src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "md_support.h"
  41
  42 #include <climits>
  43 #include <cmath>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  52 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  57 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  64 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  65 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  66 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  67 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  68 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  69 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  70 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  71 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  72 #include "gromacs/utility/logger.h"
  73 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  74 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  75
  76 // TODO move this to multi-sim module
  77 bool multisim_int_all_are_equal(const gmx_multisim_t *ms,
  78                                 gmx_int64_t           value)
  79 {
  80     bool         allValuesAreEqual = true;
  81     gmx_int64_t *buf;
  82
  83     GMX_RELEASE_ASSERT(ms, "Invalid use of multi-simulation pointer");
  84
  85     snew(buf, ms->nsim);
  86     /* send our value to all other master ranks, receive all of theirs */
  87     buf[ms->sim] = value;
  88     gmx_sumli_sim(ms->nsim, buf, ms);
  89
  90     for (int s = 0; s < ms->nsim; s++)
  91     {
  92         if (buf[s] != value)
  93         {
  94             allValuesAreEqual = false;
  95             break;
  96         }
  97     }
  98
  99     sfree(buf);
 100
 101     return allValuesAreEqual;
 102 }
 103
 104 int multisim_min(const gmx_multisim_t *ms, int nmin, int n)
 105 {
 106     int     *buf;
 107     gmx_bool bPos, bEqual;
 108     int      s, d;
 109
 110     snew(buf, ms->nsim);
 111     buf[ms->sim] = n;
 112     gmx_sumi_sim(ms->nsim, buf, ms);
 113     bPos   = TRUE;
 114     bEqual = TRUE;
 115     for (s = 0; s < ms->nsim; s++)
 116     {
 117         bPos   = bPos   && (buf[s] > 0);
 118         bEqual = bEqual && (buf[s] == buf[0]);
 119     }
 120     if (bPos)
 121     {
 122         if (bEqual)
 123         {
 124             nmin = std::min(nmin, buf[0]);
 125         }
 126         else
 127         {
 128             /* Find the least common multiple */
 129             for (d = 2; d < nmin; d++)
 130             {
 131                 s = 0;
 132                 while (s < ms->nsim && d % buf[s] == 0)
 133                 {
 134                     s++;
 135                 }
 136                 if (s == ms->nsim)
 137                 {
 138                     /* We found the LCM and it is less than nmin */
 139                     nmin = d;
 140                     break;
 141                 }
 142             }
 143         }
 144     }
 145     sfree(buf);
 146
 147     return nmin;
 148 }
 149
 150 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 151    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 152 void compute_globals(FILE *fplog, gmx_global_stat *gstat, t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 153                      t_forcerec *fr, gmx_ekindata_t *ekind,
 154                      t_state *state, t_mdatoms *mdatoms,
 155                      t_nrnb *nrnb, t_vcm *vcm, gmx_wallcycle_t wcycle,
 156                      gmx_enerdata_t *enerd, tensor force_vir, tensor shake_vir, tensor total_vir,
 157                      tensor pres, rvec mu_tot, gmx::Constraints *constr,
 158                      gmx::SimulationSignaller *signalCoordinator,
 159                      matrix box, int *totalNumberOfBondedInteractions,
 160                      gmx_bool *bSumEkinhOld, int flags)
 161 {
 162     tensor   corr_vir, corr_pres;
 163     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 164     gmx_bool bStopCM, bGStat,
 165              bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 166     real     prescorr, enercorr, dvdlcorr, dvdl_ekin;
 167
 168     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 169     bStopCM       = flags & CGLO_STOPCM;
 170     bGStat        = flags & CGLO_GSTAT;
 171     bReadEkin     = (flags & CGLO_READEKIN);
 172     bScaleEkin    = (flags & CGLO_SCALEEKIN);
 173     bEner         = flags & CGLO_ENERGY;
 174     bTemp         = flags & CGLO_TEMPERATURE;
 175     bPres         = (flags & CGLO_PRESSURE);
 176     bConstrain    = (flags & CGLO_CONSTRAINT);
 177
 178     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 179        or half step where we need the pressure */
 180
 181     bEkinAveVel = (ir->eI == eiVV || (ir->eI == eiVVAK && bPres) || bReadEkin);
 182
 183     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 184        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 185
 186     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 187
 188     if (bTemp)
 189     {
 190         /* Non-equilibrium MD: this is parallellized, but only does communication
 191          * when there really is NEMD.
