src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "md_support.h"
  41
  42 #include <climits>
  43 #include <cmath>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  48 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  52 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  57 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  58 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  65 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  66 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  67 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  68 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  69 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  70 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  71 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  72 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  73 #include "gromacs/utility/logger.h"
  74 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  75 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  76
  77 // TODO move this to multi-sim module
  78 bool multisim_int_all_are_equal(const gmx_multisim_t *ms,
  79                                 int64_t               value)
  80 {
  81     bool         allValuesAreEqual = true;
  82     int64_t     *buf;
  83
  84     GMX_RELEASE_ASSERT(ms, "Invalid use of multi-simulation pointer");
  85
  86     snew(buf, ms->nsim);
  87     /* send our value to all other master ranks, receive all of theirs */
  88     buf[ms->sim] = value;
  89     gmx_sumli_sim(ms->nsim, buf, ms);
  90
  91     for (int s = 0; s < ms->nsim; s++)
  92     {
  93         if (buf[s] != value)
  94         {
  95             allValuesAreEqual = false;
  96             break;
  97         }
  98     }
  99
 100     sfree(buf);
 101
 102     return allValuesAreEqual;
 103 }
 104
 105 int multisim_min(const gmx_multisim_t *ms, int nmin, int n)
 106 {
 107     int     *buf;
 108     gmx_bool bPos, bEqual;
 109     int      s, d;
 110
 111     snew(buf, ms->nsim);
 112     buf[ms->sim] = n;
 113     gmx_sumi_sim(ms->nsim, buf, ms);
 114     bPos   = TRUE;
 115     bEqual = TRUE;
 116     for (s = 0; s < ms->nsim; s++)
 117     {
 118         bPos   = bPos   && (buf[s] > 0);
 119         bEqual = bEqual && (buf[s] == buf[0]);
 120     }
 121     if (bPos)
 122     {
 123         if (bEqual)
 124         {
 125             nmin = std::min(nmin, buf[0]);
 126         }
 127         else
 128         {
 129             /* Find the least common multiple */
 130             for (d = 2; d < nmin; d++)
 131             {
 132                 s = 0;
 133                 while (s < ms->nsim && d % buf[s] == 0)
 134                 {
 135                     s++;
 136                 }
 137                 if (s == ms->nsim)
 138                 {
 139                     /* We found the LCM and it is less than nmin */
 140                     nmin = d;
 141                     break;
 142                 }
 143             }
 144         }
 145     }
 146     sfree(buf);
 147
 148     return nmin;
 149 }
 150
 151 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 152    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 153 void compute_globals(FILE *fplog, gmx_global_stat *gstat, t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 154                      t_forcerec *fr, gmx_ekindata_t *ekind,
 155                      t_state *state, t_mdatoms *mdatoms,
 156                      t_nrnb *nrnb, t_vcm *vcm, gmx_wallcycle_t wcycle,
 157                      gmx_enerdata_t *enerd, tensor force_vir, tensor shake_vir, tensor total_vir,
 158                      tensor pres, rvec mu_tot, gmx::Constraints *constr,
 159                      gmx::SimulationSignaller *signalCoordinator,
 160                      matrix box, int *totalNumberOfBondedInteractions,
 161                      gmx_bool *bSumEkinhOld, int flags)
 162 {
 163     tensor   corr_vir, corr_pres;
 164     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 165     gmx_bool bStopCM, bGStat,
 166              bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 167     real     prescorr, enercorr, dvdlcorr, dvdl_ekin;
 168
 169     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 170     bStopCM       = flags & CGLO_STOPCM;
 171     bGStat        = flags & CGLO_GSTAT;
 172     bReadEkin     = (flags & CGLO_READEKIN);
 173     bScaleEkin    = (flags & CGLO_SCALEEKIN);
 174     bEner         = flags & CGLO_ENERGY;
 175     bTemp         = flags & CGLO_TEMPERATURE;
 176     bPres         = (flags & CGLO_PRESSURE);
 177     bConstrain    = (flags & CGLO_CONSTRAINT);
 178
 179     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 180        or half step where we need the pressure */
 181
 182     bEkinAveVel = (ir->eI == eiVV || (ir->eI == eiVVAK && bPres) || bReadEkin);
 183
 184     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 185        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 186
 187     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 188
 189     if (bTemp)
 190     {
 191         /* Non-equilibrium MD: this is parallellized, but only does communication
 192          * when there really is NEMD.
