src/gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <assert.h>
  41 #include <math.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "macros.h"
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "nbnxn_consts.h"
  48 #include "nbnxn_internal.h"
  49 #include "nbnxn_atomdata.h"
  50 #include "nbnxn_search.h"
  51 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  52 #include "thread_mpi/atomic.h"
  53
  54 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  55 #include "gromacs/utility/gmxomp.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57
  58 /* Default nbnxn allocation routine, allocates NBNXN_MEM_ALIGN byte aligned */
  59 void nbnxn_alloc_aligned(void **ptr, size_t nbytes)
  60 {
  61     *ptr = save_malloc_aligned("ptr", __FILE__, __LINE__, nbytes, 1, NBNXN_MEM_ALIGN);
  62 }
  63
  64 /* Free function for memory allocated with nbnxn_alloc_aligned */
  65 void nbnxn_free_aligned(void *ptr)
  66 {
  67     sfree_aligned(ptr);
  68 }
  69
  70 /* Reallocation wrapper function for nbnxn data structures */
  71 void nbnxn_realloc_void(void **ptr,
  72                         int nbytes_copy, int nbytes_new,
  73                         nbnxn_alloc_t *ma,
  74                         nbnxn_free_t  *mf)
  75 {
  76     void *ptr_new;
  77
  78     ma(&ptr_new, nbytes_new);
  79
  80     if (nbytes_new > 0 && ptr_new == NULL)
  81     {
  82         gmx_fatal(FARGS, "Allocation of %d bytes failed", nbytes_new);
  83     }
  84
  85     if (nbytes_copy > 0)
  86     {
  87         if (nbytes_new < nbytes_copy)
  88         {
  89             gmx_incons("In nbnxn_realloc_void: new size less than copy size");
  90         }
  91         memcpy(ptr_new, *ptr, nbytes_copy);
  92     }
  93     if (*ptr != NULL)
  94     {
  95         mf(*ptr);
  96     }
  97     *ptr = ptr_new;
  98 }
  99
 100 /* Reallocate the nbnxn_atomdata_t for a size of n atoms */
 101 void nbnxn_atomdata_realloc(nbnxn_atomdata_t *nbat, int n)
 102 {
 103     int t;
 104
 105     nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->type,
 106                        nbat->natoms*sizeof(*nbat->type),
 107                        n*sizeof(*nbat->type),
 108                        nbat->alloc, nbat->free);
 109     nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->lj_comb,
 110                        nbat->natoms*2*sizeof(*nbat->lj_comb),
 111                        n*2*sizeof(*nbat->lj_comb),
 112                        nbat->alloc, nbat->free);
 113     if (nbat->XFormat != nbatXYZQ)
 114     {
 115         nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->q,
 116                            nbat->natoms*sizeof(*nbat->q),
 117                            n*sizeof(*nbat->q),
 118                            nbat->alloc, nbat->free);
 119     }
 120     if (nbat->nenergrp > 1)
 121     {
 122         nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->energrp,
 123                            nbat->natoms/nbat->na_c*sizeof(*nbat->energrp),
 124                            n/nbat->na_c*sizeof(*nbat->energrp),
 125                            nbat->alloc, nbat->free);
 126     }
 127     nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->x,
 128                        nbat->natoms*nbat->xstride*sizeof(*nbat->x),
 129                        n*nbat->xstride*sizeof(*nbat->x),
 130                        nbat->alloc, nbat->free);
 131     for (t = 0; t < nbat->nout; t++)
 132     {
 133         /* Allocate one element extra for possible signaling with CUDA */
 134         nbnxn_realloc_void((void **)&nbat->out[t].f,
 135                            nbat->natoms*nbat->fstride*sizeof(*nbat->out[t].f),
 136                            n*nbat->fstride*sizeof(*nbat->out[t].f),
 137                            nbat->alloc, nbat->free);
 138     }
 139     nbat->nalloc = n;
 140 }
 141
 142 /* Initializes an nbnxn_atomdata_output_t data structure */
 143 static void nbnxn_atomdata_output_init(nbnxn_atomdata_output_t *out,
 144                                        int nb_kernel_type,
 145                                        int nenergrp, int stride,
 146                                        nbnxn_alloc_t *ma)
 147 {
 148     int cj_size;
 149
 150     out->f = NULL;
 151     ma((void **)&out->fshift, SHIFTS*DIM*sizeof(*out->fshift));
 152     out->nV = nenergrp*nenergrp;
 153     ma((void **)&out->Vvdw, out->nV*sizeof(*out->Vvdw));
 154     ma((void **)&out->Vc, out->nV*sizeof(*out->Vc  ));
 155
 156     if (nb_kernel_type == nbnxnk4xN_SIMD_4xN ||
 157         nb_kernel_type == nbnxnk4xN_SIMD_2xNN)
 158     {
 159         cj_size  = nbnxn_kernel_to_cj_size(nb_kernel_type);
 160         out->nVS = nenergrp*nenergrp*stride*(cj_size>>1)*cj_size;
 161         ma((void **)&out->VSvdw, out->nVS*sizeof(*out->VSvdw));
 162         ma((void **)&out->VSc, out->nVS*sizeof(*out->VSc  ));
 163     }
 164     else
 165     {
 166         out->nVS = 0;
 167     }
 168 }
 169
 170 static void copy_int_to_nbat_int(const int *a, int na, int na_round,
 171                                  const int *in, int fill, int *innb)
 172 {
 173     int i, j;
 174
 175     j = 0;
 176     for (i = 0; i < na; i++)
 177     {
 178         innb[j++] = in[a[i]];
 179     }
 180     /* Complete the partially filled last cell with fill */
 181     for (; i < na_round; i++)
 182     {
 183         innb[j++] = fill;
 184     }
 185 }
 186
 187 static void clear_nbat_real(int na, int nbatFormat, real *xnb, int a0)
 188 {
 189     int a, d, j, c;
 190
 191     switch (nbatFormat)
 192     {
 193         case nbatXYZ:
 194             for (a = 0; a < na; a++)
 195             {
 196                 for (d = 0; d < DIM; d++)
 197                 {
 198                     xnb[(a0+a)*STRIDE_XYZ+d] = 0;
 199                 }
 200             }
 201             break;
 202         case nbatXYZQ:
 203             for (a = 0; a < na; a++)
 204             {
 205                 for (d = 0; d < DIM; d++)
 206                 {
 207                     xnb[(a0+a)*STRIDE_XYZQ+d] = 0;
 208                 }
 209             }
 210             break;
 211         case nbatX4:
 212             j = X4_IND_A(a0);
 213             c = a0 & (PACK_X4-1);
 214             for (a = 0; a < na; a++)
 215             {
 216                 xnb[j+XX*PACK_X4] = 0;
 217                 xnb[j+YY*PACK_X4] = 0;
 218                 xnb[j+ZZ*PACK_X4] = 0;
 219                 j++;
 220                 c++;
 221                 if (c == PACK_X4)
 222                 {
 223                     j += (DIM-1)*PACK_X4;
 224                     c  = 0;
 225                 }
 226             }
 227             break;
 228         case nbatX8:
 229             j = X8_IND_A(a0);
 230             c = a0 & (PACK_X8-1);
 231             for (a = 0; a < na; a++)
 232             {
 233                 xnb[j+XX*PACK_X8] = 0;
 234                 xnb[j+YY*PACK_X8] = 0;
 235                 xnb[j+ZZ*PACK_X8] = 0;
 236                 j++;
 237                 c++;
 238                 if (c == PACK_X8)
 239                 {
 240                     j += (DIM-1)*PACK_X8;
 241                     c  = 0;
 242                 }
 243             }
 244             break;
 245     }
 246 }
 247
 248 void copy_rvec_to_nbat_real(const int *a, int na, int na_round,
 249                             rvec *x, int nbatFormat, real *xnb, int a0,
 250                             int cx, int cy, int cz)
 251 {
 252     int i, j, c;
 253
 254 /* We might need to place filler particles to fill up the cell to na_round.