 192          */
 193
 194         if (PAR(cr) && (ekind->bNEMD))
 195         {
 196             accumulate_u(cr, &(ir->opts), ekind);
 197         }
 198         if (!bReadEkin)
 199         {
 200             calc_ke_part(state, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 201         }
 202     }
 203
 204     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 205     if (bStopCM)
 206     {
 207         calc_vcm_grp(0, mdatoms->homenr, mdatoms,
 208                      as_rvec_array(state->x.data()), as_rvec_array(state->v.data()), vcm);
 209     }
 210
 211     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain)
 212     {
 213         if (!bGStat)
 214         {
 215             /* We will not sum ekinh_old,
 216              * so signal that we still have to do it.
 217              */
 218             *bSumEkinhOld = TRUE;
 219
 220         }
 221         else
 222         {
 223             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 224             if (PAR(cr))
 225             {
 226                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 227                 global_stat(gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 228                             ir, ekind, constr, bStopCM ? vcm : nullptr,
 229                             signalBuffer.size(), signalBuffer.data(),
 230                             totalNumberOfBondedInteractions,
 231                             *bSumEkinhOld, flags);
 232                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 233             }
 234             signalCoordinator->finalizeSignals();
 235             *bSumEkinhOld = FALSE;
 236         }
 237     }
 238
 239     /* Do center of mass motion removal */
 240     if (bStopCM)
 241     {
 242         check_cm_grp(fplog, vcm, ir, 1);
 243         /* At initialization, do not pass x with acceleration-correction mode
 244          * to avoid (incorrect) correction of the initial coordinates.
 245          */
 246         rvec *xPtr = nullptr;
 247         if (vcm->mode == ecmANGULAR || (vcm->mode == ecmLINEAR_ACCELERATION_CORRECTION && !(flags & CGLO_INITIALIZATION)))
 248         {
 249             xPtr = as_rvec_array(state->x.data());
 250         }
 251         do_stopcm_grp(mdatoms->homenr, mdatoms->cVCM,
 252                       xPtr, as_rvec_array(state->v.data()), *vcm);
 253         inc_nrnb(nrnb, eNR_STOPCM, mdatoms->homenr);
 254     }
 255
 256     if (bEner)
 257     {
 258         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 259         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos/mdatoms->tmass;
 260     }
 261
 262     if (bTemp)
 263     {
 264         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 265         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 266         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 267            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 268            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 269            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 270          */
 271         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin,
 272                                        bEkinAveVel, bScaleEkin);
 273         enerd->dvdl_lin[efptMASS] = (double) dvdl_ekin;
 274
 275         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 276     }
 277
 278     /* ##########  Long range energy information ###### */
 279
 280     if (bEner || bPres || bConstrain)
 281     {
 282         calc_dispcorr(ir, fr, box, state->lambda[efptVDW],
 283                       corr_pres, corr_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 284     }
 285
 286     if (bEner)
 287     {
 288         enerd->term[F_DISPCORR]  = enercorr;
 289         enerd->term[F_EPOT]     += enercorr;
 290         enerd->term[F_DVDL_VDW] += dvdlcorr;
 291     }
 292
 293     /* ########## Now pressure ############## */
 294     if (bPres || bConstrain)
 295     {
 296
 297         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 298
 299         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 300          * Use the box from last timestep since we already called update().
