src/gromacs/mdlib/shellfc.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gromacs/legacyheaders/shellfc.h"
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/chargegroup.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/constr.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/mdatoms.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/mdrun.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  54 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  57 #include "gromacs/legacyheaders/vsite.h"
  58 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  59 #include "gromacs/math/units.h"
  60 #include "gromacs/math/vec.h"
  61 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
  62 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  63 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  64 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  65 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  66
  67 typedef struct {
  68     int     nnucl;
  69     atom_id shell;               /* The shell id                                */
  70     atom_id nucl1, nucl2, nucl3; /* The nuclei connected to the shell   */
  71     /* gmx_bool    bInterCG; */       /* Coupled to nuclei outside cg?        */
  72     real    k;                   /* force constant                      */
  73     real    k_1;                 /* 1 over force constant               */
  74     rvec    xold;
  75     rvec    fold;
  76     rvec    step;
  77 } t_shell;
  78
  79 typedef struct gmx_shellfc {
  80     int         nshell_gl;      /* The number of shells in the system       */
  81     t_shell    *shell_gl;       /* All the shells (for DD only)             */
  82     int        *shell_index_gl; /* Global shell index (for DD only)         */
  83     gmx_bool    bInterCG;       /* Are there inter charge-group shells?     */
  84     int         nshell;         /* The number of local shells               */
  85     t_shell    *shell;          /* The local shells                         */
  86     int         shell_nalloc;   /* The allocation size of shell             */
  87     gmx_bool    bPredict;       /* Predict shell positions                  */
  88     gmx_bool    bRequireInit;   /* Require initialization of shell positions  */
  89     int         nflexcon;       /* The number of flexible constraints       */
  90     rvec       *x[2];           /* Array for iterative minimization         */
  91     rvec       *f[2];           /* Array for iterative minimization         */
  92     int         x_nalloc;       /* The allocation size of x and f           */
  93     rvec       *acc_dir;        /* Acceleration direction for flexcon       */
  94     rvec       *x_old;          /* Old coordinates for flexcon              */
  95     int         flex_nalloc;    /* The allocation size of acc_dir and x_old */
  96     rvec       *adir_xnold;     /* Work space for init_adir                 */
  97     rvec       *adir_xnew;      /* Work space for init_adir                 */
  98     int         adir_nalloc;    /* Work space for init_adir                 */
  99 } t_gmx_shellfc;
 100
 101
 102 static void pr_shell(FILE *fplog, int ns, t_shell s[])
 103 {
 104     int i;
 105
 106     fprintf(fplog, "SHELL DATA\n");
 107     fprintf(fplog, "%5s  %8s  %5s  %5s  %5s\n",
 108             "Shell", "Force k", "Nucl1", "Nucl2", "Nucl3");
 109     for (i = 0; (i < ns); i++)
 110     {
 111         fprintf(fplog, "%5d  %8.3f  %5d", s[i].shell, 1.0/s[i].k_1, s[i].nucl1);
 112         if (s[i].nnucl == 2)
 113         {
 114             fprintf(fplog, "  %5d\n", s[i].nucl2);
 115         }
 116         else if (s[i].nnucl == 3)
 117         {
 118             fprintf(fplog, "  %5d  %5d\n", s[i].nucl2, s[i].nucl3);
 119         }
 120         else
 121         {
 122             fprintf(fplog, "\n");
 123         }
 124     }
 125 }
 126
 127 static void predict_shells(FILE *fplog, rvec x[], rvec v[], real dt,
 128                            int ns, t_shell s[],
 129                            real mass[], gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bInit)
 130 {
 131     int                   i, m, s1, n1, n2, n3;
 132     real                  dt_1, fudge, tm, m1, m2, m3;
 133     rvec                 *ptr;
 134     gmx_mtop_atomlookup_t alook = NULL;
 135     t_atom               *atom;
 136
 137     if (mass == NULL)
 138     {
 139         alook = gmx_mtop_atomlookup_init(mtop);
 140     }
 141
 142     /* We introduce a fudge factor for performance reasons: with this choice
 143      * the initial force on the shells is about a factor of two lower than
 144      * without
 145      */
 146     fudge = 1.0;
 147
 148     if (bInit)
 149     {
 150         if (fplog)
 151         {
 152             fprintf(fplog, "RELAX: Using prediction for initial shell placement\n");
 153         }
 154         ptr  = x;
 155         dt_1 = 1;
 156     }
 157     else
 158     {
 159         ptr  = v;
 160         dt_1 = fudge*dt;
 161     }
 162
 163     for (i = 0; (i < ns); i++)
 164     {
 165         s1 = s[i].shell;
 166         if (bInit)
 167         {
 168             clear_rvec(x[s1]);
 169         }
 170         switch (s[i].nnucl)
 171         {
 172             case 1:
 173                 n1 = s[i].nucl1;
 174                 for (m = 0; (m < DIM); m++)
 175                 {
 176                     x[s1][m] += ptr[n1][m]*dt_1;
 177                 }
 178                 break;
 179             case 2:
 180                 n1 = s[i].nucl1;
 181                 n2 = s[i].nucl2;
 182                 if (mass)
 183                 {
 184                     m1 = mass[n1];
 185                     m2 = mass[n2];
 186                 }
 187                 else
 188                 {
 189                     /* Not the correct masses with FE, but it is just a prediction... */
 190                     gmx_mtop_atomnr_to_atom(alook, n1, &atom);
 191                     m1 = atom->m;
 192                     gmx_mtop_atomnr_to_atom(alook, n2, &atom);
 193                     m2 = atom->m;
 194                 }
 195                 tm = dt_1/(m1+m2);
 196                 for (m = 0; (m < DIM); m++)
 197                 {
 198                     x[s1][m] += (m1*ptr[n1][m]+m2*ptr[n2][m])*tm;
 199                 }
 200                 break;
 201             case 3:
 202                 n1 = s[i].nucl1;
 203                 n2 = s[i].nucl2;
 204                 n3 = s[i].nucl3;
 205                 if (mass)
 206                 {
 207                     m1 = mass[n1];
