src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2017,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "nbnxn_kernel_common.h"
  38
  39 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  40 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  41
  42 static void
  43 clear_f_all(const nbnxn_atomdata_t *nbat, real *f)
  44 {
  45     for (int i = 0; i < nbat->numAtoms()*nbat->fstride; i++)
  46     {
  47         f[i] = 0;
  48     }
  49 }
  50
  51 static void
  52 clear_f_flagged(const nbnxn_atomdata_t *nbat, int output_index, real *f)
  53 {
  54     GMX_ASSERT(nbat->fstride == DIM, "For performance we use compile time constant DIM instead of nbat->fstride");
  55
  56     const nbnxn_buffer_flags_t &flags = nbat->buffer_flags;
  57     gmx_bitmask_t               our_flag;
  58     bitmask_init_bit(&our_flag, output_index);
  59
  60     for (int b = 0; b < flags.nflag; b++)
  61     {
  62         if (!bitmask_is_disjoint(flags.flag[b], our_flag))
  63         {
  64             int a0 = b*NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE;
  65             int a1 = a0 + NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE;
  66             for (int i = a0*DIM; i < a1*DIM; i++)
  67             {
  68                 f[i] = 0;
  69             }
  70         }
  71     }
  72 }
  73
  74 void
  75 clear_f(const nbnxn_atomdata_t *nbat, int output_index, real *f)
  76 {
  77     if (nbat->bUseBufferFlags)
  78     {
  79         clear_f_flagged(nbat, output_index, f);
  80     }
  81     else
  82     {
  83         clear_f_all(nbat, f);
  84     }
  85 }
  86
  87 void
  88 clear_fshift(real *fshift)
  89 {
  90     int i;
  91
  92     for (i = 0; i < SHIFTS*DIM; i++)
  93     {
  94         fshift[i] = 0;
  95     }
  96 }
  97
  98 void
  99 reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t     *nbat,
 100                            int                         nlist,
 101                            real                       *Vvdw,
 102                            real                       *Vc)
 103 {
 104     const int nenergrp = nbat->params().nenergrp;
 105
 106     for (int nb = 0; nb < nlist; nb++)
 107     {
 108         for (int i = 0; i < nenergrp; i++)
 109         {
 110             /* Reduce the diagonal terms */
 111             int ind    = i*nenergrp + i;
 112             Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind];
 113             Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind];
 114
 115             /* Reduce the off-diagonal terms */
 116             for (int j = i + 1; j < nenergrp; j++)
 117             {
 118                 /* The output should contain only one off-diagonal part */
 119                 int ind    = i*nenergrp + j;
 120                 int indr   = j*nenergrp + i;
 121                 Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind] + nbat->out[nb].Vvdw[indr];
 122                 Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind]   + nbat->out[nb].Vc[indr];
 123             }
 124         }
 125     }
 126 }