src/gromacs/mdlib/md_support.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 The GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "md_support.h"
  42
  43 #include <climits>
  44 #include <cmath>
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  49 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  50 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  51 #include "gromacs/math/units.h"
  52 #include "gromacs/math/utilities.h"
  53 #include "gromacs/math/vec.h"
  54 #include "gromacs/mdlib/coupling.h"
  55 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  56 #include "gromacs/mdlib/simulationsignal.h"
  57 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/tgroup.h"
  59 #include "gromacs/mdlib/update.h"
  60 #include "gromacs/mdlib/vcm.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/df_history.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/enerdata.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/energyhistory.h"
  65 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  66 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  67 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  68 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  69 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  70 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  71 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  72 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  73 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  74 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  75 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  76 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  77 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  78 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  79 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  80 #include "gromacs/utility/logger.h"
  81 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  82 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  83
  84 static void calc_ke_part_normal(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
  85                                 const t_grpopts*               opts,
  86                                 const t_mdatoms*               md,
  87                                 gmx_ekindata_t*                ekind,
  88                                 t_nrnb*                        nrnb,
  89                                 gmx_bool                       bEkinAveVel)
  90 {
  91     int                         g;
  92     gmx::ArrayRef<t_grp_tcstat> tcstat = ekind->tcstat;
  93
  94     /* three main: VV with AveVel, vv with AveEkin, leap with AveEkin.  Leap with AveVel is also
  95        an option, but not supported now.
  96        bEkinAveVel: If TRUE, we sum into ekin, if FALSE, into ekinh.
  97      */
  98
  99     // Now accumulate the partial global and groups ekin.
 100     for (g = 0; (g < opts->ngtc); g++)
 101     {
 102         copy_mat(tcstat[g].ekinh, tcstat[g].ekinh_old);
 103         if (bEkinAveVel)
 104         {
 105             clear_mat(tcstat[g].ekinf);
 106             tcstat[g].ekinscalef_nhc = 1.0; /* need to clear this -- logic is complicated! */
 107         }
 108         else
 109         {
 110             clear_mat(tcstat[g].ekinh);
 111         }
 112     }
 113     ekind->dekindl_old = ekind->dekindl;
 114     int nthread        = gmx_omp_nthreads_get(emntUpdate);
 115
 116 #pragma omp parallel for num_threads(nthread) schedule(static)
 117     for (int thread = 0; thread < nthread; thread++)
 118     {
 119         // This OpenMP only loops over arrays and does not call any functions
 120         // or memory allocation. It should not be able to throw, so for now
 121         // we do not need a try/catch wrapper.
 122         int     start_t, end_t, n;
 123         int     gt;
 124         real    hm;
 125         int     d, m;
 126         matrix* ekin_sum;
 127         real*   dekindl_sum;
 128
 129         start_t = ((thread + 0) * md->homenr) / nthread;
 130         end_t   = ((thread + 1) * md->homenr) / nthread;
 131
 132         ekin_sum    = ekind->ekin_work[thread];
 133         dekindl_sum = ekind->dekindl_work[thread];
 134
 135         for (gt = 0; gt < opts->ngtc; gt++)
 136         {
 137             clear_mat(ekin_sum[gt]);
 138         }
 139         *dekindl_sum = 0.0;
 140
 141         gt = 0;
 142         for (n = start_t; n < end_t; n++)
 143         {
 144             if (md->cTC)
 145             {
 146                 gt = md->cTC[n];
 147             }
 148             hm = 0.5 * md->massT[n];
 149
 150             for (d = 0; (d < DIM); d++)
 151             {
 152                 for (m = 0; (m < DIM); m++)
 153                 {
 154                     /* if we're computing a full step velocity, v[d] has v(t).  Otherwise, v(t+dt/2) */
 155                     ekin_sum[gt][m][d] += hm * v[n][m] * v[n][d];
 156                 }
 157             }
 158             if (md->nMassPerturbed && md->bPerturbed[n])
 159             {
