src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "md_support.h"
  41
  42 #include <climits>
  43 #include <cmath>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/dispersioncorrection.h"
  52 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  57 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  66 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  67 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  68 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  69 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  70 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  71 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  72 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  73 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  74 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  75 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  76 #include "gromacs/utility/logger.h"
  77 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  78 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  79
  80 // TODO move this to multi-sim module
  81 bool multisim_int_all_are_equal(const gmx_multisim_t *ms,
  82                                 int64_t               value)
  83 {
  84     bool         allValuesAreEqual = true;
  85     int64_t     *buf;
  86
  87     GMX_RELEASE_ASSERT(ms, "Invalid use of multi-simulation pointer");
  88
  89     snew(buf, ms->nsim);
  90     /* send our value to all other master ranks, receive all of theirs */
  91     buf[ms->sim] = value;
  92     gmx_sumli_sim(ms->nsim, buf, ms);
  93
  94     for (int s = 0; s < ms->nsim; s++)
  95     {
  96         if (buf[s] != value)
  97         {
  98             allValuesAreEqual = false;
  99             break;
 100         }
 101     }
 102
 103     sfree(buf);
 104
 105     return allValuesAreEqual;
 106 }
 107
 108 int multisim_min(const gmx_multisim_t *ms, int nmin, int n)
 109 {
 110     int     *buf;
 111     gmx_bool bPos, bEqual;
 112     int      s, d;
 113
 114     snew(buf, ms->nsim);
 115     buf[ms->sim] = n;
 116     gmx_sumi_sim(ms->nsim, buf, ms);
 117     bPos   = TRUE;
 118     bEqual = TRUE;
 119     for (s = 0; s < ms->nsim; s++)
 120     {
 121         bPos   = bPos   && (buf[s] > 0);
 122         bEqual = bEqual && (buf[s] == buf[0]);
 123     }
 124     if (bPos)
 125     {
 126         if (bEqual)
 127         {
 128             nmin = std::min(nmin, buf[0]);
 129         }
 130         else
 131         {
 132             /* Find the least common multiple */
 133             for (d = 2; d < nmin; d++)
 134             {
 135                 s = 0;
 136                 while (s < ms->nsim && d % buf[s] == 0)
 137                 {
 138                     s++;
 139                 }
 140                 if (s == ms->nsim)
 141                 {
 142                     /* We found the LCM and it is less than nmin */
 143                     nmin = d;
 144                     break;
 145                 }
 146             }
 147         }
 148     }
 149     sfree(buf);
 150
 151     return nmin;
 152 }
 153
 154 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 155    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 156 void compute_globals(FILE *fplog, gmx_global_stat *gstat, t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 157                      t_forcerec *fr, gmx_ekindata_t *ekind,
 158                      t_state *state, t_mdatoms *mdatoms,
 159                      t_nrnb *nrnb, t_vcm *vcm, gmx_wallcycle_t wcycle,
 160                      gmx_enerdata_t *enerd, tensor force_vir, tensor shake_vir, tensor total_vir,
 161                      tensor pres, rvec mu_tot, gmx::Constraints *constr,
 162                      gmx::SimulationSignaller *signalCoordinator,
 163                      matrix box, int *totalNumberOfBondedInteractions,
 164                      gmx_bool *bSumEkinhOld, int flags)
 165 {
 166     tensor   corr_vir, corr_pres;
 167     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 168     gmx_bool bStopCM, bGStat,
 169              bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 170     gmx_bool bCheckNumberOfBondedInteractions;
 171     real     prescorr, enercorr, dvdlcorr, dvdl_ekin;
 172
 173     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 174     bStopCM                          = ((flags & CGLO_STOPCM) != 0);
 175     bGStat                           = ((flags & CGLO_GSTAT) != 0);
 176     bReadEkin                        = ((flags & CGLO_READEKIN) != 0);
 177     bScaleEkin                       = ((flags & CGLO_SCALEEKIN) != 0);
 178     bEner                            = ((flags & CGLO_ENERGY) != 0);
 179     bTemp                            = ((flags & CGLO_TEMPERATURE) != 0);
 180     bPres                            = ((flags & CGLO_PRESSURE) != 0);
 181     bConstrain                       = ((flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0);
 182     bCheckNumberOfBondedInteractions = ((flags & CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS) != 0);
 183
 184     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 185        or half step where we need the pressure */
 186
 187     bEkinAveVel = (ir->eI == eiVV || (ir->eI == eiVVAK && bPres) || bReadEkin);
 188
 189     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 190        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 191
 192     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 193
 194     if (bTemp)
 195     {
 196         /* Non-equilibrium MD: this is parallellized, but only does communication
 197          * when there really is NEMD.
