src/gromacs/mdlib/minimize.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <string.h>
  42 #include <time.h>
  43 #include <math.h>
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "network.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48 #include "nrnb.h"
  49 #include "main.h"
  50 #include "force.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "gmx_fatal.h"
  54 #include "txtdump.h"
  55 #include "typedefs.h"
  56 #include "update.h"
  57 #include "constr.h"
  58 #include "vec.h"
  59 #include "tgroup.h"
  60 #include "mdebin.h"
  61 #include "vsite.h"
  62 #include "force.h"
  63 #include "mdrun.h"
  64 #include "md_support.h"
  65 #include "sim_util.h"
  66 #include "domdec.h"
  67 #include "mdatoms.h"
  68 #include "ns.h"
  69 #include "mtop_util.h"
  70 #include "pme.h"
  71 #include "bondf.h"
  72 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  73 #include "md_logging.h"
  74
  75 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  76 #include "gromacs/fileio/trajectory_writing.h"
  77 #include "gromacs/linearalgebra/mtxio.h"
  78 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  79 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  80 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
  81 #include "gromacs/imd/imd.h"
  82
  83 typedef struct {
  84     t_state  s;
  85     rvec    *f;
  86     real     epot;
  87     real     fnorm;
  88     real     fmax;
  89     int      a_fmax;
  90 } em_state_t;
  91
  92 static em_state_t *init_em_state()
  93 {
  94     em_state_t *ems;
  95
  96     snew(ems, 1);
  97
  98     /* does this need to be here?  Should the array be declared differently (staticaly)in the state definition? */
  99     snew(ems->s.lambda, efptNR);
 100
 101     return ems;
 102 }
 103
 104 static void print_em_start(FILE                     *fplog,
 105                            t_commrec                *cr,
 106                            gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 107                            gmx_wallcycle_t           wcycle,
 108                            const char               *name)
 109 {
 110     walltime_accounting_start(walltime_accounting);
 111     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 112     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, name);
 113 }
 114 static void em_time_end(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 115                         gmx_wallcycle_t           wcycle)
 116 {
 117     wallcycle_stop(wcycle, ewcRUN);
 118
 119     walltime_accounting_end(walltime_accounting);
 120 }
 121
 122 static void sp_header(FILE *out, const char *minimizer, real ftol, int nsteps)
 123 {
 124     fprintf(out, "\n");
 125     fprintf(out, "%s:\n", minimizer);
 126     fprintf(out, "   Tolerance (Fmax)   = %12.5e\n", ftol);
 127     fprintf(out, "   Number of steps    = %12d\n", nsteps);
 128 }
 129
 130 static void warn_step(FILE *fp, real ftol, gmx_bool bLastStep, gmx_bool bConstrain)
 131 {
 132     char buffer[2048];
 133     if (bLastStep)
 134     {
 135         sprintf(buffer,
 136                 "\nEnergy minimization reached the maximum number "
 137                 "of steps before the forces reached the requested "
 138                 "precision Fmax < %g.\n", ftol);
 139     }
 140     else
 141     {
 142         sprintf(buffer,
 143                 "\nEnergy minimization has stopped, but the forces have "
 144                 "not converged to the requested precision Fmax < %g (which "
 145                 "may not be possible for your system). It stopped "
 146                 "because the algorithm tried to make a new step whose size "
 147                 "was too small, or there was no change in the energy since "
 148                 "last step. Either way, we regard the minimization as "
 149                 "converged to within the available machine precision, "
 150                 "given your starting configuration and EM parameters.\n%s%s",
 151                 ftol,
 152                 sizeof(real) < sizeof(double) ?
 153                 "\nDouble precision normally gives you higher accuracy, but "
 154                 "this is often not needed for preparing to run molecular "
 155                 "dynamics.\n" :
 156                 "",
 157                 bConstrain ?
 158                 "You might need to increase your constraint accuracy, or turn\n"
 159                 "off constraints altogether (set constraints = none in mdp file)\n" :
 160                 "");
 161     }
 162     fputs(wrap_lines(buffer, 78, 0, FALSE), fp);
 163 }
 164
 165
 166
 167 static void print_converged(FILE *fp, const char *alg, real ftol,
 168                             gmx_int64_t count, gmx_bool bDone, gmx_int64_t nsteps,
 169                             real epot, real fmax, int nfmax, real fnorm)
 170 {
 171     char buf[STEPSTRSIZE];
 172
 173     if (bDone)
 174     {
 175         fprintf(fp, "\n%s converged to Fmax < %g in %s steps\n",
 176                 alg, ftol, gmx_step_str(count, buf));
 177     }
 178     else if (count < nsteps)
 179     {
 180         fprintf(fp, "\n%s converged to machine precision in %s steps,\n"
 181                 "but did not reach the requested Fmax < %g.\n",
 182                 alg, gmx_step_str(count, buf), ftol);
 183     }
 184     else
 185     {
 186         fprintf(fp, "\n%s did not converge to Fmax < %g in %s steps.\n",
 187                 alg, ftol, gmx_step_str(count, buf));
 188     }
 189
 190 #ifdef GMX_DOUBLE
 191     fprintf(fp, "Potential Energy  = %21.14e\n", epot);
 192     fprintf(fp, "Maximum force     = %21.14e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
 193     fprintf(fp, "Norm of force     = %21.14e\n", fnorm);
 194 #else
 195     fprintf(fp, "Potential Energy  = %14.7e\n", epot);
 196     fprintf(fp, "Maximum force     = %14.7e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
 197     fprintf(fp, "Norm of force     = %14.7e\n", fnorm);
 198 #endif
 199 }
 200
 201 static void get_f_norm_max(t_commrec *cr,
 202                            t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms, rvec *f,
 203                            real *fnorm, real *fmax, int *a_fmax)
 204 {
 205     double fnorm2, *sum;
 206     real   fmax2, fmax2_0, fam;
 207     int    la_max, a_max, start, end, i, m, gf;
 208
 209     /* This routine finds the largest force and returns it.
 210      * On parallel machines the global max is taken.
 211      */
 212     fnorm2 = 0;
 213     fmax2  = 0;
 214     la_max = -1;
 215     gf     = 0;
 216     start  = 0;
 217     end    = mdatoms->homenr;
 218     if (mdatoms->cFREEZE)
 219     {
 220         for (i = start; i < end; i++)
 221         {
 222             gf  = mdatoms->cFREEZE[i];
 223             fam = 0;
 224             for (m = 0; m < DIM; m++)
 225             {
 226                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 227                 {
 228                     fam += sqr(f[i][m]);
 229                 }
 230             }
 231             fnorm2 += fam;
 232             if (fam > fmax2)
 233             {
 234                 fmax2  = fam;
 235                 la_max = i;
 236             }
 237         }
 238     }
 239     else
 240     {
 241         for (i = start; i < end; i++)
 242         {
 243             fam     = norm2(f[i]);
 244             fnorm2 += fam;
 245             if (fam > fmax2)
 246             {
 247                 fmax2  = fam;
 248                 la_max = i;
 249             }
 250         }
 251     }
 252
 253     if (la_max >= 0 && DOMAINDECOMP(cr))
 254     {
 255         a_max = cr->dd->gatindex[la_max];
 256     }
 257     else
 258     {
 259         a_max = la_max;
 260     }
 261     if (PAR(cr))
 262     {
 263         snew(sum, 2*cr->nnodes+1);
 264         sum[2*cr->nodeid]   = fmax2;
 265         sum[2*cr->nodeid+1] = a_max;
 266         sum[2*cr->nnodes]   = fnorm2;
 267         gmx_sumd(2*cr->nnodes+1, sum, cr);
 268         fnorm2 = sum[2*cr->nnodes];
 269         /* Determine the global maximum */
 270         for (i = 0; i < cr->nnodes; i++)
 271         {
 272             if (sum[2*i] > fmax2)
 273             {
 274                 fmax2 = sum[2*i];
 275                 a_max = (int)(sum[2*i+1] + 0.5);
 276             }
 277         }
 278         sfree(sum);
 279     }
 280
 281     if (fnorm)
 282     {
 283         *fnorm = sqrt(fnorm2);
 284     }
 285     if (fmax)
 286     {
 287         *fmax  = sqrt(fmax2);
 288     }
 289     if (a_fmax)
 290     {
 291         *a_fmax = a_max;
 292     }
 293 }
 294
 295 static void get_state_f_norm_max(t_commrec *cr,
 296                                  t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 297                                  em_state_t *ems)
 298 {
 299     get_f_norm_max(cr, opts, mdatoms, ems->f, &ems->fnorm, &ems->fmax, &ems->a_fmax);
 300 }
 301
 302 void init_em(FILE *fplog, const char *title,
 303              t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 304              t_state *state_global, gmx_mtop_t *top_global,
 305              em_state_t *ems, gmx_localtop_t **top,
 306              rvec **f, rvec **f_global,
 307              t_nrnb *nrnb, rvec mu_tot,
 308              t_forcerec *fr, gmx_enerdata_t **enerd,
 309              t_graph **graph, t_mdatoms *mdatoms, gmx_global_stat_t *gstat,
 310              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 311              int nfile, const t_filenm fnm[],
 312              gmx_mdoutf_t *outf, t_mdebin **mdebin,
 313              int imdport, unsigned long gmx_unused Flags)
 314 {
 315     int  i;
 316     real dvdl_constr;
 317
 318     if (fplog)
 319     {
 320         fprintf(fplog, "Initiating %s\n", title);
 321     }
 322
 323     state_global->ngtc = 0;
 324
 325     /* Initialize lambda variables */
 326     initialize_lambdas(fplog, ir, &(state_global->fep_state), state_global->lambda, NULL);
 327
 328     init_nrnb(nrnb);
 329
 330     /* Interactive molecular dynamics */
 331     init_IMD(ir, cr, top_global, fplog, 1, state_global->x,
 332              nfile, fnm, NULL, imdport, Flags);
 333
 334     if (DOMAINDECOMP(cr))
 335     {
 336         *top = dd_init_local_top(top_global);
 337
 338         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, &ems->s);
 339
 340         *f = NULL;
 341
 342         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 343         dd_partition_system(fplog, ir->init_step, cr, TRUE, 1,
 344                             state_global, top_global, ir,
 345                             &ems->s, &ems->f, mdatoms, *top,
 346                             fr, vsite, NULL, constr,
 347                             nrnb, NULL, FALSE);
 348         dd_store_state(cr->dd, &ems->s);
 349
 350         if (ir->nstfout)
 351         {
 352             snew(*f_global, top_global->natoms);
 353         }
 354         else
 355         {
 356             *f_global = NULL;
 357         }
 358         *graph = NULL;
 359     }
 360     else
 361     {
 362         snew(*f, top_global->natoms);
 363
 364         /* Just copy the state */
 365         ems->s = *state_global;
 366         snew(ems->s.x, ems->s.nalloc);
 367         snew(ems->f, ems->s.nalloc);
 368         for (i = 0; i < state_global->natoms; i++)
 369         {
 370             copy_rvec(state_global->x[i], ems->s.x[i]);
 371         }
 372         copy_mat(state_global->box, ems->s.box);
 373
 374         *top      = gmx_mtop_generate_local_top(top_global, ir);
 375         *f_global = *f;
 376
 377         forcerec_set_excl_load(fr, *top);
 378
 379         setup_bonded_threading(fr, &(*top)->idef);
 380
 381         if (ir->ePBC != epbcNONE && !fr->bMolPBC)
 382         {
 383             *graph = mk_graph(fplog, &((*top)->idef), 0, top_global->natoms, FALSE, FALSE);
 384         }
 385         else
 386         {
 387             *graph = NULL;
 388         }
 389
 390         atoms2md(top_global, ir, 0, NULL, top_global->natoms, mdatoms);
 391         update_mdatoms(mdatoms, state_global->lambda[efptFEP]);
 392
 393         if (vsite)
 394         {
 395             set_vsite_top(vsite, *top, mdatoms, cr);