 160                 *dekindl_sum += 0.5 * (md->massB[n] - md->massA[n]) * iprod(v[n], v[n]);
 161             }
 162         }
 163     }
 164
 165     ekind->dekindl = 0;
 166     for (int thread = 0; thread < nthread; thread++)
 167     {
 168         for (g = 0; g < opts->ngtc; g++)
 169         {
 170             if (bEkinAveVel)
 171             {
 172                 m_add(tcstat[g].ekinf, ekind->ekin_work[thread][g], tcstat[g].ekinf);
 173             }
 174             else
 175             {
 176                 m_add(tcstat[g].ekinh, ekind->ekin_work[thread][g], tcstat[g].ekinh);
 177             }
 178         }
 179
 180         ekind->dekindl += *ekind->dekindl_work[thread];
 181     }
 182
 183     inc_nrnb(nrnb, eNR_EKIN, md->homenr);
 184 }
 185
 186 static void calc_ke_part_visc(const matrix                   box,
 187                               gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 188                               gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 189                               const t_grpopts*               opts,
 190                               const t_mdatoms*               md,
 191                               gmx_ekindata_t*                ekind,
 192                               t_nrnb*                        nrnb,
 193                               gmx_bool                       bEkinAveVel)
 194 {
 195     int                         start = 0, homenr = md->homenr;
 196     int                         g, d, n, m, gt = 0;
 197     rvec                        v_corrt;
 198     real                        hm;
 199     gmx::ArrayRef<t_grp_tcstat> tcstat = ekind->tcstat;
 200     t_cos_acc*                  cosacc = &(ekind->cosacc);
 201     real                        dekindl;
 202     real                        fac, cosz;
 203     double                      mvcos;
 204
 205     for (g = 0; g < opts->ngtc; g++)
 206     {
 207         copy_mat(ekind->tcstat[g].ekinh, ekind->tcstat[g].ekinh_old);
 208         clear_mat(ekind->tcstat[g].ekinh);
 209     }
 210     ekind->dekindl_old = ekind->dekindl;
 211
 212     fac     = 2 * M_PI / box[ZZ][ZZ];
 213     mvcos   = 0;
 214     dekindl = 0;
 215     for (n = start; n < start + homenr; n++)
 216     {
 217         if (md->cTC)
 218         {
 219             gt = md->cTC[n];
 220         }
 221         hm = 0.5 * md->massT[n];
 222
 223         /* Note that the times of x and v differ by half a step */
 224         /* MRS -- would have to be changed for VV */
 225         cosz = std::cos(fac * x[n][ZZ]);
 226         /* Calculate the amplitude of the new velocity profile */
 227         mvcos += 2 * cosz * md->massT[n] * v[n][XX];
 228
 229         copy_rvec(v[n], v_corrt);
 230         /* Subtract the profile for the kinetic energy */
 231         v_corrt[XX] -= cosz * cosacc->vcos;
 232         for (d = 0; (d < DIM); d++)
 233         {
 234             for (m = 0; (m < DIM); m++)
 235             {
 236                 /* if we're computing a full step velocity, v_corrt[d] has v(t).  Otherwise, v(t+dt/2) */
 237                 if (bEkinAveVel)
 238                 {
 239                     tcstat[gt].ekinf[m][d] += hm * v_corrt[m] * v_corrt[d];
 240                 }
 241                 else
 242                 {
 243                     tcstat[gt].ekinh[m][d] += hm * v_corrt[m] * v_corrt[d];
 244                 }
 245             }
 246         }
 247         if (md->nPerturbed && md->bPerturbed[n])
 248         {
 249             /* The minus sign here might be confusing.
 250              * The kinetic contribution from dH/dl doesn't come from
 251              * d m(l)/2 v^2 / dl, but rather from d p^2/2m(l) / dl,
 252              * where p are the momenta. The difference is only a minus sign.
 253              */
 254             dekindl -= 0.5 * (md->massB[n] - md->massA[n]) * iprod(v_corrt, v_corrt);
 255         }
 256     }
 257     ekind->dekindl = dekindl;
 258     cosacc->mvcos  = mvcos;
 259
 260     inc_nrnb(nrnb, eNR_EKIN, homenr);
 261 }
 262
 263 static void calc_ke_part(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 264                          gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 265                          const matrix                   box,
 266                          const t_grpopts*               opts,
 267                          const t_mdatoms*               md,
 268                          gmx_ekindata_t*                ekind,
 269                          t_nrnb*                        nrnb,
 270                          gmx_bool                       bEkinAveVel)
 271 {
 272     if (ekind->cosacc.cos_accel == 0)
 273     {
 274         calc_ke_part_normal(v, opts, md, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 275     }
 276     else
 277     {
 278         calc_ke_part_visc(box, x, v, opts, md, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 279     }
 280 }
 281
 282 /* TODO Specialize this routine into init-time and loop-time versions?
