src/gromacs/mdlib/lincs_gpu.cuh

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  *
  37  * \brief Declares the class for GPU implementation of LINCS.
  38  *
  39  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_mdlib
  42  * \inlibraryapi
  43  */
  44 #ifndef GMX_MDLIB_LINCS_GPU_CUH
  45 #define GMX_MDLIB_LINCS_GPU_CUH
  46
  47 #include "gromacs/gpu_utils/device_context.h"
  48 #include "gromacs/gpu_utils/gputraits.cuh"
  49 #include "gromacs/mdlib/constr.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  51 #include "gromacs/pbcutil/pbc_aiuc.h"
  52 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  53
  54 class InteractionDefinitions;
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58
  59 /* \brief LINCS parameters and GPU pointers
  60  *
  61  * This is used to accumulate all the parameters and pointers so they can be passed
  62  * to the GPU as a single structure.
  63  *
  64  */
  65 struct LincsGpuKernelParameters
  66 {
  67     //! Periodic boundary data
  68     PbcAiuc pbcAiuc;
  69     //! Order of expansion when inverting the matrix
  70     int expansionOrder;
  71     //! Number of iterations used to correct the projection
  72     int numIterations;
  73     //! 1/mass for all atoms (GPU)
  74     float* d_inverseMasses;
  75     //! Scaled virial tensor (6 floats: [XX, XY, XZ, YY, YZ, ZZ], GPU)
  76     float* d_virialScaled;
  77     /*! \brief Total number of threads.
  78      *
  79      *  This covers all constraints and gaps in the ends of the thread blocks
  80      *  that are necessary to avoid inter-block synchronizations.
  81      *  Should be a multiple of block size (the last block is filled with dummy to the end).
  82      */
  83     int numConstraintsThreads;
  84     //! List of constrained atoms (GPU memory)
  85     int2* d_constraints;
  86     //! Equilibrium distances for the constraints (GPU)
  87     float* d_constraintsTargetLengths;
  88     //! Number of constraints, coupled with the current one (GPU)
  89     int* d_coupledConstraintsCounts;
  90     //! List of coupled with the current one (GPU)
  91     int* d_coupledConstraintsIndices;
  92     //! Elements of the coupling matrix.
  93     float* d_matrixA;
  94     //! Mass factors (GPU)
  95     float* d_massFactors;
  96 };
  97
  98 /*! \internal \brief Class with interfaces and data for GPU version of LINCS. */
  99 class LincsGpu
 100 {
 101
 102 public:
 103     /*! \brief Constructor.
 104      *
 105      * \param[in] numIterations    Number of iteration for the correction of the projection.
 106      * \param[in] expansionOrder   Order of the matrix inversion algorithm.
 107      * \param[in] deviceContext    Device context (dummy in CUDA).
 108      * \param[in] commandStream    Device command stream.
 109      */
 110     LincsGpu(int numIterations, int expansionOrder, const DeviceContext& deviceContext, CommandStream commandStream);
 111     /*! \brief Destructor.*/
 112     ~LincsGpu();
 113
 114     /*! \brief Apply LINCS.
 115      *
 116      * Applies LINCS to coordinates and velocities, stored on GPU.
 117      * The results are not automatically copied back to the CPU memory.
 118      * Method uses this class data structures which should be updated
 119      * when needed using set() method.
 120      *
 121      * \param[in]     d_x               Coordinates before timestep (in GPU memory)
 122      * \param[in,out] d_xp              Coordinates after timestep (in GPU memory). The
 123      *                                  resulting constrained coordinates will be saved here.
 124      * \param[in]     updateVelocities  If the velocities should be updated.
 125      * \param[in,out] d_v               Velocities to update (in GPU memory, can be nullptr
 126      *                                  if not updated)
 127      * \param[in]     invdt             Reciprocal timestep (to scale Lagrange
 128      *                                  multipliers when velocities are updated)
 129      * \param[in]     computeVirial     If virial should be updated.
 130      * \param[in,out] virialScaled      Scaled virial tensor to be updated.
 131      * \param[in]     pbcAiuc           PBC data.
 132      */
 133     void apply(const float3* d_x,
 134                float3*       d_xp,
 135                const bool    updateVelocities,
 136                float3*       d_v,
 137                const real    invdt,
 138                const bool    computeVirial,
 139                tensor        virialScaled,
 140                const PbcAiuc pbcAiuc);
 141
 142     /*! \brief
 143      * Update data-structures (e.g. after NB search step).
 144      *
 145      * Updates the constraints data and copies it to the GPU. Should be
 146      * called if the particles were sorted, redistributed between domains, etc.
 147      * This version uses common data formats so it can be called from anywhere
 148      * in the code. Does not recycle the data preparation routines from the CPU
 149      * version. Works only with simple case when all the constraints in idef are
 150      * are handled by a single GPU. Triangles are not handled as special case.
 151      *
 152      * Information about constraints is taken from:
 153      *     idef.il[F_CONSTR].iatoms  --- type (T) of constraint and two atom indexes (i1, i2)
 154      *     idef.iparams[T].constr.dA --- target length for constraint of type T
 155      * From t_mdatom, the code takes:
 156      *     md.invmass  --- array of inverse square root of masses for each atom in the system.
 157      *
 158      * \param[in] idef  Local topology data to get information on constraints from.
 159      * \param[in] md    Atoms data to get atom masses from.
 160      */
 161     void set(const InteractionDefinitions& idef, const t_mdatoms& md);
 162
 163     /*! \brief
 164      * Returns whether the maximum number of coupled constraints is supported
 165      * by the GPU LINCS code.
 166      *
 167      * \param[in] mtop The molecular topology
 168      */
 169     static bool isNumCoupledConstraintsSupported(const gmx_mtop_t& mtop);
 170
 171 private:
 172     //! Dummy GPU context object
 173     const DeviceContext& deviceContext_;
 174     //! GPU stream
 175     CommandStream commandStream_;
 176
 177     //! Parameters and pointers, passed to the GPU kernel
 178     LincsGpuKernelParameters kernelParams_;
 179
 180     //! Scaled virial tensor (6 floats: [XX, XY, XZ, YY, YZ, ZZ])
 181     std::vector<float> h_virialScaled_;
 182
 183     /*! \brief Maximum total number of constraints so far.
 184      *
 185      * If the new number of constraints is larger then previous maximum, the GPU data arrays are
 186      * reallocated.
 187      */
 188     int numConstraintsThreadsAlloc_;
 189
 190     /*! \brief Maximum total number of atoms so far.
 191      *
 192      * If the new number of atoms is larger then previous maximum, the GPU array with masses is
 193      * reallocated.
 194      */
 195     int numAtomsAlloc_;
 196 };
 197
 198 } // namespace gmx
 199
 200 #endif // GMX_MDLIB_LINCS_GPU_CUH