src/gromacs/mdlib/rbin.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_MDLIB_RBIN_H
  38 #define GMX_MDLIB_RBIN_H
  39
  40 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  41 #include "gromacs/utility/real.h"
  42
  43 struct t_commrec;
  44
  45 typedef struct {
  46     int     nreal;
  47     int     maxreal;
  48     double *rbuf;
  49 } t_bin;
  50
  51 t_bin *mk_bin(void);
  52 /* Create a real bin */
  53
  54 void destroy_bin(t_bin *b);
  55 /* Destroy the bin structure */
  56
  57 void reset_bin(t_bin *b);
  58 /* Reset number of entries to zero */
  59
  60 int add_binr(t_bin *b, int nr, const real r[]);
  61 int add_binr(t_bin *b, gmx::ArrayRef<const real> r);
  62 int add_bind(t_bin *b, int nr, double r[]);
  63 /* Add reals to the bin. Returns index */
  64
  65 void sum_bin(t_bin *b, const t_commrec *cr);
  66 /* Globally sum the reals in the bin */
  67
  68 void extract_binr(t_bin *b, int index, int nr, real r[]);
  69 void extract_binr(t_bin *b, int index, gmx::ArrayRef<real> r);
  70 void extract_bind(t_bin *b, int index, int nr, double r[]);
  71 /* Extract values from the bin, starting from index (see add_bin) */
  72
  73 #endif