 208                     m2 = mass[n2];
 209                     m3 = mass[n3];
 210                 }
 211                 else
 212                 {
 213                     /* Not the correct masses with FE, but it is just a prediction... */
 214                     gmx_mtop_atomnr_to_atom(alook, n1, &atom);
 215                     m1 = atom->m;
 216                     gmx_mtop_atomnr_to_atom(alook, n2, &atom);
 217                     m2 = atom->m;
 218                     gmx_mtop_atomnr_to_atom(alook, n3, &atom);
 219                     m3 = atom->m;
 220                 }
 221                 tm = dt_1/(m1+m2+m3);
 222                 for (m = 0; (m < DIM); m++)
 223                 {
 224                     x[s1][m] += (m1*ptr[n1][m]+m2*ptr[n2][m]+m3*ptr[n3][m])*tm;
 225                 }
 226                 break;
 227             default:
 228                 gmx_fatal(FARGS, "Shell %d has %d nuclei!", i, s[i].nnucl);
 229         }
 230     }
 231
 232     if (mass == NULL)
 233     {
 234         gmx_mtop_atomlookup_destroy(alook);
 235     }
 236 }
 237
 238 gmx_shellfc_t init_shell_flexcon(FILE *fplog,
 239                                  gmx_mtop_t *mtop, int nflexcon,
 240                                  rvec *x)
 241 {
 242     struct gmx_shellfc       *shfc;
 243     t_shell                  *shell;
 244     int                      *shell_index = NULL, *at2cg;
 245     t_atom                   *atom;
 246     int                       n[eptNR], ns, nshell, nsi;
 247     int                       i, j, nmol, type, mb, a_offset, cg, mol, ftype, nra;
 248     real                      qS, alpha;
 249     int                       aS, aN = 0; /* Shell and nucleus */
 250     int                       bondtypes[] = { F_BONDS, F_HARMONIC, F_CUBICBONDS, F_POLARIZATION, F_ANHARM_POL, F_WATER_POL };
 251 #define NBT asize(bondtypes)
 252     t_iatom                  *ia;
 253     gmx_mtop_atomloop_block_t aloopb;
 254     gmx_mtop_atomloop_all_t   aloop;
 255     gmx_ffparams_t           *ffparams;
 256     gmx_molblock_t           *molb;
 257     gmx_moltype_t            *molt;
 258     t_block                  *cgs;
 259
 260     /* Count number of shells, and find their indices */
 261     for (i = 0; (i < eptNR); i++)
 262     {
 263         n[i] = 0;
 264     }
 265
 266     aloopb = gmx_mtop_atomloop_block_init(mtop);
 267     while (gmx_mtop_atomloop_block_next(aloopb, &atom, &nmol))
 268     {
 269         n[atom->ptype] += nmol;
 270     }
 271
 272     if (fplog)
 273     {
 274         /* Print the number of each particle type */
 275         for (i = 0; (i < eptNR); i++)
 276         {
 277             if (n[i] != 0)
 278             {
 279                 fprintf(fplog, "There are: %d %ss\n", n[i], ptype_str[i]);
 280             }
 281         }
 282     }
 283
 284     nshell = n[eptShell];
 285
 286     if (nshell == 0 && nflexcon == 0)
 287     {
 288         /* We're not doing shells or flexible constraints */
 289         return NULL;
 290     }
 291
 292     snew(shfc, 1);
 293     shfc->nflexcon = nflexcon;
 294
 295     if (nshell == 0)
 296     {
 297         return shfc;
 298     }
 299
 300     /* We have shells: fill the shell data structure */
 301
 302     /* Global system sized array, this should be avoided */
 303     snew(shell_index, mtop->natoms);
 304
 305     aloop  = gmx_mtop_atomloop_all_init(mtop);
 306     nshell = 0;
 307     while (gmx_mtop_atomloop_all_next(aloop, &i, &atom))
 308     {
 309         if (atom->ptype == eptShell)
 310         {
 311             shell_index[i] = nshell++;
 312         }
 313     }
 314
 315     snew(shell, nshell);
 316
 317     /* Initiate the shell structures */
 318     for (i = 0; (i < nshell); i++)
 319     {
 320         shell[i].shell = NO_ATID;
 321         shell[i].nnucl = 0;
 322         shell[i].nucl1 = NO_ATID;
 323         shell[i].nucl2 = NO_ATID;
 324         shell[i].nucl3 = NO_ATID;
 325         /* shell[i].bInterCG=FALSE; */
 326         shell[i].k_1   = 0;
 327         shell[i].k     = 0;
 328     }
 329
 330     ffparams = &mtop->ffparams;
 331
 332     /* Now fill the structures */
 333     shfc->bInterCG = FALSE;
 334     ns             = 0;
 335     a_offset       = 0;
 336     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 337     {
 338         molb = &mtop->molblock[mb];
 339         molt = &mtop->moltype[molb->type];
 340
 341         cgs = &molt->cgs;
 342         snew(at2cg, molt->atoms.nr);
 343         for (cg = 0; cg < cgs->nr; cg++)
 344         {
 345             for (i = cgs->index[cg]; i < cgs->index[cg+1]; i++)
 346             {
 347                 at2cg[i] = cg;
 348             }
 349         }
 350
 351         atom = molt->atoms.atom;
 352         for (mol = 0; mol < molb->nmol; mol++)
 353         {
 354             for (j = 0; (j < NBT); j++)
 355             {
 356                 ia = molt->ilist[bondtypes[j]].iatoms;
 357                 for (i = 0; (i < molt->ilist[bondtypes[j]].nr); )
 358                 {
 359                     type  = ia[0];
 360                     ftype = ffparams->functype[type];
 361                     nra   = interaction_function[ftype].nratoms;
 362
 363                     /* Check whether we have a bond with a shell */
 364                     aS = NO_ATID;
 365
 366                     switch (bondtypes[j])
 367                     {
 368                         case F_BONDS:
 369                         case F_HARMONIC:
 370                         case F_CUBICBONDS:
 371                         case F_POLARIZATION:
 372                         case F_ANHARM_POL:
 373                             if (atom[ia[1]].ptype == eptShell)
 374                             {
 375                                 aS = ia[1];
 376                                 aN = ia[2];
 377                             }
 378                             else if (atom[ia[2]].ptype == eptShell)
 379                             {
 380                                 aS = ia[2];
 381                                 aN = ia[1];
 382                             }
 383                             break;
 384                         case F_WATER_POL:
 385                             aN    = ia[4]; /* Dummy */
 386                             aS    = ia[5]; /* Shell */
 387                             break;
 388                         default:
 389                             gmx_fatal(FARGS, "Death Horror: %s, %d", __FILE__, __LINE__);
 390                     }
 391
 392                     if (aS != NO_ATID)
 393                     {
