src/gromacs/mdlib/mdatoms.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "mdatoms.h"
  41
  42 #include <cmath>
  43
  44 #include <memory>
  45
  46 #include "gromacs/ewald/pme.h"
  47 #include "gromacs/gpu_utils/hostallocator.h"
  48 #include "gromacs/math/functions.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  53 #include "gromacs/topology/mtop_lookup.h"
  54 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  55 #include "gromacs/topology/topology.h"
  56 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  57 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  58
  59 #define ALMOST_ZERO 1e-30
  60
  61 namespace gmx
  62 {
  63
  64 MDAtoms::MDAtoms() : mdatoms_(nullptr) {}
  65
  66 MDAtoms::~MDAtoms()
  67 {
  68     if (mdatoms_ == nullptr)
  69     {
  70         return;
  71     }
  72     sfree(mdatoms_->massA);
  73     sfree(mdatoms_->massB);
  74     sfree(mdatoms_->massT);
  75     gmx::AlignedAllocationPolicy::free(mdatoms_->invmass);
  76     sfree(mdatoms_->invMassPerDim);
  77     sfree(mdatoms_->typeA);
  78     sfree(mdatoms_->typeB);
  79     /* mdatoms->chargeA and mdatoms->chargeB point at chargeA_.data()
  80      * and chargeB_.data() respectively. They get freed automatically. */
  81     sfree(mdatoms_->sqrt_c6A);
  82     sfree(mdatoms_->sigmaA);
  83     sfree(mdatoms_->sigma3A);
  84     sfree(mdatoms_->sqrt_c6B);
  85     sfree(mdatoms_->sigmaB);
  86     sfree(mdatoms_->sigma3B);
  87     sfree(mdatoms_->ptype);
  88     sfree(mdatoms_->cTC);
  89     sfree(mdatoms_->cENER);
  90     sfree(mdatoms_->cFREEZE);
  91     sfree(mdatoms_->cVCM);
  92     sfree(mdatoms_->cORF);
  93     sfree(mdatoms_->bPerturbed);
  94     sfree(mdatoms_->cU1);
  95     sfree(mdatoms_->cU2);
  96 }
  97
  98 void MDAtoms::resizeChargeA(const int newSize)
  99 {
 100     chargeA_.resizeWithPadding(newSize);
 101     mdatoms_->chargeA = chargeA_.data();
 102 }
 103
 104 void MDAtoms::resizeChargeB(const int newSize)
 105 {
 106     chargeB_.resizeWithPadding(newSize);
 107     mdatoms_->chargeB = chargeB_.data();
 108 }
 109
 110 void MDAtoms::reserveChargeA(const int newCapacity)
 111 {
 112     chargeA_.reserveWithPadding(newCapacity);
 113     mdatoms_->chargeA = chargeA_.data();
 114 }
 115
 116 void MDAtoms::reserveChargeB(const int newCapacity)
 117 {
 118     chargeB_.reserveWithPadding(newCapacity);
 119     mdatoms_->chargeB = chargeB_.data();
 120 }
 121
 122 std::unique_ptr<MDAtoms> makeMDAtoms(FILE* fp, const gmx_mtop_t& mtop, const t_inputrec& ir, const bool rankHasPmeGpuTask)
 123 {
 124     auto mdAtoms = std::make_unique<MDAtoms>();
 125     // GPU transfers may want to use a suitable pinning mode.
