src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_types.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2012, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /*! \internal \file
  39  *  \brief
  40  *  Data types used internally in the nbnxn_cuda module.
  41  *
  42  *  \author Szilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
  43  *  \ingroup module_mdlib
  44  */
  45
  46 #ifndef NBNXN_CUDA_TYPES_H
  47 #define NBNXN_CUDA_TYPES_H
  48
  49 #include "types/interaction_const.h"
  50 #include "types/nbnxn_pairlist.h"
  51 #include "types/nbnxn_cuda_types_ext.h"
  52 #include "../../gmxlib/cuda_tools/cudautils.cuh"
  53
  54 /* CUDA versions from 5.0 above support texture objects. */
  55 #if CUDA_VERSION >= 5000
  56 #define TEXOBJ_SUPPORTED
  57 #else  /* CUDA_VERSION */
  58 /*! This typedef allows us to define only one version of struct cu_nbparam */
  59 typedef int cudaTextureObject_t;
  60 #endif /* CUDA_VERSION */
  61
  62 #ifdef __cplusplus
  63 extern "C" {
  64 #endif
  65
  66 /*! \brief Electrostatic CUDA kernel flavors.
  67  *
  68  *  Types of electrostatics implementations available in the CUDA non-bonded
  69  *  force kernels. These represent both the electrostatics types implemented
  70  *  by the kernels (cut-off, RF, and Ewald - a subset of what's defined in
  71  *  enums.h) as well as encode implementation details analytical/tabulated
  72  *  and single or twin cut-off (for Ewald kernels).
  73  *  Note that the cut-off and RF kernels have only analytical flavor and unlike
  74  *  in the CPU kernels, the tabulated kernels are ATM Ewald-only.
  75  *
  76  *  The row-order of pointers to different electrostatic kernels defined in
  77  *  nbnxn_cuda.cu by the nb_*_kfunc_ptr function pointer table
  78  *  should match the order of enumerated types below.
  79  */
  80 enum eelCu {
  81     eelCuCUT, eelCuRF, eelCuEWALD_TAB, eelCuEWALD_TAB_TWIN, eelCuEWALD_ANA, eelCuEWALD_ANA_TWIN, eelCuNR
  82 };
  83
  84 /*! \brief VdW CUDA kernel flavors.
  85  *
  86  * The enumerates values correspond to the LJ implementations in the CUDA non-bonded
  87  * kernels.
  88  *
  89  * The column-order of pointers to different electrostatic kernels defined in
  90  * nbnxn_cuda.cu by the nb_*_kfunc_ptr function pointer table
  91  * should match the order of enumerated types below.
  92  */
  93 enum evdwCu {
  94     evdwCuCUT, evdwCuFSWITCH, evdwCuPSWITCH, evdwCuNR
  95 };
  96
  97 /* All structs prefixed with "cu_" hold data used in GPU calculations and
  98  * are passed to the kernels, except cu_timers_t. */
  99 /*! \cond */
 100 typedef struct cu_plist     cu_plist_t;
 101 typedef struct cu_atomdata  cu_atomdata_t;
 102 typedef struct cu_nbparam   cu_nbparam_t;
 103 typedef struct cu_timers    cu_timers_t;
 104 typedef struct nb_staging   nb_staging_t;
 105 /*! \endcond */
 106
 107
 108 /** \internal
 109  * \brief Staging area for temporary data downloaded from the GPU.
 110  *
 111  *  The energies/shift forces get downloaded here first, before getting added
 112  *  to the CPU-side aggregate values.
 113  */
 114 struct nb_staging
 115 {
 116     float   *e_lj;      /**< LJ energy            */
 117     float   *e_el;      /**< electrostatic energy */
 118     float3  *fshift;    /**< shift forces         */
 119 };
 120
 121 /** \internal
 122  * \brief Nonbonded atom data - both inputs and outputs.
 123  */
 124 struct cu_atomdata
 125 {
 126     int      natoms;            /**< number of atoms                              */
 127     int      natoms_local;      /**< number of local atoms                        */
 128     int      nalloc;            /**< allocation size for the atom data (xq, f)    */
 129
 130     float4  *xq;                /**< atom coordinates + charges, size natoms      */
 131     float3  *f;                 /**< force output array, size natoms              */
 132
 133     float   *e_lj;              /**< LJ energy output, size 1                     */
 134     float   *e_el;              /**< Electrostatics energy input, size 1          */
 135
 136     float3  *fshift;            /**< shift forces                                 */
 137
 138     int      ntypes;            /**< number of atom types                         */
 139     int     *atom_types;        /**< atom type indices, size natoms               */
 140
 141     float3  *shift_vec;         /**< shifts                                       */
 142     bool     bShiftVecUploaded; /**< true if the shift vector has been uploaded   */
 143 };
 144
 145 /** \internal
 146  * \brief Parameters required for the CUDA nonbonded calculations.
