, real *ato,
  95                             gmx_bool bTemp, gmx_bool bPres, gmx_bool bEner)
  96 {
  97     int i, to, from;
  98
  99     from = 0;
 100     to   = 0;
 101     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 102     {
 103         if (bToBuffer)
 104         {
 105             from = i;
 106         }
 107         else
 108         {
 109             to = i;
 110         }
 111         switch (i)
 112         {
 113             case F_EKIN:
 114             case F_TEMP:
 115             case F_DKDL:
 116                 if (bTemp)
 117                 {
 118                     ato[to++] = afrom[from++];
 119                 }
 120                 break;
 121             case F_PRES:
 122             case F_PDISPCORR:
 123                 if (bPres)
 124                 {
 125                     ato[to++] = afrom[from++];
 126                 }
 127                 break;
 128             default:
 129                 if (bEner)
 130                 {
 131                     ato[to++] = afrom[from++];
 132                 }
 133                 break;
 134         }
 135     }
 136
 137     return to;
 138 }
 139
 140 void global_stat(FILE *fplog, gmx_global_stat_t gs,
 141                  t_commrec *cr, gmx_enerdata_t *enerd,
 142                  tensor fvir, tensor svir, rvec mu_tot,
 143                  t_inputrec *inputrec,
 144                  gmx_ekindata_t *ekind, gmx_constr_t constr,
 145                  t_vcm *vcm,
 146                  int nsig, real *sig,
 147                  gmx_mtop_t *top_global, t_state *state_local,
 148                  gmx_bool bSumEkinhOld, int flags)
 149 /* instead of current system, gmx_booleans for summing virial, kinetic energy, and other terms */
 150 {
 151     t_bin     *rb;
 152     int       *itc0, *itc1;
 153     int        ie    = 0, ifv = 0, isv = 0, irmsd = 0, imu = 0;
 154     int        idedl = 0, idvdll = 0, idvdlnl = 0, iepl = 0, icm = 0, imass = 0, ica = 0, inb = 0;
 155     int        isig  = -1;
 156     int        icj   = -1, ici = -1, icx = -1;
 157     int        inn[egNR];
 158     real       copyenerd[F_NRE];
 159     int        nener, j;
 160     real      *rmsd_data = NULL;
 161     double     nb;
 162     gmx_bool   bVV, bTemp, bEner, bPres, bConstrVir, bEkinAveVel, bReadEkin;
 163
 164     bVV           = EI_VV(inputrec->eI);
 165     bTemp         = flags & CGLO_TEMPERATURE;
 166     bEner         = flags & CGLO_ENERGY;
 167     bPres         = (flags & CGLO_PRESSURE);
 168     bConstrVir    = (flags & CGLO_CONSTRAINT);
 169     bEkinAveVel   = (inputrec->eI == eiVV || (inputrec->eI == eiVVAK && bPres));
 170     bReadEkin     = (flags & CGLO_READEKIN);
 171
 172     rb   = gs->rb;
 173     itc0 = gs->itc0;
 174     itc1 = gs->itc1;
 175
 176
 177     reset_bin(rb);
 178     /* This routine copies all the data to be summed to one big buffer
 179      * using the t_bin struct.
 180      */
 181
 182     /* First, we neeed to identify which enerd->term should be
 183        communicated.  Temperature and pressure terms should only be
 184        communicated and summed when they need to be, to avoid repeating
 185        the sums and overcounting. */
 186
 187     nener = filter_enerdterm(enerd->term, TRUE, copyenerd, bTemp, bPres, bEner);
 188
 189     /* First, the data that needs to be communicated with velocity verlet every time
 190        This is just the constraint virial.*/
 191     if (bConstrVir)
 192     {
 193         isv = add_binr(rb, DIM*DIM, svir[0]);
 194         where();
 195     }
 196
 197 /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 198     if (bTemp || !bVV)
 199     {
 200         if (ekind)
 201         {
 202             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 203             {
 204                 if (bSumEkinhOld)
 205                 {
 206                     itc0[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 207                 }
 208                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 209                 {
 210                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 211                 }
 212                 else if (!bReadEkin)
 213                 {
 214                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 215                 }
 216             }
 217             /* these probably need to be put into one of these categories */
 218             where();
 219             idedl = add_binr(rb, 1, &(ekind->dekindl));
 220             where();
 221             ica   = add_binr(rb, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 222             where();
 223         }
 224     }
 225     where();
 226
 227     if (bPres || !bVV)
 228     {
 229         ifv = add_binr(rb, DIM*DIM, fvir[0]);
 230     }
 231
 232
 233     if (bEner)
 234     {
 235         where();
 236         ie  = add_binr(rb, nener, copyenerd);
 237         where();
 238         if (constr)
 239         {
 240             rmsd_data = constr_rmsd_data(constr);
 241             if (rmsd_data)
 242             {
 243                 irmsd = add_binr(rb, inputrec->eI == eiSD2 ? 3 : 2, rmsd_data);
 244             }
 245         }
 246         if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 247         {
 248             imu = add_binr(rb, DIM, mu_tot);
 249             where();
 250         }
 251
 252         for (j = 0; (j < egNR); j++)
