src/gromacs/mdlib/init.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  48 #include "txtdump.h"
  49 #include "mdatoms.h"
  50 #include "mdrun.h"
  51 #include "names.h"
  52 #include "calcgrid.h"
  53 #include "update.h"
  54 #include "mdebin.h"
  55
  56 #define BUFSIZE 256
  57
  58 #define NOT_FINISHED(l1, l2) \
  59     printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n", l1, l2, __FILE__)
  60
  61 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
  62 {
  63     int nnhpres;
  64
  65     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  66      * with what is needed, so we correct this here.
  67      */
  68     state->flags = 0;
  69     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
  70     {
  71         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  72         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
  73     }
  74     state->flags |= (1<<estX);
  75     if (state->lambda == NULL)
  76     {
  77         snew(state->lambda, efptNR);
  78     }
  79     if (state->x == NULL)
  80     {
  81         snew(state->x, state->nalloc);
  82     }
  83     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
  84     {
  85         state->flags |= (1<<estV);
  86         if (state->v == NULL)
  87         {
  88             snew(state->v, state->nalloc);
  89         }
  90     }
  91     if (ir->eI == eiSD2)
  92     {
  93         state->flags |= (1<<estSDX);
  94         if (state->sd_X == NULL)
  95         {
  96             /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
  97             snew(state->sd_X, state->nalloc);
  98         }
  99     }
 100     if (ir->eI == eiCG)
 101     {
 102         state->flags |= (1<<estCGP);
 103         if (state->cg_p == NULL)
 104         {
 105             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 106             snew(state->cg_p, state->nalloc);
 107         }
 108     }
 109
 110     state->nnhpres = 0;
 111     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 112     {
 113         state->flags |= (1<<estBOX);
 114         if (PRESERVE_SHAPE(*ir))
 115         {
 116             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 117         }
 118         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 119         {
 120             state->flags |= (1<<estBOXV);
 121         }
 122         if (ir->epc != epcNO)
 123         {
 124             if (IR_NPT_TROTTER(ir) || (IR_NPH_TROTTER(ir)))
 125             {
 126                 state->nnhpres = 1;
 127                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 128                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 129                 state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 130                 state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 131                 state->flags  |= (1<<estVETA);
 132                 state->flags  |= (1<<estVOL0);
 133             }
 134             else
 135             {
 136                 state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 137             }
 138         }
 139     }
 140
 141     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 142     {
 143         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 144         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 145     }
 146
 147     if (ir->etc == etcVRESCALE)
 148     {
 149         state->flags |= (1<<estTC_INT);
 150     }
 151
 152     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 153     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 154
 155     init_energyhistory(&state->enerhist);
 156     init_df_history(&state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 157     state->swapstate.eSwapCoords = ir->eSwapCoords;
 158 }
 159
 160
 161 void init_parallel(t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 162                    gmx_mtop_t *mtop)
 163 {
 164     bcast_ir_mtop(cr, inputrec, mtop);
 165 }