 396         }
 397     }
 398
 399     if (constr)
 400     {
 401         if (ir->eConstrAlg == econtSHAKE &&
 402             gmx_mtop_ftype_count(top_global, F_CONSTR) > 0)
 403         {
 404             gmx_fatal(FARGS, "Can not do energy minimization with %s, use %s\n",
 405                       econstr_names[econtSHAKE], econstr_names[econtLINCS]);
 406         }
 407
 408         if (!DOMAINDECOMP(cr))
 409         {
 410             set_constraints(constr, *top, ir, mdatoms, cr);
 411         }
 412
 413         if (!ir->bContinuation)
 414         {
 415             /* Constrain the starting coordinates */
 416             dvdl_constr = 0;
 417             constrain(PAR(cr) ? NULL : fplog, TRUE, TRUE, constr, &(*top)->idef,
 418                       ir, NULL, cr, -1, 0, mdatoms,
 419                       ems->s.x, ems->s.x, NULL, fr->bMolPBC, ems->s.box,
 420                       ems->s.lambda[efptFEP], &dvdl_constr,
 421                       NULL, NULL, nrnb, econqCoord, FALSE, 0, 0);
 422         }
 423     }
 424
 425     if (PAR(cr))
 426     {
 427         *gstat = global_stat_init(ir);
 428     }
 429
 430     *outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, 0, cr, ir, top_global, NULL);
 431
 432     snew(*enerd, 1);
 433     init_enerdata(top_global->groups.grps[egcENER].nr, ir->fepvals->n_lambda,
 434                   *enerd);
 435
 436     if (mdebin != NULL)
 437     {
 438         /* Init bin for energy stuff */
 439         *mdebin = init_mdebin(mdoutf_get_fp_ene(*outf), top_global, ir, NULL);
 440     }
 441
 442     clear_rvec(mu_tot);
 443     calc_shifts(ems->s.box, fr->shift_vec);
 444 }
 445
 446 static void finish_em(t_commrec *cr, gmx_mdoutf_t outf,
 447                       gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 448                       gmx_wallcycle_t wcycle)
 449 {
 450     if (!(cr->duty & DUTY_PME))
 451     {
 452         /* Tell the PME only node to finish */
 453         gmx_pme_send_finish(cr);
 454     }
 455
 456     done_mdoutf(outf);
 457
 458     em_time_end(walltime_accounting, wcycle);
 459 }
 460
 461 static void swap_em_state(em_state_t *ems1, em_state_t *ems2)
 462 {
 463     em_state_t tmp;
 464
 465     tmp   = *ems1;
 466     *ems1 = *ems2;
 467     *ems2 = tmp;
 468 }
 469
 470 static void copy_em_coords(em_state_t *ems, t_state *state)
 471 {
 472     int i;
 473
 474     for (i = 0; (i < state->natoms); i++)
 475     {
 476         copy_rvec(ems->s.x[i], state->x[i]);
 477     }
 478 }
 479
 480 static void write_em_traj(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 481                           gmx_mdoutf_t outf,
 482                           gmx_bool bX, gmx_bool bF, const char *confout,
 483                           gmx_mtop_t *top_global,
 484                           t_inputrec *ir, gmx_int64_t step,
 485                           em_state_t *state,
 486                           t_state *state_global, rvec *f_global)
 487 {
 488     int      mdof_flags;
 489     gmx_bool bIMDout = FALSE;
 490
 491
 492     /* Shall we do IMD output? */
 493     if (ir->bIMD)
 494     {
 495         bIMDout = do_per_step(step, IMD_get_step(ir->imd->setup));
 496     }
 497
 498     if ((bX || bF || bIMDout || confout != NULL) && !DOMAINDECOMP(cr))
 499     {
 500         copy_em_coords(state, state_global);
 501         f_global = state->f;
 502     }
 503
 504     mdof_flags = 0;
 505     if (bX)
 506     {
 507         mdof_flags |= MDOF_X;
 508     }
 509     if (bF)
 510     {
 511         mdof_flags |= MDOF_F;
 512     }
 513
 514     /* If we want IMD output, set appropriate MDOF flag */
 515     if (ir->bIMD)
 516     {
 517         mdof_flags |= MDOF_IMD;
 518     }
 519
 520     mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags,
 521                                      top_global, step, (double)step,
 522                                      &state->s, state_global, state->f, f_global);
 523
 524     if (confout != NULL && MASTER(cr))
 525     {
 526         if (ir->ePBC != epbcNONE && !ir->bPeriodicMols && DOMAINDECOMP(cr))
 527         {
 528             /* Make molecules whole only for confout writing */
 529             do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state_global->box, top_global,
 530                         state_global->x);
 531         }
 532
 533         write_sto_conf_mtop(confout,
 534                             *top_global->name, top_global,
 535                             state_global->x, NULL, ir->ePBC, state_global->box);
 536     }
 537 }
 538
 539 static void do_em_step(t_commrec *cr, t_inputrec *ir, t_mdatoms *md,
 540                        gmx_bool bMolPBC,
 541                        em_state_t *ems1, real a, rvec *f, em_state_t *ems2,
 542                        gmx_constr_t constr, gmx_localtop_t *top,
 543                        t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 544                        gmx_int64_t count)
 545
 546 {
 547     t_state *s1, *s2;
 548     int      i;
 549     int      start, end;
 550     rvec    *x1, *x2;
 551     real     dvdl_constr;
 552
 553     s1 = &ems1->s;
 554     s2 = &ems2->s;
 555
 556     if (DOMAINDECOMP(cr) && s1->ddp_count != cr->dd->ddp_count)
 557     {
 558         gmx_incons("state mismatch in do_em_step");
 559     }
 560
 561     s2->flags = s1->flags;
 562
 563     if (s2->nalloc != s1->nalloc)
 564     {
 565         s2->nalloc = s1->nalloc;
 566         srenew(s2->x, s1->nalloc);
 567         srenew(ems2->f,  s1->nalloc);
 568         if (s2->flags & (1<<estCGP))
 569         {
 570             srenew(s2->cg_p,  s1->nalloc);
 571         }
 572     }
 573
 574     s2->natoms = s1->natoms;
 575     copy_mat(s1->box, s2->box);
 576     /* Copy free energy state */
 577     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 578     {
 579         s2->lambda[i] = s1->lambda[i];
 580     }
 581     copy_mat(s1->box, s2->box);
 582
 583     start = 0;
 584     end   = md->homenr;
 585
 586     x1 = s1->x;
 587     x2 = s2->x;
 588
 589 #pragma omp parallel num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntUpdate))
 590     {
 591         int gf, i, m;
 592
 593         gf = 0;
 594 #pragma omp for schedule(static) nowait
 595         for (i = start; i < end; i++)
 596         {
 597             if (md->cFREEZE)
 598             {
 599                 gf = md->cFREEZE[i];
 600             }
 601             for (m = 0; m < DIM; m++)
 602             {
 603                 if (ir->opts.nFreeze[gf][m])
 604                 {
 605                     x2[i][m] = x1[i][m];
 606                 }
 607                 else
 608                 {
 609                     x2[i][m] = x1[i][m] + a*f[i][m];
 610                 }
 611             }
 612         }
 613
 614         if (s2->flags & (1<<estCGP))
 615         {
 616             /* Copy the CG p vector */
 617             x1 = s1->cg_p;
 618             x2 = s2->cg_p;
 619 #pragma omp for schedule(static) nowait
 620             for (i = start; i < end; i++)
 621             {
 622                 copy_rvec(x1[i], x2[i]);
 623             }
 624         }
 625
 626         if (DOMAINDECOMP(cr))
 627         {
 628             s2->ddp_count = s1->ddp_count;
 629             if (s2->cg_gl_nalloc < s1->cg_gl_nalloc)
 630             {
 631 #pragma omp barrier
 632                 s2->cg_gl_nalloc = s1->cg_gl_nalloc;
 633                 srenew(s2->cg_gl, s2->cg_gl_nalloc);
 634 #pragma omp barrier
 635             }
 636             s2->ncg_gl = s1->ncg_gl;
 637 #pragma omp for schedule(static) nowait
 638             for (i = 0; i < s2->ncg_gl; i++)
 639             {
 640                 s2->cg_gl[i] = s1->cg_gl[i];
 641             }
 642             s2->ddp_count_cg_gl = s1->ddp_count_cg_gl;
 643         }
 644     }
 645
 646     if (constr)
 647     {
 648         wallcycle_start(wcycle, ewcCONSTR);
 649         dvdl_constr = 0;
 650         constrain(NULL, TRUE, TRUE, constr, &top->idef,
 651                   ir, NULL, cr, count, 0, md,
 652                   s1->x, s2->x, NULL, bMolPBC, s2->box,
 653                   s2->lambda[efptBONDED], &dvdl_constr,
 654                   NULL, NULL, nrnb, econqCoord, FALSE, 0, 0);
 655         wallcycle_stop(wcycle, ewcCONSTR);
 656     }
 657 }
 658
 659 static void em_dd_partition_system(FILE *fplog, int step, t_commrec *cr,
 660                                    gmx_mtop_t *top_global, t_inputrec *ir,
 661                                    em_state_t *ems, gmx_localtop_t *top,
 662                                    t_mdatoms *mdatoms, t_forcerec *fr,
 663                                    gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 664                                    t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle)
 665 {
 666     /* Repartition the domain decomposition */
 667     wallcycle_start(wcycle, ewcDOMDEC);
 668     dd_partition_system(fplog, step, cr, FALSE, 1,
 669                         NULL, top_global, ir,
 670                         &ems->s, &ems->f,
 671                         mdatoms, top, fr, vsite, NULL, constr,
 672                         nrnb, wcycle, FALSE);
 673     dd_store_state(cr->dd, &ems->s);
 674     wallcycle_stop(wcycle, ewcDOMDEC);
 675 }
 676
 677 static void evaluate_energy(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 678                             gmx_mtop_t *top_global,
 679                             em_state_t *ems, gmx_localtop_t *top,
 680                             t_inputrec *inputrec,
 681                             t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 682                             gmx_global_stat_t gstat,
 683                             gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 684                             t_fcdata *fcd,
 685                             t_graph *graph, t_mdatoms *mdatoms,
 686                             t_forcerec *fr, rvec mu_tot,
 687                             gmx_enerdata_t *enerd, tensor vir, tensor pres,
 688                             gmx_int64_t count, gmx_bool bFirst)
 689 {
 690     real     t;
 691     gmx_bool bNS;
 692     int      nabnsb;
 693     tensor   force_vir, shake_vir, ekin;
 694     real     dvdl_constr, prescorr, enercorr, dvdlcorr;
 695     real     terminate = 0;
 696
 697     /* Set the time to the initial time, the time does not change during EM */
 698     t = inputrec->init_t;
 699
 700     if (bFirst ||
 701         (DOMAINDECOMP(cr) && ems->s.ddp_count < cr->dd->ddp_count))
 702     {
 703         /* This is the first state or an old state used before the last ns */
 704         bNS = TRUE;
 705     }
 706     else
 707     {
 708         bNS = FALSE;
 709         if (inputrec->nstlist > 0)
 710         {
 711             bNS = TRUE;
 712         }
 713         else if (inputrec->nstlist == -1)
 714         {
 715             nabnsb = natoms_beyond_ns_buffer(inputrec, fr, &top->cgs, NULL, ems->s.x);
 716             if (PAR(cr))
 717             {
 718                 gmx_sumi(1, &nabnsb, cr);
 719             }
 720             bNS = (nabnsb > 0);
 721         }
 722     }
 723
 724     if (vsite)
 725     {
 726         construct_vsites(vsite, ems->s.x, 1, NULL,
 727                          top->idef.iparams, top->idef.il,
 728                          fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, ems->s.box);
 729     }
 730
 731     if (DOMAINDECOMP(cr) && bNS)
 732     {
 733         /* Repartition the domain decomposition */
 734         em_dd_partition_system(fplog, count, cr, top_global, inputrec,
 735                                ems, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
 736                                nrnb, wcycle);
 737     }
 738
 739     /* Calc force & energy on new trial position  */
 740     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
 741      * We do not unshift, so molecules are always whole in congrad.c
 742      */
 743     do_force(fplog, cr, inputrec,
 744              count, nrnb, wcycle, top, &top_global->groups,
 745              ems->s.box, ems->s.x, &ems->s.hist,
 746              ems->f, force_vir, mdatoms, enerd, fcd,