 394                         qS = atom[aS].q;
 395
 396                         /* Check whether one of the particles is a shell... */
 397                         nsi = shell_index[a_offset+aS];
 398                         if ((nsi < 0) || (nsi >= nshell))
 399                         {
 400                             gmx_fatal(FARGS, "nsi is %d should be within 0 - %d. aS = %d",
 401                                       nsi, nshell, aS);
 402                         }
 403                         if (shell[nsi].shell == NO_ATID)
 404                         {
 405                             shell[nsi].shell = a_offset + aS;
 406                             ns++;
 407                         }
 408                         else if (shell[nsi].shell != a_offset+aS)
 409                         {
 410                             gmx_fatal(FARGS, "Weird stuff in %s, %d", __FILE__, __LINE__);
 411                         }
 412
 413                         if      (shell[nsi].nucl1 == NO_ATID)
 414                         {
 415                             shell[nsi].nucl1 = a_offset + aN;
 416                         }
 417                         else if (shell[nsi].nucl2 == NO_ATID)
 418                         {
 419                             shell[nsi].nucl2 = a_offset + aN;
 420                         }
 421                         else if (shell[nsi].nucl3 == NO_ATID)
 422                         {
 423                             shell[nsi].nucl3 = a_offset + aN;
 424                         }
 425                         else
 426                         {
 427                             if (fplog)
 428                             {
 429                                 pr_shell(fplog, ns, shell);
 430                             }
 431                             gmx_fatal(FARGS, "Can not handle more than three bonds per shell\n");
 432                         }
 433                         if (at2cg[aS] != at2cg[aN])
 434                         {
 435                             /* shell[nsi].bInterCG = TRUE; */
 436                             shfc->bInterCG = TRUE;
 437                         }
 438
 439                         switch (bondtypes[j])
 440                         {
 441                             case F_BONDS:
 442                             case F_HARMONIC:
 443                                 shell[nsi].k    += ffparams->iparams[type].harmonic.krA;
 444                                 break;
 445                             case F_CUBICBONDS:
 446                                 shell[nsi].k    += ffparams->iparams[type].cubic.kb;
 447                                 break;
 448                             case F_POLARIZATION:
 449                             case F_ANHARM_POL:
 450                                 if (!gmx_within_tol(qS, atom[aS].qB, GMX_REAL_EPS*10))
 451                                 {
 452                                     gmx_fatal(FARGS, "polarize can not be used with qA(%e) != qB(%e) for atom %d of molecule block %d", qS, atom[aS].qB, aS+1, mb+1);
 453                                 }
 454                                 shell[nsi].k    += sqr(qS)*ONE_4PI_EPS0/
 455                                     ffparams->iparams[type].polarize.alpha;
 456                                 break;
 457                             case F_WATER_POL:
 458                                 if (!gmx_within_tol(qS, atom[aS].qB, GMX_REAL_EPS*10))
 459                                 {
 460                                     gmx_fatal(FARGS, "water_pol can not be used with qA(%e) != qB(%e) for atom %d of molecule block %d", qS, atom[aS].qB, aS+1, mb+1);
 461                                 }
 462                                 alpha          = (ffparams->iparams[type].wpol.al_x+
 463                                                   ffparams->iparams[type].wpol.al_y+
 464                                                   ffparams->iparams[type].wpol.al_z)/3.0;
 465                                 shell[nsi].k  += sqr(qS)*ONE_4PI_EPS0/alpha;
 466                                 break;
 467                             default:
 468                                 gmx_fatal(FARGS, "Death Horror: %s, %d", __FILE__, __LINE__);
 469                         }
 470                         shell[nsi].nnucl++;
 471                     }
 472                     ia += nra+1;
 473                     i  += nra+1;
 474                 }
 475             }
 476             a_offset += molt->atoms.nr;
 477         }
 478         /* Done with this molecule type */
 479         sfree(at2cg);
 480     }
 481
 482     /* Verify whether it's all correct */
 483     if (ns != nshell)
 484     {
 485         gmx_fatal(FARGS, "Something weird with shells. They may not be bonded to something");
 486     }
 487
 488     for (i = 0; (i < ns); i++)
 489     {
 490         shell[i].k_1 = 1.0/shell[i].k;
 491     }
 492
 493     if (debug)
 494     {
 495         pr_shell(debug, ns, shell);
 496     }
 497
 498
 499     shfc->nshell_gl      = ns;
 500     shfc->shell_gl       = shell;
 501     shfc->shell_index_gl = shell_index;
 502
 503     shfc->bPredict     = (getenv("GMX_NOPREDICT") == NULL);
 504     shfc->bRequireInit = FALSE;
 505     if (!shfc->bPredict)
 506     {
 507         if (fplog)
 508         {
 509             fprintf(fplog, "\nWill never predict shell positions\n");
 510         }
 511     }
 512     else
 513     {
 514         shfc->bRequireInit = (getenv("GMX_REQUIRE_SHELL_INIT") != NULL);
 515         if (shfc->bRequireInit && fplog)
 516         {
 517             fprintf(fplog, "\nWill always initiate shell positions\n");
 518         }
 519     }
 520
 521     if (shfc->bPredict)
 522     {
 523         if (x)
 524         {
 525             predict_shells(fplog, x, NULL, 0, shfc->nshell_gl, shfc->shell_gl,
 526                            NULL, mtop, TRUE);
 527         }
 528
 529         if (shfc->bInterCG)
 530         {
 531             if (fplog)
 532             {
 533                 fprintf(fplog, "\nNOTE: there all shells that are connected to particles outside thier own charge group, will not predict shells positions during the run\n\n");
 534             }
 535             /* Prediction improves performance, so we should implement either:
 536              * 1. communication for the atoms needed for prediction
 537              * 2. prediction using the velocities of shells; currently the
 538              *    shell velocities are zeroed, it's a bit tricky to keep
 539              *    track of the shell displacements and thus the velocity.
