src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "forcerec.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <assert.h>
  44 #include <stdlib.h>
  45 #include <string.h>
  46
  47 #include <cmath>
  48
  49 #include <algorithm>
  50
  51 #include "gromacs/commandline/filenm.h"
  52 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  53 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  54 #include "gromacs/ewald/ewald.h"
  55 #include "gromacs/ewald/ewald-utils.h"
  56 #include "gromacs/fileio/filetypes.h"
  57 #include "gromacs/gmxlib/network.h"
  58 #include "gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.h"
  59 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  60 #include "gromacs/hardware/hw_info.h"
  61 #include "gromacs/listed-forces/manage-threading.h"
  62 #include "gromacs/listed-forces/pairs.h"
  63 #include "gromacs/math/functions.h"
  64 #include "gromacs/math/units.h"
  65 #include "gromacs/math/utilities.h"
  66 #include "gromacs/math/vec.h"
  67 #include "gromacs/mdlib/force.h"
  68 #include "gromacs/mdlib/forcerec-threading.h"
  69 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  70 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  71 #include "gromacs/mdlib/nb_verlet.h"
  72 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.h"
  73 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_gpu_data_mgmt.h"
  74 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_search.h"
  75 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_simd.h"
  76 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_tuning.h"
  77 #include "gromacs/mdlib/nbnxn_util.h"
  78 #include "gromacs/mdlib/ns.h"
  79 #include "gromacs/mdlib/qmmm.h"
  80 #include "gromacs/mdlib/sim_util.h"
  81 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  82 #include "gromacs/mdtypes/fcdata.h"
  83 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  84 #include "gromacs/mdtypes/iforceprovider.h"
  85 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  86 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  87 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  88 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  89 #include "gromacs/simd/simd.h"
  90 #include "gromacs/tables/forcetable.h"
  91 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  92 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  93 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  94 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  95 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  96 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  97 #include "gromacs/utility/logger.h"
  98 #include "gromacs/utility/pleasecite.h"
  99 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
 100 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
 101
 102 #include "nbnxn_gpu_jit_support.h"
 103
 104 const char *egrp_nm[egNR+1] = {
 105     "Coul-SR", "LJ-SR", "Buck-SR",
 106     "Coul-14", "LJ-14", nullptr
 107 };
 108
 109 t_forcerec *mk_forcerec(void)
 110 {
 111     t_forcerec *fr;
 112
 113     snew(fr, 1);
 114
 115     return fr;
 116 }
 117
 118 #ifdef DEBUG
 119 static void pr_nbfp(FILE *fp, real *nbfp, gmx_bool bBHAM, int atnr)
 120 {
 121     int i, j;
 122
 123     for (i = 0; (i < atnr); i++)
 124     {
 125         for (j = 0; (j < atnr); j++)
 126         {
 127             fprintf(fp, "%2d - %2d", i, j);
 128             if (bBHAM)
 129             {
 130                 fprintf(fp, "  a=%10g, b=%10g, c=%10g\n", BHAMA(nbfp, atnr, i, j),
 131                         BHAMB(nbfp, atnr, i, j), BHAMC(nbfp, atnr, i, j)/6.0);
 132             }
 133             else
 134             {
 135                 fprintf(fp, "  c6=%10g, c12=%10g\n", C6(nbfp, atnr, i, j)/6.0,
 136                         C12(nbfp, atnr, i, j)/12.0);
 137             }
 138         }
 139     }
 140 }
 141 #endif
 142
 143 static real *mk_nbfp(const gmx_ffparams_t *idef, gmx_bool bBHAM)
 144 {
 145     real *nbfp;
 146     int   i, j, k, atnr;
 147
 148     atnr = idef->atnr;
 149     if (bBHAM)
 150     {
 151         snew(nbfp, 3*atnr*atnr);
 152         for (i = k = 0; (i < atnr); i++)
 153         {
 154             for (j = 0; (j < atnr); j++, k++)
 155             {
 156                 BHAMA(nbfp, atnr, i, j) = idef->iparams[k].bham.a;
 157                 BHAMB(nbfp, atnr, i, j) = idef->iparams[k].bham.b;
 158                 /* nbfp now includes the 6.0 derivative prefactor */
 159                 BHAMC(nbfp, atnr, i, j) = idef->iparams[k].bham.c*6.0;
 160             }
 161         }
 162     }
 163     else
 164     {
 165         snew(nbfp, 2*atnr*atnr);
 166         for (i = k = 0; (i < atnr); i++)
 167         {
 168             for (j = 0; (j < atnr); j++, k++)
 169             {
 170                 /* nbfp now includes the 6.0/12.0 derivative prefactors */
 171                 C6(nbfp, atnr, i, j)   = idef->iparams[k].lj.c6*6.0;
 172                 C12(nbfp, atnr, i, j)  = idef->iparams[k].lj.c12*12.0;
 173             }
 174         }
 175     }
 176
 177     return nbfp;
 178 }
 179
 180 static real *make_ljpme_c6grid(const gmx_ffparams_t *idef, t_forcerec *fr)
 181 {
 182     int        i, j, k, atnr;
 183     real       c6, c6i, c6j, c12i, c12j, epsi, epsj, sigmai, sigmaj;
 184     real      *grid;
 185
 186     /* For LJ-PME simulations, we correct the energies with the reciprocal space
 187      * inside of the cut-off. To do this the non-bonded kernels needs to have
 188      * access to the C6-values used on the reciprocal grid in pme.c
 189      */
 190
 191     atnr = idef->atnr;
 192     snew(grid, 2*atnr*atnr);
 193     for (i = k = 0; (i < atnr); i++)
 194     {
 195         for (j = 0; (j < atnr); j++, k++)
 196         {
 197             c6i  = idef->iparams[i*(atnr+1)].lj.c6;
 198             c12i = idef->iparams[i*(atnr+1)].lj.c12;
 199             c6j  = idef->iparams[j*(atnr+1)].lj.c6;
 200             c12j = idef->iparams[j*(atnr+1)].lj.c12;
 201             c6   = std::sqrt(c6i * c6j);
 202             if (fr->ljpme_combination_rule == eljpmeLB
 203                 && !gmx_numzero(c6) && !gmx_numzero(c12i) && !gmx_numzero(c12j))
 204             {
 205                 sigmai = gmx::sixthroot(c12i / c6i);
 206                 sigmaj = gmx::sixthroot(c12j / c6j);
 207                 epsi   = c6i * c6i / c12i;
 208                 epsj   = c6j * c6j / c12j;
 209                 c6     = std::sqrt(epsi * epsj) * gmx::power6(0.5*(sigmai+sigmaj));
 210             }
 211             /* Store the elements at the same relative positions as C6 in nbfp in order
 212              * to simplify access in the kernels
 213              */
 214             grid[2*(atnr*i+j)] = c6*6.0;
 215         }
 216     }
 217     return grid;
 218 }
 219
 220 static real *mk_nbfp_combination_rule(const gmx_ffparams_t *idef, int comb_rule)
 221 {
 222     real      *nbfp;
 223     int        i, j, atnr;
 224     real       c6i, c6j, c12i, c12j, epsi, epsj, sigmai, sigmaj;
 225     real       c6, c12;
 226
 227     atnr = idef->atnr;
 228     snew(nbfp, 2*atnr*atnr);
 229     for (i = 0; i < atnr; ++i)
 230     {
 231         for (j = 0; j < atnr; ++j)
 232         {
 233             c6i  = idef->iparams[i*(atnr+1)].lj.c6;
 234             c12i = idef->iparams[i*(atnr+1)].lj.c12;
 235             c6j  = idef->iparams[j*(atnr+1)].lj.c6;
 236             c12j = idef->iparams[j*(atnr+1)].lj.c12;
 237             c6   = std::sqrt(c6i  * c6j);
 238             c12  = std::sqrt(c12i * c12j);
 239             if (comb_rule == eCOMB_ARITHMETIC
 240                 && !gmx_numzero(c6) && !gmx_numzero(c12))
 241             {
 242                 sigmai = gmx::sixthroot(c12i / c6i);
 243                 sigmaj = gmx::sixthroot(c12j / c6j);
 244                 epsi   = c6i * c6i / c12i;
 245                 epsj   = c6j * c6j / c12j;
 246                 c6     = std::sqrt(epsi * epsj) * gmx::power6(0.5*(sigmai+sigmaj));
 247                 c12    = std::sqrt(epsi * epsj) * gmx::power12(0.5*(sigmai+sigmaj));
 248             }
 249             C6(nbfp, atnr, i, j)   = c6*6.0;
 250             C12(nbfp, atnr, i, j)  = c12*12.0;
 251         }
 252     }
 253     return nbfp;
 254 }
 255
 256 /* This routine sets fr->solvent_opt to the most common solvent in the
 257  * system, e.g. esolSPC or esolTIP4P. It will also mark each charge group in
 258  * the fr->solvent_type array with the correct type (or esolNO).
 259  *
 260  * Charge groups that fulfill the conditions but are not identical to the
 261  * most common one will be marked as esolNO in the solvent_type array.
 262  *
 263  * TIP3p is identical to SPC for these purposes, so we call it
 264  * SPC in the arrays (Apologies to Bill Jorgensen ;-)
 265  *
 266  * NOTE: QM particle should not
 267  * become an optimized solvent. Not even if there is only one charge
 268  * group in the Qm
 269  */
 270
 271 typedef struct
 272 {
 273     int    model;
 274     int    count;
 275     int    vdwtype[4];
 276     real   charge[4];
 277 } solvent_parameters_t;
 278
 279 static void
 280 check_solvent_cg(const gmx_moltype_t    *molt,
 281                  int                     cg0,
 282                  int                     nmol,
 283                  const unsigned char    *qm_grpnr,
 284                  const t_grps           *qm_grps,
 285                  t_forcerec   *          fr,
 286                  int                    *n_solvent_parameters,
 287                  solvent_parameters_t  **solvent_parameters_p,
 288                  int                     cginfo,
 289                  int                    *cg_sp)
 290 {
 291     t_atom               *atom;
 292     int                   j, k;
 293     int                   j0, j1, nj;
 294     gmx_bool              perturbed;
 295     gmx_bool              has_vdw[4];
 296     gmx_bool              match;
 297     real                  tmp_charge[4]  = { 0.0 }; /* init to zero to make gcc4.8 happy */
 298     int                   tmp_vdwtype[4] = { 0 };   /* init to zero to make gcc4.8 happy */
 299     int                   tjA;
 300     gmx_bool              qm;
 301     solvent_parameters_t *solvent_parameters;
 302
 303     /* We use a list with parameters for each solvent type.
 304      * Every time we discover a new molecule that fulfills the basic
 305      * conditions for a solvent we compare with the previous entries
 306      * in these lists. If the parameters are the same we just increment
 307      * the counter for that type, and otherwise we create a new type
 308      * based on the current molecule.
 309      *
 310      * Once we've finished going through all molecules we check which
 311      * solvent is most common, and mark all those molecules while we
 312      * clear the flag on all others.
 313      */
 314
 315     solvent_parameters = *solvent_parameters_p;
 316
 317     /* Mark the cg first as non optimized */
 318     *cg_sp = -1;
 319
 320     /* Check if this cg has no exclusions with atoms in other charge groups
 321      * and all atoms inside the charge group excluded.
 322      * We only have 3 or 4 atom solvent loops.
 323      */
 324     if (GET_CGINFO_EXCL_INTER(cginfo) ||
 325         !GET_CGINFO_EXCL_INTRA(cginfo))
 326     {
 327         return;
 328     }
 329
 330     /* Get the indices of the first atom in this charge group */
 331     j0     = molt->cgs.index[cg0];
 332     j1     = molt->cgs.index[cg0+1];
 333
 334     /* Number of atoms in our molecule */
 335     nj     = j1 - j0;
 336
 337     if (debug)
 338     {
 339         fprintf(debug,
 340                 "Moltype '%s': there are %d atoms in this charge group\n",
 341                 *molt->name, nj);
 342     }
 343
 344     /* Check if it could be an SPC (3 atoms) or TIP4p (4) water,
 345      * otherwise skip it.
 346      */
 347     if (nj < 3 || nj > 4)
 348     {
 349         return;
 350     }
 351
 352     /* Check if we are doing QM on this group */
 353     qm = FALSE;
 354     if (qm_grpnr != nullptr)
 355     {
 356         for (j = j0; j < j1 && !qm; j++)
 357         {
 358             qm = (qm_grpnr[j] < qm_grps->nr - 1);
 359         }
 360     }
 361     /* Cannot use solvent optimization with QM */
 362     if (qm)
 363     {
 364         return;
 365     }
 366
 367     atom = molt->atoms.atom;
 368
 369     /* Still looks like a solvent, time to check parameters */
 370
 371     /* If it is perturbed (free energy) we can't use the solvent loops,
 372      * so then we just skip to the next molecule.
 373      */
 374     perturbed = FALSE;
 375
 376     for (j = j0; j < j1 && !perturbed; j++)
 377     {
 378         perturbed = PERTURBED(atom[j]);
 379     }
 380
 381     if (perturbed)
 382     {
 383         return;
 384     }
 385
 386     /* Now it's only a question if the VdW and charge parameters
 387      * are OK. Before doing the check we compare and see if they are
 388      * identical to a possible previous solvent type.
 389      * First we assign the current types and charges.
 390      */
 391     for (j = 0; j < nj; j++)
 392     {
 393         tmp_vdwtype[j] = atom[j0+j].type;
 394         tmp_charge[j]  = atom[j0+j].q;
 395     }
 396
 397     /* Does it match any previous solvent type? */
 398     for (k = 0; k < *n_solvent_parameters; k++)
 399     {
 400         match = TRUE;
 401
 402
 403         /* We can only match SPC with 3 atoms and TIP4p with 4 atoms */
 404         if ( (solvent_parameters[k].model == esolSPC   && nj != 3)  ||
 405              (solvent_parameters[k].model == esolTIP4P && nj != 4) )
 406         {
 407             match = FALSE;
 408         }
 409
 410         /* Check that types & charges match for all atoms in molecule */
 411         for (j = 0; j < nj && match == TRUE; j++)
 412         {
 413             if (tmp_vdwtype[j] != solvent_parameters[k].vdwtype[j])
 414             {
 415                 match = FALSE;
 416             }
 417             if (tmp_charge[j] != solvent_parameters[k].charge[j])
 418             {
 419                 match = FALSE;
 420             }
 421         }
 422         if (match == TRUE)
 423         {
 424             /* Congratulations! We have a matched solvent.
 425              * Flag it with this type for later processing.
 426              */
 427             *cg_sp = k;
 428             solvent_parameters[k].count += nmol;
 429
 430             /* We are done with this charge group */
 431             return;
 432         }
 433     }
 434
 435     /* If we get here, we have a tentative new solvent type.
 436      * Before we add it we must check that it fulfills the requirements
 437      * of the solvent optimized loops. First determine which atoms have
 438      * VdW interactions.
 439      */
 440     for (j = 0; j < nj; j++)
 441     {
 442         has_vdw[j] = FALSE;
 443         tjA        = tmp_vdwtype[j];
 444
 445         /* Go through all other tpes and see if any have non-zero
 446          * VdW parameters when combined with this one.
 447          */
 448         for (k = 0; k < fr->ntype && (has_vdw[j] == FALSE); k++)
 449         {
 450             /* We already checked that the atoms weren't perturbed,
 451              * so we only need to check state A now.