 747              ems->s.lambda, graph, fr, vsite, mu_tot, t, NULL, NULL, TRUE,
 748              GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_ALLFORCES |
 749              GMX_FORCE_VIRIAL | GMX_FORCE_ENERGY |
 750              (bNS ? GMX_FORCE_NS | GMX_FORCE_DO_LR : 0));
 751
 752     /* Clear the unused shake virial and pressure */
 753     clear_mat(shake_vir);
 754     clear_mat(pres);
 755
 756     /* Communicate stuff when parallel */
 757     if (PAR(cr) && inputrec->eI != eiNM)
 758     {
 759         wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 760
 761         global_stat(fplog, gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 762                     inputrec, NULL, NULL, NULL, 1, &terminate,
 763                     top_global, &ems->s, FALSE,
 764                     CGLO_ENERGY |
 765                     CGLO_PRESSURE |
 766                     CGLO_CONSTRAINT |
 767                     CGLO_FIRSTITERATE);
 768
 769         wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 770     }
 771
 772     /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 773     calc_dispcorr(fplog, inputrec, fr, count, top_global->natoms, ems->s.box, ems->s.lambda[efptVDW],
 774                   pres, force_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 775     enerd->term[F_DISPCORR] = enercorr;
 776     enerd->term[F_EPOT]    += enercorr;
 777     enerd->term[F_PRES]    += prescorr;
 778     enerd->term[F_DVDL]    += dvdlcorr;
 779
 780     ems->epot = enerd->term[F_EPOT];
 781
 782     if (constr)
 783     {
 784         /* Project out the constraint components of the force */
 785         wallcycle_start(wcycle, ewcCONSTR);
 786         dvdl_constr = 0;
 787         constrain(NULL, FALSE, FALSE, constr, &top->idef,
 788                   inputrec, NULL, cr, count, 0, mdatoms,
 789                   ems->s.x, ems->f, ems->f, fr->bMolPBC, ems->s.box,
 790                   ems->s.lambda[efptBONDED], &dvdl_constr,
 791                   NULL, &shake_vir, nrnb, econqForceDispl, FALSE, 0, 0);
 792         if (fr->bSepDVDL && fplog)
 793         {
 794             gmx_print_sepdvdl(fplog, "Constraints", t, dvdl_constr);
 795         }
 796         enerd->term[F_DVDL_CONSTR] += dvdl_constr;
 797         m_add(force_vir, shake_vir, vir);
 798         wallcycle_stop(wcycle, ewcCONSTR);
 799     }
 800     else
 801     {
 802         copy_mat(force_vir, vir);
 803     }
 804
 805     clear_mat(ekin);
 806     enerd->term[F_PRES] =
 807         calc_pres(fr->ePBC, inputrec->nwall, ems->s.box, ekin, vir, pres);
 808
 809     sum_dhdl(enerd, ems->s.lambda, inputrec->fepvals);
 810
 811     if (EI_ENERGY_MINIMIZATION(inputrec->eI))
 812     {
 813         get_state_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, ems);
 814     }
 815 }
 816
 817 static double reorder_partsum(t_commrec *cr, t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 818                               gmx_mtop_t *mtop,
 819                               em_state_t *s_min, em_state_t *s_b)
 820 {
 821     rvec          *fm, *fb, *fmg;
 822     t_block       *cgs_gl;
 823     int            ncg, *cg_gl, *index, c, cg, i, a0, a1, a, gf, m;
 824     double         partsum;
 825     unsigned char *grpnrFREEZE;
 826
 827     if (debug)
 828     {
 829         fprintf(debug, "Doing reorder_partsum\n");
 830     }
 831
 832     fm = s_min->f;
 833     fb = s_b->f;
 834
 835     cgs_gl = dd_charge_groups_global(cr->dd);
 836     index  = cgs_gl->index;
 837
 838     /* Collect fm in a global vector fmg.
 839      * This conflicts with the spirit of domain decomposition,
 840      * but to fully optimize this a much more complicated algorithm is required.
 841      */
 842     snew(fmg, mtop->natoms);
 843
 844     ncg   = s_min->s.ncg_gl;
 845     cg_gl = s_min->s.cg_gl;
 846     i     = 0;
 847     for (c = 0; c < ncg; c++)
 848     {
 849         cg = cg_gl[c];
 850         a0 = index[cg];
 851         a1 = index[cg+1];
 852         for (a = a0; a < a1; a++)
 853         {
 854             copy_rvec(fm[i], fmg[a]);
 855             i++;
 856         }
 857     }
 858     gmx_sum(mtop->natoms*3, fmg[0], cr);
 859
 860     /* Now we will determine the part of the sum for the cgs in state s_b */
 861     ncg         = s_b->s.ncg_gl;
 862     cg_gl       = s_b->s.cg_gl;
 863     partsum     = 0;
 864     i           = 0;
 865     gf          = 0;
 866     grpnrFREEZE = mtop->groups.grpnr[egcFREEZE];
 867     for (c = 0; c < ncg; c++)
 868     {
 869         cg = cg_gl[c];
 870         a0 = index[cg];
 871         a1 = index[cg+1];
 872         for (a = a0; a < a1; a++)
 873         {
 874             if (mdatoms->cFREEZE && grpnrFREEZE)
 875             {
 876                 gf = grpnrFREEZE[i];
 877             }
 878             for (m = 0; m < DIM; m++)
 879             {
 880                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 881                 {
 882                     partsum += (fb[i][m] - fmg[a][m])*fb[i][m];
 883                 }
 884             }
 885             i++;
 886         }
 887     }
 888
 889     sfree(fmg);
 890
 891     return partsum;
 892 }
 893
 894 static real pr_beta(t_commrec *cr, t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 895                     gmx_mtop_t *mtop,
 896                     em_state_t *s_min, em_state_t *s_b)
 897 {
 898     rvec  *fm, *fb;
 899     double sum;
 900     int    gf, i, m;
 901
 902     /* This is just the classical Polak-Ribiere calculation of beta;
 903      * it looks a bit complicated since we take freeze groups into account,
 904      * and might have to sum it in parallel runs.
 905      */
 906
 907     if (!DOMAINDECOMP(cr) ||
 908         (s_min->s.ddp_count == cr->dd->ddp_count &&
 909          s_b->s.ddp_count   == cr->dd->ddp_count))
 910     {
 911         fm  = s_min->f;
 912         fb  = s_b->f;
 913         sum = 0;
 914         gf  = 0;
 915         /* This part of code can be incorrect with DD,
 916          * since the atom ordering in s_b and s_min might differ.
 917          */
 918         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
 919         {
 920             if (mdatoms->cFREEZE)
 921             {
 922                 gf = mdatoms->cFREEZE[i];
 923             }
 924             for (m = 0; m < DIM; m++)
 925             {
 926                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 927                 {
 928                     sum += (fb[i][m] - fm[i][m])*fb[i][m];
 929                 }
 930             }
 931         }
 932     }
 933     else
 934     {
 935         /* We need to reorder cgs while summing */
 936         sum = reorder_partsum(cr, opts, mdatoms, mtop, s_min, s_b);
 937     }
 938     if (PAR(cr))
 939     {
 940         gmx_sumd(1, &sum, cr);
 941     }
 942
 943     return sum/sqr(s_min->fnorm);
 944 }
 945
 946 double do_cg(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 947              int nfile, const t_filenm fnm[],
 948              const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
 949              int gmx_unused nstglobalcomm,
 950              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 951              int gmx_unused stepout,
 952              t_inputrec *inputrec,
 953              gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
 954              t_state *state_global,
 955              t_mdatoms *mdatoms,
 956              t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 957              gmx_edsam_t gmx_unused ed,
 958              t_forcerec *fr,
 959              int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
 960              gmx_membed_t gmx_unused membed,
 961              real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
 962              const char gmx_unused *deviceOptions,
 963              int imdport,
 964              unsigned long gmx_unused Flags,
 965              gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
 966 {
 967     const char       *CG = "Polak-Ribiere Conjugate Gradients";
 968
 969     em_state_t       *s_min, *s_a, *s_b, *s_c;
 970     gmx_localtop_t   *top;
 971     gmx_enerdata_t   *enerd;
 972     rvec             *f;
 973     gmx_global_stat_t gstat;
 974     t_graph          *graph;
 975     rvec             *f_global, *p, *sf, *sfm;
 976     double            gpa, gpb, gpc, tmp, sum[2], minstep;
 977     real              fnormn;
 978     real              stepsize;
 979     real              a, b, c, beta = 0.0;
 980     real              epot_repl = 0;
 981     real              pnorm;
 982     t_mdebin         *mdebin;
 983     gmx_bool          converged, foundlower;
 984     rvec              mu_tot;
 985     gmx_bool          do_log = FALSE, do_ene = FALSE, do_x, do_f;
 986     tensor            vir, pres;
 987     int               number_steps, neval = 0, nstcg = inputrec->nstcgsteep;
 988     gmx_mdoutf_t      outf;
 989     int               i, m, gf, step, nminstep;
 990     real              terminate = 0;
 991
 992     step = 0;
 993
 994     s_min = init_em_state();
 995     s_a   = init_em_state();
 996     s_b   = init_em_state();
 997     s_c   = init_em_state();
 998
 999     /* Init em and store the local state in s_min */
1000     init_em(fplog, CG, cr, inputrec,
1001             state_global, top_global, s_min, &top, &f, &f_global,
1002             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
1003             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
1004
1005     /* Print to log file */
1006     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, CG);
1007
1008     /* Max number of steps */
1009     number_steps = inputrec->nsteps;
1010
1011     if (MASTER(cr))
1012     {
1013         sp_header(stderr, CG, inputrec->em_tol, number_steps);
1014     }
1015     if (fplog)
1016     {
1017         sp_header(fplog, CG, inputrec->em_tol, number_steps);
1018     }
1019
1020     /* Call the force routine and some auxiliary (neighboursearching etc.) */
1021     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
1022      * We do not unshift, so molecules are always whole in congrad.c
1023      */
1024     evaluate_energy(fplog, cr,
1025                     top_global, s_min, top,
1026                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1027                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1028                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
1029     where();
1030
1031     if (MASTER(cr))
1032     {
1033         /* Copy stuff to the energy bin for easy printing etc. */
1034         upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1035                    mdatoms->tmass, enerd, &s_min->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, s_min->s.box,
1036                    NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1037
1038         print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1039         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE, FALSE, FALSE, fplog, step, step, eprNORMAL,
1040                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1041     }
1042     where();
1043
1044     /* Estimate/guess the initial stepsize */
1045     stepsize = inputrec->em_stepsize/s_min->fnorm;
1046
1047     if (MASTER(cr))
1048     {
1049         fprintf(stderr, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n",
1050                 s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1051         fprintf(stderr, "   F-Norm            = %12.5e\n",
1052                 s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms));
1053         fprintf(stderr, "\n");
1054         /* and copy to the log file too... */
1055         fprintf(fplog, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n",
1056                 s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1057         fprintf(fplog, "   F-Norm            = %12.5e\n",
1058                 s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms));
1059         fprintf(fplog, "\n");
1060     }
1061     /* Start the loop over CG steps.
1062      * Each successful step is counted, and we continue until
1063      * we either converge or reach the max number of steps.
