src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "md_support.h"
  41
  42 #include <climits>
  43 #include <cmath>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  52 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  57 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  65 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  66 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  67 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  68 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  69 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  70 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  71 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  72 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  73 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  74 #include "gromacs/utility/logger.h"
  75 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  76 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  77
  78 // TODO move this to multi-sim module
  79 bool multisim_int_all_are_equal(const gmx_multisim_t *ms,
  80                                 int64_t               value)
  81 {
  82     bool         allValuesAreEqual = true;
  83     int64_t     *buf;
  84
  85     GMX_RELEASE_ASSERT(ms, "Invalid use of multi-simulation pointer");
  86
  87     snew(buf, ms->nsim);
  88     /* send our value to all other master ranks, receive all of theirs */
  89     buf[ms->sim] = value;
  90     gmx_sumli_sim(ms->nsim, buf, ms);
  91
  92     for (int s = 0; s < ms->nsim; s++)
  93     {
  94         if (buf[s] != value)
  95         {
  96             allValuesAreEqual = false;
  97             break;
  98         }
  99     }
 100
 101     sfree(buf);
 102
 103     return allValuesAreEqual;
 104 }
 105
 106 int multisim_min(const gmx_multisim_t *ms, int nmin, int n)
 107 {
 108     int     *buf;
 109     gmx_bool bPos, bEqual;
 110     int      s, d;
 111
 112     snew(buf, ms->nsim);
 113     buf[ms->sim] = n;
 114     gmx_sumi_sim(ms->nsim, buf, ms);
 115     bPos   = TRUE;
 116     bEqual = TRUE;
 117     for (s = 0; s < ms->nsim; s++)
 118     {
 119         bPos   = bPos   && (buf[s] > 0);
 120         bEqual = bEqual && (buf[s] == buf[0]);
 121     }
 122     if (bPos)
 123     {
 124         if (bEqual)
 125         {
 126             nmin = std::min(nmin, buf[0]);
 127         }
 128         else
 129         {
 130             /* Find the least common multiple */
 131             for (d = 2; d < nmin; d++)
 132             {
 133                 s = 0;
 134                 while (s < ms->nsim && d % buf[s] == 0)
 135                 {
 136                     s++;
 137                 }
 138                 if (s == ms->nsim)
 139                 {
 140                     /* We found the LCM and it is less than nmin */
 141                     nmin = d;
 142                     break;
 143                 }
 144             }
 145         }
 146     }
 147     sfree(buf);
 148
 149     return nmin;
 150 }
 151
 152 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 153    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 154 void compute_globals(FILE *fplog, gmx_global_stat *gstat, t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 155                      t_forcerec *fr, gmx_ekindata_t *ekind,
 156                      t_state *state, t_mdatoms *mdatoms,
 157                      t_nrnb *nrnb, t_vcm *vcm, gmx_wallcycle_t wcycle,
 158                      gmx_enerdata_t *enerd, tensor force_vir, tensor shake_vir, tensor total_vir,
 159                      tensor pres, rvec mu_tot, gmx::Constraints *constr,
 160                      gmx::SimulationSignaller *signalCoordinator,
 161                      matrix box, int *totalNumberOfBondedInteractions,
 162                      gmx_bool *bSumEkinhOld, int flags)
 163 {
 164     tensor   corr_vir, corr_pres;
 165     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 166     gmx_bool bStopCM, bGStat,
 167              bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 168     gmx_bool bCheckNumberOfBondedInteractions;
 169     real     prescorr, enercorr, dvdlcorr, dvdl_ekin;
 170
 171     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 172     bStopCM                          = ((flags & CGLO_STOPCM) != 0);
 173     bGStat                           = ((flags & CGLO_GSTAT) != 0);
 174     bReadEkin                        = ((flags & CGLO_READEKIN) != 0);
 175     bScaleEkin                       = ((flags & CGLO_SCALEEKIN) != 0);
 176     bEner                            = ((flags & CGLO_ENERGY) != 0);
 177     bTemp                            = ((flags & CGLO_TEMPERATURE) != 0);
 178     bPres                            = ((flags & CGLO_PRESSURE) != 0);
 179     bConstrain                       = ((flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0);
 180     bCheckNumberOfBondedInteractions = ((flags & CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS) != 0);
 181
 182     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 183        or half step where we need the pressure */
 184
 185     bEkinAveVel = (ir->eI == eiVV || (ir->eI == eiVVAK && bPres) || bReadEkin);
 186
 187     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 188        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 189
 190     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 191
 192     if (bTemp)
 193     {
 194         /* Non-equilibrium MD: this is parallellized, but only does communication
 195          * when there really is NEMD.
