src/gromacs/mdlib/shellfc.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_MDLIB_SHELLFC_H
  38 #define GMX_MDLIB_SHELLFC_H
  39
  40 #include <cstdio>
  41
  42 #include "gromacs/domdec/dlbtiming.h"
  43 #include "gromacs/math/paddedvector.h"
  44 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  45 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  46
  47 struct gmx_constr;
  48 struct gmx_enerdata_t;
  49 struct gmx_groups_t;
  50 struct gmx_multisim_t;
  51 struct gmx_shellfc_t;
  52 struct gmx_mtop_t;
  53 struct t_forcerec;
  54 struct t_fcdata;
  55 struct t_graph;
  56 struct t_inputrec;
  57 class t_state;
  58
  59 /* Initialization function, also predicts the initial shell postions.
  60  */
  61 gmx_shellfc_t *init_shell_flexcon(FILE *fplog,
  62                                   gmx_mtop_t *mtop, int nflexcon,
  63                                   int nstcalcenergy,
  64                                   bool usingDomainDecomposition);
  65
  66 /* Get the local shell with domain decomposition */
  67 void make_local_shells(const t_commrec *cr, t_mdatoms *md,
  68                        gmx_shellfc_t *shfc);
  69
  70 /* Optimize shell positions */
  71 void relax_shell_flexcon(FILE *log, const t_commrec *cr,
  72                          const gmx_multisim_t *ms,
  73                          gmx_bool bVerbose,
  74                          gmx_int64_t mdstep, t_inputrec *inputrec,
  75                          gmx_bool bDoNS, int force_flags,
  76                          gmx_localtop_t *top,
  77                          gmx_constr *constr,
  78                          gmx_enerdata_t *enerd, t_fcdata *fcd,
  79                          t_state *state, PaddedRVecVector *f,
  80                          tensor force_vir,
  81                          t_mdatoms *md,
  82                          t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
  83                          t_graph *graph,
  84                          gmx_groups_t *groups,
  85                          gmx_shellfc_t *shfc,
  86                          t_forcerec *fr,
  87                          double t, rvec mu_tot,
  88                          gmx_vsite_t *vsite,
  89                          DdOpenBalanceRegionBeforeForceComputation ddOpenBalanceRegion,
  90                          DdCloseBalanceRegionAfterForceComputation ddCloseBalanceRegion);
  91
  92 /* Print some final output */
  93 void done_shellfc(FILE *fplog, gmx_shellfc_t *shellfc, gmx_int64_t numSteps);
  94
  95 #endif