1064      */
1065     converged = FALSE;
1066     for (step = 0; (number_steps < 0 || (number_steps >= 0 && step <= number_steps)) && !converged; step++)
1067     {
1068
1069         /* start taking steps in a new direction
1070          * First time we enter the routine, beta=0, and the direction is
1071          * simply the negative gradient.
1072          */
1073
1074         /* Calculate the new direction in p, and the gradient in this direction, gpa */
1075         p   = s_min->s.cg_p;
1076         sf  = s_min->f;
1077         gpa = 0;
1078         gf  = 0;
1079         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1080         {
1081             if (mdatoms->cFREEZE)
1082             {
1083                 gf = mdatoms->cFREEZE[i];
1084             }
1085             for (m = 0; m < DIM; m++)
1086             {
1087                 if (!inputrec->opts.nFreeze[gf][m])
1088                 {
1089                     p[i][m] = sf[i][m] + beta*p[i][m];
1090                     gpa    -= p[i][m]*sf[i][m];
1091                     /* f is negative gradient, thus the sign */
1092                 }
1093                 else
1094                 {
1095                     p[i][m] = 0;
1096                 }
1097             }
1098         }
1099
1100         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1101         if (PAR(cr))
1102         {
1103             gmx_sumd(1, &gpa, cr);
1104         }
1105
1106         /* Calculate the norm of the search vector */
1107         get_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, p, &pnorm, NULL, NULL);
1108
1109         /* Just in case stepsize reaches zero due to numerical precision... */
1110         if (stepsize <= 0)
1111         {
1112             stepsize = inputrec->em_stepsize/pnorm;
1113         }
1114
1115         /*
1116          * Double check the value of the derivative in the search direction.
1117          * If it is positive it must be due to the old information in the
1118          * CG formula, so just remove that and start over with beta=0.
1119          * This corresponds to a steepest descent step.
1120          */
1121         if (gpa > 0)
1122         {
1123             beta = 0;
1124             step--;   /* Don't count this step since we are restarting */
1125             continue; /* Go back to the beginning of the big for-loop */
1126         }
1127
1128         /* Calculate minimum allowed stepsize, before the average (norm)
1129          * relative change in coordinate is smaller than precision
1130          */
1131         minstep = 0;
1132         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1133         {
1134             for (m = 0; m < DIM; m++)
1135             {
1136                 tmp = fabs(s_min->s.x[i][m]);
1137                 if (tmp < 1.0)
1138                 {
1139                     tmp = 1.0;
1140                 }
1141                 tmp      = p[i][m]/tmp;
1142                 minstep += tmp*tmp;
1143             }
1144         }
1145         /* Add up from all CPUs */
1146         if (PAR(cr))
1147         {
1148             gmx_sumd(1, &minstep, cr);
1149         }
1150
1151         minstep = GMX_REAL_EPS/sqrt(minstep/(3*state_global->natoms));
1152
1153         if (stepsize < minstep)
1154         {
1155             converged = TRUE;
1156             break;
1157         }
1158
1159         /* Write coordinates if necessary */
1160         do_x = do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1161         do_f = do_per_step(step, inputrec->nstfout);
1162
1163         write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, NULL,
1164                       top_global, inputrec, step,
1165                       s_min, state_global, f_global);
1166
1167         /* Take a step downhill.
1168          * In theory, we should minimize the function along this direction.
1169          * That is quite possible, but it turns out to take 5-10 function evaluations
1170          * for each line. However, we dont really need to find the exact minimum -
1171          * it is much better to start a new CG step in a modified direction as soon
1172          * as we are close to it. This will save a lot of energy evaluations.
1173          *
1174          * In practice, we just try to take a single step.
1175          * If it worked (i.e. lowered the energy), we increase the stepsize but
1176          * the continue straight to the next CG step without trying to find any minimum.
1177          * If it didn't work (higher energy), there must be a minimum somewhere between
1178          * the old position and the new one.
1179          *
1180          * Due to the finite numerical accuracy, it turns out that it is a good idea
1181          * to even accept a SMALL increase in energy, if the derivative is still downhill.
1182          * This leads to lower final energies in the tests I've done. / Erik
1183          */
1184         s_a->epot = s_min->epot;
1185         a         = 0.0;
1186         c         = a + stepsize; /* reference position along line is zero */
1187
1188         if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count < cr->dd->ddp_count)
1189         {
1190             em_dd_partition_system(fplog, step, cr, top_global, inputrec,
1191                                    s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
1192                                    nrnb, wcycle);
1193         }
1194
1195         /* Take a trial step (new coords in s_c) */
1196         do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC, s_min, c, s_min->s.cg_p, s_c,
1197                    constr, top, nrnb, wcycle, -1);
1198
1199         neval++;
1200         /* Calculate energy for the trial step */
1201         evaluate_energy(fplog, cr,
1202                         top_global, s_c, top,
1203                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1204                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1205                         mu_tot, enerd, vir, pres, -1, FALSE);
1206
1207         /* Calc derivative along line */
1208         p   = s_c->s.cg_p;
1209         sf  = s_c->f;
1210         gpc = 0;
1211         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1212         {
1213             for (m = 0; m < DIM; m++)
1214             {
1215                 gpc -= p[i][m]*sf[i][m]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1216             }
1217         }
1218         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1219         if (PAR(cr))
1220         {
1221             gmx_sumd(1, &gpc, cr);
1222         }
1223
1224         /* This is the max amount of increase in energy we tolerate */
1225         tmp = sqrt(GMX_REAL_EPS)*fabs(s_a->epot);
1226
1227         /* Accept the step if the energy is lower, or if it is not significantly higher
1228          * and the line derivative is still negative.
1229          */
1230         if (s_c->epot < s_a->epot || (gpc < 0 && s_c->epot < (s_a->epot + tmp)))
1231         {
1232             foundlower = TRUE;
1233             /* Great, we found a better energy. Increase step for next iteration
1234              * if we are still going down, decrease it otherwise
1235              */
1236             if (gpc < 0)
1237             {
1238                 stepsize *= 1.618034; /* The golden section */
1239             }
1240             else
1241             {
1242                 stepsize *= 0.618034; /* 1/golden section */
1243             }
1244         }
1245         else
1246         {
1247             /* New energy is the same or higher. We will have to do some work
1248              * to find a smaller value in the interval. Take smaller step next time!
1249              */
1250             foundlower = FALSE;
1251             stepsize  *= 0.618034;
1252         }
1253
1254
1255
1256
1257         /* OK, if we didn't find a lower value we will have to locate one now - there must
1258          * be one in the interval [a=0,c].
1259          * The same thing is valid here, though: Don't spend dozens of iterations to find
1260          * the line minimum. We try to interpolate based on the derivative at the endpoints,
1261          * and only continue until we find a lower value. In most cases this means 1-2 iterations.
1262          *
1263          * I also have a safeguard for potentially really patological functions so we never
1264          * take more than 20 steps before we give up ...
1265          *
1266          * If we already found a lower value we just skip this step and continue to the update.
1267          */
1268         if (!foundlower)
1269         {
1270             nminstep = 0;
1271
1272             do
1273             {
1274                 /* Select a new trial point.
1275                  * If the derivatives at points a & c have different sign we interpolate to zero,
1276                  * otherwise just do a bisection.
1277                  */
1278                 if (gpa < 0 && gpc > 0)
1279                 {
1280                     b = a + gpa*(a-c)/(gpc-gpa);
1281                 }
1282                 else
1283                 {
1284                     b = 0.5*(a+c);
1285                 }
1286
1287                 /* safeguard if interpolation close to machine accuracy causes errors:
1288                  * never go outside the interval
1289                  */
1290                 if (b <= a || b >= c)
1291                 {
1292                     b = 0.5*(a+c);
1293                 }
1294
1295                 if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count != cr->dd->ddp_count)
1296                 {
1297                     /* Reload the old state */
1298                     em_dd_partition_system(fplog, -1, cr, top_global, inputrec,
1299                                            s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
1300                                            nrnb, wcycle);
1301                 }
1302
1303                 /* Take a trial step to this new point - new coords in s_b */
1304                 do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC, s_min, b, s_min->s.cg_p, s_b,
1305                            constr, top, nrnb, wcycle, -1);
1306
1307                 neval++;
1308                 /* Calculate energy for the trial step */
1309                 evaluate_energy(fplog, cr,
1310                                 top_global, s_b, top,
1311                                 inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1312                                 vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1313                                 mu_tot, enerd, vir, pres, -1, FALSE);
1314
1315                 /* p does not change within a step, but since the domain decomposition
1316                  * might change, we have to use cg_p of s_b here.
1317                  */
1318                 p   = s_b->s.cg_p;
1319                 sf  = s_b->f;
1320                 gpb = 0;
1321                 for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1322                 {
1323                     for (m = 0; m < DIM; m++)
1324                     {
1325                         gpb -= p[i][m]*sf[i][m]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1326                     }
1327                 }
1328                 /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1329                 if (PAR(cr))
1330                 {
1331                     gmx_sumd(1, &gpb, cr);
1332                 }
1333
1334                 if (debug)
1335                 {
1336                     fprintf(debug, "CGE: EpotA %f EpotB %f EpotC %f gpb %f\n",
1337                             s_a->epot, s_b->epot, s_c->epot, gpb);
1338                 }
1339
1340                 epot_repl = s_b->epot;
1341
1342                 /* Keep one of the intervals based on the value of the derivative at the new point */
1343                 if (gpb > 0)
1344                 {
1345                     /* Replace c endpoint with b */
1346                     swap_em_state(s_b, s_c);
1347                     c   = b;
1348                     gpc = gpb;
1349                 }
1350                 else
1351                 {
1352                     /* Replace a endpoint with b */
1353                     swap_em_state(s_b, s_a);
1354                     a   = b;
1355                     gpa = gpb;
1356                 }
1357
1358                 /*
1359                  * Stop search as soon as we find a value smaller than the endpoints.
1360                  * Never run more than 20 steps, no matter what.
1361                  */
1362                 nminstep++;
1363             }
1364             while ((epot_repl > s_a->epot || epot_repl > s_c->epot) &&
1365                    (nminstep < 20));
1366
1367             if (fabs(epot_repl - s_min->epot) < fabs(s_min->epot)*GMX_REAL_EPS ||
1368                 nminstep >= 20)
1369             {
1370                 /* OK. We couldn't find a significantly lower energy.
1371                  * If beta==0 this was steepest descent, and then we give up.
1372                  * If not, set beta=0 and restart with steepest descent before quitting.
1373                  */
1374                 if (beta == 0.0)
1375                 {
1376                     /* Converged */
1377                     converged = TRUE;
1378                     break;
1379                 }
1380                 else
1381                 {
1382                     /* Reset memory before giving up */
1383                     beta = 0.0;
1384                     continue;
1385                 }
1386             }
1387
1388             /* Select min energy state of A & C, put the best in B.
1389              */
1390             if (s_c->epot < s_a->epot)
1391             {
1392                 if (debug)
1393                 {
1394                     fprintf(debug, "CGE: C (%f) is lower than A (%f), moving C to B\n",
1395                             s_c->epot, s_a->epot);
1396                 }
1397                 swap_em_state(s_b, s_c);
1398                 gpb = gpc;
1399                 b   = c;
1400             }
1401             else
1402             {
1403                 if (debug)
1404                 {
1405                     fprintf(debug, "CGE: A (%f) is lower than C (%f), moving A to B\n",
1406                             s_a->epot, s_c->epot);
1407                 }
1408                 swap_em_state(s_b, s_a);
1409                 gpb = gpa;
1410                 b   = a;
1411             }
1412
1413         }
1414         else
1415         {
1416             if (debug)
1417             {
1418                 fprintf(debug, "CGE: Found a lower energy %f, moving C to B\n",
1419                         s_c->epot);
1420             }
1421             swap_em_state(s_b, s_c);
1422             gpb = gpc;
1423             b   = c;
1424         }
1425
1426         /* new search direction */
1427         /* beta = 0 means forget all memory and restart with steepest descents. */
1428         if (nstcg && ((step % nstcg) == 0))
1429         {
1430             beta = 0.0;
1431         }
1432         else
1433         {
1434             /* s_min->fnorm cannot be zero, because then we would have converged
1435              * and broken out.
