src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_types.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2012, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef NBNXN_CUDA_TYPES_H
  39 #define NBNXN_CUDA_TYPES_H
  40
  41 #include "types/nbnxn_pairlist.h"
  42 #include "types/nbnxn_cuda_types_ext.h"
  43 #include "../../gmxlib/cuda_tools/cudautils.cuh"
  44
  45 /* CUDA versions from 5.0 above support texture objects. */
  46 #if CUDA_VERSION >= 5000
  47 #define TEXOBJ_SUPPORTED
  48 #else  /* CUDA_VERSION */
  49 /* This typedef allows us to define only one version of struct cu_nbparam */
  50 typedef int cudaTextureObject_t;
  51 #endif /* CUDA_VERSION */
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 extern "C" {
  55 #endif
  56
  57 /** Types of electrostatics implementations available in the CUDA non-bonded
  58  *  force kernels. These represent both the electrostatics types implemented
  59  *  by the kernels (cut-off, RF, and Ewald - a subset of what's defined in
  60  *  enums.h) as well as encode implementation details analytical/tabulated
  61  *  and single or twin cut-off (for Ewald kernels).
  62  *  Note that the cut-off and RF kernels have only analytical flavor and unlike
  63  *  in the CPU kernels, the tabulated kernels are ATM Ewald-only.
  64  *
  65  *  The order of pointers to different electrostatic kernels defined in
  66  *  nbnxn_cuda.cu by the nb_default_kfunc_ptr array
  67  *  should match the order of enumerated types below. */
  68 enum {
  69     eelCuCUT, eelCuRF, eelCuEWALD_TAB, eelCuEWALD_TAB_TWIN, eelCuEWALD_ANA, eelCuEWALD_ANA_TWIN, eelCuNR
  70 };
  71
  72 /* All structs prefixed with "cu_" hold data used in GPU calculations and
  73  * are passed to the kernels, except cu_timers_t. */
  74 typedef struct cu_plist     cu_plist_t;
  75 typedef struct cu_atomdata  cu_atomdata_t;
  76 typedef struct cu_nbparam   cu_nbparam_t;
  77 typedef struct cu_timers    cu_timers_t;
  78 typedef struct nb_staging   nb_staging_t;
  79
  80
  81 /** Staging area for temporary data. The energies get downloaded here first,
  82  *  before getting added to the CPU-side aggregate values.
  83  */
  84 struct nb_staging
  85 {
  86     float   *e_lj;      /**< LJ energy            */
  87     float   *e_el;      /**< electrostatic energy */
  88     float3  *fshift;    /**< shift forces         */
  89 };
  90
  91 /** Nonbonded atom data -- both inputs and outputs. */
  92 struct cu_atomdata
  93 {
  94     int      natoms;            /**< number of atoms                              */
  95     int      natoms_local;      /**< number of local atoms                        */
  96     int      nalloc;            /**< allocation size for the atom data (xq, f)    */
  97
  98     float4  *xq;                /**< atom coordinates + charges, size natoms      */
  99     float3  *f;                 /**< force output array, size natoms              */
 100     /* TODO: try float2 for the energies */
 101     float   *e_lj,              /**< LJ energy output, size 1                     */
 102             *e_el;              /**< Electrostatics energy input, size 1          */
 103
 104     float3  *fshift;            /**< shift forces                                 */
 105
 106     int      ntypes;            /**< number of atom types                         */
 107     int     *atom_types;        /**< atom type indices, size natoms               */
 108
 109     float3  *shift_vec;         /**< shifts                                       */
 110     bool     bShiftVecUploaded; /**< true if the shift vector has been uploaded   */
 111 };
 112
 113 /** Parameters required for the CUDA nonbonded calculations. */
 114 struct cu_nbparam
 115 {
 116     int      eeltype;        /**< type of electrostatics                            */
 117
 118     float    epsfac;         /**< charge multiplication factor                      */
 119     float    c_rf;           /**< Reaction-field/plain cutoff electrostatics const. */
 120     float    two_k_rf;       /**< Reaction-field electrostatics constant            */
 121     float    ewald_beta;     /**< Ewald/PME parameter                               */
 122     float    sh_ewald;       /**< Ewald/PME  correction term                        */
 123     float    rvdw_sq;        /**< VdW cut-off                                       */
 124     float    rcoulomb_sq;    /**< Coulomb cut-off                                   */
 125     float    rlist_sq;       /**< pair-list cut-off                                 */
 126     float    sh_invrc6;      /**< LJ potential correction term                      */
 127
 128     /* Non-bonded parameters - accessed through texture memory */
 129     float            *nbfp;          /**< nonbonded parameter table with C6/C12 pairs  */
 130     cudaTextureObject_t nbfp_texobj; /**< texture object bound to nbfp                 */
 131
 132     /* Ewald Coulomb force table data - accessed through texture memory */
 133     int               coulomb_tab_size;      /**< table size (s.t. it fits in texture cache) */
