src/gromacs/mdlib/rbin.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "rbin.h"
  41
  42 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  43 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45
  46 t_bin *mk_bin(void)
  47 {
  48     t_bin *b;
  49
  50     snew(b, 1);
  51
  52     return b;
  53 }
  54
  55 void destroy_bin(t_bin *b)
  56 {
  57     if (b->maxreal > 0)
  58     {
  59         sfree(b->rbuf);
  60     }
  61
  62     sfree(b);
  63 }
  64
  65 void reset_bin(t_bin *b)
  66 {
  67     b->nreal = 0;
  68 }
  69
  70 int add_binr(t_bin *b, int nr, const real r[])
  71 {
  72 #define MULT 4
  73     int     i, rest, index;
  74     double *rbuf;
  75
  76     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
  77     {
  78         b->maxreal = b->nreal+nr;
  79         rest       = b->maxreal % MULT;
  80         if (rest != 0)
  81         {
  82             b->maxreal += MULT-rest;
  83         }
  84         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
  85     }
  86     /* Copy pointer */
  87     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
  88
  89 #if (defined __ICC && __ICC >= 1500 || defined __ICL && __ICL >= 1500) && defined __MIC__
  90 #pragma novector /* Work-around for incorrect vectorization */
  91 #endif
  92     for (i = 0; (i < nr); i++)
  93     {
  94         rbuf[i] = r[i];
  95     }
  96
  97     index     = b->nreal;
  98     b->nreal += nr;
  99
 100     return index;
 101 }
 102
 103 int add_binr(t_bin *b, gmx::ArrayRef<const real> r)
 104 {
 105     return add_binr(b, r.size(), r.data());
 106 }
 107
 108 int add_bind(t_bin *b, int nr, const double r[])
 109 {
 110 #define MULT 4
 111     int     i, rest, index;
 112     double *rbuf;
 113
 114     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
 115     {
 116         b->maxreal = b->nreal+nr;
 117         rest       = b->maxreal % MULT;
 118         if (rest != 0)
 119         {
 120             b->maxreal += MULT-rest;
 121         }
 122         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
 123     }
 124     /* Copy pointer */
 125     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
 126     for (i = 0; (i < nr); i++)
 127     {
 128         rbuf[i] = r[i];
 129     }
 130
 131     index     = b->nreal;
 132     b->nreal += nr;
 133
 134     return index;
 135 }
 136
 137 void sum_bin(t_bin *b, const t_commrec *cr)
 138 {
 139     int i;
 140
 141     for (i = b->nreal; (i < b->maxreal); i++)
 142     {
 143         b->rbuf[i] = 0;
 144     }
 145     gmx_sumd(b->maxreal, b->rbuf, cr);
 146 }
 147
 148 void extract_binr(t_bin *b, int index, int nr, real r[])
 149 {
 150     int     i;
 151     double *rbuf;
 152
 153     rbuf = b->rbuf+index;
 154     for (i = 0; (i < nr); i++)
 155     {
 156         r[i] = rbuf[i];
 157     }
 158 }
 159
 160 void extract_binr(t_bin *b, int index, gmx::ArrayRef<real> r)
 161 {
 162     extract_binr(b, index, r.size(), r.data());
 163 }
 164
 165 void extract_bind(t_bin *b, int index, int nr, double r[])
 166 {
 167     int     i;
 168     double *rbuf;
 169
 170     rbuf = b->rbuf+index;
 171     for (i = 0; (i < nr); i++)
 172     {
 173         r[i] = rbuf[i];
 174     }
 175 }