 301          */
 302
 303         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->ePBC, ir->nwall, box, ekind->ekin, total_vir, pres);
 304
 305         /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 306         /* this adds to enerd->term[F_PRES] and enerd->term[F_ETOT],
 307            and computes enerd->term[F_DISPCORR].  Also modifies the
 308            total_vir and pres tesors */
 309
 310         m_add(total_vir, corr_vir, total_vir);
 311         m_add(pres, corr_pres, pres);
 312         enerd->term[F_PDISPCORR] = prescorr;
 313         enerd->term[F_PRES]     += prescorr;
 314     }
 315 }
 316
 317 /* check whether an 'nst'-style parameter p is a multiple of nst, and
 318    set it to be one if not, with a warning. */
 319 static void check_nst_param(const gmx::MDLogger &mdlog,
 320                             const char *desc_nst, int nst,
 321                             const char *desc_p, int *p)
 322 {
 323     if (*p > 0 && *p % nst != 0)
 324     {
 325         /* Round up to the next multiple of nst */
 326         *p = ((*p)/nst + 1)*nst;
 327         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 328                 "NOTE: %s changes %s to %d", desc_nst, desc_p, *p);
 329     }
 330 }
 331
 332 void setCurrentLambdasRerun(gmx_int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 333                             const t_trxframe *rerun_fr, const double *lam0,
 334                             t_state *globalState)
 335 {
 336     GMX_RELEASE_ASSERT(globalState != nullptr, "setCurrentLambdasGlobalRerun should be called with a valid state object");
 337
 338     if (rerun_fr->bLambda)
 339     {
 340         if (fepvals->delta_lambda == 0)
 341         {
 342             globalState->lambda[efptFEP] = rerun_fr->lambda;
 343         }
 344         else
 345         {
 346             /* find out between which two value of lambda we should be */
 347             real frac      = step*fepvals->delta_lambda;
 348             int  fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 349             /* interpolate between this state and the next */
 350             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 351             frac           = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 352             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 353             {
 354                 globalState->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 355                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state+1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 356             }
 357         }
 358     }
 359     else if (rerun_fr->bFepState)
 360     {
 361         globalState->fep_state = rerun_fr->fep_state;
 362         for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 363         {
 364             globalState->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][globalState->fep_state];
 365         }
 366     }
 367 }
 368
 369 void setCurrentLambdasLocal(gmx_int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 370                             const double *lam0, t_state *state)
 371 /* find the current lambdas.  If rerunning, we either read in a state, or a lambda value,
 372    requiring different logic. */
 373 {
 374     if (fepvals->delta_lambda != 0)
 375     {
 376         /* find out between which two value of lambda we should be */
 377         real frac = step*fepvals->delta_lambda;
 378         if (fepvals->n_lambda > 0)
 379         {
 380             int fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 381             /* interpolate between this state and the next */
 382             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 383             frac          = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 384             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 385             {
 386                 state->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 387                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state + 1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 388             }
 389         }
 390         else
 391         {
 392             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 393             {
 394                 state->lambda[i] = lam0[i] + frac;
 395             }
 396         }
 397     }
 398     else
 399     {
 400         /* if < 0, fep_state was never defined, and we should not set lambda from the state */
 401         if (state->fep_state > -1)
 402         {
 403             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 404             {
 405                 state->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][state->fep_state];
 406             }
 407         }
 408     }
 409 }
 410
 411 static void min_zero(int *n, int i)
 412 {
 413     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 414     {
 415         *n = i;
 416     }
 417 }
 418
 419 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 420 {
 421     int nst;
 422
 423     nst = 0;
 424     min_zero(&nst, i1);
 425     min_zero(&nst, i2);
 426     min_zero(&nst, i3);
 427     min_zero(&nst, i4);
 428     if (nst == 0)
 429     {
 430         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 431     }
 432
 433     while (nst > 1 && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0)  ||
 434                        (i2 > 0 && i2 % nst != 0)  ||
 435                        (i3 > 0 && i3 % nst != 0)  ||
 436                        (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 437     {
 438         nst--;
 439     }
 440
 441     return nst;
 442 }
 443
 444 int check_nstglobalcomm(const gmx::MDLogger &mdlog, int nstglobalcomm, t_inputrec *ir)
 445 {
 446     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 447     {
 448         nstglobalcomm = 1;
 449     }
 450
 451     if (nstglobalcomm == -1)
 452     {
 453         // Set up the default behaviour
 454         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 ||
 455               ir->nstlist > 0 ||
 456               ir->etc != etcNO ||
 457               ir->epc != epcNO))
 458         {
 459             /* The user didn't choose the period for anything
 460                important, so we just make sure we can send signals and
 461                write output suitably. */
 462             nstglobalcomm = 10;
 463             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 464             {
 465                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 466             }
 467         }
 468         else
 469         {
 470             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 471              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 472              * for (possibly) each of the four parts that care.