1436              */
1437
1438             /* Polak-Ribiere update.
1439              * Change to fnorm2/fnorm2_old for Fletcher-Reeves
1440              */
1441             beta = pr_beta(cr, &inputrec->opts, mdatoms, top_global, s_min, s_b);
1442         }
1443         /* Limit beta to prevent oscillations */
1444         if (fabs(beta) > 5.0)
1445         {
1446             beta = 0.0;
1447         }
1448
1449
1450         /* update positions */
1451         swap_em_state(s_min, s_b);
1452         gpa = gpb;
1453
1454         /* Print it if necessary */
1455         if (MASTER(cr))
1456         {
1457             if (bVerbose)
1458             {
1459                 fprintf(stderr, "\rStep %d, Epot=%12.6e, Fnorm=%9.3e, Fmax=%9.3e (atom %d)\n",
1460                         step, s_min->epot, s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms),
1461                         s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1462             }
1463             /* Store the new (lower) energies */
1464             upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1465                        mdatoms->tmass, enerd, &s_min->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, s_min->s.box,
1466                        NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1467
1468             do_log = do_per_step(step, inputrec->nstlog);
1469             do_ene = do_per_step(step, inputrec->nstenergy);
1470
1471             /* Prepare IMD energy record, if bIMD is TRUE. */
1472             IMD_fill_energy_record(inputrec->bIMD, inputrec->imd, enerd, step, TRUE);
1473
1474             if (do_log)
1475             {
1476                 print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1477             }
1478             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, FALSE, FALSE,
1479                        do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
1480                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1481         }
1482
1483         /* Send energies and positions to the IMD client if bIMD is TRUE. */
1484         if (do_IMD(inputrec->bIMD, step, cr, TRUE, state_global->box, state_global->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
1485         {
1486             IMD_send_positions(inputrec->imd);
1487         }
1488
1489         /* Stop when the maximum force lies below tolerance.
1490          * If we have reached machine precision, converged is already set to true.
1491          */
1492         converged = converged || (s_min->fmax < inputrec->em_tol);
1493
1494     } /* End of the loop */
1495
1496     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
1497     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
1498
1499     if (converged)
1500     {
1501         step--; /* we never took that last step in this case */
1502
1503     }
1504     if (s_min->fmax > inputrec->em_tol)
1505     {
1506         if (MASTER(cr))
1507         {
1508             warn_step(stderr, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
1509             warn_step(fplog, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
1510         }
1511         converged = FALSE;
1512     }
1513
1514     if (MASTER(cr))
1515     {
1516         /* If we printed energy and/or logfile last step (which was the last step)
1517          * we don't have to do it again, but otherwise print the final values.
1518          */
1519         if (!do_log)
1520         {
1521             /* Write final value to log since we didn't do anything the last step */
1522             print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1523         }
1524         if (!do_ene || !do_log)
1525         {
1526             /* Write final energy file entries */
1527             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), !do_ene, FALSE, FALSE,
1528                        !do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
1529                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1530         }
1531     }
1532
1533     /* Print some stuff... */
1534     if (MASTER(cr))
1535     {
1536         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
1537     }
1538
1539     /* IMPORTANT!
1540      * For accurate normal mode calculation it is imperative that we
1541      * store the last conformation into the full precision binary trajectory.
1542      *
1543      * However, we should only do it if we did NOT already write this step
1544      * above (which we did if do_x or do_f was true).
1545      */
1546     do_x = !do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1547     do_f = (inputrec->nstfout > 0 && !do_per_step(step, inputrec->nstfout));
1548
1549     write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
1550                   top_global, inputrec, step,
1551                   s_min, state_global, f_global);
1552
1553     fnormn = s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms);
1554
1555     if (MASTER(cr))
1556     {
1557         print_converged(stderr, CG, inputrec->em_tol, step, converged, number_steps,
1558                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
1559         print_converged(fplog, CG, inputrec->em_tol, step, converged, number_steps,
1560                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
1561
1562         fprintf(fplog, "\nPerformed %d energy evaluations in total.\n", neval);
1563     }
1564
1565     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
1566
1567     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
1568     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step);
1569
1570     return 0;
1571 } /* That's all folks */
1572
1573
1574 double do_lbfgs(FILE *fplog, t_commrec *cr,
1575                 int nfile, const t_filenm fnm[],
1576                 const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
1577                 int gmx_unused nstglobalcomm,
1578                 gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
1579                 int gmx_unused stepout,
1580                 t_inputrec *inputrec,
1581                 gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
1582                 t_state *state,
1583                 t_mdatoms *mdatoms,
1584                 t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
1585                 gmx_edsam_t gmx_unused ed,
1586                 t_forcerec *fr,
1587                 int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
1588                 gmx_membed_t gmx_unused membed,
1589                 real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
1590                 const char gmx_unused *deviceOptions,
1591                 int imdport,
1592                 unsigned long gmx_unused Flags,
1593                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
1594 {
1595     static const char *LBFGS = "Low-Memory BFGS Minimizer";
1596     em_state_t         ems;
1597     gmx_localtop_t    *top;
1598     gmx_enerdata_t    *enerd;
1599     rvec              *f;
1600     gmx_global_stat_t  gstat;
1601     t_graph           *graph;
1602     rvec              *f_global;
1603     int                ncorr, nmaxcorr, point, cp, neval, nminstep;
1604     double             stepsize, gpa, gpb, gpc, tmp, minstep;
1605     real              *rho, *alpha, *ff, *xx, *p, *s, *lastx, *lastf, **dx, **dg;
1606     real              *xa, *xb, *xc, *fa, *fb, *fc, *xtmp, *ftmp;
1607     real               a, b, c, maxdelta, delta;
1608     real               diag, Epot0, Epot, EpotA, EpotB, EpotC;
1609     real               dgdx, dgdg, sq, yr, beta;
1610     t_mdebin          *mdebin;
1611     gmx_bool           converged, first;
1612     rvec               mu_tot;
1613     real               fnorm, fmax;
1614     gmx_bool           do_log, do_ene, do_x, do_f, foundlower, *frozen;
1615     tensor             vir, pres;
1616     int                start, end, number_steps;
1617     gmx_mdoutf_t       outf;
1618     int                i, k, m, n, nfmax, gf, step;
1619     int                mdof_flags;
1620     /* not used */
1621     real               terminate;
1622
1623     if (PAR(cr))
1624     {
1625         gmx_fatal(FARGS, "Cannot do parallel L-BFGS Minimization - yet.\n");
1626     }
1627
1628     if (NULL != constr)
1629     {
1630         gmx_fatal(FARGS, "The combination of constraints and L-BFGS minimization is not implemented. Either do not use constraints, or use another minimizer (e.g. steepest descent).");
1631     }
1632
1633     n        = 3*state->natoms;
1634     nmaxcorr = inputrec->nbfgscorr;
1635
1636     /* Allocate memory */
1637     /* Use pointers to real so we dont have to loop over both atoms and
1638      * dimensions all the time...
1639      * x/f are allocated as rvec *, so make new x0/f0 pointers-to-real
1640      * that point to the same memory.
1641      */
1642     snew(xa, n);
1643     snew(xb, n);
1644     snew(xc, n);
1645     snew(fa, n);
1646     snew(fb, n);
1647     snew(fc, n);
1648     snew(frozen, n);
1649
1650     snew(p, n);
1651     snew(lastx, n);
1652     snew(lastf, n);
1653     snew(rho, nmaxcorr);
1654     snew(alpha, nmaxcorr);
1655
1656     snew(dx, nmaxcorr);
1657     for (i = 0; i < nmaxcorr; i++)
1658     {
1659         snew(dx[i], n);
1660     }
1661
1662     snew(dg, nmaxcorr);
1663     for (i = 0; i < nmaxcorr; i++)
1664     {
1665         snew(dg[i], n);
1666     }
1667
1668     step  = 0;
1669     neval = 0;
1670
1671     /* Init em */
1672     init_em(fplog, LBFGS, cr, inputrec,
1673             state, top_global, &ems, &top, &f, &f_global,
1674             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
1675             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
1676     /* Do_lbfgs is not completely updated like do_steep and do_cg,
1677      * so we free some memory again.
1678      */
1679     sfree(ems.s.x);
1680     sfree(ems.f);
1681
1682     xx = (real *)state->x;
1683     ff = (real *)f;
1684
1685     start = 0;
1686     end   = mdatoms->homenr;
1687
1688     /* Print to log file */
1689     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, LBFGS);
1690
1691     do_log = do_ene = do_x = do_f = TRUE;
1692
1693     /* Max number of steps */
1694     number_steps = inputrec->nsteps;
1695
1696     /* Create a 3*natoms index to tell whether each degree of freedom is frozen */
1697     gf = 0;
1698     for (i = start; i < end; i++)
1699     {
1700         if (mdatoms->cFREEZE)
1701         {
1702             gf = mdatoms->cFREEZE[i];
1703         }
1704         for (m = 0; m < DIM; m++)
1705         {
1706             frozen[3*i+m] = inputrec->opts.nFreeze[gf][m];
1707         }
1708     }
1709     if (MASTER(cr))
1710     {
1711         sp_header(stderr, LBFGS, inputrec->em_tol, number_steps);
1712     }
1713     if (fplog)
1714     {
1715         sp_header(fplog, LBFGS, inputrec->em_tol, number_steps);
1716     }
1717
1718     if (vsite)
1719     {
1720         construct_vsites(vsite, state->x, 1, NULL,
1721                          top->idef.iparams, top->idef.il,
1722                          fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, state->box);
1723     }
1724
1725     /* Call the force routine and some auxiliary (neighboursearching etc.) */
1726     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
1727      * We do not unshift, so molecules are always whole
1728      */
1729     neval++;
1730     ems.s.x = state->x;
1731     ems.f   = f;
1732     evaluate_energy(fplog, cr,
1733                     top_global, &ems, top,
1734                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1735                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1736                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
1737     where();
1738
1739     if (MASTER(cr))
1740     {
1741         /* Copy stuff to the energy bin for easy printing etc. */
1742         upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1743                    mdatoms->tmass, enerd, state, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, state->box,
1744                    NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1745
1746         print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
1747         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE, FALSE, FALSE, fplog, step, step, eprNORMAL,
1748                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1749     }
1750     where();
1751
1752     /* This is the starting energy */
1753     Epot = enerd->term[F_EPOT];
1754
1755     fnorm = ems.fnorm;
1756     fmax  = ems.fmax;
1757     nfmax = ems.a_fmax;
1758
1759     /* Set the initial step.
1760      * since it will be multiplied by the non-normalized search direction
1761      * vector (force vector the first time), we scale it by the
1762      * norm of the force.
1763      */
1764
1765     if (MASTER(cr))
1766     {
1767         fprintf(stderr, "Using %d BFGS correction steps.\n\n", nmaxcorr);
1768         fprintf(stderr, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
1769         fprintf(stderr, "   F-Norm            = %12.5e\n", fnorm/sqrt(state->natoms));
1770         fprintf(stderr, "\n");
1771         /* and copy to the log file too... */
1772         fprintf(fplog, "Using %d BFGS correction steps.\n\n", nmaxcorr);
1773         fprintf(fplog, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
1774         fprintf(fplog, "   F-Norm            = %12.5e\n", fnorm/sqrt(state->natoms));
1775         fprintf(fplog, "\n");
1776     }
1777
1778     point = 0;
1779     for (i = 0; i < n; i++)
1780     {
1781         if (!frozen[i])
1782         {
1783             dx[point][i] = ff[i]; /* Initial search direction */
1784         }
1785         else
1786         {
1787             dx[point][i] = 0;
1788         }
1789     }
1790
1791     stepsize  = 1.0/fnorm;
1792     converged = FALSE;
1793
1794     /* Start the loop over BFGS steps.