 255  * The coefficients (LJ and q) for such particles are zero.
 256  * But we might still get NaN as 0*NaN when distances are too small.
 257  * We hope that -107 nm is far away enough from to zero
 258  * to avoid accidental short distances to particles shifted down for pbc.
 259  */
 260 #define NBAT_FAR_AWAY 107
 261
 262     switch (nbatFormat)
 263     {
 264         case nbatXYZ:
 265             j = a0*STRIDE_XYZ;
 266             for (i = 0; i < na; i++)
 267             {
 268                 xnb[j++] = x[a[i]][XX];
 269                 xnb[j++] = x[a[i]][YY];
 270                 xnb[j++] = x[a[i]][ZZ];
 271             }
 272             /* Complete the partially filled last cell with copies of the last element.
 273              * This simplifies the bounding box calculation and avoid
 274              * numerical issues with atoms that are coincidentally close.
 275              */
 276             for (; i < na_round; i++)
 277             {
 278                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cx);
 279                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cy);
 280                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cz + i);
 281             }
 282             break;
 283         case nbatXYZQ:
 284             j = a0*STRIDE_XYZQ;
 285             for (i = 0; i < na; i++)
 286             {
 287                 xnb[j++] = x[a[i]][XX];
 288                 xnb[j++] = x[a[i]][YY];
 289                 xnb[j++] = x[a[i]][ZZ];
 290                 j++;
 291             }
 292             /* Complete the partially filled last cell with particles far apart */
 293             for (; i < na_round; i++)
 294             {
 295                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cx);
 296                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cy);
 297                 xnb[j++] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cz + i);
 298                 j++;
 299             }
 300             break;
 301         case nbatX4:
 302             j = X4_IND_A(a0);
 303             c = a0 & (PACK_X4-1);
 304             for (i = 0; i < na; i++)
 305             {
 306                 xnb[j+XX*PACK_X4] = x[a[i]][XX];
 307                 xnb[j+YY*PACK_X4] = x[a[i]][YY];
 308                 xnb[j+ZZ*PACK_X4] = x[a[i]][ZZ];
 309                 j++;
 310                 c++;
 311                 if (c == PACK_X4)
 312                 {
 313                     j += (DIM-1)*PACK_X4;
 314                     c  = 0;
 315                 }
 316             }
 317             /* Complete the partially filled last cell with particles far apart */
 318             for (; i < na_round; i++)
 319             {
 320                 xnb[j+XX*PACK_X4] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cx);
 321                 xnb[j+YY*PACK_X4] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cy);
 322                 xnb[j+ZZ*PACK_X4] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cz + i);
 323                 j++;
 324                 c++;
 325                 if (c == PACK_X4)
 326                 {
 327                     j += (DIM-1)*PACK_X4;
 328                     c  = 0;
 329                 }
 330             }
 331             break;
 332         case nbatX8:
 333             j = X8_IND_A(a0);
 334             c = a0 & (PACK_X8 - 1);
 335             for (i = 0; i < na; i++)
 336             {
 337                 xnb[j+XX*PACK_X8] = x[a[i]][XX];
 338                 xnb[j+YY*PACK_X8] = x[a[i]][YY];
 339                 xnb[j+ZZ*PACK_X8] = x[a[i]][ZZ];
 340                 j++;
 341                 c++;
 342                 if (c == PACK_X8)
 343                 {
 344                     j += (DIM-1)*PACK_X8;
 345                     c  = 0;
 346                 }
 347             }
 348             /* Complete the partially filled last cell with particles far apart */
 349             for (; i < na_round; i++)
 350             {
 351                 xnb[j+XX*PACK_X8] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cx);
 352                 xnb[j+YY*PACK_X8] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cy);
 353                 xnb[j+ZZ*PACK_X8] = -NBAT_FAR_AWAY*(1 + cz + i);
 354                 j++;
 355                 c++;
 356                 if (c == PACK_X8)
 357                 {
 358                     j += (DIM-1)*PACK_X8;
 359                     c  = 0;
 360                 }
 361             }
 362             break;
 363         default:
 364             gmx_incons("Unsupported nbnxn_atomdata_t format");
 365     }
 366 }
 367
 368 /* Stores the LJ parameter data in a format convenient for different kernels */
 369 static void set_lj_parameter_data(nbnxn_atomdata_t *nbat, gmx_bool bSIMD)
 370 {
 371     int  nt, i, j;
 372     real c6, c12;
 373
 374     nt = nbat->ntype;
 375
 376     if (bSIMD)
 377     {
 378         /* nbfp_s4 stores two parameters using a stride of 4,
 379          * because this would suit x86 SIMD single-precision
 380          * quad-load intrinsics. There's a slight inefficiency in
 381          * allocating and initializing nbfp_s4 when it might not
 382          * be used, but introducing the conditional code is not
 383          * really worth it. */
 384         nbat->alloc((void **)&nbat->nbfp_s4, nt*nt*4*sizeof(*nbat->nbfp_s4));
 385         for (i = 0; i < nt; i++)
 386         {
 387             for (j = 0; j < nt; j++)
 388             {
 389                 nbat->nbfp_s4[(i*nt+j)*4+0] = nbat->nbfp[(i*nt+j)*2+0];
 390                 nbat->nbfp_s4[(i*nt+j)*4+1] = nbat->nbfp[(i*nt+j)*2+1];
 391                 nbat->nbfp_s4[(i*nt+j)*4+2] = 0;
 392                 nbat->nbfp_s4[(i*nt+j)*4+3] = 0;
 393             }
 394         }
 395     }
 396
 397     /* We use combination rule data for SIMD combination rule kernels
 398      * and with LJ-PME kernels. We then only need parameters per atom type,
 399      * not per pair of atom types.
 400      */
 401     switch (nbat->comb_rule)
 402     {
 403         case ljcrGEOM:
 404             nbat->comb_rule = ljcrGEOM;
 405
 406             for (i = 0; i < nt; i++)
 407             {
 408                 /* Store the sqrt of the diagonal from the nbfp matrix */
 409                 nbat->nbfp_comb[i*2  ] = sqrt(nbat->nbfp[(i*nt+i)*2  ]);
 410                 nbat->nbfp_comb[i*2+1] = sqrt(nbat->nbfp[(i*nt+i)*2+1]);
 411             }
 412             break;
 413         case ljcrLB:
 414             for (i = 0; i < nt; i++)
 415             {
 416                 /* Get 6*C6 and 12*C12 from the diagonal of the nbfp matrix */
 417                 c6  = nbat->nbfp[(i*nt+i)*2  ];
 418                 c12 = nbat->nbfp[(i*nt+i)*2+1];
 419                 if (c6 > 0 && c12 > 0)
 420                 {
 421                     /* We store 0.5*2^1/6*sigma and sqrt(4*3*eps),
 422                      * so we get 6*C6 and 12*C12 after combining.
 423                      */
 424                     nbat->nbfp_comb[i*2  ] = 0.5*pow(c12/c6, 1.0/6.0);
 425                     nbat->nbfp_comb[i*2+1] = sqrt(c6*c6/c12);
 426                 }
 427                 else
 428                 {
 429                     nbat->nbfp_comb[i*2  ] = 0;
 430                     nbat->nbfp_comb[i*2+1] = 0;
 431                 }
 432             }
 433             break;
 434         case ljcrNONE:
 435             /* We always store the full matrix (see code above) */
 436             break;
 437         default:
 438             gmx_incons("Unknown combination rule");
 439             break;
 440     }
 441 }
 442
 443 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD
 444 static void
 445 nbnxn_atomdata_init_simple_exclusion_masks(nbnxn_atomdata_t *nbat)
 446 {
 447     int       i, j;
 448     const int simd_width = GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
 449     int       simd_excl_size;
 450     /* Set the diagonal cluster pair exclusion mask setup data.
