src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 The GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "md_support.h"
  42
  43 #include <climits>
  44 #include <cmath>
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  50 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  51 #include "gromacs/math/utilities.h"
  52 #include "gromacs/math/vec.h"
  53 #include "gromacs/mdlib/coupling.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  57 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  59 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  66 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  67 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  68 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  69 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  70 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  71 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  72 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  73 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  74 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  75 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  76 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  77 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  78 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  79 #include "gromacs/utility/logger.h"
  80 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  81 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  82
  83 static void calc_ke_part_normal(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
  84                                 const t_grpopts*               opts,
  85                                 const t_mdatoms*               md,
  86                                 gmx_ekindata_t*                ekind,
  87                                 t_nrnb*                        nrnb,
  88                                 gmx_bool                       bEkinAveVel)
  89 {
  90     int                         g;
  91     gmx::ArrayRef<t_grp_tcstat> tcstat = ekind->tcstat;
  92
  93     /* three main: VV with AveVel, vv with AveEkin, leap with AveEkin.  Leap with AveVel is also
  94        an option, but not supported now.
  95        bEkinAveVel: If TRUE, we sum into ekin, if FALSE, into ekinh.
  96      */
  97
  98     // Now accumulate the partial global and groups ekin.
  99     for (g = 0; (g < opts->ngtc); g++)
 100     {
 101         copy_mat(tcstat[g].ekinh, tcstat[g].ekinh_old);
 102         if (bEkinAveVel)
 103         {
 104             clear_mat(tcstat[g].ekinf);
 105             tcstat[g].ekinscalef_nhc = 1.0; /* need to clear this -- logic is complicated! */
 106         }
 107         else
 108         {
 109             clear_mat(tcstat[g].ekinh);
 110         }
 111     }
 112     ekind->dekindl_old = ekind->dekindl;
 113     int nthread        = gmx_omp_nthreads_get(emntUpdate);
 114
 115 #pragma omp parallel for num_threads(nthread) schedule(static)
 116     for (int thread = 0; thread < nthread; thread++)
 117     {
 118         // This OpenMP only loops over arrays and does not call any functions
 119         // or memory allocation. It should not be able to throw, so for now
 120         // we do not need a try/catch wrapper.
 121         int     start_t, end_t, n;
 122         int     gt;
 123         real    hm;
 124         int     d, m;
 125         matrix* ekin_sum;
 126         real*   dekindl_sum;
 127
 128         start_t = ((thread + 0) * md->homenr) / nthread;
 129         end_t   = ((thread + 1) * md->homenr) / nthread;
 130
 131         ekin_sum    = ekind->ekin_work[thread];
 132         dekindl_sum = ekind->dekindl_work[thread];
 133
 134         for (gt = 0; gt < opts->ngtc; gt++)
 135         {
 136             clear_mat(ekin_sum[gt]);
 137         }
 138         *dekindl_sum = 0.0;
 139
 140         gt = 0;
 141         for (n = start_t; n < end_t; n++)
 142         {
 143             if (md->cTC)
 144             {
 145                 gt = md->cTC[n];
 146             }
 147             hm = 0.5 * md->massT[n];
 148
 149             for (d = 0; (d < DIM); d++)
 150             {
 151                 for (m = 0; (m < DIM); m++)
 152                 {
 153                     /* if we're computing a full step velocity, v[d] has v(t).  Otherwise, v(t+dt/2) */
 154                     ekin_sum[gt][m][d] += hm * v[n][m] * v[n][d];
 155                 }
 156             }
 157             if (md->nMassPerturbed && md->bPerturbed[n])
 158             {
 159                 *dekindl_sum += 0.5 * (md->massB[n] - md->massA[n]) * iprod(v[n], v[n]);
 160             }
 161         }
 162     }
 163
 164     ekind->dekindl = 0;
 165     for (int thread = 0; thread < nthread; thread++)
 166     {
 167         for (g = 0; g < opts->ngtc; g++)
 168         {
 169             if (bEkinAveVel)
 170             {
 171                 m_add(tcstat[g].ekinf, ekind->ekin_work[thread][g], tcstat[g].ekinf);
 172             }
 173             else
 174             {
 175                 m_add(tcstat[g].ekinh, ekind->ekin_work[thread][g], tcstat[g].ekinh);
 176             }
 177         }
 178
 179         ekind->dekindl += *ekind->dekindl_work[thread];
 180     }
 181
 182     inc_nrnb(nrnb, eNR_EKIN, md->homenr);
 183 }
 184
 185 static void calc_ke_part_visc(const matrix                   box,
 186                               gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 187                               gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 188                               const t_grpopts*               opts,
 189                               const t_mdatoms*               md,
 190                               gmx_ekindata_t*                ekind,
 191                               t_nrnb*                        nrnb,
 192                               gmx_bool                       bEkinAveVel)
 193 {
