src/gromacs/mdlib/shake.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  * \brief Declares interface to SHAKE code.
  37  *
  38  * \author David van der Spoel <david.vanderspoel@icm.uu.se>
  39  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdlib
  42  * \inlibraryapi
  43  */
  44
  45 #ifndef GMX_MDLIB_SHAKE_H
  46 #define GMX_MDLIB_SHAKE_H
  47
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/topology/block.h"
  50 #include "gromacs/utility/real.h"
  51
  52 struct InteractionList;
  53 class InteractionDefinitions;
  54 struct t_inputrec;
  55 struct t_mdatoms;
  56 struct t_nrnb;
  57 struct t_pbc;
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61 template<typename T>
  62 class ArrayRef;
  63
  64 enum class ConstraintVariable : int;
  65
  66 /*! \libinternal
  67  * \brief Working data for the SHAKE algorithm
  68  */
  69 struct shakedata
  70 {
  71     //! Returns the number of SHAKE blocks */
  72     int numShakeBlocks() const { return sblock.size() - 1; }
  73
  74     //! The reference constraint vectors
  75     std::vector<RVec> rij;
  76     //! The reduced mass of the two atoms in each constraint times 0.5
  77     std::vector<real> half_of_reduced_mass;
  78     //! Multiplicative tolerance on the difference in the square of the constrained distance
  79     std::vector<real> distance_squared_tolerance;
  80     //! The reference constraint distances squared
  81     std::vector<real> constraint_distance_squared;
  82     /* SOR stuff */
  83     //! SOR delta
  84     real delta = 0.1;
  85     //! SOR omega
  86     real omega = 1.0;
  87     //! SOR gamma
  88     real gamma = 1000000;
  89     //! The SHAKE blocks, block i contains constraints sblock[i]/3 to sblock[i+1]/3 */
  90     std::vector<int> sblock = { 0 };
  91     /*! \brief Scaled Lagrange multiplier for each constraint.
  92      *
  93      * Value is -2 * eta from p. 336 of the paper, divided by the
  94      * constraint distance. */
  95     std::vector<real> scaled_lagrange_multiplier;
  96 };
  97
  98 //! Make SHAKE blocks when not using DD.
  99 void make_shake_sblock_serial(shakedata* shaked, InteractionDefinitions* idef, const t_mdatoms& md);
 100
 101 //! Make SHAKE blocks when using DD.
 102 void make_shake_sblock_dd(shakedata* shaked, const InteractionList& ilcon);
 103
 104 /*! \brief Shake all the atoms blockwise. It is assumed that all the constraints
 105  * in the idef->shakes field are sorted, to ascending block nr. The
 106  * sblock array points into the idef->shakes.iatoms field, with block 0
 107  * starting
 108  * at sblock[0] and running to ( < ) sblock[1], block n running from
 109  * sblock[n] to sblock[n+1]. Array sblock should be large enough.
 110  * Return TRUE when OK, FALSE when shake-error
 111  */
 112 bool constrain_shake(FILE*                         log,       /* Log file                       */
 113                      shakedata*                    shaked,    /* Total number of atoms  */
 114                      const real                    invmass[], /* Atomic masses          */
 115                      const InteractionDefinitions& idef,      /* The interaction def            */
 116                      const t_inputrec&             ir,        /* Input record                   */
 117                      ArrayRef<const RVec>          x_s,       /* Coords before update           */
 118                      ArrayRef<RVec>                xprime, /* Output coords when constraining x */
 119                      ArrayRef<RVec>                vprime, /* Output coords when constraining v */
 120                      const t_pbc*                  pbc,    /* PBC information              */
 121                      t_nrnb*                       nrnb,   /* Performance measure          */
 122                      real                          lambda, /* FEP lambda                   */
 123                      real*                         dvdlambda,  /* FEP force                    */
 124                      real                          invdt,      /* 1/delta_t                    */
 125                      ArrayRef<RVec>                v,          /* Also constrain v if not empty  */
 126                      bool                          bCalcVir,   /* Calculate r x m delta_r      */
 127                      tensor                        vir_r_m_dr, /* sum r x m delta_r            */
 128                      bool                          bDumpOnError, /* Dump debugging stuff on error*/
 129                      ConstraintVariable econq); /* which type of constraint is occurring */
 130
 131 /*! \brief Regular iterative shake */
 132 void cshake(const int            iatom[],
 133             int                  ncon,
 134             int*                 nnit,
 135             int                  maxnit,
 136             ArrayRef<const real> dist2,
 137             ArrayRef<RVec>       xp,
 138             const t_pbc*         pbc,
 139             ArrayRef<const RVec> rij,
 140             ArrayRef<const real> half_of_reduced_mass,
 141             real                 omega,
 142             const real           invmass[],
 143             ArrayRef<const real> distance_squared_tolerance,
 144             ArrayRef<real>       scaled_lagrange_multiplier,
 145             int*                 nerror);
 146
 147 } // namespace gmx
 148
 149 #endif