1795      * Each successful step is counted, and we continue until
1796      * we either converge or reach the max number of steps.
1797      */
1798
1799     ncorr = 0;
1800
1801     /* Set the gradient from the force */
1802     converged = FALSE;
1803     for (step = 0; (number_steps < 0 || (number_steps >= 0 && step <= number_steps)) && !converged; step++)
1804     {
1805
1806         /* Write coordinates if necessary */
1807         do_x = do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1808         do_f = do_per_step(step, inputrec->nstfout);
1809
1810         mdof_flags = 0;
1811         if (do_x)
1812         {
1813             mdof_flags |= MDOF_X;
1814         }
1815
1816         if (do_f)
1817         {
1818             mdof_flags |= MDOF_F;
1819         }
1820
1821         if (inputrec->bIMD)
1822         {
1823             mdof_flags |= MDOF_IMD;
1824         }
1825
1826         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags,
1827                                          top_global, step, (real)step, state, state, f, f);
1828
1829         /* Do the linesearching in the direction dx[point][0..(n-1)] */
1830
1831         /* pointer to current direction - point=0 first time here */
1832         s = dx[point];
1833
1834         /* calculate line gradient */
1835         for (gpa = 0, i = 0; i < n; i++)
1836         {
1837             gpa -= s[i]*ff[i];
1838         }
1839
1840         /* Calculate minimum allowed stepsize, before the average (norm)
1841          * relative change in coordinate is smaller than precision
1842          */
1843         for (minstep = 0, i = 0; i < n; i++)
1844         {
1845             tmp = fabs(xx[i]);
1846             if (tmp < 1.0)
1847             {
1848                 tmp = 1.0;
1849             }
1850             tmp      = s[i]/tmp;
1851             minstep += tmp*tmp;
1852         }
1853         minstep = GMX_REAL_EPS/sqrt(minstep/n);
1854
1855         if (stepsize < minstep)
1856         {
1857             converged = TRUE;
1858             break;
1859         }
1860
1861         /* Store old forces and coordinates */
1862         for (i = 0; i < n; i++)
1863         {
1864             lastx[i] = xx[i];
1865             lastf[i] = ff[i];
1866         }
1867         Epot0 = Epot;
1868
1869         first = TRUE;
1870
1871         for (i = 0; i < n; i++)
1872         {
1873             xa[i] = xx[i];
1874         }
1875
1876         /* Take a step downhill.
1877          * In theory, we should minimize the function along this direction.
1878          * That is quite possible, but it turns out to take 5-10 function evaluations
1879          * for each line. However, we dont really need to find the exact minimum -
1880          * it is much better to start a new BFGS step in a modified direction as soon
1881          * as we are close to it. This will save a lot of energy evaluations.
1882          *
1883          * In practice, we just try to take a single step.
1884          * If it worked (i.e. lowered the energy), we increase the stepsize but
1885          * the continue straight to the next BFGS step without trying to find any minimum.
1886          * If it didn't work (higher energy), there must be a minimum somewhere between
1887          * the old position and the new one.
1888          *
1889          * Due to the finite numerical accuracy, it turns out that it is a good idea
1890          * to even accept a SMALL increase in energy, if the derivative is still downhill.
1891          * This leads to lower final energies in the tests I've done. / Erik
1892          */
1893         foundlower = FALSE;
1894         EpotA      = Epot0;
1895         a          = 0.0;
1896         c          = a + stepsize; /* reference position along line is zero */
1897
1898         /* Check stepsize first. We do not allow displacements
1899          * larger than emstep.
1900          */
1901         do
1902         {
1903             c        = a + stepsize;
1904             maxdelta = 0;
1905             for (i = 0; i < n; i++)
1906             {
1907                 delta = c*s[i];
1908                 if (delta > maxdelta)
1909                 {
1910                     maxdelta = delta;
1911                 }
1912             }
1913             if (maxdelta > inputrec->em_stepsize)
1914             {
1915                 stepsize *= 0.1;
1916             }
1917         }
1918         while (maxdelta > inputrec->em_stepsize);
1919
1920         /* Take a trial step */
1921         for (i = 0; i < n; i++)
1922         {
1923             xc[i] = lastx[i] + c*s[i];
1924         }
1925
1926         neval++;
1927         /* Calculate energy for the trial step */
1928         ems.s.x = (rvec *)xc;
1929         ems.f   = (rvec *)fc;
1930         evaluate_energy(fplog, cr,
1931                         top_global, &ems, top,
1932                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1933                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1934                         mu_tot, enerd, vir, pres, step, FALSE);
1935         EpotC = ems.epot;
1936
1937         /* Calc derivative along line */
1938         for (gpc = 0, i = 0; i < n; i++)
1939         {
1940             gpc -= s[i]*fc[i]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1941         }
1942         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1943         if (PAR(cr))
1944         {
1945             gmx_sumd(1, &gpc, cr);
1946         }
1947
1948         /* This is the max amount of increase in energy we tolerate */
1949         tmp = sqrt(GMX_REAL_EPS)*fabs(EpotA);
1950
1951         /* Accept the step if the energy is lower, or if it is not significantly higher
1952          * and the line derivative is still negative.
1953          */
1954         if (EpotC < EpotA || (gpc < 0 && EpotC < (EpotA+tmp)))
1955         {
1956             foundlower = TRUE;
1957             /* Great, we found a better energy. Increase step for next iteration
1958              * if we are still going down, decrease it otherwise
1959              */
1960             if (gpc < 0)
1961             {
1962                 stepsize *= 1.618034; /* The golden section */
1963             }
1964             else
1965             {
1966                 stepsize *= 0.618034; /* 1/golden section */
1967             }
1968         }
1969         else
1970         {
1971             /* New energy is the same or higher. We will have to do some work
1972              * to find a smaller value in the interval. Take smaller step next time!
1973              */
1974             foundlower = FALSE;
1975             stepsize  *= 0.618034;
1976         }
1977
1978         /* OK, if we didn't find a lower value we will have to locate one now - there must
1979          * be one in the interval [a=0,c].
1980          * The same thing is valid here, though: Don't spend dozens of iterations to find
1981          * the line minimum. We try to interpolate based on the derivative at the endpoints,
1982          * and only continue until we find a lower value. In most cases this means 1-2 iterations.
1983          *
1984          * I also have a safeguard for potentially really patological functions so we never
1985          * take more than 20 steps before we give up ...
1986          *
1987          * If we already found a lower value we just skip this step and continue to the update.
1988          */
1989
1990         if (!foundlower)
1991         {
1992
1993             nminstep = 0;
1994             do
1995             {
1996                 /* Select a new trial point.
1997                  * If the derivatives at points a & c have different sign we interpolate to zero,
1998                  * otherwise just do a bisection.
1999                  */
2000
2001                 if (gpa < 0 && gpc > 0)
2002                 {
2003                     b = a + gpa*(a-c)/(gpc-gpa);
2004                 }
2005                 else
2006                 {
2007                     b = 0.5*(a+c);
2008                 }
2009
2010                 /* safeguard if interpolation close to machine accuracy causes errors:
2011                  * never go outside the interval
2012                  */
2013                 if (b <= a || b >= c)
2014                 {
2015                     b = 0.5*(a+c);
2016                 }
2017
2018                 /* Take a trial step */
2019                 for (i = 0; i < n; i++)
2020                 {
2021                     xb[i] = lastx[i] + b*s[i];
2022                 }
2023
2024                 neval++;
2025                 /* Calculate energy for the trial step */
2026                 ems.s.x = (rvec *)xb;
2027                 ems.f   = (rvec *)fb;
2028                 evaluate_energy(fplog, cr,
2029                                 top_global, &ems, top,
2030                                 inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2031                                 vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2032                                 mu_tot, enerd, vir, pres, step, FALSE);
2033                 EpotB = ems.epot;
2034
2035                 fnorm = ems.fnorm;
2036
2037                 for (gpb = 0, i = 0; i < n; i++)
2038                 {
2039                     gpb -= s[i]*fb[i]; /* f is negative gradient, thus the sign */
2040
2041                 }
2042                 /* Sum the gradient along the line across CPUs */
2043                 if (PAR(cr))
2044                 {
2045                     gmx_sumd(1, &gpb, cr);
2046                 }
2047
2048                 /* Keep one of the intervals based on the value of the derivative at the new point */
2049                 if (gpb > 0)
2050                 {
2051                     /* Replace c endpoint with b */
2052                     EpotC = EpotB;
2053                     c     = b;
2054                     gpc   = gpb;
2055                     /* swap coord pointers b/c */
2056                     xtmp = xb;
2057                     ftmp = fb;
2058                     xb   = xc;
2059                     fb   = fc;
2060                     xc   = xtmp;
2061                     fc   = ftmp;
2062                 }
2063                 else
2064                 {
2065                     /* Replace a endpoint with b */
2066                     EpotA = EpotB;
2067                     a     = b;
2068                     gpa   = gpb;
2069                     /* swap coord pointers a/b */
2070                     xtmp = xb;
2071                     ftmp = fb;
2072                     xb   = xa;
2073                     fb   = fa;
2074                     xa   = xtmp;
2075                     fa   = ftmp;
2076                 }
2077
2078                 /*
2079                  * Stop search as soon as we find a value smaller than the endpoints,
2080                  * or if the tolerance is below machine precision.
2081                  * Never run more than 20 steps, no matter what.
2082                  */
2083                 nminstep++;
2084             }
2085             while ((EpotB > EpotA || EpotB > EpotC) && (nminstep < 20));
2086
2087             if (fabs(EpotB-Epot0) < GMX_REAL_EPS || nminstep >= 20)
2088             {
2089                 /* OK. We couldn't find a significantly lower energy.
2090                  * If ncorr==0 this was steepest descent, and then we give up.
2091                  * If not, reset memory to restart as steepest descent before quitting.