 196          */
 197
 198         if (PAR(cr) && (ekind->bNEMD))
 199         {
 200             accumulate_u(cr, &(ir->opts), ekind);
 201         }
 202         if (!bReadEkin)
 203         {
 204             calc_ke_part(state, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 205         }
 206     }
 207
 208     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 209     if (bStopCM)
 210     {
 211         calc_vcm_grp(0, mdatoms->homenr, mdatoms,
 212                      state->x.rvec_array(), state->v.rvec_array(), vcm);
 213     }
 214
 215     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain || bCheckNumberOfBondedInteractions)
 216     {
 217         if (!bGStat)
 218         {
 219             /* We will not sum ekinh_old,
 220              * so signal that we still have to do it.
 221              */
 222             *bSumEkinhOld = TRUE;
 223
 224         }
 225         else
 226         {
 227             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 228             if (PAR(cr))
 229             {
 230                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 231                 global_stat(gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 232                             ir, ekind, constr, bStopCM ? vcm : nullptr,
 233                             signalBuffer.size(), signalBuffer.data(),
 234                             totalNumberOfBondedInteractions,
 235                             *bSumEkinhOld, flags);
 236                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 237             }
 238             signalCoordinator->finalizeSignals();
 239             *bSumEkinhOld = FALSE;
 240         }
 241     }
 242
 243     /* Do center of mass motion removal */
 244     if (bStopCM)
 245     {
 246         check_cm_grp(fplog, vcm, ir, 1);
 247         /* At initialization, do not pass x with acceleration-correction mode
 248          * to avoid (incorrect) correction of the initial coordinates.
 249          */
 250         rvec *xPtr = nullptr;
 251         if (vcm->mode == ecmANGULAR || (vcm->mode == ecmLINEAR_ACCELERATION_CORRECTION && !(flags & CGLO_INITIALIZATION)))
 252         {
 253             xPtr = state->x.rvec_array();
 254         }
 255         do_stopcm_grp(*mdatoms,
 256                       xPtr, state->v.rvec_array(), *vcm);
 257         inc_nrnb(nrnb, eNR_STOPCM, mdatoms->homenr);
 258     }
 259
 260     if (bEner)
 261     {
 262         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 263         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos/mdatoms->tmass;
 264     }
 265
 266     if (bTemp)
 267     {
 268         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 269         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 270         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 271            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 272            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 273            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 274          */
 275         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin,
 276                                        bEkinAveVel, bScaleEkin);
 277         enerd->dvdl_lin[efptMASS] = static_cast<double>(dvdl_ekin);
 278
 279         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 280     }
 281
 282     /* ##########  Long range energy information ###### */
 283
 284     if (bEner || bPres || bConstrain)
 285     {
 286         calc_dispcorr(ir, fr, box, state->lambda[efptVDW],
 287                       corr_pres, corr_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 288     }
 289
 290     if (bEner)
 291     {
 292         enerd->term[F_DISPCORR]  = enercorr;
 293         enerd->term[F_EPOT]     += enercorr;
 294         enerd->term[F_DVDL_VDW] += dvdlcorr;
 295     }
 296
 297     /* ########## Now pressure ############## */
 298     if (bPres || bConstrain)
 299     {
 300
 301         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 302
 303         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 304          * Use the box from last timestep since we already called update().