 473              *
 474              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 475              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 476              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 477              * nstlist when we remove the group scheme?
 478              */
 479             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 480                                  ir->nstlist,
 481                                  ir->etc != etcNO ? ir->nsttcouple : 0,
 482                                  ir->epc != epcNO ? ir->nstpcouple : 0);
 483         }
 484     }
 485     else
 486     {
 487         // Check that the user's choice of mdrun -gcom will work
 488         if (ir->nstlist > 0 &&
 489             nstglobalcomm > ir->nstlist && nstglobalcomm % ir->nstlist != 0)
 490         {
 491             nstglobalcomm = (nstglobalcomm / ir->nstlist)*ir->nstlist;
 492             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 493                     "WARNING: nstglobalcomm is larger than nstlist, but not a multiple, setting it to %d",
 494                     nstglobalcomm);
 495         }
 496         if (ir->nstcalcenergy > 0)
 497         {
 498             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 499                             "nstcalcenergy", &ir->nstcalcenergy);
 500         }
 501         if (ir->etc != etcNO && ir->nsttcouple > 0)
 502         {
 503             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 504                             "nsttcouple", &ir->nsttcouple);
 505         }
 506         if (ir->epc != epcNO && ir->nstpcouple > 0)
 507         {
 508             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 509                             "nstpcouple", &ir->nstpcouple);
 510         }
 511
 512         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 513                         "nstenergy", &ir->nstenergy);
 514
 515         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 516                         "nstlog", &ir->nstlog);
 517     }
 518
 519     if (ir->comm_mode != ecmNO && ir->nstcomm < nstglobalcomm)
 520     {
 521         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 522                 "WARNING: Changing nstcomm from %d to %d",
 523                 ir->nstcomm, nstglobalcomm);
 524         ir->nstcomm = nstglobalcomm;
 525     }
 526
 527     GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
 528             "Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n", nstglobalcomm);
 529     return nstglobalcomm;
 530 }
 531
 532 void rerun_parallel_comm(t_commrec *cr, t_trxframe *fr,
 533                          gmx_bool *bLastStep)
 534 {
 535     rvec    *xp, *vp;
 536
 537     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 538     {
 539         fr->natoms = -1;
 540     }
 541     xp = fr->x;
 542     vp = fr->v;
 543     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr);
 544     fr->x = xp;
 545     fr->v = vp;
 546
 547     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 548
 549 }
 550
 551 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 552 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
 553 {
 554     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 555      * with what is needed, so we correct this here.
 556      */
 557     state->flags = 0;
 558     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
 559     {
 560         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
 561         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
 562     }
 563     state->flags |= (1<<estX);
 564     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() >= static_cast<unsigned int>(state->natoms), "We should start a run with an initialized state->x");
 565     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 566     {
 567         state->flags |= (1<<estV);
 568     }
 569
 570     state->nnhpres = 0;
 571     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 572     {
 573         state->flags |= (1<<estBOX);
 574         if (inputrecPreserveShape(ir))
 575         {
 576             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 577         }
 578         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 579         {
 580             state->flags |= (1<<estBOXV);
 581             state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 582         }
 583         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 584         {
 585             state->nnhpres = 1;
 586             state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 587             state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 588             state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 589             state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 590             state->flags  |= (1<<estVETA);
 591             state->flags  |= (1<<estVOL0);
 592         }
 593         if (ir->epc == epcBERENDSEN)
 594         {
 595             state->flags  |= (1<<estBAROS_INT);
 596         }
 597     }
 598
 599     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 600     {
 601         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 602         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 603     }
 604
 605     if (ir->etc == etcVRESCALE || ir->etc == etcBERENDSEN)
 606     {
 607         state->flags |= (1<<estTHERM_INT);
 608     }
 609
 610     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 611     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 612
 613     if (ir->bExpanded)
 614     {
 615         snew(state->dfhist, 1);
 616         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 617     }
 618 }