 283    e.g. bReadEkin is only true when restoring from checkpoint */
 284 void compute_globals(gmx_global_stat*               gstat,
 285                      t_commrec*                     cr,
 286                      const t_inputrec*              ir,
 287                      t_forcerec*                    fr,
 288                      gmx_ekindata_t*                ekind,
 289                      gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 290                      gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> v,
 291                      const matrix                   box,
 292                      const t_mdatoms*               mdatoms,
 293                      t_nrnb*                        nrnb,
 294                      t_vcm*                         vcm,
 295                      gmx_wallcycle_t                wcycle,
 296                      gmx_enerdata_t*                enerd,
 297                      tensor                         force_vir,
 298                      tensor                         shake_vir,
 299                      tensor                         total_vir,
 300                      tensor                         pres,
 301                      gmx::ArrayRef<real>            constraintsRmsdData,
 302                      gmx::SimulationSignaller*      signalCoordinator,
 303                      const matrix                   lastbox,
 304                      int*                           totalNumberOfBondedInteractions,
 305                      gmx_bool*                      bSumEkinhOld,
 306                      const int                      flags)
 307 {
 308     gmx_bool bEner, bPres, bTemp;
 309     gmx_bool bStopCM, bGStat, bReadEkin, bEkinAveVel, bScaleEkin, bConstrain;
 310     gmx_bool bCheckNumberOfBondedInteractions;
 311     real     dvdl_ekin;
 312
 313     /* translate CGLO flags to gmx_booleans */
 314     bStopCM                          = ((flags & CGLO_STOPCM) != 0);
 315     bGStat                           = ((flags & CGLO_GSTAT) != 0);
 316     bReadEkin                        = ((flags & CGLO_READEKIN) != 0);
 317     bScaleEkin                       = ((flags & CGLO_SCALEEKIN) != 0);
 318     bEner                            = ((flags & CGLO_ENERGY) != 0);
 319     bTemp                            = ((flags & CGLO_TEMPERATURE) != 0);
 320     bPres                            = ((flags & CGLO_PRESSURE) != 0);
 321     bConstrain                       = ((flags & CGLO_CONSTRAINT) != 0);
 322     bCheckNumberOfBondedInteractions = ((flags & CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS) != 0);
 323
 324     /* we calculate a full state kinetic energy either with full-step velocity verlet
 325        or half step where we need the pressure */
 326
 327     bEkinAveVel = (ir->eI == IntegrationAlgorithm::VV
 328                    || (ir->eI == IntegrationAlgorithm::VVAK && bPres) || bReadEkin);
 329
 330     /* in initalization, it sums the shake virial in vv, and to
 331        sums ekinh_old in leapfrog (or if we are calculating ekinh_old) for other reasons */
 332
 333     /* ########## Kinetic energy  ############## */
 334
 335     if (bTemp)
 336     {
 337         if (!bReadEkin)
 338         {
 339             calc_ke_part(x, v, box, &(ir->opts), mdatoms, ekind, nrnb, bEkinAveVel);
 340         }
 341     }
 342
 343     /* Calculate center of mass velocity if necessary, also parallellized */
 344     if (bStopCM)
 345     {
 346         calc_vcm_grp(*mdatoms, x, v, vcm);
 347     }
 348
 349     if (bTemp || bStopCM || bPres || bEner || bConstrain || bCheckNumberOfBondedInteractions)
 350     {
 351         if (!bGStat)
 352         {
 353             /* We will not sum ekinh_old,
 354              * so signal that we still have to do it.