 147  */
 148 struct cu_nbparam
 149 {
 150
 151     int             eeltype;          /**< type of electrostatics, takes values from #eelCu */
 152     int             vdwtype;          /**< type of VdW impl., takes values from #evdwCu     */
 153
 154     float           epsfac;           /**< charge multiplication factor                      */
 155     float           c_rf;             /**< Reaction-field/plain cutoff electrostatics const. */
 156     float           two_k_rf;         /**< Reaction-field electrostatics constant            */
 157     float           ewald_beta;       /**< Ewald/PME parameter                               */
 158     float           sh_ewald;         /**< Ewald/PME  correction term                        */
 159     float           rcoulomb_sq;      /**< Coulomb cut-off squared                           */
 160
 161     float           rvdw_sq;          /**< VdW cut-off squared                               */
 162     float           rvdw_switch;      /**< VdW switched cut-off                              */
 163     float           rlist_sq;         /**< pair-list cut-off squared                         */
 164
 165     shift_consts_t  dispersion_shift; /**< VdW shift dispersion constants           */
 166     shift_consts_t  repulsion_shift;  /**< VdW shift repulsion constants            */
 167     switch_consts_t vdw_switch;       /**< VdW switch constants                     */
 168
 169     /* Non-bonded parameters - accessed through texture memory */
 170     float              *nbfp;        /**< nonbonded parameter table with C6/C12 pairs  */
 171     cudaTextureObject_t nbfp_texobj; /**< texture object bound to nbfp                 */
 172
 173     /* Ewald Coulomb force table data - accessed through texture memory */
 174     int                  coulomb_tab_size;   /**< table size (s.t. it fits in texture cache) */
 175     float                coulomb_tab_scale;  /**< table scale/spacing                        */
 176     float               *coulomb_tab;        /**< pointer to the table in the device memory  */
 177     cudaTextureObject_t  coulomb_tab_texobj; /**< texture object bound to coulomb_tab        */
 178 };
 179
 180 /** \internal
 181  * \brief Pair list data.
 182  */
 183 struct cu_plist
 184 {
 185     int              na_c;        /**< number of atoms per cluster                  */
 186
 187     int              nsci;        /**< size of sci, # of i clusters in the list     */
 188     int              sci_nalloc;  /**< allocation size of sci                       */
 189     nbnxn_sci_t     *sci;         /**< list of i-cluster ("super-clusters")         */
 190
 191     int              ncj4;        /**< total # of 4*j clusters                      */
 192     int              cj4_nalloc;  /**< allocation size of cj4                       */
 193     nbnxn_cj4_t     *cj4;         /**< 4*j cluster list, contains j cluster number
 194                                        and index into the i cluster list            */
 195     nbnxn_excl_t    *excl;        /**< atom interaction bits                        */
 196     int              nexcl;       /**< count for excl                               */
 197     int              excl_nalloc; /**< allocation size of excl                      */
 198
 199     bool             bDoPrune;    /**< true if pair-list pruning needs to be
 200                                        done during the  current step                */
 201 };
 202
 203 /** \internal
 204  * \brief CUDA events used for timing GPU kernels and H2D/D2H transfers.
 205  *
 206  * The two-sized arrays hold the local and non-local values and should always
 207  * be indexed with eintLocal/eintNonlocal.
 208  */
 209 struct cu_timers
 210 {
 211     cudaEvent_t start_atdat;     /**< start event for atom data transfer (every PS step)             */
 212     cudaEvent_t stop_atdat;      /**< stop event for atom data transfer (every PS step)              */
 213     cudaEvent_t start_nb_h2d[2]; /**< start events for x/q H2D transfers (l/nl, every step)          */
 214     cudaEvent_t stop_nb_h2d[2];  /**< stop events for x/q H2D transfers (l/nl, every step)           */
 215     cudaEvent_t start_nb_d2h[2]; /**< start events for f D2H transfer (l/nl, every step)             */
 216     cudaEvent_t stop_nb_d2h[2];  /**< stop events for f D2H transfer (l/nl, every step)              */
 217     cudaEvent_t start_pl_h2d[2]; /**< start events for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
 218     cudaEvent_t stop_pl_h2d[2];  /**< start events for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
 219     cudaEvent_t start_nb_k[2];   /**< start event for non-bonded kernels (l/nl, every step)          */
 220     cudaEvent_t stop_nb_k[2];    /**< stop event non-bonded kernels (l/nl, every step)               */
 221 };
 222
 223 /** \internal
 224  * \brief Main data structure for CUDA nonbonded force calculations.
 225  */
 226 struct nbnxn_cuda
 227 {
 228     cuda_dev_info_t *dev_info;       /**< CUDA device information                              */
 229     bool             bUseTwoStreams; /**< true if doing both local/non-local NB work on GPU    */
 230     bool             bUseStreamSync; /**< true if the standard cudaStreamSynchronize is used
 231                                           and not memory polling-based waiting                 */
 232     cu_atomdata_t   *atdat;          /**< atom data                                            */
 233     cu_nbparam_t    *nbparam;        /**< parameters required for the non-bonded calc.         */
 234     cu_plist_t      *plist[2];       /**< pair-list data structures (local and non-local)      */
 235     nb_staging_t     nbst;           /**< staging area where fshift/energies get downloaded    */
 236
 237     cudaStream_t     stream[2];      /**< local and non-local GPU streams                      */
 238
 239     /** events used for synchronization */
 240     cudaEvent_t    nonlocal_done;    /**< event triggered when the non-local non-bonded kernel
 241                                         is done (and the local transfer can proceed)           */
 242     cudaEvent_t    misc_ops_done;    /**< event triggered when the operations that precede the
 243                                           main force calculations are done (e.g. buffer 0-ing) */
 244
 245     /* NOTE: With current CUDA versions (<=5.0) timing doesn't work with multiple
 246      * concurrent streams, so we won't time if both l/nl work is done on GPUs.
 247      * Timer init/uninit is still done even with timing off so only the condition
 248      * setting bDoTime needs to be change if this CUDA "feature" gets fixed. */
 249     bool             bDoTime;       /**< True if event-based timing is enabled.               */
 250     cu_timers_t     *timers;        /**< CUDA event-based timers.                             */
 251     wallclock_gpu_t *timings;       /**< Timing data.                                         */
 252 };
 253
 254 #ifdef __cplusplus
 255 }
 256 #endif
 257
 258 #endif  /* NBNXN_CUDA_TYPES_H */