src/gromacs/mdlib/init.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "vec.h"
  45 #include "main.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "gmx_fatal.h"
  48 #include "symtab.h"
  49 #include "txtdump.h"
  50 #include "mdatoms.h"
  51 #include "mdrun.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "calcgrid.h"
  54 #include "gmx_random.h"
  55 #include "update.h"
  56 #include "mdebin.h"
  57
  58 #define BUFSIZE 256
  59
  60 #define NOT_FINISHED(l1, l2) \
  61     printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n", l1, l2, __FILE__)
  62
  63 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir, int nnodes)
  64 {
  65     int nnhpres;
  66
  67     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  68      * with what is needed, so we correct this here.
  69      */
  70     state->flags = 0;
  71     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
  72     {
  73         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  74         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
  75     }
  76     state->flags |= (1<<estX);
  77     if (state->lambda == NULL)
  78     {
  79         snew(state->lambda, efptNR);
  80     }
  81     if (state->x == NULL)
  82     {
  83         snew(state->x, state->nalloc);
  84     }
  85     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
  86     {
  87         state->flags |= (1<<estV);
  88         if (state->v == NULL)
  89         {
  90             snew(state->v, state->nalloc);
  91         }
  92     }
  93     if (ir->eI == eiSD2)
  94     {
  95         state->flags |= (1<<estSDX);
  96         if (state->sd_X == NULL)
  97         {
  98             /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
  99             snew(state->sd_X, state->nalloc);
 100         }
 101     }
 102     if (ir->eI == eiCG)
 103     {
 104         state->flags |= (1<<estCGP);
 105         if (state->cg_p == NULL)
 106         {
 107             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 108             snew(state->cg_p, state->nalloc);
 109         }
 110     }
 111     if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD || ir->etc == etcVRESCALE || ETC_ANDERSEN(ir->etc))
 112     {
 113         state->nrng  = gmx_rng_n();
 114         state->nrngi = 1;
 115         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD || ETC_ANDERSEN(ir->etc))
 116         {
 117             /* This will be correct later with DD */
 118             state->nrng  *= nnodes;
 119             state->nrngi *= nnodes;
 120         }
 121         state->flags |= ((1<<estLD_RNG) | (1<<estLD_RNGI));
 122         snew(state->ld_rng, state->nrng);
 123         snew(state->ld_rngi, state->nrngi);
 124     }
 125     else
 126     {
 127         state->nrng = 0;
 128     }
 129
 130     if (ir->bExpanded)
 131     {
 132         state->nmcrng  = gmx_rng_n();
 133         snew(state->mc_rng, state->nmcrng);
 134         snew(state->mc_rngi, 1);
 135     }
 136
 137     state->nnhpres = 0;
 138     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 139     {
 140         state->flags |= (1<<estBOX);
 141         if (PRESERVE_SHAPE(*ir))
 142         {
 143             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 144         }
 145         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 146         {
 147             state->flags |= (1<<estBOXV);
 148         }
 149         if (ir->epc != epcNO)
 150         {
 151             if (IR_NPT_TROTTER(ir) || (IR_NPH_TROTTER(ir)))
 152             {
 153                 state->nnhpres = 1;
 154                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 155                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 156                 state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 157                 state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 158                 state->flags  |= (1<<estVETA);
 159                 state->flags  |= (1<<estVOL0);
 160             }
 161             else
 162             {
 163                 state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 164             }
 165         }
 166     }
 167
 168     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 169     {
 170         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 171         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 172     }
 173
 174     if (ir->etc == etcVRESCALE)
 175     {
 176         state->flags |= (1<<estTC_INT);
 177     }
 178
 179     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 180     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 181
 182     init_energyhistory(&state->enerhist);
 183     init_df_history(&state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 184 }
 185
 186
 187 void init_parallel(t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 188                    gmx_mtop_t *mtop)
 189 {
 190     bcast_ir_mtop(cr, inputrec, mtop);
 191
 192     if (inputrec->eI == eiBD || EI_SD(inputrec->eI) || ETC_ANDERSEN(inputrec->etc))
 193     {
 194         /* Make sure the random seeds are different on each node */
 195         inputrec->ld_seed += cr->nodeid;
 196     }
 197 }