 305          */
 306
 307         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->ePBC, ir->nwall, box, ekind->ekin, total_vir, pres);
 308
 309         /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 310         /* this adds to enerd->term[F_PRES] and enerd->term[F_ETOT],
 311            and computes enerd->term[F_DISPCORR].  Also modifies the
 312            total_vir and pres tesors */
 313
 314         m_add(total_vir, corr_vir, total_vir);
 315         m_add(pres, corr_pres, pres);
 316         enerd->term[F_PDISPCORR] = prescorr;
 317         enerd->term[F_PRES]     += prescorr;
 318     }
 319 }
 320
 321 /* check whether an 'nst'-style parameter p is a multiple of nst, and
 322    set it to be one if not, with a warning. */
 323 static void check_nst_param(const gmx::MDLogger &mdlog,
 324                             const char *desc_nst, int nst,
 325                             const char *desc_p, int *p)
 326 {
 327     if (*p > 0 && *p % nst != 0)
 328     {
 329         /* Round up to the next multiple of nst */
 330         *p = ((*p)/nst + 1)*nst;
 331         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 332                 "NOTE: %s changes %s to %d", desc_nst, desc_p, *p);
 333     }
 334 }
 335
 336 void setCurrentLambdasRerun(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 337                             const t_trxframe *rerun_fr, const double *lam0,
 338                             t_state *globalState)
 339 {
 340     GMX_RELEASE_ASSERT(globalState != nullptr, "setCurrentLambdasGlobalRerun should be called with a valid state object");
 341
 342     if (rerun_fr->bLambda)
 343     {
 344         if (fepvals->delta_lambda == 0)
 345         {
 346             globalState->lambda[efptFEP] = rerun_fr->lambda;
 347         }
 348         else
 349         {
 350             /* find out between which two value of lambda we should be */
 351             real frac      = step*fepvals->delta_lambda;
 352             int  fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 353             /* interpolate between this state and the next */
 354             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 355             frac           = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 356             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 357             {
 358                 globalState->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 359                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state+1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 360             }
 361         }
 362     }
 363     else if (rerun_fr->bFepState)
 364     {
 365         globalState->fep_state = rerun_fr->fep_state;
 366         for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 367         {
 368             globalState->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][globalState->fep_state];
 369         }
 370     }
 371 }
 372
 373 void setCurrentLambdasLocal(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 374                             const double *lam0, t_state *state)
 375 /* find the current lambdas.  If rerunning, we either read in a state, or a lambda value,
 376    requiring different logic. */
 377 {
 378     if (fepvals->delta_lambda != 0)
 379     {
 380         /* find out between which two value of lambda we should be */
 381         real frac = step*fepvals->delta_lambda;
 382         if (fepvals->n_lambda > 0)
 383         {
 384             int fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 385             /* interpolate between this state and the next */
 386             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 387             frac          = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 388             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 389             {
 390                 state->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 391                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state + 1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 392             }
 393         }
 394         else
 395         {
 396             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 397             {
 398                 state->lambda[i] = lam0[i] + frac;
 399             }
 400         }
 401     }
 402     else
 403     {
 404         /* if < 0, fep_state was never defined, and we should not set lambda from the state */
 405         if (state->fep_state > -1)
 406         {
 407             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 408             {
 409                 state->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][state->fep_state];
 410             }
 411         }
 412     }
 413 }
 414
 415 static void min_zero(int *n, int i)
 416 {
 417     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 418     {
 419         *n = i;
 420     }
 421 }
 422
 423 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 424 {
 425     int nst;
 426
 427     nst = 0;
 428     min_zero(&nst, i1);
 429     min_zero(&nst, i2);
 430     min_zero(&nst, i3);
 431     min_zero(&nst, i4);
 432     if (nst == 0)
 433     {
 434         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 435     }
 436
 437     while (nst > 1 && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0)  ||
 438                        (i2 > 0 && i2 % nst != 0)  ||
 439                        (i3 > 0 && i3 % nst != 0)  ||
 440                        (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 441     {
 442         nst--;
 443     }
 444
 445     return nst;
 446 }
 447
 448 int check_nstglobalcomm(const gmx::MDLogger &mdlog, int nstglobalcomm, t_inputrec *ir)
 449 {
 450     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 451     {
 452         nstglobalcomm = 1;
 453     }
 454
 455     if (nstglobalcomm == -1)
 456     {
 457         // Set up the default behaviour
 458         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 ||
 459               ir->nstlist > 0 ||
 460               ir->etc != etcNO ||
 461               ir->epc != epcNO))
 462         {
 463             /* The user didn't choose the period for anything
 464                important, so we just make sure we can send signals and
 465                write output suitably. */
 466             nstglobalcomm = 10;
 467             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 468             {
 469                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 470             }
 471         }
 472         else
 473         {
 474             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 475              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 476              * for (possibly) each of the four parts that care.