 540              */
 541             shfc->bPredict = FALSE;
 542         }
 543     }
 544
 545     return shfc;
 546 }
 547
 548 void make_local_shells(t_commrec *cr, t_mdatoms *md,
 549                        struct gmx_shellfc *shfc)
 550 {
 551     t_shell      *shell;
 552     int           a0, a1, *ind, nshell, i;
 553     gmx_domdec_t *dd = NULL;
 554
 555     if (DOMAINDECOMP(cr))
 556     {
 557         dd = cr->dd;
 558         a0 = 0;
 559         a1 = dd->nat_home;
 560     }
 561     else
 562     {
 563         /* Single node: we need all shells, just copy the pointer */
 564         shfc->nshell = shfc->nshell_gl;
 565         shfc->shell  = shfc->shell_gl;
 566
 567         return;
 568     }
 569
 570     ind = shfc->shell_index_gl;
 571
 572     nshell = 0;
 573     shell  = shfc->shell;
 574     for (i = a0; i < a1; i++)
 575     {
 576         if (md->ptype[i] == eptShell)
 577         {
 578             if (nshell+1 > shfc->shell_nalloc)
 579             {
 580                 shfc->shell_nalloc = over_alloc_dd(nshell+1);
 581                 srenew(shell, shfc->shell_nalloc);
 582             }
 583             if (dd)
 584             {
 585                 shell[nshell] = shfc->shell_gl[ind[dd->gatindex[i]]];
 586             }
 587             else
 588             {
 589                 shell[nshell] = shfc->shell_gl[ind[i]];
 590             }
 591
 592             /* With inter-cg shells we can no do shell prediction,
 593              * so we do not need the nuclei numbers.
 594              */
 595             if (!shfc->bInterCG)
 596             {
 597                 shell[nshell].nucl1   = i + shell[nshell].nucl1 - shell[nshell].shell;
 598                 if (shell[nshell].nnucl > 1)
 599                 {
 600                     shell[nshell].nucl2 = i + shell[nshell].nucl2 - shell[nshell].shell;
 601                 }
 602                 if (shell[nshell].nnucl > 2)
 603                 {
 604                     shell[nshell].nucl3 = i + shell[nshell].nucl3 - shell[nshell].shell;
 605                 }
 606             }
 607             shell[nshell].shell = i;
 608             nshell++;
 609         }
 610     }
 611
 612     shfc->nshell = nshell;
 613     shfc->shell  = shell;
 614 }
 615
 616 static void do_1pos(rvec xnew, rvec xold, rvec f, real step)
 617 {
 618     real xo, yo, zo;
 619     real dx, dy, dz;
 620
 621     xo = xold[XX];
 622     yo = xold[YY];
 623     zo = xold[ZZ];
 624
 625     dx = f[XX]*step;
 626     dy = f[YY]*step;
 627     dz = f[ZZ]*step;
 628
 629     xnew[XX] = xo+dx;
 630     xnew[YY] = yo+dy;
 631     xnew[ZZ] = zo+dz;
 632 }
 633
 634 static void do_1pos3(rvec xnew, rvec xold, rvec f, rvec step)
 635 {
 636     real xo, yo, zo;
 637     real dx, dy, dz;
 638
 639     xo = xold[XX];
 640     yo = xold[YY];
 641     zo = xold[ZZ];
 642
 643     dx = f[XX]*step[XX];
 644     dy = f[YY]*step[YY];
 645     dz = f[ZZ]*step[ZZ];
 646
 647     xnew[XX] = xo+dx;
 648     xnew[YY] = yo+dy;
 649     xnew[ZZ] = zo+dz;
 650 }
 651
 652 static void directional_sd(rvec xold[], rvec xnew[], rvec acc_dir[],
 653                            int start, int homenr, real step)
 654 {
 655     int  i;
 656
 657     for (i = start; i < homenr; i++)
 658     {
 659         do_1pos(xnew[i], xold[i], acc_dir[i], step);
 660     }
 661 }
 662
 663 static void shell_pos_sd(rvec xcur[], rvec xnew[], rvec f[],
 664                          int ns, t_shell s[], int count)
 665 {
 666     const real step_scale_min       = 0.8,
 667                step_scale_increment = 0.2,
 668                step_scale_max       = 1.2,
 669                step_scale_multiple  = (step_scale_max - step_scale_min) / step_scale_increment;
 670     int        i, shell, d;
 671     real       dx, df, k_est;
 672     const real zero = 0;
 673 #ifdef PRINT_STEP
 674     real       step_min, step_max;
 675
 676     step_min = 1e30;
 677     step_max = 0;
 678 #endif
 679     for (i = 0; (i < ns); i++)
 680     {
 681         shell = s[i].shell;
 682         if (count == 1)
 683         {
 684             for (d = 0; d < DIM; d++)
 685             {
 686                 s[i].step[d] = s[i].k_1;
 687 #ifdef PRINT_STEP
 688                 step_min = std::min(step_min, s[i].step[d]);
 689                 step_max = std::max(step_max, s[i].step[d]);
 690 #endif
 691             }
 692         }
 693         else
 694         {
 695             for (d = 0; d < DIM; d++)
 696             {
 697                 dx = xcur[shell][d] - s[i].xold[d];
 698                 df =    f[shell][d] - s[i].fold[d];
 699                 /* -dx/df gets used to generate an interpolated value, but would
 700                  * cause a NaN if df were binary-equal to zero. Values close to
 701                  * zero won't cause problems (because of the min() and max()), so
 702                  * just testing for binary inequality is OK. */
 703                 if (0.0 != df)
 704                 {
 705                     k_est = -dx/df;
 706                     /* Scale the step size by a factor interpolated from
 707                      * step_scale_min to step_scale_max, as k_est goes from 0 to