 452              */
 453             if (fr->bBHAM)
 454             {
 455                 has_vdw[j] = (has_vdw[j] ||
 456                               (BHAMA(fr->nbfp, fr->ntype, tjA, k) != 0.0) ||
 457                               (BHAMB(fr->nbfp, fr->ntype, tjA, k) != 0.0) ||
 458                               (BHAMC(fr->nbfp, fr->ntype, tjA, k) != 0.0));
 459             }
 460             else
 461             {
 462                 /* Standard LJ */
 463                 has_vdw[j] = (has_vdw[j] ||
 464                               (C6(fr->nbfp, fr->ntype, tjA, k)  != 0.0) ||
 465                               (C12(fr->nbfp, fr->ntype, tjA, k) != 0.0));
 466             }
 467         }
 468     }
 469
 470     /* Now we know all we need to make the final check and assignment. */
 471     if (nj == 3)
 472     {
 473         /* So, is it an SPC?
 474          * For this we require thatn all atoms have charge,
 475          * the charges on atom 2 & 3 should be the same, and only
 476          * atom 1 might have VdW.
 477          */
 478         if (has_vdw[1] == FALSE &&
 479             has_vdw[2] == FALSE &&
 480             tmp_charge[0]  != 0 &&
 481             tmp_charge[1]  != 0 &&
 482             tmp_charge[2]  == tmp_charge[1])
 483         {
 484             srenew(solvent_parameters, *n_solvent_parameters+1);
 485             solvent_parameters[*n_solvent_parameters].model = esolSPC;
 486             solvent_parameters[*n_solvent_parameters].count = nmol;
 487             for (k = 0; k < 3; k++)
 488             {
 489                 solvent_parameters[*n_solvent_parameters].vdwtype[k] = tmp_vdwtype[k];
 490                 solvent_parameters[*n_solvent_parameters].charge[k]  = tmp_charge[k];
 491             }
 492
 493             *cg_sp = *n_solvent_parameters;
 494             (*n_solvent_parameters)++;
 495         }
 496     }
 497     else if (nj == 4)
 498     {
 499         /* Or could it be a TIP4P?
 500          * For this we require thatn atoms 2,3,4 have charge, but not atom 1.
 501          * Only atom 1 mght have VdW.
 502          */
 503         if (has_vdw[1] == FALSE &&
 504             has_vdw[2] == FALSE &&
 505             has_vdw[3] == FALSE &&
 506             tmp_charge[0]  == 0 &&
 507             tmp_charge[1]  != 0 &&
 508             tmp_charge[2]  == tmp_charge[1] &&
 509             tmp_charge[3]  != 0)
 510         {
 511             srenew(solvent_parameters, *n_solvent_parameters+1);
 512             solvent_parameters[*n_solvent_parameters].model = esolTIP4P;
 513             solvent_parameters[*n_solvent_parameters].count = nmol;
 514             for (k = 0; k < 4; k++)
 515             {
 516                 solvent_parameters[*n_solvent_parameters].vdwtype[k] = tmp_vdwtype[k];
 517                 solvent_parameters[*n_solvent_parameters].charge[k]  = tmp_charge[k];
 518             }
 519
 520             *cg_sp = *n_solvent_parameters;
 521             (*n_solvent_parameters)++;
 522         }
 523     }
 524
 525     *solvent_parameters_p = solvent_parameters;
 526 }
 527
 528 static void
 529 check_solvent(FILE  *                fp,
 530               const gmx_mtop_t  *    mtop,
 531               t_forcerec  *          fr,
 532               cginfo_mb_t           *cginfo_mb)
 533 {
 534     const t_block     *   cgs;
 535     const gmx_moltype_t  *molt;
 536     int                   mb, mol, cg_mol, at_offset, am, cgm, i, nmol_ch, nmol;
 537     int                   n_solvent_parameters;
 538     solvent_parameters_t *solvent_parameters;
 539     int                 **cg_sp;
 540     int                   bestsp, bestsol;
 541
 542     if (debug)
 543     {
 544         fprintf(debug, "Going to determine what solvent types we have.\n");
 545     }
 546
 547     n_solvent_parameters = 0;
 548     solvent_parameters   = nullptr;
 549     /* Allocate temporary array for solvent type */
 550     snew(cg_sp, mtop->nmolblock);
 551
 552     at_offset = 0;
 553     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 554     {
 555         molt = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type];
 556         cgs  = &molt->cgs;
 557         /* Here we have to loop over all individual molecules
 558          * because we need to check for QMMM particles.
 559          */
 560         snew(cg_sp[mb], cginfo_mb[mb].cg_mod);
 561         nmol_ch = cginfo_mb[mb].cg_mod/cgs->nr;
 562         nmol    = mtop->molblock[mb].nmol/nmol_ch;
 563         for (mol = 0; mol < nmol_ch; mol++)
 564         {
 565             cgm = mol*cgs->nr;
 566             am  = mol*cgs->index[cgs->nr];
 567             for (cg_mol = 0; cg_mol < cgs->nr; cg_mol++)
 568             {
 569                 check_solvent_cg(molt, cg_mol, nmol,
 570                                  mtop->groups.grpnr[egcQMMM] ?
 571                                  mtop->groups.grpnr[egcQMMM]+at_offset+am : nullptr,
 572                                  &mtop->groups.grps[egcQMMM],
 573                                  fr,
 574                                  &n_solvent_parameters, &solvent_parameters,
 575                                  cginfo_mb[mb].cginfo[cgm+cg_mol],
 576                                  &cg_sp[mb][cgm+cg_mol]);
 577             }
 578         }
 579         at_offset += cgs->index[cgs->nr];
 580     }
 581
 582     /* Puh! We finished going through all charge groups.
 583      * Now find the most common solvent model.
 584      */
 585
 586     /* Most common solvent this far */
 587     bestsp = -2;
 588     for (i = 0; i < n_solvent_parameters; i++)
 589     {
 590         if (bestsp == -2 ||
 591             solvent_parameters[i].count > solvent_parameters[bestsp].count)
 592         {
 593             bestsp = i;
 594         }
 595     }
 596
 597     if (bestsp >= 0)
 598     {
 599         bestsol = solvent_parameters[bestsp].model;
 600     }
 601     else
 602     {
 603         bestsol = esolNO;
 604     }
 605
 606     fr->nWatMol = 0;
 607     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 608     {
 609         cgs  = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].cgs;
 610         nmol = (mtop->molblock[mb].nmol*cgs->nr)/cginfo_mb[mb].cg_mod;
 611         for (i = 0; i < cginfo_mb[mb].cg_mod; i++)
 612         {
 613             if (cg_sp[mb][i] == bestsp)
 614             {
 615                 SET_CGINFO_SOLOPT(cginfo_mb[mb].cginfo[i], bestsol);
 616                 fr->nWatMol += nmol;
 617             }
 618             else
 619             {
 620                 SET_CGINFO_SOLOPT(cginfo_mb[mb].cginfo[i], esolNO);
 621             }
 622         }
 623         sfree(cg_sp[mb]);
 624     }
 625     sfree(cg_sp);
 626
 627     if (bestsol != esolNO && fp != nullptr)
 628     {
 629         fprintf(fp, "\nEnabling %s-like water optimization for %d molecules.\n\n",
 630                 esol_names[bestsol],
 631                 solvent_parameters[bestsp].count);
 632     }
 633
 634     sfree(solvent_parameters);
 635     fr->solvent_opt = bestsol;
 636 }
 637
 638 enum {
 639     acNONE = 0, acCONSTRAINT, acSETTLE
 640 };
 641
 642 static cginfo_mb_t *init_cginfo_mb(FILE *fplog, const gmx_mtop_t *mtop,
 643                                    t_forcerec *fr, gmx_bool bNoSolvOpt,
 644                                    gmx_bool *bFEP_NonBonded,
 645                                    gmx_bool *bExcl_IntraCGAll_InterCGNone)
 646 {
 647     const t_block        *cgs;
 648     const t_blocka       *excl;
 649     const gmx_moltype_t  *molt;
 650     const gmx_molblock_t *molb;
 651     cginfo_mb_t          *cginfo_mb;
 652     gmx_bool             *type_VDW;
 653     int                  *cginfo;
 654     int                   cg_offset, a_offset;
 655     int                   mb, m, cg, a0, a1, gid, ai, j, aj, excl_nalloc;
 656     int                  *a_con;
 657     int                   ftype;
 658     int                   ia;
 659     gmx_bool              bId, *bExcl, bExclIntraAll, bExclInter, bHaveVDW, bHaveQ, bHavePerturbedAtoms;
 660
 661     snew(cginfo_mb, mtop->nmolblock);
 662
 663     snew(type_VDW, fr->ntype);
 664     for (ai = 0; ai < fr->ntype; ai++)
 665     {
 666         type_VDW[ai] = FALSE;
 667         for (j = 0; j < fr->ntype; j++)
 668         {
 669             type_VDW[ai] = type_VDW[ai] ||
 670                 fr->bBHAM ||
 671                 C6(fr->nbfp, fr->ntype, ai, j) != 0 ||
 672                 C12(fr->nbfp, fr->ntype, ai, j) != 0;
 673         }
 674     }
 675
 676     *bFEP_NonBonded               = FALSE;
 677     *bExcl_IntraCGAll_InterCGNone = TRUE;
 678
 679     excl_nalloc = 10;
 680     snew(bExcl, excl_nalloc);
 681     cg_offset = 0;
 682     a_offset  = 0;
 683     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 684     {
 685         molb = &mtop->molblock[mb];
 686         molt = &mtop->moltype[molb->type];
 687         cgs  = &molt->cgs;
 688         excl = &molt->excls;
 689
 690         /* Check if the cginfo is identical for all molecules in this block.
 691          * If so, we only need an array of the size of one molecule.
 692          * Otherwise we make an array of #mol times #cgs per molecule.
 693          */
 694         bId = TRUE;
 695         for (m = 0; m < molb->nmol; m++)
 696         {
 697             int am = m*cgs->index[cgs->nr];
 698             for (cg = 0; cg < cgs->nr; cg++)
 699             {
 700                 a0 = cgs->index[cg];
 701                 a1 = cgs->index[cg+1];
 702                 if (ggrpnr(&mtop->groups, egcENER, a_offset+am+a0) !=
 703                     ggrpnr(&mtop->groups, egcENER, a_offset   +a0))
 704                 {
 705                     bId = FALSE;
 706                 }
 707                 if (mtop->groups.grpnr[egcQMMM] != nullptr)
 708                 {
 709                     for (ai = a0; ai < a1; ai++)
 710                     {
 711                         if (mtop->groups.grpnr[egcQMMM][a_offset+am+ai] !=
 712                             mtop->groups.grpnr[egcQMMM][a_offset   +ai])
 713                         {
 714                             bId = FALSE;
 715                         }
 716                     }
 717                 }
 718             }
 719         }
 720
 721         cginfo_mb[mb].cg_start = cg_offset;
 722         cginfo_mb[mb].cg_end   = cg_offset + molb->nmol*cgs->nr;
 723         cginfo_mb[mb].cg_mod   = (bId ? 1 : molb->nmol)*cgs->nr;
 724         snew(cginfo_mb[mb].cginfo, cginfo_mb[mb].cg_mod);
 725         cginfo = cginfo_mb[mb].cginfo;
 726
 727         /* Set constraints flags for constrained atoms */
 728         snew(a_con, molt->atoms.nr);
 729         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
 730         {
 731             if (interaction_function[ftype].flags & IF_CONSTRAINT)
 732             {
 733                 int nral;
 734
 735                 nral = NRAL(ftype);
 736                 for (ia = 0; ia < molt->ilist[ftype].nr; ia += 1+nral)
 737                 {
 738                     int a;
 739
 740                     for (a = 0; a < nral; a++)
 741                     {
 742                         a_con[molt->ilist[ftype].iatoms[ia+1+a]] =
 743                             (ftype == F_SETTLE ? acSETTLE : acCONSTRAINT);
 744                     }
 745                 }
 746             }
 747         }
 748
 749         for (m = 0; m < (bId ? 1 : molb->nmol); m++)
 750         {
 751             int cgm = m*cgs->nr;
 752             int am  = m*cgs->index[cgs->nr];
 753             for (cg = 0; cg < cgs->nr; cg++)
 754             {
 755                 a0 = cgs->index[cg];
 756                 a1 = cgs->index[cg+1];
 757
 758                 /* Store the energy group in cginfo */
 759                 gid = ggrpnr(&mtop->groups, egcENER, a_offset+am+a0);
 760                 SET_CGINFO_GID(cginfo[cgm+cg], gid);
 761
 762                 /* Check the intra/inter charge group exclusions */
 763                 if (a1-a0 > excl_nalloc)
 764                 {
 765                     excl_nalloc = a1 - a0;
 766                     srenew(bExcl, excl_nalloc);
 767                 }
 768                 /* bExclIntraAll: all intra cg interactions excluded
 769                  * bExclInter:    any inter cg interactions excluded
 770                  */
 771                 bExclIntraAll       = TRUE;
 772                 bExclInter          = FALSE;
 773                 bHaveVDW            = FALSE;
 774                 bHaveQ              = FALSE;
 775                 bHavePerturbedAtoms = FALSE;
 776                 for (ai = a0; ai < a1; ai++)
 777                 {
 778                     /* Check VDW and electrostatic interactions */
 779                     bHaveVDW = bHaveVDW || (type_VDW[molt->atoms.atom[ai].type] ||
 780                                             type_VDW[molt->atoms.atom[ai].typeB]);
 781                     bHaveQ  = bHaveQ    || (molt->atoms.atom[ai].q != 0 ||
 782                                             molt->atoms.atom[ai].qB != 0);
 783
 784                     bHavePerturbedAtoms = bHavePerturbedAtoms || (PERTURBED(molt->atoms.atom[ai]) != 0);
 785
 786                     /* Clear the exclusion list for atom ai */
 787                     for (aj = a0; aj < a1; aj++)
 788                     {
 789                         bExcl[aj-a0] = FALSE;
 790                     }
 791                     /* Loop over all the exclusions of atom ai */
 792                     for (j = excl->index[ai]; j < excl->index[ai+1]; j++)
 793                     {
 794                         aj = excl->a[j];
 795                         if (aj < a0 || aj >= a1)
 796                         {
 797                             bExclInter = TRUE;
 798                         }
 799                         else
 800                         {
 801                             bExcl[aj-a0] = TRUE;
 802                         }
 803                     }
 804                     /* Check if ai excludes a0 to a1 */
 805                     for (aj = a0; aj < a1; aj++)
 806                     {
 807                         if (!bExcl[aj-a0])
 808                         {
 809                             bExclIntraAll = FALSE;
 810                         }
 811                     }
 812
 813                     switch (a_con[ai])
 814                     {
 815                         case acCONSTRAINT:
 816                             SET_CGINFO_CONSTR(cginfo[cgm+cg]);
 817                             break;
 818                         case acSETTLE:
 819                             SET_CGINFO_SETTLE(cginfo[cgm+cg]);
 820                             break;
 821                         default:
 822                             break;
 823                     }
 824                 }
 825                 if (bExclIntraAll)
 826                 {
 827                     SET_CGINFO_EXCL_INTRA(cginfo[cgm+cg]);
 828                 }
 829                 if (bExclInter)
 830                 {
 831                     SET_CGINFO_EXCL_INTER(cginfo[cgm+cg]);
 832                 }
 833                 if (a1 - a0 > MAX_CHARGEGROUP_SIZE)
 834                 {
 835                     /* The size in cginfo is currently only read with DD */
 836                     gmx_fatal(FARGS, "A charge group has size %d which is larger than the limit of %d atoms", a1-a0, MAX_CHARGEGROUP_SIZE);
 837                 }
 838                 if (bHaveVDW)
 839                 {
 840                     SET_CGINFO_HAS_VDW(cginfo[cgm+cg]);
 841                 }
 842                 if (bHaveQ)
 843                 {
 844                     SET_CGINFO_HAS_Q(cginfo[cgm+cg]);
 845                 }
 846                 if (bHavePerturbedAtoms && fr->efep != efepNO)
 847                 {
 848                     SET_CGINFO_FEP(cginfo[cgm+cg]);
 849                     *bFEP_NonBonded = TRUE;
 850                 }
 851                 /* Store the charge group size */
 852                 SET_CGINFO_NATOMS(cginfo[cgm+cg], a1-a0);
 853
 854                 if (!bExclIntraAll || bExclInter)
 855                 {
 856                     *bExcl_IntraCGAll_InterCGNone = FALSE;
 857                 }
 858             }
 859         }
 860
 861         sfree(a_con);
 862
 863         cg_offset += molb->nmol*cgs->nr;
 864         a_offset  += molb->nmol*cgs->index[cgs->nr];
 865     }
 866     sfree(bExcl);
 867
 868     /* the solvent optimizer is called after the QM is initialized,
 869      * because we don't want to have the QM subsystemto become an
 870      * optimized solvent
 871      */
 872
 873     check_solvent(fplog, mtop, fr, cginfo_mb);
 874
 875     if (getenv("GMX_NO_SOLV_OPT"))
 876     {
 877         if (fplog)
 878         {
 879             fprintf(fplog, "Found environment variable GMX_NO_SOLV_OPT.\n"
 880                     "Disabling all solvent optimization\n");
 881         }
 882         fr->solvent_opt = esolNO;
 883     }
 884     if (bNoSolvOpt)
 885     {
 886         fr->solvent_opt = esolNO;
 887     }
 888     if (!fr->solvent_opt)
 889     {
 890         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 891         {
 892             for (cg = 0; cg < cginfo_mb[mb].cg_mod; cg++)
 893             {
 894                 SET_CGINFO_SOLOPT(cginfo_mb[mb].cginfo[cg], esolNO);
 895             }
 896         }
 897     }
 898
 899     return cginfo_mb;
 900 }
 901
 902 static int *cginfo_expand(int nmb, cginfo_mb_t *cgi_mb)
 903 {
 904     int  ncg, mb, cg;
 905     int *cginfo;
 906
 907     ncg = cgi_mb[nmb-1].cg_end;
 908     snew(cginfo, ncg);
 909     mb = 0;
 910     for (cg = 0; cg < ncg; cg++)
 911     {
 912         while (cg >= cgi_mb[mb].cg_end)
 913         {
 914             mb++;
 915         }
 916         cginfo[cg] =
 917             cgi_mb[mb].cginfo[(cg - cgi_mb[mb].cg_start) % cgi_mb[mb].cg_mod];
 918     }
 919
 920     return cginfo;
 921 }
 922
 923 /* Sets the sum of charges (squared) and C6 in the system in fr.