 126     if (rankHasPmeGpuTask)
 127     {
 128         changePinningPolicy(&mdAtoms->chargeA_, pme_get_pinning_policy());
 129         changePinningPolicy(&mdAtoms->chargeB_, pme_get_pinning_policy());
 130     }
 131     t_mdatoms* md;
 132     snew(md, 1);
 133     mdAtoms->mdatoms_.reset(md);
 134
 135     md->nenergrp = mtop.groups.groups[SimulationAtomGroupType::EnergyOutput].size();
 136     md->bVCMgrps = FALSE;
 137     for (int i = 0; i < mtop.natoms; i++)
 138     {
 139         if (getGroupType(mtop.groups, SimulationAtomGroupType::MassCenterVelocityRemoval, i) > 0)
 140         {
 141             md->bVCMgrps = TRUE;
 142         }
 143     }
 144
 145     /* Determine the total system mass and perturbed atom counts */
 146     double totalMassA = 0.0;
 147     double totalMassB = 0.0;
 148
 149     md->haveVsites                  = FALSE;
 150     gmx_mtop_atomloop_block_t aloop = gmx_mtop_atomloop_block_init(&mtop);
 151     const t_atom*             atom;
 152     int                       nmol;
 153     while (gmx_mtop_atomloop_block_next(aloop, &atom, &nmol))
 154     {
 155         totalMassA += nmol * atom->m;
 156         totalMassB += nmol * atom->mB;
 157
 158         if (atom->ptype == ParticleType::VSite)
 159         {
 160             md->haveVsites = TRUE;
 161         }
 162
 163         if (ir.efep != FreeEnergyPerturbationType::No && PERTURBED(*atom))
 164         {
 165             md->nPerturbed++;
 166             if (atom->mB != atom->m)
 167             {
 168                 md->nMassPerturbed += nmol;
 169             }
 170             if (atom->qB != atom->q)
 171             {
 172                 md->nChargePerturbed += nmol;
 173             }
 174             if (atom->typeB != atom->type)
 175             {
 176                 md->nTypePerturbed += nmol;
 177             }
 178         }
 179     }
 180
 181     md->tmassA = totalMassA;
 182     md->tmassB = totalMassB;
 183
 184     if (ir.efep != FreeEnergyPerturbationType::No && fp)
 185     {
 186         fprintf(fp,
 187                 "There are %d atoms and %d charges for free energy perturbation\n",
 188                 md->nPerturbed,
 189                 md->nChargePerturbed);
 190     }
 191
 192     md->havePartiallyFrozenAtoms = FALSE;
 193     for (int g = 0; g < ir.opts.ngfrz; g++)
 194     {
 195         for (int d = YY; d < DIM; d++)
 196         {
 197             if (ir.opts.nFreeze[g][d] != ir.opts.nFreeze[g][XX])
 198             {
 199                 md->havePartiallyFrozenAtoms = TRUE;
 200             }
 201         }
 202     }
 203
 204     md->bOrires = (gmx_mtop_ftype_count(&mtop, F_ORIRES) != 0);
 205
 206     return mdAtoms;
 207 }
 208
 209 } // namespace gmx
 210
 211 void atoms2md(const gmx_mtop_t*  mtop,
 212               const t_inputrec*  ir,
 213               int                nindex,
 214               gmx::ArrayRef<int> index,
 215               int                homenr,
 216               gmx::MDAtoms*      mdAtoms)
 217 {
 218     gmx_bool         bLJPME;
 219     const t_grpopts* opts;
 220     int nthreads gmx_unused;
 221
 222     bLJPME = EVDW_PME(ir->vdwtype);
 223
 224     opts = &ir->opts;
 225
 226     const SimulationGroups& groups = mtop->groups;
 227
 228     auto md = mdAtoms->mdatoms();
 229     /* nindex>=0 indicates DD where we use an index */
 230     if (nindex >= 0)
 231     {
 232         md->nr = nindex;
 233     }
 234     else
 235     {
 236         md->nr = mtop->natoms;
 237     }
 238
 239     if (md->nr > md->nalloc)
 240     {
 241         md->nalloc = over_alloc_dd(md->nr);
 242
 243         if (md->nMassPerturbed)
 244         {
 245             srenew(md->massA, md->nalloc);
 246             srenew(md->massB, md->nalloc);
 247         }
 248         srenew(md->massT, md->nalloc);
 249         /* The SIMD version of the integrator needs this aligned and padded.
 250          * The padding needs to be with zeros, which we set later below.