 451      * In the kernel we check 0 < j - i to generate the masks.
 452      * Here we store j - i for generating the mask for the first i,
 453      * we substract 0.5 to avoid rounding issues.
 454      * In the kernel we can subtract 1 to generate the subsequent mask.
 455      */
 456     int        simd_4xn_diag_size;
 457     const real simdFalse = -1, simdTrue = 1;
 458     real      *simd_interaction_array;
 459
 460     simd_4xn_diag_size = max(NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE, simd_width);
 461     snew_aligned(nbat->simd_4xn_diagonal_j_minus_i, simd_4xn_diag_size, NBNXN_MEM_ALIGN);
 462     for (j = 0; j < simd_4xn_diag_size; j++)
 463     {
 464         nbat->simd_4xn_diagonal_j_minus_i[j] = j - 0.5;
 465     }
 466
 467     snew_aligned(nbat->simd_2xnn_diagonal_j_minus_i, simd_width, NBNXN_MEM_ALIGN);
 468     for (j = 0; j < simd_width/2; j++)
 469     {
 470         /* The j-cluster size is half the SIMD width */
 471         nbat->simd_2xnn_diagonal_j_minus_i[j]              = j - 0.5;
 472         /* The next half of the SIMD width is for i + 1 */
 473         nbat->simd_2xnn_diagonal_j_minus_i[simd_width/2+j] = j - 1 - 0.5;
 474     }
 475
 476     /* We use up to 32 bits for exclusion masking.
 477      * The same masks are used for the 4xN and 2x(N+N) kernels.
 478      * The masks are read either into epi32 SIMD registers or into
 479      * real SIMD registers (together with a cast).
 480      * In single precision this means the real and epi32 SIMD registers
 481      * are of equal size.
 482      * In double precision the epi32 registers can be smaller than
 483      * the real registers, so depending on the architecture, we might
 484      * need to use two, identical, 32-bit masks per real.
 485      */
 486     simd_excl_size = NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE*simd_width;
 487     snew_aligned(nbat->simd_exclusion_filter1, simd_excl_size,   NBNXN_MEM_ALIGN);
 488     snew_aligned(nbat->simd_exclusion_filter2, simd_excl_size*2, NBNXN_MEM_ALIGN);
 489
 490     for (j = 0; j < simd_excl_size; j++)
 491     {
 492         /* Set the consecutive bits for masking pair exclusions */
 493         nbat->simd_exclusion_filter1[j]       = (1U << j);
 494         nbat->simd_exclusion_filter2[j*2 + 0] = (1U << j);
 495         nbat->simd_exclusion_filter2[j*2 + 1] = (1U << j);
 496     }
 497
 498 #if (defined GMX_SIMD_IBM_QPX)
 499     /* The QPX kernels shouldn't do the bit masking that is done on
 500      * x86, because the SIMD units lack bit-wise operations. Instead,
 501      * we generate a vector of all 2^4 possible ways an i atom
 502      * interacts with its 4 j atoms. Each array entry contains
 503      * simd_width signed ints that are read in a single SIMD
 504      * load. These ints must contain values that will be interpreted
 505      * as true and false when loaded in the SIMD floating-point
 506      * registers, ie. any positive or any negative value,
 507      * respectively. Each array entry encodes how this i atom will
 508      * interact with the 4 j atoms. Matching code exists in
 509      * set_ci_top_excls() to generate indices into this array. Those
 510      * indices are used in the kernels. */
 511
 512     simd_excl_size = NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE*NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE;
 513     const int qpx_simd_width = GMX_SIMD_REAL_WIDTH;
 514     snew_aligned(simd_interaction_array, simd_excl_size * qpx_simd_width, NBNXN_MEM_ALIGN);
 515     for (j = 0; j < simd_excl_size; j++)
 516     {
 517         int index = j * qpx_simd_width;
 518         for (i = 0; i < qpx_simd_width; i++)
 519         {
 520             simd_interaction_array[index + i] = (j & (1 << i)) ? simdTrue : simdFalse;
 521         }
 522     }
 523     nbat->simd_interaction_array = simd_interaction_array;
 524 #endif
 525 }
 526 #endif
 527
 528 /* Initializes an nbnxn_atomdata_t data structure */
 529 void nbnxn_atomdata_init(FILE *fp,
 530                          nbnxn_atomdata_t *nbat,
 531                          int nb_kernel_type,
 532                          int enbnxninitcombrule,
 533                          int ntype, const real *nbfp,
 534                          int n_energygroups,
 535                          int nout,
 536                          nbnxn_alloc_t *alloc,
 537                          nbnxn_free_t  *free)
 538 {
 539     int      i, j, nth;
 540     real     c6, c12, tol;
 541     char    *ptr;
 542     gmx_bool simple, bCombGeom, bCombLB, bSIMD;
 543
 544     if (alloc == NULL)
 545     {
 546         nbat->alloc = nbnxn_alloc_aligned;
 547     }
 548     else
 549     {
 550         nbat->alloc = alloc;
 551     }
 552     if (free == NULL)
 553     {
 554         nbat->free = nbnxn_free_aligned;
 555     }
 556     else
 557     {
 558         nbat->free = free;
 559     }
 560
 561     if (debug)
 562     {
 563         fprintf(debug, "There are %d atom types in the system, adding one for nbnxn_atomdata_t\n", ntype);
 564     }
 565     nbat->ntype = ntype + 1;
 566     nbat->alloc((void **)&nbat->nbfp,
 567                 nbat->ntype*nbat->ntype*2*sizeof(*nbat->nbfp));
 568     nbat->alloc((void **)&nbat->nbfp_comb, nbat->ntype*2*sizeof(*nbat->nbfp_comb));
 569
 570     /* A tolerance of 1e-5 seems reasonable for (possibly hand-typed)
 571      * force-field floating point parameters.
 572      */
 573     tol = 1e-5;
 574     ptr = getenv("GMX_LJCOMB_TOL");
 575     if (ptr != NULL)
 576     {
 577         double dbl;
 578
 579         sscanf(ptr, "%lf", &dbl);
 580         tol = dbl;
 581     }
 582     bCombGeom = TRUE;
 583     bCombLB   = TRUE;
 584
 585     /* Temporarily fill nbat->nbfp_comb with sigma and epsilon
 586      * to check for the LB rule.
 587      */
 588     for (i = 0; i < ntype; i++)
 589     {
 590         c6  = nbfp[(i*ntype+i)*2  ]/6.0;
 591         c12 = nbfp[(i*ntype+i)*2+1]/12.0;
 592         if (c6 > 0 && c12 > 0)
 593         {
 594             nbat->nbfp_comb[i*2  ] = pow(c12/c6, 1.0/6.0);
 595             nbat->nbfp_comb[i*2+1] = 0.25*c6*c6/c12;
 596         }
 597         else if (c6 == 0 && c12 == 0)
 598         {
 599             nbat->nbfp_comb[i*2  ] = 0;
 600             nbat->nbfp_comb[i*2+1] = 0;
 601         }
 602         else
 603         {
 604             /* Can not use LB rule with only dispersion or repulsion */
 605             bCombLB = FALSE;
 606         }
 607     }
 608
 609     for (i = 0; i < nbat->ntype; i++)
 610     {
 611         for (j = 0; j < nbat->ntype; j++)
 612         {
 613             if (i < ntype && j < ntype)
 614             {
 615                 /* fr->nbfp has been updated, so that array too now stores c6/c12 including
 616                  * the 6.0/12.0 prefactors to save 2 flops in the most common case (force-only).
