src/gromacs/mdlib/init.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "tpxio.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "vec.h"
  45 #include "main.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "gmx_fatal.h"
  48 #include "symtab.h"
  49 #include "txtdump.h"
  50 #include "mdatoms.h"
  51 #include "mdrun.h"
  52 #include "statutil.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "calcgrid.h"
  55 #include "gmx_random.h"
  56 #include "update.h"
  57 #include "mdebin.h"
  58
  59 #define BUFSIZE 256
  60
  61 #define NOT_FINISHED(l1,l2) \
  62   printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n",l1,l2,__FILE__)
  63
  64 static char *int_title(const char *title,int nodeid,char buf[], int size)
  65 {
  66   sprintf(buf,"%s (%d)",title,nodeid);
  67
  68   return buf;
  69 }
  70
  71 void set_state_entries(t_state *state,const t_inputrec *ir,int nnodes)
  72 {
  73   int nnhpres;
  74
  75   /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  76    * with what is needed, so we correct this here.
  77    */
  78   state->flags = 0;
  79   if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
  80   {
  81       state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  82       state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
  83   }
  84   state->flags |= (1<<estX);
  85   if (state->lambda==NULL)
  86     {
  87       snew(state->lambda,efptNR);
  88     }
  89   if (state->x == NULL)
  90     snew(state->x,state->nalloc);
  91   if (EI_DYNAMICS(ir->eI)) {
  92     state->flags |= (1<<estV);
  93     if (state->v == NULL)
  94       snew(state->v,state->nalloc);
  95   }
  96   if (ir->eI == eiSD2) {
  97     state->flags |= (1<<estSDX);
  98     if (state->sd_X == NULL) {
  99       /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 100       snew(state->sd_X,state->nalloc);
 101     }
 102   }
 103     if (ir->eI == eiCG)
 104     {
 105         state->flags |= (1<<estCGP);
 106         if (state->cg_p == NULL)
 107         {
 108             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 109             snew(state->cg_p,state->nalloc);
 110         }
 111     }
 112   if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD || ir->etc == etcVRESCALE) {
 113     state->nrng  = gmx_rng_n();
 114     state->nrngi = 1;
 115     if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD) {
 116       /* This will be correct later with DD */
 117       state->nrng  *= nnodes;
 118       state->nrngi *= nnodes;
 119     }
 120     state->flags |= ((1<<estLD_RNG) | (1<<estLD_RNGI));
 121     snew(state->ld_rng, state->nrng);
 122     snew(state->ld_rngi,state->nrngi);
 123   } else {
 124     state->nrng = 0;
 125   }
 126
 127   if (ir->bExpanded)
 128   {
 129       state->nmcrng  = gmx_rng_n();
 130       snew(state->mc_rng,state->nmcrng);
 131       snew(state->mc_rngi,1);
 132   }
 133
 134   state->nnhpres = 0;
 135   if (ir->ePBC != epbcNONE) {
 136       state->flags |= (1<<estBOX);
 137       if (PRESERVE_SHAPE(*ir)) {
 138           state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 139       }
 140       if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 141       {
 142           state->flags |= (1<<estBOXV);
 143       }
 144       if (ir->epc != epcNO)
 145       {
 146           if (IR_NPT_TROTTER(ir) || (IR_NPH_TROTTER(ir)))
 147           {
 148               state->nnhpres = 1;
 149               state->flags |= (1<<estNHPRES_XI);
 150               state->flags |= (1<<estNHPRES_VXI);
 151               state->flags |= (1<<estSVIR_PREV);
 152               state->flags |= (1<<estFVIR_PREV);
 153               state->flags |= (1<<estVETA);
 154               state->flags |= (1<<estVOL0);
 155           }
 156           else
 157           {
 158               state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 159           }
 160       }
 161   }
 162
 163   if (ir->etc == etcNOSEHOOVER) {
 164     state->flags |= (1<<estNH_XI);
 165     state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 166   }
 167
 168   if (ir->etc == etcVRESCALE) {
 169     state->flags |= (1<<estTC_INT);
 170   }
 171
 172   init_gtc_state(state,state->ngtc,state->nnhpres,ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 173   init_ekinstate(&state->ekinstate,ir);
 174
 175   init_energyhistory(&state->enerhist);
 176   init_df_history(&state->dfhist,ir->fepvals->n_lambda,ir->expandedvals->init_wl_delta);
 177 }
 178
 179
 180 void init_parallel(FILE *log, t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 181                    gmx_mtop_t *mtop)
 182 {
 183     bcast_ir_mtop(cr,inputrec,mtop);
 184
 185     if (inputrec->eI == eiBD || EI_SD(inputrec->eI)) {
 186         /* Make sure the random seeds are different on each node */
 187         inputrec->ld_seed += cr->nodeid;
 188     }
 189 }
 190
 191