src/gromacs/mdlib/rbin.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015,2018,2019,2021, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "rbin.h"
  41
  42 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  43 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45
  46 t_bin* mk_bin()
  47 {
  48     t_bin* b;
  49
  50     snew(b, 1);
  51
  52     return b;
  53 }
  54
  55 void destroy_bin(t_bin* b)
  56 {
  57     if (b->maxreal > 0)
  58     {
  59         sfree(b->rbuf);
  60     }
  61
  62     sfree(b);
  63 }
  64
  65 void reset_bin(t_bin* b)
  66 {
  67     b->nreal = 0;
  68 }
  69
  70 int add_binr(t_bin* b, int nr, const real r[])
  71 {
  72 #define MULT 4
  73     int     i, rest, index;
  74     double* rbuf;
  75
  76     if (b->nreal + nr > b->maxreal)
  77     {
  78         b->maxreal = b->nreal + nr;
  79         rest       = b->maxreal % MULT;
  80         if (rest != 0)
  81         {
  82             b->maxreal += MULT - rest;
  83         }
  84         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
  85     }
  86     /* Copy pointer */
  87     rbuf = b->rbuf + b->nreal;
  88
  89     for (i = 0; (i < nr); i++)
  90     {
  91         rbuf[i] = r[i];
  92     }
  93
  94     index = b->nreal;
  95     b->nreal += nr;
  96
  97     return index;
  98 }
  99
 100 int add_binr(t_bin* b, gmx::ArrayRef<const real> r)
 101 {
 102     return add_binr(b, r.size(), r.data());
 103 }
 104
 105 int add_bind(t_bin* b, int nr, const double r[])
 106 {
 107 #define MULT 4
 108     int     i, rest, index;
 109     double* rbuf;
 110
 111     if (b->nreal + nr > b->maxreal)
 112     {
 113         b->maxreal = b->nreal + nr;
 114         rest       = b->maxreal % MULT;
 115         if (rest != 0)
 116         {
 117             b->maxreal += MULT - rest;
 118         }
 119         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
 120     }
 121     /* Copy pointer */
 122     rbuf = b->rbuf + b->nreal;
 123     for (i = 0; (i < nr); i++)
 124     {
 125         rbuf[i] = r[i];
 126     }
 127
 128     index = b->nreal;
 129     b->nreal += nr;
 130
 131     return index;
 132 }
 133
 134 int add_bind(t_bin* b, gmx::ArrayRef<const double> r)
 135 {
 136     return add_bind(b, r.size(), r.data());
 137 }
 138
 139 void sum_bin(t_bin* b, const t_commrec* cr)
 140 {
 141     int i;
 142
 143     for (i = b->nreal; (i < b->maxreal); i++)
 144     {
 145         b->rbuf[i] = 0;
 146     }
 147     gmx_sumd(b->maxreal, b->rbuf, cr);
 148 }
 149
 150 void extract_binr(t_bin* b, int index, int nr, real r[])
 151 {
 152     int     i;
 153     double* rbuf;
 154
 155     rbuf = b->rbuf + index;
 156     for (i = 0; (i < nr); i++)
 157     {
 158         r[i] = rbuf[i];
 159     }
 160 }
 161
 162 void extract_binr(t_bin* b, int index, gmx::ArrayRef<real> r)
 163 {
 164     extract_binr(b, index, r.size(), r.data());
 165 }
 166
 167 void extract_bind(t_bin* b, int index, int nr, double r[])
 168 {
 169     int     i;
 170     double* rbuf;
 171
 172     rbuf = b->rbuf + index;
 173     for (i = 0; (i < nr); i++)
 174     {
 175         r[i] = rbuf[i];
 176     }
 177 }
 178
 179 void extract_bind(t_bin* b, int index, gmx::ArrayRef<double> r)
 180 {
 181     extract_bind(b, index, r.size(), r.data());
 182 }