src/gromacs/mdlib/ewald.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROwing Monsters And Cloning Shrimps
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <math.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42 #include "vec.h"
  43 #include "gmxcomplex.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  46 #include "gmx_fatal.h"
  47 #include "physics.h"
  48 #include "coulomb.h"
  49 #include "macros.h"
  50
  51 #define TOL 2e-5
  52
  53 struct ewald_tab
  54 {
  55     int        nx, ny, nz, kmax;
  56     cvec     **eir;
  57     t_complex *tab_xy, *tab_qxyz;
  58 };
  59
  60
  61
  62 /* TODO: fix thread-safety */
  63
  64 /* the other routines are in complex.h */
  65 static t_complex conjmul(t_complex a, t_complex b)
  66 {
  67     t_complex c;
  68
  69     c.re = a.re*b.re + a.im*b.im;
  70     c.im = a.im*b.re - a.re*b.im;
  71
  72     return c;
  73 }
  74
  75
  76
  77
  78 static void tabulate_eir(int natom, rvec x[], int kmax, cvec **eir, rvec lll)
  79 {
  80     int  i, j, m;
  81
  82     if (kmax < 1)
  83     {
  84         printf("Go away! kmax = %d\n", kmax);
  85         exit(1);
  86     }
  87
  88     for (i = 0; (i < natom); i++)
  89     {
  90         for (m = 0; (m < 3); m++)
  91         {
  92             eir[0][i][m].re = 1;
  93             eir[0][i][m].im = 0;
  94         }
  95
  96         for (m = 0; (m < 3); m++)
  97         {
  98             eir[1][i][m].re = cos(x[i][m]*lll[m]);
  99             eir[1][i][m].im = sin(x[i][m]*lll[m]);
 100         }
 101         for (j = 2; (j < kmax); j++)
 102         {
 103             for (m = 0; (m < 3); m++)
 104             {
 105                 eir[j][i][m] = cmul(eir[j-1][i][m], eir[1][i][m]);
 106             }
 107         }
 108     }
 109 }
 110
 111 void init_ewald_tab(ewald_tab_t *et, const t_inputrec *ir, FILE *fp)
 112 {
 113     int n;
 114
 115     snew(*et, 1);
 116     if (fp)
 117     {
 118         fprintf(fp, "Will do ordinary reciprocal space Ewald sum.\n");
 119     }
 120
 121     (*et)->nx       = ir->nkx+1;
 122     (*et)->ny       = ir->nky+1;
 123     (*et)->nz       = ir->nkz+1;
 124     (*et)->kmax     = max((*et)->nx, max((*et)->ny, (*et)->nz));
 125     (*et)->eir      = NULL;
 126     (*et)->tab_xy   = NULL;
 127     (*et)->tab_qxyz = NULL;
 128 }
 129
 130
 131
 132 real do_ewald(t_inputrec *ir,
 133               rvec x[],        rvec f[],
 134               real chargeA[],  real chargeB[],
 135               rvec box,
 136               t_commrec *cr,   int natoms,
 137               matrix lrvir,    real ewaldcoeff,
 138               real lambda,     real *dvdlambda,
 139               ewald_tab_t et)
 140 {
 141     real     factor     = -1.0/(4*ewaldcoeff*ewaldcoeff);
 142     real     scaleRecip = 4.0*M_PI/(box[XX]*box[YY]*box[ZZ])*ONE_4PI_EPS0/ir->epsilon_r; /* 1/(Vol*e0) */
 143     real    *charge, energy_AB[2], energy;
 144     rvec     lll;
 145     int      lowiy, lowiz, ix, iy, iz, n, q;
 146     real     tmp, cs, ss, ak, akv, mx, my, mz, m2, scale;
 147     gmx_bool bFreeEnergy;
 148
 149     if (cr != NULL)
 150     {
 151         if (PAR(cr))
 152         {
 153             gmx_fatal(FARGS, "No parallel Ewald. Use PME instead.\n");
 154         }
 155     }
 156
 157
 158     if (!et->eir) /* allocate if we need to */
 159     {
 160         snew(et->eir, et->kmax);
 161         for (n = 0; n < et->kmax; n++)
 162         {
 163             snew(et->eir[n], natoms);
 164         }
 165         snew(et->tab_xy, natoms);
 166         snew(et->tab_qxyz, natoms);
 167     }
 168
 169     bFreeEnergy = (ir->efep != efepNO);
 170
 171     clear_mat(lrvir);
 172
 173     calc_lll(box, lll);
 174     /* make tables for the structure factor parts */
 175     tabulate_eir(natoms, x, et->kmax, et->eir, lll);
 176
 177     for (q = 0; q < (bFreeEnergy ? 2 : 1); q++)
 178     {
 179         if (!bFreeEnergy)
 180         {
 181             charge = chargeA;
 182             scale  = 1.0;
 183         }
 184         else if (q == 0)
 185         {
 186             charge = chargeA;
 187             scale  = 1.0 - lambda;
 188         }
 189         else
 190         {
 191             charge = chargeB;
 192             scale  = lambda;
 193         }
 194         lowiy        = 0;
 195         lowiz        = 1;
