src/gromacs/mdlib/nbnxn_consts.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef _nbnxn_consts_h
  37 #define _nbnxn_consts_h
  38
  39 /* With CPU kernels the i-cluster size is always 4 atoms.
  40  * With x86 SIMD the j-cluster size can be 2, 4 or 8, otherwise 4.
  41  */
  42 #define NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE       4
  43
  44 #define NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE_2LOG  2
  45
  46 // Lower limit for square interaction distances in nonbonded kernels.
  47 // For smaller values we will overflow when calculating r^-1 or r^-12, but
  48 // to keep it simple we always apply the limit from the tougher r^-12 condition.
  49 #if GMX_DOUBLE
  50 // Some double precision SIMD architectures use single precision in the first
  51 // step, so although the double precision criterion would allow smaller rsq,
  52 // we need to stay in single precision with some margin for the N-R iterations.
  53 #define NBNXN_MIN_RSQ         1.0e-36
  54 #else
  55 // The worst intermediate value we might evaluate is r^-12, which
  56 // means we should ensure r^2 stays above pow(GMX_FLOAT_MAX,-1.0/6.0)*1.01 (some margin)
  57 #define NBNXN_MIN_RSQ         3.82e-07f  // r > 6.2e-4
  58 #endif
  59
  60
  61 /* Cluster-pair Interaction masks for 4xN and 2xNN kernels.
  62  * Bit i*CJ_SIZE + j tells if atom i and j interact.
  63  */
  64 /* All interaction mask is the same for all kernels */
  65 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_ALL        0xffffffffU
  66 /* 4x4 kernel diagonal mask */
  67 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_DIAG       0x08ceU
  68 /* 4x2 kernel diagonal masks */
  69 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_DIAG_J2_0  0x0002U
  70 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_DIAG_J2_1  0x002fU
  71 /* 4x8 kernel diagonal masks */
  72 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_DIAG_J8_0  0xf0f8fcfeU
  73 #define NBNXN_INTERACTION_MASK_DIAG_J8_1  0x0080c0e0U
  74
  75 /* The number of clusters in a super-cluster, used for GPU */
  76 #define c_nbnxnGpuNumClusterPerSupercluster  8
  77
  78 /* With GPU kernels we group cluster pairs in 4 to optimize memory usage
  79  * of integers containing 32 bits.
  80  */
  81 #define c_nbnxnGpuJgroupSize (32/c_nbnxnGpuNumClusterPerSupercluster)
  82
  83 #endif