src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "nbnxn_kernel_ref.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <assert.h>
  42
  43 #include <cmath>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/math/functions.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  50 #include "gromacs/mdlib/nb_verlet.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_consts.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  54 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  55 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57
  58
  59 /* Analytical reaction-field kernels */
  60 #define CALC_COUL_RF
  61 #define LJ_CUT
  62 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  63 #undef LJ_CUT
  64 #define LJ_FORCE_SWITCH
  65 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  66 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  67 #define LJ_POT_SWITCH
  68 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  69 #undef LJ_POT_SWITCH
  70 #define LJ_EWALD
  71 #define LJ_CUT
  72 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  73 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  74 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  75 #define LJ_EWALD_COMB_LB
  76 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  77 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
  78 #undef LJ_CUT
  79 #undef LJ_EWALD
  80 #undef CALC_COUL_RF
  81
  82
  83 /* Tabulated exclusion interaction electrostatics kernels */
  84 #define CALC_COUL_TAB
  85 #define LJ_CUT
  86 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  87 #undef LJ_CUT
  88 #define LJ_FORCE_SWITCH
  89 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  90 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  91 #define LJ_POT_SWITCH
  92 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  93 #undef LJ_POT_SWITCH
  94 #define LJ_EWALD
  95 #define LJ_CUT
  96 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  97 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
  98 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  99 #define LJ_EWALD_COMB_LB
 100 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 101 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
 102 #undef LJ_CUT
 103 #undef LJ_EWALD
 104 /* Twin-range cut-off kernels */
 105 #define VDW_CUTOFF_CHECK
 106 #define LJ_CUT
 107 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 108 #undef LJ_CUT
 109 #define LJ_FORCE_SWITCH
 110 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 111 #undef LJ_FORCE_SWITCH
 112 #define LJ_POT_SWITCH
 113 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 114 #undef LJ_POT_SWITCH
 115 #define LJ_EWALD
 116 #define LJ_CUT
 117 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
 118 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 119 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
 120 #define LJ_EWALD_COMB_LB
 121 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_includes.h"
 122 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
 123 #undef LJ_CUT
 124 #undef LJ_EWALD
 125 #undef VDW_CUTOFF_CHECK
 126 #undef CALC_COUL_TAB