 924  * Returns whether the system has a net charge.
 925  */
 926 static bool set_chargesum(FILE *log, t_forcerec *fr, const gmx_mtop_t *mtop)
 927 {
 928     /*This now calculates sum for q and c6*/
 929     double         qsum, q2sum, q, c6sum, c6;
 930     int            mb, nmol, i;
 931     const t_atoms *atoms;
 932
 933     qsum   = 0;
 934     q2sum  = 0;
 935     c6sum  = 0;
 936     for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 937     {
 938         nmol  = mtop->molblock[mb].nmol;
 939         atoms = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].atoms;
 940         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 941         {
 942             q       = atoms->atom[i].q;
 943             qsum   += nmol*q;
 944             q2sum  += nmol*q*q;
 945             c6      = mtop->ffparams.iparams[atoms->atom[i].type*(mtop->ffparams.atnr+1)].lj.c6;
 946             c6sum  += nmol*c6;
 947         }
 948     }
 949     fr->qsum[0]   = qsum;
 950     fr->q2sum[0]  = q2sum;
 951     fr->c6sum[0]  = c6sum;
 952
 953     if (fr->efep != efepNO)
 954     {
 955         qsum   = 0;
 956         q2sum  = 0;
 957         c6sum  = 0;
 958         for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
 959         {
 960             nmol  = mtop->molblock[mb].nmol;
 961             atoms = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].atoms;
 962             for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 963             {
 964                 q       = atoms->atom[i].qB;
 965                 qsum   += nmol*q;
 966                 q2sum  += nmol*q*q;
 967                 c6      = mtop->ffparams.iparams[atoms->atom[i].typeB*(mtop->ffparams.atnr+1)].lj.c6;
 968                 c6sum  += nmol*c6;
 969             }
 970             fr->qsum[1]   = qsum;
 971             fr->q2sum[1]  = q2sum;
 972             fr->c6sum[1]  = c6sum;
 973         }
 974     }
 975     else
 976     {
 977         fr->qsum[1]   = fr->qsum[0];
 978         fr->q2sum[1]  = fr->q2sum[0];
 979         fr->c6sum[1]  = fr->c6sum[0];
 980     }
 981     if (log)
 982     {
 983         if (fr->efep == efepNO)
 984         {
 985             fprintf(log, "System total charge: %.3f\n", fr->qsum[0]);
 986         }
 987         else
 988         {
 989             fprintf(log, "System total charge, top. A: %.3f top. B: %.3f\n",
 990                     fr->qsum[0], fr->qsum[1]);
 991         }
 992     }
 993
 994     /* A cut-off of 1e-4 is used to catch rounding errors due to ascii input */
 995     return (std::abs(fr->qsum[0]) > 1e-4 ||
 996             std::abs(fr->qsum[1]) > 1e-4);
 997 }
 998
 999 void update_forcerec(t_forcerec *fr, matrix box)
1000 {
1001     if (fr->ic->eeltype == eelGRF)
1002     {
1003         calc_rffac(nullptr, fr->ic->eeltype, fr->ic->epsilon_r, fr->ic->epsilon_rf,
1004                    fr->ic->rcoulomb, fr->temp, fr->zsquare, box,
1005                    &fr->ic->k_rf, &fr->ic->c_rf);
1006     }
1007 }
1008
1009 void set_avcsixtwelve(FILE *fplog, t_forcerec *fr, const gmx_mtop_t *mtop)
1010 {
1011     const t_atoms  *atoms, *atoms_tpi;
1012     const t_blocka *excl;
1013     int             mb, nmol, nmolc, i, j, tpi, tpj, j1, j2, k, nexcl, q;
1014     gmx_int64_t     npair, npair_ij, tmpi, tmpj;
1015     double          csix, ctwelve;
1016     int             ntp, *typecount;
1017     gmx_bool        bBHAM;
1018     real           *nbfp;
1019     real           *nbfp_comb = nullptr;
1020
1021     ntp   = fr->ntype;
1022     bBHAM = fr->bBHAM;
1023     nbfp  = fr->nbfp;
1024
1025     /* For LJ-PME, we want to correct for the difference between the
1026      * actual C6 values and the C6 values used by the LJ-PME based on
1027      * combination rules. */
1028
1029     if (EVDW_PME(fr->ic->vdwtype))
1030     {
1031         nbfp_comb = mk_nbfp_combination_rule(&mtop->ffparams,
1032                                              (fr->ljpme_combination_rule == eljpmeLB) ? eCOMB_ARITHMETIC : eCOMB_GEOMETRIC);
1033         for (tpi = 0; tpi < ntp; ++tpi)
1034         {
1035             for (tpj = 0; tpj < ntp; ++tpj)
1036             {
1037                 C6(nbfp_comb, ntp, tpi, tpj) =
1038                     C6(nbfp, ntp, tpi, tpj) - C6(nbfp_comb, ntp, tpi, tpj);
1039                 C12(nbfp_comb, ntp, tpi, tpj) = C12(nbfp, ntp, tpi, tpj);
1040             }
1041         }
1042         nbfp = nbfp_comb;
1043     }
1044     for (q = 0; q < (fr->efep == efepNO ? 1 : 2); q++)
1045     {
1046         csix    = 0;
1047         ctwelve = 0;
1048         npair   = 0;
1049         nexcl   = 0;
1050         if (!fr->n_tpi)
1051         {
1052             /* Count the types so we avoid natoms^2 operations */
1053             snew(typecount, ntp);
1054             gmx_mtop_count_atomtypes(mtop, q, typecount);
1055
1056             for (tpi = 0; tpi < ntp; tpi++)
1057             {
1058                 for (tpj = tpi; tpj < ntp; tpj++)
1059                 {
1060                     tmpi = typecount[tpi];
1061                     tmpj = typecount[tpj];
1062                     if (tpi != tpj)
1063                     {
1064                         npair_ij = tmpi*tmpj;
1065                     }
1066                     else
1067                     {
1068                         npair_ij = tmpi*(tmpi - 1)/2;
1069                     }
1070                     if (bBHAM)
1071                     {
1072                         /* nbfp now includes the 6.0 derivative prefactor */
1073                         csix    += npair_ij*BHAMC(nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1074                     }
1075                     else
1076                     {
1077                         /* nbfp now includes the 6.0/12.0 derivative prefactors */
1078                         csix    += npair_ij*   C6(nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1079                         ctwelve += npair_ij*  C12(nbfp, ntp, tpi, tpj)/12.0;
1080                     }
1081                     npair += npair_ij;
1082                 }
1083             }
1084             sfree(typecount);
1085             /* Subtract the excluded pairs.
1086              * The main reason for substracting exclusions is that in some cases
1087              * some combinations might never occur and the parameters could have
1088              * any value. These unused values should not influence the dispersion
1089              * correction.
1090              */
1091             for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1092             {
1093                 nmol  = mtop->molblock[mb].nmol;
1094                 atoms = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].atoms;
1095                 excl  = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].excls;
1096                 for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
1097                 {
1098                     if (q == 0)
1099                     {
1100                         tpi = atoms->atom[i].type;
1101                     }
1102                     else
1103                     {
1104                         tpi = atoms->atom[i].typeB;
1105                     }
1106                     j1  = excl->index[i];
1107                     j2  = excl->index[i+1];
1108                     for (j = j1; j < j2; j++)
1109                     {
1110                         k = excl->a[j];
1111                         if (k > i)
1112                         {
1113                             if (q == 0)
1114                             {
1115                                 tpj = atoms->atom[k].type;
1116                             }
1117                             else
1118                             {
1119                                 tpj = atoms->atom[k].typeB;
1120                             }
1121                             if (bBHAM)
1122                             {
1123                                 /* nbfp now includes the 6.0 derivative prefactor */
1124                                 csix -= nmol*BHAMC(nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1125                             }
1126                             else
1127                             {
1128                                 /* nbfp now includes the 6.0/12.0 derivative prefactors */
1129                                 csix    -= nmol*C6 (nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1130                                 ctwelve -= nmol*C12(nbfp, ntp, tpi, tpj)/12.0;
1131                             }
1132                             nexcl += nmol;
1133                         }
1134                     }
1135                 }
1136             }
1137         }
1138         else
1139         {
1140             /* Only correct for the interaction of the test particle
1141              * with the rest of the system.
1142              */
1143             atoms_tpi =
1144                 &mtop->moltype[mtop->molblock[mtop->nmolblock-1].type].atoms;
1145
1146             npair = 0;
1147             for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
1148             {
1149                 nmol  = mtop->molblock[mb].nmol;
1150                 atoms = &mtop->moltype[mtop->molblock[mb].type].atoms;
1151                 for (j = 0; j < atoms->nr; j++)
1152                 {
1153                     nmolc = nmol;
1154                     /* Remove the interaction of the test charge group
1155                      * with itself.
1156                      */
1157                     if (mb == mtop->nmolblock-1)
1158                     {
1159                         nmolc--;
1160
1161                         if (mb == 0 && nmol == 1)
1162                         {
1163                             gmx_fatal(FARGS, "Old format tpr with TPI, please generate a new tpr file");
1164                         }
1165                     }
1166                     if (q == 0)
1167                     {
1168                         tpj = atoms->atom[j].type;
1169                     }
1170                     else
1171                     {
1172                         tpj = atoms->atom[j].typeB;
1173                     }
1174                     for (i = 0; i < fr->n_tpi; i++)
1175                     {
1176                         if (q == 0)
1177                         {
1178                             tpi = atoms_tpi->atom[i].type;
1179                         }
1180                         else
1181                         {
1182                             tpi = atoms_tpi->atom[i].typeB;
1183                         }
1184                         if (bBHAM)
1185                         {
1186                             /* nbfp now includes the 6.0 derivative prefactor */
1187                             csix    += nmolc*BHAMC(nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1188                         }
1189                         else
1190                         {
1191                             /* nbfp now includes the 6.0/12.0 derivative prefactors */
1192                             csix    += nmolc*C6 (nbfp, ntp, tpi, tpj)/6.0;
1193                             ctwelve += nmolc*C12(nbfp, ntp, tpi, tpj)/12.0;
1194                         }
1195                         npair += nmolc;
1196                     }
1197                 }
1198             }
1199         }
1200         if (npair - nexcl <= 0 && fplog)
1201         {
1202             fprintf(fplog, "\nWARNING: There are no atom pairs for dispersion correction\n\n");
1203             csix     = 0;
1204             ctwelve  = 0;
1205         }
1206         else
1207         {
1208             csix    /= npair - nexcl;
1209             ctwelve /= npair - nexcl;
1210         }
1211         if (debug)
1212         {
1213             fprintf(debug, "Counted %d exclusions\n", nexcl);
1214             fprintf(debug, "Average C6 parameter is: %10g\n", (double)csix);
1215             fprintf(debug, "Average C12 parameter is: %10g\n", (double)ctwelve);
1216         }
1217         fr->avcsix[q]    = csix;
1218         fr->avctwelve[q] = ctwelve;
1219     }
1220
1221     if (EVDW_PME(fr->ic->vdwtype))
1222     {
1223         sfree(nbfp_comb);
1224     }
1225
1226     if (fplog != nullptr)
1227     {
1228         if (fr->eDispCorr == edispcAllEner ||
1229             fr->eDispCorr == edispcAllEnerPres)
1230         {
1231             fprintf(fplog, "Long Range LJ corr.: <C6> %10.4e, <C12> %10.4e\n",
1232                     fr->avcsix[0], fr->avctwelve[0]);
1233         }
1234         else
1235         {
1236             fprintf(fplog, "Long Range LJ corr.: <C6> %10.4e\n", fr->avcsix[0]);
1237         }
1238     }
1239 }
1240
1241
1242 static real calcBuckinghamBMax(FILE *fplog, const gmx_mtop_t *mtop)
1243 {
1244     const t_atoms *at1, *at2;
1245     int            mt1, mt2, i, j, tpi, tpj, ntypes;
1246     real           b, bmin;
1247
1248     if (fplog)
1249     {
1250         fprintf(fplog, "Determining largest Buckingham b parameter for table\n");
1251     }
1252     ntypes = mtop->ffparams.atnr;
1253
1254     bmin            = -1;
1255     real bham_b_max = 0;
1256     for (mt1 = 0; mt1 < mtop->nmoltype; mt1++)
1257     {
1258         at1 = &mtop->moltype[mt1].atoms;
1259         for (i = 0; (i < at1->nr); i++)
1260         {
1261             tpi = at1->atom[i].type;
1262             if (tpi >= ntypes)
1263             {
1264                 gmx_fatal(FARGS, "Atomtype[%d] = %d, maximum = %d", i, tpi, ntypes);
1265             }
1266
1267             for (mt2 = mt1; mt2 < mtop->nmoltype; mt2++)
1268             {
1269                 at2 = &mtop->moltype[mt2].atoms;
1270                 for (j = 0; (j < at2->nr); j++)
1271                 {
1272                     tpj = at2->atom[j].type;
1273                     if (tpj >= ntypes)
1274                     {
1275                         gmx_fatal(FARGS, "Atomtype[%d] = %d, maximum = %d", j, tpj, ntypes);
1276                     }
1277                     b = mtop->ffparams.iparams[tpi*ntypes + tpj].bham.b;
1278                     if (b > bham_b_max)
1279                     {
1280                         bham_b_max = b;
1281                     }
1282                     if ((b < bmin) || (bmin == -1))
1283                     {
1284                         bmin = b;
1285                     }
1286                 }
1287             }
1288         }
1289     }
1290     if (fplog)
1291     {
1292         fprintf(fplog, "Buckingham b parameters, min: %g, max: %g\n",
1293                 bmin, bham_b_max);
1294     }
1295
1296     return bham_b_max;
1297 }
1298
1299 static void make_nbf_tables(FILE *fp,
1300                             const interaction_const_t *ic, real rtab,
1301                             const char *tabfn, char *eg1, char *eg2,
1302                             t_nblists *nbl)
1303 {
1304     char buf[STRLEN];
1305     int  i, j;
1306
1307     if (tabfn == nullptr)
1308     {
1309         if (debug)
1310         {
1311             fprintf(debug, "No table file name passed, can not read table, can not do non-bonded interactions\n");
1312         }
1313         return;
1314     }
1315
1316     sprintf(buf, "%s", tabfn);
1317     if (eg1 && eg2)
1318     {
1319         /* Append the two energy group names */
1320         sprintf(buf + strlen(tabfn) - strlen(ftp2ext(efXVG)) - 1, "_%s_%s.%s",
1321                 eg1, eg2, ftp2ext(efXVG));
1322     }
1323     nbl->table_elec_vdw = make_tables(fp, ic, buf, rtab, 0);
1324     /* Copy the contents of the table to separate coulomb and LJ tables too,
1325      * to improve cache performance.
