src/gromacs/mdlib/stat.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "stat.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  45 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  46 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  47 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/math/utilities.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  52 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/rbin.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  56 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  57 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  61 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  62 #include "gromacs/utility/futil.h"
  63 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  64
  65 typedef struct gmx_global_stat
  66 {
  67     t_bin* rb;
  68     int*   itc0;
  69     int*   itc1;
  70 } t_gmx_global_stat;
  71
  72 gmx_global_stat_t global_stat_init(const t_inputrec* ir)
  73 {
  74     gmx_global_stat_t gs;
  75
  76     snew(gs, 1);
  77
  78     gs->rb = mk_bin();
  79     snew(gs->itc0, ir->opts.ngtc);
  80     snew(gs->itc1, ir->opts.ngtc);
  81
  82     return gs;
  83 }
  84
  85 void global_stat_destroy(gmx_global_stat_t gs)
  86 {
  87     destroy_bin(gs->rb);
  88     sfree(gs->itc0);
  89     sfree(gs->itc1);
  90     sfree(gs);
  91 }
  92
  93 static int filter_enerdterm(const real* afrom, gmx_bool bToBuffer, real* ato, gmx_bool bTemp, gmx_bool bPres, gmx_bool bEner)
  94 {
  95     int i, to, from;
  96
  97     from = 0;
  98     to   = 0;
  99     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 100     {
 101         if (bToBuffer)
 102         {
 103             from = i;
 104         }
 105         else
 106         {
 107             to = i;
 108         }
 109         switch (i)
 110         {
 111             case F_EKIN:
 112             case F_TEMP:
 113             case F_DKDL:
 114                 if (bTemp)
 115                 {
 116                     ato[to++] = afrom[from++];
 117                 }
 118                 break;
 119             case F_PRES:
 120             case F_PDISPCORR:
 121                 if (bPres)
 122                 {
 123                     ato[to++] = afrom[from++];
 124                 }
 125                 break;
 126             default:
 127                 if (bEner)
 128                 {
 129                     ato[to++] = afrom[from++];
 130                 }
 131                 break;
 132         }
 133     }
 134
 135     return to;
 136 }
 137
 138 void global_stat(const gmx_global_stat*  gs,
 139                  const t_commrec*        cr,
 140                  gmx_enerdata_t*         enerd,
 141                  tensor                  fvir,
 142                  tensor                  svir,
 143                  rvec                    mu_tot,
 144                  const t_inputrec*       inputrec,
 145                  gmx_ekindata_t*         ekind,
 146                  const gmx::Constraints* constr,
 147                  t_vcm*                  vcm,
 148                  int                     nsig,
 149                  real*                   sig,
 150                  int*                    totalNumberOfBondedInteractions,
 151                  gmx_bool                bSumEkinhOld,
 152                  int                     flags)
 153 /* instead of current system, gmx_booleans for summing virial, kinetic energy, and other terms */
 154 {
 155     t_bin* rb;
 156     int *  itc0, *itc1;
 157     int    ie = 0, ifv = 0, isv = 0, irmsd = 0, imu = 0;
 158     int idedl = 0, idedlo = 0, idvdll = 0, idvdlnl = 0, iepl = 0, icm = 0, imass = 0, ica = 0, inb = 0;
 159     int      isig = -1;
 160     int      icj = -1, ici = -1, icx = -1;
 161     int      inn[egNR];
 162     real     copyenerd[F_NRE];
 163     int      nener, j;
 164     double   nb;
 165     gmx_bool bVV, bTemp, bEner, bPres, bConstrVir, bEkinAveVel, bReadEkin;
 166     bool checkNumberOfBondedInteractions = (flags & CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS) != 0;
 167
 168     bVV         = EI_VV(inputrec->eI);
 169     bTemp       = ((flags & CGLO_TEMPERATURE) != 0);
 170     bEner       = ((flags & CGLO_ENERGY) != 0);
 171     bPres       = ((flags & CGLO_PRESSURE) != 0);
 172     bConstrVir  = ((flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0);
 173     bEkinAveVel = (inputrec->eI == eiVV || (inputrec->eI == eiVVAK && bPres));
 174     bReadEkin   = ((flags & CGLO_READEKIN) != 0);
 175
 176     rb   = gs->rb;
 177     itc0 = gs->itc0;
 178     itc1 = gs->itc1;
 179
 180
 181     reset_bin(rb);
 182     /* This routine copies all the data to be summed to one big buffer
 183      * using the t_bin struct.