 198          */
 199
 200         if (PAR(cr) && (ekind->bNEMD))
 201         {
 202             accumulate_u(cr, &(ir->opts), ekind);
 203         }
 204         if (!bReadEkin)
 205         {
 206             calc_ke_part(state, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 207         }
 208     }
 209
 210     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 211     if (bStopCM)
 212     {
 213         calc_vcm_grp(0, mdatoms->homenr, mdatoms,
 214                      state->x.rvec_array(), state->v.rvec_array(), vcm);
 215     }
 216
 217     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain || bCheckNumberOfBondedInteractions)
 218     {
 219         if (!bGStat)
 220         {
 221             /* We will not sum ekinh_old,
 222              * so signal that we still have to do it.
 223              */
 224             *bSumEkinhOld = TRUE;
 225
 226         }
 227         else
 228         {
 229             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 230             if (PAR(cr))
 231             {
 232                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 233                 global_stat(gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 234                             ir, ekind, constr, bStopCM ? vcm : nullptr,
 235                             signalBuffer.size(), signalBuffer.data(),
 236                             totalNumberOfBondedInteractions,
 237                             *bSumEkinhOld, flags);
 238                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 239             }
 240             signalCoordinator->finalizeSignals();
 241             *bSumEkinhOld = FALSE;
 242         }
 243     }
 244
 245     /* Do center of mass motion removal */
 246     if (bStopCM)
 247     {
 248         check_cm_grp(fplog, vcm, ir, 1);
 249         /* At initialization, do not pass x with acceleration-correction mode
 250          * to avoid (incorrect) correction of the initial coordinates.
 251          */
 252         rvec *xPtr = nullptr;
 253         if (vcm->mode == ecmANGULAR || (vcm->mode == ecmLINEAR_ACCELERATION_CORRECTION && !(flags & CGLO_INITIALIZATION)))
 254         {
 255             xPtr = state->x.rvec_array();
 256         }
 257         do_stopcm_grp(*mdatoms,
 258                       xPtr, state->v.rvec_array(), *vcm);
 259         inc_nrnb(nrnb, eNR_STOPCM, mdatoms->homenr);
 260     }
 261
 262     if (bEner)
 263     {
 264         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 265         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos/mdatoms->tmass;
 266     }
 267
 268     if (bTemp)
 269     {
 270         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 271         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 272         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 273            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 274            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 275            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 276          */
 277         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin,
 278                                        bEkinAveVel, bScaleEkin);
 279         enerd->dvdl_lin[efptMASS] = static_cast<double>(dvdl_ekin);
 280
 281         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 282     }
 283
 284     /* ##########  Long range energy information ###### */
 285
 286     if (bEner || bPres || bConstrain)
 287     {
 288         calc_dispcorr(ir, fr, box, state->lambda[efptVDW],
 289                       corr_pres, corr_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 290     }
 291
 292     if (bEner)
 293     {
 294         enerd->term[F_DISPCORR]  = enercorr;
 295         enerd->term[F_EPOT]     += enercorr;
 296         enerd->term[F_DVDL_VDW] += dvdlcorr;
 297     }
 298
 299     /* ########## Now pressure ############## */
 300     if (bPres || bConstrain)
 301     {
 302
 303         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 304
 305         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 306          * Use the box from last timestep since we already called update().