1326      */
1327     /* For performance reasons we want
1328      * the table data to be aligned to 16-byte. The pointers could be freed
1329      * but currently aren't.
1330      */
1331     snew(nbl->table_elec, 1);
1332     nbl->table_elec->interaction   = GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC;
1333     nbl->table_elec->format        = nbl->table_elec_vdw->format;
1334     nbl->table_elec->r             = nbl->table_elec_vdw->r;
1335     nbl->table_elec->n             = nbl->table_elec_vdw->n;
1336     nbl->table_elec->scale         = nbl->table_elec_vdw->scale;
1337     nbl->table_elec->formatsize    = nbl->table_elec_vdw->formatsize;
1338     nbl->table_elec->ninteractions = 1;
1339     nbl->table_elec->stride        = nbl->table_elec->formatsize * nbl->table_elec->ninteractions;
1340     snew_aligned(nbl->table_elec->data, nbl->table_elec->stride*(nbl->table_elec->n+1), 32);
1341
1342     snew(nbl->table_vdw, 1);
1343     nbl->table_vdw->interaction   = GMX_TABLE_INTERACTION_VDWREP_VDWDISP;
1344     nbl->table_vdw->format        = nbl->table_elec_vdw->format;
1345     nbl->table_vdw->r             = nbl->table_elec_vdw->r;
1346     nbl->table_vdw->n             = nbl->table_elec_vdw->n;
1347     nbl->table_vdw->scale         = nbl->table_elec_vdw->scale;
1348     nbl->table_vdw->formatsize    = nbl->table_elec_vdw->formatsize;
1349     nbl->table_vdw->ninteractions = 2;
1350     nbl->table_vdw->stride        = nbl->table_vdw->formatsize * nbl->table_vdw->ninteractions;
1351     snew_aligned(nbl->table_vdw->data, nbl->table_vdw->stride*(nbl->table_vdw->n+1), 32);
1352
1353     /* NOTE: Using a single i-loop here leads to mix-up of data in table_vdw
1354      *       with (at least) gcc 6.2, 6.3 and 6.4 when compiled with -O3 and AVX
1355      */
1356     for (i = 0; i <= nbl->table_elec_vdw->n; i++)
1357     {
1358         for (j = 0; j < 4; j++)
1359         {
1360             nbl->table_elec->data[4*i+j] = nbl->table_elec_vdw->data[12*i+j];
1361         }
1362     }
1363     for (i = 0; i <= nbl->table_elec_vdw->n; i++)
1364     {
1365         for (j = 0; j < 8; j++)
1366         {
1367             nbl->table_vdw->data[8*i+j] = nbl->table_elec_vdw->data[12*i+4+j];
1368         }
1369     }
1370 }
1371
1372 /*!\brief If there's bonded interactions of type \c ftype1 or \c
1373  * ftype2 present in the topology, build an array of the number of
1374  * interactions present for each bonded interaction index found in the
1375  * topology.
1376  *
1377  * \c ftype1 or \c ftype2 may be set to -1 to disable seeking for a
1378  * valid type with that parameter.
1379  *
1380  * \c count will be reallocated as necessary to fit the largest bonded
1381  * interaction index found, and its current size will be returned in
1382  * \c ncount. It will contain zero for every bonded interaction index
1383  * for which no interactions are present in the topology.
1384  */
1385 static void count_tables(int ftype1, int ftype2, const gmx_mtop_t *mtop,
1386                          int *ncount, int **count)
1387 {
1388     const gmx_moltype_t *molt;
1389     const t_ilist       *il;
1390     int                  mt, ftype, stride, i, j, tabnr;
1391
1392     // Loop over all moleculetypes
1393     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
1394     {
1395         molt = &mtop->moltype[mt];
1396         // Loop over all interaction types
1397         for (ftype = 0; ftype < F_NRE; ftype++)
1398         {
1399             // If the current interaction type is one of the types whose tables we're trying to count...
1400             if (ftype == ftype1 || ftype == ftype2)
1401             {
1402                 il     = &molt->ilist[ftype];
1403                 stride = 1 + NRAL(ftype);
1404                 // ... and there are actually some interactions for this type
1405                 for (i = 0; i < il->nr; i += stride)
1406                 {
1407                     // Find out which table index the user wanted
1408                     tabnr = mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]].tab.table;
1409                     if (tabnr < 0)
1410                     {
1411                         gmx_fatal(FARGS, "A bonded table number is smaller than 0: %d\n", tabnr);
1412                     }
1413                     // Make room for this index in the data structure
1414                     if (tabnr >= *ncount)
1415                     {
1416                         srenew(*count, tabnr+1);
1417                         for (j = *ncount; j < tabnr+1; j++)
1418                         {
1419                             (*count)[j] = 0;
1420                         }
1421                         *ncount = tabnr+1;
1422                     }
1423                     // Record that this table index is used and must have a valid file
1424                     (*count)[tabnr]++;
1425                 }
1426             }
1427         }
1428     }
1429 }
1430
1431 /*!\brief If there's bonded interactions of flavour \c tabext and type
1432  * \c ftype1 or \c ftype2 present in the topology, seek them in the
1433  * list of filenames passed to mdrun, and make bonded tables from
1434  * those files.
1435  *
1436  * \c ftype1 or \c ftype2 may be set to -1 to disable seeking for a
1437  * valid type with that parameter.
1438  *
1439  * A fatal error occurs if no matching filename is found.
1440  */
1441 static bondedtable_t *make_bonded_tables(FILE *fplog,
1442                                          int ftype1, int ftype2,
1443                                          const gmx_mtop_t *mtop,
1444                                          const t_filenm *tabbfnm,
1445                                          const char *tabext)
1446 {
1447     int            ncount, *count;
1448     bondedtable_t *tab;
1449
1450     tab = nullptr;
1451
1452     ncount = 0;
1453     count  = nullptr;
1454     count_tables(ftype1, ftype2, mtop, &ncount, &count);
1455
1456     // Are there any relevant tabulated bond interactions?
1457     if (ncount > 0)
1458     {
1459         snew(tab, ncount);
1460         for (int i = 0; i < ncount; i++)
1461         {
1462             // Do any interactions exist that requires this table?
1463             if (count[i] > 0)
1464             {
1465                 // This pattern enforces the current requirement that
1466                 // table filenames end in a characteristic sequence
1467                 // before the file type extension, and avoids table 13
1468                 // being recognized and used for table 1.
1469                 std::string patternToFind = gmx::formatString("_%s%d.%s", tabext, i, ftp2ext(efXVG));
1470                 bool        madeTable     = false;
1471                 for (int j = 0; j < tabbfnm->nfiles && !madeTable; ++j)
1472                 {
1473                     std::string filename(tabbfnm->fns[j]);
1474                     if (gmx::endsWith(filename, patternToFind))
1475                     {
1476                         // Finally read the table from the file found
1477                         tab[i]    = make_bonded_table(fplog, tabbfnm->fns[j], NRAL(ftype1)-2);
1478                         madeTable = true;
1479                     }
1480                 }
1481                 if (!madeTable)
1482                 {
1483                     bool isPlural = (ftype2 != -1);
1484                     gmx_fatal(FARGS, "Tabulated interaction of type '%s%s%s' with index %d cannot be used because no table file whose name matched '%s' was passed via the gmx mdrun -tableb command-line option.",
1485                               interaction_function[ftype1].longname,
1486                               isPlural ? "' or '" : "",
1487                               isPlural ? interaction_function[ftype2].longname : "",
1488                               i,
1489                               patternToFind.c_str());
1490                 }
1491             }
1492         }
1493         sfree(count);
1494     }
1495
1496     return tab;
1497 }
1498
1499 void forcerec_set_ranges(t_forcerec *fr,
1500                          int ncg_home, int ncg_force,
1501                          int natoms_force,
1502                          int natoms_force_constr, int natoms_f_novirsum)
1503 {
1504     fr->cg0 = 0;
1505     fr->hcg = ncg_home;
1506
1507     /* fr->ncg_force is unused in the standard code,
1508      * but it can be useful for modified code dealing with charge groups.
1509      */
1510     fr->ncg_force           = ncg_force;
1511     fr->natoms_force        = natoms_force;
1512     fr->natoms_force_constr = natoms_force_constr;
1513
1514     if (fr->natoms_force_constr > fr->nalloc_force)
1515     {
1516         fr->nalloc_force = over_alloc_dd(fr->natoms_force_constr);
1517     }
1518
1519     if (fr->haveDirectVirialContributions)
1520     {
1521         fr->forceBufferForDirectVirialContributions->resize(natoms_f_novirsum);
1522     }
1523 }
1524
1525 static real cutoff_inf(real cutoff)
1526 {
1527     if (cutoff == 0)
1528     {
1529         cutoff = GMX_CUTOFF_INF;
1530     }
1531
1532     return cutoff;
1533 }
1534
1535 gmx_bool can_use_allvsall(const t_inputrec *ir, gmx_bool bPrintNote, t_commrec *cr, FILE *fp)
1536 {
1537     gmx_bool bAllvsAll;
1538
1539     bAllvsAll =
1540         (
1541             ir->rlist == 0            &&
1542             ir->rcoulomb == 0         &&
1543             ir->rvdw == 0             &&
1544             ir->ePBC == epbcNONE      &&
1545             ir->vdwtype == evdwCUT    &&
1546             ir->coulombtype == eelCUT &&
1547             ir->efep == efepNO        &&
1548             getenv("GMX_NO_ALLVSALL") == nullptr
1549         );
1550
1551     if (bAllvsAll && ir->opts.ngener > 1)
1552     {
1553         const char *note = "NOTE: Can not use all-vs-all force loops, because there are multiple energy monitor groups; you might get significantly higher performance when using only a single energy monitor group.\n";
1554
1555         if (bPrintNote)
1556         {
1557             if (fp != nullptr)
1558             {
1559                 fprintf(fp, "\n%s\n", note);
1560             }
1561         }
1562         bAllvsAll = FALSE;
1563     }
1564
1565     if (bAllvsAll && fp && MASTER(cr))
1566     {
1567         fprintf(fp, "\nUsing SIMD all-vs-all kernels.\n\n");
1568     }
1569
1570     return bAllvsAll;
1571 }
1572
1573
1574 gmx_bool nbnxn_simd_supported(const gmx::MDLogger &mdlog,
1575                               const t_inputrec    *ir)
1576 {
1577     if (ir->vdwtype == evdwPME && ir->ljpme_combination_rule == eljpmeLB)
1578     {
1579         /* LJ PME with LB combination rule does 7 mesh operations.
1580          * This so slow that we don't compile SIMD non-bonded kernels
1581          * for that. */
1582         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText("LJ-PME with Lorentz-Berthelot is not supported with SIMD kernels, falling back to plain C kernels");
1583         return FALSE;
1584     }
1585
1586     return TRUE;
1587 }
1588
1589
1590 static void pick_nbnxn_kernel_cpu(const t_inputrec gmx_unused    *ir,
1591                                   int                            *kernel_type,
1592                                   int                            *ewald_excl,
1593                                   const gmx_hw_info_t gmx_unused &hardwareInfo)
1594 {
1595     *kernel_type = nbnxnk4x4_PlainC;
1596     *ewald_excl  = ewaldexclTable;
1597
1598 #if GMX_SIMD
1599     {
1600 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_4XN
1601         *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_4xN;
1602 #endif
1603 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_2XNN
1604         *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_2xNN;
1605 #endif
1606
1607 #if defined GMX_NBNXN_SIMD_2XNN && defined GMX_NBNXN_SIMD_4XN
1608         /* We need to choose if we want 2x(N+N) or 4xN kernels.
1609          * This is based on the SIMD acceleration choice and CPU information
1610          * detected at runtime.
1611          *
1612          * 4xN calculates more (zero) interactions, but has less pair-search
1613          * work and much better kernel instruction scheduling.
1614          *
1615          * Up till now we have only seen that on Intel Sandy/Ivy Bridge,
1616          * which doesn't have FMA, both the analytical and tabulated Ewald
1617          * kernels have similar pair rates for 4x8 and 2x(4+4), so we choose
1618          * 2x(4+4) because it results in significantly fewer pairs.
1619          * For RF, the raw pair rate of the 4x8 kernel is higher than 2x(4+4),
1620          * 10% with HT, 50% without HT. As we currently don't detect the actual
1621          * use of HT, use 4x8 to avoid a potential performance hit.
1622          * On Intel Haswell 4x8 is always faster.
1623          */
1624         *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_4xN;
1625
1626 #if !GMX_SIMD_HAVE_FMA
1627         if (EEL_PME_EWALD(ir->coulombtype) ||
1628             EVDW_PME(ir->vdwtype))
1629         {
1630             /* We have Ewald kernels without FMA (Intel Sandy/Ivy Bridge).
1631              * There are enough instructions to make 2x(4+4) efficient.