 617                  */
 618                 c6  = nbfp[(i*ntype+j)*2  ];
 619                 c12 = nbfp[(i*ntype+j)*2+1];
 620                 nbat->nbfp[(i*nbat->ntype+j)*2  ] = c6;
 621                 nbat->nbfp[(i*nbat->ntype+j)*2+1] = c12;
 622
 623                 /* Compare 6*C6 and 12*C12 for geometric cobination rule */
 624                 bCombGeom = bCombGeom &&
 625                     gmx_within_tol(c6*c6, nbfp[(i*ntype+i)*2  ]*nbfp[(j*ntype+j)*2  ], tol) &&
 626                     gmx_within_tol(c12*c12, nbfp[(i*ntype+i)*2+1]*nbfp[(j*ntype+j)*2+1], tol);
 627
 628                 /* Compare C6 and C12 for Lorentz-Berthelot combination rule */
 629                 c6     /= 6.0;
 630                 c12    /= 12.0;
 631                 bCombLB = bCombLB &&
 632                     ((c6 == 0 && c12 == 0 &&
 633                       (nbat->nbfp_comb[i*2+1] == 0 || nbat->nbfp_comb[j*2+1] == 0)) ||
 634                      (c6 > 0 && c12 > 0 &&
 635                       gmx_within_tol(pow(c12/c6, 1.0/6.0), 0.5*(nbat->nbfp_comb[i*2]+nbat->nbfp_comb[j*2]), tol) &&
 636                       gmx_within_tol(0.25*c6*c6/c12, sqrt(nbat->nbfp_comb[i*2+1]*nbat->nbfp_comb[j*2+1]), tol)));
 637             }
 638             else
 639             {
 640                 /* Add zero parameters for the additional dummy atom type */
 641                 nbat->nbfp[(i*nbat->ntype+j)*2  ] = 0;
 642                 nbat->nbfp[(i*nbat->ntype+j)*2+1] = 0;
 643             }
 644         }
 645     }
 646     if (debug)
 647     {
 648         fprintf(debug, "Combination rules: geometric %d Lorentz-Berthelot %d\n",
 649                 bCombGeom, bCombLB);
 650     }
 651
 652     simple = nbnxn_kernel_pairlist_simple(nb_kernel_type);
 653
 654     switch (enbnxninitcombrule)
 655     {
 656         case enbnxninitcombruleDETECT:
 657             /* We prefer the geometic combination rule,
 658              * as that gives a slightly faster kernel than the LB rule.
 659              */
 660             if (bCombGeom)
 661             {
 662                 nbat->comb_rule = ljcrGEOM;
 663             }
 664             else if (bCombLB)
 665             {
 666                 nbat->comb_rule = ljcrLB;
 667             }
 668             else
 669             {
 670                 nbat->comb_rule = ljcrNONE;
 671
 672                 nbat->free(nbat->nbfp_comb);
 673             }
 674
 675             if (fp)
 676             {
 677                 if (nbat->comb_rule == ljcrNONE)
 678                 {
 679                     fprintf(fp, "Using full Lennard-Jones parameter combination matrix\n\n");
 680                 }
 681                 else
 682                 {
 683                     fprintf(fp, "Using %s Lennard-Jones combination rule\n\n",
 684                             nbat->comb_rule == ljcrGEOM ? "geometric" : "Lorentz-Berthelot");
 685                 }
 686             }
 687             break;
 688         case enbnxninitcombruleGEOM:
 689             nbat->comb_rule = ljcrGEOM;
 690             break;
 691         case enbnxninitcombruleLB:
 692             nbat->comb_rule = ljcrLB;
 693             break;
 694         case enbnxninitcombruleNONE:
 695             nbat->comb_rule = ljcrNONE;
 696
 697             nbat->free(nbat->nbfp_comb);
 698             break;
 699         default:
 700             gmx_incons("Unknown enbnxninitcombrule");
 701     }
 702
 703     bSIMD = (nb_kernel_type == nbnxnk4xN_SIMD_4xN ||
 704              nb_kernel_type == nbnxnk4xN_SIMD_2xNN);
 705
 706     set_lj_parameter_data(nbat, bSIMD);
 707
 708     nbat->natoms  = 0;
 709     nbat->type    = NULL;
 710     nbat->lj_comb = NULL;
 711     if (simple)
 712     {
 713         int pack_x;
 714
 715         if (bSIMD)
 716         {
 717             pack_x = max(NBNXN_CPU_CLUSTER_I_SIZE,
 718                          nbnxn_kernel_to_cj_size(nb_kernel_type));
 719             switch (pack_x)
 720             {
 721                 case 4:
 722                     nbat->XFormat = nbatX4;
 723                     break;
 724                 case 8:
 725                     nbat->XFormat = nbatX8;
 726                     break;
 727                 default:
 728                     gmx_incons("Unsupported packing width");
 729             }
 730         }
 731         else
 732         {
 733             nbat->XFormat = nbatXYZ;
 734         }
 735
 736         nbat->FFormat = nbat->XFormat;
 737     }
 738     else
 739     {
 740         nbat->XFormat = nbatXYZQ;
 741         nbat->FFormat = nbatXYZ;
 742     }
 743     nbat->q        = NULL;
 744     nbat->nenergrp = n_energygroups;
 745     if (!simple)
 746     {
 747         /* Energy groups not supported yet for super-sub lists */
 748         if (n_energygroups > 1 && fp != NULL)
 749         {
 750             fprintf(fp, "\nNOTE: With GPUs, reporting energy group contributions is not supported\n\n");
 751         }
 752         nbat->nenergrp = 1;
 753     }
 754     /* Temporary storage goes as #grp^3*simd_width^2/2, so limit to 64 */
 755     if (nbat->nenergrp > 64)
 756     {
 757         gmx_fatal(FARGS, "With NxN kernels not more than 64 energy groups are supported\n");
 758     }
 759     nbat->neg_2log = 1;
 760     while (nbat->nenergrp > (1<<nbat->neg_2log))
 761     {
 762         nbat->neg_2log++;
 763     }
 764     nbat->energrp = NULL;
 765     nbat->alloc((void **)&nbat->shift_vec, SHIFTS*sizeof(*nbat->shift_vec));
 766     nbat->xstride = (nbat->XFormat == nbatXYZQ ? STRIDE_XYZQ : DIM);
 767     nbat->fstride = (nbat->FFormat == nbatXYZQ ? STRIDE_XYZQ : DIM);
 768     nbat->x       = NULL;
 769
 770 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD
 771     if (simple)
 772     {
 773         nbnxn_atomdata_init_simple_exclusion_masks(nbat);
 774     }
 775 #endif
 776
 777     /* Initialize the output data structures */
 778     nbat->nout    = nout;
 779     snew(nbat->out, nbat->nout);
 780     nbat->nalloc  = 0;
 781     for (i = 0; i < nbat->nout; i++)
 782     {
 783         nbnxn_atomdata_output_init(&nbat->out[i],
 784                                    nb_kernel_type,
 785                                    nbat->nenergrp, 1<<nbat->neg_2log,
 786                                    nbat->alloc);
 787     }
 788     nbat->buffer_flags.flag        = NULL;
 789     nbat->buffer_flags.flag_nalloc = 0;
 790
 791     nth = gmx_omp_nthreads_get(emntNonbonded);
 792
 793     ptr = getenv("GMX_USE_TREEREDUCE");
 794     if (ptr != NULL)
 795     {
 796         nbat->bUseTreeReduce = strtol(ptr, 0, 10);
 797     }
 798 #if defined __MIC__
 799     else if (nth > 8) /*on the CPU we currently don't benefit even at 32*/
 800     {
 801         nbat->bUseTreeReduce = 1;
 802     }
 803 #endif
 804     else
 805     {
 806         nbat->bUseTreeReduce = 0;
 807     }
 808     if (nbat->bUseTreeReduce)
 809     {
 810         if (fp)
 811         {
 812             fprintf(fp, "Using tree force reduction\n\n");
 813         }
 814         snew(nbat->syncStep, nth);
 815     }
 816 }
 817
 818 static void copy_lj_to_nbat_lj_comb_x4(const real *ljparam_type,
 819                                        const int *type, int na,
 820                                        real *ljparam_at)
 821 {
 822     int is, k, i;
 823
 824     /* The LJ params follow the combination rule:
 825      * copy the params for the type array to the atom array.
