src/gromacs/mdlib/mdsetup.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "mdsetup.h"
  38
  39 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  40 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  41 #include "gromacs/ewald/pme.h"
  42 #include "gromacs/listed-forces/manage-threading.h"
  43 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  44 #include "gromacs/mdlib/shellfc.h"
  45 #include "gromacs/mdlib/vsite.h"
  46 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  49 #include "gromacs/pbcutil/mshift.h"
  50 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  51 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  52 #include "gromacs/topology/topology.h"
  53 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55
  56 /* TODO: Add a routine that collects the initial setup of the algorithms.
  57  *
  58  * The final solution should be an MD algorithm base class with methods
  59  * for initialization and atom-data setup.
  60  */
  61
  62 void mdAlgorithmsSetupAtomData(const t_commrec   *cr,
  63                                const t_inputrec  *ir,
  64                                const gmx_mtop_t  *top_global,
  65                                gmx_localtop_t    *top,
  66                                t_forcerec        *fr,
  67                                t_graph          **graph,
  68                                gmx::MDAtoms      *mdAtoms,
  69                                gmx_vsite_t       *vsite,
  70                                gmx_shellfc_t     *shellfc)
  71 {
  72     bool  usingDomDec = DOMAINDECOMP(cr);
  73
  74     int   numAtomIndex, numHomeAtoms;
  75     int  *atomIndex;
  76
  77     if (usingDomDec)
  78     {
  79         numAtomIndex = dd_natoms_mdatoms(cr->dd);
  80         atomIndex    = cr->dd->gatindex;
  81         numHomeAtoms = cr->dd->nat_home;
  82     }
  83     else
  84     {
  85         numAtomIndex = -1;
  86         atomIndex    = nullptr;
  87         numHomeAtoms = top_global->natoms;
  88     }
  89     atoms2md(top_global, ir, numAtomIndex, atomIndex, numHomeAtoms, mdAtoms);
  90
  91     auto mdatoms = mdAtoms->mdatoms();
  92     if (usingDomDec)
  93     {
  94         dd_sort_local_top(cr->dd, mdatoms, top);
  95     }
  96     else
  97     {
  98         /* Currently gmx_generate_local_top allocates and returns a pointer.
  99          * We should implement a more elegant solution.
 100          */
 101         gmx_localtop_t *tmpTop;
 102
 103         tmpTop = gmx_mtop_generate_local_top(top_global, ir->efep != efepNO);
 104         *top   = *tmpTop;
 105         sfree(tmpTop);
 106     }
 107
 108     if (vsite)
 109     {
 110         if (usingDomDec)
 111         {
 112             /* The vsites were already assigned by the domdec topology code.
 113              * We only need to do the thread division here.
 114              */
 115             split_vsites_over_threads(top->idef.il, top->idef.iparams,
 116                                       mdatoms, vsite);
 117         }
 118         else
 119         {
 120             set_vsite_top(vsite, top, mdatoms);
 121         }
 122     }
 123
 124     if (!usingDomDec && ir->ePBC != epbcNONE && !fr->bMolPBC)
 125     {
 126         GMX_ASSERT(graph != NULL, "We use a graph with PBC (no periodic mols) and without DD");
 127
 128         *graph = mk_graph(nullptr, &(top->idef), 0, top_global->natoms, FALSE, FALSE);
 129     }
 130     else if (graph != nullptr)
 131     {
 132         *graph = nullptr;
 133     }
 134
 135     /* Note that with DD only flexible constraints, not shells, are supported
 136      * and these don't require setup in make_local_shells().
 137      */
 138     if (!usingDomDec && shellfc)
 139     {
 140         make_local_shells(cr, mdatoms, shellfc);
 141     }
 142
 143     setup_bonded_threading(fr->bondedThreading,
 144                            fr->natoms_force,
 145                            &top->idef);
 146
 147     gmx_pme_reinit_atoms(fr->pmedata, numHomeAtoms, mdatoms->chargeA);
 148     /* This handles the PP+PME rank case where fr->pmedata is valid.
 149      * For PME-only ranks, gmx_pmeonly() has its own call to gmx_pme_reinit_atoms().
 150      * TODO: this only handles the GPU logic so far, should handle CPU as well.
 151      * TODO: this also does not account for TPI.
 152      */
 153 }