1632              */
1633             *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_2xNN;
1634         }
1635 #endif
1636         if (hardwareInfo.haveAmdZenCpu)
1637         {
1638             /* One 256-bit FMA per cycle makes 2xNN faster */
1639             *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_2xNN;
1640         }
1641 #endif  /* GMX_NBNXN_SIMD_2XNN && GMX_NBNXN_SIMD_4XN */
1642
1643
1644         if (getenv("GMX_NBNXN_SIMD_4XN") != nullptr)
1645         {
1646 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_4XN
1647             *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_4xN;
1648 #else
1649             gmx_fatal(FARGS, "SIMD 4xN kernels requested, but GROMACS has been compiled without support for these kernels");
1650 #endif
1651         }
1652         if (getenv("GMX_NBNXN_SIMD_2XNN") != nullptr)
1653         {
1654 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_2XNN
1655             *kernel_type = nbnxnk4xN_SIMD_2xNN;
1656 #else
1657             gmx_fatal(FARGS, "SIMD 2x(N+N) kernels requested, but GROMACS has been compiled without support for these kernels");
1658 #endif
1659         }
1660
1661         /* Analytical Ewald exclusion correction is only an option in
1662          * the SIMD kernel.
1663          * Since table lookup's don't parallelize with SIMD, analytical
1664          * will probably always be faster for a SIMD width of 8 or more.
1665          * With FMA analytical is sometimes faster for a width if 4 as well.
1666          * In single precision, this is faster on Bulldozer.
1667          */
1668 #if GMX_SIMD_REAL_WIDTH >= 8 || \
1669         (GMX_SIMD_REAL_WIDTH >= 4 && GMX_SIMD_HAVE_FMA && !GMX_DOUBLE)
1670         /* On AMD Zen, tabulated Ewald kernels are faster on all 4 combinations
1671          * of single or double precision and 128 or 256-bit AVX2.
1672          */
1673         if (!hardwareInfo.haveAmdZenCpu)
1674         {
1675             *ewald_excl = ewaldexclAnalytical;
1676         }
1677 #endif
1678         if (getenv("GMX_NBNXN_EWALD_TABLE") != nullptr)
1679         {
1680             *ewald_excl = ewaldexclTable;
1681         }
1682         if (getenv("GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL") != nullptr)
1683         {
1684             *ewald_excl = ewaldexclAnalytical;
1685         }
1686
1687     }
1688 #endif // GMX_SIMD
1689 }
1690
1691
1692 const char *lookup_nbnxn_kernel_name(int kernel_type)
1693 {
1694     const char *returnvalue = nullptr;
1695     switch (kernel_type)
1696     {
1697         case nbnxnkNotSet:
1698             returnvalue = "not set";
1699             break;
1700         case nbnxnk4x4_PlainC:
1701             returnvalue = "plain C";
1702             break;
1703         case nbnxnk4xN_SIMD_4xN:
1704         case nbnxnk4xN_SIMD_2xNN:
1705 #if GMX_SIMD
1706             returnvalue = "SIMD";
1707 #else  // GMX_SIMD
1708             returnvalue = "not available";
1709 #endif // GMX_SIMD
1710             break;
1711         case nbnxnk8x8x8_GPU: returnvalue    = "GPU"; break;
1712         case nbnxnk8x8x8_PlainC: returnvalue = "plain C"; break;
1713
1714         case nbnxnkNR:
1715         default:
1716             gmx_fatal(FARGS, "Illegal kernel type selected");
1717             returnvalue = nullptr;
1718             break;
1719     }
1720     return returnvalue;
1721 };
1722
1723 static void pick_nbnxn_kernel(const gmx::MDLogger &mdlog,
1724                               gmx_bool             use_simd_kernels,
1725                               const gmx_hw_info_t &hardwareInfo,
1726                               gmx_bool             bUseGPU,
1727                               EmulateGpuNonbonded  emulateGpu,
1728                               const t_inputrec    *ir,
1729                               int                 *kernel_type,
1730                               int                 *ewald_excl,
1731                               gmx_bool             bDoNonbonded)
1732 {
1733     assert(kernel_type);
1734
1735     *kernel_type = nbnxnkNotSet;
1736     *ewald_excl  = ewaldexclTable;
1737
1738     if (emulateGpu == EmulateGpuNonbonded::Yes)
1739     {
1740         *kernel_type = nbnxnk8x8x8_PlainC;
1741
1742         if (bDoNonbonded)
1743         {
1744             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText("Emulating a GPU run on the CPU (slow)");
1745         }
1746     }
1747     else if (bUseGPU)
1748     {
1749         *kernel_type = nbnxnk8x8x8_GPU;
1750     }
1751
1752     if (*kernel_type == nbnxnkNotSet)
1753     {
1754         if (use_simd_kernels &&
1755             nbnxn_simd_supported(mdlog, ir))
1756         {
1757             pick_nbnxn_kernel_cpu(ir, kernel_type, ewald_excl, hardwareInfo);
1758         }
1759         else
1760         {
1761             *kernel_type = nbnxnk4x4_PlainC;
1762         }
1763     }
1764
1765     if (bDoNonbonded)
1766     {
1767         GMX_LOG(mdlog.info).asParagraph().appendTextFormatted(
1768                 "Using %s %dx%d nonbonded short-range kernels",
1769                 lookup_nbnxn_kernel_name(*kernel_type),
1770                 nbnxn_kernel_to_cluster_i_size(*kernel_type),
1771                 nbnxn_kernel_to_cluster_j_size(*kernel_type));
1772
1773         if (nbnxnk4x4_PlainC == *kernel_type ||
1774             nbnxnk8x8x8_PlainC == *kernel_type)
1775         {
1776             GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendTextFormatted(
1777                     "WARNING: Using the slow %s kernels. This should\n"
1778                     "not happen during routine usage on supported platforms.",
1779                     lookup_nbnxn_kernel_name(*kernel_type));
1780         }
1781     }
1782 }
1783
1784 /*! \brief Print Coulomb Ewald citations and set ewald coefficients */
1785 static void initCoulombEwaldParameters(FILE *fp, const t_inputrec *ir,
1786                                        bool systemHasNetCharge,
1787                                        interaction_const_t *ic)
1788 {
1789     if (!EEL_PME_EWALD(ir->coulombtype))
1790     {
1791         return;
1792     }
1793
1794     if (fp)
1795     {
1796         fprintf(fp, "Will do PME sum in reciprocal space for electrostatic interactions.\n");
1797
1798         if (ir->coulombtype == eelP3M_AD)
1799         {
1800             please_cite(fp, "Hockney1988");
1801             please_cite(fp, "Ballenegger2012");
1802         }
1803         else
1804         {
1805             please_cite(fp, "Essmann95a");
1806         }
1807
1808         if (ir->ewald_geometry == eewg3DC)
1809         {
1810             if (fp)
1811             {
1812                 fprintf(fp, "Using the Ewald3DC correction for systems with a slab geometry%s.\n",
1813                         systemHasNetCharge ? " and net charge" : "");
1814             }
1815             please_cite(fp, "In-Chul99a");
1816             if (systemHasNetCharge)
1817             {
1818                 please_cite(fp, "Ballenegger2009");
1819             }
1820         }
1821     }
1822
1823     ic->ewaldcoeff_q = calc_ewaldcoeff_q(ir->rcoulomb, ir->ewald_rtol);
1824     if (fp)
1825     {
1826         fprintf(fp, "Using a Gaussian width (1/beta) of %g nm for Ewald\n",
1827                 1/ic->ewaldcoeff_q);
1828     }
1829
1830     if (ic->coulomb_modifier == eintmodPOTSHIFT)
1831     {
1832         GMX_RELEASE_ASSERT(ic->rcoulomb != 0, "Cutoff radius cannot be zero");
1833         ic->sh_ewald = std::erfc(ic->ewaldcoeff_q*ic->rcoulomb) / ic->rcoulomb;
1834     }
1835     else
1836     {
1837         ic->sh_ewald = 0;
1838     }
1839 }
1840
1841 /*! \brief Print Van der Waals Ewald citations and set ewald coefficients */
1842 static void initVdwEwaldParameters(FILE *fp, const t_inputrec *ir,
1843                                    interaction_const_t *ic)
1844 {
1845     if (!EVDW_PME(ir->vdwtype))
1846     {
1847         return;
1848     }
1849
1850     if (fp)
1851     {
1852         fprintf(fp, "Will do PME sum in reciprocal space for LJ dispersion interactions.\n");
1853         please_cite(fp, "Essmann95a");
1854     }
1855     ic->ewaldcoeff_lj = calc_ewaldcoeff_lj(ir->rvdw, ir->ewald_rtol_lj);
1856     if (fp)
1857     {
1858         fprintf(fp, "Using a Gaussian width (1/beta) of %g nm for LJ Ewald\n",
1859                 1/ic->ewaldcoeff_lj);
1860     }
1861
1862     if (ic->vdw_modifier == eintmodPOTSHIFT)
1863     {
1864         real crc2       = gmx::square(ic->ewaldcoeff_lj*ic->rvdw);
1865         ic->sh_lj_ewald = (std::exp(-crc2)*(1 + crc2 + 0.5*crc2*crc2) - 1)/gmx::power6(ic->rvdw);
1866     }
1867     else
1868     {
1869         ic->sh_lj_ewald = 0;
1870     }
1871 }
1872
1873 gmx_bool uses_simple_tables(int                 cutoff_scheme,
1874                             nonbonded_verlet_t *nbv,
1875                             int                 group)
1876 {
1877     gmx_bool bUsesSimpleTables = TRUE;
1878     int      grp_index;
1879
1880     switch (cutoff_scheme)
1881     {
1882         case ecutsGROUP:
1883             bUsesSimpleTables = TRUE;
1884             break;
1885         case ecutsVERLET:
1886             assert(NULL != nbv && NULL != nbv->grp);
1887             grp_index         = (group < 0) ? 0 : (nbv->ngrp - 1);
1888             bUsesSimpleTables = nbnxn_kernel_pairlist_simple(nbv->grp[grp_index].kernel_type);
1889             break;
1890         default:
1891             gmx_incons("unimplemented");
1892     }
1893     return bUsesSimpleTables;
1894 }
1895
1896 static void init_ewald_f_table(interaction_const_t *ic,
1897                                real                 rtab)
1898 {
1899     real maxr;
1900
1901     /* Get the Ewald table spacing based on Coulomb and/or LJ
1902      * Ewald coefficients and rtol.
1903      */
1904     ic->tabq_scale = ewald_spline3_table_scale(ic);
1905
1906     if (ic->cutoff_scheme == ecutsVERLET)
1907     {
1908         maxr = ic->rcoulomb;
1909     }
1910     else
1911     {
1912         maxr = std::max(ic->rcoulomb, rtab);
1913     }
1914     ic->tabq_size  = static_cast<int>(maxr*ic->tabq_scale) + 2;
1915
1916     sfree_aligned(ic->tabq_coul_FDV0);
1917     sfree_aligned(ic->tabq_coul_F);
1918     sfree_aligned(ic->tabq_coul_V);
1919
1920     sfree_aligned(ic->tabq_vdw_FDV0);
1921     sfree_aligned(ic->tabq_vdw_F);
1922     sfree_aligned(ic->tabq_vdw_V);
1923
1924     if (EEL_PME_EWALD(ic->eeltype))
1925     {
1926         /* Create the original table data in FDV0 */
1927         snew_aligned(ic->tabq_coul_FDV0, ic->tabq_size*4, 32);
1928         snew_aligned(ic->tabq_coul_F, ic->tabq_size, 32);
1929         snew_aligned(ic->tabq_coul_V, ic->tabq_size, 32);
1930         table_spline3_fill_ewald_lr(ic->tabq_coul_F, ic->tabq_coul_V, ic->tabq_coul_FDV0,
1931                                     ic->tabq_size, 1/ic->tabq_scale, ic->ewaldcoeff_q, v_q_ewald_lr);
1932     }
1933
1934     if (EVDW_PME(ic->vdwtype))
1935     {
1936         snew_aligned(ic->tabq_vdw_FDV0, ic->tabq_size*4, 32);
1937         snew_aligned(ic->tabq_vdw_F, ic->tabq_size, 32);
1938         snew_aligned(ic->tabq_vdw_V, ic->tabq_size, 32);
1939         table_spline3_fill_ewald_lr(ic->tabq_vdw_F, ic->tabq_vdw_V, ic->tabq_vdw_FDV0,
1940                                     ic->tabq_size, 1/ic->tabq_scale, ic->ewaldcoeff_lj, v_lj_ewald_lr);
1941     }
1942 }
1943
1944 void init_interaction_const_tables(FILE                *fp,
1945                                    interaction_const_t *ic,
1946                                    real                 rtab)
1947 {
1948     if (EEL_PME_EWALD(ic->eeltype) || EVDW_PME(ic->vdwtype))
1949     {
1950         init_ewald_f_table(ic, rtab);
1951
1952         if (fp != nullptr)
1953         {
1954             fprintf(fp, "Initialized non-bonded Ewald correction tables, spacing: %.2e size: %d\n\n",
1955                     1/ic->tabq_scale, ic->tabq_size);
1956         }
1957     }
1958 }
1959
1960 static void clear_force_switch_constants(shift_consts_t *sc)
1961 {
1962     sc->c2   = 0;
1963     sc->c3   = 0;
1964     sc->cpot = 0;
1965 }
1966
1967 static void force_switch_constants(real p,
1968                                    real rsw, real rc,
1969                                    shift_consts_t *sc)
1970 {
1971     /* Here we determine the coefficient for shifting the force to zero
1972      * between distance rsw and the cut-off rc.
1973      * For a potential of r^-p, we have force p*r^-(p+1).
1974      * But to save flops we absorb p in the coefficient.
1975      * Thus we get:
1976      * force/p   = r^-(p+1) + c2*r^2 + c3*r^3
1977      * potential = r^-p + c2/3*r^3 + c3/4*r^4 + cpot
1978      */
1979     sc->c2   =  ((p + 1)*rsw - (p + 4)*rc)/(pow(rc, p + 2)*gmx::square(rc - rsw));
1980     sc->c3   = -((p + 1)*rsw - (p + 3)*rc)/(pow(rc, p + 2)*gmx::power3(rc - rsw));
1981     sc->cpot = -pow(rc, -p) + p*sc->c2/3*gmx::power3(rc - rsw) + p*sc->c3/4*gmx::power4(rc - rsw);
1982 }
1983
1984 static void potential_switch_constants(real rsw, real rc,
1985                                        switch_consts_t *sc)
1986 {
1987     /* The switch function is 1 at rsw and 0 at rc.
1988      * The derivative and second derivate are zero at both ends.
1989      * rsw        = max(r - r_switch, 0)
1990      * sw         = 1 + c3*rsw^3 + c4*rsw^4 + c5*rsw^5
1991      * dsw        = 3*c3*rsw^2 + 4*c4*rsw^3 + 5*c5*rsw^4
1992      * force      = force*dsw - potential*sw
1993      * potential *= sw
1994      */
1995     sc->c3 = -10/gmx::power3(rc - rsw);
1996     sc->c4 =  15/gmx::power4(rc - rsw);
1997     sc->c5 =  -6/gmx::power5(rc - rsw);
1998 }
1999
2000 /*! \brief Construct interaction constants
2001  *
2002  * This data is used (particularly) by search and force code for
2003  * short-range interactions. Many of these are constant for the whole
2004  * simulation; some are constant only after PME tuning completes.
