src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   9  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS Development Team
  10  *
  11  * Gromacs is a library for molecular simulation and trajectory analysis,
  12  * written by Erik Lindahl, David van der Spoel, Berk Hess, and others - for
  13  * a full list of developers and information, check out http://www.gromacs.org
  14  *
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  16  * the terms of the GNU Lesser General Public License as published by the Free
  17  * Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any
  18  * later version.
  19  * As a special exception, you may use this file as part of a free software
  20  * library without restriction.  Specifically, if other files instantiate
  21  * templates or use macros or inline functions from this file, or you compile
  22  * this file and link it with other files to produce an executable, this
  23  * file does not by itself cause the resulting executable to be covered by
  24  * the GNU Lesser General Public License.
  25  *
  26  * In plain-speak: do not worry about classes/macros/templates either - only
  27  * changes to the library have to be LGPL, not an application linking with it.
  28  *
  29  * To help fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  30  * the papers people have written on it - you can find them on the website!
  31  */
  32 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  33 #include <config.h>
  34 #endif
  35
  36 #include "nbnxn_kernel_common.h"
  37
  38 void
  39 clear_f(const nbnxn_atomdata_t *nbat,real *f)
  40 {
  41     int i;
  42
  43     for(i=0; i<nbat->natoms*nbat->fstride; i++)
  44     {
  45         f[i] = 0;
  46     }
  47 }
  48
  49 void
  50 clear_fshift(real *fshift)
  51 {
  52     int i;
  53
  54     for(i=0; i<SHIFTS*DIM; i++)
  55     {
  56         fshift[i] = 0;
  57     }
  58 }
  59
  60 void
  61 reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t     *nbat,
  62                            int                        nlist,
  63                            real                       *Vvdw,
  64                            real                       *Vc)
  65 {
  66     int nb;
  67     int i,j,ind,indr;
  68
  69     for(nb=0; nb<nlist; nb++)
  70     {
  71         for(i=0; i<nbat->nenergrp; i++)
  72         {
  73             /* Reduce the diagonal terms */
  74             ind = i*nbat->nenergrp + i;
  75             Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind];
  76             Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind];
  77
  78             /* Reduce the off-diagonal terms */
  79             for(j=i+1; j<nbat->nenergrp; j++)
  80             {
  81                 /* The output should contain only one off-diagonal part */
  82                 ind  = i*nbat->nenergrp + j;
  83                 indr = j*nbat->nenergrp + i;
  84                 Vvdw[ind] += nbat->out[nb].Vvdw[ind] + nbat->out[nb].Vvdw[indr];
  85                 Vc[ind]   += nbat->out[nb].Vc[ind]   + nbat->out[nb].Vc[indr];
  86             }
  87         }
  88     }
  89 }