 826      */
 827     for (is = 0; is < na; is += PACK_X4)
 828     {
 829         for (k = 0; k < PACK_X4; k++)
 830         {
 831             i = is + k;
 832             ljparam_at[is*2        +k] = ljparam_type[type[i]*2  ];
 833             ljparam_at[is*2+PACK_X4+k] = ljparam_type[type[i]*2+1];
 834         }
 835     }
 836 }
 837
 838 static void copy_lj_to_nbat_lj_comb_x8(const real *ljparam_type,
 839                                        const int *type, int na,
 840                                        real *ljparam_at)
 841 {
 842     int is, k, i;
 843
 844     /* The LJ params follow the combination rule:
 845      * copy the params for the type array to the atom array.
 846      */
 847     for (is = 0; is < na; is += PACK_X8)
 848     {
 849         for (k = 0; k < PACK_X8; k++)
 850         {
 851             i = is + k;
 852             ljparam_at[is*2        +k] = ljparam_type[type[i]*2  ];
 853             ljparam_at[is*2+PACK_X8+k] = ljparam_type[type[i]*2+1];
 854         }
 855     }
 856 }
 857
 858 /* Sets the atom type and LJ data in nbnxn_atomdata_t */
 859 static void nbnxn_atomdata_set_atomtypes(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
 860                                          int                  ngrid,
 861                                          const nbnxn_search_t nbs,
 862                                          const int           *type)
 863 {
 864     int                 g, i, ncz, ash;
 865     const nbnxn_grid_t *grid;
 866
 867     for (g = 0; g < ngrid; g++)
 868     {
 869         grid = &nbs->grid[g];
 870
 871         /* Loop over all columns and copy and fill */
 872         for (i = 0; i < grid->ncx*grid->ncy; i++)
 873         {
 874             ncz = grid->cxy_ind[i+1] - grid->cxy_ind[i];
 875             ash = (grid->cell0 + grid->cxy_ind[i])*grid->na_sc;
 876
 877             copy_int_to_nbat_int(nbs->a+ash, grid->cxy_na[i], ncz*grid->na_sc,
 878                                  type, nbat->ntype-1, nbat->type+ash);
 879
 880             if (nbat->comb_rule != ljcrNONE)
 881             {
 882                 if (nbat->XFormat == nbatX4)
 883                 {
 884                     copy_lj_to_nbat_lj_comb_x4(nbat->nbfp_comb,
 885                                                nbat->type+ash, ncz*grid->na_sc,
 886                                                nbat->lj_comb+ash*2);
 887                 }
 888                 else if (nbat->XFormat == nbatX8)
 889                 {
 890                     copy_lj_to_nbat_lj_comb_x8(nbat->nbfp_comb,
 891                                                nbat->type+ash, ncz*grid->na_sc,
 892                                                nbat->lj_comb+ash*2);
 893                 }
 894             }
 895         }
 896     }
 897 }
 898
 899 /* Sets the charges in nbnxn_atomdata_t *nbat */
 900 static void nbnxn_atomdata_set_charges(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
 901                                        int                  ngrid,
 902                                        const nbnxn_search_t nbs,
 903                                        const real          *charge)
 904 {
 905     int                 g, cxy, ncz, ash, na, na_round, i, j;
 906     real               *q;
 907     const nbnxn_grid_t *grid;
 908
 909     for (g = 0; g < ngrid; g++)
 910     {
 911         grid = &nbs->grid[g];
 912
 913         /* Loop over all columns and copy and fill */
 914         for (cxy = 0; cxy < grid->ncx*grid->ncy; cxy++)
 915         {
 916             ash      = (grid->cell0 + grid->cxy_ind[cxy])*grid->na_sc;
 917             na       = grid->cxy_na[cxy];
 918             na_round = (grid->cxy_ind[cxy+1] - grid->cxy_ind[cxy])*grid->na_sc;
 919
 920             if (nbat->XFormat == nbatXYZQ)
 921             {
 922                 q = nbat->x + ash*STRIDE_XYZQ + ZZ + 1;
 923                 for (i = 0; i < na; i++)
 924                 {
 925                     *q = charge[nbs->a[ash+i]];
 926                     q += STRIDE_XYZQ;
 927                 }
 928                 /* Complete the partially filled last cell with zeros */
 929                 for (; i < na_round; i++)
 930                 {
 931                     *q = 0;
 932                     q += STRIDE_XYZQ;
 933                 }
 934             }
 935             else
 936             {
 937                 q = nbat->q + ash;
 938                 for (i = 0; i < na; i++)
 939                 {
 940                     *q = charge[nbs->a[ash+i]];
 941                     q++;
 942                 }
 943                 /* Complete the partially filled last cell with zeros */
 944                 for (; i < na_round; i++)
 945                 {
 946                     *q = 0;
 947                     q++;
 948                 }
 949             }
 950         }
 951     }
 952 }
 953
 954 /* Set the charges of perturbed atoms in nbnxn_atomdata_t to 0.
 955  * This is to automatically remove the RF/PME self term in the nbnxn kernels.
 956  * Part of the zero interactions are still calculated in the normal kernels.
 957  * All perturbed interactions are calculated in the free energy kernel,
 958  * using the original charge and LJ data, not nbnxn_atomdata_t.