 355              */
 356             *bSumEkinhOld = TRUE;
 357         }
 358         else
 359         {
 360             gmx::ArrayRef<real> signalBuffer = signalCoordinator->getCommunicationBuffer();
 361             if (PAR(cr))
 362             {
 363                 wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 364                 global_stat(gstat,
 365                             cr,
 366                             enerd,
 367                             force_vir,
 368                             shake_vir,
 369                             ir,
 370                             ekind,
 371                             constraintsRmsdData,
 372                             bStopCM ? vcm : nullptr,
 373                             signalBuffer.size(),
 374                             signalBuffer.data(),
 375                             totalNumberOfBondedInteractions,
 376                             *bSumEkinhOld,
 377                             flags);
 378                 wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 379             }
 380             signalCoordinator->finalizeSignals();
 381             *bSumEkinhOld = FALSE;
 382         }
 383     }
 384
 385     if (bEner)
 386     {
 387         /* Calculate the amplitude of the cosine velocity profile */
 388         ekind->cosacc.vcos = ekind->cosacc.mvcos / mdatoms->tmass;
 389     }
 390
 391     if (bTemp)
 392     {
 393         /* Sum the kinetic energies of the groups & calc temp */
 394         /* compute full step kinetic energies if vv, or if vv-avek and we are computing the pressure with inputrecNptTrotter */
 395         /* three maincase:  VV with AveVel (md-vv), vv with AveEkin (md-vv-avek), leap with AveEkin (md).
 396            Leap with AveVel is not supported; it's not clear that it will actually work.
 397            bEkinAveVel: If TRUE, we simply multiply ekin by ekinscale to get a full step kinetic energy.
 398            If FALSE, we average ekinh_old and ekinh*ekinscale_nhc to get an averaged half step kinetic energy.
 399          */
 400         enerd->term[F_TEMP] = sum_ekin(&(ir->opts), ekind, &dvdl_ekin, bEkinAveVel, bScaleEkin);
 401         enerd->dvdl_lin[FreeEnergyPerturbationCouplingType::Mass] = static_cast<double>(dvdl_ekin);
 402
 403         enerd->term[F_EKIN] = trace(ekind->ekin);
 404     }
 405
 406     /* ########## Now pressure ############## */
 407     // TODO: For the VV integrator bConstrain is needed in the conditional. This is confusing, so get rid of this.
 408     if (bPres || bConstrain)
 409     {
 410         m_add(force_vir, shake_vir, total_vir);
 411
 412         /* Calculate pressure and apply LR correction if PPPM is used.
 413          * Use the box from last timestep since we already called update().
 414          */
 415
 416         enerd->term[F_PRES] = calc_pres(fr->pbcType, ir->nwall, lastbox, ekind->ekin, total_vir, pres);
 417     }
 418 }
 419
 420 static void min_zero(int* n, int i)
 421 {
 422     if (i > 0 && (*n == 0 || i < *n))
 423     {
 424         *n = i;
 425     }
 426 }
 427
 428 static int lcd4(int i1, int i2, int i3, int i4)
 429 {
 430     int nst;
 431
 432     nst = 0;
 433     min_zero(&nst, i1);
 434     min_zero(&nst, i2);
 435     min_zero(&nst, i3);
 436     min_zero(&nst, i4);
 437     if (nst == 0)
 438     {
 439         gmx_incons("All 4 inputs for determining nstglobalcomm are <= 0");
 440     }
 441
 442     while (nst > 1
 443            && ((i1 > 0 && i1 % nst != 0) || (i2 > 0 && i2 % nst != 0) || (i3 > 0 && i3 % nst != 0)
 444                || (i4 > 0 && i4 % nst != 0)))
 445     {
 446         nst--;
 447     }
 448
 449     return nst;
 450 }
 451
 452 int computeGlobalCommunicationPeriod(const t_inputrec* ir)
 453 {
 454     int nstglobalcomm = 10;
 455     {
 456         // Set up the default behaviour
 457         if (!(ir->nstcalcenergy > 0 || ir->nstlist > 0 || ir->etc != TemperatureCoupling::No
 458               || ir->epc != PressureCoupling::No))
 459         {
 460             /* The user didn't choose the period for anything
 461                important, so we just make sure we can send signals and
 462                write output suitably. */
 463             if (ir->nstenergy > 0 && ir->nstenergy < nstglobalcomm)
 464             {
 465                 nstglobalcomm = ir->nstenergy;
 466             }
 467         }
 468         else
 469         {
 470             /* The user has made a choice (perhaps implicitly), so we
 471              * ensure that we do timely intra-simulation communication
 472              * for (possibly) each of the four parts that care.