 194     int                         start = 0, homenr = md->homenr;
 195     int                         g, d, n, m, gt = 0;
 196     rvec                        v_corrt;
 197     real                        hm;
 198     gmx::ArrayRef<t_grp_tcstat> tcstat = ekind->tcstat;
 199     t_cos_acc*                  cosacc = &(ekind->cosacc);
 200     real                        dekindl;
 201     real                        fac, cosz;
 202     double                      mvcos;
 203
 204     for (g = 0; g < opts->ngtc; g++)
 205     {
 206         copy_mat(ekind->tcstat[g].ekinh, ekind->tcstat[g].ekinh_old);
 207         clear_mat(ekind->tcstat[g].ekinh);
 208     }
 209     ekind->dekindl_old = ekind->dekindl;
 210
 211     fac     = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 212     mvcos   = 0;
 213     dekindl = 0;
 214     for (n = start; n < start + homenr; n++)
 215     {
 216         if (md->cTC)
 217         {
 218             gt = md->cTC[n];
 219         }
 220         hm = 0.5 * md->massT[n];
 221
 222         /* Note that the times of x and v differ by half a step */
 223         /* MRS -- would have to be changed for VV */
 224         cosz = std::cos(fac * x[n][ZZ]);
 225         /* Calculate the amplitude of the new velocity profile */
 226         mvcos += 2 * cosz * md->massT[n] * v[n][XX];
 227
 228         copy_rvec(v[n], v_corrt);
 229         /* Subtract the profile for the kinetic energy */
 230         v_corrt[XX] -= cosz * cosacc->vcos;
 231         for (d = 0; (d < DIM); d++)
 232         {
 233             for (m = 0; (m < DIM); m++)
 234             {
 235                 /* if we're computing a full step velocity, v_corrt[d] has v(t).  Otherwise, v(t+dt/2) */
 236                 if (bEkinAveVel)
 237                 {
 238                     tcstat[gt].ekinf[m][d] += hm * v_corrt[m] * v_corrt[d];
 239                 }
 240                 else
 241                 {
 242                     tcstat[gt].ekinh[m][d] += hm * v_corrt[m] * v_corrt[d];
 243                 }
 244             }
 245         }
 246         if (md->nPerturbed && md->bPerturbed[n])
 247         {
 248             /* The minus sign here might be confusing.
 249              * The kinetic contribution from dH/dl doesn't come from
 250              * d m(l)/2 v^2 / dl, but rather from d p^2/2m(l) / dl,
 251              * where p are the momenta. The difference is only a minus sign.
 252              */
 253             dekindl -= 0.5 * (md->massB[n] - md->massA[n]) * iprod(v_corrt, v_corrt);
 254         }
 255     }
 256     ekind->dekindl = dekindl;
 257     cosacc->mvcos  = mvcos;
 258
 259     inc_nrnb(nrnb, eNR_EKIN, homenr);
 260 }
 261
 262 static void calc_ke_part(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 263                          gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 264                          const matrix                   box,
 265                          const t_grpopts*               opts,
 266                          const t_mdatoms*               md,
 267                          gmx_ekindata_t*                ekind,
 268                          t_nrnb*                        nrnb,
 269                          gmx_bool                       bEkinAveVel)
 270 {
 271     if (ekind->cosacc.cos_accel == 0)
 272     {
 273         calc_ke_part_normal(v, opts, md, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 274     }
 275     else
 276     {
 277         calc_ke_part_visc(box, x, v, opts, md, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 278     }
 279 }
 280
 281 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 282    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 283 void compute_globals(gmx_global_stat*               gstat,
 284                      t_commrec*                     cr,
 285                      const t_inputrec*              ir,
 286                      t_forcerec*                    fr,
 287                      gmx_ekindata_t*                ekind,
 288                      gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 289                      gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 290                      const matrix                   box,
 291                      const t_mdatoms*               mdatoms,
 292                      t_nrnb*                        nrnb,
 293                      t_vcm*                         vcm,
 294                      gmx_wallcycle_t                wcycle,
 295                      gmx_enerdata_t*                enerd,
 296                      tensor                         force_vir,
 297                      tensor                         shake_vir,
 298                      tensor                         total_vir,
 299                      tensor                         pres,
 300                      gmx::ArrayRef<real>            constraintsRmsdData,
 301                      gmx::SimulationSignaller*      signalCoordinator,
 302                      const matrix                   lastbox,
 303                      int*                           totalNumberOfBondedInteractions,
 304                      gmx_bool*                      bSumEkinhOld,
 305                      const int                      flags)
 306 {
 307     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 308     gmx_bool bStopCM, bGStat, bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 309     gmx_bool bCheckNumberOfBondedInteractions;
 310     real     dvdl_ekin;
 311
 312     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 313     bStopCM                          = ((flags & CGLO_STOPCM) != 0);
 314     bGStat                           = ((flags & CGLO_GSTAT) != 0);
 315     bReadEkin                        = ((flags & CGLO_READEKIN) != 0);
 316     bScaleEkin                       = ((flags & CGLO_SCALEEKIN) != 0);
 317     bEner                            = ((flags & CGLO_ENERGY) != 0);
