src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef _nbnxn_kernel_common_h
  37 #define _nbnxn_kernel_common_h
  38
  39 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  40 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_pairlist.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45 #if 0
  46 }
  47 #endif
  48
  49 /* Clear the force buffer f. Either the whole buffer or only the parts
  50  * used by the current thread when nbat->bUseBufferFlags is set.
  51  * In the latter case output_index is the task/thread list/buffer index.
  52  */
  53 void
  54 clear_f(const nbnxn_atomdata_t *nbat, int output_index, real *f);
  55
  56 /* Clear the shift forces */
  57 void
  58 clear_fshift(real *fshift);
  59
  60 /* Reduce the collected energy terms over the pair-lists/threads */
  61 void
  62 reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t     *nbat,
  63                            int                         nlist,
  64                            real                       *Vvdw,
  65                            real                       *Vc);
  66
  67 #if 0
  68 {
  69 #endif
  70 #ifdef __cplusplus
  71 }
  72 #endif
  73
  74 #endif