 473              *
 474              * TODO Does the Verlet scheme (+ DD) need any
 475              * communication at nstlist steps? Is the use of nstlist
 476              * here a leftover of the twin-range scheme? Can we remove
 477              * nstlist when we remove the group scheme?
 478              */
 479             nstglobalcomm = lcd4(ir->nstcalcenergy,
 480                                  ir->nstlist,
 481                                  ir->etc != TemperatureCoupling::No ? ir->nsttcouple : 0,
 482                                  ir->epc != PressureCoupling::No ? ir->nstpcouple : 0);
 483         }
 484     }
 485     return nstglobalcomm;
 486 }
 487
 488 int computeGlobalCommunicationPeriod(const gmx::MDLogger& mdlog, const t_inputrec* ir, const t_commrec* cr)
 489 {
 490     const int nstglobalcomm = computeGlobalCommunicationPeriod(ir);
 491
 492     if (cr->nnodes > 1)
 493     {
 494         GMX_LOG(mdlog.info)
 495                 .appendTextFormatted("Intra-simulation communication will occur every %d steps.\n",
 496                                      nstglobalcomm);
 497     }
 498     return nstglobalcomm;
 499 }
 500
 501 void rerun_parallel_comm(t_commrec* cr, t_trxframe* fr, gmx_bool* bLastStep)
 502 {
 503     rvec *xp, *vp;
 504
 505     if (MASTER(cr) && *bLastStep)
 506     {
 507         fr->natoms = -1;
 508     }
 509     xp = fr->x;
 510     vp = fr->v;
 511     gmx_bcast(sizeof(*fr), fr, cr->mpi_comm_mygroup);
 512     fr->x = xp;
 513     fr->v = vp;
 514
 515     *bLastStep = (fr->natoms < 0);
 516 }
 517
 518 // TODO Most of this logic seems to belong in the respective modules
 519 void set_state_entries(t_state* state, const t_inputrec* ir, bool useModularSimulator)
 520 {
 521     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
 522      * with what is needed, so we correct this here.
 523      */
 524     state->flags = 0;
 525     if (ir->efep != FreeEnergyPerturbationType::No || ir->bExpanded)
 526     {
 527         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Lambda);
 528         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::FepState);
 529     }
 530     state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::X);
 531     GMX_RELEASE_ASSERT(state->x.size() == state->natoms,
 532                        "We should start a run with an initialized state->x");
 533     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
 534     {
 535         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::V);
 536     }
 537
 538     state->nnhpres = 0;
 539     if (ir->pbcType != PbcType::No)
 540     {
 541         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Box);
 542         if (inputrecPreserveShape(ir))
 543         {
 544             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::BoxRel);
 545         }
 546         if ((ir->epc == PressureCoupling::ParrinelloRahman) || (ir->epc == PressureCoupling::Mttk))
 547         {
 548             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::BoxV);
 549             if (!useModularSimulator)
 550             {
 551                 state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::PressurePrevious);
 552             }
 553         }
 554         if (inputrecNptTrotter(ir) || (inputrecNphTrotter(ir)))
 555         {
 556             state->nnhpres = 1;
 557             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Nhpresxi);
 558             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Nhpresvxi);
 559             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::SVirPrev);
 560             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::FVirPrev);
 561             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Veta);
 562             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Vol0);
 563         }
 564         if (ir->epc == PressureCoupling::Berendsen || ir->epc == PressureCoupling::CRescale)
 565         {
 566             state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::BarosInt);
 567         }
 568     }
 569
 570     if (ir->etc == TemperatureCoupling::NoseHoover)
 571     {
 572         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Nhxi);
 573         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::Nhvxi);
 574     }
 575
 576     if (ir->etc == TemperatureCoupling::VRescale || ir->etc == TemperatureCoupling::Berendsen)
 577     {
 578         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::ThermInt);
 579     }
 580
 581     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 582     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 583
 584     if (ir->bExpanded)
 585     {
 586         snew(state->dfhist, 1);
 587         init_df_history(state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 588     }
 589
 590     if (ir->pull && ir->pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 591     {
 592         state->flags |= enumValueToBitMask(StateEntry::PullComPrevStep);
 593     }
 594 }