 708                      * step_scale_multiple * s[i].step[d] */
 709                     s[i].step[d] =
 710                         step_scale_min * s[i].step[d] +
 711                         step_scale_increment * std::min(step_scale_multiple * s[i].step[d], std::max(k_est, zero));
 712                 }
 713                 else
 714                 {
 715                     /* Here 0 == df */
 716                     if (gmx_numzero(dx)) /* 0 == dx */
 717                     {
 718                         /* Likely this will never happen, but if it does just
 719                          * don't scale the step. */
 720                     }
 721                     else /* 0 != dx */
 722                     {
 723                         s[i].step[d] *= step_scale_max;
 724                     }
 725                 }
 726 #ifdef PRINT_STEP
 727                 step_min = std::min(step_min, s[i].step[d]);
 728                 step_max = std::max(step_max, s[i].step[d]);
 729 #endif
 730             }
 731         }
 732         copy_rvec(xcur[shell], s[i].xold);
 733         copy_rvec(f[shell],   s[i].fold);
 734
 735         do_1pos3(xnew[shell], xcur[shell], f[shell], s[i].step);
 736
 737         if (gmx_debug_at)
 738         {
 739             fprintf(debug, "shell[%d] = %d\n", i, shell);
 740             pr_rvec(debug, 0, "fshell", f[shell], DIM, TRUE);
 741             pr_rvec(debug, 0, "xold", xcur[shell], DIM, TRUE);
 742             pr_rvec(debug, 0, "step", s[i].step, DIM, TRUE);
 743             pr_rvec(debug, 0, "xnew", xnew[shell], DIM, TRUE);
 744         }
 745     }
 746 #ifdef PRINT_STEP
 747     printf("step %.3e %.3e\n", step_min, step_max);
 748 #endif
 749 }
 750
 751 static void decrease_step_size(int nshell, t_shell s[])
 752 {
 753     int i;
 754
 755     for (i = 0; i < nshell; i++)
 756     {
 757         svmul(0.8, s[i].step, s[i].step);
 758     }
 759 }
 760
 761 static void print_epot(FILE *fp, gmx_int64_t mdstep, int count, real epot, real df,
 762                        int ndir, real sf_dir)
 763 {
 764     char buf[22];
 765
 766     fprintf(fp, "MDStep=%5s/%2d EPot: %12.8e, rmsF: %6.2e",
 767             gmx_step_str(mdstep, buf), count, epot, df);
 768     if (ndir)
 769     {
 770         fprintf(fp, ", dir. rmsF: %6.2e\n", sqrt(sf_dir/ndir));
 771     }
 772     else
 773     {
 774         fprintf(fp, "\n");
 775     }
 776 }
 777
 778
 779 static real rms_force(t_commrec *cr, rvec f[], int ns, t_shell s[],
 780                       int ndir, real *sf_dir, real *Epot)
 781 {
 782     int    i, shell, ntot;
 783     double buf[4];
 784
 785     buf[0] = *sf_dir;
 786     for (i = 0; i < ns; i++)
 787     {
 788         shell    = s[i].shell;
 789         buf[0]  += norm2(f[shell]);
 790     }
 791     ntot = ns;
 792
 793     if (PAR(cr))
 794     {
 795         buf[1] = ntot;
 796         buf[2] = *sf_dir;
 797         buf[3] = *Epot;
 798         gmx_sumd(4, buf, cr);
 799         ntot    = (int)(buf[1] + 0.5);
 800         *sf_dir = buf[2];
 801         *Epot   = buf[3];
 802     }
 803     ntot += ndir;
 804
 805     return (ntot ? sqrt(buf[0]/ntot) : 0);
 806 }
 807
 808 static void check_pbc(FILE *fp, rvec x[], int shell)
 809 {
 810     int m, now;
 811
 812     now = shell-4;
 813     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 814     {
 815         if (fabs(x[shell][m]-x[now][m]) > 0.3)
 816         {
 817             pr_rvecs(fp, 0, "SHELL-X", x+now, 5);
 818             break;
 819         }
 820     }
 821 }
 822
 823 static void dump_shells(FILE *fp, rvec x[], rvec f[], real ftol, int ns, t_shell s[])
 824 {
 825     int  i, shell;
 826     real ft2, ff2;
 827
 828     ft2 = sqr(ftol);
 829
 830     for (i = 0; (i < ns); i++)
 831     {
 832         shell = s[i].shell;
 833         ff2   = iprod(f[shell], f[shell]);
 834         if (ff2 > ft2)
 835         {
 836             fprintf(fp, "SHELL %5d, force %10.5f  %10.5f  %10.5f, |f| %10.5f\n",
 837                     shell, f[shell][XX], f[shell][YY], f[shell][ZZ], sqrt(ff2));
 838         }
 839         check_pbc(fp, x, shell);
 840     }
 841 }
 842
 843 static void init_adir(FILE *log, gmx_shellfc_t shfc,
 844                       gmx_constr_t constr, t_idef *idef, t_inputrec *ir,
 845                       t_commrec *cr, int dd_ac1,
 846                       gmx_int64_t step, t_mdatoms *md, int start, int end,
 847                       rvec *x_old, rvec *x_init, rvec *x,
 848                       rvec *f, rvec *acc_dir,
 849                       gmx_bool bMolPBC, matrix box,
 850                       real *lambda, real *dvdlambda, t_nrnb *nrnb)
 851 {
 852     rvec           *xnold, *xnew;
 853     double          w_dt;
 854     real            dt;
 855     int             n, d;
 856     unsigned short *ptype;
 857
 858     if (DOMAINDECOMP(cr))
 859     {
 860         n = dd_ac1;
 861     }
 862     else
 863     {
 864         n = end - start;
 865     }
 866     if (n > shfc->adir_nalloc)
 867     {
 868         shfc->adir_nalloc = over_alloc_dd(n);
 869         srenew(shfc->adir_xnold, shfc->adir_nalloc);