 196         energy_AB[q] = 0;
 197         for (ix = 0; ix < et->nx; ix++)
 198         {
 199             mx = ix*lll[XX];
 200             for (iy = lowiy; iy < et->ny; iy++)
 201             {
 202                 my = iy*lll[YY];
 203                 if (iy >= 0)
 204                 {
 205                     for (n = 0; n < natoms; n++)
 206                     {
 207                         et->tab_xy[n] = cmul(et->eir[ix][n][XX], et->eir[iy][n][YY]);
 208                     }
 209                 }
 210                 else
 211                 {
 212                     for (n = 0; n < natoms; n++)
 213                     {
 214                         et->tab_xy[n] = conjmul(et->eir[ix][n][XX], et->eir[-iy][n][YY]);
 215                     }
 216                 }
 217                 for (iz = lowiz; iz < et->nz; iz++)
 218                 {
 219                     mz  = iz*lll[ZZ];
 220                     m2  = mx*mx+my*my+mz*mz;
 221                     ak  = exp(m2*factor)/m2;
 222                     akv = 2.0*ak*(1.0/m2-factor);
 223                     if (iz >= 0)
 224                     {
 225                         for (n = 0; n < natoms; n++)
 226                         {
 227                             et->tab_qxyz[n] = rcmul(charge[n], cmul(et->tab_xy[n],
 228                                                                     et->eir[iz][n][ZZ]));
 229                         }
 230                     }
 231                     else
 232                     {
 233                         for (n = 0; n < natoms; n++)
 234                         {
 235                             et->tab_qxyz[n] = rcmul(charge[n], conjmul(et->tab_xy[n],
 236                                                                        et->eir[-iz][n][ZZ]));
 237                         }
 238                     }
 239
 240                     cs = ss = 0;
 241                     for (n = 0; n < natoms; n++)
 242                     {
 243                         cs += et->tab_qxyz[n].re;
 244                         ss += et->tab_qxyz[n].im;
 245                     }
 246                     energy_AB[q]  += ak*(cs*cs+ss*ss);
 247                     tmp            = scale*akv*(cs*cs+ss*ss);
 248                     lrvir[XX][XX] -= tmp*mx*mx;
 249                     lrvir[XX][YY] -= tmp*mx*my;
 250                     lrvir[XX][ZZ] -= tmp*mx*mz;
 251                     lrvir[YY][YY] -= tmp*my*my;
 252                     lrvir[YY][ZZ] -= tmp*my*mz;
 253                     lrvir[ZZ][ZZ] -= tmp*mz*mz;
 254                     for (n = 0; n < natoms; n++)
 255                     {
 256                         /*tmp=scale*ak*(cs*tab_qxyz[n].im-ss*tab_qxyz[n].re);*/
 257                         tmp       = scale*ak*(cs*et->tab_qxyz[n].im-ss*et->tab_qxyz[n].re);
 258                         f[n][XX] += tmp*mx*2*scaleRecip;
 259                         f[n][YY] += tmp*my*2*scaleRecip;
 260                         f[n][ZZ] += tmp*mz*2*scaleRecip;
 261 #if 0
 262                         f[n][XX] += tmp*mx;
 263                         f[n][YY] += tmp*my;
 264                         f[n][ZZ] += tmp*mz;
 265 #endif
 266                     }
 267                     lowiz = 1-et->nz;
 268                 }
 269                 lowiy = 1-et->ny;
 270             }
 271         }
 272     }
 273
 274     if (!bFreeEnergy)
 275     {
 276         energy = energy_AB[0];
 277     }
 278     else
 279     {
 280         energy      = (1.0 - lambda)*energy_AB[0] + lambda*energy_AB[1];
 281         *dvdlambda += scaleRecip*(energy_AB[1] - energy_AB[0]);
 282     }
 283
 284     lrvir[XX][XX] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[XX][XX]+energy);
 285     lrvir[XX][YY] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[XX][YY]);
 286     lrvir[XX][ZZ] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[XX][ZZ]);
 287     lrvir[YY][YY] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[YY][YY]+energy);
 288     lrvir[YY][ZZ] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[YY][ZZ]);
 289     lrvir[ZZ][ZZ] = -0.5*scaleRecip*(lrvir[ZZ][ZZ]+energy);
 290
 291     lrvir[YY][XX] = lrvir[XX][YY];
 292     lrvir[ZZ][XX] = lrvir[XX][ZZ];
 293     lrvir[ZZ][YY] = lrvir[YY][ZZ];
 294
 295     energy *= scaleRecip;
 296
 297     return energy;
 298 }