2005  */
2006 static void
2007 init_interaction_const(FILE                       *fp,
2008                        interaction_const_t       **interaction_const,
2009                        const t_inputrec           *ir,
2010                        const gmx_mtop_t           *mtop,
2011                        bool                        systemHasNetCharge)
2012 {
2013     interaction_const_t *ic;
2014
2015     snew(ic, 1);
2016
2017     ic->cutoff_scheme   = ir->cutoff_scheme;
2018
2019     /* Just allocate something so we can free it */
2020     snew_aligned(ic->tabq_coul_FDV0, 16, 32);
2021     snew_aligned(ic->tabq_coul_F, 16, 32);
2022     snew_aligned(ic->tabq_coul_V, 16, 32);
2023
2024     /* Lennard-Jones */
2025     ic->vdwtype         = ir->vdwtype;
2026     ic->vdw_modifier    = ir->vdw_modifier;
2027     ic->reppow          = mtop->ffparams.reppow;
2028     ic->rvdw            = cutoff_inf(ir->rvdw);
2029     ic->rvdw_switch     = ir->rvdw_switch;
2030     ic->ljpme_comb_rule = ir->ljpme_combination_rule;
2031     ic->useBuckingham   = (mtop->ffparams.functype[0] == F_BHAM);
2032     if (ic->useBuckingham)
2033     {
2034         ic->buckinghamBMax = calcBuckinghamBMax(fp, mtop);
2035     }
2036
2037     initVdwEwaldParameters(fp, ir, ic);
2038
2039     clear_force_switch_constants(&ic->dispersion_shift);
2040     clear_force_switch_constants(&ic->repulsion_shift);
2041
2042     switch (ic->vdw_modifier)
2043     {
2044         case eintmodPOTSHIFT:
2045             /* Only shift the potential, don't touch the force */
2046             ic->dispersion_shift.cpot = -1.0/gmx::power6(ic->rvdw);
2047             ic->repulsion_shift.cpot  = -1.0/gmx::power12(ic->rvdw);
2048             break;
2049         case eintmodFORCESWITCH:
2050             /* Switch the force, switch and shift the potential */
2051             force_switch_constants(6.0, ic->rvdw_switch, ic->rvdw,
2052                                    &ic->dispersion_shift);
2053             force_switch_constants(12.0, ic->rvdw_switch, ic->rvdw,
2054                                    &ic->repulsion_shift);
2055             break;
2056         case eintmodPOTSWITCH:
2057             /* Switch the potential and force */
2058             potential_switch_constants(ic->rvdw_switch, ic->rvdw,
2059                                        &ic->vdw_switch);
2060             break;
2061         case eintmodNONE:
2062         case eintmodEXACTCUTOFF:
2063             /* Nothing to do here */
2064             break;
2065         default:
2066             gmx_incons("unimplemented potential modifier");
2067     }
2068
2069     ic->sh_invrc6 = -ic->dispersion_shift.cpot;
2070
2071     /* Electrostatics */
2072     ic->eeltype          = ir->coulombtype;
2073     ic->coulomb_modifier = ir->coulomb_modifier;
2074     ic->rcoulomb         = cutoff_inf(ir->rcoulomb);
2075     ic->rcoulomb_switch  = ir->rcoulomb_switch;
2076     ic->epsilon_r        = ir->epsilon_r;
2077
2078     /* Set the Coulomb energy conversion factor */
2079     if (ic->epsilon_r != 0)
2080     {
2081         ic->epsfac = ONE_4PI_EPS0/ic->epsilon_r;
2082     }
2083     else
2084     {
2085         /* eps = 0 is infinite dieletric: no Coulomb interactions */
2086         ic->epsfac = 0;
2087     }
2088
2089     /* Reaction-field */
2090     if (EEL_RF(ic->eeltype))
2091     {
2092         ic->epsilon_rf = ir->epsilon_rf;
2093         /* Generalized reaction field parameters are updated every step */
2094         if (ic->eeltype != eelGRF)
2095         {
2096             calc_rffac(fp, ic->eeltype, ic->epsilon_r, ic->epsilon_rf,
2097                        ic->rcoulomb, 0, 0, NULL,
2098                        &ic->k_rf, &ic->c_rf);
2099         }
2100
2101         if (ir->cutoff_scheme == ecutsGROUP && ic->eeltype == eelRF_ZERO)
2102         {
2103             /* grompp should have done this, but this scheme is obsolete */
2104             ic->coulomb_modifier = eintmodEXACTCUTOFF;
2105         }
2106     }
2107     else
2108     {
2109         /* For plain cut-off we might use the reaction-field kernels */
2110         ic->epsilon_rf = ic->epsilon_r;
2111         ic->k_rf       = 0;
2112         if (ir->coulomb_modifier == eintmodPOTSHIFT)
2113         {
2114             ic->c_rf   = 1/ic->rcoulomb;
2115         }
2116         else
2117         {
2118             ic->c_rf   = 0;
2119         }
2120     }
2121
2122     initCoulombEwaldParameters(fp, ir, systemHasNetCharge, ic);
2123
2124     if (fp != nullptr)
2125     {
2126         real dispersion_shift;
2127
2128         dispersion_shift = ic->dispersion_shift.cpot;
2129         if (EVDW_PME(ic->vdwtype))
2130         {
2131             dispersion_shift -= ic->sh_lj_ewald;
2132         }
2133         fprintf(fp, "Potential shift: LJ r^-12: %.3e r^-6: %.3e",
2134                 ic->repulsion_shift.cpot, dispersion_shift);
2135
2136         if (ic->eeltype == eelCUT)
2137         {
2138             fprintf(fp, ", Coulomb %.e", -ic->c_rf);
2139         }
2140         else if (EEL_PME(ic->eeltype))
2141         {
2142             fprintf(fp, ", Ewald %.3e", -ic->sh_ewald);
2143         }
2144         fprintf(fp, "\n");
2145     }
2146
2147     *interaction_const = ic;
2148 }
2149
2150 static void init_nb_verlet(const gmx::MDLogger     &mdlog,
2151                            nonbonded_verlet_t     **nb_verlet,
2152                            gmx_bool                 bFEP_NonBonded,
2153                            const t_inputrec        *ir,
2154                            const t_forcerec        *fr,
2155                            const t_commrec         *cr,
2156                            const gmx_hw_info_t     &hardwareInfo,
2157                            const gmx_device_info_t *deviceInfo,
2158                            const gmx_mtop_t        *mtop,
2159                            matrix                   box)
2160 {
2161     nonbonded_verlet_t *nbv;
2162     char               *env;
2163
2164     nbnxn_alloc_t      *nb_alloc;
2165     nbnxn_free_t       *nb_free;
2166
2167     nbv = new nonbonded_verlet_t();
2168
2169     nbv->emulateGpu = ((getenv("GMX_EMULATE_GPU") != nullptr) ? EmulateGpuNonbonded::Yes : EmulateGpuNonbonded::No);
2170     nbv->bUseGPU    = deviceInfo != nullptr;
2171
2172     GMX_RELEASE_ASSERT(!(nbv->emulateGpu == EmulateGpuNonbonded::Yes && nbv->bUseGPU), "When GPU emulation is active, there cannot be a GPU assignment");
2173
2174     nbv->nbs             = nullptr;
2175     nbv->min_ci_balanced = 0;
2176
2177     nbv->ngrp = (DOMAINDECOMP(cr) ? 2 : 1);
2178     for (int i = 0; i < nbv->ngrp; i++)
2179     {
2180         nbv->grp[i].nbl_lists.nnbl = 0;
2181         nbv->grp[i].kernel_type    = nbnxnkNotSet;
2182
2183         if (i == 0) /* local */
2184         {
2185             pick_nbnxn_kernel(mdlog, fr->use_simd_kernels, hardwareInfo,
2186                               nbv->bUseGPU, nbv->emulateGpu, ir,
2187                               &nbv->grp[i].kernel_type,
2188                               &nbv->grp[i].ewald_excl,
2189                               fr->bNonbonded);
2190         }
2191         else /* non-local */
2192         {
2193             /* Use the same kernel for local and non-local interactions */
2194             nbv->grp[i].kernel_type = nbv->grp[0].kernel_type;
2195             nbv->grp[i].ewald_excl  = nbv->grp[0].ewald_excl;
2196         }
2197     }
2198
2199     nbv->listParams = std::unique_ptr<NbnxnListParameters>(new NbnxnListParameters(ir->rlist));
2200     setupDynamicPairlistPruning(mdlog, ir, mtop, box, nbv->grp[0].kernel_type, fr->ic,
2201                                 nbv->listParams.get());
2202
2203     nbnxn_init_search(&nbv->nbs,
2204                       DOMAINDECOMP(cr) ? &cr->dd->nc : nullptr,
2205                       DOMAINDECOMP(cr) ? domdec_zones(cr->dd) : nullptr,
2206                       bFEP_NonBonded,
2207                       gmx_omp_nthreads_get(emntPairsearch));
2208
2209     gpu_set_host_malloc_and_free(nbv->grp[0].kernel_type == nbnxnk8x8x8_GPU,
2210                                  &nb_alloc, &nb_free);
2211
2212     for (int i = 0; i < nbv->ngrp; i++)
2213     {
2214         nbnxn_init_pairlist_set(&nbv->grp[i].nbl_lists,
2215                                 nbnxn_kernel_pairlist_simple(nbv->grp[i].kernel_type),
2216                                 /* 8x8x8 "non-simple" lists are ATM always combined */
2217                                 !nbnxn_kernel_pairlist_simple(nbv->grp[i].kernel_type),
2218                                 nb_alloc, nb_free);
2219     }
2220
2221     int      enbnxninitcombrule;
2222     if (fr->ic->vdwtype == evdwCUT &&
2223         (fr->ic->vdw_modifier == eintmodNONE ||
2224          fr->ic->vdw_modifier == eintmodPOTSHIFT) &&
2225         getenv("GMX_NO_LJ_COMB_RULE") == nullptr)
2226     {
2227         /* Plain LJ cut-off: we can optimize with combination rules */
2228         enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleDETECT;
2229     }
2230     else if (fr->ic->vdwtype == evdwPME)
2231     {
2232         /* LJ-PME: we need to use a combination rule for the grid */
2233         if (fr->ljpme_combination_rule == eljpmeGEOM)
2234         {
2235             enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleGEOM;
2236         }
2237         else
2238         {
2239             enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleLB;
2240         }
2241     }
2242     else
2243     {
2244         /* We use a full combination matrix: no rule required */
2245         enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleNONE;
2246     }
2247
2248     snew(nbv->nbat, 1);
2249     int mimimumNumEnergyGroupNonbonded = ir->opts.ngener;
2250     if (ir->opts.ngener - ir->nwall == 1)
2251     {
2252         /* We have only one non-wall energy group, we do not need energy group
2253          * support in the non-bondeds kernels, since all non-bonded energy
2254          * contributions go to the first element of the energy group matrix.
2255          */
2256         mimimumNumEnergyGroupNonbonded = 1;
2257     }
2258     bool bSimpleList = nbnxn_kernel_pairlist_simple(nbv->grp[0].kernel_type);
2259     nbnxn_atomdata_init(mdlog,
2260                         nbv->nbat,
2261                         nbv->grp[0].kernel_type,
2262                         enbnxninitcombrule,
2263                         fr->ntype, fr->nbfp,
2264                         mimimumNumEnergyGroupNonbonded,
2265                         bSimpleList ? gmx_omp_nthreads_get(emntNonbonded) : 1,
2266                         nb_alloc, nb_free);
2267
2268     if (nbv->bUseGPU)
2269     {
2270         /* init the NxN GPU data; the last argument tells whether we'll have
2271          * both local and non-local NB calculation on GPU */
2272         nbnxn_gpu_init(&nbv->gpu_nbv,
2273                        deviceInfo,
2274                        fr->ic,
2275                        nbv->listParams.get(),
2276                        nbv->nbat,
2277                        cr->nodeid,
2278                        (nbv->ngrp > 1));
2279
2280         if ((env = getenv("GMX_NB_MIN_CI")) != nullptr)
2281         {
2282             char *end;
2283
2284             nbv->min_ci_balanced = strtol(env, &end, 10);
2285             if (!end || (*end != 0) || nbv->min_ci_balanced < 0)
2286             {
2287                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid value passed in GMX_NB_MIN_CI=%s, non-negative integer required", env);
2288             }
2289
2290             if (debug)
2291             {
2292                 fprintf(debug, "Neighbor-list balancing parameter: %d (passed as env. var.)\n",
2293                         nbv->min_ci_balanced);
2294             }
2295         }
2296         else
2297         {
2298             nbv->min_ci_balanced = nbnxn_gpu_min_ci_balanced(nbv->gpu_nbv);
2299             if (debug)
2300             {
2301                 fprintf(debug, "Neighbor-list balancing parameter: %d (auto-adjusted to the number of GPU multi-processors)\n",
2302                         nbv->min_ci_balanced);
2303             }
2304         }
2305
2306     }
2307
2308     *nb_verlet = nbv;
2309 }
2310
2311 gmx_bool usingGpu(nonbonded_verlet_t *nbv)
2312 {
2313     return nbv != nullptr && nbv->bUseGPU;
2314 }
2315
2316 void init_forcerec(FILE                    *fp,
2317                    const gmx::MDLogger     &mdlog,
2318                    t_forcerec              *fr,
2319                    t_fcdata                *fcd,
2320                    const t_inputrec        *ir,
2321                    const gmx_mtop_t        *mtop,
2322                    const t_commrec         *cr,
2323                    matrix                   box,
2324                    const char              *tabfn,
2325                    const char              *tabpfn,
2326                    const t_filenm          *tabbfnm,
2327                    const gmx_hw_info_t     &hardwareInfo,
2328                    const gmx_device_info_t *deviceInfo,
2329                    gmx_bool                 bNoSolvOpt,
2330                    real                     print_force)
2331 {
2332     int            m, negp_pp, negptable, egi, egj;
2333     real           rtab;
2334     char          *env;
2335     double         dbl;
2336     const t_block *cgs;
2337     gmx_bool       bGenericKernelOnly;
2338     gmx_bool       needGroupSchemeTables, bSomeNormalNbListsAreInUse;
2339     gmx_bool       bFEP_NonBonded;
2340     int           *nm_ind, egp_flags;
2341
2342     /* By default we turn SIMD kernels on, but it might be turned off further down... */
2343     fr->use_simd_kernels = TRUE;
2344
2345     fr->bDomDec = DOMAINDECOMP(cr);
2346
2347     if (check_box(ir->ePBC, box))
2348     {
2349         gmx_fatal(FARGS, check_box(ir->ePBC, box));
2350     }
2351
2352     /* Test particle insertion ? */
2353     if (EI_TPI(ir->eI))
2354     {
2355         /* Set to the size of the molecule to be inserted (the last one) */
2356         /* Because of old style topologies, we have to use the last cg
2357          * instead of the last molecule type.