 477              *
 478              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 479              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 480              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 481              * nstlist when we remove the group scheme?
 482              */
 483             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 484                                  ir->nstlist,
 485                                  ir->etc != etcNO ? ir->nsttcouple : 0,
 486                                  ir->epc != epcNO ? ir->nstpcouple : 0);
 487         }
 488     }
 489     else
 490     {
 491         // Check that the user's choice of mdrun -gcom will work
 492         if (ir->nstlist > 0 &&
 493             nstglobalcomm > ir->nstlist && nstglobalcomm % ir->nstlist != 0)
 494         {
 495             nstglobalcomm = (nstglobalcomm / ir->nstlist)*ir->nstlist;
 496             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 497                     "WARNING: nstglobalcomm is larger than nstlist, but not a multiple, setting it to %d",
 498                     nstglobalcomm);
 499         }
 500         if (ir->nstcalcenergy > 0)
 501         {
 502             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 503                             "nstcalcenergy", &ir->nstcalcenergy);
 504         }
 505         if (ir->etc != etcNO && ir->nsttcouple > 0)
 506         {
 507             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 508                             "nsttcouple", &ir->nsttcouple);
 509         }
 510         if (ir->epc != epcNO && ir->nstpcouple > 0)
 511         {
 512             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 513                             "nstpcouple", &ir->nstpcouple);
 514         }
 515
 516         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 517                         "nstenergy", &ir->nstenergy);
 518
 519         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 520                         "nstlog", &ir->nstlog);
 521     }
 522
 523     if (ir->comm_mode != ecmNO && ir->nstcomm < nstglobalcomm)
 524     {
 525         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 526                 "WARNING: Changing nstcomm from %d to %d",
 527                 ir->nstcomm, nstglobalcomm);
 528         ir->nstcomm = nstglobalcomm;
 529     }
 530
 531     GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
 532             "Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n", nstglobalcomm);
 533     return nstglobalcomm;
 534 }
 535
 536 void rerun_parallel_comm(t_commrec *cr, t_trxframe *fr,
 537                          gmx_bool *bLastStep)
 538 {
 539     rvec    *xp, *vp;
 540
 541     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 542     {
 543         fr->natoms = -1;
 544     }
 545     xp = fr->x;
 546     vp = fr->v;
 547     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr);
 548     fr->x = xp;
 549     fr->v = vp;
 550
 551     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 552
 553 }
 554
 555 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 556 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
 557 {
 558     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 559      * with what is needed, so we correct this here.
 560      */
 561     state->flags = 0;
 562     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
 563     {
 564         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
 565         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
 566     }
 567     state->flags |= (1<<estX);
 568     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() == state->natoms, "We should start a run with an initialized state->x");
 569     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 570     {
 571         state->flags |= (1<<estV);
 572     }
 573
 574     state->nnhpres = 0;
 575     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 576     {
 577         state->flags |= (1<<estBOX);
 578         if (inputrecPreserveShape(ir))
 579         {
 580             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 581         }
 582         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 583         {
 584             state->flags |= (1<<estBOXV);
 585             state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 586         }
 587         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 588         {
 589             state->nnhpres = 1;
 590             state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 591             state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 592             state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 593             state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 594             state->flags  |= (1<<estVETA);
 595             state->flags  |= (1<<estVOL0);
 596         }
 597         if (ir->epc == epcBERENDSEN)
 598         {
 599             state->flags  |= (1<<estBAROS_INT);
 600         }
 601     }
 602
 603     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 604     {
 605         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 606         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 607     }
 608
 609     if (ir->etc == etcVRESCALE || ir->etc == etcBERENDSEN)
 610     {
 611         state->flags |= (1<<estTHERM_INT);
 612     }
 613
 614     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 615     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 616
 617     if (ir->bExpanded)
 618     {
 619         snew(state->dfhist, 1);
 620         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 621     }
 622
 623     if (ir->pull && ir->pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 624     {
 625         state->flags |= (1<<estPULLCOMPREVSTEP);
 626     }
 627 }