 184      */
 185
 186     /* First, we neeed to identify which enerd->term should be
 187        communicated.  Temperature and pressure terms should only be
 188        communicated and summed when they need to be, to avoid repeating
 189        the sums and overcounting. */
 190
 191     nener = filter_enerdterm(enerd->term, TRUE, copyenerd, bTemp, bPres, bEner);
 192
 193     /* First, the data that needs to be communicated with velocity verlet every time
 194        This is just the constraint virial.*/
 195     if (bConstrVir)
 196     {
 197         isv = add_binr(rb, DIM * DIM, svir[0]);
 198     }
 199
 200     /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 201     if (bTemp || !bVV)
 202     {
 203         if (ekind)
 204         {
 205             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 206             {
 207                 if (bSumEkinhOld)
 208                 {
 209                     itc0[j] = add_binr(rb, DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 210                 }
 211                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 212                 {
 213                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 214                 }
 215                 else if (!bReadEkin)
 216                 {
 217                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 218                 }
 219             }
 220             /* these probably need to be put into one of these categories */
 221             idedl = add_binr(rb, 1, &(ekind->dekindl));
 222             if (bSumEkinhOld)
 223             {
 224                 idedlo = add_binr(rb, 1, &(ekind->dekindl_old));
 225             }
 226             if (ekind->cosacc.cos_accel != 0)
 227             {
 228                 ica = add_binr(rb, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 229             }
 230         }
 231     }
 232
 233     if (bPres)
 234     {
 235         ifv = add_binr(rb, DIM * DIM, fvir[0]);
 236     }
 237
 238     gmx::ArrayRef<real> rmsdData;
 239     if (bEner)
 240     {
 241         ie = add_binr(rb, nener, copyenerd);
 242         if (constr)
 243         {
 244             rmsdData = constr->rmsdData();
 245             if (!rmsdData.empty())
 246             {
 247                 irmsd = add_binr(rb, 2, rmsdData.data());
 248             }
 249         }
 250         if (!inputrecNeedMutot(inputrec))
 251         {
 252             imu = add_binr(rb, DIM, mu_tot);
 253         }
 254
 255         for (j = 0; (j < egNR); j++)
 256         {
 257             inn[j] = add_binr(rb, enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j].data());
 258         }
 259         if (inputrec->efep != efepNO)
 260         {
 261             idvdll  = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 262             idvdlnl = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 263             if (!enerd->enerpart_lambda.empty())
 264             {
 265                 iepl = add_bind(rb, enerd->enerpart_lambda.size(), enerd->enerpart_lambda.data());
 266             }
 267         }
 268     }
 269
 270     if (vcm)
 271     {
 272         icm   = add_binr(rb, DIM * vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 273         imass = add_binr(rb, vcm->nr, vcm->group_mass.data());
 274         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 275         {
 276             icj = add_binr(rb, DIM * vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 277             icx = add_binr(rb, DIM * vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 278             ici = add_binr(rb, DIM * DIM * vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 279         }
 280     }
 281
 282     if (checkNumberOfBondedInteractions)
 283     {
 284         nb  = cr->dd->nbonded_local;
 285         inb = add_bind(rb, 1, &nb);
 286     }
 287     if (nsig > 0)
 288     {
 289         isig = add_binr(rb, nsig, sig);
 290     }
 291
 292     /* Global sum it all */
 293     if (debug)
 294     {
 295         fprintf(debug, "Summing %d energies\n", rb->maxreal);
 296     }
 297     sum_bin(rb, cr);
 298
 299     /* Extract all the data locally */
 300
 301     if (bConstrVir)
 302     {
 303         extract_binr(rb, isv, DIM * DIM, svir[0]);
 304     }
 305
 306     /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 307     if (bTemp || !bVV)
 308     {
 309         if (ekind)
 310         {
 311             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 312             {
 313                 if (bSumEkinhOld)
 314                 {
 315                     extract_binr(rb, itc0[j], DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 316                 }
 317                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 318                 {
 319                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 320                 }
 321                 else if (!bReadEkin)
 322                 {
 323                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM * DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 324                 }
 325             }
 326             extract_binr(rb, idedl, 1, &(ekind->dekindl));
 327             if (bSumEkinhOld)
 328             {
 329                 extract_binr(rb, idedlo, 1, &(ekind->dekindl_old));
 330             }
 331             if (ekind->cosacc.cos_accel != 0)
 332             {
 333                 extract_binr(rb, ica, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 334             }
 335         }
 336     }
 337     if (bPres)
 338     {
 339         extract_binr(rb, ifv, DIM * DIM, fvir[0]);
 340     }
 341
 342     if (bEner)
 343     {
 344         extract_binr(rb, ie, nener, copyenerd);
 345         if (!rmsdData.empty())
 346         {
 347             extract_binr(rb, irmsd, rmsdData);
 348         }
 349         if (!inputrecNeedMutot(inputrec))
 350         {
 351             extract_binr(rb, imu, DIM, mu_tot);
 352         }
 353
 354         for (j = 0; (j < egNR); j++)
 355         {
 356             extract_binr(rb, inn[j], enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j].data());
 357         }
 358         if (inputrec->efep != efepNO)
 359         {
 360             extract_bind(rb, idvdll, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 361             extract_bind(rb, idvdlnl, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 362             if (!enerd->enerpart_lambda.empty())
 363             {
 364                 extract_bind(rb, iepl, enerd->enerpart_lambda.size(), enerd->enerpart_lambda.data());
 365             }
 366         }
 367
 368         filter_enerdterm(copyenerd, FALSE, enerd->term, bTemp, bPres, bEner);
 369     }
 370
 371     if (vcm)
 372     {
 373         extract_binr(rb, icm, DIM * vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 374         extract_binr(rb, imass, vcm->nr, vcm->group_mass.data());
 375         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 376         {
 377             extract_binr(rb, icj, DIM * vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 378             extract_binr(rb, icx, DIM * vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 379             extract_binr(rb, ici, DIM * DIM * vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 380         }
 381     }
 382
 383     if (checkNumberOfBondedInteractions)
 384     {
 385         extract_bind(rb, inb, 1, &nb);
 386         *totalNumberOfBondedInteractions = gmx::roundToInt(nb);
 387     }
 388
 389     if (nsig > 0)
 390     {
 391         extract_binr(rb, isig, nsig, sig);
 392     }
 393 }