 307          */
 308
 309         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->ePBC, ir->nwall, box, ekind->ekin, total_vir, pres);
 310
 311         /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 312         /* this adds to enerd->term[F_PRES] and enerd->term[F_ETOT],
 313            and computes enerd->term[F_DISPCORR].  Also modifies the
 314            total_vir and pres tesors */
 315
 316         m_add(total_vir, corr_vir, total_vir);
 317         m_add(pres, corr_pres, pres);
 318         enerd->term[F_PDISPCORR] = prescorr;
 319         enerd->term[F_PRES]     += prescorr;
 320     }
 321 }
 322
 323 /* check whether an 'nst'-style parameter p is a multiple of nst, and
 324    set it to be one if not, with a warning. */
 325 static void check_nst_param(const gmx::MDLogger &mdlog,
 326                             const char *desc_nst, int nst,
 327                             const char *desc_p, int *p)
 328 {
 329     if (*p > 0 && *p % nst != 0)
 330     {
 331         /* Round up to the next multiple of nst */
 332         *p = ((*p)/nst + 1)*nst;
 333         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 334                 "NOTE: %s changes %s to %d", desc_nst, desc_p, *p);
 335     }
 336 }
 337
 338 void setCurrentLambdasRerun(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 339                             const t_trxframe *rerun_fr, const double *lam0,
 340                             t_state *globalState)
 341 {
 342     GMX_RELEASE_ASSERT(globalState != nullptr, "setCurrentLambdasGlobalRerun should be called with a valid state object");
 343
 344     if (rerun_fr->bLambda)
 345     {
 346         if (fepvals->delta_lambda == 0)
 347         {
 348             globalState->lambda[efptFEP] = rerun_fr->lambda;
 349         }
 350         else
 351         {
 352             /* find out between which two value of lambda we should be */
 353             real frac      = step*fepvals->delta_lambda;
 354             int  fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 355             /* interpolate between this state and the next */
 356             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 357             frac           = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 358             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 359             {
 360                 globalState->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 361                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state+1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 362             }
 363         }
 364     }
 365     else if (rerun_fr->bFepState)
 366     {
 367         globalState->fep_state = rerun_fr->fep_state;
 368         for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 369         {
 370             globalState->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][globalState->fep_state];
 371         }
 372     }
 373 }
 374
 375 void setCurrentLambdasLocal(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 376                             const double *lam0, t_state *state)
 377 /* find the current lambdas.  If rerunning, we either read in a state, or a lambda value,
 378    requiring different logic. */
 379 {
 380     if (fepvals->delta_lambda != 0)
 381     {
 382         /* find out between which two value of lambda we should be */
 383         real frac = step*fepvals->delta_lambda;
 384         if (fepvals->n_lambda > 0)
 385         {
 386             int fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 387             /* interpolate between this state and the next */
 388             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 389             frac          = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 390             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 391             {
 392                 state->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 393                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state + 1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 394             }
 395         }
 396         else
 397         {
 398             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 399             {
 400                 state->lambda[i] = lam0[i] + frac;
 401             }
 402         }
 403     }
 404     else
 405     {
 406         /* if < 0, fep_state was never defined, and we should not set lambda from the state */
 407         if (state->fep_state > -1)
 408         {
 409             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 410             {
 411                 state->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][state->fep_state];
 412             }
 413         }
 414     }
 415 }
 416
 417 static void min_zero(int *n, int i)
 418 {
 419     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 420     {
 421         *n = i;
 422     }
 423 }
 424
 425 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 426 {
 427     int nst;
 428
 429     nst = 0;
 430     min_zero(&nst, i1);
 431     min_zero(&nst, i2);
 432     min_zero(&nst, i3);
 433     min_zero(&nst, i4);
 434     if (nst == 0)
 435     {
 436         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 437     }
 438
 439     while (nst > 1 && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0)  ||
 440                        (i2 > 0 && i2 % nst != 0)  ||
 441                        (i3 > 0 && i3 % nst != 0)  ||
 442                        (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 443     {
 444         nst--;
 445     }
 446
 447     return nst;
 448 }
 449
 450 int check_nstglobalcomm(const gmx::MDLogger &mdlog, int nstglobalcomm, t_inputrec *ir, const t_commrec * cr)
 451 {
 452     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 453     {
 454         nstglobalcomm = 1;
 455     }
 456
 457     if (nstglobalcomm == -1)
 458     {
 459         // Set up the default behaviour
 460         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 ||
 461               ir->nstlist > 0 ||
 462               ir->etc != etcNO ||
 463               ir->epc != epcNO))
 464         {
 465             /* The user didn't choose the period for anything
 466                important, so we just make sure we can send signals and
 467                write output suitably. */
 468             nstglobalcomm = 10;
 469             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 470             {
 471                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 472             }
 473         }
 474         else
 475         {
 476             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 477              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 478              * for (possibly) each of the four parts that care.