 253         {
 254             inn[j] = add_binr(rb, enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j]);
 255         }
 256         where();
 257         if (inputrec->efep != efepNO)
 258         {
 259             idvdll  = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 260             idvdlnl = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 261             if (enerd->n_lambda > 0)
 262             {
 263                 iepl = add_bind(rb, enerd->n_lambda, enerd->enerpart_lambda);
 264             }
 265         }
 266     }
 267
 268     if (vcm)
 269     {
 270         icm   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 271         where();
 272         imass = add_binr(rb, vcm->nr, vcm->group_mass);
 273         where();
 274         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 275         {
 276             icj   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 277             where();
 278             icx   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 279             where();
 280             ici   = add_binr(rb, DIM*DIM*vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 281             where();
 282         }
 283     }
 284
 285     if (DOMAINDECOMP(cr))
 286     {
 287         nb  = cr->dd->nbonded_local;
 288         inb = add_bind(rb, 1, &nb);
 289     }
 290     where();
 291     if (nsig > 0)
 292     {
 293         isig = add_binr(rb, nsig, sig);
 294     }
 295
 296     /* Global sum it all */
 297     if (debug)
 298     {
 299         fprintf(debug, "Summing %d energies\n", rb->maxreal);
 300     }
 301     sum_bin(rb, cr);
 302     where();
 303
 304     /* Extract all the data locally */
 305
 306     if (bConstrVir)
 307     {
 308         extract_binr(rb, isv, DIM*DIM, svir[0]);
 309     }
 310
 311     /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 312     if (bTemp || !bVV)
 313     {
 314         if (ekind)
 315         {
 316             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 317             {
 318                 if (bSumEkinhOld)
 319                 {
 320                     extract_binr(rb, itc0[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 321                 }
 322                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 323                 {
 324                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 325                 }
 326                 else if (!bReadEkin)
 327                 {
 328                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 329                 }
 330             }
 331             extract_binr(rb, idedl, 1, &(ekind->dekindl));
 332             extract_binr(rb, ica, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 333             where();
 334         }
 335     }
 336     if (bPres || !bVV)
 337     {
 338         extract_binr(rb, ifv, DIM*DIM, fvir[0]);
 339     }
 340
 341     if (bEner)
 342     {
 343         extract_binr(rb, ie, nener, copyenerd);
 344         if (rmsd_data)
 345         {
 346             extract_binr(rb, irmsd, inputrec->eI == eiSD2 ? 3 : 2, rmsd_data);
 347         }
 348         if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 349         {
 350             extract_binr(rb, imu, DIM, mu_tot);
 351         }
 352
 353         for (j = 0; (j < egNR); j++)
 354         {
 355             extract_binr(rb, inn[j], enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j]);
 356         }
 357         if (inputrec->efep != efepNO)
 358         {
 359             extract_bind(rb, idvdll, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 360             extract_bind(rb, idvdlnl, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 361             if (enerd->n_lambda > 0)
 362             {
 363                 extract_bind(rb, iepl, enerd->n_lambda, enerd->enerpart_lambda);
 364             }
 365         }
 366         if (DOMAINDECOMP(cr))
 367         {
 368             extract_bind(rb, inb, 1, &nb);
 369             if ((int)(nb + 0.5) != cr->dd->nbonded_global)
 370             {
 371                 dd_print_missing_interactions(fplog, cr, (int)(nb + 0.5), top_global, state_local);
 372             }
 373         }
 374         where();
 375
 376         filter_enerdterm(copyenerd, FALSE, enerd->term, bTemp, bPres, bEner);
 377     }
 378
 379     if (vcm)
 380     {
 381         extract_binr(rb, icm, DIM*vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 382         where();
 383         extract_binr(rb, imass, vcm->nr, vcm->group_mass);
 384         where();
 385         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 386         {
 387             extract_binr(rb, icj, DIM*vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 388             where();
 389             extract_binr(rb, icx, DIM*vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 390             where();
 391             extract_binr(rb, ici, DIM*DIM*vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 392             where();
 393         }
 394     }
 395
 396     if (nsig > 0)
 397     {
 398         extract_binr(rb, isig, nsig, sig);
 399     }
 400     where();
 401 }
 402
 403 int do_per_step(gmx_int64_t step, gmx_int64_t nstep)
 404 {
 405     if (nstep != 0)
 406     {
 407         return ((step % nstep) == 0);
 408     }
 409     else
 410     {
 411         return 0;
 412     }
 413 }