src/gromacs/mdlib/nbnxn_consts.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2012, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14  *
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _nbnxn_consts_h
  37 #define _nbnxn_consts_h
  38
  39 #ifdef __cplusplus
  40 extern "C" {
  41 #endif
  42
  43
  44 /* The number of pair-search sub-cells per super-cell, used for GPU */
  45 #define GPU_NSUBCELL_Z 2
  46 #define GPU_NSUBCELL_Y 2
  47 #define GPU_NSUBCELL_X 2
  48 #define GPU_NSUBCELL   (GPU_NSUBCELL_Z*GPU_NSUBCELL_Y*GPU_NSUBCELL_X)
  49 /* In the non-bonded GPU kernel we operate on cluster-pairs, not cells.
  50  * The number of cluster in a super-cluster matches the number of sub-cells
  51  * in a pair-search cell, so we introduce a new name for the same value.
  52  */
  53 #define NBNXN_GPU_NCLUSTER_PER_SUPERCLUSTER  GPU_NSUBCELL
  54
  55 /* With CPU kernels the i-cluster size is always 4 atoms.
  56  * With x86 SIMD the j-cluster size can be 2, 4 or 8, otherwise 4.
  57  */
  58 #define NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE       4
  59
  60 #define NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE_2LOG  2
  61
  62 /* With GPU kernels the cluster size is 8 atoms */
  63 #define NBNXN_GPU_CLUSTER_SIZE         8
  64
  65 /* With GPU kernels we group cluster pairs in 4 to optimize memory usage.
  66  * To change this, also change nbnxn_cj4_t in include/types/nbnxn_pairlist.h.
  67  */
  68 #define NBNXN_GPU_JGROUP_SIZE       4
  69 #define NBNXN_GPU_JGROUP_SIZE_2LOG  2
  70
  71 /* To avoid NaN when excluded atoms are at zero distance, we add a small
  72  * number to r^2. NBNXN_AVOID_SING_R2_INC^-3 should fit in real.
  73  */
  74 #ifndef GMX_DOUBLE
  75 #define NBNXN_AVOID_SING_R2_INC  1.0e-12f
  76 #else
  77 /* The double prec. x86 SIMD kernels use a single prec. invsqrt, so > 1e-38 */
  78 #define NBNXN_AVOID_SING_R2_INC  1.0e-36
  79 #endif
  80
  81 /* Coulomb force table size chosen such that it fits along the non-bonded
  82    parameters in the texture cache. */
  83 #define GPU_EWALD_COULOMB_FORCE_TABLE_SIZE 1536
  84
  85
  86 /* Strides for x/f with xyz and xyzq coordinate (and charge) storage */
  87 #define STRIDE_XYZ   3
  88 #define STRIDE_XYZQ  4
  89 /* Size of packs of x, y or z with SSE/AVX packed coords/forces */
  90 #define PACK_X4      4
  91 #define PACK_X8      8
  92 /* Strides for a pack of 4 and 8 coordinates/forces */
  93 #define STRIDE_P4    (DIM*PACK_X4)
  94 #define STRIDE_P8    (DIM*PACK_X8)
  95
  96 /* Index of atom a into the SSE/AVX coordinate/force array */
  97 #define X4_IND_A(a)  (STRIDE_P4*((a) >> 2) + ((a) & (PACK_X4 - 1)))
  98 #define X8_IND_A(a)  (STRIDE_P8*((a) >> 3) + ((a) & (PACK_X8 - 1)))
  99
 100
 101 #ifdef __cplusplus
 102 }
 103 #endif
 104
 105 #endif