2358          */
2359         cgs       = &mtop->moltype[mtop->molblock[mtop->nmolblock-1].type].cgs;
2360         fr->n_tpi = cgs->index[cgs->nr] - cgs->index[cgs->nr-1];
2361         if (fr->n_tpi != mtop->mols.index[mtop->mols.nr] - mtop->mols.index[mtop->mols.nr-1])
2362         {
2363             gmx_fatal(FARGS, "The molecule to insert can not consist of multiple charge groups.\nMake it a single charge group.");
2364         }
2365     }
2366     else
2367     {
2368         fr->n_tpi = 0;
2369     }
2370
2371     if (ir->coulombtype == eelRF_NEC_UNSUPPORTED)
2372     {
2373         gmx_fatal(FARGS, "%s electrostatics is no longer supported",
2374                   eel_names[ir->coulombtype]);
2375     }
2376
2377     if (ir->bAdress)
2378     {
2379         gmx_fatal(FARGS, "AdResS simulations are no longer supported");
2380     }
2381     if (ir->useTwinRange)
2382     {
2383         gmx_fatal(FARGS, "Twin-range simulations are no longer supported");
2384     }
2385     /* Copy the user determined parameters */
2386     fr->userint1  = ir->userint1;
2387     fr->userint2  = ir->userint2;
2388     fr->userint3  = ir->userint3;
2389     fr->userint4  = ir->userint4;
2390     fr->userreal1 = ir->userreal1;
2391     fr->userreal2 = ir->userreal2;
2392     fr->userreal3 = ir->userreal3;
2393     fr->userreal4 = ir->userreal4;
2394
2395     /* Shell stuff */
2396     fr->fc_stepsize = ir->fc_stepsize;
2397
2398     /* Free energy */
2399     fr->efep        = ir->efep;
2400     fr->sc_alphavdw = ir->fepvals->sc_alpha;
2401     if (ir->fepvals->bScCoul)
2402     {
2403         fr->sc_alphacoul  = ir->fepvals->sc_alpha;
2404         fr->sc_sigma6_min = gmx::power6(ir->fepvals->sc_sigma_min);
2405     }
2406     else
2407     {
2408         fr->sc_alphacoul  = 0;
2409         fr->sc_sigma6_min = 0; /* only needed when bScCoul is on */
2410     }
2411     fr->sc_power      = ir->fepvals->sc_power;
2412     fr->sc_r_power    = ir->fepvals->sc_r_power;
2413     fr->sc_sigma6_def = gmx::power6(ir->fepvals->sc_sigma);
2414
2415     env = getenv("GMX_SCSIGMA_MIN");
2416     if (env != nullptr)
2417     {
2418         dbl = 0;
2419         sscanf(env, "%20lf", &dbl);
2420         fr->sc_sigma6_min = gmx::power6(dbl);
2421         if (fp)
2422         {
2423             fprintf(fp, "Setting the minimum soft core sigma to %g nm\n", dbl);
2424         }
2425     }
2426
2427     fr->bNonbonded = TRUE;
2428     if (getenv("GMX_NO_NONBONDED") != nullptr)
2429     {
2430         /* turn off non-bonded calculations */
2431         fr->bNonbonded = FALSE;
2432         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText(
2433                 "Found environment variable GMX_NO_NONBONDED.\n"
2434                 "Disabling nonbonded calculations.");
2435     }
2436
2437     bGenericKernelOnly = FALSE;
2438
2439     /* We now check in the NS code whether a particular combination of interactions
2440      * can be used with water optimization, and disable it if that is not the case.
2441      */
2442
2443     if (getenv("GMX_NB_GENERIC") != nullptr)
2444     {
2445         if (fp != nullptr)
2446         {
2447             fprintf(fp,
2448                     "Found environment variable GMX_NB_GENERIC.\n"
2449                     "Disabling all interaction-specific nonbonded kernels, will only\n"
2450                     "use the slow generic ones in src/gmxlib/nonbonded/nb_generic.c\n\n");
2451         }
2452         bGenericKernelOnly = TRUE;
2453     }
2454
2455     if (bGenericKernelOnly == TRUE)
2456     {
2457         bNoSolvOpt         = TRUE;
2458     }
2459
2460     if ( (getenv("GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS") != nullptr) || (getenv("GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS") != nullptr) )
2461     {
2462         fr->use_simd_kernels = FALSE;
2463         if (fp != nullptr)
2464         {
2465             fprintf(fp,
2466                     "\nFound environment variable GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS.\n"
2467                     "Disabling the usage of any SIMD-specific non-bonded & bonded kernel routines\n"
2468                     "(e.g. SSE2/SSE4.1/AVX).\n\n");
2469         }
2470     }
2471
2472     fr->bBHAM = (mtop->ffparams.functype[0] == F_BHAM);
2473
2474     /* Check if we can/should do all-vs-all kernels */
2475     fr->bAllvsAll       = can_use_allvsall(ir, FALSE, nullptr, nullptr);
2476     fr->AllvsAll_work   = nullptr;
2477
2478     /* All-vs-all kernels have not been implemented in 4.6 and later.
2479      * See Redmine #1249. */
2480     if (fr->bAllvsAll)
2481     {
2482         fr->bAllvsAll            = FALSE;
2483         if (fp != nullptr)
2484         {
2485             fprintf(fp,
2486                     "\nYour simulation settings would have triggered the efficient all-vs-all\n"
2487                     "kernels in GROMACS 4.5, but these have not been implemented in GROMACS\n"
2488                     "4.6 and 5.x. If performance is important, please use GROMACS 4.5.7\n"
2489                     "or try cutoff-scheme = Verlet.\n\n");
2490         }
2491     }
2492
2493     /* Neighbour searching stuff */
2494     fr->cutoff_scheme = ir->cutoff_scheme;
2495     fr->bGrid         = (ir->ns_type == ensGRID);
2496     fr->ePBC          = ir->ePBC;
2497
2498     if (fr->cutoff_scheme == ecutsGROUP)
2499     {
2500         const char *note = "NOTE: This file uses the deprecated 'group' cutoff_scheme. This will be\n"
2501             "removed in a future release when 'verlet' supports all interaction forms.\n";
2502
2503         if (MASTER(cr))
2504         {
2505             fprintf(stderr, "\n%s\n", note);
2506         }
2507         if (fp != nullptr)
2508         {
2509             fprintf(fp, "\n%s\n", note);
2510         }
2511     }
2512
2513     /* Determine if we will do PBC for distances in bonded interactions */
2514     if (fr->ePBC == epbcNONE)
2515     {
2516         fr->bMolPBC = FALSE;
2517     }
2518     else
2519     {
2520         if (!DOMAINDECOMP(cr))
2521         {
2522             gmx_bool bSHAKE;
2523
2524             bSHAKE = (ir->eConstrAlg == econtSHAKE &&
2525                       (gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_CONSTR) > 0 ||
2526                        gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_CONSTRNC) > 0));
2527
2528             /* The group cut-off scheme and SHAKE assume charge groups
2529              * are whole, but not using molpbc is faster in most cases.
2530              * With intermolecular interactions we need PBC for calculating
2531              * distances between atoms in different molecules.
2532              */
2533             if ((fr->cutoff_scheme == ecutsGROUP || bSHAKE) &&
2534                 !mtop->bIntermolecularInteractions)
2535             {
2536                 fr->bMolPBC = ir->bPeriodicMols;
2537
2538                 if (bSHAKE && fr->bMolPBC)
2539                 {
2540                     gmx_fatal(FARGS, "SHAKE is not supported with periodic molecules");
2541                 }
2542             }
2543             else
2544             {
2545                 /* Not making molecules whole is faster in most cases,
2546                  * but With orientation restraints we need whole molecules.
2547                  */
2548                 fr->bMolPBC = (fcd->orires.nr == 0);
2549
2550                 if (getenv("GMX_USE_GRAPH") != nullptr)
2551                 {
2552                     fr->bMolPBC = FALSE;
2553                     if (fp)
2554                     {
2555                         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText("GMX_USE_GRAPH is set, using the graph for bonded interactions");
2556                     }
2557
2558                     if (mtop->bIntermolecularInteractions)
2559                     {
2560                         GMX_LOG(mdlog.warning).asParagraph().appendText("WARNING: Molecules linked by intermolecular interactions have to reside in the same periodic image, otherwise artifacts will occur!");
2561                     }
2562                 }
2563
2564                 GMX_RELEASE_ASSERT(fr->bMolPBC || !mtop->bIntermolecularInteractions, "We need to use PBC within molecules with inter-molecular interactions");
2565
2566                 if (bSHAKE && fr->bMolPBC)
2567                 {
2568                     gmx_fatal(FARGS, "SHAKE is not properly supported with intermolecular interactions. For short simulations where linked molecules remain in the same periodic image, the environment variable GMX_USE_GRAPH can be used to override this check.\n");
2569                 }
2570             }
2571         }
2572         else
2573         {
2574             fr->bMolPBC = dd_bonded_molpbc(cr->dd, fr->ePBC);
2575         }
2576     }
2577
2578     fr->rc_scaling = ir->refcoord_scaling;
2579     copy_rvec(ir->posres_com, fr->posres_com);
2580     copy_rvec(ir->posres_comB, fr->posres_comB);
2581     fr->rlist                    = cutoff_inf(ir->rlist);
2582     fr->ljpme_combination_rule   = ir->ljpme_combination_rule;
2583
2584     /* This now calculates sum for q and c6*/
2585     bool systemHasNetCharge = set_chargesum(fp, fr, mtop);
2586
2587     /* fr->ic is used both by verlet and group kernels (to some extent) now */
2588     init_interaction_const(fp, &fr->ic, ir, mtop, systemHasNetCharge);
2589     init_interaction_const_tables(fp, fr->ic, ir->rlist + ir->tabext);
2590
2591     const interaction_const_t *ic = fr->ic;
2592
2593     /* TODO: Replace this Ewald table or move it into interaction_const_t */
2594     if (ir->coulombtype == eelEWALD)
2595     {
2596         init_ewald_tab(&(fr->ewald_table), ir, fp);
2597     }
2598
2599     /* Electrostatics: Translate from interaction-setting-in-mdp-file to kernel interaction format */
2600     switch (ic->eeltype)
2601     {
2602         case eelCUT:
2603             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_COULOMB;
2604             break;
2605
2606         case eelRF:
2607         case eelGRF:
2608             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_REACTIONFIELD;
2609             break;
2610
2611         case eelRF_ZERO:
2612             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_REACTIONFIELD;
2613             GMX_RELEASE_ASSERT(ic->coulomb_modifier == eintmodEXACTCUTOFF, "With the group scheme RF-zero needs the exact cut-off modifier");
2614             break;
2615
2616         case eelSWITCH:
2617         case eelSHIFT:
2618         case eelUSER:
2619         case eelENCADSHIFT:
2620         case eelPMESWITCH:
2621         case eelPMEUSER:
2622         case eelPMEUSERSWITCH:
2623             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_CUBICSPLINETABLE;
2624             break;
2625
2626         case eelPME:
2627         case eelP3M_AD:
2628         case eelEWALD:
2629             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_EWALD;
2630             break;
2631
2632         default:
2633             gmx_fatal(FARGS, "Unsupported electrostatic interaction: %s", eel_names[ic->eeltype]);
2634             break;
2635     }
2636     fr->nbkernel_elec_modifier = ic->coulomb_modifier;
2637
2638     /* Vdw: Translate from mdp settings to kernel format */
2639     switch (ic->vdwtype)
2640     {
2641         case evdwCUT:
2642             if (fr->bBHAM)
2643             {
2644                 fr->nbkernel_vdw_interaction = GMX_NBKERNEL_VDW_BUCKINGHAM;
2645             }
2646             else
2647             {
2648                 fr->nbkernel_vdw_interaction = GMX_NBKERNEL_VDW_LENNARDJONES;
2649             }
2650             break;
2651         case evdwPME:
2652             fr->nbkernel_vdw_interaction = GMX_NBKERNEL_VDW_LJEWALD;
2653             break;
2654
2655         case evdwSWITCH:
2656         case evdwSHIFT:
2657         case evdwUSER:
2658         case evdwENCADSHIFT:
2659             fr->nbkernel_vdw_interaction = GMX_NBKERNEL_VDW_CUBICSPLINETABLE;
2660             break;
2661
2662         default:
2663             gmx_fatal(FARGS, "Unsupported vdw interaction: %s", evdw_names[ic->vdwtype]);
2664             break;
2665     }
2666     fr->nbkernel_vdw_modifier = ic->vdw_modifier;
2667
2668     if (ir->cutoff_scheme == ecutsGROUP)
2669     {
2670         fr->bvdwtab    = ((ic->vdwtype != evdwCUT || !gmx_within_tol(ic->reppow, 12.0, 10*GMX_DOUBLE_EPS))
2671                           && !EVDW_PME(ic->vdwtype));
2672         /* We have special kernels for standard Ewald and PME, but the pme-switch ones are tabulated above */
2673         fr->bcoultab   = !(ic->eeltype == eelCUT ||
2674                            ic->eeltype == eelEWALD ||
2675                            ic->eeltype == eelPME ||
2676                            ic->eeltype == eelP3M_AD ||
2677                            ic->eeltype == eelRF ||
2678                            ic->eeltype == eelRF_ZERO);
2679
2680         /* If the user absolutely wants different switch/shift settings for coul/vdw, it is likely
2681          * going to be faster to tabulate the interaction than calling the generic kernel.
2682          * However, if generic kernels have been requested we keep things analytically.
2683          */
2684         if (fr->nbkernel_elec_modifier == eintmodPOTSWITCH &&
2685             fr->nbkernel_vdw_modifier == eintmodPOTSWITCH &&
2686             bGenericKernelOnly == FALSE)
2687         {
2688             if ((ic->rcoulomb_switch != ic->rvdw_switch) || (ic->rcoulomb != ic->rvdw))
2689             {
2690                 fr->bcoultab = TRUE;
2691                 /* Once we tabulate electrostatics, we can use the switch function for LJ,
2692                  * which would otherwise need two tables.
2693                  */
2694             }
2695         }
2696         else if ((fr->nbkernel_elec_modifier == eintmodPOTSHIFT && fr->nbkernel_vdw_modifier == eintmodPOTSHIFT) ||
2697                  ((fr->nbkernel_elec_interaction == GMX_NBKERNEL_ELEC_REACTIONFIELD &&
2698                    fr->nbkernel_elec_modifier == eintmodEXACTCUTOFF &&
2699                    (fr->nbkernel_vdw_modifier == eintmodPOTSWITCH || fr->nbkernel_vdw_modifier == eintmodPOTSHIFT))))
2700         {
2701             if ((ic->rcoulomb != ic->rvdw) && (bGenericKernelOnly == FALSE))
2702             {
2703                 fr->bcoultab = TRUE;
2704             }
2705         }
2706
2707         if (fr->nbkernel_elec_modifier == eintmodFORCESWITCH)
2708         {
2709             fr->bcoultab = TRUE;
2710         }
2711         if (fr->nbkernel_vdw_modifier == eintmodFORCESWITCH)
2712         {
2713             fr->bvdwtab = TRUE;
2714         }
2715
2716         if (getenv("GMX_REQUIRE_TABLES"))
2717         {
2718             fr->bvdwtab  = TRUE;
2719             fr->bcoultab = TRUE;
2720         }
2721
2722         if (fp)
2723         {
2724             fprintf(fp, "Table routines are used for coulomb: %s\n",
2725                     gmx::boolToString(fr->bcoultab));
2726             fprintf(fp, "Table routines are used for vdw:     %s\n",
2727                     gmx::boolToString(fr->bvdwtab));
2728         }
2729
2730         if (fr->bvdwtab == TRUE)
2731         {
2732             fr->nbkernel_vdw_interaction = GMX_NBKERNEL_VDW_CUBICSPLINETABLE;
2733             fr->nbkernel_vdw_modifier    = eintmodNONE;
2734         }
2735         if (fr->bcoultab == TRUE)
2736         {
2737             fr->nbkernel_elec_interaction = GMX_NBKERNEL_ELEC_CUBICSPLINETABLE;
2738             fr->nbkernel_elec_modifier    = eintmodNONE;
2739         }
2740     }
2741
2742     if (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET)
2743     {
2744         if (!gmx_within_tol(ic->reppow, 12.0, 10*GMX_DOUBLE_EPS))
2745         {
2746             gmx_fatal(FARGS, "Cut-off scheme %S only supports LJ repulsion power 12", ecutscheme_names[ir->cutoff_scheme]);
2747         }
2748         /* Older tpr files can contain Coulomb user tables with the Verlet cutoff-scheme,
2749          * while mdrun does not (and never did) support this.