 870         srenew(shfc->adir_xnew, shfc->adir_nalloc);
 871     }
 872     xnold = shfc->adir_xnold;
 873     xnew  = shfc->adir_xnew;
 874
 875     ptype = md->ptype;
 876
 877     dt = ir->delta_t;
 878
 879     /* Does NOT work with freeze or acceleration groups (yet) */
 880     for (n = start; n < end; n++)
 881     {
 882         w_dt = md->invmass[n]*dt;
 883
 884         for (d = 0; d < DIM; d++)
 885         {
 886             if ((ptype[n] != eptVSite) && (ptype[n] != eptShell))
 887             {
 888                 xnold[n-start][d] = x[n][d] - (x_init[n][d] - x_old[n][d]);
 889                 xnew[n-start][d]  = 2*x[n][d] - x_old[n][d] + f[n][d]*w_dt*dt;
 890             }
 891             else
 892             {
 893                 xnold[n-start][d] = x[n][d];
 894                 xnew[n-start][d]  = x[n][d];
 895             }
 896         }
 897     }
 898     constrain(log, FALSE, FALSE, constr, idef, ir, cr, step, 0, 1.0, md,
 899               x, xnold-start, NULL, bMolPBC, box,
 900               lambda[efptBONDED], &(dvdlambda[efptBONDED]),
 901               NULL, NULL, nrnb, econqCoord);
 902     constrain(log, FALSE, FALSE, constr, idef, ir, cr, step, 0, 1.0, md,
 903               x, xnew-start, NULL, bMolPBC, box,
 904               lambda[efptBONDED], &(dvdlambda[efptBONDED]),
 905               NULL, NULL, nrnb, econqCoord);
 906
 907     for (n = start; n < end; n++)
 908     {
 909         for (d = 0; d < DIM; d++)
 910         {
 911             xnew[n-start][d] =
 912                 -(2*x[n][d]-xnold[n-start][d]-xnew[n-start][d])/sqr(dt)
 913                 - f[n][d]*md->invmass[n];
 914         }
 915         clear_rvec(acc_dir[n]);
 916     }
 917
 918     /* Project the acceleration on the old bond directions */
 919     constrain(log, FALSE, FALSE, constr, idef, ir, cr, step, 0, 1.0, md,
 920               x_old, xnew-start, acc_dir, bMolPBC, box,
 921               lambda[efptBONDED], &(dvdlambda[efptBONDED]),
 922               NULL, NULL, nrnb, econqDeriv_FlexCon);
 923 }
 924
 925 int relax_shell_flexcon(FILE *fplog, t_commrec *cr, gmx_bool bVerbose,
 926                         gmx_int64_t mdstep, t_inputrec *inputrec,
 927                         gmx_bool bDoNS, int force_flags,
 928                         gmx_localtop_t *top,
 929                         gmx_constr_t constr,
 930                         gmx_enerdata_t *enerd, t_fcdata *fcd,
 931                         t_state *state, rvec f[],
 932                         tensor force_vir,
 933                         t_mdatoms *md,
 934                         t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 935                         t_graph *graph,
 936                         gmx_groups_t *groups,
 937                         struct gmx_shellfc *shfc,
 938                         t_forcerec *fr,
 939                         gmx_bool bBornRadii,
 940                         double t, rvec mu_tot,
 941                         gmx_bool *bConverged,
 942                         gmx_vsite_t *vsite,
 943                         FILE *fp_field)
 944 {
 945     int        nshell;
 946     t_shell   *shell;
 947     t_idef    *idef;
 948     rvec      *pos[2], *force[2], *acc_dir = NULL, *x_old = NULL;
 949     real       Epot[2], df[2];
 950     real       sf_dir, invdt;
 951     real       ftol, dum = 0;
 952     char       sbuf[22];
 953     gmx_bool   bCont, bInit;
 954     int        nat, dd_ac0, dd_ac1 = 0, i;
 955     int        start = 0, homenr = md->homenr, end = start+homenr, cg0, cg1;
 956     int        nflexcon, number_steps, d, Min = 0, count = 0;
 957 #define  Try (1-Min)             /* At start Try = 1 */
 958
 959     bCont        = (mdstep == inputrec->init_step) && inputrec->bContinuation;
 960     bInit        = (mdstep == inputrec->init_step) || shfc->bRequireInit;
 961     ftol         = inputrec->em_tol;
 962     number_steps = inputrec->niter;
 963     nshell       = shfc->nshell;
 964     shell        = shfc->shell;
 965     nflexcon     = shfc->nflexcon;
 966
 967     idef = &top->idef;
 968
 969     if (DOMAINDECOMP(cr))
 970     {
 971         nat = dd_natoms_vsite(cr->dd);
 972         if (nflexcon > 0)
 973         {
 974             dd_get_constraint_range(cr->dd, &dd_ac0, &dd_ac1);
 975             nat = std::max(nat, dd_ac1);
 976         }
 977     }
 978     else
 979     {
 980         nat = state->natoms;
 981     }
 982
 983     if (nat > shfc->x_nalloc)
 984     {
 985         /* Allocate local arrays */
 986         shfc->x_nalloc = over_alloc_dd(nat);
 987         for (i = 0; (i < 2); i++)
 988         {
 989             srenew(shfc->x[i], shfc->x_nalloc);
 990             srenew(shfc->f[i], shfc->x_nalloc);
 991         }
 992     }
 993     for (i = 0; (i < 2); i++)
 994     {
 995         pos[i]   = shfc->x[i];
 996         force[i] = shfc->f[i];
 997     }
 998
 999     if (bDoNS && inputrec->ePBC != epbcNONE && !DOMAINDECOMP(cr))
1000     {
1001         /* This is the only time where the coordinates are used
1002          * before do_force is called, which normally puts all
1003          * charge groups in the box.