 318     bTemp                            = ((flags & CGLO_TEMPERATURE) != 0);
 319     bPres                            = ((flags & CGLO_PRESSURE) != 0);
 320     bConstrain                       = ((flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0);
 321     bCheckNumberOfBondedInteractions = ((flags & CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS) != 0);
 322
 323     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 324        or half step where we need the pressure */
 325
 326     bEkinAveVel = (ir->eI == eiVV || (ir->eI == eiVVAK && bPres) || bReadEkin);
 327
 328     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 329        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 330
 331     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 332
 333     if (bTemp)
 334     {
 335         if (!bReadEkin)
 336         {
 337             calc_ke_part(x, v, box, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 338         }
 339     }
 340
 341     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 342     if (bStopCM)
 343     {
 344         calc_vcm_grp(*mdatoms, x, v, vcm);
 345     }
 346
 347     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain || bCheckNumberOfBondedInteractions)
 348     {
 349         if (!bGStat)
 350         {
 351             /* We will not sum ekinh_old,
 352              * so signal that we still have to do it.
 353              */
 354             *bSumEkinhOld = TRUE;
 355         }
 356         else
 357         {
 358             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 359             if (PAR(cr))
 360             {
 361                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 362                 global_stat(gstat,
 363                             cr,
 364                             enerd,
 365                             force_vir,
 366                             shake_vir,
 367                             ir,
 368                             ekind,
 369                             constraintsRmsdData,
 370                             bStopCM ? vcm : nullptr,
 371                             signalBuffer.size(),
 372                             signalBuffer.data(),
 373                             totalNumberOfBondedInteractions,
 374                             *bSumEkinhOld,
 375                             flags);
 376                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 377             }
 378             signalCoordinator->finalizeSignals();
 379             *bSumEkinhOld = FALSE;
 380         }
 381     }
 382
 383     if (bEner)
 384     {
 385         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 386         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos / mdatoms->tmass;
 387     }
 388
 389     if (bTemp)
 390     {
 391         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 392         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 393         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 394            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 395            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 396            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 397          */
 398         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin, bEkinAveVel, bScaleEkin);
 399         enerd->dvdl_lin[efptMASS] = static_cast<double>(dvdl_ekin);
 400
 401         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 402     }
 403
 404     /* ########## Now pressure ############## */
 405     // TODO: For the VV integrator bConstrain is needed in the conditional. This is confusing, so get rid of this.
 406     if (bPres || bConstrain)
 407     {
 408         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 409
 410         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 411          * Use the box from last timestep since we already called update().
 412          */
 413
 414         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->pbcType, ir->nwall, lastbox, ekind->ekin, total_vir, pres);
 415     }
 416 }
 417
 418 static void min_zero(int* n, int i)
 419 {
 420     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 421     {
 422         *n = i;
 423     }
 424 }
 425
 426 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 427 {
 428     int nst;
 429
 430     nst = 0;
 431     min_zero(&nst, i1);
 432     min_zero(&nst, i2);
 433     min_zero(&nst, i3);
 434     min_zero(&nst, i4);
 435     if (nst == 0)
 436     {
 437         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 438     }
 439
 440     while (nst > 1
 441            && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0) || (i2 > 0 && i2 % nst != 0) || (i3 > 0 && i3 % nst != 0)
 442                || (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 443     {
 444         nst--;
 445     }
 446
 447     return nst;
 448 }
 449
 450 int computeGlobalCommunicationPeriod(const t_inputrec* ir)
 451 {
 452     int nstglobalcomm = 10;
 453     {
 454         // Set up the default behaviour
 455         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 || ir->nstlist > 0 || ir->etc != TemperatureCoupling::No
 456               || ir->epc != PressureCoupling::No))
 457         {
 458             /* The user didn't choose the period for anything
 459                important, so we just make sure we can send signals and
 460                write output suitably. */
 461             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 462             {
 463                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 464             }
 465         }
 466         else
 467         {
 468             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 469              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 470              * for (possibly) each of the four parts that care.