 193          */
 194
 195         if (PAR(cr) && (ekind->bNEMD))
 196         {
 197             accumulate_u(cr, &(ir->opts), ekind);
 198         }
 199         if (!bReadEkin)
 200         {
 201             calc_ke_part(state, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 202         }
 203     }
 204
 205     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 206     if (bStopCM)
 207     {
 208         calc_vcm_grp(0, mdatoms->homenr, mdatoms,
 209                      as_rvec_array(state->x.data()), as_rvec_array(state->v.data()), vcm);
 210     }
 211
 212     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain)
 213     {
 214         if (!bGStat)
 215         {
 216             /* We will not sum ekinh_old,
 217              * so signal that we still have to do it.
 218              */
 219             *bSumEkinhOld = TRUE;
 220
 221         }
 222         else
 223         {
 224             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 225             if (PAR(cr))
 226             {
 227                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 228                 global_stat(gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 229                             ir, ekind, constr, bStopCM ? vcm : nullptr,
 230                             signalBuffer.size(), signalBuffer.data(),
 231                             totalNumberOfBondedInteractions,
 232                             *bSumEkinhOld, flags);
 233                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 234             }
 235             signalCoordinator->finalizeSignals();
 236             *bSumEkinhOld = FALSE;
 237         }
 238     }
 239
 240     /* Do center of mass motion removal */
 241     if (bStopCM)
 242     {
 243         check_cm_grp(fplog, vcm, ir, 1);
 244         /* At initialization, do not pass x with acceleration-correction mode
 245          * to avoid (incorrect) correction of the initial coordinates.
 246          */
 247         rvec *xPtr = nullptr;
 248         if (vcm->mode == ecmANGULAR || (vcm->mode == ecmLINEAR_ACCELERATION_CORRECTION && !(flags & CGLO_INITIALIZATION)))
 249         {
 250             xPtr = as_rvec_array(state->x.data());
 251         }
 252         do_stopcm_grp(*mdatoms,
 253                       xPtr, as_rvec_array(state->v.data()), *vcm);
 254         inc_nrnb(nrnb, eNR_STOPCM, mdatoms->homenr);
 255     }
 256
 257     if (bEner)
 258     {
 259         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 260         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos/mdatoms->tmass;
 261     }
 262
 263     if (bTemp)
 264     {
 265         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 266         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 267         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 268            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 269            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 270            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 271          */
 272         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin,
 273                                        bEkinAveVel, bScaleEkin);
 274         enerd->dvdl_lin[efptMASS] = (double) dvdl_ekin;
 275
 276         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 277     }
 278
 279     /* ##########  Long range energy information ###### */
 280
 281     if (bEner || bPres || bConstrain)
 282     {
 283         calc_dispcorr(ir, fr, box, state->lambda[efptVDW],
 284                       corr_pres, corr_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 285     }
 286
 287     if (bEner)
 288     {
 289         enerd->term[F_DISPCORR]  = enercorr;
 290         enerd->term[F_EPOT]     += enercorr;
 291         enerd->term[F_DVDL_VDW] += dvdlcorr;
 292     }
 293
 294     /* ########## Now pressure ############## */
 295     if (bPres || bConstrain)
 296     {
 297
 298         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 299
 300         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 301          * Use the box from last timestep since we already called update().