1004          */
1005         if (inputrec->cutoff_scheme == ecutsVERLET)
1006         {
1007             put_atoms_in_box_omp(fr->ePBC, state->box, md->homenr, state->x);
1008         }
1009         else
1010         {
1011             cg0 = 0;
1012             cg1 = top->cgs.nr;
1013             put_charge_groups_in_box(fplog, cg0, cg1, fr->ePBC, state->box,
1014                                      &(top->cgs), state->x, fr->cg_cm);
1015         }
1016
1017         if (graph)
1018         {
1019             mk_mshift(fplog, graph, fr->ePBC, state->box, state->x);
1020         }
1021     }
1022
1023     /* After this all coordinate arrays will contain whole charge groups */
1024     if (graph)
1025     {
1026         shift_self(graph, state->box, state->x);
1027     }
1028
1029     if (nflexcon)
1030     {
1031         if (nat > shfc->flex_nalloc)
1032         {
1033             shfc->flex_nalloc = over_alloc_dd(nat);
1034             srenew(shfc->acc_dir, shfc->flex_nalloc);
1035             srenew(shfc->x_old, shfc->flex_nalloc);
1036         }
1037         acc_dir = shfc->acc_dir;
1038         x_old   = shfc->x_old;
1039         for (i = 0; i < homenr; i++)
1040         {
1041             for (d = 0; d < DIM; d++)
1042             {
1043                 shfc->x_old[i][d] =
1044                     state->x[start+i][d] - state->v[start+i][d]*inputrec->delta_t;
1045             }
1046         }
1047     }
1048
1049     /* Do a prediction of the shell positions */
1050     if (shfc->bPredict && !bCont)
1051     {
1052         predict_shells(fplog, state->x, state->v, inputrec->delta_t, nshell, shell,
1053                        md->massT, NULL, bInit);
1054     }
1055
1056     /* do_force expected the charge groups to be in the box */
1057     if (graph)
1058     {
1059         unshift_self(graph, state->box, state->x);
1060     }
1061
1062     /* Calculate the forces first time around */
1063     if (gmx_debug_at)
1064     {
1065         pr_rvecs(debug, 0, "x b4 do_force", state->x + start, homenr);
1066     }
1067     do_force(fplog, cr, inputrec, mdstep, nrnb, wcycle, top, groups,
1068              state->box, state->x, &state->hist,
1069              force[Min], force_vir, md, enerd, fcd,
1070              state->lambda, graph,
1071              fr, vsite, mu_tot, t, fp_field, NULL, bBornRadii,
1072              (bDoNS ? GMX_FORCE_NS : 0) | force_flags);
1073
1074     sf_dir = 0;
1075     if (nflexcon)
1076     {
1077         init_adir(fplog, shfc,
1078                   constr, idef, inputrec, cr, dd_ac1, mdstep, md, start, end,
1079                   shfc->x_old-start, state->x, state->x, force[Min],
1080                   shfc->acc_dir-start,
1081                   fr->bMolPBC, state->box, state->lambda, &dum, nrnb);
1082
1083         for (i = start; i < end; i++)
1084         {
1085             sf_dir += md->massT[i]*norm2(shfc->acc_dir[i-start]);
1086         }
1087     }
1088
1089     Epot[Min] = enerd->term[F_EPOT];
1090
1091     df[Min] = rms_force(cr, shfc->f[Min], nshell, shell, nflexcon, &sf_dir, &Epot[Min]);
1092     df[Try] = 0;
1093     if (debug)
1094     {
1095         fprintf(debug, "df = %g  %g\n", df[Min], df[Try]);
1096     }
1097
1098     if (gmx_debug_at)
1099     {
1100         pr_rvecs(debug, 0, "force0", force[Min], md->nr);
1101     }
1102
1103     if (nshell+nflexcon > 0)
1104     {
1105         /* Copy x to pos[Min] & pos[Try]: during minimization only the
1106          * shell positions are updated, therefore the other particles must
1107          * be set here.
1108          */
1109         memcpy(pos[Min], state->x, nat*sizeof(state->x[0]));
1110         memcpy(pos[Try], state->x, nat*sizeof(state->x[0]));
1111     }
1112
1113     if (bVerbose && MASTER(cr))
1114     {
1115         print_epot(stdout, mdstep, 0, Epot[Min], df[Min], nflexcon, sf_dir);
1116     }
1117
1118     if (debug)
1119     {
1120         fprintf(debug, "%17s: %14.10e\n",
1121                 interaction_function[F_EKIN].longname, enerd->term[F_EKIN]);
1122         fprintf(debug, "%17s: %14.10e\n",
1123                 interaction_function[F_EPOT].longname, enerd->term[F_EPOT]);
1124         fprintf(debug, "%17s: %14.10e\n",
1125                 interaction_function[F_ETOT].longname, enerd->term[F_ETOT]);
1126         fprintf(debug, "SHELLSTEP %s\n", gmx_step_str(mdstep, sbuf));
1127     }
1128
1129     /* First check whether we should do shells, or whether the force is
1130      * low enough even without minimization.