 959  */
 960 static void nbnxn_atomdata_mask_fep(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
 961                                     int                  ngrid,
 962                                     const nbnxn_search_t nbs)
 963 {
 964     real               *q;
 965     int                 stride_q, g, nsubc, c_offset, c, subc, i, ind;
 966     const nbnxn_grid_t *grid;
 967
 968     if (nbat->XFormat == nbatXYZQ)
 969     {
 970         q        = nbat->x + ZZ + 1;
 971         stride_q = STRIDE_XYZQ;
 972     }
 973     else
 974     {
 975         q        = nbat->q;
 976         stride_q = 1;
 977     }
 978
 979     for (g = 0; g < ngrid; g++)
 980     {
 981         grid = &nbs->grid[g];
 982         if (grid->bSimple)
 983         {
 984             nsubc = 1;
 985         }
 986         else
 987         {
 988             nsubc = GPU_NSUBCELL;
 989         }
 990
 991         c_offset = grid->cell0*grid->na_sc;
 992
 993         /* Loop over all columns and copy and fill */
 994         for (c = 0; c < grid->nc*nsubc; c++)
 995         {
 996             /* Does this cluster contain perturbed particles? */
 997             if (grid->fep[c] != 0)
 998             {
 999                 for (i = 0; i < grid->na_c; i++)
1000                 {
1001                     /* Is this a perturbed particle? */
1002                     if (grid->fep[c] & (1 << i))
1003                     {
1004                         ind = c_offset + c*grid->na_c + i;
1005                         /* Set atom type and charge to non-interacting */
1006                         nbat->type[ind] = nbat->ntype - 1;
1007                         q[ind*stride_q] = 0;
1008                     }
1009                 }
1010             }
1011         }
1012     }
1013 }
1014
1015 /* Copies the energy group indices to a reordered and packed array */
1016 static void copy_egp_to_nbat_egps(const int *a, int na, int na_round,
1017                                   int na_c, int bit_shift,
1018                                   const int *in, int *innb)
1019 {
1020     int i, j, sa, at;
1021     int comb;
1022
1023     j = 0;
1024     for (i = 0; i < na; i += na_c)
1025     {
1026         /* Store na_c energy group numbers into one int */
1027         comb = 0;
1028         for (sa = 0; sa < na_c; sa++)
1029         {
1030             at = a[i+sa];
1031             if (at >= 0)
1032             {
1033                 comb |= (GET_CGINFO_GID(in[at]) << (sa*bit_shift));
1034             }
1035         }
1036         innb[j++] = comb;
1037     }
1038     /* Complete the partially filled last cell with fill */
1039     for (; i < na_round; i += na_c)
1040     {
1041         innb[j++] = 0;
1042     }
1043 }
1044
1045 /* Set the energy group indices for atoms in nbnxn_atomdata_t */
1046 static void nbnxn_atomdata_set_energygroups(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
1047                                             int                  ngrid,
1048                                             const nbnxn_search_t nbs,
1049                                             const int           *atinfo)
1050 {
1051     int                 g, i, ncz, ash;
1052     const nbnxn_grid_t *grid;
1053
1054     if (nbat->nenergrp == 1)
1055     {
1056         return;
1057     }
1058
1059     for (g = 0; g < ngrid; g++)
1060     {
1061         grid = &nbs->grid[g];
1062
1063         /* Loop over all columns and copy and fill */
1064         for (i = 0; i < grid->ncx*grid->ncy; i++)
1065         {
1066             ncz = grid->cxy_ind[i+1] - grid->cxy_ind[i];
1067             ash = (grid->cell0 + grid->cxy_ind[i])*grid->na_sc;
1068
1069             copy_egp_to_nbat_egps(nbs->a+ash, grid->cxy_na[i], ncz*grid->na_sc,
1070                                   nbat->na_c, nbat->neg_2log,
1071                                   atinfo, nbat->energrp+(ash>>grid->na_c_2log));
1072         }
1073     }
1074 }
1075
1076 /* Sets all required atom parameter data in nbnxn_atomdata_t */
1077 void nbnxn_atomdata_set(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
1078                         int                  locality,
1079                         const nbnxn_search_t nbs,
1080                         const t_mdatoms     *mdatoms,
1081                         const int           *atinfo)
1082 {
1083     int ngrid;
1084
1085     if (locality == eatLocal)
1086     {
1087         ngrid = 1;
1088     }
1089     else
1090     {
1091         ngrid = nbs->ngrid;
1092     }
1093
1094     nbnxn_atomdata_set_atomtypes(nbat, ngrid, nbs, mdatoms->typeA);
1095
1096     nbnxn_atomdata_set_charges(nbat, ngrid, nbs, mdatoms->chargeA);
1097
1098     if (nbs->bFEP)
1099     {
1100         nbnxn_atomdata_mask_fep(nbat, ngrid, nbs);
1101     }
1102
1103     nbnxn_atomdata_set_energygroups(nbat, ngrid, nbs, atinfo);
1104 }
1105
1106 /* Copies the shift vector array to nbnxn_atomdata_t */
1107 void nbnxn_atomdata_copy_shiftvec(gmx_bool          bDynamicBox,
1108                                   rvec             *shift_vec,
1109                                   nbnxn_atomdata_t *nbat)
1110 {
1111     int i;
1112
1113     nbat->bDynamicBox = bDynamicBox;
1114     for (i = 0; i < SHIFTS; i++)
1115     {
1116         copy_rvec(shift_vec[i], nbat->shift_vec[i]);
1117     }
1118 }
1119
1120 /* Copies (and reorders) the coordinates to nbnxn_atomdata_t */
1121 void nbnxn_atomdata_copy_x_to_nbat_x(const nbnxn_search_t nbs,
1122                                      int                  locality,
1123                                      gmx_bool             FillLocal,
1124                                      rvec                *x,
1125                                      nbnxn_atomdata_t    *nbat)
1126 {
1127     int g0 = 0, g1 = 0;
1128     int nth, th;
1129
1130     switch (locality)
1131     {
1132         case eatAll:
1133             g0 = 0;
1134             g1 = nbs->ngrid;
1135             break;
1136         case eatLocal:
1137             g0 = 0;
1138             g1 = 1;
1139             break;
1140         case eatNonlocal:
1141             g0 = 1;
1142             g1 = nbs->ngrid;
1143             break;
1144     }
1145
1146     if (FillLocal)
1147     {
1148         nbat->natoms_local = nbs->grid[0].nc*nbs->grid[0].na_sc;
1149     }
1150
1151     nth = gmx_omp_nthreads_get(emntPairsearch);
1152
1153 #pragma omp parallel for num_threads(nth) schedule(static)
1154     for (th = 0; th < nth; th++)
1155     {
1156         int g;
1157
1158         for (g = g0; g < g1; g++)
1159         {
1160             const nbnxn_grid_t *grid;
1161             int                 cxy0, cxy1, cxy;
1162
1163             grid = &nbs->grid[g];
1164
1165             cxy0 = (grid->ncx*grid->ncy* th   +nth-1)/nth;
1166             cxy1 = (grid->ncx*grid->ncy*(th+1)+nth-1)/nth;
1167
1168             for (cxy = cxy0; cxy < cxy1; cxy++)
1169             {
1170                 int na, ash, na_fill;
1171
1172                 na  = grid->cxy_na[cxy];
1173                 ash = (grid->cell0 + grid->cxy_ind[cxy])*grid->na_sc;
1174
1175                 if (g == 0 && FillLocal)
1176                 {
1177                     na_fill =
1178                         (grid->cxy_ind[cxy+1] - grid->cxy_ind[cxy])*grid->na_sc;
1179                 }
1180                 else
1181                 {
1182                     /* We fill only the real particle locations.
1183                      * We assume the filling entries at the end have been
1184                      * properly set before during ns.
1185                      */
1186                     na_fill = na;
1187                 }
1188                 copy_rvec_to_nbat_real(nbs->a+ash, na, na_fill, x,
1189                                        nbat->XFormat, nbat->x, ash,
1190                                        0, 0, 0);
1191             }
1192         }
1193     }
1194 }
1195
1196 static void
1197 nbnxn_atomdata_clear_reals(real * gmx_restrict dest,
1198                            int i0, int i1)
1199 {
1200     int i;
1201
1202     for (i = i0; i < i1; i++)
1203     {
1204         dest[i] = 0;
1205     }
1206 }
1207
1208 static void
1209 nbnxn_atomdata_reduce_reals(real * gmx_restrict dest,
1210                             gmx_bool bDestSet,
1211                             real ** gmx_restrict src,
1212                             int nsrc,
1213                             int i0, int i1)
1214 {
1215     int i, s;
1216
1217     if (bDestSet)
1218     {
1219         /* The destination buffer contains data, add to it */
1220         for (i = i0; i < i1; i++)
1221         {
1222             for (s = 0; s < nsrc; s++)
1223             {
1224                 dest[i] += src[s][i];
1225             }
1226         }
1227     }
1228     else
1229     {
1230         /* The destination buffer is unitialized, set it first */
1231         for (i = i0; i < i1; i++)
1232         {
1233             dest[i] = src[0][i];
1234             for (s = 1; s < nsrc; s++)
1235             {
1236                 dest[i] += src[s][i];
1237             }
1238         }
1239     }
1240 }
1241
1242 static void
1243 nbnxn_atomdata_reduce_reals_simd(real gmx_unused * gmx_restrict dest,
1244                                  gmx_bool gmx_unused bDestSet,
1245                                  real gmx_unused ** gmx_restrict src,
1246                                  int gmx_unused nsrc,
1247                                  int gmx_unused i0, int gmx_unused i1)
1248 {
1249 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD
1250 /* The SIMD width here is actually independent of that in the kernels,
1251  * but we use the same width for simplicity (usually optimal anyhow).