 302          */
 303
 304         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->ePBC, ir->nwall, box, ekind->ekin, total_vir, pres);
 305
 306         /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 307         /* this adds to enerd->term[F_PRES] and enerd->term[F_ETOT],
 308            and computes enerd->term[F_DISPCORR].  Also modifies the
 309            total_vir and pres tesors */
 310
 311         m_add(total_vir, corr_vir, total_vir);
 312         m_add(pres, corr_pres, pres);
 313         enerd->term[F_PDISPCORR] = prescorr;
 314         enerd->term[F_PRES]     += prescorr;
 315     }
 316 }
 317
 318 /* check whether an 'nst'-style parameter p is a multiple of nst, and
 319    set it to be one if not, with a warning. */
 320 static void check_nst_param(const gmx::MDLogger &mdlog,
 321                             const char *desc_nst, int nst,
 322                             const char *desc_p, int *p)
 323 {
 324     if (*p > 0 && *p % nst != 0)
 325     {
 326         /* Round up to the next multiple of nst */
 327         *p = ((*p)/nst + 1)*nst;
 328         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 329                 "NOTE: %s changes %s to %d", desc_nst, desc_p, *p);
 330     }
 331 }
 332
 333 void setCurrentLambdasRerun(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 334                             const t_trxframe *rerun_fr, const double *lam0,
 335                             t_state *globalState)
 336 {
 337     GMX_RELEASE_ASSERT(globalState != nullptr, "setCurrentLambdasGlobalRerun should be called with a valid state object");
 338
 339     if (rerun_fr->bLambda)
 340     {
 341         if (fepvals->delta_lambda == 0)
 342         {
 343             globalState->lambda[efptFEP] = rerun_fr->lambda;
 344         }
 345         else
 346         {
 347             /* find out between which two value of lambda we should be */
 348             real frac      = step*fepvals->delta_lambda;
 349             int  fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 350             /* interpolate between this state and the next */
 351             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 352             frac           = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 353             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 354             {
 355                 globalState->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 356                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state+1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 357             }
 358         }
 359     }
 360     else if (rerun_fr->bFepState)
 361     {
 362         globalState->fep_state = rerun_fr->fep_state;
 363         for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 364         {
 365             globalState->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][globalState->fep_state];
 366         }
 367     }
 368 }
 369
 370 void setCurrentLambdasLocal(int64_t step, const t_lambda *fepvals,
 371                             const double *lam0, t_state *state)
 372 /* find the current lambdas.  If rerunning, we either read in a state, or a lambda value,
 373    requiring different logic. */
 374 {
 375     if (fepvals->delta_lambda != 0)
 376     {
 377         /* find out between which two value of lambda we should be */
 378         real frac = step*fepvals->delta_lambda;
 379         if (fepvals->n_lambda > 0)
 380         {
 381             int fep_state = static_cast<int>(std::floor(frac*fepvals->n_lambda));
 382             /* interpolate between this state and the next */
 383             /* this assumes that the initial lambda corresponds to lambda==0, which is verified in grompp */
 384             frac          = frac*fepvals->n_lambda - fep_state;
 385             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 386             {
 387                 state->lambda[i] = lam0[i] + (fepvals->all_lambda[i][fep_state]) +
 388                     frac*(fepvals->all_lambda[i][fep_state + 1] - fepvals->all_lambda[i][fep_state]);
 389             }
 390         }
 391         else
 392         {
 393             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 394             {
 395                 state->lambda[i] = lam0[i] + frac;
 396             }
 397         }
 398     }
 399     else
 400     {
 401         /* if < 0, fep_state was never defined, and we should not set lambda from the state */
 402         if (state->fep_state > -1)
 403         {
 404             for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 405             {
 406                 state->lambda[i] = fepvals->all_lambda[i][state->fep_state];
 407             }
 408         }
 409     }
 410 }
 411
 412 static void min_zero(int *n, int i)
 413 {
 414     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 415     {
 416         *n = i;
 417     }
 418 }
 419
 420 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 421 {
 422     int nst;
 423
 424     nst = 0;
 425     min_zero(&nst, i1);
 426     min_zero(&nst, i2);
 427     min_zero(&nst, i3);
 428     min_zero(&nst, i4);
 429     if (nst == 0)
 430     {
 431         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 432     }
 433
 434     while (nst > 1 && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0)  ||
 435                        (i2 > 0 && i2 % nst != 0)  ||
 436                        (i3 > 0 && i3 % nst != 0)  ||
 437                        (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 438     {
 439         nst--;
 440     }
 441
 442     return nst;
 443 }
 444
 445 int check_nstglobalcomm(const gmx::MDLogger &mdlog, int nstglobalcomm, t_inputrec *ir)
 446 {
 447     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 448     {
 449         nstglobalcomm = 1;
 450     }
 451
 452     if (nstglobalcomm == -1)
 453     {
 454         // Set up the default behaviour
 455         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 ||
 456               ir->nstlist > 0 ||
 457               ir->etc != etcNO ||
 458               ir->epc != epcNO))
 459         {
 460             /* The user didn't choose the period for anything
 461                important, so we just make sure we can send signals and
 462                write output suitably. */
 463             nstglobalcomm = 10;
 464             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 465             {
 466                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 467             }
 468         }
 469         else
 470         {
 471             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 472              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 473              * for (possibly) each of the four parts that care.