1131      */
1132     *bConverged = (df[Min] < ftol);
1133
1134     for (count = 1; (!(*bConverged) && (count < number_steps)); count++)
1135     {
1136         if (vsite)
1137         {
1138             construct_vsites(vsite, pos[Min], inputrec->delta_t, state->v,
1139                              idef->iparams, idef->il,
1140                              fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, state->box);
1141         }
1142
1143         if (nflexcon)
1144         {
1145             init_adir(fplog, shfc,
1146                       constr, idef, inputrec, cr, dd_ac1, mdstep, md, start, end,
1147                       x_old-start, state->x, pos[Min], force[Min], acc_dir-start,
1148                       fr->bMolPBC, state->box, state->lambda, &dum, nrnb);
1149
1150             directional_sd(pos[Min], pos[Try], acc_dir-start, start, end,
1151                            fr->fc_stepsize);
1152         }
1153
1154         /* New positions, Steepest descent */
1155         shell_pos_sd(pos[Min], pos[Try], force[Min], nshell, shell, count);
1156
1157         /* do_force expected the charge groups to be in the box */
1158         if (graph)
1159         {
1160             unshift_self(graph, state->box, pos[Try]);
1161         }
1162
1163         if (gmx_debug_at)
1164         {
1165             pr_rvecs(debug, 0, "RELAX: pos[Min]  ", pos[Min] + start, homenr);
1166             pr_rvecs(debug, 0, "RELAX: pos[Try]  ", pos[Try] + start, homenr);
1167         }
1168         /* Try the new positions */
1169         do_force(fplog, cr, inputrec, 1, nrnb, wcycle,
1170                  top, groups, state->box, pos[Try], &state->hist,
1171                  force[Try], force_vir,
1172                  md, enerd, fcd, state->lambda, graph,
1173                  fr, vsite, mu_tot, t, fp_field, NULL, bBornRadii,
1174                  force_flags);
1175
1176         if (gmx_debug_at)
1177         {
1178             pr_rvecs(debug, 0, "RELAX: force[Min]", force[Min] + start, homenr);
1179             pr_rvecs(debug, 0, "RELAX: force[Try]", force[Try] + start, homenr);
1180         }
1181         sf_dir = 0;
1182         if (nflexcon)
1183         {
1184             init_adir(fplog, shfc,
1185                       constr, idef, inputrec, cr, dd_ac1, mdstep, md, start, end,
1186                       x_old-start, state->x, pos[Try], force[Try], acc_dir-start,
1187                       fr->bMolPBC, state->box, state->lambda, &dum, nrnb);
1188
1189             for (i = start; i < end; i++)
1190             {
1191                 sf_dir += md->massT[i]*norm2(acc_dir[i-start]);
1192             }
1193         }
1194
1195         Epot[Try] = enerd->term[F_EPOT];
1196
1197         df[Try] = rms_force(cr, force[Try], nshell, shell, nflexcon, &sf_dir, &Epot[Try]);
1198
1199         if (debug)
1200         {
1201             fprintf(debug, "df = %g  %g\n", df[Min], df[Try]);
1202         }
1203
1204         if (debug)
1205         {
1206             if (gmx_debug_at)
1207             {
1208                 pr_rvecs(debug, 0, "F na do_force", force[Try] + start, homenr);
1209             }
1210             if (gmx_debug_at)
1211             {
1212                 fprintf(debug, "SHELL ITER %d\n", count);
1213                 dump_shells(debug, pos[Try], force[Try], ftol, nshell, shell);
1214             }
1215         }
1216
1217         if (bVerbose && MASTER(cr))
1218         {
1219             print_epot(stdout, mdstep, count, Epot[Try], df[Try], nflexcon, sf_dir);
1220         }
1221
1222         *bConverged = (df[Try] < ftol);
1223
1224         if ((df[Try] < df[Min]))
1225         {
1226             if (debug)
1227             {
1228                 fprintf(debug, "Swapping Min and Try\n");
1229             }
1230             if (nflexcon)
1231             {
1232                 /* Correct the velocities for the flexible constraints */
1233                 invdt = 1/inputrec->delta_t;
1234                 for (i = start; i < end; i++)
1235                 {
1236                     for (d = 0; d < DIM; d++)
1237                     {
1238                         state->v[i][d] += (pos[Try][i][d] - pos[Min][i][d])*invdt;
1239                     }
1240                 }
1241             }
1242             Min  = Try;
1243         }
1244         else
1245         {
1246             decrease_step_size(nshell, shell);
1247         }
1248     }
1249     if (MASTER(cr) && !(*bConverged))
1250     {
1251         /* Note that the energies and virial are incorrect when not converged */
1252         if (fplog)
1253         {
1254             fprintf(fplog,
1255                     "step %s: EM did not converge in %d iterations, RMS force %.3f\n",
1256                     gmx_step_str(mdstep, sbuf), number_steps, df[Min]);
1257         }
1258         fprintf(stderr,
1259                 "step %s: EM did not converge in %d iterations, RMS force %.3f\n",
1260                 gmx_step_str(mdstep, sbuf), number_steps, df[Min]);
1261     }
1262
1263     /* Copy back the coordinates and the forces */
1264     memcpy(state->x, pos[Min], nat*sizeof(state->x[0]));
1265     memcpy(f, force[Min], nat*sizeof(f[0]));
1266
1267     return count;
1268 }