2750          */
2751         if (EEL_USER(fr->ic->eeltype))
2752         {
2753             gmx_fatal(FARGS, "Combination of %s and cutoff scheme %s is not supported",
2754                       eel_names[ir->coulombtype], ecutscheme_names[ir->cutoff_scheme]);
2755         }
2756
2757         fr->bvdwtab  = FALSE;
2758         fr->bcoultab = FALSE;
2759     }
2760
2761     /* 1-4 interaction electrostatics */
2762     fr->fudgeQQ = mtop->ffparams.fudgeQQ;
2763
2764     /* Parameters for generalized RF */
2765     fr->zsquare = 0.0;
2766     fr->temp    = 0.0;
2767
2768     if (ic->eeltype == eelGRF)
2769     {
2770         init_generalized_rf(fp, mtop, ir, fr);
2771     }
2772
2773     fr->haveDirectVirialContributions =
2774         (EEL_FULL(ic->eeltype) || EVDW_PME(ic->vdwtype) ||
2775          fr->forceProviders->hasForceProvider() ||
2776          gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_POSRES) > 0 ||
2777          gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_FBPOSRES) > 0 ||
2778          ir->bPull ||
2779          ir->bRot ||
2780          ir->bIMD);
2781
2782     if (fr->haveDirectVirialContributions)
2783     {
2784         fr->forceBufferForDirectVirialContributions = new std::vector<gmx::RVec>;
2785     }
2786
2787     if (fr->cutoff_scheme == ecutsGROUP &&
2788         ncg_mtop(mtop) > fr->cg_nalloc && !DOMAINDECOMP(cr))
2789     {
2790         /* Count the total number of charge groups */
2791         fr->cg_nalloc = ncg_mtop(mtop);
2792         srenew(fr->cg_cm, fr->cg_nalloc);
2793     }
2794     if (fr->shift_vec == nullptr)
2795     {
2796         snew(fr->shift_vec, SHIFTS);
2797     }
2798
2799     if (fr->fshift == nullptr)
2800     {
2801         snew(fr->fshift, SHIFTS);
2802     }
2803
2804     if (fr->nbfp == nullptr)
2805     {
2806         fr->ntype = mtop->ffparams.atnr;
2807         fr->nbfp  = mk_nbfp(&mtop->ffparams, fr->bBHAM);
2808         if (EVDW_PME(ic->vdwtype))
2809         {
2810             fr->ljpme_c6grid  = make_ljpme_c6grid(&mtop->ffparams, fr);
2811         }
2812     }
2813
2814     /* Copy the energy group exclusions */
2815     fr->egp_flags = ir->opts.egp_flags;
2816
2817     /* Van der Waals stuff */
2818     if ((ic->vdwtype != evdwCUT) && (ic->vdwtype != evdwUSER) && !fr->bBHAM)
2819     {
2820         if (ic->rvdw_switch >= ic->rvdw)
2821         {
2822             gmx_fatal(FARGS, "rvdw_switch (%f) must be < rvdw (%f)",
2823                       ic->rvdw_switch, ic->rvdw);
2824         }
2825         if (fp)
2826         {
2827             fprintf(fp, "Using %s Lennard-Jones, switch between %g and %g nm\n",
2828                     (ic->eeltype == eelSWITCH) ? "switched" : "shifted",
2829                     ic->rvdw_switch, ic->rvdw);
2830         }
2831     }
2832
2833     if (fr->bBHAM && EVDW_PME(ic->vdwtype))
2834     {
2835         gmx_fatal(FARGS, "LJ PME not supported with Buckingham");
2836     }
2837
2838     if (fr->bBHAM && (ic->vdwtype == evdwSHIFT || ic->vdwtype == evdwSWITCH))
2839     {
2840         gmx_fatal(FARGS, "Switch/shift interaction not supported with Buckingham");
2841     }
2842
2843     if (fr->bBHAM && fr->cutoff_scheme == ecutsVERLET)
2844     {
2845         gmx_fatal(FARGS, "Verlet cutoff-scheme is not supported with Buckingham");
2846     }
2847
2848     if (fp && fr->cutoff_scheme == ecutsGROUP)
2849     {
2850         fprintf(fp, "Cut-off's:   NS: %g   Coulomb: %g   %s: %g\n",
2851                 fr->rlist, ic->rcoulomb, fr->bBHAM ? "BHAM" : "LJ", ic->rvdw);
2852     }
2853
2854     fr->eDispCorr = ir->eDispCorr;
2855     fr->numAtomsForDispersionCorrection = mtop->natoms;
2856     if (ir->eDispCorr != edispcNO)
2857     {
2858         set_avcsixtwelve(fp, fr, mtop);
2859     }
2860
2861     if (ir->implicit_solvent)
2862     {
2863         gmx_fatal(FARGS, "Implict solvation is no longer supported.");
2864     }
2865
2866     /* Construct tables for the group scheme. A little unnecessary to
2867      * make both vdw and coul tables sometimes, but what the
2868      * heck. Note that both cutoff schemes construct Ewald tables in
2869      * init_interaction_const_tables. */
2870     needGroupSchemeTables = (ir->cutoff_scheme == ecutsGROUP &&
2871                              (fr->bcoultab || fr->bvdwtab));
2872
2873     negp_pp   = ir->opts.ngener - ir->nwall;
2874     negptable = 0;
2875     if (!needGroupSchemeTables)
2876     {
2877         bSomeNormalNbListsAreInUse = TRUE;
2878         fr->nnblists               = 1;
2879     }
2880     else
2881     {
2882         bSomeNormalNbListsAreInUse = FALSE;
2883         for (egi = 0; egi < negp_pp; egi++)
2884         {
2885             for (egj = egi; egj < negp_pp; egj++)
2886             {
2887                 egp_flags = ir->opts.egp_flags[GID(egi, egj, ir->opts.ngener)];
2888                 if (!(egp_flags & EGP_EXCL))
2889                 {
2890                     if (egp_flags & EGP_TABLE)
2891                     {
2892                         negptable++;
2893                     }
2894                     else
2895                     {
2896                         bSomeNormalNbListsAreInUse = TRUE;
2897                     }
2898                 }
2899             }
2900         }
2901         if (bSomeNormalNbListsAreInUse)
2902         {
2903             fr->nnblists = negptable + 1;
2904         }
2905         else
2906         {
2907             fr->nnblists = negptable;
2908         }
2909         if (fr->nnblists > 1)
2910         {
2911             snew(fr->gid2nblists, ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
2912         }
2913     }
2914
2915     snew(fr->nblists, fr->nnblists);
2916
2917     /* This code automatically gives table length tabext without cut-off's,
2918      * in that case grompp should already have checked that we do not need
2919      * normal tables and we only generate tables for 1-4 interactions.
2920      */
2921     rtab = ir->rlist + ir->tabext;
2922
2923     if (needGroupSchemeTables)
2924     {
2925         /* make tables for ordinary interactions */
2926         if (bSomeNormalNbListsAreInUse)
2927         {
2928             make_nbf_tables(fp, ic, rtab, tabfn, nullptr, nullptr, &fr->nblists[0]);
2929             m = 1;
2930         }
2931         else
2932         {
2933             m = 0;
2934         }
2935         if (negptable > 0)
2936         {
2937             /* Read the special tables for certain energy group pairs */
2938             nm_ind = mtop->groups.grps[egcENER].nm_ind;
2939             for (egi = 0; egi < negp_pp; egi++)
2940             {
2941                 for (egj = egi; egj < negp_pp; egj++)
2942                 {
2943                     egp_flags = ir->opts.egp_flags[GID(egi, egj, ir->opts.ngener)];
2944                     if ((egp_flags & EGP_TABLE) && !(egp_flags & EGP_EXCL))
2945                     {
2946                         if (fr->nnblists > 1)
2947                         {
2948                             fr->gid2nblists[GID(egi, egj, ir->opts.ngener)] = m;
2949                         }
2950                         /* Read the table file with the two energy groups names appended */
2951                         make_nbf_tables(fp, ic, rtab, tabfn,
2952                                         *mtop->groups.grpname[nm_ind[egi]],
2953                                         *mtop->groups.grpname[nm_ind[egj]],
2954                                         &fr->nblists[m]);
2955                         m++;
2956                     }
2957                     else if (fr->nnblists > 1)
2958                     {
2959                         fr->gid2nblists[GID(egi, egj, ir->opts.ngener)] = 0;
2960                     }
2961                 }
2962             }
2963         }
2964     }
2965
2966     /* Tables might not be used for the potential modifier
2967      * interactions per se, but we still need them to evaluate
2968      * switch/shift dispersion corrections in this case. */
2969     if (fr->eDispCorr != edispcNO)
2970     {
2971         fr->dispersionCorrectionTable = makeDispersionCorrectionTable(fp, ic, rtab, tabfn);
2972     }
2973
2974     /* We want to use unmodified tables for 1-4 coulombic
2975      * interactions, so we must in general have an extra set of
2976      * tables. */
2977     if (gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_LJ14) > 0 ||
2978         gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_LJC14_Q) > 0 ||
2979         gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_LJC_PAIRS_NB) > 0)
2980     {
2981         fr->pairsTable = make_tables(fp, ic, tabpfn, rtab,
2982                                      GMX_MAKETABLES_14ONLY);
2983     }
2984
2985     /* Wall stuff */
2986     fr->nwall = ir->nwall;
2987     if (ir->nwall && ir->wall_type == ewtTABLE)
2988     {
2989         make_wall_tables(fp, ir, tabfn, &mtop->groups, fr);
2990     }
2991
2992     if (fcd && tabbfnm)
2993     {
2994         // Need to catch std::bad_alloc
2995         // TODO Don't need to catch this here, when merging with master branch
2996         try
2997         {
2998             fcd->bondtab  = make_bonded_tables(fp,
2999                                                F_TABBONDS, F_TABBONDSNC,
3000                                                mtop, tabbfnm, "b");
3001             fcd->angletab = make_bonded_tables(fp,
3002                                                F_TABANGLES, -1,
3003                                                mtop, tabbfnm, "a");
3004             fcd->dihtab   = make_bonded_tables(fp,
3005                                                F_TABDIHS, -1,
3006                                                mtop, tabbfnm, "d");
3007         }
3008         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR;
3009     }
3010     else
3011     {
3012         if (debug)
3013         {
3014             fprintf(debug, "No fcdata or table file name passed, can not read table, can not do bonded interactions\n");
3015         }
3016     }
3017
3018     /* QM/MM initialization if requested
3019      */
3020     if (ir->bQMMM)
3021     {
3022         fprintf(stderr, "QM/MM calculation requested.\n");
3023     }
3024
3025     fr->bQMMM      = ir->bQMMM;
3026     fr->qr         = mk_QMMMrec();
3027
3028     /* Set all the static charge group info */
3029     fr->cginfo_mb = init_cginfo_mb(fp, mtop, fr, bNoSolvOpt,
3030                                    &bFEP_NonBonded,
3031                                    &fr->bExcl_IntraCGAll_InterCGNone);
3032     if (DOMAINDECOMP(cr))
3033     {
3034         fr->cginfo = nullptr;
3035     }
3036     else
3037     {
3038         fr->cginfo = cginfo_expand(mtop->nmolblock, fr->cginfo_mb);
3039     }
3040
3041     if (!DOMAINDECOMP(cr))
3042     {
3043         forcerec_set_ranges(fr, ncg_mtop(mtop), ncg_mtop(mtop),
3044                             mtop->natoms, mtop->natoms, mtop->natoms);
3045     }
3046
3047     fr->print_force = print_force;
3048
3049
3050     /* coarse load balancing vars */
3051     fr->t_fnbf    = 0.;
3052     fr->t_wait    = 0.;
3053     fr->timesteps = 0;
3054
3055     /* Initialize neighbor search */
3056     snew(fr->ns, 1);
3057     init_ns(fp, cr, fr->ns, fr, mtop);
3058
3059     if (thisRankHasDuty(cr, DUTY_PP))
3060     {
3061         gmx_nonbonded_setup(fr, bGenericKernelOnly);
3062     }
3063
3064     /* Initialize the thread working data for bonded interactions */
3065     init_bonded_threading(fp, mtop->groups.grps[egcENER].nr,
3066                           &fr->bonded_threading);
3067
3068     fr->nthread_ewc = gmx_omp_nthreads_get(emntBonded);
3069     snew(fr->ewc_t, fr->nthread_ewc);
3070
3071     if (fr->cutoff_scheme == ecutsVERLET)
3072     {
3073         // We checked the cut-offs in grompp, but double-check here.
3074         // We have PME+LJcutoff kernels for rcoulomb>rvdw.
3075         if (EEL_PME_EWALD(ir->coulombtype) && ir->vdwtype == eelCUT)
3076         {
3077             GMX_RELEASE_ASSERT(ir->rcoulomb >= ir->rvdw, "With Verlet lists and PME we should have rcoulomb>=rvdw");
3078         }
3079         else
3080         {
3081             GMX_RELEASE_ASSERT(ir->rcoulomb == ir->rvdw, "With Verlet lists and no PME rcoulomb and rvdw should be identical");
3082         }
3083
3084         init_nb_verlet(mdlog, &fr->nbv, bFEP_NonBonded, ir, fr,
3085                        cr, hardwareInfo, deviceInfo,
3086                        mtop, box);
3087     }
3088
3089     if (fp != nullptr)
3090     {
3091         /* Here we switch from using mdlog, which prints the newline before
3092          * the paragraph, to our old fprintf logging, which prints the newline
3093          * after the paragraph, so we should add a newline here.
3094          */
3095         fprintf(fp, "\n");
3096     }
3097
3098     if (ir->eDispCorr != edispcNO)
3099     {
3100         calc_enervirdiff(fp, ir->eDispCorr, fr);
3101     }
3102 }
3103
3104 /* Frees GPU memory and sets a tMPI node barrier.
3105  *
3106  * Note that this function needs to be called even if GPUs are not used
3107  * in this run because the PME ranks have no knowledge of whether GPUs
3108  * are used or not, but all ranks need to enter the barrier below.
3109  * \todo Remove physical node barrier from this function after making sure
3110  * that it's not needed anymore (with a shared GPU run).
3111  */
3112 void free_gpu_resources(const t_forcerec        *fr,
3113                         const t_commrec         *cr,
3114                         const gmx_multisim_t    *ms)
3115 {
3116     bool isPPrankUsingGPU = fr && fr->nbv && fr->nbv->bUseGPU;
3117
3118     /* stop the GPU profiler (only CUDA) */
3119     stopGpuProfiler();
3120
3121     if (isPPrankUsingGPU)
3122     {
3123         /* free nbnxn data in GPU memory */
3124         nbnxn_gpu_free(fr->nbv->gpu_nbv);
3125     }
3126
3127     /* With tMPI we need to wait for all ranks to finish deallocation before
3128      * destroying the CUDA context in free_gpu() as some tMPI ranks may be sharing
3129      * GPU and context.
3130      *
3131      * This is not a concern in OpenCL where we use one context per rank which
3132      * is freed in nbnxn_gpu_free().
3133      *
3134      * Note: it is safe to not call the barrier on the ranks which do not use GPU,
3135      * but it is easier and more futureproof to call it on the whole node.
3136      */
3137     if (GMX_THREAD_MPI && (PAR(cr) || isMultiSim(ms)))
3138     {
3139         gmx_barrier_physical_node(cr);
3140     }
3141 }