1252  */
1253     int             i, s;
1254     gmx_simd_real_t dest_SSE, src_SSE;
1255
1256     if (bDestSet)
1257     {
1258         for (i = i0; i < i1; i += GMX_SIMD_REAL_WIDTH)
1259         {
1260             dest_SSE = gmx_simd_load_r(dest+i);
1261             for (s = 0; s < nsrc; s++)
1262             {
1263                 src_SSE  = gmx_simd_load_r(src[s]+i);
1264                 dest_SSE = gmx_simd_add_r(dest_SSE, src_SSE);
1265             }
1266             gmx_simd_store_r(dest+i, dest_SSE);
1267         }
1268     }
1269     else
1270     {
1271         for (i = i0; i < i1; i += GMX_SIMD_REAL_WIDTH)
1272         {
1273             dest_SSE = gmx_simd_load_r(src[0]+i);
1274             for (s = 1; s < nsrc; s++)
1275             {
1276                 src_SSE  = gmx_simd_load_r(src[s]+i);
1277                 dest_SSE = gmx_simd_add_r(dest_SSE, src_SSE);
1278             }
1279             gmx_simd_store_r(dest+i, dest_SSE);
1280         }
1281     }
1282 #endif
1283 }
1284
1285 /* Add part of the force array(s) from nbnxn_atomdata_t to f */
1286 static void
1287 nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_part(const nbnxn_search_t nbs,
1288                                     const nbnxn_atomdata_t *nbat,
1289                                     nbnxn_atomdata_output_t *out,
1290                                     int nfa,
1291                                     int a0, int a1,
1292                                     rvec *f)
1293 {
1294     int         a, i, fa;
1295     const int  *cell;
1296     const real *fnb;
1297
1298     cell = nbs->cell;
1299
1300     /* Loop over all columns and copy and fill */
1301     switch (nbat->FFormat)
1302     {
1303         case nbatXYZ:
1304         case nbatXYZQ:
1305             if (nfa == 1)
1306             {
1307                 fnb = out[0].f;
1308
1309                 for (a = a0; a < a1; a++)
1310                 {
1311                     i = cell[a]*nbat->fstride;
1312
1313                     f[a][XX] += fnb[i];
1314                     f[a][YY] += fnb[i+1];
1315                     f[a][ZZ] += fnb[i+2];
1316                 }
1317             }
1318             else
1319             {
1320                 for (a = a0; a < a1; a++)
1321                 {
1322                     i = cell[a]*nbat->fstride;
1323
1324                     for (fa = 0; fa < nfa; fa++)
1325                     {
1326                         f[a][XX] += out[fa].f[i];
1327                         f[a][YY] += out[fa].f[i+1];
1328                         f[a][ZZ] += out[fa].f[i+2];
1329                     }
1330                 }
1331             }
1332             break;
1333         case nbatX4:
1334             if (nfa == 1)
1335             {
1336                 fnb = out[0].f;
1337
1338                 for (a = a0; a < a1; a++)
1339                 {
1340                     i = X4_IND_A(cell[a]);
1341
1342                     f[a][XX] += fnb[i+XX*PACK_X4];
1343                     f[a][YY] += fnb[i+YY*PACK_X4];
1344                     f[a][ZZ] += fnb[i+ZZ*PACK_X4];
1345                 }
1346             }
1347             else
1348             {
1349                 for (a = a0; a < a1; a++)
1350                 {
1351                     i = X4_IND_A(cell[a]);
1352
1353                     for (fa = 0; fa < nfa; fa++)
1354                     {
1355                         f[a][XX] += out[fa].f[i+XX*PACK_X4];
1356                         f[a][YY] += out[fa].f[i+YY*PACK_X4];
1357                         f[a][ZZ] += out[fa].f[i+ZZ*PACK_X4];
1358                     }
1359                 }
1360             }
1361             break;
1362         case nbatX8:
1363             if (nfa == 1)
1364             {
1365                 fnb = out[0].f;
1366
1367                 for (a = a0; a < a1; a++)
1368                 {
1369                     i = X8_IND_A(cell[a]);
1370
1371                     f[a][XX] += fnb[i+XX*PACK_X8];
1372                     f[a][YY] += fnb[i+YY*PACK_X8];
1373                     f[a][ZZ] += fnb[i+ZZ*PACK_X8];
1374                 }
1375             }
1376             else
1377             {
1378                 for (a = a0; a < a1; a++)
1379                 {
1380                     i = X8_IND_A(cell[a]);
1381
1382                     for (fa = 0; fa < nfa; fa++)
1383                     {
1384                         f[a][XX] += out[fa].f[i+XX*PACK_X8];
1385                         f[a][YY] += out[fa].f[i+YY*PACK_X8];
1386                         f[a][ZZ] += out[fa].f[i+ZZ*PACK_X8];
1387                     }
1388                 }
1389             }
1390             break;
1391         default:
1392             gmx_incons("Unsupported nbnxn_atomdata_t format");
1393     }
1394 }
1395
1396 static gmx_inline unsigned char reverse_bits(unsigned char b)
1397 {
1398     /* http://graphics.stanford.edu/~seander/bithacks.html#ReverseByteWith64BitsDiv */
1399     return (b * 0x0202020202ULL & 0x010884422010ULL) % 1023;
1400 }
1401
1402 static void nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_treereduce(const nbnxn_atomdata_t *nbat,
1403                                                       int                     nth)
1404 {
1405     const nbnxn_buffer_flags_t *flags = &nbat->buffer_flags;
1406
1407     int next_pow2 = 1<<(gmx_log2i(nth-1)+1);
1408
1409     assert(nbat->nout == nth); /* tree-reduce currently only works for nout==nth */
1410
1411     memset(nbat->syncStep, 0, sizeof(*(nbat->syncStep))*nth);
1412
1413 #pragma omp parallel num_threads(nth)
1414     {
1415         int   b0, b1, b;
1416         int   i0, i1;
1417         int   group_size, th;
1418
1419         th = gmx_omp_get_thread_num();
1420
1421         for (group_size = 2; group_size < 2*next_pow2; group_size *= 2)
1422         {
1423             int index[2], group_pos, partner_pos, wu;
1424             int partner_th = th ^ (group_size/2);
1425
1426             if (group_size > 2)
1427             {
1428 #ifdef TMPI_ATOMICS
1429                 /* wait on partner thread - replaces full barrier */
1430                 int sync_th, sync_group_size;
1431
1432                 tMPI_Atomic_memory_barrier();                         /* gurantee data is saved before marking work as done */
1433                 tMPI_Atomic_set(&(nbat->syncStep[th]), group_size/2); /* mark previous step as completed */
1434
1435                 /* find thread to sync with. Equal to partner_th unless nth is not a power of two. */
1436                 for (sync_th = partner_th, sync_group_size = group_size; sync_th >= nth && sync_group_size > 2; sync_group_size /= 2)
1437                 {
1438                     sync_th &= ~(sync_group_size/4);
1439                 }
1440                 if (sync_th < nth) /* otherwise nothing to sync index[1] will be >=nout */
1441                 {
1442                     /* wait on the thread which computed input data in previous step */
1443                     while (tMPI_Atomic_get((volatile tMPI_Atomic_t*)&(nbat->syncStep[sync_th])) < group_size/2)
1444                     {
1445                         gmx_pause();
1446                     }
1447                     /* guarantee that no later load happens before wait loop is finisehd */
1448                     tMPI_Atomic_memory_barrier();
1449                 }
1450 #else           /* TMPI_ATOMICS */
1451 #pragma omp barrier
1452 #endif
1453             }
1454
1455             /* Calculate buffers to sum (result goes into first buffer) */
1456             group_pos = th % group_size;
1457             index[0]  = th - group_pos;
1458             index[1]  = index[0] + group_size/2;
1459
1460             /* If no second buffer, nothing to do */
1461             if (index[1] >= nbat->nout && group_size > 2)
1462             {
1463                 continue;
1464             }
1465
1466 #if NBNXN_BUFFERFLAG_MAX_THREADS > 256
1467 #error reverse_bits assumes max 256 threads
1468 #endif
1469             /* Position is permuted so that one of the 2 vectors being added was computed on the same thread in the previous step.
