src/gromacs/mdlib/init.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "tpxio.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "vec.h"
  45 #include "main.h"
  46 #include "mvdata.h"
  47 #include "gmx_fatal.h"
  48 #include "symtab.h"
  49 #include "txtdump.h"
  50 #include "mdatoms.h"
  51 #include "mdrun.h"
  52 #include "statutil.h"
  53 #include "names.h"
  54 #include "calcgrid.h"
  55 #include "gmx_random.h"
  56 #include "update.h"
  57 #include "mdebin.h"
  58
  59 #define BUFSIZE 256
  60
  61 #define NOT_FINISHED(l1,l2) \
  62   printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n",l1,l2,__FILE__)
  63
  64 void set_state_entries(t_state *state,const t_inputrec *ir,int nnodes)
  65 {
  66   int nnhpres;
  67
  68   /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  69    * with what is needed, so we correct this here.
  70    */
  71   state->flags = 0;
  72   if (ir->efep != efepNO)
  73     state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  74   state->flags |= (1<<estX);
  75   if (state->x == NULL)
  76     snew(state->x,state->nalloc);
  77   if (EI_DYNAMICS(ir->eI)) {
  78     state->flags |= (1<<estV);
  79     if (state->v == NULL)
  80       snew(state->v,state->nalloc);
  81   }
  82   if (ir->eI == eiSD2) {
  83     state->flags |= (1<<estSDX);
  84     if (state->sd_X == NULL) {
  85       /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
  86       snew(state->sd_X,state->nalloc);
  87     }
  88   }
  89     if (ir->eI == eiCG)
  90     {
  91         state->flags |= (1<<estCGP);
  92         if (state->cg_p == NULL)
  93         {
  94             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
  95             snew(state->cg_p,state->nalloc);
  96         }
  97     }
  98   if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD || ir->etc == etcVRESCALE) {
  99     state->nrng  = gmx_rng_n();
 100     state->nrngi = 1;
 101     if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD) {
 102       /* This will be correct later with DD */
 103       state->nrng  *= nnodes;
 104       state->nrngi *= nnodes;
 105     }
 106     state->flags |= ((1<<estLD_RNG) | (1<<estLD_RNGI));
 107     snew(state->ld_rng, state->nrng);
 108     snew(state->ld_rngi,state->nrngi);
 109   } else {
 110     state->nrng = 0;
 111   }
 112   state->nnhpres = 0;
 113   if (ir->ePBC != epbcNONE) {
 114     state->flags |= (1<<estBOX);
 115     if (PRESERVE_SHAPE(*ir)) {
 116       state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 117     }
 118     if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK)) {
 119       state->flags |= (1<<estBOXV);
 120     }
 121     if (ir->epc != epcNO) {
 122       if (IR_NPT_TROTTER(ir)) {
 123         state->nnhpres = 1;
 124         state->flags |= (1<<estNHPRES_XI);
 125         state->flags |= (1<<estNHPRES_VXI);
 126         state->flags |= (1<<estSVIR_PREV);
 127         state->flags |= (1<<estFVIR_PREV);
 128         state->flags |= (1<<estVETA);
 129         state->flags |= (1<<estVOL0);
 130       } else {
 131         state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 132       }
 133     }
 134   }
 135
 136   if (ir->etc == etcNOSEHOOVER) {
 137     state->flags |= (1<<estNH_XI);
 138     state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 139   }
 140
 141   if (ir->etc == etcVRESCALE) {
 142     state->flags |= (1<<estTC_INT);
 143   }
 144
 145   init_gtc_state(state,state->ngtc,state->nnhpres,ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 146   init_ekinstate(&state->ekinstate,ir);
 147
 148   init_energyhistory(&state->enerhist);
 149 }
 150
 151
 152 void init_parallel(FILE *log, t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 153                    gmx_mtop_t *mtop)
 154 {
 155   bcast_ir_mtop(cr,inputrec,mtop);
 156
 157
 158   if (inputrec->eI == eiBD || EI_SD(inputrec->eI)) {
 159     /* Make sure the random seeds are different on each node */
 160     inputrec->ld_seed += cr->nodeid;
 161   }
 162 }
 163
 164