 251          */
 252         gmx::AlignedAllocationPolicy::free(md->invmass);
 253         md->invmass = new (gmx::AlignedAllocationPolicy::malloc(
 254                 (md->nalloc + GMX_REAL_MAX_SIMD_WIDTH) * sizeof(*md->invmass))) real;
 255         srenew(md->invMassPerDim, md->nalloc);
 256         // TODO eventually we will have vectors and just resize
 257         // everything, but for now the semantics of md->nalloc being
 258         // the capacity are preserved by keeping vectors within
 259         // mdAtoms having the same properties as the other arrays.
 260         mdAtoms->reserveChargeA(md->nalloc);
 261         mdAtoms->resizeChargeA(md->nr);
 262         if (md->nPerturbed > 0)
 263         {
 264             mdAtoms->reserveChargeB(md->nalloc);
 265             mdAtoms->resizeChargeB(md->nr);
 266         }
 267         srenew(md->typeA, md->nalloc);
 268         if (md->nPerturbed)
 269         {
 270             srenew(md->typeB, md->nalloc);
 271         }
 272         if (bLJPME)
 273         {
 274             srenew(md->sqrt_c6A, md->nalloc);
 275             srenew(md->sigmaA, md->nalloc);
 276             srenew(md->sigma3A, md->nalloc);
 277             if (md->nPerturbed)
 278             {
 279                 srenew(md->sqrt_c6B, md->nalloc);
 280                 srenew(md->sigmaB, md->nalloc);
 281                 srenew(md->sigma3B, md->nalloc);
 282             }
 283         }
 284         srenew(md->ptype, md->nalloc);
 285         if (opts->ngtc > 1)
 286         {
 287             srenew(md->cTC, md->nalloc);
 288             /* We always copy cTC with domain decomposition */
 289         }
 290         srenew(md->cENER, md->nalloc);
 291         if (opts->nFreeze
 292             && (opts->ngfrz > 1 || opts->nFreeze[0][XX] || opts->nFreeze[0][YY] || opts->nFreeze[0][ZZ]))
 293         {
 294             srenew(md->cFREEZE, md->nalloc);
 295         }
 296         if (md->bVCMgrps)
 297         {
 298             srenew(md->cVCM, md->nalloc);
 299         }
 300         if (md->bOrires)
 301         {
 302             srenew(md->cORF, md->nalloc);
 303         }
 304         if (md->nPerturbed)
 305         {
 306             srenew(md->bPerturbed, md->nalloc);
 307         }
 308
 309         /* Note that these user t_mdatoms array pointers are NULL
 310          * when there is only one group present.
 311          * Therefore, when adding code, the user should use something like:
 312          * gprnrU1 = (md->cU1==NULL ? 0 : md->cU1[localatindex])
 313          */
 314         if (!mtop->groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::User1].empty())
 315         {
 316             srenew(md->cU1, md->nalloc);
 317         }
 318         if (!mtop->groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::User2].empty())
 319         {
 320             srenew(md->cU2, md->nalloc);
 321         }
 322     }
 323
 324     int molb = 0;
 325
 326     nthreads = gmx_omp_nthreads_get(emntDefault);
 327 #pragma omp parallel for num_threads(nthreads) schedule(static) firstprivate(molb)
 328     for (int i = 0; i < md->nr; i++)
 329     {
 330         try
 331         {
 332             int  g, ag;
 333             real mA, mB, fac;
 334             real c6, c12;
 335
 336             if (index.empty())
 337             {
 338                 ag = i;
 339             }
 340             else
 341             {
 342                 ag = index[i];
 343             }
 344             const t_atom& atom = mtopGetAtomParameters(mtop, ag, &molb);
 345
 346             if (md->cFREEZE)
 347             {
 348                 md->cFREEZE[i] = getGroupType(groups, SimulationAtomGroupType::Freeze, ag);
 349             }
 350             if (EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
 351             {
 352                 /* Displacement is proportional to F, masses used for constraints */
 353                 mA = 1.0;
 354                 mB = 1.0;
 355             }
 356             else if (ir->eI == IntegrationAlgorithm::BD)
 357             {
 358                 /* With BD the physical masses are irrelevant.
