src/gromacs/mdlib/mdoutf.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef GMX_MDLIB_MDOUTF_H
  36 #define GMX_MDLIB_MDOUTF_H
  37
  38 #include <stdio.h>
  39
  40 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  41 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  42 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  43 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  44 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  45
  46 class energyhistory_t;
  47 struct gmx_mtop_t;
  48 struct gmx_output_env_t;
  49 struct ObservablesHistory;
  50 struct t_commrec;
  51 struct t_filenm;
  52 struct t_inputrec;
  53
  54 namespace gmx
  55 {
  56 enum class StartingBehavior;
  57 class IMDOutputProvider;
  58 struct MdModulesNotifier;
  59 struct MdrunOptions;
  60 } // namespace gmx
  61
  62 typedef struct gmx_mdoutf* gmx_mdoutf_t;
  63
  64 /*! \brief Allocate and initialize object to manager trajectory writing output
  65  *
  66  * Returns a pointer to a data structure with all output file pointers
  67  * and names required by mdrun.
  68  */
  69 gmx_mdoutf_t init_mdoutf(FILE*                         fplog,
  70                          int                           nfile,
  71                          const t_filenm                fnm[],
  72                          const gmx::MdrunOptions&      mdrunOptions,
  73                          const t_commrec*              cr,
  74                          gmx::IMDOutputProvider*       outputProvider,
  75                          const gmx::MdModulesNotifier& mdModulesNotifier,
  76                          const t_inputrec*             ir,
  77                          gmx_mtop_t*                   mtop,
  78                          const gmx_output_env_t*       oenv,
  79                          gmx_wallcycle_t               wcycle,
  80                          gmx::StartingBehavior         startingBehavior);
  81
  82 /*! \brief Getter for file pointer */
  83 ener_file_t mdoutf_get_fp_ene(gmx_mdoutf_t of);
  84
  85 /*! \brief Getter for file pointer */
  86 FILE* mdoutf_get_fp_dhdl(gmx_mdoutf_t of);
  87
  88 /*! \brief Getter for wallcycle timer */
  89 gmx_wallcycle_t mdoutf_get_wcycle(gmx_mdoutf_t of);
  90
  91 /*! \brief Close TNG files if they are open.
  92  *
  93  * This also measures the time it takes to close the TNG
  94  * files.
  95  */
  96 void mdoutf_tng_close(gmx_mdoutf_t of);
  97
  98 /*! \brief Close all open output files and free the of pointer */
  99 void done_mdoutf(gmx_mdoutf_t of);
 100
 101 /*! \brief Routine that writes trajectory-like frames.
 102  *
 103  * Writes data to trn, xtc and/or checkpoint. What is written is
 104  * determined by the mdof_flags defined below. Data is collected to
 105  * the master node only when necessary. Without domain decomposition
 106  * only data from state_local is used and state_global is ignored.
 107  *
 108  * \param[in] fplog              File handler to log file.
 109  * \param[in] cr                 Communication record.
 110  * \param[in] of                 File handler to trajectory file.
 111  * \param[in] mdof_flags         Flags indicating what data is written.
 112  * \param[in] natoms             The total number of atoms in the system.
 113  * \param[in] step               The current time step.
 114  * \param[in] t                  The current time.
 115  * \param[in] state_local        Pointer to the local state object.
 116  * \param[in] state_global       Pointer to the global state object.
 117  * \param[in] observablesHistory Pointer to the ObservableHistory object.
 118  * \param[in] f_local            The local forces.
 119  */
 120 void mdoutf_write_to_trajectory_files(FILE*                    fplog,
 121                                       const t_commrec*         cr,
 122                                       gmx_mdoutf_t             of,
 123                                       int                      mdof_flags,
 124                                       int                      natoms,
 125                                       int64_t                  step,
 126                                       double                   t,
 127                                       t_state*                 state_local,
 128                                       t_state*                 state_global,
 129                                       ObservablesHistory*      observablesHistory,
 130                                       gmx::ArrayRef<gmx::RVec> f_local);
 131
 132 /*! \brief Get the output interval of box size of uncompressed TNG output.
 133  * Returns 0 if no uncompressed TNG file is open.
 134  */
 135 int mdoutf_get_tng_box_output_interval(gmx_mdoutf_t of);
 136
 137 /*! \brief Get the output interval of lambda of uncompressed TNG output.
 138  * Returns 0 if no uncompressed TNG file is open.
 139  */
 140 int mdoutf_get_tng_lambda_output_interval(gmx_mdoutf_t of);
 141
 142 /*! \brief Get the output interval of box size of compressed TNG output.
 143  * Returns 0 if no compressed TNG file is open.
 144  */
 145 int mdoutf_get_tng_compressed_box_output_interval(gmx_mdoutf_t of);
 146
 147 /*! \brief Get the output interval of lambda of compressed TNG output.
 148  * Returns 0 if no compressed TNG file is open.
 149  */
 150 int mdoutf_get_tng_compressed_lambda_output_interval(gmx_mdoutf_t of);
 151
 152 #define MDOF_X (1u << 0u)
 153 #define MDOF_V (1u << 1u)
 154 #define MDOF_F (1u << 2u)
 155 #define MDOF_X_COMPRESSED (1u << 3u)
 156 #define MDOF_CPT (1u << 4u)
 157 #define MDOF_IMD (1u << 5u)
 158 #define MDOF_BOX (1u << 6u)
 159 #define MDOF_LAMBDA (1u << 7u)
 160 #define MDOF_BOX_COMPRESSED (1u << 8u)
 161 #define MDOF_LAMBDA_COMPRESSED (1u << 9u)
 162
 163 #endif