 471              *
 472              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 473              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 474              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 475              * nstlist when we remove the group scheme?
 476              */
 477             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 478                                  ir->nstlist,
 479                                  ir->etc != TemperatureCoupling::No ? ir->nsttcouple : 0,
 480                                  ir->epc != PressureCoupling::No ? ir->nstpcouple : 0);
 481         }
 482     }
 483     return nstglobalcomm;
 484 }
 485
 486 int computeGlobalCommunicationPeriod(const gmx::MDLogger& mdlog, const t_inputrec* ir, const t_commrec* cr)
 487 {
 488     const int nstglobalcomm = computeGlobalCommunicationPeriod(ir);
 489
 490     if (cr->nnodes > 1)
 491     {
 492         GMX_LOG(mdlog.info)
 493                 .appendTextFormatted("Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n",
 494                                      nstglobalcomm);
 495     }
 496     return nstglobalcomm;
 497 }
 498
 499 void rerun_parallel_comm(t_commrec* cr, t_trxframe* fr, gmx_bool* bLastStep)
 500 {
 501     rvec *xp, *vp;
 502
 503     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 504     {
 505         fr->natoms = -1;
 506     }
 507     xp = fr->x;
 508     vp = fr->v;
 509     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr->mpi_comm_mygroup);
 510     fr->x = xp;
 511     fr->v = vp;
 512
 513     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 514 }
 515
 516 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 517 void set_state_entries(t_state* state, const t_inputrec* ir, bool useModularSimulator)
 518 {
 519     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 520      * with what is needed, so we correct this here.
 521      */
 522     state->flags = 0;
 523     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
 524     {
 525         state->flags |= (1 << estLAMBDA);
 526         state->flags |= (1 << estFEPSTATE);
 527     }
 528     state->flags |= (1 << estX);
 529     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() == state->natoms,
 530                        "We should start a run with an initialized state->x");
 531     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 532     {
 533         state->flags |= (1 << estV);
 534     }
 535
 536     state->nnhpres = 0;
 537     if (ir->pbcType != PbcType::No)
 538     {
 539         state->flags |= (1 << estBOX);
 540         if (inputrecPreserveShape(ir))
 541         {
 542             state->flags |= (1 << estBOX_REL);
 543         }
 544         if ((ir->epc == PressureCoupling::ParrinelloRahman) || (ir->epc == PressureCoupling::Mttk))
 545         {
 546             state->flags |= (1 << estBOXV);
 547             if (!useModularSimulator)
 548             {
 549                 state->flags |= (1 << estPRES_PREV);
 550             }
 551         }
 552         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 553         {
 554             state->nnhpres = 1;
 555             state->flags |= (1 << estNHPRES_XI);
 556             state->flags |= (1 << estNHPRES_VXI);
 557             state->flags |= (1 << estSVIR_PREV);
 558             state->flags |= (1 << estFVIR_PREV);
 559             state->flags |= (1 << estVETA);
 560             state->flags |= (1 << estVOL0);
 561         }
 562         if (ir->epc == PressureCoupling::Berendsen || ir->epc == PressureCoupling::CRescale)
 563         {
 564             state->flags |= (1 << estBAROS_INT);
 565         }
 566     }
 567
 568     if (ir->etc == TemperatureCoupling::NoseHoover)
 569     {
 570         state->flags |= (1 << estNH_XI);
 571         state->flags |= (1 << estNH_VXI);
 572     }
 573
 574     if (ir->etc == TemperatureCoupling::VRescale || ir->etc == TemperatureCoupling::Berendsen)
 575     {
 576         state->flags |= (1 << estTHERM_INT);
 577     }
 578
 579     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 580     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 581
 582     if (ir->bExpanded)
 583     {
 584         snew(state->dfhist, 1);
 585         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 586     }
 587
 588     if (ir->pull && ir->pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 589     {
 590         state->flags |= (1 << estPULLCOMPREVSTEP);
 591     }
 592 }