 359                  * To keep the code simple we use most of the normal MD code path
 360                  * for BD. Thus for constraining the masses should be proportional
 361                  * to the friction coefficient. We set the absolute value such that
 362                  * m/2<(dx/dt)^2> = m/2*2kT/fric*dt = kT/2 => m=fric*dt/2
 363                  * Then if we set the (meaningless) velocity to v=dx/dt, we get the
 364                  * correct kinetic energy and temperature using the usual code path.
 365                  * Thus with BD v*dt will give the displacement and the reported
 366                  * temperature can signal bad integration (too large time step).
 367                  */
 368                 if (ir->bd_fric > 0)
 369                 {
 370                     mA = 0.5 * ir->bd_fric * ir->delta_t;
 371                     mB = 0.5 * ir->bd_fric * ir->delta_t;
 372                 }
 373                 else
 374                 {
 375                     /* The friction coefficient is mass/tau_t */
 376                     fac = ir->delta_t
 377                           / opts->tau_t[md->cTC ? groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::TemperatureCoupling][ag] : 0];
 378                     mA = 0.5 * atom.m * fac;
 379                     mB = 0.5 * atom.mB * fac;
 380                 }
 381             }
 382             else
 383             {
 384                 mA = atom.m;
 385                 mB = atom.mB;
 386             }
 387             if (md->nMassPerturbed)
 388             {
 389                 md->massA[i] = mA;
 390                 md->massB[i] = mB;
 391             }
 392             md->massT[i] = mA;
 393
 394             if (mA == 0.0)
 395             {
 396                 md->invmass[i]           = 0;
 397                 md->invMassPerDim[i][XX] = 0;
 398                 md->invMassPerDim[i][YY] = 0;
 399                 md->invMassPerDim[i][ZZ] = 0;
 400             }
 401             else if (md->cFREEZE)
 402             {
 403                 g = md->cFREEZE[i];
 404                 GMX_ASSERT(opts->nFreeze != nullptr, "Must have freeze groups to initialize masses");
 405                 if (opts->nFreeze[g][XX] && opts->nFreeze[g][YY] && opts->nFreeze[g][ZZ])
 406                 {
 407                     /* Set the mass of completely frozen particles to ALMOST_ZERO
 408                      * iso 0 to avoid div by zero in lincs or shake.
 409                      */
 410                     md->invmass[i] = ALMOST_ZERO;
 411                 }
 412                 else
 413                 {
 414                     /* Note: Partially frozen particles use the normal invmass.
 415                      * If such particles are constrained, the frozen dimensions
 416                      * should not be updated with the constrained coordinates.
 417                      */
 418                     md->invmass[i] = 1.0 / mA;
 419                 }
 420                 for (int d = 0; d < DIM; d++)
 421                 {
 422                     md->invMassPerDim[i][d] = (opts->nFreeze[g][d] ? 0 : 1.0 / mA);
 423                 }
 424             }
 425             else
 426             {
 427                 md->invmass[i] = 1.0 / mA;
 428                 for (int d = 0; d < DIM; d++)
 429                 {
 430                     md->invMassPerDim[i][d] = 1.0 / mA;
 431                 }
 432             }
 433
 434             md->chargeA[i] = atom.q;
 435             md->typeA[i]   = atom.type;
 436             if (bLJPME)
 437             {
 438                 c6  = mtop->ffparams.iparams[atom.type * (mtop->ffparams.atnr + 1)].lj.c6;
 439                 c12 = mtop->ffparams.iparams[atom.type * (mtop->ffparams.atnr + 1)].lj.c12;
 440                 md->sqrt_c6A[i] = std::sqrt(c6);
 441                 if (c6 == 0.0 || c12 == 0)
 442                 {
 443                     md->sigmaA[i] = 1.0;
 444                 }
 445                 else
 446                 {
 447                     md->sigmaA[i] = gmx::sixthroot(c12 / c6);
 448                 }
 449                 md->sigma3A[i] = 1 / (md->sigmaA[i] * md->sigmaA[i] * md->sigmaA[i]);