1470                This improves locality and enables to sync with just a single thread between steps (=the levels in the btree).
1471                The permutation which allows this corresponds to reversing the bits of the group position.
1472              */
1473             group_pos = reverse_bits(group_pos)/(256/group_size);
1474
1475             partner_pos = group_pos ^ 1;
1476
1477             /* loop over two work-units (own and partner) */
1478             for (wu = 0; wu < 2; wu++)
1479             {
1480                 if (wu == 1)
1481                 {
1482                     if (partner_th < nth)
1483                     {
1484                         break; /* partner exists we don't have to do his work */
1485                     }
1486                     else
1487                     {
1488                         group_pos = partner_pos;
1489                     }
1490                 }
1491
1492                 /* Calculate the cell-block range for our thread */
1493                 b0 = (flags->nflag* group_pos   )/group_size;
1494                 b1 = (flags->nflag*(group_pos+1))/group_size;
1495
1496                 for (b = b0; b < b1; b++)
1497                 {
1498                     i0 =  b   *NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE*nbat->fstride;
1499                     i1 = (b+1)*NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE*nbat->fstride;
1500
1501                     if ((flags->flag[b] & (1ULL<<index[1])) || group_size > 2)
1502                     {
1503 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD
1504                         nbnxn_atomdata_reduce_reals_simd
1505 #else
1506                         nbnxn_atomdata_reduce_reals
1507 #endif
1508                             (nbat->out[index[0]].f,
1509                             (flags->flag[b] & (1ULL<<index[0])) || group_size > 2,
1510                             &(nbat->out[index[1]].f), 1, i0, i1);
1511
1512                     }
1513                     else if (!(flags->flag[b] & (1ULL<<index[0])))
1514                     {
1515                         nbnxn_atomdata_clear_reals(nbat->out[index[0]].f,
1516                                                    i0, i1);
1517                     }
1518                 }
1519             }
1520         }
1521     }
1522 }
1523
1524
1525 static void nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_stdreduce(const nbnxn_atomdata_t *nbat,
1526                                                      int                     nth)
1527 {
1528     int th;
1529 #pragma omp parallel for num_threads(nth) schedule(static)
1530     for (th = 0; th < nth; th++)
1531     {
1532         const nbnxn_buffer_flags_t *flags;
1533         int   b0, b1, b;
1534         int   i0, i1;
1535         int   nfptr;
1536         real *fptr[NBNXN_BUFFERFLAG_MAX_THREADS];
1537         int   out;
1538
1539         flags = &nbat->buffer_flags;
1540
1541         /* Calculate the cell-block range for our thread */
1542         b0 = (flags->nflag* th   )/nth;
1543         b1 = (flags->nflag*(th+1))/nth;
1544
1545         for (b = b0; b < b1; b++)
1546         {
1547             i0 =  b   *NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE*nbat->fstride;
1548             i1 = (b+1)*NBNXN_BUFFERFLAG_SIZE*nbat->fstride;
1549
1550             nfptr = 0;
1551             for (out = 1; out < nbat->nout; out++)
1552             {
1553                 if (flags->flag[b] & (1U<<out))
1554                 {
1555                     fptr[nfptr++] = nbat->out[out].f;
1556                 }
1557             }
1558             if (nfptr > 0)
1559             {
1560 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD
1561                 nbnxn_atomdata_reduce_reals_simd
1562 #else
1563                 nbnxn_atomdata_reduce_reals
1564 #endif
1565                     (nbat->out[0].f,
1566                     flags->flag[b] & (1U<<0),
1567                     fptr, nfptr,
1568                     i0, i1);
1569             }
1570             else if (!(flags->flag[b] & (1U<<0)))
1571             {
1572                 nbnxn_atomdata_clear_reals(nbat->out[0].f,
1573                                            i0, i1);
1574             }
1575         }
1576     }
1577 }
1578
1579 /* Add the force array(s) from nbnxn_atomdata_t to f */
1580 void nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f(const nbnxn_search_t    nbs,
1581                                     int                     locality,
1582                                     const nbnxn_atomdata_t *nbat,
1583                                     rvec                   *f)
1584 {
1585     int a0 = 0, na = 0;
1586     int nth, th;
1587
1588     nbs_cycle_start(&nbs->cc[enbsCCreducef]);
1589
1590     switch (locality)
1591     {
1592         case eatAll:
1593             a0 = 0;
1594             na = nbs->natoms_nonlocal;
1595             break;
1596         case eatLocal:
1597             a0 = 0;
1598             na = nbs->natoms_local;
1599             break;
1600         case eatNonlocal:
1601             a0 = nbs->natoms_local;
1602             na = nbs->natoms_nonlocal - nbs->natoms_local;
1603             break;
1604     }
1605
1606     nth = gmx_omp_nthreads_get(emntNonbonded);
1607
1608     if (nbat->nout > 1)
1609     {
1610         if (locality != eatAll)
1611         {
1612             gmx_incons("add_f_to_f called with nout>1 and locality!=eatAll");
1613         }
1614
1615         /* Reduce the force thread output buffers into buffer 0, before adding
1616          * them to the, differently ordered, "real" force buffer.
1617          */
1618         if (nbat->bUseTreeReduce)
1619         {
1620             nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_treereduce(nbat, nth);
1621         }
1622         else
1623         {
1624             nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_stdreduce(nbat, nth);
1625         }
1626     }
1627 #pragma omp parallel for num_threads(nth) schedule(static)
1628     for (th = 0; th < nth; th++)
1629     {
1630         nbnxn_atomdata_add_nbat_f_to_f_part(nbs, nbat,
1631                                             nbat->out,
1632                                             1,
1633                                             a0+((th+0)*na)/nth,
1634                                             a0+((th+1)*na)/nth,
1635                                             f);
1636     }
1637
1638     nbs_cycle_stop(&nbs->cc[enbsCCreducef]);
1639 }
1640
1641 /* Adds the shift forces from nbnxn_atomdata_t to fshift */
1642 void nbnxn_atomdata_add_nbat_fshift_to_fshift(const nbnxn_atomdata_t *nbat,
1643                                               rvec                   *fshift)
1644 {
1645     const nbnxn_atomdata_output_t *out;
1646     int  th;
1647     int  s;
1648     rvec sum;
1649
1650     out = nbat->out;
1651
1652     for (s = 0; s < SHIFTS; s++)
1653     {
1654         clear_rvec(sum);
1655         for (th = 0; th < nbat->nout; th++)
1656         {
1657             sum[XX] += out[th].fshift[s*DIM+XX];
1658             sum[YY] += out[th].fshift[s*DIM+YY];
1659             sum[ZZ] += out[th].fshift[s*DIM+ZZ];
1660         }
1661         rvec_inc(fshift[s], sum);
1662     }
1663 }