 479              *
 480              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 481              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 482              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 483              * nstlist when we remove the group scheme?
 484              */
 485             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 486                                  ir->nstlist,
 487                                  ir->etc != etcNO ? ir->nsttcouple : 0,
 488                                  ir->epc != epcNO ? ir->nstpcouple : 0);
 489         }
 490     }
 491     else
 492     {
 493         // Check that the user's choice of mdrun -gcom will work
 494         if (ir->nstlist > 0 &&
 495             nstglobalcomm > ir->nstlist && nstglobalcomm % ir->nstlist != 0)
 496         {
 497             nstglobalcomm = (nstglobalcomm / ir->nstlist)*ir->nstlist;
 498             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 499                     "WARNING: nstglobalcomm is larger than nstlist, but not a multiple, setting it to %d",
 500                     nstglobalcomm);
 501         }
 502         if (ir->nstcalcenergy > 0)
 503         {
 504             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 505                             "nstcalcenergy", &ir->nstcalcenergy);
 506         }
 507         if (ir->etc != etcNO && ir->nsttcouple > 0)
 508         {
 509             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 510                             "nsttcouple", &ir->nsttcouple);
 511         }
 512         if (ir->epc != epcNO && ir->nstpcouple > 0)
 513         {
 514             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 515                             "nstpcouple", &ir->nstpcouple);
 516         }
 517
 518         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 519                         "nstenergy", &ir->nstenergy);
 520
 521         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 522                         "nstlog", &ir->nstlog);
 523     }
 524
 525     if (ir->comm_mode != ecmNO && ir->nstcomm < nstglobalcomm)
 526     {
 527         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 528                 "WARNING: Changing nstcomm from %d to %d",
 529                 ir->nstcomm, nstglobalcomm);
 530         ir->nstcomm = nstglobalcomm;
 531     }
 532
 533     if (cr->nnodes > 1)
 534     {
 535         GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
 536                 "Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n", nstglobalcomm);
 537     }
 538     return nstglobalcomm;
 539
 540 }
 541
 542 void rerun_parallel_comm(t_commrec *cr, t_trxframe *fr,
 543                          gmx_bool *bLastStep)
 544 {
 545     rvec    *xp, *vp;
 546
 547     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 548     {
 549         fr->natoms = -1;
 550     }
 551     xp = fr->x;
 552     vp = fr->v;
 553     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr);
 554     fr->x = xp;
 555     fr->v = vp;
 556
 557     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 558
 559 }
 560
 561 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 562 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
 563 {
 564     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 565      * with what is needed, so we correct this here.
 566      */
 567     state->flags = 0;
 568     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
 569     {
 570         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
 571         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
 572     }
 573     state->flags |= (1<<estX);
 574     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() == state->natoms, "We should start a run with an initialized state->x");
 575     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 576     {
 577         state->flags |= (1<<estV);
 578     }
 579
 580     state->nnhpres = 0;
 581     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 582     {
 583         state->flags |= (1<<estBOX);
 584         if (inputrecPreserveShape(ir))
 585         {
 586             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 587         }
 588         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 589         {
 590             state->flags |= (1<<estBOXV);
 591             state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 592         }
 593         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 594         {
 595             state->nnhpres = 1;
 596             state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 597             state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 598             state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 599             state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 600             state->flags  |= (1<<estVETA);
 601             state->flags  |= (1<<estVOL0);
 602         }
 603         if (ir->epc == epcBERENDSEN)
 604         {
 605             state->flags  |= (1<<estBAROS_INT);
 606         }
 607     }
 608
 609     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 610     {
 611         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 612         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 613     }
 614
 615     if (ir->etc == etcVRESCALE || ir->etc == etcBERENDSEN)
 616     {
 617         state->flags |= (1<<estTHERM_INT);
 618     }
 619
 620     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 621     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 622
 623     if (ir->bExpanded)
 624     {
 625         snew(state->dfhist, 1);
 626         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 627     }
 628
 629     if (ir->pull && ir->pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 630     {
 631         state->flags |= (1<<estPULLCOMPREVSTEP);
 632     }
 633 }