2092                  */
2093                 if (ncorr == 0)
2094                 {
2095                     /* Converged */
2096                     converged = TRUE;
2097                     break;
2098                 }
2099                 else
2100                 {
2101                     /* Reset memory */
2102                     ncorr = 0;
2103                     /* Search in gradient direction */
2104                     for (i = 0; i < n; i++)
2105                     {
2106                         dx[point][i] = ff[i];
2107                     }
2108                     /* Reset stepsize */
2109                     stepsize = 1.0/fnorm;
2110                     continue;
2111                 }
2112             }
2113
2114             /* Select min energy state of A & C, put the best in xx/ff/Epot
2115              */
2116             if (EpotC < EpotA)
2117             {
2118                 Epot = EpotC;
2119                 /* Use state C */
2120                 for (i = 0; i < n; i++)
2121                 {
2122                     xx[i] = xc[i];
2123                     ff[i] = fc[i];
2124                 }
2125                 stepsize = c;
2126             }
2127             else
2128             {
2129                 Epot = EpotA;
2130                 /* Use state A */
2131                 for (i = 0; i < n; i++)
2132                 {
2133                     xx[i] = xa[i];
2134                     ff[i] = fa[i];
2135                 }
2136                 stepsize = a;
2137             }
2138
2139         }
2140         else
2141         {
2142             /* found lower */
2143             Epot = EpotC;
2144             /* Use state C */
2145             for (i = 0; i < n; i++)
2146             {
2147                 xx[i] = xc[i];
2148                 ff[i] = fc[i];
2149             }
2150             stepsize = c;
2151         }
2152
2153         /* Update the memory information, and calculate a new
2154          * approximation of the inverse hessian
2155          */
2156
2157         /* Have new data in Epot, xx, ff */
2158         if (ncorr < nmaxcorr)
2159         {
2160             ncorr++;
2161         }
2162
2163         for (i = 0; i < n; i++)
2164         {
2165             dg[point][i]  = lastf[i]-ff[i];
2166             dx[point][i] *= stepsize;
2167         }
2168
2169         dgdg = 0;
2170         dgdx = 0;
2171         for (i = 0; i < n; i++)
2172         {
2173             dgdg += dg[point][i]*dg[point][i];
2174             dgdx += dg[point][i]*dx[point][i];
2175         }
2176
2177         diag = dgdx/dgdg;
2178
2179         rho[point] = 1.0/dgdx;
2180         point++;
2181
2182         if (point >= nmaxcorr)
2183         {
2184             point = 0;
2185         }
2186
2187         /* Update */
2188         for (i = 0; i < n; i++)
2189         {
2190             p[i] = ff[i];
2191         }
2192
2193         cp = point;
2194
2195         /* Recursive update. First go back over the memory points */
2196         for (k = 0; k < ncorr; k++)
2197         {
2198             cp--;
2199             if (cp < 0)
2200             {
2201                 cp = ncorr-1;
2202             }
2203
2204             sq = 0;
2205             for (i = 0; i < n; i++)
2206             {
2207                 sq += dx[cp][i]*p[i];
2208             }
2209
2210             alpha[cp] = rho[cp]*sq;
2211
2212             for (i = 0; i < n; i++)
2213             {
2214                 p[i] -= alpha[cp]*dg[cp][i];
2215             }
2216         }
2217
2218         for (i = 0; i < n; i++)
2219         {
2220             p[i] *= diag;
2221         }
2222
2223         /* And then go forward again */
2224         for (k = 0; k < ncorr; k++)
2225         {
2226             yr = 0;
2227             for (i = 0; i < n; i++)
2228             {
2229                 yr += p[i]*dg[cp][i];
2230             }
2231
2232             beta = rho[cp]*yr;
2233             beta = alpha[cp]-beta;
2234
2235             for (i = 0; i < n; i++)
2236             {
2237                 p[i] += beta*dx[cp][i];
2238             }
2239
2240             cp++;
2241             if (cp >= ncorr)
2242             {
2243                 cp = 0;
2244             }
2245         }
2246
2247         for (i = 0; i < n; i++)
2248         {
2249             if (!frozen[i])
2250             {
2251                 dx[point][i] = p[i];
2252             }
2253             else
2254             {
2255                 dx[point][i] = 0;
2256             }
2257         }
2258
2259         stepsize = 1.0;
2260
2261         /* Test whether the convergence criterion is met */
2262         get_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, f, &fnorm, &fmax, &nfmax);
2263
2264         /* Print it if necessary */
2265         if (MASTER(cr))
2266         {
2267             if (bVerbose)
2268             {
2269                 fprintf(stderr, "\rStep %d, Epot=%12.6e, Fnorm=%9.3e, Fmax=%9.3e (atom %d)\n",
2270                         step, Epot, fnorm/sqrt(state->natoms), fmax, nfmax+1);
2271             }
2272             /* Store the new (lower) energies */
2273             upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
2274                        mdatoms->tmass, enerd, state, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, state->box,
2275                        NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
2276             do_log = do_per_step(step, inputrec->nstlog);
2277             do_ene = do_per_step(step, inputrec->nstenergy);
2278             if (do_log)
2279             {
2280                 print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
2281             }
2282             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, FALSE, FALSE,
2283                        do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
2284                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2285         }
2286
2287         /* Send x and E to IMD client, if bIMD is TRUE. */
2288         if (do_IMD(inputrec->bIMD, step, cr, TRUE, state->box, state->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
2289         {
2290             IMD_send_positions(inputrec->imd);
2291         }
2292
2293         /* Stop when the maximum force lies below tolerance.
2294          * If we have reached machine precision, converged is already set to true.
2295          */
2296
2297         converged = converged || (fmax < inputrec->em_tol);
2298
2299     } /* End of the loop */
2300
2301     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
2302     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
2303
2304     if (converged)
2305     {
2306         step--; /* we never took that last step in this case */
2307
2308     }
2309     if (fmax > inputrec->em_tol)
2310     {
2311         if (MASTER(cr))
2312         {
2313             warn_step(stderr, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
2314             warn_step(fplog, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
2315         }
2316         converged = FALSE;
2317     }
2318
2319     /* If we printed energy and/or logfile last step (which was the last step)
2320      * we don't have to do it again, but otherwise print the final values.
2321      */
2322     if (!do_log) /* Write final value to log since we didn't do anythin last step */
2323     {
2324         print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
2325     }
2326     if (!do_ene || !do_log) /* Write final energy file entries */
2327     {
2328         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), !do_ene, FALSE, FALSE,
2329                    !do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
2330                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2331     }
2332
2333     /* Print some stuff... */
2334     if (MASTER(cr))
2335     {
2336         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
2337     }
2338
2339     /* IMPORTANT!
2340      * For accurate normal mode calculation it is imperative that we
2341      * store the last conformation into the full precision binary trajectory.
2342      *
2343      * However, we should only do it if we did NOT already write this step
2344      * above (which we did if do_x or do_f was true).
2345      */
2346     do_x = !do_per_step(step, inputrec->nstxout);
2347     do_f = !do_per_step(step, inputrec->nstfout);
2348     write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
2349                   top_global, inputrec, step,
2350                   &ems, state, f);
2351
2352     if (MASTER(cr))
2353     {
2354         print_converged(stderr, LBFGS, inputrec->em_tol, step, converged,
2355                         number_steps, Epot, fmax, nfmax, fnorm/sqrt(state->natoms));
2356         print_converged(fplog, LBFGS, inputrec->em_tol, step, converged,
2357                         number_steps, Epot, fmax, nfmax, fnorm/sqrt(state->natoms));
2358
2359         fprintf(fplog, "\nPerformed %d energy evaluations in total.\n", neval);
2360     }
2361
2362     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2363
2364     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
2365     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step);
2366
2367     return 0;
2368 } /* That's all folks */
2369
2370
2371 double do_steep(FILE *fplog, t_commrec *cr,
2372                 int nfile, const t_filenm fnm[],
2373                 const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
2374                 int gmx_unused nstglobalcomm,
2375                 gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
2376                 int gmx_unused stepout,
2377                 t_inputrec *inputrec,
2378                 gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
2379                 t_state *state_global,
2380                 t_mdatoms *mdatoms,
2381                 t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
2382                 gmx_edsam_t gmx_unused  ed,
2383                 t_forcerec *fr,
2384                 int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
2385                 gmx_membed_t gmx_unused membed,
2386                 real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
2387                 const char  gmx_unused *deviceOptions,
2388                 int imdport,
2389                 unsigned long gmx_unused Flags,
2390                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
2391 {
2392     const char       *SD = "Steepest Descents";
2393     em_state_t       *s_min, *s_try;
2394     rvec             *f_global;
2395     gmx_localtop_t   *top;
2396     gmx_enerdata_t   *enerd;
2397     rvec             *f;
2398     gmx_global_stat_t gstat;
2399     t_graph          *graph;
2400     real              stepsize, constepsize;
2401     real              ustep, fnormn;
2402     gmx_mdoutf_t      outf;
2403     t_mdebin         *mdebin;
2404     gmx_bool          bDone, bAbort, do_x, do_f;
2405     tensor            vir, pres;
2406     rvec              mu_tot;
2407     int               nsteps;
2408     int               count          = 0;
2409     int               steps_accepted = 0;
2410     /* not used */
2411     real              terminate = 0;
2412
2413     s_min = init_em_state();
2414     s_try = init_em_state();
2415
2416     /* Init em and store the local state in s_try */
2417     init_em(fplog, SD, cr, inputrec,
2418             state_global, top_global, s_try, &top, &f, &f_global,
2419             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
2420             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
2421
2422     /* Print to log file  */
2423     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, SD);
2424
2425     /* Set variables for stepsize (in nm). This is the largest
2426      * step that we are going to make in any direction.
2427      */
2428     ustep    = inputrec->em_stepsize;
2429     stepsize = 0;
2430
2431     /* Max number of steps  */
2432     nsteps = inputrec->nsteps;
2433
2434     if (MASTER(cr))
2435     {
2436         /* Print to the screen  */
2437         sp_header(stderr, SD, inputrec->em_tol, nsteps);
2438     }
2439     if (fplog)
2440     {
2441         sp_header(fplog, SD, inputrec->em_tol, nsteps);
2442     }
2443
2444     /**** HERE STARTS THE LOOP ****
2445      * count is the counter for the number of steps
2446      * bDone will be TRUE when the minimization has converged
2447      * bAbort will be TRUE when nsteps steps have been performed or when
2448      * the stepsize becomes smaller than is reasonable for machine precision
2449      */
2450     count  = 0;
2451     bDone  = FALSE;
2452     bAbort = FALSE;
2453     while (!bDone && !bAbort)
2454     {
2455         bAbort = (nsteps >= 0) && (count == nsteps);
2456
2457         /* set new coordinates, except for first step */
2458         if (count > 0)
2459         {
2460             do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC,
2461                        s_min, stepsize, s_min->f, s_try,
2462                        constr, top, nrnb, wcycle, count);
2463         }
2464
2465         evaluate_energy(fplog, cr,
2466                         top_global, s_try, top,
2467                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2468                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2469                         mu_tot, enerd, vir, pres, count, count == 0);
2470
2471         if (MASTER(cr))
2472         {
2473             print_ebin_header(fplog, count, count, s_try->s.lambda[efptFEP]);
2474         }
2475
2476         if (count == 0)
2477         {
2478             s_min->epot = s_try->epot + 1;
2479         }
2480
2481         /* Print it if necessary  */
2482         if (MASTER(cr))
2483         {
2484             if (bVerbose)
2485             {
2486                 fprintf(stderr, "Step=%5d, Dmax= %6.1e nm, Epot= %12.5e Fmax= %11.5e, atom= %d%c",
2487                         count, ustep, s_try->epot, s_try->fmax, s_try->a_fmax+1,
2488                         (s_try->epot < s_min->epot) ? '\n' : '\r');
2489             }
2490
2491             if (s_try->epot < s_min->epot)
2492             {
2493                 /* Store the new (lower) energies  */
2494                 upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)count,
2495                            mdatoms->tmass, enerd, &s_try->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals,
2496                            s_try->s.box, NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
2497
2498                 /* Prepare IMD energy record, if bIMD is TRUE. */
2499                 IMD_fill_energy_record(inputrec->bIMD, inputrec->imd, enerd, count, TRUE);
2500
2501                 print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE,
2502                            do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstdisreout),
2503                            do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstorireout),
2504                            fplog, count, count, eprNORMAL, TRUE,
2505                            mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2506                 fflush(fplog);
2507             }
2508         }
2509
2510         /* Now if the new energy is smaller than the previous...
2511          * or if this is the first step!
2512          * or if we did random steps!