 474              *
 475              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 476              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 477              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 478              * nstlist when we remove the group scheme?
 479              */
 480             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 481                                  ir->nstlist,
 482                                  ir->etc != etcNO ? ir->nsttcouple : 0,
 483                                  ir->epc != epcNO ? ir->nstpcouple : 0);
 484         }
 485     }
 486     else
 487     {
 488         // Check that the user's choice of mdrun -gcom will work
 489         if (ir->nstlist > 0 &&
 490             nstglobalcomm > ir->nstlist && nstglobalcomm % ir->nstlist != 0)
 491         {
 492             nstglobalcomm = (nstglobalcomm / ir->nstlist)*ir->nstlist;
 493             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 494                     "WARNING: nstglobalcomm is larger than nstlist, but not a multiple, setting it to %d",
 495                     nstglobalcomm);
 496         }
 497         if (ir->nstcalcenergy > 0)
 498         {
 499             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 500                             "nstcalcenergy", &ir->nstcalcenergy);
 501         }
 502         if (ir->etc != etcNO && ir->nsttcouple > 0)
 503         {
 504             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 505                             "nsttcouple", &ir->nsttcouple);
 506         }
 507         if (ir->epc != epcNO && ir->nstpcouple > 0)
 508         {
 509             check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 510                             "nstpcouple", &ir->nstpcouple);
 511         }
 512
 513         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 514                         "nstenergy", &ir->nstenergy);
 515
 516         check_nst_param(mdlog, "-gcom", nstglobalcomm,
 517                         "nstlog", &ir->nstlog);
 518     }
 519
 520     if (ir->comm_mode != ecmNO && ir->nstcomm < nstglobalcomm)
 521     {
 522         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
 523                 "WARNING: Changing nstcomm from %d to %d",
 524                 ir->nstcomm, nstglobalcomm);
 525         ir->nstcomm = nstglobalcomm;
 526     }
 527
 528     GMX_LOG(mdlog.info).appendTextFormatted(
 529             "Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n", nstglobalcomm);
 530     return nstglobalcomm;
 531 }
 532
 533 void rerun_parallel_comm(t_commrec *cr, t_trxframe *fr,
 534                          gmx_bool *bLastStep)
 535 {
 536     rvec    *xp, *vp;
 537
 538     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 539     {
 540         fr->natoms = -1;
 541     }
 542     xp = fr->x;
 543     vp = fr->v;
 544     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr);
 545     fr->x = xp;
 546     fr->v = vp;
 547
 548     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 549
 550 }
 551
 552 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 553 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
 554 {
 555     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 556      * with what is needed, so we correct this here.
 557      */
 558     state->flags = 0;
 559     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
 560     {
 561         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
 562         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
 563     }
 564     state->flags |= (1<<estX);
 565     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() >= static_cast<unsigned int>(state->natoms), "We should start a run with an initialized state->x");
 566     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 567     {
 568         state->flags |= (1<<estV);
 569     }
 570
 571     state->nnhpres = 0;
 572     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 573     {
 574         state->flags |= (1<<estBOX);
 575         if (inputrecPreserveShape(ir))
 576         {
 577             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 578         }
 579         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 580         {
 581             state->flags |= (1<<estBOXV);
 582             state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 583         }
 584         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 585         {
 586             state->nnhpres = 1;
 587             state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 588             state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 589             state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 590             state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 591             state->flags  |= (1<<estVETA);
 592             state->flags  |= (1<<estVOL0);
 593         }
 594         if (ir->epc == epcBERENDSEN)
 595         {
 596             state->flags  |= (1<<estBAROS_INT);
 597         }
 598     }
 599
 600     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 601     {
 602         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 603         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 604     }
 605
 606     if (ir->etc == etcVRESCALE || ir->etc == etcBERENDSEN)
 607     {
 608         state->flags |= (1<<estTHERM_INT);
 609     }
 610
 611     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 612     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 613
 614     if (ir->bExpanded)
 615     {
 616         snew(state->dfhist, 1);
 617         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 618     }
 619 }