 134     float             coulomb_tab_scale;     /**< table scale/spacing                        */
 135     float            *coulomb_tab;           /**< pointer to the table in the device memory  */
 136     cudaTextureObject_t  coulomb_tab_texobj; /**< texture object bound to coulomb_tab        */
 137 };
 138
 139 /** Pair list data */
 140 struct cu_plist
 141 {
 142     int              na_c;        /**< number of atoms per cluster                  */
 143
 144     int              nsci;        /**< size of sci, # of i clusters in the list     */
 145     int              sci_nalloc;  /**< allocation size of sci                       */
 146     nbnxn_sci_t     *sci;         /**< list of i-cluster ("super-clusters")         */
 147
 148     int              ncj4;        /**< total # of 4*j clusters                      */
 149     int              cj4_nalloc;  /**< allocation size of cj4                       */
 150     nbnxn_cj4_t     *cj4;         /**< 4*j cluster list, contains j cluster number
 151                                        and index into the i cluster list            */
 152     nbnxn_excl_t    *excl;        /**< atom interaction bits                        */
 153     int              nexcl;       /**< count for excl                               */
 154     int              excl_nalloc; /**< allocation size of excl                      */
 155
 156     bool             bDoPrune;    /**< true if pair-list pruning needs to be
 157                                        done during the  current step                */
 158 };
 159
 160 /** CUDA events used for timing GPU kernels and H2D/D2H transfers.
 161  * The two-sized arrays hold the local and non-local values and should always
 162  * be indexed with eintLocal/eintNonlocal.
 163  */
 164 struct cu_timers
 165 {
 166     cudaEvent_t start_atdat;     /**< start event for atom data transfer (every PS step)             */
 167     cudaEvent_t stop_atdat;      /**< stop event for atom data transfer (every PS step)              */
 168     cudaEvent_t start_nb_h2d[2]; /**< start events for x/q H2D transfers (l/nl, every step)          */
 169     cudaEvent_t stop_nb_h2d[2];  /**< stop events for x/q H2D transfers (l/nl, every step)           */
 170     cudaEvent_t start_nb_d2h[2]; /**< start events for f D2H transfer (l/nl, every step)             */
 171     cudaEvent_t stop_nb_d2h[2];  /**< stop events for f D2H transfer (l/nl, every step)              */
 172     cudaEvent_t start_pl_h2d[2]; /**< start events for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
 173     cudaEvent_t stop_pl_h2d[2];  /**< start events for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
 174     cudaEvent_t start_nb_k[2];   /**< start event for non-bonded kernels (l/nl, every step)          */
 175     cudaEvent_t stop_nb_k[2];    /**< stop event non-bonded kernels (l/nl, every step)               */
 176 };
 177
 178 /** Main data structure for CUDA nonbonded force calculations. */
 179 struct nbnxn_cuda
 180 {
 181     cuda_dev_info_t *dev_info;       /**< CUDA device information                              */
 182     bool             bUseTwoStreams; /**< true if doing both local/non-local NB work on GPU    */
 183     bool             bUseStreamSync; /**< true if the standard cudaStreamSynchronize is used
 184                                           and not memory polling-based waiting                 */
 185     cu_atomdata_t   *atdat;          /**< atom data                                            */
 186     cu_nbparam_t    *nbparam;        /**< parameters required for the non-bonded calc.         */
 187     cu_plist_t      *plist[2];       /**< pair-list data structures (local and non-local)      */
 188     nb_staging_t     nbst;           /**< staging area where fshift/energies get downloaded    */
 189
 190     cudaStream_t     stream[2];      /**< local and non-local GPU streams                      */
 191
 192     /** events used for synchronization */
 193     cudaEvent_t    nonlocal_done;    /**< event triggered when the non-local non-bonded kernel
 194                                         is done (and the local transfer can proceed)           */
 195     cudaEvent_t    misc_ops_done;    /**< event triggered when the operations that precede the
 196                                           main force calculations are done (e.g. buffer 0-ing) */
 197
 198     /* NOTE: With current CUDA versions (<=5.0) timing doesn't work with multiple
 199      * concurrent streams, so we won't time if both l/nl work is done on GPUs.
 200      * Timer init/uninit is still done even with timing off so only the condition
 201      * setting bDoTime needs to be change if this CUDA "feature" gets fixed. */
 202     bool             bDoTime;       /**< True if event-based timing is enabled.               */
 203     cu_timers_t     *timers;        /**< CUDA event-based timers.                             */
 204     wallclock_gpu_t *timings;       /**< Timing data.                                         */
 205 };
 206
 207 #ifdef __cplusplus
 208 }
 209 #endif
 210
 211 #endif  /* NBNXN_CUDA_TYPES_H */