2513          */
2514
2515         if ( (count == 0) || (s_try->epot < s_min->epot) )
2516         {
2517             steps_accepted++;
2518
2519             /* Test whether the convergence criterion is met...  */
2520             bDone = (s_try->fmax < inputrec->em_tol);
2521
2522             /* Copy the arrays for force, positions and energy  */
2523             /* The 'Min' array always holds the coords and forces of the minimal
2524                sampled energy  */
2525             swap_em_state(s_min, s_try);
2526             if (count > 0)
2527             {
2528                 ustep *= 1.2;
2529             }
2530
2531             /* Write to trn, if necessary */
2532             do_x = do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstxout);
2533             do_f = do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstfout);
2534             write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, NULL,
2535                           top_global, inputrec, count,
2536                           s_min, state_global, f_global);
2537         }
2538         else
2539         {
2540             /* If energy is not smaller make the step smaller...  */
2541             ustep *= 0.5;
2542
2543             if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count != cr->dd->ddp_count)
2544             {
2545                 /* Reload the old state */
2546                 em_dd_partition_system(fplog, count, cr, top_global, inputrec,
2547                                        s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
2548                                        nrnb, wcycle);
2549             }
2550         }
2551
2552         /* Determine new step  */
2553         stepsize = ustep/s_min->fmax;
2554
2555         /* Check if stepsize is too small, with 1 nm as a characteristic length */
2556 #ifdef GMX_DOUBLE
2557         if (count == nsteps || ustep < 1e-12)
2558 #else
2559         if (count == nsteps || ustep < 1e-6)
2560 #endif
2561         {
2562             if (MASTER(cr))
2563             {
2564                 warn_step(stderr, inputrec->em_tol, count == nsteps, constr != NULL);
2565                 warn_step(fplog, inputrec->em_tol, count == nsteps, constr != NULL);
2566             }
2567             bAbort = TRUE;
2568         }
2569
2570         /* Send IMD energies and positions, if bIMD is TRUE. */
2571         if (do_IMD(inputrec->bIMD, count, cr, TRUE, state_global->box, state_global->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
2572         {
2573             IMD_send_positions(inputrec->imd);
2574         }
2575
2576         count++;
2577     } /* End of the loop  */
2578
2579     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
2580     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
2581
2582     /* Print some shit...  */
2583     if (MASTER(cr))
2584     {
2585         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
2586     }
2587     write_em_traj(fplog, cr, outf, TRUE, inputrec->nstfout, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
2588                   top_global, inputrec, count,
2589                   s_min, state_global, f_global);
2590
2591     fnormn = s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms);
2592
2593     if (MASTER(cr))
2594     {
2595         print_converged(stderr, SD, inputrec->em_tol, count, bDone, nsteps,
2596                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
2597         print_converged(fplog, SD, inputrec->em_tol, count, bDone, nsteps,
2598                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
2599     }
2600
2601     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2602
2603     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
2604     inputrec->nsteps = count;
2605
2606     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, count);
2607
2608     return 0;
2609 } /* That's all folks */
2610
2611
2612 double do_nm(FILE *fplog, t_commrec *cr,
2613              int nfile, const t_filenm fnm[],
2614              const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused  bCompact,
2615              int gmx_unused nstglobalcomm,
2616              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
2617              int gmx_unused stepout,
2618              t_inputrec *inputrec,
2619              gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
2620              t_state *state_global,
2621              t_mdatoms *mdatoms,
2622              t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
2623              gmx_edsam_t  gmx_unused ed,
2624              t_forcerec *fr,
2625              int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
2626              gmx_membed_t gmx_unused membed,
2627              real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
2628              const char gmx_unused *deviceOptions,
2629              int imdport,
2630              unsigned long gmx_unused Flags,
2631              gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
2632 {
2633     const char          *NM = "Normal Mode Analysis";
2634     gmx_mdoutf_t         outf;
2635     int                  natoms, atom, d;
2636     int                  nnodes, node;
2637     rvec                *f_global;
2638     gmx_localtop_t      *top;
2639     gmx_enerdata_t      *enerd;
2640     rvec                *f;
2641     gmx_global_stat_t    gstat;
2642     t_graph             *graph;
2643     real                 t, t0, lambda, lam0;
2644     gmx_bool             bNS;
2645     tensor               vir, pres;
2646     rvec                 mu_tot;
2647     rvec                *fneg, *dfdx;
2648     gmx_bool             bSparse; /* use sparse matrix storage format */
2649     size_t               sz = 0;
2650     gmx_sparsematrix_t * sparse_matrix           = NULL;
2651     real           *     full_matrix             = NULL;
2652     em_state_t       *   state_work;
2653
2654     /* added with respect to mdrun */
2655     int        i, j, k, row, col;
2656     real       der_range = 10.0*sqrt(GMX_REAL_EPS);
2657     real       x_min;
2658     real       fnorm, fmax;
2659
2660     if (constr != NULL)
2661     {
2662         gmx_fatal(FARGS, "Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not supported");
2663     }
2664
2665     state_work = init_em_state();
2666
2667     /* Init em and store the local state in state_minimum */
2668     init_em(fplog, NM, cr, inputrec,
2669             state_global, top_global, state_work, &top,
2670             &f, &f_global,
2671             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
2672             nfile, fnm, &outf, NULL, imdport, Flags);
2673
2674     natoms = top_global->natoms;
2675     snew(fneg, natoms);
2676     snew(dfdx, natoms);
2677
2678 #ifndef GMX_DOUBLE
2679     if (MASTER(cr))
2680     {
2681         fprintf(stderr,
2682                 "NOTE: This version of Gromacs has been compiled in single precision,\n"
2683                 "      which MIGHT not be accurate enough for normal mode analysis.\n"
2684                 "      Gromacs now uses sparse matrix storage, so the memory requirements\n"
2685                 "      are fairly modest even if you recompile in double precision.\n\n");
2686     }
2687 #endif
2688
2689     /* Check if we can/should use sparse storage format.
2690      *
2691      * Sparse format is only useful when the Hessian itself is sparse, which it
2692      * will be when we use a cutoff.
2693      * For small systems (n<1000) it is easier to always use full matrix format, though.
2694      */
2695     if (EEL_FULL(fr->eeltype) || fr->rlist == 0.0)
2696     {
2697         md_print_info(cr, fplog, "Non-cutoff electrostatics used, forcing full Hessian format.\n");
2698         bSparse = FALSE;
2699     }
2700     else if (top_global->natoms < 1000)
2701     {
2702         md_print_info(cr, fplog, "Small system size (N=%d), using full Hessian format.\n", top_global->natoms);
2703         bSparse = FALSE;
2704     }
2705     else
2706     {
2707         md_print_info(cr, fplog, "Using compressed symmetric sparse Hessian format.\n");
2708         bSparse = TRUE;
2709     }
2710
2711     if (MASTER(cr))
2712     {
2713         sz = DIM*top_global->natoms;
2714
2715         fprintf(stderr, "Allocating Hessian memory...\n\n");
2716
2717         if (bSparse)
2718         {
2719             sparse_matrix = gmx_sparsematrix_init(sz);
2720             sparse_matrix->compressed_symmetric = TRUE;
2721         }
2722         else
2723         {
2724             snew(full_matrix, sz*sz);
2725         }
2726     }
2727
2728     /* Initial values */
2729     t0           = inputrec->init_t;
2730     lam0         = inputrec->fepvals->init_lambda;
2731     t            = t0;
2732     lambda       = lam0;
2733
2734     init_nrnb(nrnb);
2735
2736     where();
2737
2738     /* Write start time and temperature */
2739     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, NM);
2740
2741     /* fudge nr of steps to nr of atoms */
2742     inputrec->nsteps = natoms*2;
2743
2744     if (MASTER(cr))
2745     {
2746         fprintf(stderr, "starting normal mode calculation '%s'\n%d steps.\n\n",
2747                 *(top_global->name), (int)inputrec->nsteps);
2748     }
2749
2750     nnodes = cr->nnodes;
2751
2752     /* Make evaluate_energy do a single node force calculation */
2753     cr->nnodes = 1;
2754     evaluate_energy(fplog, cr,
2755                     top_global, state_work, top,
2756                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2757                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2758                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
2759     cr->nnodes = nnodes;
2760
2761     /* if forces are not small, warn user */
2762     get_state_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, state_work);
2763
2764     md_print_info(cr, fplog, "Maximum force:%12.5e\n", state_work->fmax);
2765     if (state_work->fmax > 1.0e-3)
2766     {
2767         md_print_info(cr, fplog,
2768                       "The force is probably not small enough to "
2769                       "ensure that you are at a minimum.\n"
2770                       "Be aware that negative eigenvalues may occur\n"
2771                       "when the resulting matrix is diagonalized.\n\n");
2772     }
2773
2774     /***********************************************************
2775      *
2776      *      Loop over all pairs in matrix
2777      *
2778      *      do_force called twice. Once with positive and
2779      *      once with negative displacement
2780      *
2781      ************************************************************/
2782
2783     /* Steps are divided one by one over the nodes */
2784     for (atom = cr->nodeid; atom < natoms; atom += nnodes)
2785     {
2786
2787         for (d = 0; d < DIM; d++)
2788         {
2789             x_min = state_work->s.x[atom][d];
2790
2791             state_work->s.x[atom][d] = x_min - der_range;
2792
2793             /* Make evaluate_energy do a single node force calculation */
2794             cr->nnodes = 1;
2795             evaluate_energy(fplog, cr,
2796                             top_global, state_work, top,
2797                             inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2798                             vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2799                             mu_tot, enerd, vir, pres, atom*2, FALSE);
2800
2801             for (i = 0; i < natoms; i++)
2802             {
2803                 copy_rvec(state_work->f[i], fneg[i]);
2804             }
2805
2806             state_work->s.x[atom][d] = x_min + der_range;
2807
2808             evaluate_energy(fplog, cr,
2809                             top_global, state_work, top,
2810                             inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2811                             vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2812                             mu_tot, enerd, vir, pres, atom*2+1, FALSE);
2813             cr->nnodes = nnodes;
2814
2815             /* x is restored to original */
2816             state_work->s.x[atom][d] = x_min;
2817
2818             for (j = 0; j < natoms; j++)
2819             {
2820                 for (k = 0; (k < DIM); k++)
2821                 {
2822                     dfdx[j][k] =
2823                         -(state_work->f[j][k] - fneg[j][k])/(2*der_range);
2824                 }
2825             }
2826
2827             if (!MASTER(cr))
2828             {
2829 #ifdef GMX_MPI
2830 #ifdef GMX_DOUBLE
2831 #define mpi_type MPI_DOUBLE
2832 #else
2833 #define mpi_type MPI_FLOAT
2834 #endif
2835                 MPI_Send(dfdx[0], natoms*DIM, mpi_type, MASTERNODE(cr), cr->nodeid,
2836                          cr->mpi_comm_mygroup);
2837 #endif
2838             }
2839             else
2840             {
2841                 for (node = 0; (node < nnodes && atom+node < natoms); node++)
2842                 {
2843                     if (node > 0)
2844                     {
2845 #ifdef GMX_MPI
2846                         MPI_Status stat;
2847                         MPI_Recv(dfdx[0], natoms*DIM, mpi_type, node, node,
2848                                  cr->mpi_comm_mygroup, &stat);
2849 #undef mpi_type
2850 #endif
2851                     }
2852
2853                     row = (atom + node)*DIM + d;
2854
2855                     for (j = 0; j < natoms; j++)
2856                     {
2857                         for (k = 0; k < DIM; k++)
2858                         {
2859                             col = j*DIM + k;
2860
2861                             if (bSparse)
2862                             {
2863                                 if (col >= row && dfdx[j][k] != 0.0)
2864                                 {
2865                                     gmx_sparsematrix_increment_value(sparse_matrix,
2866                                                                      row, col, dfdx[j][k]);
2867                                 }
2868                             }
2869                             else
2870                             {
2871                                 full_matrix[row*sz+col] = dfdx[j][k];
2872                             }
2873                         }
2874                     }
2875                 }
2876             }
2877
2878             if (bVerbose && fplog)
2879             {
2880                 fflush(fplog);
2881             }
2882         }
2883         /* write progress */
2884         if (MASTER(cr) && bVerbose)
2885         {
2886             fprintf(stderr, "\rFinished step %d out of %d",
2887                     min(atom+nnodes, natoms), natoms);
2888             fflush(stderr);
2889         }
2890     }
2891
2892     if (MASTER(cr))
2893     {
2894         fprintf(stderr, "\n\nWriting Hessian...\n");
2895         gmx_mtxio_write(ftp2fn(efMTX, nfile, fnm), sz, sz, full_matrix, sparse_matrix);
2896     }
2897
2898     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2899
2900     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, natoms*2);
2901
2902     return 0;
2903 }