 450             }
 451             if (md->nPerturbed)
 452             {
 453                 md->bPerturbed[i] = PERTURBED(atom);
 454                 md->chargeB[i]    = atom.qB;
 455                 md->typeB[i]      = atom.typeB;
 456                 if (bLJPME)
 457                 {
 458                     c6  = mtop->ffparams.iparams[atom.typeB * (mtop->ffparams.atnr + 1)].lj.c6;
 459                     c12 = mtop->ffparams.iparams[atom.typeB * (mtop->ffparams.atnr + 1)].lj.c12;
 460                     md->sqrt_c6B[i] = std::sqrt(c6);
 461                     if (c6 == 0.0 || c12 == 0)
 462                     {
 463                         md->sigmaB[i] = 1.0;
 464                     }
 465                     else
 466                     {
 467                         md->sigmaB[i] = gmx::sixthroot(c12 / c6);
 468                     }
 469                     md->sigma3B[i] = 1 / (md->sigmaB[i] * md->sigmaB[i] * md->sigmaB[i]);
 470                 }
 471             }
 472             md->ptype[i] = atom.ptype;
 473             if (md->cTC)
 474             {
 475                 md->cTC[i] = groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::TemperatureCoupling][ag];
 476             }
 477             md->cENER[i] = getGroupType(groups, SimulationAtomGroupType::EnergyOutput, ag);
 478             if (md->cVCM)
 479             {
 480                 md->cVCM[i] = groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::MassCenterVelocityRemoval][ag];
 481             }
 482             if (md->cORF)
 483             {
 484                 md->cORF[i] = getGroupType(groups, SimulationAtomGroupType::OrientationRestraintsFit, ag);
 485             }
 486
 487             if (md->cU1)
 488             {
 489                 md->cU1[i] = groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::User1][ag];
 490             }
 491             if (md->cU2)
 492             {
 493                 md->cU2[i] = groups.groupNumbers[SimulationAtomGroupType::User2][ag];
 494             }
 495         }
 496         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 497     }
 498
 499     if (md->nr > 0)
 500     {
 501         /* Pad invmass with 0 so a SIMD MD update does not change v and x */
 502         for (int i = md->nr; i < md->nr + GMX_REAL_MAX_SIMD_WIDTH; i++)
 503         {
 504             md->invmass[i] = 0;
 505         }
 506     }
 507
 508     md->homenr = homenr;
 509     /* We set mass, invmass, invMassPerDim and tmass for lambda=0.
 510      * For free-energy runs, these should be updated using update_mdatoms().
 511      */
 512     md->tmass  = md->tmassA;
 513     md->lambda = 0;
 514 }
 515
 516 void update_mdatoms(t_mdatoms* md, real lambda)
 517 {
 518     if (md->nMassPerturbed && lambda != md->lambda)
 519     {
 520         real L1 = 1 - lambda;
 521
 522         /* Update masses of perturbed atoms for the change in lambda */
 523         int gmx_unused nthreads = gmx_omp_nthreads_get(emntDefault);
 524 #pragma omp parallel for num_threads(nthreads) schedule(static)
 525         for (int i = 0; i < md->nr; i++)
 526         {
 527             if (md->bPerturbed[i])
 528             {
 529                 md->massT[i] = L1 * md->massA[i] + lambda * md->massB[i];
 530                 /* Atoms with invmass 0 or ALMOST_ZERO are massless or frozen
 531                  * and their invmass does not depend on lambda.
 532                  */
 533                 if (md->invmass[i] > 1.1 * ALMOST_ZERO)
 534                 {
 535                     md->invmass[i] = 1.0 / md->massT[i];
 536                     for (int d = 0; d < DIM; d++)
 537                     {
 538                         if (md->invMassPerDim[i][d] > 1.1 * ALMOST_ZERO)
 539                         {
 540                             md->invMassPerDim[i][d] = md->invmass[i];
 541                         }
 542                     }
 543                 }
 544             }
 545         }
 546
 547         /* Update the system mass for the change in lambda */
 548         md->tmass = L1 * md->tmassA + lambda * md->tmassB;
 549     }
 550
 551     md->lambda = lambda;
 552 }